5JEH | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	259
structure length	259
Chain Sequence	AHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSATTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__591233064566676__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__591233064566676__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5JEH/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__591233064566676__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"591233064566676","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5JEH/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__591233064566676__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Water-Restructuring Mutations Can Reverse the Thermodynamic Signature of Ligand Binding to Human Carbonic Anhydrase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	75
structure length	259
sequence length	259
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2016-04-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5jehB00

1YO2A 1TG3A 4QK1A 4QSAA 1RZBA 4ZWYA 5SZ5A 3ML2A 5DSRA 3W6HA 2NWZA 1V9IC 3VBDA 5E2SA 4Q83A 5JEGB 3PJJA 3HFPA 4Q7WA 1AM6A 3HLJA 3KOKA 3RZ7A 1IF8A 2FW4A 3OKVA 4Q7VA 7CA2A 2POVA 3V3JA 5E28A 5FNLA 1UGCA 4K13A 1I9OA 5EHWA 3RZ5A 4ZX1A 1BNVA 1CRMA 3M14A 2NXSA 3MNJA 2FOUA 1CVHA 3KIGA 3S75B 4Z1KA 4Q81A 1FSRA 2NNGA 4PXXA 4UOVA 1CAYA 3TVNX 1I9MA 5FNMA 4YGKA 4M2RA 1HUGA 2HD6A 4YXOA 3KS3A 5DSNA 2NWOA 4WW6A 3ZNCA 2Q1QA 2X7SA 3MHLA 1CAIA 1UGDA 5DSLA 4ETQC 4YYTA 2VVAX 2Q38A 3DBUA 1HEAA 3QYKA 4YVYA 3DVBA 4KP8A 2FMZA 1TTMA 1KEQA 2NWPA 2WEOA 4MDMA 4XIXA 2ZNCA 2NWYA 1G0FA 1UGFA 2HFWA 3RG3A 1UGEA 1RZEA 5E2MA 1TG9A 4FIKA 1XQ0A 4Q7SA 3S77B 1T9NA 3M67A 2ABEA 3PO6A 3MWOA 3U7CA 3M96A 1MUAA 3U47A 2X7UA 5L6KA 3RYYA 2FNMA 3OY0A 4M2UA 3S76A 1CNKA 3HKNA 1FQMA 4Q0LA 1AZMA 3Q31A 5J8ZA 3EFTA 4PZHA 4IDRX 1HUHA 4Q6DA 3V7XA 1YO0A 1HCBA 3DVCA 4L5VA 4E4AA 4RUXA 4R5AA 1HEDA 2HOCA 5BRVA 1CA2A 3CAJA 4K1QA 4RUZA 4YHAA 2AX2A 1I90A 2EU3A 4N0XB 1OKMA 8CA2A 4Q08A 1YDCA 4E9OX 3U45X 5DSQA 3RLDA 1G1DA 4KNNA 1CVEA 4Z1EA 1IF5A 1XEVA 2NXTA 2WEHA 1ZGFA 2H15A 4WUPA 3C7PA 3MMFA 1ZFKA 3IGPA 2FNNA 3DAZA 3MYQA 3NJ9A 1Z9YA 4CA2A 1H9QA 1FSNA 1KOQA 3T83A 3S74B 3OYQA 1I9PA 5FL4A 4E3HA 1I91A 1LG6A 1FQLA 1RJ6A 3V2JA 4RUYA 5IPZA 3KNEA 1G52A 3KKXA 5BNLA 1G6VA 2POUA 5DOHA 3DV7A 2OSFA 1F2WA 1LZVA 1CAJA 3RJ7A 3N3JA 3RG4A 5E5UA 3S9TA 3V3IB 3T5ZA 3M5EA 4YWPA 4FVNA 1CNJA 1CINA 4G0CA 3KWAA 1CNXA 1BZMA 4HU1A 5FLRA 1XEGA 2Q1BA 4QJPA 3M1KA 1HCAA 1TEUX 1KWRA 3T82A 2ILIA 1JV0A 4JSWA 4G7AA 5FDCA 3JXGA 2NNSA 3IBNA 1RJ5A 5FL6A 4M2WA 4MDLA 3OKUA 4Q87A 5DSMA 1OKNA 3B4FA 2QOAA 1ZGEA 3EFIA 5A6HA 2VVBX 4KUWA 2GEHA 1BNMA 1URTA 4KNMA 2NXRA 1FQRA 1I8ZA 3T85A 5JQTA 4PQ7A 4R59A 4X5SA 5FNHA 3MNIA 5JDVB 4YGLA 5FLQA 3M2YA 1ZSCA 4Q49A 5DSOA 4ITOA 4PYYA 5FNKA 4E3FA 1I9NA 1TE3X 3DCSA 1AVNA 4LHIA 4Q99A 2HL4A 3S78B 4M2VA 3P3JA 4E3DA 4TWLA 1RAZA 4GL1X 1CAMA 5E2NA 1DCBA 1BV3A 4JSSA 4HF3A 5FL5A 3JXFA 1CNCA 5FLPA 5G01A 1JCZA 4DZ7A 3KOIA 1H4NA 1UGAA 3M98A 5EH5A 5E2KA 5EHEA 4L5UA 4ITPA 1ZFQA 4ZWIA 5EKJA 1CAZA 4KUVA 1ZH9A 2IT4A 3D8WA 3K2FA 4JSZA 4K0ZA 3N0NA 4Q9YA 1G0EA 4TWMA 4QSIA 2POWA 3U3AX 1I9QA 5JGTB 3BETA 4KV0A 4BCWA 1YDBA 5E5RA 5EH8A 4RN4A 1Z97A 5FNGA 4ZWXA 4HT0A 1IF4A 3V5GA 3P44A 3V3FA 3LXEA 1CVAA 2CABA 5AMDA 2QO8A 3P58A 1CNYA 3TVOX 4BF1A 1ZE8A 4XFWA 4CNVA 5G0BA 5DSPA 4ILXA 1TEQX 1YO1A 3DC9A 1RAYA 4BF6A 1IF7A 3M2NA 3B1BA 4YXIA 4K0TA 4RIUA 3HS4A 3SBHA 3F4XA 4FVOA 3V3GB 1XPZA 1OQ5A 1CIMA 4Z1JA 4JSAA 3SAPA 4HEZA 3IBUA 3F8EA 3RYXB 4QTLA 3IBLA 1ZNCA 4WL4A 1H9NA 5JESB 3CA2A 1CRAA 3K34A 2NNVA 1BNWA 1CCUA 2WEJA 3N2PA 4FU5A 1LG5A 5L3OA 3RYVB 3M3XA 3NI5A 5EIJA 1Z93A 5AMLA 5CJFA 3JXHC 12CAA 4Q07A 5G0CA 3R17B 3D0NA 1BCDA 5LMDA 4Q09A 4XIWA 1CA3A 1UGBA 5EKHA 1BNQA 4C3TA 3OYSA 2CA2A 4YX4A 3MHIA 1G3ZA 3S97A 2CBAA 2WEGA 4KNIA 4QJMA 1BN1A 1THKA 3MHMA 2HNCA 2W2JA 1CVCA 1Y7WA 4E3GA 3SBIA 5CA2A 1DMXA 1IF9A 1RZDA 1CNIA 1ZSAA 2CBEA 4HT2A 4QSBA 1G48A 4K0SA 4YXUA 1CAHA 3TMJA 4QJWA 1CNBA 3D93A 1CVFA 3T5UA 5DOGA 5JEPB 5JG3B 4FL7A 3N4BA 5EOIA 3DCWA 3M1JA 3CZVA 1TH9A 1CILA 3R16A 2NMXA 3W6IA 2AW1A 3DCCA 1LGDA 4N16A 3GZ0A 2EU2A 5SZ7A 4WW8A 4MTYA 1G53A 5FNJA 3MZCA 1CVBA 1CCSA 4FPTA 4QK2A 4HBAA 3P5LA 2QP6A 2NN1A 1G45A 4CNXA 2FOQA 2FMGA 4KUYA 1FSQA 3OILA 3MNUA 4QJXA 4QSJA 4Q78A 4RFCA 3DD8A 4Q8ZA 3KLDB 3IAIA 4QK3A 4YGJA 4Q90A 5CACA 1CALA 3HKTA 3M1QA 3RYJB 2X7TA 1FR7A 3MHOA 3MNKA 2WD2A 4ZWZA 2OSMA 3RYZA 3KONA 9CA2A 5SZ3A 4KP5A 5DSJA 5DSKA 2EZ7A 2FOVA 3MHCA 5HPJA 4LU3A 3IEOA 1A42A 5A25A 3M2XA 4MDGA 4Q06A 4Q7PA 2CBDA 3D9ZA 4RFDA 3F7UA 1RZAA 3DD0A 4WUQA 1DCAA 3K7KA 3S71B 3PYKA 5JQ0A 4Q6EA 3MNHA 1ZSBA 3HKQA 1CNWA 3D92A 2O4ZA 1KWQA 1BICA 4Q8XA 1RZCA 1BN4A 3M1WA 1G4OA 5JG5B 1CNGA 1G4JA 4MO8A 1LUGA 4CACA 5SZ6A 4MLTA 3M40A 1FR4A 6CA2A 3P3HA 4FRCA 1BNNA 1CNHA 1HECA 4Q8YA 1UGGA 5DRSA 5AMGA 1TBTX 4QIZA 2CBCA 4DZ9A 3DC3A 4YGNA 5EH7A 1FLJA 1G54A 5JGSB 5FLOA 3M2ZA 5E2RA 5CLUA 1JD0A 3L14A 4R5BA 3ZP9A 1BNTA 3MNAA 1I9LA 2HKKA 5EZTX 1G46A 4KNJA 1CANA 5FLSA 1HEBA 4XZ5A 3V2MA 3M04A 1CZMA 5DVXA 1CCTA 4XE1A 3P55A 4RIVA 3V3HB 3RGEA 1KOPA 2FOSA 5FNIA 3UYNA 3FW3A 4LP6A 3NB5A 5SZ4A 1HVAA 1YDAA 5BRUA 3ML5A 4ZAOA 2NNOA 4HEYA 4L5WA 1TB0X 1FQNA 4Z0QA 5DSIA 2WD3A 3S8XA 3S72B 5EKMA 2FNKA 5BYIA 5FDIA 3F7BA 3DVDA 3MDZA 3OIKA 5SZ0A 2NN7A 2F14A 1EOUA 5C8IA 3HKUA 4QIYA 1CAOA 1J9WA 4QY3A 4HEWA 1BNUA 1V9EA 1BN3A 1CAKA 4QJ0A 3UYQA 4Z1NA 4E49A 5JEHB 3T84A 5EHVA 3DA2A 3OIMA 2GD8A 3M5SA 2H4NA 5G03A 3CYUA 1CVDA 4WR7A 3BL1A 4MLXA 4ZX0A 3P5AA 4Y0JA 4YGFA 3S73B 3BL0A 1IF6A 3P4VA 5SZ1A 4PYXA 3RZ0B 3RZ1B 1YDDA 2CBBA 4COQA 3SAXA 1DMYA 2FOYA 4E5QA 5FLTA 4RH2A 1MOOA 4IWZA 3RZ8A 3FE4A 4CNRA 5BRWA 4JS6A 4QEFA 3IBIA 4QJOA 4KAPA 5SZ2A 4CNWA 3M5TA 4CQ0A 1OKLA 3FFPX
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YO2 A;  1TG3 A;  4QK1 A;  4QSA A;  1RZB A;  4ZWY A;  5SZ5 A;  3ML2 A;  5DSR A;  3W6H A;  2NWZ A;  1V9I C;  3VBD A;  5E2S A;  4Q83 A;  5JEG B;  3PJJ A;  3HFP A;  4Q7W A;  1AM6 A;  3HLJ A;  3KOK A;  3RZ7 A;  1IF8 A;  2FW4 A;  3OKV A;  4Q7V A;  7CA2 A;  2POV A;  3V3J A;  5E28 A;  5FNL A;  1UGC A;  4K13 A;  1I9O A;  5EHW A;  3RZ5 A;  4ZX1 A;  1BNV A;  1CRM A;  3M14 A;  2NXS A;  3MNJ A;  2FOU A;  1CVH A;  3KIG A;  3S75 B;  4Z1K A;  4Q81 A;  1FSR A;  2NNG A;  4PXX A;  4UOV A;  1CAY A;  3TVN X;  1I9M A;  5FNM A;  4YGK A;  4M2R A;  1HUG A;  2HD6 A;  4YXO A;  3KS3 A;  5DSN A;  2NWO A;  4WW6 A;  3ZNC A;  2Q1Q A;  2X7S A;  3MHL A;  1CAI A;  1UGD A;  5DSL A;  4ETQ C;  4YYT A;  2VVA X;  2Q38 A;  3DBU A;  1HEA A;  3QYK A;  4YVY A;  3DVB A;  4KP8 A;  2FMZ A;  1TTM A;  1KEQ A;  2NWP A;  2WEO A;  4MDM A;  4XIX A;  2ZNC A;  2NWY A;  1G0F A;  1UGF A;  2HFW A;  3RG3 A;  1UGE A;  1RZE A;  5E2M A;  1TG9 A;  4FIK A;  1XQ0 A;  4Q7S A;  3S77 B;  1T9N A;  3M67 A;  2ABE A;  3PO6 A;  3MWO A;  3U7C A;  3M96 A;  1MUA A;  3U47 A;  2X7U A;  5L6K A;  3RYY A;  2FNM A;  3OY0 A;  4M2U A;  3S76 A;  1CNK A;  3HKN A;  1FQM A;  4Q0L A;  1AZM A;  3Q31 A;  5J8Z A;  3EFT A;  4PZH A;  4IDR X;  1HUH A;  4Q6D A;  3V7X A;  1YO0 A;  1HCB A;  3DVC A;  4L5V A;  4E4A A;  4RUX A;  4R5A A;  1HED A;  2HOC A;  5BRV A;  1CA2 A;  3CAJ A;  4K1Q A;  4RUZ A;  4YHA A;  2AX2 A;  1I90 A;  2EU3 A;  4N0X B;  1OKM A;  8CA2 A;  4Q08 A;  1YDC A;  4E9O X;  3U45 X;  5DSQ A;  3RLD A;  1G1D A;  4KNN A;  1CVE A;  4Z1E A;  1IF5 A;  1XEV A;  2NXT A;  2WEH A;  1ZGF A;  2H15 A;  4WUP A;  3C7P A;  3MMF A;  1ZFK A;  3IGP A;  2FNN A;  3DAZ A;  3MYQ A;  3NJ9 A;  1Z9Y A;  4CA2 A;  1H9Q A;  1FSN A;  1KOQ A;  3T83 A;  3S74 B;  3OYQ A;  1I9P A;  5FL4 A;  4E3H A;  1I91 A;  1LG6 A;  1FQL A;  1RJ6 A;  3V2J A;  4RUY A;  5IPZ A;  3KNE A;  1G52 A;  3KKX A;  5BNL A;  1G6V A;  2POU A;  5DOH A;  3DV7 A;  2OSF A;  1F2W A;  1LZV A;  1CAJ A;  3RJ7 A;  3N3J A;  3RG4 A;  5E5U A;  3S9T A;  3V3I B;  3T5Z A;  3M5E A;  4YWP A;  4FVN A;  1CNJ A;  1CIN A;  4G0C A;  3KWA A;  1CNX A;  1BZM A;  4HU1 A;  5FLR A;  1XEG A;  2Q1B A;  4QJP A;  3M1K A;  1HCA A;  1TEU X;  1KWR A;  3T82 A;  2ILI A;  1JV0 A;  4JSW A;  4G7A A;  5FDC A;  3JXG A;  2NNS A;  3IBN A;  1RJ5 A;  5FL6 A;  4M2W A;  4MDL A;  3OKU A;  4Q87 A;  5DSM A;  1OKN A;  3B4F A;  2QOA A;  1ZGE A;  3EFI A;  5A6H A;  2VVB X;  4KUW A;  2GEH A;  1BNM A;  1URT A;  4KNM A;  2NXR A;  1FQR A;  1I8Z A;  3T85 A;  5JQT A;  4PQ7 A;  4R59 A;  4X5S A;  5FNH A;  3MNI A;  5JDV B;  4YGL A;  5FLQ A;  3M2Y A;  1ZSC A;  4Q49 A;  5DSO A;  4ITO A;  4PYY A;  5FNK A;  4E3F A;  1I9N A;  1TE3 X;  3DCS A;  1AVN A;  4LHI A;  4Q99 A;  2HL4 A;  3S78 B;  4M2V A;  3P3J A;  4E3D A;  4TWL A;  1RAZ A;  4GL1 X;  1CAM A;  5E2N A;  1DCB A;  1BV3 A;  4JSS A;  4HF3 A;  5FL5 A;  3JXF A;  1CNC A;  5FLP A;  5G01 A;  1JCZ A;  4DZ7 A;  3KOI A;  1H4N A;  1UGA A;  3M98 A;  5EH5 A;  5E2K A;  5EHE A;  4L5U A;  4ITP A;  1ZFQ A;  4ZWI A;  5EKJ A;  1CAZ A;  4KUV A;  1ZH9 A;  2IT4 A;  3D8W A;  3K2F A;  4JSZ A;  4K0Z A;  3N0N A;  4Q9Y A;  1G0E A;  4TWM A;  4QSI A;  2POW A;  3U3A X;  1I9Q A;  5JGT B;  3BET A;  4KV0 A;  4BCW A;  1YDB A;  5E5R A;  5EH8 A;  4RN4 A;  1Z97 A;  5FNG A;  4ZWX A;  4HT0 A;  1IF4 A;  3V5G A;  3P44 A;  3V3F A;  3LXE A;  1CVA A;  2CAB A;  5AMD A;  2QO8 A;  3P58 A;  1CNY A;  3TVO X;  4BF1 A;  1ZE8 A;  4XFW A;  4CNV A;  5G0B A;  5DSP A;  4ILX A;  1TEQ X;  1YO1 A;  3DC9 A;  1RAY A;  4BF6 A;  1IF7 A;  3M2N A;  3B1B A;  4YXI A;  4K0T A;  4RIU A;  3HS4 A;  3SBH A;  3F4X A;  4FVO A;  3V3G B;  1XPZ A;  1OQ5 A;  1CIM A;  4Z1J A;  4JSA A;  3SAP A;  4HEZ A;  3IBU A;  3F8E A;  3RYX B;  4QTL A;  3IBL A;  1ZNC A;  4WL4 A;  1H9N A;  5JES B;  3CA2 A;  1CRA A;  3K34 A;  2NNV A;  1BNW A;  1CCU A;  2WEJ A;  3N2P A;  4FU5 A;  1LG5 A;  5L3O A;  3RYV B;  3M3X A;  3NI5 A;  5EIJ A;  1Z93 A;  5AML A;  5CJF A;  3JXH C;  12CA A;  4Q07 A;  5G0C A;  3R17 B;  3D0N A;  1BCD A;  5LMD A;  4Q09 A;  4XIW A;  1CA3 A;  1UGB A;  5EKH A;  1BNQ A;  4C3T A;  3OYS A;  2CA2 A;  4YX4 A;  3MHI A;  1G3Z A;  3S97 A;  2CBA A;  2WEG A;  4KNI A;  4QJM A;  1BN1 A;  1THK A;  3MHM A;  2HNC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5JEHB

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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