7CA2 | Genus

Total Genus 74

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	255
structure length	255
Chain Sequence	WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAGLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__690157314514478__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__690157314514478__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/7CA2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__690157314514478__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"690157314514478","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/7CA2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__690157314514478__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d08d375fdd43eb5143a14c8/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d08d375fdd43eb5143a14c8/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d08d375fdd43eb5143a14c8/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d08d375fdd43eb5143a14c8/pdb.gz): 64 ms

reading 255 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

255 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:254});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
publication title	Engineering the hydrophobic pocket of carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	74
structure length	255
sequence length	255
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1991-07-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	7ca2A00

1BNQA 1ZSCA 4KP8A 5DOGA 2POUA 3IBLA 4HBAA 4RUXA 5JQ0A 1G48A 5E2KA 5DSLA 3JXHC 2WEGA 1CVHA 4Q6DA 3SAXA 3RZ7A 1YO2A 1CA2A 3T83A 3T84A 3CZVA 4RH2A 3GZ0A 5SZ7A 3F4XA 1KEQA 5EIJA 2H15A 1I91A 1XPZA 4QK1A 5DSIA 3DCSA 5L6KA 3IEOA 3UYQA 4WW6A 1I9QA 1BN3A 1RJ6A 5DSPA 5JEHB 1JV0A 4K0SA 1FQMA 3HLJA 4QIYA 1KWRA 3SAPA 4M2RA 5EKHA 3K7KA 4Q7SA 5DSRA 1CCSA 3TVNX 3M5EA 4BF6A 3D8WA 1UGDA 3DAZA 1HVAA 1H4NA 4M2UA 5AMLA 4ZWZA 5A6HA 1G53A 4HEYA 5EH8A 5JEPB 1CVCA 2NXTA 5FNLA 2WEHA 4DZ7A 1UGGA 3BL0A 5BRUA 2F14A 4MO8A 1RJ5A 1UGFA 1CAIA 5DOHA 3HKNA 3RZ5A 1UGCA 2EU3A 4ZX1A 5FDCA 3CYUA 5JEGB 1TG9A 4FIKA 4R59A 2Q38A 4KUWA 3RYJB 3W6IA 2X7UA 3ML5A 3ML2A 3T5UA 5FLTA 4RIUA 3RZ1B 2GEHA 3M3XA 4MLTA 3C7PA 5A25A 4X5SA 5SZ1A 1G45A 5HPJA 1JCZA 3DC3A 3L14A 4KP5A 5DSMA 4Q7WA 4ZWIA 2HD6A 3DD0A 4QEFA 3EFTA 1TEQX 1Y7WA 3MNAA 1BCDA 3CA2A 3U3AX 4Q99A 1IF5A 2WEOA 4RFDA 4MLXA 4L5VA 1TEUX 4FVNA 5BNLA 3DVDA 1I8ZA 4YYTA 3KLDB 1I90A 1RAYA 2Q1QA 1TE3X 1ZNCA 1CINA 2EU2A 1H9QA 3RZ0B 2O4ZA 1TTMA 3U7CA 1CVBA 4HU1A 3DA2A 3MHIA 4TWLA 3S9TA 7CA2A 1G4JA 4Z1JA 4FVOA 3HFPA 3S97A 1RAZA 3DD8A 3M2NA 5DVXA 1CAYA 1CAKA 5E5RA 2CBAA 4PQ7A 1H9NA 2Q1BA 5FLOA 1G3ZA 3BL1A 3UYNA 2NXSA 4WUQA 4LP6A 3IBNA 1HCAA 3VBDA 5EKMA 2CBDA 3KOIA 5AMGA 1CA3A 1FQRA 5C8IA 3DCWA 3PO6A 2ILIA 3T5ZA 2HL4A 4FPTA 1TBTX 4YWPA 5FLRA 4RUYA 2X7TA 1CRMA 1HEBA 4KAPA 3QYKA 3MNHA 1CNXA 1Z9YA 4QK3A 3F8EA 4XE1A 1CNJA 4JSAA 3DC9A 3ZP9A 1BNTA 4YXUA 5SZ3A 4WL4A 3F7UA 2ABEA 3D92A 3M1WA 3DVCA 4Q6EA 1BNUA 1ZH9A 4K0ZA 4QJMA 3RGEA 3M5TA 5E2RA 3V3HB 2FMGA 4G0CA 3JXFA 3NB5A 3TMJA 2NWPA 1CAZA 5JQTA 5EH5A 1DMXA 2FOYA 5DSNA 4IDRX 4FL7A 1CVAA 3MWOA 1CAMA 3V3IB 5FNKA 2FMZA 2NWOA 4PXXA 1TG3A 4IWZA 3ZNCA 4ILXA 4RFCA 4XZ5A 3PYKA 1FLJA 4YGLA 3V3JA 1ZFKA 3HS4A 3P5LA 4Q83A 1CANA 3B1BA 3OIMA 3D0NA 4WR7A 3RYZA 3V3FA 2AW1A 2QOAA 4JS6A 4Q8XA 4MDGA 3DCCA 3D9ZA 4YGNA 5EHWA 4Q0LA 3P58A 3T82A 1Z93A 3M5SA 1IF4A 2IT4A 3S73B 4ZWYA 2NNSA 3DVBA 4PYXA 5E2NA 5DSQA 1ZGEA 3KS3A 5EHVA 1YDBA 4KNJA 1BNVA 1CVEA 1G1DA 4XFWA 3M40A 1ZSBA 4TWMA 4Z1EA 4PZHA 2NNGA 4N16A 1UGAA 5IPZA 1ZGFA 3KWAA 3V5GA 5E2MA 1URTA 1RZAA 1HECA 1HEAA 2HFWA 4ITOA 1DMYA 5E28A 3V2JA 4E9OX 3DBUA 1RZCA 1LZVA 3M14A 3K34A 3S72B 4Q87A 2HNCA 4QJOA 5CACA 1FSRA 3TVOX 3IAIA 3OKVA 4E49A 4MTYA 3FW3A 2CABA 4FU5A 5FNJA 3OYQA 1MOOA 5BRWA 2FOVA 4LU3A 4QJXA 4YHAA 5EOIA 2NMXA 1BV3A 1OKMA 1RZDA 4YVYA 1RZBA 5FL5A 2POVA 4Q06A 3DV7A 1AVNA 4CNRA 2FNMA 4QSBA 5EZTX 3T85A 2VVBX 2NNVA 5AMDA 1CVFA 5SZ0A 4Z0QA 5JGTB 3D93A 1KOPA 1CAHA 5EH7A 4QJ0A 4QIZA 2NN1A 1LG6A 1ZSAA 3RJ7A 3U45X 4XIXA 3S76A 1F2WA 3IBUA 3RZ8A 5G0BA 2FOQA 2FOSA 4Q78A 3M96A 1CNKA 5FL4A 5LMDA 6CA2A 1G46A 1RZEA 5FNMA 2FNKA 3MNKA 4M2VA 1I9LA 3P3HA 1CAOA 4KNNA 1UGEA 3M2XA 4KNMA 4CA2A 4LHIA 3LXEA 4ZAOA 5SZ6A 3V2MA 5JG3B 3MHCA 1THKA 3KOKA 5FL6A 2GD8A 1DCBA 2QO8A 1V9EA 12CAA 2EZ7A 1TH9A 4HF3A 1BNMA 3EFIA 1DCAA 1I9MA 4QSJA 3B4FA 3N2PA 2NWYA 4YGFA 4YX4A 2CBCA 3MDZA 5CA2A 5FNIA 3MNIA 1BNWA 1ZFQA 3M1JA 1KWQA 4Q09A 1IF9A 1OQ5A 3R16A 1HCBA 2FOUA 5DSKA 5BRVA 1OKNA 2POWA 3PJJA 3P44A 4Q81A 1V9IC 4WUPA 1CCUA 4JSSA 2WD3A 5DSJA 2ZNCA 2NNOA 3FFPX 1FQNA 4CACA 3S77B 2CA2A 3KKXA 2CBBA 4QJPA 1YDDA 4ZWXA 2NWZA 2FNNA 3BETA 4L5WA 5FLQA 3S71B 4DZ9A 4M2WA 4Q8ZA 4RIVA 1CNCA 4E3FA 3M67A 5CLUA 1LUGA 1XEGA 1XQ0A 2W2JA 3M1KA 3S74B 1JD0A 1CIMA 3HKUA 4KUYA 1YO0A 4CNWA 3KONA 1BN1A 1CZMA 1I9NA 3CAJA 3MHOA 4K1QA 2WEJA 5FLPA 4Q07A 3RLDA 4CNXA 1CAJA 1HEDA 4CQ0A 1MUAA 4HEWA 3MHLA 4E3DA 1CNGA 5EKJA 4Q9YA 3KNEA 3V7XA 4COQA 4Q7PA 3P55A 1G52A 4CNVA 3R17B 1CNWA 2HOCA 4N0XB 4G7AA 3RG3A 1YDCA 1AZMA 3K2FA 3S8XA 1TB0X 4E3GA 1BICA 5EHEA 3S75B 4R5BA 1Z97A 4JSZA 4KUVA 3MMFA 4GL1X 4R5AA 5FLSA 3RYYA 1UGBA 3KIGA 1FSQA 4YGKA 1BZMA 1YDAA 4JSWA 3JXGA 5G03A 5J8ZA 4K13A 3M1QA 3F7BA 1BNNA 4BF1A 2CBEA 3RYVB 3IGPA 1I9PA 5FNGA 4Q08A 2QP6A 1CNHA 1HUGA 3P3JA 5E5UA 4QSAA 3SBHA 3M2ZA 4Q8YA 3HKTA 3OILA 5JGSB 1G0EA 5BYIA 5DRSA 1IF7A 4HT2A 1LGDA 3Q31A 1T9NA 3U47A 4HEZA 4QY3A 5G01A 4PYYA 3N3JA 4KV0A 1CVDA 1IF8A 8CA2A 3MHMA 1LG5A 3M2YA 4Y0JA 1AM6A 4RUZA 4KNIA 4QSIA 1XEVA 4YXOA 2VVAX 3N0NA 3SBIA 4RN4A 4Q49A 5SZ2A 4BCWA 2FW4A 1CALA 1ZE8A 2X7SA 3NJ9A 5SZ5A 3M04A 3RG4A 1KOQA 3MNJA 4UOVA 5CJFA 4HT0A 1CCTA 4QTLA 3OY0A 4L5UA 9CA2A 1G6VA 3OYSA 1OKLA 4ETQC 4YGJA 3HKQA 3MYQA 5JDVB 1YO1A 1CILA 5FNHA 4MDMA 4MDLA 1HUHA 2H4NA 2WD2A 5JG5B 5JESB 1FR4A 1J9WA 1IF6A 3NI5A 3FE4A 3W6HA 1CRAA 1EOUA 4Z1KA 5DSOA 4YXIA 3P5AA 4E5QA 3OKUA 4QK2A 4QJWA 5E2SA 4Q7VA 1I9OA 4ZX0A 3MNUA 4K0TA 2HKKA 1CNBA 3N4BA 2OSFA 3OIKA 1FQLA 1G54A 4ITPA 3P4VA 4XIWA 3IBIA 1CNIA 3M98A 1G4OA 4Q90A 1G0FA 4WW8A 1A42A 3V3GB 4FRCA 5FDIA 3S78B 2OSMA 4E4AA 3RYXB 2AX2A 5L3OA 5SZ4A 1FR7A 4E3HA 4Z1NA 3MZCA 1BN4A 1CNYA 2NXRA 5G0CA 2NN7A 1FSNA 4C3TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BNQ A;  1ZSC A;  4KP8 A;  5DOG A;  2POU A;  3IBL A;  4HBA A;  4RUX A;  5JQ0 A;  1G48 A;  5E2K A;  5DSL A;  3JXH C;  2WEG A;  1CVH A;  4Q6D A;  3SAX A;  3RZ7 A;  1YO2 A;  1CA2 A;  3T83 A;  3T84 A;  3CZV A;  4RH2 A;  3GZ0 A;  5SZ7 A;  3F4X A;  1KEQ A;  5EIJ A;  2H15 A;  1I91 A;  1XPZ A;  4QK1 A;  5DSI A;  3DCS A;  5L6K A;  3IEO A;  3UYQ A;  4WW6 A;  1I9Q A;  1BN3 A;  1RJ6 A;  5DSP A;  5JEH B;  1JV0 A;  4K0S A;  1FQM A;  3HLJ A;  4QIY A;  1KWR A;  3SAP A;  4M2R A;  5EKH A;  3K7K A;  4Q7S A;  5DSR A;  1CCS A;  3TVN X;  3M5E A;  4BF6 A;  3D8W A;  1UGD A;  3DAZ A;  1HVA A;  1H4N A;  4M2U A;  5AML A;  4ZWZ A;  5A6H A;  1G53 A;  4HEY A;  5EH8 A;  5JEP B;  1CVC A;  2NXT A;  5FNL A;  2WEH A;  4DZ7 A;  1UGG A;  3BL0 A;  5BRU A;  2F14 A;  4MO8 A;  1RJ5 A;  1UGF A;  1CAI A;  5DOH A;  3HKN A;  3RZ5 A;  1UGC A;  2EU3 A;  4ZX1 A;  5FDC A;  3CYU A;  5JEG B;  1TG9 A;  4FIK A;  4R59 A;  2Q38 A;  4KUW A;  3RYJ B;  3W6I A;  2X7U A;  3ML5 A;  3ML2 A;  3T5U A;  5FLT A;  4RIU A;  3RZ1 B;  2GEH A;  3M3X A;  4MLT A;  3C7P A;  5A25 A;  4X5S A;  5SZ1 A;  1G45 A;  5HPJ A;  1JCZ A;  3DC3 A;  3L14 A;  4KP5 A;  5DSM A;  4Q7W A;  4ZWI A;  2HD6 A;  3DD0 A;  4QEF A;  3EFT A;  1TEQ X;  1Y7W A;  3MNA A;  1BCD A;  3CA2 A;  3U3A X;  4Q99 A;  1IF5 A;  2WEO A;  4RFD A;  4MLX A;  4L5V A;  1TEU X;  4FVN A;  5BNL A;  3DVD A;  1I8Z A;  4YYT A;  3KLD B;  1I90 A;  1RAY A;  2Q1Q A;  1TE3 X;  1ZNC A;  1CIN A;  2EU2 A;  1H9Q A;  3RZ0 B;  2O4Z A;  1TTM A;  3U7C A;  1CVB A;  4HU1 A;  3DA2 A;  3MHI A;  4TWL A;  3S9T A;  7CA2 A;  1G4J A;  4Z1J A;  4FVO A;  3HFP A;  3S97 A;  1RAZ A;  3DD8 A;  3M2N A;  5DVX A;  1CAY A;  1CAK A;  5E5R A;  2CBA A;  4PQ7 A;  1H9N A;  2Q1B A;  5FLO A;  1G3Z A;  3BL1 A;  3UYN A;  2NXS A;  4WUQ A;  4LP6 A;  3IBN A;  1HCA A;  3VBD A;  5EKM A;  2CBD A;  3KOI A;  5AMG A;  1CA3 A;  1FQR A;  5C8I A;  3DCW A;  3PO6 A;  2ILI A;  3T5Z A;  2HL4 A;  4FPT A;  1TBT X;  4YWP A;  5FLR A;  4RUY A;  2X7T A;  1CRM A;  1HEB A;  4KAP A;  3QYK A;  3MNH A;  1CNX A;  1Z9Y A;  4QK3 A;  3F8E A;  4XE1 A;  1CNJ A;  4JSA A;  3DC9 A;  3ZP9 A;  1BNT A;  4YXU A;  5SZ3 A;  4WL4 A;  3F7U A;  2ABE A;  3D92 A;  3M1W A;  3DVC A;  4Q6E A;  1BNU A;  1ZH9 A;  4K0Z A;  4QJM A;  3RGE A;  3M5T A;  5E2R A;  3V3H B;  2FMG A;  4G0C A;  3JXF A;  3NB5 A;  3TMJ A;  2NWP A;  1CAZ A;  5JQT A;  5EH5 A;  1DMX A;  2FOY A;  5DSN A;  4IDR X;  4FL7 A;  1CVA A;  3MWO A;  1CAM A;  3V3I B;  5FNK A;  2FMZ A;  2NWO A;  4PXX A;  1TG3 A;  4IWZ A;  3ZNC A;  4ILX A;  4RFC A;  4XZ5 A;  3PYK A;  1FLJ A;  4YGL A;  3V3J A;  1ZFK A;  3HS4 A;  3P5L A;  4Q83 A;  1CAN A;  3B1B A;  3OIM A;  3D0N A;  4WR7 A;  3RYZ A;  3V3F A;  2AW1 A;  2QOA A;  4JS6 A;  4Q8X A;  4MDG A;  3DCC A;  3D9Z A;  4YGN A;  5EHW A;  4Q0L A;  3P58 A;  3T82 A;  1Z93 A;  3M5S A;  1IF4 A;  2IT4 A;  3S73 B;  4ZWY A;  2NNS A;  3DVB A;  4PYX A;  5E2N A;  5DSQ A;  1ZGE A;  3KS3 A;  5EHV A;  1YDB A;  4KNJ A;  1BNV A;  1CVE A;  1G1D A;  4XFW A;  3M40 A;  1ZSB A;  4TWM A;  4Z1E A;  4PZH A;  2NNG A;  4N16 A;  1UGA A;  5IPZ A;  1ZGF A;  3KWA A;  3V5G A;  5E2M A;  1URT A;  1RZA A;  1HEC A;  1HEA A;  2HFW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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7CA2A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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