5CA2 | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	255
structure length	255
Chain Sequence	WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTSPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__237812497422228__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__237812497422228__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5ca2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__237812497422228__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"237812497422228","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5ca2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__237812497422228__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d042e8adc0b2038fcc670a7/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d042e8adc0b2038fcc670a7/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d042e8adc0b2038fcc670a7/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d042e8adc0b2038fcc670a7/pdb.gz): 1946 ms

reading 255 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

255 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:254});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
publication title	Conformational mobility of His-64 in the Thr-200----Ser mutant of human carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	75
structure length	255
sequence length	255
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1991-06-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5ca2A00

3MHOA 1UGCA 1CAMA 3ZP9A 4HEWA 1MOOA 1BCDA 4PYYA 5JESB 3FE4A 5E5RA 4TWLA 1FQNA 3QYKA 5CJFA 5BRUA 3DVDA 1G0FA 2FOQA 3DA2A 3M40A 1TEUX 3KLDB 2WEJA 3M1KA 1CVDA 3M5TA 1CAZA 5AMGA 4Q87A 1IF7A 4XIXA 5FLOA 1Z93A 4ZWZA 2FNNA 1IF9A 5DRSA 5EH8A 1YO2A 3PYKA 1BZMA 1G53A 4N0XB 3BETA 5JG3B 3SAPA 4QK3A 1CCSA 5FNMA 6CA2A 2NNVA 2CBCA 1BNWA 1BNTA 3M1WA 5FL4A 4RN4A 4Q07A 4JS6A 5JDVB 3V3HB 4Q7WA 1ZNCA 5DSLA 3ZNCA 3DC3A 3P4VA 2HFWA 5C8IA 2Q1BA 1I8ZA 1LGDA 4QEFA 5E5UA 4CNWA 1G48A 4JSWA 4E4AA 3KKXA 1G6VA 5FLSA 1CNYA 7CA2A 2GD8A 3RLDA 4QTLA 5L3OA 5LMDA 1JV0A 4HU1A 4HEZA 5FNGA 4ZWIA 1YDDA 4ZX0A 1FLJA 1CRMA 3S97A 3M5SA 3IEOA 4YVYA 3MNKA 2ILIA 3T84A 4YXOA 3R17B 2NWOA 3IBLA 1LUGA 3R16A 2O4ZA 3MHCA 3SAXA 4PXXA 1KWRA 4QJ0A 5A6HA 5SZ4A 1OKMA 4YXIA 2X7SA 3S72B 4QSJA 5EHWA 4Z1JA 3U3AX 4BF6A 5DOHA 5FL5A 4CACA 1CAOA 4QY3A 3RZ8A 3V2JA 2OSMA 1BN4A 4CNVA 5IPZA 1BNUA 4KNJA 2QO8A 3OILA 1Z9YA 1UGEA 1CNHA 1CVAA 4G0CA 5FLTA 3M2ZA 4ILXA 1V9EA 3RYYA 5DSQA 12CAA 3S8XA 1RZDA 3EFTA 3V2MA 1ZFQA 3S74B 2AW1A 1I90A 4Q09A 4Q83A 3N3JA 1CA2A 1CNBA 3D0NA 4Q7VA 4E49A 4QSIA 4M2VA 1RZAA 3P44A 4M2UA 5FNKA 5JG5B 5E2SA 2POVA 4K0SA 4YX4A 1DMYA 1G52A 4KNIA 2X7TA 4XZ5A 3C7PA 3M04A 8CA2A 1CANA 5FNLA 3TVNX 1YO1A 2CABA 4C3TA 5SZ2A 4Q8ZA 4Q7PA 4QJWA 4E9OX 5CLUA 2HL4A 3OIMA 1Z97A 2CBBA 3P5AA 3UYQA 2NXSA 3IAIA 1YDBA 1RZEA 1CNXA 1I9MA 4KUVA 3P55A 3M98A 1G4JA 1OKLA 1H9NA 3M5EA 4FVNA 4ETQC 4Q81A 1LZVA 4WR7A 1YO0A 3KONA 5DSIA 3MHMA 2F14A 3FFPX 2NNSA 3P3JA 3DD0A 3RJ7A 3CA2A 2POUA 4YGJA 2QOAA 4FU5A 3T85A 3N0NA 3MHIA 4ITOA 1DCBA 2FOYA 4Q06A 4COQA 5A25A 1G1DA 3W6HA 3RZ1B 3DCCA 5JGTB 1CVBA 2W2JA 1I9QA 3HKQA 4L5WA 3V7XA 5BYIA 5E2KA 5EZTX 5DSRA 3MNAA 4Q6EA 3IBNA 3CAJA 3HS4A 1HEDA 1ZGEA 5CACA 3RYJB 1TEQX 3IBIA 3MWOA 3B4FA 1IF6A 3OYSA 3LXEA 1RAZA 1Y7WA 3MMFA 2WD3A 1I9PA 2CBAA 2HNCA 5DSKA 3U47A 5BRVA 5JQTA 3ML2A 4CQ0A 1LG5A 1YDCA 2Q38A 2EU2A 3B1BA 3KS3A 1BN1A 3V3GB 1CAIA 4Q0LA 5FLQA 3N2PA 4R59A 5J8ZA 2FMZA 2QP6A 4QK1A 1HCBA 5JEPB 3RZ5A 3CZVA 4YYTA 1H9QA 5FDCA 3M2YA 4QIZA 4FRCA 1CA3A 1ZSCA 4RFDA 3RZ0B 4E3FA 4QK2A 4JSSA 4Q08A 2WEGA 4RIVA 5SZ0A 1I9OA 3U7CA 4Z1EA 4MLTA 4YWPA 1TG9A 4CNXA 4HBAA 2FOVA 3GZ0A 4L5UA 1TG3A 4JSAA 3NJ9A 5BRWA 4TWMA 4Q7SA 3KOKA 2NNOA 4QSAA 5FNHA 1BV3A 4Q90A 3OIKA 2OSFA 4G7AA 4ZWYA 3S77B 1HEBA 1BICA 4Z1KA 2GEHA 5DSJA 5JEHB 5JEGB 4YXUA 5EH5A 1ZH9A 4Q8YA 5E2MA 1T9NA 5G0BA 4Q9YA 1KOQA 1RAYA 1CNJA 2FMGA 2WEOA 3DV7A 4MLXA 5DSPA 3V3FA 4K1QA 3M2NA 1H4NA 4X5SA 1BNNA 1THKA 1I91A 4E5QA 1JD0A 1J9WA 3HKUA 1DCAA 4XIWA 2VVAX 3MNHA 3HFPA 3OKVA 1CRAA 1G46A 5E28A 2X7UA 3T82A 4WL4A 3RG3A 3RGEA 3VBDA 4L5VA 5EHEA 3FW3A 1KOPA 3D8WA 3M1JA 1V9IC 1AZMA 5G0CA 3DC9A 4FVOA 4KP5A 4M2RA 2CA2A 5EKJA 1FQRA 4UOVA 4E3GA 4JSZA 5AMLA 3CYUA 1KWQA 1FQMA 3TVOX 5SZ1A 3F4XA 4ITPA 4DZ9A 3F7UA 1URTA 4R5AA 1TH9A 4LHIA 1A42A 1XEGA 1HCAA 3KOIA 1OKNA 5EKHA 4RUZA 4E3DA 2EU3A 1FSQA 1RJ6A 1CALA 5FLPA 5FNJA 3S9TA 2NXTA 4RH2A 3V5GA 3K7KA 1EOUA 1AVNA 5SZ7A 4MDMA 4WUQA 5HPJA 1RZBA 2FNMA 1RZCA 4K13A 4IDRX 4YGNA 3K34A 2NN7A 3MNJA 3UYNA 4YGKA 3RYZA 1CZMA 3DAZA 1ZFKA 5JQ0A 2H15A 4Q6DA 2AX2A 1UGFA 3MNUA 1XQ0A 3S75B 1CNGA 2WD2A 1HUGA 1G54A 4GL1X 5EOIA 2Q1QA 3NI5A 4QJMA 3MHLA 5G01A 5DSMA 4Q78A 5SZ6A 4YHAA 5L6KA 1BNQA 4LP6A 4MO8A 5EH7A 1XPZA 3V3JA 4Q99A 2POWA 1UGAA 3HLJA 4KNMA 1IF8A 3L14A 5E2NA 1HVAA 4KP8A 4CNRA 2NWPA 4DZ7A 4FL7A 1FSRA 5EHVA 1CAYA 2HOCA 3SBHA 3T5UA 3TMJA 1CVHA 4HEYA 4PYXA 1XEVA 3JXHC 2FW4A 1G45A 3IBUA 3S78B 3KWAA 3M1QA 4M2WA 4KUWA 3SBIA 1CNIA 3M3XA 4Q49A 3HKTA 1IF5A 3DBUA 1I9LA 1ZE8A 4KNNA 5EKMA 4KAPA 3DD8A 4QJXA 4QJPA 3RZ7A 4RUXA 3M2XA 3MNIA 1CINA 1BNVA 2CBDA 3MZCA 4E3HA 3D92A 2H4NA 3M67A 3PJJA 5DOGA 5BNLA 1G3ZA 1TBTX 3KIGA 4HF3A 4LU3A 4PQ7A 3IGPA 3RG4A 2NWZA 4FIKA 4IWZA 3T83A 4WW8A 3W6IA 5G03A 4BF1A 1F2WA 2ABEA 1IF4A 5DVXA 4PZHA 3S73B 5AMDA 1CCUA 4YGLA 1BN3A 3Q31A 3D93A 1ZGFA 1YDAA 1OQ5A 1CVCA 3D9ZA 1CNKA 1KEQA 4Z1NA 3OY0A 4MDLA 3M14A 4WW6A 4ZX1A 1FSNA 1AM6A 2HD6A 2NWYA 3MYQA 3T5ZA 4CA2A 1CILA 3P3HA 3DVCA 2HKKA 1I9NA 3JXGA 3V3IB 1FR4A 4R5BA 1G0EA 2FOUA 3M96A 4MTYA 5JGSB 2FNKA 1FQLA 3P5LA 4N16A 3JXFA 4Y0JA 3NB5A 4HT0A 2ZNCA 1HECA 1G4OA 1LG6A 4MDGA 1CAHA 3S76A 1HUHA 2FOSA 1BNMA 2IT4A 3HKNA 4QSBA 1TB0X 3F7BA 1CVFA 5SZ3A 4KV0A 3S71B 4RUYA 4K0ZA 5SZ5A 1UGDA 3ML5A 2CBEA 1UGGA 5E2RA 3RYVB 4K0TA 4KUYA 5FL6A 4BCWA 1ZSAA 5CA2A 4YGFA 3RYXB 3OYQA 3P58A 3K2FA 4RIUA 1CVEA 1CNCA 3F8EA 1CAKA 2NN1A 4FPTA 2EZ7A 4Z0QA 2NNGA 1DMXA 3OKUA 1CAJA 4XE1A 3N4BA 5EIJA 3EFIA 1MUAA 3BL1A 3KNEA 3DCWA 1HEAA 5FLRA 4XFWA 3DCSA 1CCTA 4ZAOA 4ZWXA 3U45X 1ZSBA 1UGBA 1CNWA 4Q8XA 1CIMA 5DSOA 3PO6A 3BL0A 2VVBX 4WUPA 9CA2A 1TTMA 5DSNA 1RJ5A 2NMXA 1JCZA 2WEHA 3MDZA 4RFCA 3DVBA 5FNIA 4HT2A 4QIYA 5FDIA 1FR7A 1TE3X 4QJOA 2NXRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MHO A;  1UGC A;  1CAM A;  3ZP9 A;  4HEW A;  1MOO A;  1BCD A;  4PYY A;  5JES B;  3FE4 A;  5E5R A;  4TWL A;  1FQN A;  3QYK A;  5CJF A;  5BRU A;  3DVD A;  1G0F A;  2FOQ A;  3DA2 A;  3M40 A;  1TEU X;  3KLD B;  2WEJ A;  3M1K A;  1CVD A;  3M5T A;  1CAZ A;  5AMG A;  4Q87 A;  1IF7 A;  4XIX A;  5FLO A;  1Z93 A;  4ZWZ A;  2FNN A;  1IF9 A;  5DRS A;  5EH8 A;  1YO2 A;  3PYK A;  1BZM A;  1G53 A;  4N0X B;  3BET A;  5JG3 B;  3SAP A;  4QK3 A;  1CCS A;  5FNM A;  6CA2 A;  2NNV A;  2CBC A;  1BNW A;  1BNT A;  3M1W A;  5FL4 A;  4RN4 A;  4Q07 A;  4JS6 A;  5JDV B;  3V3H B;  4Q7W A;  1ZNC A;  5DSL A;  3ZNC A;  3DC3 A;  3P4V A;  2HFW A;  5C8I A;  2Q1B A;  1I8Z A;  1LGD A;  4QEF A;  5E5U A;  4CNW A;  1G48 A;  4JSW A;  4E4A A;  3KKX A;  1G6V A;  5FLS A;  1CNY A;  7CA2 A;  2GD8 A;  3RLD A;  4QTL A;  5L3O A;  5LMD A;  1JV0 A;  4HU1 A;  4HEZ A;  5FNG A;  4ZWI A;  1YDD A;  4ZX0 A;  1FLJ A;  1CRM A;  3S97 A;  3M5S A;  3IEO A;  4YVY A;  3MNK A;  2ILI A;  3T84 A;  4YXO A;  3R17 B;  2NWO A;  3IBL A;  1LUG A;  3R16 A;  2O4Z A;  3MHC A;  3SAX A;  4PXX A;  1KWR A;  4QJ0 A;  5A6H A;  5SZ4 A;  1OKM A;  4YXI A;  2X7S A;  3S72 B;  4QSJ A;  5EHW A;  4Z1J A;  3U3A X;  4BF6 A;  5DOH A;  5FL5 A;  4CAC A;  1CAO A;  4QY3 A;  3RZ8 A;  3V2J A;  2OSM A;  1BN4 A;  4CNV A;  5IPZ A;  1BNU A;  4KNJ A;  2QO8 A;  3OIL A;  1Z9Y A;  1UGE A;  1CNH A;  1CVA A;  4G0C A;  5FLT A;  3M2Z A;  4ILX A;  1V9E A;  3RYY A;  5DSQ A;  12CA A;  3S8X A;  1RZD A;  3EFT A;  3V2M A;  1ZFQ A;  3S74 B;  2AW1 A;  1I90 A;  4Q09 A;  4Q83 A;  3N3J A;  1CA2 A;  1CNB A;  3D0N A;  4Q7V A;  4E49 A;  4QSI A;  4M2V A;  1RZA A;  3P44 A;  4M2U A;  5FNK A;  5JG5 B;  5E2S A;  2POV A;  4K0S A;  4YX4 A;  1DMY A;  1G52 A;  4KNI A;  2X7T A;  4XZ5 A;  3C7P A;  3M04 A;  8CA2 A;  1CAN A;  5FNL A;  3TVN X;  1YO1 A;  2CAB A;  4C3T A;  5SZ2 A;  4Q8Z A;  4Q7P A;  4QJW A;  4E9O X;  5CLU A;  2HL4 A;  3OIM A;  1Z97 A;  2CBB A;  3P5A A;  3UYQ A;  2NXS A;  3IAI A;  1YDB A;  1RZE A;  1CNX A;  1I9M A;  4KUV A;  3P55 A;  3M98 A;  1G4J A;  1OKL A;  1H9N A;  3M5E A;  4FVN A;  4ETQ C;  4Q81 A;  1LZV A;  4WR7 A;  1YO0 A;  3KON A;  5DSI A;  3MHM A;  2F14 A;  3FFP X;  2NNS A;  3P3J A;  3DD0 A;  3RJ7 A;  3CA2 A;  2POU A;  4YGJ A;  2QOA A;  4FU5 A;  3T85 A;  3N0N A;  3MHI A;  4ITO A;  1DCB A;  2FOY A;  4Q06 A;  4COQ A;  5A25 A;  1G1D A;  3W6H A;  3RZ1 B;  3DCC A;  5JGT B;  1CVB A;  2W2J A;  1I9Q A;  3HKQ A;  4L5W A;  3V7X A;  5BYI A;  5E2K A;  5EZT X;  5DSR A;  3MNA A;  4Q6E A;  3IBN A;  3CAJ A;  3HS4 A;  1HED A;  1ZGE A;  5CAC A;  3RYJ B;  1TEQ X;  3IBI A;  3MWO A;  3B4F A;  1IF6 A;  3OYS A;  3LXE A;  1RAZ A;  1Y7W A;  3MMF A;  2WD3 A;  1I9P A;  2CBA A;  2HNC A;  5DSK A;  3U47 A;  5BRV A;  5JQT A;  3ML2 A;  4CQ0 A;  1LG5 A;  1YDC A;  2Q38 A;  2EU2 A;  3B1B A;  3KS3 A;  1BN1 A;  3V3G B;  1CAI A;  4Q0L A;  5FLQ A;  3N2P A;  4R59 A;  5J8Z A;  2FMZ A;  2QP6 A;  4QK1 A;  1HCB A;  5JEP B;  3RZ5 A;  3CZV A;  4YYT A;  1H9Q A;  5FDC A;  3M2Y A;  4QIZ A;  4FRC A;  1CA3 A;  1ZSC A;  4RFD A;  3RZ0 B;  4E3F A;  4QK2 A;  4JSS A;  4Q08 A;  2WEG A;  4RIV A;  5SZ0 A;  1I9O A;  3U7C A;  4Z1E A;  4MLT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5CA2A

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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