6CA2 | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	255
structure length	255
Chain Sequence	WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAFLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__571158982763254__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__571158982763254__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/6ca2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__571158982763254__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"571158982763254","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/6ca2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__571158982763254__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d075d7e267420b5b6fb30a5/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d075d7e267420b5b6fb30a5/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d075d7e267420b5b6fb30a5/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d075d7e267420b5b6fb30a5/pdb.gz): 1057 ms

reading 255 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

255 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:254});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
publication title	Engineering the hydrophobic pocket of carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	77
structure length	255
sequence length	255
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1991-07-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	6ca2A00

5FNIA 3T82A 4MLXA 1TH9A 4M2UA 4FVOA 1OQ5A 4Q6DA 4IWZA 1CILA 2POUA 2X7SA 4R59A 3D8WA 3OKUA 5DSPA 4QJ0A 1JD0A 1HUHA 4HT2A 1UGDA 2HFWA 3NB5A 5EKHA 3BL1A 5G0BA 3HKQA 5E5RA 1BNTA 1CVEA 2W2JA 4KUWA 1TB0X 3MHIA 3UYNA 4L5VA 5JDVB 3OY0A 3DAZA 1OKNA 5LMDA 1BNUA 5BNLA 1IF4A 2Q38A 5EKMA 4MDGA 4Q0LA 3C7PA 5EHVA 5FL5A 3T5ZA 4QY3A 1I9LA 2OSMA 4M2VA 4Q7VA 3S75B 1BNNA 2OSFA 5SZ7A 3HLJA 3PYKA 1TG9A 1J9WA 3HFPA 4YGNA 1FQMA 5FLPA 1CANA 1BNQA 1CA2A 2NN1A 3F8EA 1CVFA 3RGEA 3N4BA 3V2MA 4YWPA 1RJ5A 1IF8A 1CNGA 3IBLA 5SZ6A 1V9IC 1RZEA 3JXFA 4LU3A 3VBDA 4RUYA 1LUGA 5IPZA 4Q83A 2EZ7A 1FSNA 1CCUA 5EIJA 4R5BA 2NNOA 1FSRA 5E2RA 4Y0JA 1YDAA 3DBUA 5DSIA 3BETA 1Z93A 4E4AA 5JEHB 3MNIA 3P5AA 4KP5A 3MNUA 3DD8A 2FOVA 3RYYA 4CNRA 5EH5A 4KV0A 3CAJA 5SZ3A 5E5UA 3P4VA 1LGDA 1XQ0A 4QK2A 9CA2A 3KONA 1AVNA 3V3IB 4Q08A 1TEUX 4ETQC 1CNHA 1BNVA 2FNNA 1BN3A 2FOUA 3MNKA 1H4NA 4YX4A 1H9QA 1UGBA 3RYVB 1TTMA 4DZ7A 3IAIA 1HCAA 4FU5A 1CRMA 1G3ZA 1YDDA 4HBAA 3F4XA 3RYZA 3KOIA 3KOKA 1F2WA 4G7AA 5FLTA 4QJWA 2WEHA 3B1BA 5CLUA 3S71B 1RZBA 3RZ7A 5FLSA 1Z97A 4PXXA 3CYUA 5JGSB 5HPJA 3M5SA 3R16A 4QSAA 3SAPA 3DVDA 5JEGB 3DVCA 3MZCA 4QJOA 3L14A 3T83A 5EHEA 4RUZA 1FQRA 2QP6A 2O4ZA 3MNAA 4Z1NA 3PO6A 3BL0A 4QTLA 4L5WA 5EHWA 3M2YA 3EFTA 1G45A 2FNMA 3RG4A 3PJJA 3DCWA 5BYIA 1FR4A 1AM6A 1CIMA 1IF7A 4YGJA 2GD8A 4HEZA 2FMGA 5DSNA 3DCSA 5DSOA 3RG3A 5E2SA 4JS6A 3U47A 1CRAA 2AW1A 5E28A 4COQA 4CACA 5FNJA 1KEQA 3IBUA 3M2XA 3S9TA 3MWOA 1CNBA 5DSJA 3M14A 3U7CA 4HT0A 1BZMA 4YGLA 3DCCA 5DSQA 1CAMA 1HECA 1EOUA 4ZX1A 1FQLA 3K2FA 4UOVA 4Q8XA 3V3JA 1FR7A 3RJ7A 3KKXA 1BN1A 3F7UA 1LG6A 1CAJA 5L3OA 1I90A 5EH8A 2HD6A 1YO1A 2FW4A 4WW8A 4ZAOA 4TWMA 3M3XA 1YDCA 2NWZA 3LXEA 4Q09A 1BV3A 7CA2A 4XIWA 4PYXA 4QIYA 2VVAX 4X5SA 3ML2A 1G4JA 1HUGA 3T84A 2VVBX 1OKLA 3MHCA 4Q90A 2CBAA 4Q78A 5EKJA 5FNKA 3ZNCA 3U45X 1DMXA 2NWPA 1G52A 1G4OA 3V3HB 1KOPA 3HKUA 5EOIA 3MMFA 4YXOA 3CA2A 1I9QA 1JV0A 3JXHC 4KP8A 5FLOA 3S74B 3IEOA 3FE4A 4E3GA 3KNEA 1BICA 5JESB 3HKNA 4JSZA 4MDMA 5CA2A 1CNWA 1UGGA 1ZGEA 3D92A 4Q07A 4CNXA 3P44A 3M04A 5DRSA 5EZTX 3UYQA 4QSIA 1T9NA 3T5UA 3KWAA 1CVHA 3Q31A 5E2KA 4PZHA 4RFDA 3NI5A 3U3AX 2WEGA 2NWOA 5DOGA 1CNJA 1CVCA 4XE1A 5E2MA 3T85A 5C8IA 5FLRA 4YXUA 1CVDA 3P3HA 8CA2A 3HKTA 5EH7A 1I9PA 4ZWXA 5CJFA 5JG5B 4RUXA 3P58A 4HF3A 1YO2A 4K0SA 4QIZA 5FNHA 4QK1A 2FOYA 3EFIA 2NXSA 1RJ6A 4CNVA 3S72B 5JG3B 1ZFKA 1G54A 3DC3A 4WUQA 4E3FA 3IGPA 3M2ZA 3RZ8A 5DSKA 3GZ0A 3K7KA 1DCAA 3M1WA 1HVAA 1CAYA 3V7XA 4E3DA 3OIMA 3DV7A 4FIKA 4XFWA 1XEVA 1THKA 4ITPA 5JQTA 1HEAA 3DVBA 3N3JA 4HEWA 3P55A 1I9NA 4JSWA 4K0ZA 3V3GB 2CBDA 3V3FA 3W6IA 3S97A 1FLJA 4RFCA 1IF5A 2NMXA 3RLDA 1G53A 3KIGA 4WUPA 2WEOA 3IBNA 4N16A 4WL4A 2CA2A 3MYQA 4LP6A 3V5GA 3IBIA 1BCDA 3KLDB 1ZE8A 1CAIA 3M96A 2FMZA 3RZ1B 1CVAA 1ZH9A 5G01A 1CNCA 2Q1QA 5FDIA 5BRVA 4Q99A 1Y7WA 3OKVA 1CVBA 1UGCA 4M2RA 5BRUA 1HEBA 2WEJA 4YVYA 4MO8A 5SZ2A 1CNYA 1LG5A 3P3JA 5G0CA 3D0NA 2QO8A 2HNCA 5FLQA 3DD0A 4E9OX 1KWRA 3MHMA 4XZ5A 1CCTA 4CA2A 1KWQA 1FSQA 3M67A 2Q1BA 2WD2A 4K1QA 4KUYA 1G0FA 4BF1A 4LHIA 1IF9A 1IF6A 2ABEA 3P5LA 3MHLA 4ILXA 1BNMA 2POVA 3ML5A 4XIXA 1YDBA 1CA3A 3TVOX 1RZAA 1RZCA 2NWYA 4Z1KA 2ILIA 1TG3A 4E5QA 5SZ5A 3TMJA 4KNIA 1XEGA 2NNVA 1CINA 1V9EA 4MLTA 3OILA 4Q7WA 2FOSA 5FDCA 1CNXA 1DCBA 4G0CA 4Z1JA 1CAOA 4Q7SA 4MDLA 3MNJA 1FQNA 3M5TA 3S8XA 1I8ZA 4L5UA 1CCSA 1HCBA 4Q9YA 12CAA 4HEYA 4FRCA 4K13A 1I91A 3M5EA 3S76A 5SZ1A 5A25A 3NJ9A 3QYKA 3V2JA 2CBEA 3RZ5A 2AX2A 2H4NA 4KNJA 4IDRX 4KUVA 2H15A 4N0XB 3OYQA 1JCZA 1ZSAA 5JQ0A 1RZDA 5DSLA 4QJXA 1HEDA 1BN4A 1RAYA 2FNKA 3M98A 1ZSCA 4RIUA 2F14A 4CNWA 1MOOA 4QJPA 4PQ7A 4E3HA 2EU2A 2FOQA 5J8ZA 1URTA 3S77B 1TE3X 4QJMA 4Z1EA 2NXRA 3ZP9A 4QSJA 3HS4A 4FPTA 3N0NA 2ZNCA 3OIKA 3K34A 2WD3A 1BNWA 1RAZA 1TBTX 4Q06A 4QSBA 2IT4A 4Q49A 4Q6EA 2NNGA 2X7TA 5JEPB 4YGFA 1Z9YA 6CA2A 1CAZA 3N2PA 5DVXA 4ZWIA 3M2NA 3B4FA 4Z0QA 5DOHA 1TEQX 1DMYA 4Q8YA 5BRWA 1CZMA 1OKMA 1I9OA 4QEFA 5DSMA 3MHOA 5FNGA 4WW6A 1CNKA 1UGEA 5FL4A 1YO0A 5FNLA 3RYJB 1G6VA 3S73B 5L6KA 1G46A 3DC9A 5AMDA 2NN7A 1AZMA 5SZ4A 4C3TA 2CBBA 3SBIA 4DZ9A 4R5AA 5FL6A 5AMGA 4CQ0A 1XPZA 4QK3A 3OYSA 1KOQA 4ZX0A 5E2NA 4KNNA 3MNHA 4K0TA 4TWLA 1UGAA 3D93A 4YYTA 4Q7PA 1G0EA 5A6HA 2CBCA 4JSAA 4KAPA 2HOCA 4FL7A 4ZWZA 3D9ZA 3FFPX 3TVNX 4FVNA 4BCWA 4YHAA 3R17B 1CALA 1G1DA 5FNMA 4ITOA 3SBHA 3RZ0B 4YGKA 1ZNCA 3MDZA 3M1JA 5SZ0A 4E49A 1LZVA 2X7UA 1CAKA 4Q87A 3W6HA 5JGTB 2HKKA 3KS3A 3RYXB 2GEHA 1CAHA 5DSRA 4RH2A 4GL1X 4RIVA 3M40A 3FW3A 2CABA 2POWA 4HU1A 5G03A 3SAXA 4ZWYA 3DA2A 4KNMA 4MTYA 1CNIA 4Q8ZA 3S78B 1ZSBA 4PYYA 1MUAA 2EU3A 2QOAA 1UGFA 5CACA 4RN4A 4M2WA 3JXGA 1I9MA 3M1KA 4YXIA 3M1QA 4BF6A 4JSSA 1ZFQA 1G48A 2HL4A 3F7BA 1A42A 4Q81A 1ZGFA 5AMLA 1H9NA 3CZVA 2NXTA 4WR7A 2NNSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5FNI A;  3T82 A;  4MLX A;  1TH9 A;  4M2U A;  4FVO A;  1OQ5 A;  4Q6D A;  4IWZ A;  1CIL A;  2POU A;  2X7S A;  4R59 A;  3D8W A;  3OKU A;  5DSP A;  4QJ0 A;  1JD0 A;  1HUH A;  4HT2 A;  1UGD A;  2HFW A;  3NB5 A;  5EKH A;  3BL1 A;  5G0B A;  3HKQ A;  5E5R A;  1BNT A;  1CVE A;  2W2J A;  4KUW A;  1TB0 X;  3MHI A;  3UYN A;  4L5V A;  5JDV B;  3OY0 A;  3DAZ A;  1OKN A;  5LMD A;  1BNU A;  5BNL A;  1IF4 A;  2Q38 A;  5EKM A;  4MDG A;  4Q0L A;  3C7P A;  5EHV A;  5FL5 A;  3T5Z A;  4QY3 A;  1I9L A;  2OSM A;  4M2V A;  4Q7V A;  3S75 B;  1BNN A;  2OSF A;  5SZ7 A;  3HLJ A;  3PYK A;  1TG9 A;  1J9W A;  3HFP A;  4YGN A;  1FQM A;  5FLP A;  1CAN A;  1BNQ A;  1CA2 A;  2NN1 A;  3F8E A;  1CVF A;  3RGE A;  3N4B A;  3V2M A;  4YWP A;  1RJ5 A;  1IF8 A;  1CNG A;  3IBL A;  5SZ6 A;  1V9I C;  1RZE A;  3JXF A;  4LU3 A;  3VBD A;  4RUY A;  1LUG A;  5IPZ A;  4Q83 A;  2EZ7 A;  1FSN A;  1CCU A;  5EIJ A;  4R5B A;  2NNO A;  1FSR A;  5E2R A;  4Y0J A;  1YDA A;  3DBU A;  5DSI A;  3BET A;  1Z93 A;  4E4A A;  5JEH B;  3MNI A;  3P5A A;  4KP5 A;  3MNU A;  3DD8 A;  2FOV A;  3RYY A;  4CNR A;  5EH5 A;  4KV0 A;  3CAJ A;  5SZ3 A;  5E5U A;  3P4V A;  1LGD A;  1XQ0 A;  4QK2 A;  9CA2 A;  3KON A;  1AVN A;  3V3I B;  4Q08 A;  1TEU X;  4ETQ C;  1CNH A;  1BNV A;  2FNN A;  1BN3 A;  2FOU A;  3MNK A;  1H4N A;  4YX4 A;  1H9Q A;  1UGB A;  3RYV B;  1TTM A;  4DZ7 A;  3IAI A;  1HCA A;  4FU5 A;  1CRM A;  1G3Z A;  1YDD A;  4HBA A;  3F4X A;  3RYZ A;  3KOI A;  3KOK A;  1F2W A;  4G7A A;  5FLT A;  4QJW A;  2WEH A;  3B1B A;  5CLU A;  3S71 B;  1RZB A;  3RZ7 A;  5FLS A;  1Z97 A;  4PXX A;  3CYU A;  5JGS B;  5HPJ A;  3M5S A;  3R16 A;  4QSA A;  3SAP A;  3DVD A;  5JEG B;  3DVC A;  3MZC A;  4QJO A;  3L14 A;  3T83 A;  5EHE A;  4RUZ A;  1FQR A;  2QP6 A;  2O4Z A;  3MNA A;  4Z1N A;  3PO6 A;  3BL0 A;  4QTL A;  4L5W A;  5EHW A;  3M2Y A;  3EFT A;  1G45 A;  2FNM A;  3RG4 A;  3PJJ A;  3DCW A;  5BYI A;  1FR4 A;  1AM6 A;  1CIM A;  1IF7 A;  4YGJ A;  2GD8 A;  4HEZ A;  2FMG A;  5DSN A;  3DCS A;  5DSO A;  3RG3 A;  5E2S A;  4JS6 A;  3U47 A;  1CRA A;  2AW1 A;  5E28 A;  4COQ A;  4CAC A;  5FNJ A;  1KEQ A;  3IBU A;  3M2X A;  3S9T A;  3MWO A;  1CNB A;  5DSJ A;  3M14 A;  3U7C A;  4HT0 A;  1BZM A;  4YGL A;  3DCC A;  5DSQ A;  1CAM A;  1HEC A;  1EOU A;  4ZX1 A;  1FQL A;  3K2F A;  4UOV A;  4Q8X A;  3V3J A;  1FR7 A;  3RJ7 A;  3KKX A;  1BN1 A;  3F7U A;  1LG6 A;  1CAJ A;  5L3O A;  1I90 A;  5EH8 A;  2HD6 A;  1YO1 A;  2FW4 A;  4WW8 A;  4ZAO A;  4TWM A;  3M3X A;  1YDC A;  2NWZ A;  3LXE A;  4Q09 A;  1BV3 A;  7CA2 A;  4XIW A;  4PYX A;  4QIY A;  2VVA X;  4X5S A;  3ML2 A;  1G4J A;  1HUG A;  3T84 A;  2VVB X;  1OKL A;  3MHC A;  4Q90 A;  2CBA A;  4Q78 A;  5EKJ A;  5FNK A;  3ZNC A;  3U45 X;  1DMX A;  2NWP A;  1G52 A;  1G4O A;  3V3H B;  1KOP A;  3HKU A;  5EOI A;  3MMF A;  4YXO A;  3CA2 A;  1I9Q A;  1JV0 A;  3JXH C;  4KP8 A;  5FLO A;  3S74 B;  3IEO A;  3FE4 A;  4E3G A;  3KNE A;  1BIC A;  5JES B;  3HKN A;  4JSZ A;  4MDM A;  5CA2 A;  1CNW A;  1UGG A;  1ZGE A;  3D92 A;  4Q07 A;  4CNX A;  3P44 A;  3M04 A;  5DRS A;  5EZT X;  3UYQ A;  4QSI A;  1T9N A;  3T5U A;  3KWA A;  1CVH A;  3Q31 A;  5E2K A;  4PZH A; 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6CA2A

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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