8CA2 | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	255
structure length	255
Chain Sequence	WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAHLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6677919804481354__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6677919804481354__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/8CA2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6677919804481354__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6677919804481354","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/8CA2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6677919804481354__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d08e6d6c43e0f47009efd31/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d08e6d6c43e0f47009efd31/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d08e6d6c43e0f47009efd31/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d08e6d6c43e0f47009efd31/pdb.gz): 920 ms

reading 255 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

255 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:254});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
publication title	Engineering the hydrophobic pocket of carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	73
structure length	255
sequence length	255
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1991-07-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	8ca2A00

4YGNA 1LZVA 1ZGFA 3P3HA 4WW6A 3S75B 1CA2A 4QIZA 2NWPA 1FSNA 4G7AA 4M2UA 2VVBX 2NXTA 4Q09A 3V3IB 2HKKA 5EKHA 2VVAX 4YGJA 4MLXA 3HKNA 3OKUA 4QJ0A 3PJJA 1FSRA 4ZWXA 1CZMA 3KS3A 3T82A 1BCDA 2FOQA 1ZSBA 2AX2A 1CANA 1FQRA 1T9NA 2FOVA 4PYYA 1UGFA 4Q9YA 2IT4A 3V2MA 1YDCA 1AM6A 4QJOA 5SZ6A 1OKMA 3OYQA 5G0BA 4Q81A 4MO8A 3V3GB 4JS6A 1CAYA 3CYUA 1UGBA 1CCSA 1CRMA 3DVDA 3K7KA 5FL5A 5E2SA 3RZ7A 4PXXA 1RAZA 3M3XA 3MNHA 1HVAA 4M2VA 4UOVA 5SZ2A 1RZEA 1HECA 2NNGA 1BNTA 1DMXA 2FOSA 4Z0QA 4IWZA 4Z1NA 2HFWA 2FOYA 3UYQA 4XE1A 1A42A 4QSIA 4YYTA 3DCSA 3D92A 2FNNA 3M96A 3KOKA 4QSAA 5E2NA 1KOQA 1JV0A 3OYSA 4CQ0A 2NXSA 2FOUA 1I9OA 1I9MA 1UGDA 4N0XB 4RFDA 4PZHA 3NI5A 3V3JA 3FFPX 3S9TA 1RZDA 4Q49A 3SAXA 5IPZA 3KLDB 1CALA 3NJ9A 4HT0A 4Q6DA 1XQ0A 5AMDA 3SBIA 1G4OA 4YXIA 2CBDA 2NNVA 3NB5A 3MWOA 4TWMA 1YDDA 1CIMA 3VBDA 1BNNA 4YGKA 4YX4A 4COQA 9CA2A 2CBCA 2NMXA 1CAKA 1Y7WA 3MNIA 3D9ZA 1OKLA 5JG3B 4Q83A 5FL6A 3M2NA 2NXRA 1IF4A 3M67A 2F14A 2CBEA 3M1QA 3BL1A 1FSQA 1TTMA 3KNEA 5FNGA 5JESB 4QJMA 3DAZA 4HBAA 5EOIA 4E9OX 4LU3A 2QOAA 3LXEA 4FVOA 3RG4A 3S78B 3CA2A 3P3JA 4ZWZA 1UGEA 2POWA 3JXGA 3MYQA 4R5BA 3RYZA 1TG3A 4K1QA 3DCCA 5E2RA 5EIJA 2AW1A 3S97A 3T5UA 5BRUA 3V2JA 3R16A 3MHMA 4Z1EA 4PYXA 4HT2A 5E5RA 1CNGA 4MTYA 2POUA 5JDVB 4HF3A 4E49A 5EH8A 5FDCA 4CNWA 5CLUA 2H4NA 4Q7SA 1G45A 3MMFA 2X7UA 5SZ4A 1G46A 4RUZA 1ZSCA 4DZ7A 3DC3A 3F8EA 3P5AA 1IF9A 5DRSA 2NWZA 1HEDA 1RJ6A 1TG9A 3N4BA 4RN4A 5DSJA 5FDIA 3V7XA 2POVA 1UGCA 5FNHA 4KNJA 3S71B 3MHOA 4M2WA 3DCWA 4ILXA 3RZ8A 1UGGA 3B4FA 5AMLA 4BF1A 1CNKA 2WD2A 4RH2A 1DCAA 1Z9YA 3ML5A 5G03A 2WD3A 4LP6A 1G1DA 5JGTB 3M14A 1BN3A 1JCZA 1G48A 3MNAA 3P58A 2X7SA 1CNJA 2GEHA 5BNLA 3IGPA 1RZAA 2NWOA 1BV3A 1HUGA 5DSLA 3S72B 5L6KA 3M5SA 3RYYA 1V9EA 3S8XA 4K0SA 5CACA 4QTLA 5BRVA 1CVAA 2HL4A 3RG3A 3OILA 4E3GA 2OSFA 1H4NA 3UYNA 2EU3A 3P5LA 1BZMA 3BETA 5FLOA 4CNVA 5JQTA 1CVHA 2NNOA 1ZH9A 1TEUX 4FVNA 5SZ5A 3D8WA 5JEHB 3RYJB 4Z1JA 1AZMA 4BCWA 2ABEA 4QY3A 4L5WA 3T85A 5AMGA 4YGLA 3OKVA 3U3AX 5E5UA 4XIWA 4Y0JA 2Q1BA 3CZVA 4WR7A 3RJ7A 4QK2A 4Q7PA 3DVCA 1I8ZA 2HD6A 3DBUA 4R59A 2W2JA 1HEBA 5JGSB 5BYIA 1I9PA 1XPZA 1YDBA 1TH9A 1G0EA 2FMZA 4QK1A 3TMJA 2EZ7A 4Q7WA 4LHIA 3GZ0A 5DSOA 5L3OA 1G4JA 4X5SA 3M5TA 1CNYA 3S74B 4IDRX 1IF8A 4DZ9A 4QJPA 4E4AA 5EHWA 1FQNA 1CILA 1H9NA 2EU2A 2NNSA 1KOPA 2FMGA 5DOGA 12CAA 4ZX0A 3DD0A 2QO8A 5FLQA 4CA2A 3M2XA 3M2ZA 2CBAA 3OIKA 4PQ7A 4CACA 2CABA 3M1WA 1LGDA 3DD8A 1CVFA 1JD0A 2HNCA 4RIVA 1CNHA 4YXUA 1OQ5A 1FR4A 3HKQA 4HEYA 4KV0A 1TBTX 3MDZA 1CAJA 4TWLA 3RGEA 3L14A 3SBHA 3M2YA 5DVXA 4KNMA 5CA2A 2CBBA 4L5UA 1I90A 2FNMA 3MNJA 3DVBA 4XFWA 2ILIA 5FNJA 4ZWYA 1CCTA 4FPTA 3F7UA 4JSSA 5DOHA 5G01A 4G0CA 4FRCA 3D93A 1F2WA 4KUWA 4QJWA 1FQMA 2WEJA 1MUAA 3U45X 3TVOX 3P44A 2Q1QA 3IAIA 1HCAA 4QSBA 3S76A 1BN4A 1XEVA 4Z1KA 1CCUA 3F7BA 1BNQA 3IBIA 4Q78A 1CRAA 1CNCA 3OIMA 4ITPA 1DCBA 1HUHA 5LMDA 3N2PA 4QJXA 4ZAOA 1ZSAA 3OY0A 4GL1X 3SAPA 4MLTA 1CAMA 3FW3A 3P55A 3RLDA 1RAYA 4KUVA 4HU1A 5SZ0A 3V3HB 1KWRA 1G3ZA 3HKUA 4Q87A 4Q0LA 5EKMA 3RYVB 3ZP9A 4ITOA 4MDMA 5EHEA 5DSRA 4Q07A 2Q38A 4Q99A 1FLJA 5HPJA 4E3FA 1CA3A 5A25A 2X7TA 4Q90A 1KEQA 3RZ5A 1G53A 1HEAA 5C8IA 3W6HA 4YXOA 5FL4A 3U47A 1G6VA 5FNMA 3DV7A 1MOOA 3M40A 4RFCA 1YO0A 3JXFA 1LG6A 1IF6A 3N0NA 3T84A 3QYKA 5E2MA 1LG5A 3DA2A 4FIKA 4R5AA 1Z97A 1YO1A 2H15A 5DSMA 1TEQX 3PYKA 3M98A 3HKTA 1URTA 1RZCA 5DSKA 3KONA 4K0ZA 5G0CA 5FNLA 1BNWA 4L5VA 4QK3A 4CNRA 3BL0A 1CINA 4RUXA 1TE3X 1CVBA 1H9QA 3KIGA 5JEPB 2NWYA 1CAZA 4K13A 8CA2A 4MDLA 4QEFA 4N16A 2WEHA 2CA2A 1V9IC 5BRWA 4Q8ZA 4KNIA 4FU5A 1CAIA 3PO6A 3R17B 1ZFQA 3MHCA 5DSIA 1I9QA 2WEOA 3EFTA 3K2FA 4KP8A 5JG5B 5FLTA 4CNXA 4YVYA 3RZ1B 5FNIA 2NN7A 3M1KA 4BF6A 2ZNCA 3JXHC 1ZFKA 4KP5A 1CAHA 3D0NA 3Q31A 3HFPA 1YO2A 2GD8A 5FLSA 5DSNA 7CA2A 3K34A 3MNUA 5DSQA 1CNWA 1AVNA 1THKA 1I91A 4Q8YA 3RYXB 1BNVA 4Q08A 1OKNA 3MNKA 1G54A 1G0FA 5FNKA 1EOUA 2HOCA 1I9LA 3ML2A 3MHIA 5DSPA 5E28A 5A6HA 1J9WA 3KKXA 2FW4A 3S73B 4HEZA 4E5QA 5E2KA 5EH7A 3P4VA 4ZWIA 4WL4A 4Q6EA 3CAJA 4FL7A 5EKJA 1CNIA 3IEOA 3EFIA 4JSZA 5EH5A 4MDGA 1IF5A 4WW8A 4YGFA 5JQ0A 4XZ5A 4QIYA 1RZBA 1BICA 4JSAA 3TVNX 5CJFA 1IF7A 1FQLA 4KAPA 3N3JA 4HEWA 1BNMA 1I9NA 1LUGA 4JSWA 1RJ5A 1CVCA 4K0TA 4Q06A 2OSMA 4E3DA 3KOIA 4M2RA 3T83A 1CNXA 3B1BA 4WUQA 5J8ZA 4Q7VA 3FE4A 3S77B 5JEGB 5SZ3A 1Z93A 4QSJA 2WEGA 1XEGA 1BN1A 3C7PA 3KWAA 3M1JA 4ETQC 3MZCA 5FLPA 3HS4A 2O4ZA 4XIXA 3V3FA 1UGAA 3ZNCA 4E3HA 2NN1A 1KWQA 3MHLA 1DMYA 5EHVA 4RIUA 3HLJA 3IBLA 3U7CA 1ZE8A 3F4XA 3DC9A 4KNNA 6CA2A 1CAOA 4C3TA 3IBNA 1ZGEA 4ZX1A 3RZ0B 3V5GA 5SZ1A 3M5EA 3W6IA 3M04A 4YWPA 4WUPA 2FNKA 5SZ7A 5EZTX 1HCBA 1YDAA 1CVEA 1BNUA 5FLRA 1FR7A 1ZNCA 1CVDA 1G52A 1CNBA 3IBUA 1TB0X 4KUYA 3T5ZA 4RUYA 2QP6A 4Q8XA 4YHAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YGN A;  1LZV A;  1ZGF A;  3P3H A;  4WW6 A;  3S75 B;  1CA2 A;  4QIZ A;  2NWP A;  1FSN A;  4G7A A;  4M2U A;  2VVB X;  2NXT A;  4Q09 A;  3V3I B;  2HKK A;  5EKH A;  2VVA X;  4YGJ A;  4MLX A;  3HKN A;  3OKU A;  4QJ0 A;  3PJJ A;  1FSR A;  4ZWX A;  1CZM A;  3KS3 A;  3T82 A;  1BCD A;  2FOQ A;  1ZSB A;  2AX2 A;  1CAN A;  1FQR A;  1T9N A;  2FOV A;  4PYY A;  1UGF A;  4Q9Y A;  2IT4 A;  3V2M A;  1YDC A;  1AM6 A;  4QJO A;  5SZ6 A;  1OKM A;  3OYQ A;  5G0B A;  4Q81 A;  4MO8 A;  3V3G B;  4JS6 A;  1CAY A;  3CYU A;  1UGB A;  1CCS A;  1CRM A;  3DVD A;  3K7K A;  5FL5 A;  5E2S A;  3RZ7 A;  4PXX A;  1RAZ A;  3M3X A;  3MNH A;  1HVA A;  4M2V A;  4UOV A;  5SZ2 A;  1RZE A;  1HEC A;  2NNG A;  1BNT A;  1DMX A;  2FOS A;  4Z0Q A;  4IWZ A;  4Z1N A;  2HFW A;  2FOY A;  3UYQ A;  4XE1 A;  1A42 A;  4QSI A;  4YYT A;  3DCS A;  3D92 A;  2FNN A;  3M96 A;  3KOK A;  4QSA A;  5E2N A;  1KOQ A;  1JV0 A;  3OYS A;  4CQ0 A;  2NXS A;  2FOU A;  1I9O A;  1I9M A;  1UGD A;  4N0X B;  4RFD A;  4PZH A;  3NI5 A;  3V3J A;  3FFP X;  3S9T A;  1RZD A;  4Q49 A;  3SAX A;  5IPZ A;  3KLD B;  1CAL A;  3NJ9 A;  4HT0 A;  4Q6D A;  1XQ0 A;  5AMD A;  3SBI A;  1G4O A;  4YXI A;  2CBD A;  2NNV A;  3NB5 A;  3MWO A;  4TWM A;  1YDD A;  1CIM A;  3VBD A;  1BNN A;  4YGK A;  4YX4 A;  4COQ A;  9CA2 A;  2CBC A;  2NMX A;  1CAK A;  1Y7W A;  3MNI A;  3D9Z A;  1OKL A;  5JG3 B;  4Q83 A;  5FL6 A;  3M2N A;  2NXR A;  1IF4 A;  3M67 A;  2F14 A;  2CBE A;  3M1Q A;  3BL1 A;  1FSQ A;  1TTM A;  3KNE A;  5FNG A;  5JES B;  4QJM A;  3DAZ A;  4HBA A;  5EOI A;  4E9O X;  4LU3 A;  2QOA A;  3LXE A;  4FVO A;  3RG4 A;  3S78 B;  3CA2 A;  3P3J A;  4ZWZ A;  1UGE A;  2POW A;  3JXG A;  3MYQ A;  4R5B A;  3RYZ A;  1TG3 A;  4K1Q A;  3DCC A;  5E2R A;  5EIJ A;  2AW1 A;  3S97 A;  3T5U A;  5BRU A;  3V2J A;  3R16 A;  3MHM A;  4Z1E A;  4PYX A;  4HT2 A;  5E5R A;  1CNG A;  4MTY A;  2POU A;  5JDV B;  4HF3 A;  4E49 A;  5EH8 A;  5FDC A;  4CNW A;  5CLU A;  2H4N A;  4Q7S A;  1G45 A;  3MMF A;  2X7U A;  5SZ4 A;  1G46 A;  4RUZ A;  1ZSC A;  4DZ7 A;  3DC3 A;  3F8E A;  3P5A A;  1IF9 A;  5DRS A;  2NWZ A;  1HED A;  1RJ6 A;  1TG9 A;  3N4B A;  4RN4 A;  5DSJ A;  5FDI A;  3V7X A;  2POV A;  1UGC A;  5FNH A;  4KNJ A;  3S71 B;  3MHO A;  4M2W A;  3DCW A;  4ILX A;  3RZ8 A;  1UGG A;  3B4F A;  5AML A;  4BF1 A;  1CNK A;  2WD2 A;  4RH2 A;  1DCA A;  1Z9Y A;  3ML5 A;  5G03 A;  2WD3 A;  4LP6 A;  1G1D A;  5JGT B;  3M14 A;  1BN3 A;  1JCZ A;  1G48 A;  3MNA A;  3P58 A;  2X7S A;  1CNJ A;  2GEH A;  5BNL A;  3IGP A;  1RZA A;  2NWO A;  1BV3 A;  1HUG A;  5DSL A;  3S72 B;  5L6K A;  3M5S A;  3RYY A;  1V9E A;  3S8X A;  4K0S A;  5CAC A;  4QTL A;  5BRV A;  1CVA A;  2HL4 A;  3RG3 A;  3OIL A;  4E3G A;  2OSF A;  1H4N A;  3UYN A;  2EU3 A;  3P5L A;  1BZM A;  3BET A;  5FLO A;  4CNV A;  5JQT A;  1CVH A;  2NNO A;  1ZH9 A;  1TEU X;  4FVN A;  5SZ5 A;  3D8W A;  5JEH B;  3RYJ B;  4Z1J A;  1AZM A;  4BCW A;  2ABE A;  4QY3 A;  4L5W A;  3T85 A;  5AMG A;  4YGL A;  3OKV A;  3U3A X;  5E5U A;  4XIW A;  4Y0J A;  2Q1B A;  3CZV A;  4WR7 A;  3RJ7 A;  4QK2 A;  4Q7P A;  3DVC A;  1I8Z A;  2HD6 A;  3DBU A;  4R59 A;  2W2J A;  1HEB A;  5JGS B;  5BYI A;  1I9P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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8CA2A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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