5G0C | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHSFKVNFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLTQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDASKASQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLNETVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__801989819964336__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__801989819964336__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5G0C/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__801989819964336__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"801989819964336","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5G0C/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__801989819964336__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d011d9494da184a4cf5417f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d011d9494da184a4cf5417f/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d011d9494da184a4cf5417f/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d011d9494da184a4cf5417f/pdb.gz): 1461 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	An Unusual Natural Product Primary Sulfonamide: Synthesis, Carbonic Anhydrase Inhibition and Protein X-Ray Structures of Psammaplin C. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE 2
total genus	82
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2016-03-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5g0cA00

1BN3A 3MMFA 4QIZA 1G6VA 3HLJA 2HNCA 3MHLA 4K0TA 7CA2A 3DVCA 4QK3A 4KNIA 2F14A 4WUPA 5BNLA 3T82A 1CCUA 1Z97A 2AW1A 4XIWA 1JV0A 3MHOA 5JQ0A 4Q83A 2NN7A 1TEUX 1G4JA 1XEVA 1ZSCA 4WUQA 5FDIA 3UYQA 4Q8ZA 1CAKA 3KNEA 1G0FA 1MUAA 4QEFA 2HD6A 5E28A 1RZDA 3OIMA 1RJ5A 5FLPA 3L14A 3BL1A 1YO2A 3K34A 3NJ9A 1CAYA 1CNGA 5DOHA 1HCAA 4KP8A 3F8EA 5FLOA 4HT2A 2CABA 3MZCA 1CVBA 3OYQA 1LG5A 4HT0A 3W6IA 1ZSAA 3P3JA 5HPJA 4CNVA 4Q09A 3S74B 1CAIA 4G7AA 3DVDA 1I8ZA 3P3HA 1TG9A 2Q38A 2H15A 3M98A 3KWAA 2WD2A 4PYXA 4Y0JA 3M5TA 3M5SA 2OSMA 3D8WA 4YXUA 4XE1A 4ITOA 4E3DA 3MHIA 3K2FA 4YGFA 1G52A 4FU5A 4E49A 4QJPA 4FIKA 5BRWA 4G0CA 4CA2A 5FLRA 3D93A 3DCSA 3RYZA 4M2WA 5EHWA 5JGSB 5E5UA 4Q7SA 3M2YA 3P5AA 2Q1BA 4KUVA 4QSJA 3IBIA 2NWOA 1CNJA 1TTMA 2FNMA 4JSWA 4MTYA 1CALA 3OKUA 4RFCA 3DAZA 5E2MA 5J8ZA 2NNVA 4QJXA 4IWZA 3N2PA 4Q7WA 5JEHB 4Q07A 5DOGA 3PJJA 3MNHA 4ILXA 5FNJA 1I90A 1KEQA 5DSJA 1BNMA 2AX2A 1CVHA 4YHAA 2NWPA 4KUWA 1CA2A 1CVDA 3PO6A 1CCSA 4RUYA 5SZ3A 4XFWA 5L3OA 1TB0X 3M96A 3CZVA 3OKVA 4QJMA 4E3HA 3K7KA 1CNKA 1TE3X 3F7BA 3QYKA 1Y7WA 5DSNA 2NNSA 3JXFA 3LXEA 1CNHA 2QOAA 1FQRA 5DSRA 1I9OA 5JDVB 4BF1A 4ETQC 1BNQA 1FQLA 4YXIA 5DRSA 3UYNA 1RAYA 5AMDA 5FNGA 1CVFA 4Q06A 3FE4A 4E9OX 1J9WA 3V3FA 3U45X 2Q1QA 3TVNX 1CZMA 3JXHC 3S97A 3EFIA 5C8IA 1CVAA 4N0XB 5EKHA 1YO0A 3N4BA 3M1JA 4ZWIA 3S76A 3R16A 4QIYA 3RJ7A 3RYYA 2NNGA 3MNKA 2FOVA 2FOQA 4ZAOA 4BCWA 1BZMA 3M67A 4WW6A 2NNOA 3DV7A 1CNCA 1RZAA 3M2XA 3T5ZA 1TH9A 4E3GA 1H4NA 4RN4A 3ZP9A 3V3JA 1AZMA 1BN4A 3Q31A 3HKTA 3MYQA 4Q7VA 3U3AX 3M5EA 1ZFKA 4Q78A 1KWQA 5SZ1A 4Q49A 2POVA 5DSQA 5CLUA 1BNVA 4YYTA 3DC9A 4QJOA 3M2NA 1HEBA 4Q8XA 3HS4A 2ZNCA 3RG3A 1Z9YA 5SZ5A 1OKMA 4Q6EA 4C3TA 3D9ZA 4FRCA 1IF8A 3SAPA 4YGNA 4Q8YA 1V9IC 3MNAA 4JSSA 1JD0A 4L5UA 4HF3A 4XZ5A 5G0CA 1RJ6A 4FPTA 1G3ZA 4DZ9A 4Z1NA 4HEYA 3RGEA 3VBDA 3SBHA 2X7SA 1EOUA 3M40A 1DMXA 4Q99A 4ZWXA 2O4ZA 1BICA 5AMGA 1OQ5A 3OY0A 3KOIA 4YVYA 3SBIA 2CBEA 4MDMA 1RZEA 2FMGA 5EOIA 3BL0A 2X7TA 5DSLA 4HEWA 5AMLA 3T83A 3U47A 1DCAA 1LGDA 2GEHA 4RUXA 3EFTA 3M14A 3MNJA 1FLJA 4K0ZA 5E2KA 1BNNA 3V7XA 4RH2A 1A42A 4QTLA 3M1WA 4E3FA 3FW3A 4FVOA 4ZWYA 1TBTX 5JG3B 3RZ0B 4LU3A 1HCBA 5DVXA 1XQ0A 2CBDA 4CACA 3DD0A 1LZVA 1TEQX 3F7UA 3P4VA 3V3IB 2CA2A 3MNIA 4MO8A 1DMYA 1CNIA 4YGKA 5DSPA 3OYSA 1FSNA 1CIMA 5FDCA 5EKMA 1YDBA 4Q7PA 1CVEA 4PZHA 2NXSA 3KLDB 4WR7A 12CAA 3V5GA 4Q0LA 3IAIA 1KOQA 4MLXA 3T85A 4IDRX 1LUGA 1CNWA 1HEAA 1KOPA 3S73B 4KNNA 1CNXA 4CNXA 1YDDA 4QSIA 1LG6A 3DCWA 2WEOA 1ZNCA 2QP6A 3MDZA 2HOCA 1FSQA 3NB5A 4JSZA 5EIJA 3HFPA 4HBAA 4YX4A 3RYJB 5CA2A 5FL6A 2VVBX 4ZX1A 1CNBA 3M2ZA 3D0NA 2NWZA 5DSOA 1DCBA 5FNHA 3S71B 1V9EA 5FL5A 3KS3A 1YDAA 4YGLA 4L5VA 2FOYA 4YGJA 5L6KA 5CACA 2HFWA 1IF9A 2QO8A 3RG4A 3NI5A 1FR7A 5BRUA 3U7CA 3MWOA 4K0SA 1CAMA 4CNRA 2CBCA 5FNIA 3TVOX 3KKXA 1HVAA 1T9NA 3MHCA 1G54A 4X5SA 1I9MA 3OIKA 1G0EA 4E4AA 4LHIA 4Q6DA 1BNWA 3B4FA 4COQA 1CAZA 1BV3A 1H9NA 1I9PA 1IF7A 1BNTA 2HKKA 5JQTA 4Q9YA 4YXOA 1CAHA 1IF4A 5E2SA 3PYKA 2EU2A 2NN1A 1I9LA 3BETA 1CVCA 5FLTA 4FL7A 1UGEA 1URTA 4N16A 4HU1A 2ABEA 1AM6A 2WD3A 4KAPA 1UGGA 4Q87A 2EU3A 4HEZA 3RZ1B 1YO1A 3M1QA 1I91A 4JS6A 4PQ7A 2CBBA 4Z0QA 5E2RA 1ZGEA 1CAOA 4TWLA 1KWRA 3DCCA 3N0NA 1IF5A 3P55A 5FNLA 1UGCA 4M2UA 3MNUA 5SZ0A 3M04A 3S72B 4UOVA 3RZ5A 5SZ4A 5FNKA 5LMDA 3S8XA 1ZH9A 4WW8A 5EHVA 5EZTX 1BNUA 4JSAA 1CA3A 5FLQA 3KOKA 2GD8A 3DD8A 2IT4A 1CRMA 3HKNA 3S77B 3TMJA 4XIXA 2HL4A 4L5WA 1FR4A 3C7PA 1TG3A 1XEGA 2FW4A 5A6HA 2EZ7A 3DC3A 4KV0A 4WL4A 3ZNCA 3IBUA 5EH8A 1H9QA 3OILA 4YWPA 1CCTA 4Q08A 1OKLA 3M1KA 5JG5B 3M3XA 1RAZA 3IBNA 3RYVB 4MLTA 3DA2A 3V3GB 4PXXA 1RZCA 3RLDA 9CA2A 1IF6A 2VVAX 3N3JA 3P44A 4QY3A 1UGAA 5G0BA 3HKQA 1HUHA 5FNMA 1YDCA 2WEJA 4MDLA 5DSIA 1UGDA 2NWYA 2CBAA 2POUA 4Q81A 5FLSA 1G46A 4RUZA 1XPZA 5JEGB 2H4NA 4RFDA 4CQ0A 1UGBA 4K13A 3GZ0A 4QSBA 4KP5A 4GL1X 3ML2A 3V2MA 1G53A 1THKA 1HECA 4KUYA 5SZ6A 1MOOA 5EH5A 5A25A 4QSAA 2W2JA 1CAJA 3CAJA 3DBUA 4R59A 2FNNA 4PYYA 3KONA 3D92A 4RIVA 5CJFA 2NMXA 3B1BA 4E5QA 4ZX0A 4R5BA 3S75B 1G48A 3HKUA 5EKJA 1CINA 5BYIA 3P58A 3RYXB 2X7UA 5JGTB 3CYUA 4ZWZA 1I9QA 2NXRA 5DSMA 3V3HB 3IBLA 4QK2A 4Z1JA 1G45A 2OSFA 5G01A 1ZE8A 4K1QA 1HEDA 3IGPA 1RZBA 4QK1A 1FQMA 3S78B 1G4OA 4M2RA 1Z93A 5EH7A 3IEOA 2NXTA 3JXGA 4KNJA 4QJ0A 4TWMA 1CNYA 1G1DA 1I9NA 5E5RA 4BF6A 4CNWA 5BRVA 3RZ7A 1AVNA 5G03A 4M2VA 1HUGA 1UGFA 5SZ2A 3SAXA 2FOSA 3T5UA 1OKNA 2WEGA 2WEHA 4QJWA 1FSRA 3KIGA 5JESB 2ILIA 4KNMA 1CANA 4LP6A 4MDGA 5JEPB 3R17B 1CRAA 3MHMA 4Z1KA 3DVBA 1BCDA 3P5LA 1F2WA 3S9TA 5EHEA 3F4XA 6CA2A 1ZSBA 2FOUA 8CA2A 4Q90A 4RIUA 4Z1EA 4FVNA 3W6HA 1ZFQA 2FNKA 5FL4A 1ZGFA 5SZ7A 3FFPX 3T84A 3CA2A 3V2JA 4ITPA 5E2NA 2POWA 5DSKA 3RZ8A 1FQNA 4R5AA 5IPZA 1CILA 1BN1A 4DZ7A 2FMZA 1JCZA 3ML5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BN3 A;  3MMF A;  4QIZ A;  1G6V A;  3HLJ A;  2HNC A;  3MHL A;  4K0T A;  7CA2 A;  3DVC A;  4QK3 A;  4KNI A;  2F14 A;  4WUP A;  5BNL A;  3T82 A;  1CCU A;  1Z97 A;  2AW1 A;  4XIW A;  1JV0 A;  3MHO A;  5JQ0 A;  4Q83 A;  2NN7 A;  1TEU X;  1G4J A;  1XEV A;  1ZSC A;  4WUQ A;  5FDI A;  3UYQ A;  4Q8Z A;  1CAK A;  3KNE A;  1G0F A;  1MUA A;  4QEF A;  2HD6 A;  5E28 A;  1RZD A;  3OIM A;  1RJ5 A;  5FLP A;  3L14 A;  3BL1 A;  1YO2 A;  3K34 A;  3NJ9 A;  1CAY A;  1CNG A;  5DOH A;  1HCA A;  4KP8 A;  3F8E A;  5FLO A;  4HT2 A;  2CAB A;  3MZC A;  1CVB A;  3OYQ A;  1LG5 A;  4HT0 A;  3W6I A;  1ZSA A;  3P3J A;  5HPJ A;  4CNV A;  4Q09 A;  3S74 B;  1CAI A;  4G7A A;  3DVD A;  1I8Z A;  3P3H A;  1TG9 A;  2Q38 A;  2H15 A;  3M98 A;  3KWA A;  2WD2 A;  4PYX A;  4Y0J A;  3M5T A;  3M5S A;  2OSM A;  3D8W A;  4YXU A;  4XE1 A;  4ITO A;  4E3D A;  3MHI A;  3K2F A;  4YGF A;  1G52 A;  4FU5 A;  4E49 A;  4QJP A;  4FIK A;  5BRW A;  4G0C A;  4CA2 A;  5FLR A;  3D93 A;  3DCS A;  3RYZ A;  4M2W A;  5EHW A;  5JGS B;  5E5U A;  4Q7S A;  3M2Y A;  3P5A A;  2Q1B A;  4KUV A;  4QSJ A;  3IBI A;  2NWO A;  1CNJ A;  1TTM A;  2FNM A;  4JSW A;  4MTY A;  1CAL A;  3OKU A;  4RFC A;  3DAZ A;  5E2M A;  5J8Z A;  2NNV A;  4QJX A;  4IWZ A;  3N2P A;  4Q7W A;  5JEH B;  4Q07 A;  5DOG A;  3PJJ A;  3MNH A;  4ILX A;  5FNJ A;  1I90 A;  1KEQ A;  5DSJ A;  1BNM A;  2AX2 A;  1CVH A;  4YHA A;  2NWP A;  4KUW A;  1CA2 A;  1CVD A;  3PO6 A;  1CCS A;  4RUY A;  5SZ3 A;  4XFW A;  5L3O A;  1TB0 X;  3M96 A;  3CZV A;  3OKV A;  4QJM A;  4E3H A;  3K7K A;  1CNK A;  1TE3 X;  3F7B A;  3QYK A;  1Y7W A;  5DSN A;  2NNS A;  3JXF A;  3LXE A;  1CNH A;  2QOA A;  1FQR A;  5DSR A;  1I9O A;  5JDV B;  4BF1 A;  4ETQ C;  1BNQ A;  1FQL A;  4YXI A;  5DRS A;  3UYN A;  1RAY A;  5AMD A;  5FNG A;  1CVF A;  4Q06 A;  3FE4 A;  4E9O X;  1J9W A;  3V3F A;  3U45 X;  2Q1Q A;  3TVN X;  1CZM A;  3JXH C;  3S97 A;  3EFI A;  5C8I A;  1CVA A;  4N0X B;  5EKH A;  1YO0 A;  3N4B A;  3M1J A;  4ZWI A;  3S76 A;  3R16 A;  4QIY A;  3RJ7 A;  3RYY A;  2NNG A;  3MNK A;  2FOV A;  2FOQ A;  4ZAO A;  4BCW A;  1BZM A;  3M67 A;  4WW6 A;  2NNO A;  3DV7 A;  1CNC A;  1RZA A;  3M2X A;  3T5Z A;  1TH9 A;  4E3G A;  1H4N A;  4RN4 A;  3ZP9 A;  3V3J A;  1AZM A;  1BN4 A;  3Q31 A;  3HKT A;  3MYQ A;  4Q7V A;  3U3A X;  3M5E A;  1ZFK A;  4Q78 A;  1KWQ A;  5SZ1 A;  4Q49 A;  2POV A;  5DSQ A;  5CLU A;  1BNV A;  4YYT A;  3DC9 A;  4QJO A;  3M2N A;  1HEB A;  4Q8X A;  3HS4 A;  2ZNC A;  3RG3 A;  1Z9Y A;  5SZ5 A;  1OKM A;  4Q6E A;  4C3T A;  3D9Z A;  4FRC A;  1IF8 A;  3SAP A;  4YGN A;  4Q8Y A;  1V9I C;  3MNA A;  4JSS A;  1JD0 A;  4L5U A;  4HF3 A;  4XZ5 A;  5G0C A;  1RJ6 A;  4FPT A;  1G3Z A;  4DZ9 A;  4Z1N A;  4HEY A;  3RGE A;  3VBD A;  3SBH A;  2X7S A;  1EOU A;  3M40 A;  1DMX A;  4Q99 A;  4ZWX A;  2O4Z A;  1BIC A;  5AMG A;  1OQ5 A;  3OY0 A;  3KOI A;  4YVY A;  3SBI A;  2CBE A;  4MDM A;  1RZE A;  2FMG A;  5EOI A;  3BL0 A;  2X7T A;  5DSL A;  4HEW A;  5AML A;  3T83 A;  3U47 A;  1DCA A;  1LGD A;  2GEH A;  4RUX A;  3EFT A;  3M14 A;  3MNJ A;  1FLJ A;  4K0Z A;  5E2K A;  1BNN A;  3V7X A;  4RH2 A;  1A42 A;  4QTL A;  3M1W A;  4E3F A;  3FW3 A;  4FVO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5G0CA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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