5JDV | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDWGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__466341133308096__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__466341133308096__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5JDV/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__466341133308096__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"466341133308096","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5JDV/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__466341133308096__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d013c8af46574b869c1c45e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d013c8af46574b869c1c45e/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Water-Restructuring Mutations Can Reverse the Thermodynamic Signature of Ligand Binding to Human Carbonic Anhydrase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	73
structure length	258
sequence length	258
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2016-04-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5jdvB00

1CVBA 5DSKA 4Z1EA 5G0BA 4TWMA 1I91A 2NNOA 3M1KA 1FQLA 5E2RA 1G46A 3IBUA 1CNGA 4QJOA 3RG4A 3V3FA 1BCDA 1BNQA 4MDMA 3DV7A 4L5VA 5EKMA 4MTYA 5EHVA 3DD0A 3KIGA 5E2MA 1FSRA 1KWQA 3RZ5A 4QSBA 1JD0A 4FRCA 4JSSA 1UGBA 3B4FA 3P44A 4Q8YA 1H4NA 1URTA 1BICA 3M67A 5JEGB 2FOSA 4PZHA 3T84A 1FQMA 4Q0LA 2X7TA 4Q6DA 5DSPA 4DZ9A 4WR7A 2QOAA 3T85A 1BN4A 4E3GA 1LGDA 4PQ7A 3IGPA 4KP8A 2OSFA 3N3JA 1UGAA 4Q08A 3SBIA 5DSJA 1YO2A 1CAOA 1V9EA 3HFPA 1KOPA 1OQ5A 3HS4A 3N2PA 3NJ9A 3TVOX 1LG6A 4ITPA 4WUPA 3RYYA 1TB0X 4ZAOA 2NMXA 4QSAA 3MHOA 5E2NA 5EH7A 1AVNA 3PYKA 5LMDA 3RYXB 4YGLA 2FOQA 5E28A 3RYZA 1UGDA 5L6KA 4QSIA 2CBAA 1I9NA 2QO8A 4WL4A 1THKA 1BNTA 3R17B 2FNNA 4MDLA 4R5BA 1CNJA 4ZWZA 4KV0A 1CZMA 3MHIA 3S73B 1V9IC 1I9PA 1UGEA 3EFTA 3MNIA 4N0XB 4Q78A 3PJJA 5FNHA 6CA2A 2HD6A 3RZ7A 4E49A 1EOUA 5JESB 2FOUA 4QJ0A 2NWPA 1OKLA 1CVEA 3MMFA 3BL0A 4Q7VA 1YO1A 1HCBA 1FQNA 5JEPB 3D9ZA 4Q06A 5A6HA 4Q83A 4BF6A 4MLTA 4WW8A 1G52A 3S71B 2NNSA 4CQ0A 3OIKA 3RZ0B 1CNYA 3HKNA 5AMLA 4JSAA 4XFWA 3T5ZA 2CBBA 4QTLA 3KOIA 1G0EA 2CABA 2W2JA 1H9NA 4Y0JA 3D93A 4IDRX 3DCSA 1IF6A 1CAJA 4R5AA 1A42A 1FSQA 4M2WA 3MZCA 3P58A 4CNXA 5FLSA 2POWA 1TEUX 1ZGEA 3C7PA 1Z93A 3M40A 5EZTX 3P3HA 5CJFA 1MUAA 5FL4A 1I9LA 3IBLA 3DC9A 5SZ6A 1YDCA 5FNGA 1UGCA 4RFCA 2NWYA 5FLTA 1CVDA 1CCTA 4Q8ZA 3V7XA 4ILXA 5FNMA 2Q38A 5EH5A 4E3HA 3DBUA 3JXFA 4M2UA 1CNWA 1LG5A 4Q7WA 1I9QA 3SBHA 4QSJA 5JG5B 5JQ0A 1BN3A 2ZNCA 3DCCA 1CVCA 5E5RA 4ZWIA 5SZ5A 2H4NA 4KNJA 3JXGA 3W6HA 3MNUA 3IAIA 1CAIA 1BNUA 7CA2A 2HL4A 3CAJA 4RUXA 3F7BA 2Q1BA 3DAZA 1TE3X 3D0NA 1FR7A 1IF9A 1BZMA 1YDDA 3OYQA 3KNEA 2WEHA 1TG3A 3V5GA 3OY0A 4JSZA 5FNIA 3V3GB 3IBIA 3RLDA 1AM6A 3V3HB 1CANA 3CYUA 5DOHA 1CA3A 4IWZA 3OIMA 1CVFA 3JXHC 1G45A 3M1WA 3M5EA 4KP5A 4QK3A 5FDIA 4RH2A 5DVXA 3LXEA 4ZWXA 4YVYA 1G4OA 1TBTX 3P5AA 4YGFA 3M98A 1ZE8A 4FU5A 1CAZA 4RUYA 4HU1A 4RN4A 5FNLA 4Q07A 3DVCA 4E4AA 3K7KA 4LU3A 4Q6EA 1TH9A 5HPJA 4MLXA 3T83A 4Q7PA 3T5UA 5L3OA 5DSQA 1RZEA 1XQ0A 3D92A 1FQRA 4YGJA 4XIXA 4BCWA 4BF1A 4YX4A 3M14A 1CCUA 3F4XA 4DZ7A 1JV0A 3RYJB 3UYQA 1Z9YA 3M2YA 1CRMA 12CAA 8CA2A 3KKXA 1G4JA 2NNVA 3MNKA 1KWRA 4K0SA 1HEBA 1CVAA 2FOVA 3M3XA 3TMJA 3UYNA 1CNKA 4Q7SA 2EZ7A 2NNGA 1UGFA 1CIMA 4QIYA 4Q99A 1TEQX 4K0TA 1IF5A 3OYSA 5BRUA 1HEDA 1CNXA 5FLOA 5JEHB 4YHAA 1I8ZA 3M96A 4MDGA 3M1JA 4PYXA 3KLDB 5SZ3A 2GEHA 4CNVA 4E5QA 1FLJA 4ETQC 2HNCA 3M2NA 3HKTA 4YGKA 3T82A 5FNKA 4QIZA 4HEZA 5DSRA 1FR4A 5DSMA 3V3JA 5JQTA 1KEQA 1G1DA 4YGNA 1JCZA 4GL1X 1ZGFA 5FLQA 3GZ0A 3KOKA 2WEGA 4UOVA 3S97A 1KOQA 4YYTA 2HKKA 9CA2A 3M2ZA 3KWAA 1YO0A 1I9OA 3CZVA 3MNAA 4FIKA 4MO8A 1IF4A 3P5LA 3HKQA 1DMXA 3IBNA 2NN7A 4HT2A 1I9MA 3DVBA 4WW6A 5BRWA 3CA2A 3B1BA 3OILA 3S8XA 2HOCA 5DSOA 1DCBA 5EHEA 1G6VA 3HKUA 4Z0QA 4ZWYA 3M5SA 3DVDA 3DCWA 3V2JA 3MWOA 1I90A 1RJ6A 3IEOA 1CNBA 1CAMA 1IF8A 1HUGA 2ABEA 3S75B 1CAKA 4PXXA 4HEYA 5E2SA 3DA2A 1AZMA 4YWPA 3RZ1B 1G48A 2NXSA 5EHWA 2VVBX 2ILIA 1HCAA 1T9NA 4KNIA 1HUHA 2CA2A 3NI5A 5SZ7A 5SZ4A 4K0ZA 2NXRA 1RAZA 4QJMA 1CILA 1HECA 3S72B 4RUZA 4Z1JA 2GD8A 3FFPX 3MHMA 3MNJA 2QP6A 4L5UA 1ZFQA 5IPZA 4CACA 1Z97A 2HFWA 5EKJA 4Q8XA 2FNMA 2POVA 3NB5A 1ZSBA 3DD8A 3PO6A 5DSNA 5DSLA 3N4BA 2VVAX 5SZ1A 3KS3A 4LP6A 1CRAA 4QK1A 1LZVA 1ZSCA 4L5WA 4Q90A 2FOYA 1CINA 4KUWA 3Q31A 3P3JA 3MHCA 5CA2A 1RZAA 1FSNA 3EFIA 1G54A 1CNIA 2NWZA 5DSIA 3M1QA 3OKUA 3ML5A 3MYQA 4CNWA 3RYVB 4XE1A 3TVNX 3FW3A 4K13A 5JGTB 4Q87A 5EOIA 4KAPA 1G3ZA 3S78B 1HVAA 2NXTA 5C8IA 1RZDA 1XPZA 3M5TA 3U45X 1RZCA 1XEVA 4WUQA 3V3IB 2EU3A 1CVHA 2WEOA 1Y7WA 2NWOA 2WD2A 5AMGA 3RZ8A 1YDAA 2AW1A 2CBEA 5CLUA 3QYKA 1CNHA 1BV3A 1XEGA 4R59A 4Z1KA 1CCSA 4XZ5A 1BNVA 3MHLA 3RG3A 1LUGA 1F2WA 4Q49A 3P4VA 5E5UA 4YXOA 3K2FA 4XIWA 3FE4A 1OKMA 4KNNA 5EH8A 4QJXA 1BNWA 1DCAA 2FW4A 2WEJA 1ZNCA 3K34A 4Z1NA 3MDZA 4HF3A 4QY3A 5G0CA 5JG3B 1TG9A 4QEFA 1RZBA 1ZH9A 3D8WA 5FL6A 4C3TA 3M2XA 4X5SA 4ZX0A 3S77B 5JDVB 5AMDA 4N16A 4M2RA 3S76A 5J8ZA 3ZNCA 4FL7A 2X7UA 3DC3A 3BL1A 1CAYA 5CACA 1CA2A 2H15A 5SZ0A 2NN1A 3SAPA 4M2VA 5BRVA 4G7AA 5DRSA 3U7CA 3HLJA 3L14A 3U47A 3N0NA 5EKHA 2POUA 4FVOA 4FPTA 3R16A 4K1QA 5FL5A 3ML2A 1J9WA 2FMGA 1G53A 3P55A 4HT0A 3F8EA 4FVNA 4RFDA 4E3DA 5FNJA 3BETA 1RJ5A 2IT4A 2O4ZA 2Q1QA 4COQA 3VBDA 3ZP9A 1BNMA 1HEAA 4G0CA 4RIUA 1G0FA 1CAHA 4KUYA 1ZFKA 3RGEA 1H9QA 3OKVA 4YXIA 4Q09A 2WD3A 5SZ2A 4RIVA 2CBCA 2CBDA 1TTMA 4QK2A 5G01A 1OKNA 4CNRA 4KUVA 5A25A 4Q81A 5G03A 4PYYA 4JSWA 3SAXA 1IF7A 1UGGA 5FLPA 5FDCA 1YDBA 3W6IA 3F7UA 4LHIA 1RAYA 4Q9YA 3V2MA 1BN1A 4QJWA 1MOOA 4YXUA 5JGSB 4ZX1A 1BNNA 4KNMA 4ITOA 5BNLA 2EU2A 2F14A 4E3FA 4CA2A 2AX2A 2FMZA 3RJ7A 4E9OX 3S9TA 5E2KA 3S74B 4HEWA 4JS6A 1CNCA 2FNKA 3U3AX 4QJPA 5EIJA 5FLRA 3M04A 1CALA 3KONA 5BYIA 2X7SA 5DOGA 1DMYA 3MNHA 2OSMA 1ZSAA 4TWLA 4HBAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CVB A;  5DSK A;  4Z1E A;  5G0B A;  4TWM A;  1I91 A;  2NNO A;  3M1K A;  1FQL A;  5E2R A;  1G46 A;  3IBU A;  1CNG A;  4QJO A;  3RG4 A;  3V3F A;  1BCD A;  1BNQ A;  4MDM A;  3DV7 A;  4L5V A;  5EKM A;  4MTY A;  5EHV A;  3DD0 A;  3KIG A;  5E2M A;  1FSR A;  1KWQ A;  3RZ5 A;  4QSB A;  1JD0 A;  4FRC A;  4JSS A;  1UGB A;  3B4F A;  3P44 A;  4Q8Y A;  1H4N A;  1URT A;  1BIC A;  3M67 A;  5JEG B;  2FOS A;  4PZH A;  3T84 A;  1FQM A;  4Q0L A;  2X7T A;  4Q6D A;  5DSP A;  4DZ9 A;  4WR7 A;  2QOA A;  3T85 A;  1BN4 A;  4E3G A;  1LGD A;  4PQ7 A;  3IGP A;  4KP8 A;  2OSF A;  3N3J A;  1UGA A;  4Q08 A;  3SBI A;  5DSJ A;  1YO2 A;  1CAO A;  1V9E A;  3HFP A;  1KOP A;  1OQ5 A;  3HS4 A;  3N2P A;  3NJ9 A;  3TVO X;  1LG6 A;  4ITP A;  4WUP A;  3RYY A;  1TB0 X;  4ZAO A;  2NMX A;  4QSA A;  3MHO A;  5E2N A;  5EH7 A;  1AVN A;  3PYK A;  5LMD A;  3RYX B;  4YGL A;  2FOQ A;  5E28 A;  3RYZ A;  1UGD A;  5L6K A;  4QSI A;  2CBA A;  1I9N A;  2QO8 A;  4WL4 A;  1THK A;  1BNT A;  3R17 B;  2FNN A;  4MDL A;  4R5B A;  1CNJ A;  4ZWZ A;  4KV0 A;  1CZM A;  3MHI A;  3S73 B;  1V9I C;  1I9P A;  1UGE A;  3EFT A;  3MNI A;  4N0X B;  4Q78 A;  3PJJ A;  5FNH A;  6CA2 A;  2HD6 A;  3RZ7 A;  4E49 A;  1EOU A;  5JES B;  2FOU A;  4QJ0 A;  2NWP A;  1OKL A;  1CVE A;  3MMF A;  3BL0 A;  4Q7V A;  1YO1 A;  1HCB A;  1FQN A;  5JEP B;  3D9Z A;  4Q06 A;  5A6H A;  4Q83 A;  4BF6 A;  4MLT A;  4WW8 A;  1G52 A;  3S71 B;  2NNS A;  4CQ0 A;  3OIK A;  3RZ0 B;  1CNY A;  3HKN A;  5AML A;  4JSA A;  4XFW A;  3T5Z A;  2CBB A;  4QTL A;  3KOI A;  1G0E A;  2CAB A;  2W2J A;  1H9N A;  4Y0J A;  3D93 A;  4IDR X;  3DCS A;  1IF6 A;  1CAJ A;  4R5A A;  1A42 A;  1FSQ A;  4M2W A;  3MZC A;  3P58 A;  4CNX A;  5FLS A;  2POW A;  1TEU X;  1ZGE A;  3C7P A;  1Z93 A;  3M40 A;  5EZT X;  3P3H A;  5CJF A;  1MUA A;  5FL4 A;  1I9L A;  3IBL A;  3DC9 A;  5SZ6 A;  1YDC A;  5FNG A;  1UGC A;  4RFC A;  2NWY A;  5FLT A;  1CVD A;  1CCT A;  4Q8Z A;  3V7X A;  4ILX A;  5FNM A;  2Q38 A;  5EH5 A;  4E3H A;  3DBU A;  3JXF A;  4M2U A;  1CNW A;  1LG5 A;  4Q7W A;  1I9Q A;  3SBH A;  4QSJ A;  5JG5 B;  5JQ0 A;  1BN3 A;  2ZNC A;  3DCC A;  1CVC A;  5E5R A;  4ZWI A;  5SZ5 A;  2H4N A;  4KNJ A;  3JXG A;  3W6H A;  3MNU A;  3IAI A;  1CAI A;  1BNU A;  7CA2 A;  2HL4 A;  3CAJ A;  4RUX A;  3F7B A;  2Q1B A;  3DAZ A;  1TE3 X;  3D0N A;  1FR7 A;  1IF9 A;  1BZM A;  1YDD A;  3OYQ A;  3KNE A;  2WEH A;  1TG3 A;  3V5G A;  3OY0 A;  4JSZ A;  5FNI A;  3V3G B;  3IBI A;  3RLD A;  1AM6 A;  3V3H B;  1CAN A;  3CYU A;  5DOH A;  1CA3 A;  4IWZ A;  3OIM A;  1CVF A;  3JXH C;  1G45 A;  3M1W A;  3M5E A;  4KP5 A;  4QK3 A;  5FDI A;  4RH2 A;  5DVX A;  3LXE A;  4ZWX A;  4YVY A;  1G4O A;  1TBT X;  3P5A A;  4YGF A;  3M98 A;  1ZE8 A;  4FU5 A;  1CAZ A;  4RUY A;  4HU1 A;  4RN4 A;  5FNL A;  4Q07 A;  3DVC A;  4E4A A;  3K7K A;  4LU3 A;  4Q6E A;  1TH9 A;  5HPJ A;  4MLX A;  3T83 A;  4Q7P A;  3T5U A;  5L3O A;  5DSQ A;  1RZE A;  1XQ0 A;  3D92 A;  1FQR A;  4YGJ A;  4XIX A;  4BCW A;  4BF1 A;  4YX4 A;  3M14 A;  1CCU A;  3F4X A;  4DZ7 A;  1JV0 A;  3RYJ B;  3UYQ A;  1Z9Y A;  3M2Y A;  1CRM A;  12CA A;  8CA2 A;  3KKX A;  1G4J A;  2NNV A;  3MNK A;  1KWR A;  4K0S A;  1HEB A;  1CVA A;  2FOV A;  3M3X A;  3TMJ A;  3UYN A;  1CNK A;  4Q7S A;  2EZ7 A;  2NNG A;  1UGF A;  1CIM A;  4QIY A;  4Q99 A;  1TEQ X;  4K0T A;  1IF5 A;  3OYS A;  5BRU A;  1HED A;  1CNX A;  5FLO A;  5JEH B;  4YHA A;  1I8Z A;  3M96 A;  4MDG A;  3M1J A;  4PYX A;  3KLD B;  5SZ3 A;  2GEH A;  4CNV A;  4E5Q A;  1FLJ A;  4ETQ C;  2HNC A;  3M2N A;  3HKT A;  4YGK A;  3T82 A;  5FNK A;  4QIZ A;  4HEZ A;  5DSR A;  1FR4 A;  5DSM A;  3V3J A;  5JQT A;  1KEQ A;  1G1D A;  4YGN A;  1JCZ A;  4GL1 X;  1ZGF A;  5FLQ A;  3GZ0 A;  3KOK A;  2WEG A;  4UOV A;  3S97 A;  1KOQ A;  4YYT A;  2HKK A;  9CA2 A;  3M2Z A;  3KWA A;  1YO0 A;  1I9O A;  3CZV A;  3MNA A;  4FIK A;  4MO8 A;  1IF4 A;  3P5L A;  3HKQ A;  1DMX A;  3IBN A;  2NN7 A;  4HT2 A;  1I9M A;  3DVB A;  4WW6 A;  5BRW A;  3CA2 A;  3B1B A;  3OIL A;  3S8X A;  2HOC A;  5DSO A;  1DCB A;  5EHE A;  1G6V A;  3HKU A;  4Z0Q A;  4ZWY A;  3M5S A;  3DVD A;  3DCW A;  3V2J A;  3MWO A;  1I90 A;  1RJ6 A;  3IEO A;  1CNB A;  1CAM A;  1IF8 A;  1HUG A;  2ABE A;  3S75 B;  1CAK A;  4PXX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5JDVB

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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