9CA2 | Genus

Total Genus 76

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	255
structure length	255
Chain Sequence	WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAYLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__153611719870127__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__153611719870127__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/9ca2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__153611719870127__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"153611719870127","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/9ca2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__153611719870127__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
publication title	Engineering the hydrophobic pocket of carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	76
structure length	255
sequence length	255
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1991-07-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	9ca2A00

5FLRA 2Q38A 4L5WA 3T83A 5JQTA 4ZX0A 2W2JA 5SZ5A 1FSRA 1G6VA 1ZGEA 3KKXA 1RZDA 3M2ZA 4Q07A 3IBLA 4Q7PA 4HBAA 4X5SA 1TE3X 1YO1A 3S97A 3P55A 2HFWA 4Q09A 2AX2A 3RYVB 3S71B 2EU2A 5FLTA 3CYUA 1THKA 3R16A 3M5TA 3U45X 5SZ1A 5FDCA 3U3AX 3N2PA 1TTMA 2X7TA 3CAJA 5EKHA 5JQ0A 3DC3A 4CACA 4RUYA 4WL4A 1G3ZA 1CRMA 3RG4A 4ETQC 3RJ7A 1LGDA 3RZ8A 1I9LA 3RLDA 3HFPA 1FQNA 3HLJA 4L5VA 3MHOA 1DMXA 5FDIA 3T5ZA 4QIYA 4RUZA 3MHMA 2NN7A 4ZAOA 1RZAA 1I9MA 2O4ZA 3P3HA 1H9NA 1CAIA 3OKVA 3PJJA 1UGBA 4MDLA 5SZ6A 3RGEA 5DSIA 4JSAA 1RZCA 4RH2A 1TG3A 2X7UA 3LXEA 5BRUA 1Z93A 4JSSA 4M2WA 1LG6A 3W6IA 4KNNA 2AW1A 2WEGA 3IBIA 4LU3A 2Q1BA 4DZ9A 3OIMA 3V7XA 5FNMA 1TB0X 5CA2A 2NXSA 2CBCA 5LMDA 3K34A 3KWAA 5SZ4A 1J9WA 3KS3A 2VVBX 4QJOA 6CA2A 1I90A 5DOHA 3KNEA 3GZ0A 3M1KA 2CABA 4MO8A 5DSNA 1FR4A 1FSQA 4Y0JA 5DOGA 5FLPA 4WUPA 1AVNA 1KOQA 1TH9A 4PXXA 5FL4A 1V9IC 1Y7WA 2NMXA 4L5UA 5EHVA 3T5UA 5DSRA 5A25A 3DD8A 4K1QA 5EOIA 3D8WA 1BZMA 1HEBA 1CNCA 1HUHA 1MOOA 3U7CA 3M1WA 1OKMA 1UGCA 1BN4A 3IBUA 2EZ7A 3TMJA 5AMLA 4R59A 4QEFA 4QJWA 2CBEA 5G03A 4KUVA 4Z1NA 1V9EA 3MNKA 1LZVA 4RIUA 4HEYA 3QYKA 4YXUA 4HEZA 1TEUX 4K0SA 4N16A 4YGLA 4Z1KA 1I9NA 4ZX1A 3OIKA 2NNSA 4YYTA 1URTA 3NJ9A 5SZ0A 5EH7A 3T82A 4XZ5A 1ZE8A 1I9PA 3M40A 2ZNCA 4RUXA 3IBNA 1RZBA 4E9OX 1FQRA 4QJPA 1I9OA 1XQ0A 3S72B 2EU3A 3S76A 4QJMA 1BNMA 4G7AA 1CVFA 1I8ZA 3P5AA 1KOPA 1TBTX 5IPZA 2NXRA 1CVAA 4QSAA 4KP8A 4YGFA 3MNHA 5BRVA 3V2JA 4TWMA 2F14A 4HT0A 1CNIA 1G45A 4Q99A 5DSMA 1JD0A 1G4JA 4E3FA 1BNTA 4RIVA 3IAIA 3EFTA 4QK2A 5L6KA 4KP5A 1BNNA 1Z97A 3SAPA 1CINA 3SBHA 4PQ7A 4Q7WA 1CRAA 1FR7A 2QP6A 1FSNA 5FLQA 1CAOA 3M5EA 12CAA 1FLJA 4MDGA 4M2RA 2POWA 4ILXA 1IF7A 3Q31A 5DSJA 3S73B 5BNLA 1ZFQA 1BN3A 3C7PA 4TWLA 1G4OA 1HECA 2FMZA 4XIXA 3NI5A 4QK3A 3V5GA 1RAYA 2FOUA 1YDBA 1YO2A 2GD8A 5JG3B 5J8ZA 1BNWA 3B4FA 3RYJB 3N0NA 4QSIA 4CNRA 4QJ0A 3OYSA 1CAYA 3V3GB 4FRCA 3RZ1B 4Q6DA 4LHIA 1UGFA 2CBBA 4Q49A 4Q9YA 1HEAA 3M2YA 1RAZA 2NNGA 4QTLA 1ZGFA 1G54A 3V3FA 5CACA 1YDCA 4GL1X 3MNJA 5E5RA 4E3GA 3R17B 3M14A 1CIMA 3DD0A 3HKUA 3M1QA 3D0NA 2POUA 3TVNX 1ZH9A 5BRWA 1G46A 3JXHC 1G53A 1FQLA 4K0ZA 3OY0A 1CVHA 4KUYA 2NWOA 1XPZA 3P44A 2FNMA 4E49A 3S77B 3RYZA 2NNVA 3B1BA 2FOSA 4BF6A 4PYYA 3S75B 3NB5A 3K7KA 3T85A 2OSFA 3TVOX 2VVAX 3BL1A 4WR7A 4K0TA 1CNHA 3P58A 4FVNA 2WD3A 3HKTA 1TG9A 1RJ6A 3M04A 1ZFKA 5DSKA 4Q8XA 2NXTA 1DCAA 4YHAA 3P5LA 3P3JA 4Q08A 3S8XA 3T84A 4FPTA 5E2KA 3U47A 4YGKA 3RZ7A 1AZMA 1JV0A 4FU5A 5FNLA 2WEHA 4RFDA 5FNKA 5JGSB 3OILA 9CA2A 3CZVA 5FNHA 2HD6A 3MMFA 2IT4A 1A42A 1BNQA 5EKMA 4KUWA 4UOVA 3F8EA 1HUGA 5E5UA 5A6HA 4HEWA 5JG5B 3FFPX 3M3XA 4ITPA 4KNJA 1CNJA 2ILIA 3DCWA 4G0CA 3OKUA 2NNOA 5FLOA 4HT2A 2CBAA 5FL5A 1CALA 1CAMA 2HNCA 3JXFA 4XFWA 5E28A 4WW8A 2FW4A 3PO6A 1BICA 5E2NA 2FOQA 1CCSA 4YGJA 3V3IB 5G0BA 1CAKA 1G48A 3UYQA 3DVCA 3N4BA 4KNMA 5DRSA 4Q90A 4MLXA 4QSBA 7CA2A 4Q87A 2NN1A 4RFCA 2NWPA 1CANA 5AMDA 1HVAA 2H15A 3KIGA 4XIWA 1CAJA 3BETA 3VBDA 1BV3A 4CA2A 4QJXA 4Z1EA 4CNWA 1H4NA 1UGAA 5SZ7A 1BNUA 1MUAA 4ZWXA 1LG5A 5BYIA 3V3JA 3S9TA 1DMYA 4FL7A 1CA2A 3FE4A 3MHCA 1CCTA 1CVEA 3M67A 2CA2A 3KOKA 4ZWIA 3S74B 4IWZA 1CNXA 1CNWA 4PYXA 1CZMA 1KEQA 1OQ5A 3PYKA 3EFIA 5JEHB 5DSPA 2H4NA 1Z9YA 3DA2A 4MLTA 3SAXA 1BNVA 3DV7A 3MWOA 3F7BA 5G0CA 1JCZA 3KLDB 5E2MA 4Q78A 3V2MA 2ABEA 1CVDA 5EKJA 3MDZA 1YDDA 1YO0A 1KWRA 4KAPA 4ZWYA 3CA2A 3OYQA 1F2WA 3KONA 1FQMA 1HEDA 1T9NA 1EOUA 5JGTB 4CQ0A 1XEVA 4QIZA 1ZSAA 4MDMA 1ZSCA 4R5BA 1G52A 4YGNA 3ZP9A 1IF9A 3RG3A 8CA2A 3F4XA 4Q7SA 3ZNCA 4C3TA 3MYQA 5EZTX 1UGGA 4N0XB 5E2SA 4Z0QA 3M1JA 3SBIA 1IF5A 5DSQA 5DSLA 4YVYA 3RZ0B 4QSJA 2QOAA 1CNKA 2FMGA 3D93A 3M98A 4JSZA 5FL6A 4M2VA 3DCSA 5G01A 3IGPA 3UYNA 4Q81A 4YXIA 3FW3A 1YDAA 3ML5A 3MHLA 4IDRX 1DCBA 5EH8A 4BCWA 2CBDA 2FNNA 1ZSBA 4FIKA 1G0FA 1CVBA 5JDVB 1BCDA 3D9ZA 3DC9A 3MNUA 4YX4A 1LUGA 3P4VA 4Q8ZA 2WEOA 5E2RA 1KWQA 4Q0LA 1BN1A 1HCBA 1IF8A 5JEGB 4HF3A 3S78B 3RYYA 4Q7VA 3RZ5A 1CVCA 4E3DA 3HS4A 2HKKA 3KOIA 2WD2A 5FLSA 1CAHA 5FNIA 3DBUA 1H9QA 5CLUA 4XE1A 5HPJA 3DCCA 3ML2A 4E5QA 5DSOA 1CAZA 4YWPA 1CNBA 2NWZA 3DAZA 1CNGA 2X7SA 3JXGA 3M5SA 4RN4A 4MTYA 1UGEA 5EH5A 1OKLA 3RYXB 4PZHA 4E4AA 1IF6A 2Q1QA 4JSWA 5JEPB 4ZWZA 1I9QA 2GEHA 3HKNA 3L14A 2POVA 5EHEA 4KNIA 3MHIA 4CNXA 4DZ7A 5EIJA 4QK1A 3HKQA 2HOCA 3MNAA 3N3JA 4Q6EA 4WUQA 3M2XA 3DVDA 5EHWA 4QY3A 4FVOA 4COQA 4E3HA 1RJ5A 3F7UA 1ZNCA 2FOYA 5FNJA 4Q83A 1CNYA 4Z1JA 4R5AA 4ITOA 1CCUA 3MZCA 5SZ3A 4LP6A 4CNVA 4YXOA 2WEJA 1I91A 4K13A 4M2UA 3K2FA 1RZEA 4BF1A 2OSMA 3M96A 1CILA 3V3HB 4Q8YA 2NWYA 4HU1A 2FOVA 5DVXA 1G0EA 3D92A 3IEOA 1UGDA 1OKNA 3M2NA 4WW6A 2FNKA 2HL4A 5AMGA 1IF4A 1XEGA 1AM6A 1TEQX 3W6HA 5FNGA 2QO8A 5L3OA 5C8IA 5JESB 5CJFA 3MNIA 4KV0A 4JS6A 3DVBA 1G1DA 4Q06A 1HCAA 1CA3A 3BL0A 5SZ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5FLR A;  2Q38 A;  4L5W A;  3T83 A;  5JQT A;  4ZX0 A;  2W2J A;  5SZ5 A;  1FSR A;  1G6V A;  1ZGE A;  3KKX A;  1RZD A;  3M2Z A;  4Q07 A;  3IBL A;  4Q7P A;  4HBA A;  4X5S A;  1TE3 X;  1YO1 A;  3S97 A;  3P55 A;  2HFW A;  4Q09 A;  2AX2 A;  3RYV B;  3S71 B;  2EU2 A;  5FLT A;  3CYU A;  1THK A;  3R16 A;  3M5T A;  3U45 X;  5SZ1 A;  5FDC A;  3U3A X;  3N2P A;  1TTM A;  2X7T A;  3CAJ A;  5EKH A;  5JQ0 A;  3DC3 A;  4CAC A;  4RUY A;  4WL4 A;  1G3Z A;  1CRM A;  3RG4 A;  4ETQ C;  3RJ7 A;  1LGD A;  3RZ8 A;  1I9L A;  3RLD A;  3HFP A;  1FQN A;  3HLJ A;  4L5V A;  3MHO A;  1DMX A;  5FDI A;  3T5Z A;  4QIY A;  4RUZ A;  3MHM A;  2NN7 A;  4ZAO A;  1RZA A;  1I9M A;  2O4Z A;  3P3H A;  1H9N A;  1CAI A;  3OKV A;  3PJJ A;  1UGB A;  4MDL A;  5SZ6 A;  3RGE A;  5DSI A;  4JSA A;  1RZC A;  4RH2 A;  1TG3 A;  2X7U A;  3LXE A;  5BRU A;  1Z93 A;  4JSS A;  4M2W A;  1LG6 A;  3W6I A;  4KNN A;  2AW1 A;  2WEG A;  3IBI A;  4LU3 A;  2Q1B A;  4DZ9 A;  3OIM A;  3V7X A;  5FNM A;  1TB0 X;  5CA2 A;  2NXS A;  2CBC A;  5LMD A;  3K34 A;  3KWA A;  5SZ4 A;  1J9W A;  3KS3 A;  2VVB X;  4QJO A;  6CA2 A;  1I90 A;  5DOH A;  3KNE A;  3GZ0 A;  3M1K A;  2CAB A;  4MO8 A;  5DSN A;  1FR4 A;  1FSQ A;  4Y0J A;  5DOG A;  5FLP A;  4WUP A;  1AVN A;  1KOQ A;  1TH9 A;  4PXX A;  5FL4 A;  1V9I C;  1Y7W A;  2NMX A;  4L5U A;  5EHV A;  3T5U A;  5DSR A;  5A25 A;  3DD8 A;  4K1Q A;  5EOI A;  3D8W A;  1BZM A;  1HEB A;  1CNC A;  1HUH A;  1MOO A;  3U7C A;  3M1W A;  1OKM A;  1UGC A;  1BN4 A;  3IBU A;  2EZ7 A;  3TMJ A;  5AML A;  4R59 A;  4QEF A;  4QJW A;  2CBE A;  5G03 A;  4KUV A;  4Z1N A;  1V9E A;  3MNK A;  1LZV A;  4RIU A;  4HEY A;  3QYK A;  4YXU A;  4HEZ A;  1TEU X;  4K0S A;  4N16 A;  4YGL A;  4Z1K A;  1I9N A;  4ZX1 A;  3OIK A;  2NNS A;  4YYT A;  1URT A;  3NJ9 A;  5SZ0 A;  5EH7 A;  3T82 A;  4XZ5 A;  1ZE8 A;  1I9P A;  3M40 A;  2ZNC A;  4RUX A;  3IBN A;  1RZB A;  4E9O X;  1FQR A;  4QJP A;  1I9O A;  1XQ0 A;  3S72 B;  2EU3 A;  3S76 A;  4QJM A;  1BNM A;  4G7A A;  1CVF A;  1I8Z A;  3P5A A;  1KOP A;  1TBT X;  5IPZ A;  2NXR A;  1CVA A;  4QSA A;  4KP8 A;  4YGF A;  3MNH A;  5BRV A;  3V2J A;  4TWM A;  2F14 A;  4HT0 A;  1CNI A;  1G45 A;  4Q99 A;  5DSM A;  1JD0 A;  1G4J A;  4E3F A;  1BNT A;  4RIV A;  3IAI A;  3EFT A;  4QK2 A;  5L6K A;  4KP5 A;  1BNN A;  1Z97 A;  3SAP A;  1CIN A;  3SBH A;  4PQ7 A;  4Q7W A;  1CRA A;  1FR7 A;  2QP6 A;  1FSN A;  5FLQ A;  1CAO A;  3M5E A;  12CA A;  1FLJ A;  4MDG A;  4M2R A;  2POW A;  4ILX A;  1IF7 A;  3Q31 A;  5DSJ A;  3S73 B;  5BNL A;  1ZFQ A;  1BN3 A;  3C7P A;  4TWL A;  1G4O A;  1HEC A;  2FMZ A;  4XIX A;  3NI5 A;  4QK3 A;  3V5G A;  1RAY A;  2FOU A;  1YDB A;  1YO2 A;  2GD8 A;  5JG3 B;  5J8Z A;  1BNW A;  3B4F A;  3RYJ B;  3N0N A;  4QSI A;  4CNR A;  4QJ0 A;  3OYS A;  1CAY A;  3V3G B;  4FRC A;  3RZ1 B;  4Q6D A;  4LHI A;  1UGF A;  2CBB A;  4Q49 A;  4Q9Y A;  1HEA A;  3M2Y A;  1RAZ A;  2NNG A;  4QTL A;  1ZGF A;  1G54 A;  3V3F A;  5CAC A;  1YDC A;  4GL1 X;  3MNJ A;  5E5R A;  4E3G A;  3R17 B;  3M14 A;  1CIM A;  3DD0 A;  3HKU A;  3M1Q A;  3D0N A;  2POU A;  3TVN X;  1ZH9 A;  5BRW A;  1G46 A;  3JXH C;  1G53 A;  1FQL A;  4K0Z A;  3OY0 A;  1CVH A;  4KUY A;  2NWO A;  1XPZ A;  3P44 A;  2FNM A;  4E49 A;  3S77 B;  3RYZ A;  2NNV A;  3B1B A;  2FOS A;  4BF6 A;  4PYY A;  3S75 B;  3NB5 A;  3K7K A;  3T85 A;  2OSF A;  3TVO X;  2VVA X;  3BL1 A;  4WR7 A;  4K0T A;  1CNH A;  3P58 A;  4FVN A;  2WD3 A;  3HKT A;  1TG9 A;  1RJ6 A;  3M04 A;  1ZFK A;  5DSK A;  4Q8X A;  2NXT A;  1DCA A;  4YHA A;  3P5L A;  3P3J A;  4Q08 A;  3S8X A;  3T84 A;  4FPT A;  5E2K A;  3U47 A;  4YGK A;  3RZ7 A;  1AZM A;  1JV0 A;  4FU5 A;  5FNL A;  2WEH A;  4RFD A;  5FNK A;  5JGS B;  3OIL A;  9CA2 A;  3CZV A;  5FNH A;  2HD6 A;  3MMF A;  2IT4 A;  1A42 A;  1BNQ A;  5EKM A;  4KUW A;  4UOV A;  3F8E A;  1HUG A;  5E5U A;  5A6H A;  4HEW A;  5JG5 B;  3FFP X;  3M3X A;  4ITP A;  4KNJ A;  1CNJ A;  2ILI A;  3DCW A;  4G0C A;  3OKU A;  2NNO A;  5FLO A;  4HT2 A;  2CBA A;  5FL5 A;  1CAL A;  1CAM A;  2HNC A;  3JXF A;  4XFW A;  5E28 A;  4WW8 A;  2FW4 A;  3PO6 A;  1BIC A;  5E2N A;  2FOQ A;  1CCS A;  4YGJ A;  3V3I B;  5G0B A;  1CAK A;  1G48 A;  3UYQ A;  3DVC A;  3N4B A;  4KNM A;  5DRS A;  4Q90 A;  4MLX A; 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9CA2A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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