5BRU | Genus

Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGMAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSMTTPPLLESVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKLRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__19454063274726652__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__19454063274726652__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5bru/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__19454063274726652__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"19454063274726652","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5bru/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__19454063274726652__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d041eadbc54dd3df8f777f4/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d041eadbc54dd3df8f777f4/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d041eadbc54dd3df8f777f4/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d041eadbc54dd3df8f777f4/pdb.gz): 343 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Homo sapiens
publication title	Improving the Catalytic Performance of an Artificial Metalloenzyme by Computational Design. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	78
structure length	258
sequence length	258
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-06-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5bruA00

5LMDA 3BL1A 3MNIA 3HS4A 5BRUA 1CRMA 3PJJA 2CA2A 4CNRA 1CINA 1ZH9A 1BNMA 4RH2A 1G48A 3SAPA 3V3FA 3U3AX 4CACA 2QP6A 1ZSBA 5BRWA 4Q6DA 4QK1A 2X7SA 4BF1A 2VVBX 4QJOA 2NWYA 3M1QA 4YVYA 1CAKA 3M1JA 3DBUA 3R16A 5EH5A 3VBDA 4YX4A 4QIYA 2F14A 5CJFA 3JXGA 1V9IC 2FNMA 4Q49A 3SAXA 4GL1X 4HEWA 4Q0LA 5JDVB 4RUYA 1RZDA 4QTLA 4YGLA 5CA2A 5EH8A 12CAA 1CZMA 4HT2A 4XIXA 5BYIA 1XPZA 2NN7A 3KNEA 3KONA 1YO1A 3T5UA 4PYYA 3RZ7A 5FLOA 3ZNCA 3F8EA 1T9NA 5DSJA 3P58A 4IWZA 2HNCA 4KNIA 2EU3A 3R17B 1BN4A 4PXXA 1TG9A 1Y7WA 2NWZA 3IBUA 5DRSA 3S76A 4E49A 4FVOA 5JGSB 3TVOX 5FDIA 1CNCA 2VVAX 4FRCA 3S72B 3MHLA 3HKUA 3V2JA 4FU5A 3DCSA 4PZHA 4JS6A 3MHMA 1CRAA 3M2NA 3RYXB 4ZWYA 1I9MA 4Q81A 3S97A 5SZ4A 3JXFA 4KNMA 4M2UA 1V9EA 5DOHA 5JQTA 1TH9A 4UOVA 4ETQC 4Q08A 3QYKA 3BL0A 1CVBA 1RZCA 1ZGFA 3OKUA 3DCCA 3RZ1B 3IBLA 5FL6A 3T83A 2POWA 1I9QA 4Q06A 5E5RA 1FSQA 4Z1JA 1IF7A 1YDAA 5JEHB 1IF9A 2HL4A 4RN4A 4CA2A 1CCTA 2EU2A 3CYUA 3KIGA 3SBIA 4CQ0A 2AW1A 5SZ2A 3K34A 4DZ7A 4Q07A 1G6VA 1HEDA 1CIMA 3HKQA 3RZ8A 4K0SA 4YGKA 1CILA 2WEHA 1Z9YA 1F2WA 5A25A 4Q8YA 4Q8XA 3OILA 3RYJB 3IBNA 5CACA 4QSBA 1AVNA 4Q99A 3HKNA 1KEQA 1G3ZA 4WW8A 4QJ0A 1XQ0A 5FLSA 1HCAA 4ITOA 1LUGA 2GD8A 4QSJA 2QO8A 5FNHA 4XZ5A 3CZVA 1G1DA 1I9NA 2NMXA 5DSIA 4RFCA 3MNAA 1BV3A 1CAOA 3KS3A 4M2VA 1TEUX 1JV0A 5SZ7A 5FL4A 5JG5B 1I9OA 5DOGA 1ZGEA 3DCWA 1Z93A 4K1QA 1CVFA 3DA2A 3F7UA 1RJ5A 4K13A 4Q78A 1HUHA 3M5EA 1JCZA 1CCSA 4PYXA 4HEYA 2OSMA 2FOUA 1RZAA 1CANA 1KWRA 1FSNA 3U7CA 4IDRX 1CAYA 5JEGB 4G0CA 5DSKA 4ILXA 3NI5A 2X7TA 3DAZA 1CAJA 4YHAA 3V3GB 1G0EA 4WR7A 3BETA 4JSAA 1FQNA 5L3OA 3P3JA 1CALA 1ZSAA 1EOUA 4HEZA 3N2PA 4HF3A 4JSZA 5G0CA 4QJPA 5EZTX 4RIVA 1TEQX 5EHWA 3OIMA 4KNNA 1CNJA 4WUQA 5DSNA 4YXOA 5BRVA 4E3FA 4FVNA 4CNXA 1ZE8A 4RUXA 1FR7A 2FOQA 2OSFA 5EKJA 1ZFQA 2WD2A 1DMYA 3MMFA 3MHIA 5E2SA 1LGDA 3TMJA 2FOVA 4Z1KA 2FMGA 5E2KA 2HFWA 2QOAA 4Q90A 4YGJA 3RZ0B 3RYVB 2WD3A 4Q9YA 3MWOA 5JG3B 3NJ9A 3MHOA 4LHIA 4RIUA 3DVCA 3F7BA 3UYQA 3GZ0A 4QJMA 1IF4A 3ML2A 1DMXA 4KP5A 1BNVA 1IF8A 1HECA 4XFWA 5AMLA 3P44A 3KOIA 1BNNA 5AMDA 2ZNCA 3T84A 4Z1EA 1HVAA 4ZX1A 2H4NA 3UYNA 2FW4A 1CA2A 3MDZA 3F4XA 1FSRA 2NNGA 3M2ZA 3EFIA 1BNUA 4KUWA 4LP6A 1MOOA 3T82A 4Q6EA 1IF6A 3V5GA 1ZFKA 5EKHA 5EIJA 2NWOA 3OYSA 5EOIA 5EHEA 3RYZA 1CAMA 3K7KA 4QK2A 3DVBA 4KNJA 1BICA 3MZCA 1OKLA 5EKMA 1TG3A 1UGEA 2NXSA 3MHCA 2X7UA 5J8ZA 3OY0A 1RJ6A 3IEOA 2CBBA 4Z1NA 1CNYA 3OYQA 1I91A 4M2WA 4N0XB 1FQLA 2FNKA 1G0FA 3D92A 5DSQA 2FOYA 5DSMA 1YO2A 4L5VA 4YXUA 1KOPA 4QSAA 4TWMA 5DSRA 1FR4A 1CAIA 4MTYA 4YXIA 3MNHA 4K0TA 3HLJA 1XEVA 1FLJA 1TE3X 4ZX0A 1BN3A 1G46A 3JXHC 2WEJA 3DV7A 2CABA 3ZP9A 4MLXA 3KLDB 5JEPB 3S74B 1UGFA 2NNVA 2IT4A 3KKXA 3OIKA 5FDCA 4XE1A 3K2FA 5FNKA 4WW6A 1I9LA 3KWAA 4Q7PA 3V3HB 1OKNA 4Q83A 2H15A 4Y0JA 3D9ZA 3V3IB 5SZ3A 2FOSA 5DSLA 3SBHA 4QY3A 1G4OA 3P5LA 4QSIA 4ZWIA 3L14A 1THKA 3OKVA 1UGGA 1ZNCA 1CA3A 3LXEA 4L5UA 1IF5A 1CNKA 3P4VA 1FQRA 3CAJA 5FNIA 5L6KA 5A6HA 4X5SA 3N3JA 3FE4A 3M04A 3M1KA 7CA2A 5DVXA 1H9QA 4DZ9A 5JQ0A 3M98A 1BNTA 1HCBA 2CBDA 2FMZA 4KV0A 5FL5A 9CA2A 4YYTA 3U45X 4G7AA 2Q1QA 2NWPA 5E2NA 4Q8ZA 1LG5A 2W2JA 1OKMA 3S78B 5G0BA 1HEAA 5DSOA 4QJWA 3MYQA 1UGBA 4E3HA 1FQMA 4CNVA 5SZ1A 3IGPA 3P55A 4C3TA 1CVHA 2HD6A 1DCAA 3DD8A 1G54A 5E5UA 5AMGA 4ITPA 3RJ7A 2NNSA 4JSWA 1CNIA 1KWQA 4QK3A 3S9TA 1UGCA 1TB0X 1A42A 3W6HA 3D0NA 4MO8A 3M2YA 4HT0A 1JD0A 1UGAA 4Q09A 1J9WA 4R59A 5JESB 4K0ZA 2AX2A 2O4ZA 3HFPA 3S77B 8CA2A 4XIWA 2EZ7A 2WEOA 4FL7A 1BNWA 2ABEA 5C8IA 3C7PA 3M67A 3B4FA 1G53A 1YDBA 3M40A 5FNJA 3ML5A 1CAHA 3V3JA 4COQA 1RZEA 1Z97A 3S75B 1BZMA 3M3XA 4KUVA 4BCWA 1CVCA 4QEFA 4Q7VA 3RG3A 1TBTX 4N16A 3P5AA 4JSSA 5SZ6A 1G4JA 4Q7SA 5G03A 3RYYA 1CNXA 4E3GA 3M14A 2NNOA 5FLRA 4Q7WA 1CNWA 4YGFA 1CNHA 1YDDA 1H4NA 2NXRA 1BCDA 5FLPA 2POUA 4ZWZA 4TWLA 1ZSCA 3DD0A 3IAIA 5FNMA 3MNJA 2Q38A 3DVDA 4E3DA 1G45A 4PQ7A 3S73B 1URTA 4KP8A 1KOQA 1DCBA 4Z0QA 5E28A 1LZVA 1RAYA 3RLDA 4RUZA 3Q31A 4RFDA 5FNGA 1CVAA 4MLTA 4R5BA 1YO0A 2NXTA 1I90A 3P3HA 3S8XA 3KOKA 4FIKA 3RZ5A 1HUGA 1MUAA 2HKKA 4WL4A 1YDCA 4E4AA 3MNKA 5CLUA 5G01A 3B1BA 1UGDA 1AZMA 5EHVA 3M1WA 5E2RA 2CBCA 3V2MA 3M5SA 1CAZA 3T5ZA 1XEGA 2POVA 4ZWXA 4E5QA 5BNLA 3HKTA 5HPJA 2CBAA 1BN1A 3N4BA 5DSPA 4M2RA 4YGNA 1CVDA 3FW3A 4HU1A 4MDGA 1AM6A 3CA2A 2CBEA 3V7XA 3RGEA 4FPTA 1H9NA 4E9OX 1LG6A 1RZBA 5SZ5A 3M2XA 1CNGA 1I8ZA 1I9PA 5IPZA 6CA2A 3IBIA 2NN1A 3M5TA 4ZAOA 2HOCA 5JGTB 1CNBA 2GEHA 3MNUA 4WUPA 5FLTA 2FNNA 2ILIA 3DC3A 1HEBA 3PO6A 4L5WA 4R5AA 3RG4A 4BF6A 3PYKA 1CCUA 1CVEA 4KUYA 3FFPX 3U47A 3TVNX 4MDLA 3D8WA 3DC9A 3EFTA 3NB5A 4MDMA 5EH7A 5FLQA 4CNWA 4QIZA 5E2MA 2Q1BA 3M96A 4YWPA 5FNLA 3W6IA 1TTMA 3N0NA 1G52A 4Q87A 2WEGA 1BNQA 1OQ5A 4QJXA 1RAZA 5SZ0A 4KAPA 3D93A 3S71B 3T85A 4LU3A 4HBAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5LMD A;  3BL1 A;  3MNI A;  3HS4 A;  5BRU A;  1CRM A;  3PJJ A;  2CA2 A;  4CNR A;  1CIN A;  1ZH9 A;  1BNM A;  4RH2 A;  1G48 A;  3SAP A;  3V3F A;  3U3A X;  4CAC A;  2QP6 A;  1ZSB A;  5BRW A;  4Q6D A;  4QK1 A;  2X7S A;  4BF1 A;  2VVB X;  4QJO A;  2NWY A;  3M1Q A;  4YVY A;  1CAK A;  3M1J A;  3DBU A;  3R16 A;  5EH5 A;  3VBD A;  4YX4 A;  4QIY A;  2F14 A;  5CJF A;  3JXG A;  1V9I C;  2FNM A;  4Q49 A;  3SAX A;  4GL1 X;  4HEW A;  4Q0L A;  5JDV B;  4RUY A;  1RZD A;  4QTL A;  4YGL A;  5CA2 A;  5EH8 A;  12CA A;  1CZM A;  4HT2 A;  4XIX A;  5BYI A;  1XPZ A;  2NN7 A;  3KNE A;  3KON A;  1YO1 A;  3T5U A;  4PYY A;  3RZ7 A;  5FLO A;  3ZNC A;  3F8E A;  1T9N A;  5DSJ A;  3P58 A;  4IWZ A;  2HNC A;  4KNI A;  2EU3 A;  3R17 B;  1BN4 A;  4PXX A;  1TG9 A;  1Y7W A;  2NWZ A;  3IBU A;  5DRS A;  3S76 A;  4E49 A;  4FVO A;  5JGS B;  3TVO X;  5FDI A;  1CNC A;  2VVA X;  4FRC A;  3S72 B;  3MHL A;  3HKU A;  3V2J A;  4FU5 A;  3DCS A;  4PZH A;  4JS6 A;  3MHM A;  1CRA A;  3M2N A;  3RYX B;  4ZWY A;  1I9M A;  4Q81 A;  3S97 A;  5SZ4 A;  3JXF A;  4KNM A;  4M2U A;  1V9E A;  5DOH A;  5JQT A;  1TH9 A;  4UOV A;  4ETQ C;  4Q08 A;  3QYK A;  3BL0 A;  1CVB A;  1RZC A;  1ZGF A;  3OKU A;  3DCC A;  3RZ1 B;  3IBL A;  5FL6 A;  3T83 A;  2POW A;  1I9Q A;  4Q06 A;  5E5R A;  1FSQ A;  4Z1J A;  1IF7 A;  1YDA A;  5JEH B;  1IF9 A;  2HL4 A;  4RN4 A;  4CA2 A;  1CCT A;  2EU2 A;  3CYU A;  3KIG A;  3SBI A;  4CQ0 A;  2AW1 A;  5SZ2 A;  3K34 A;  4DZ7 A;  4Q07 A;  1G6V A;  1HED A;  1CIM A;  3HKQ A;  3RZ8 A;  4K0S A;  4YGK A;  1CIL A;  2WEH A;  1Z9Y A;  1F2W A;  5A25 A;  4Q8Y A;  4Q8X A;  3OIL A;  3RYJ B;  3IBN A;  5CAC A;  4QSB A;  1AVN A;  4Q99 A;  3HKN A;  1KEQ A;  1G3Z A;  4WW8 A;  4QJ0 A;  1XQ0 A;  5FLS A;  1HCA A;  4ITO A;  1LUG A;  2GD8 A;  4QSJ A;  2QO8 A;  5FNH A;  4XZ5 A;  3CZV A;  1G1D A;  1I9N A;  2NMX A;  5DSI A;  4RFC A;  3MNA A;  1BV3 A;  1CAO A;  3KS3 A;  4M2V A;  1TEU X;  1JV0 A;  5SZ7 A;  5FL4 A;  5JG5 B;  1I9O A;  5DOG A;  1ZGE A;  3DCW A;  1Z93 A;  4K1Q A;  1CVF A;  3DA2 A;  3F7U A;  1RJ5 A;  4K13 A;  4Q78 A;  1HUH A;  3M5E A;  1JCZ A;  1CCS A;  4PYX A;  4HEY A;  2OSM A;  2FOU A;  1RZA A;  1CAN A;  1KWR A;  1FSN A;  3U7C A;  4IDR X;  1CAY A;  5JEG B;  4G0C A;  5DSK A;  4ILX A;  3NI5 A;  2X7T A;  3DAZ A;  1CAJ A;  4YHA A;  3V3G B;  1G0E A;  4WR7 A;  3BET A;  4JSA A;  1FQN A;  5L3O A;  3P3J A;  1CAL A;  1ZSA A;  1EOU A;  4HEZ A;  3N2P A;  4HF3 A;  4JSZ A;  5G0C A;  4QJP A;  5EZT X;  4RIV A;  1TEQ X;  5EHW A;  3OIM A;  4KNN A;  1CNJ A;  4WUQ A;  5DSN A;  4YXO A;  5BRV A;  4E3F A;  4FVN A;  4CNX A;  1ZE8 A;  4RUX A;  1FR7 A;  2FOQ A;  2OSF A;  5EKJ A;  1ZFQ A;  2WD2 A;  1DMY A;  3MMF A;  3MHI A;  5E2S A;  1LGD A;  3TMJ A;  2FOV A;  4Z1K A;  2FMG A;  5E2K A;  2HFW A;  2QOA A;  4Q90 A;  4YGJ A;  3RZ0 B;  3RYV B;  2WD3 A;  4Q9Y A;  3MWO A;  5JG3 B;  3NJ9 A;  3MHO A;  4LHI A;  4RIU A;  3DVC A;  3F7B A;  3UYQ A;  3GZ0 A;  4QJM A;  1IF4 A;  3ML2 A;  1DMX A;  4KP5 A;  1BNV A;  1IF8 A;  1HEC A;  4XFW A;  5AML A;  3P44 A;  3KOI A;  1BNN A;  5AMD A;  2ZNC A;  3T84 A;  4Z1E A;  1HVA A;  4ZX1 A;  2H4N A;  3UYN A;  2FW4 A;  1CA2 A;  3MDZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5BRUA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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