4DXCA

Crystal structure of the engineered mbp tem-1 fusion protein rg13, c2 space group
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
637
structure length
624
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRRGSRGIIAALGPDGKPSRIVVIYTTGSQATMDERNRQIAEIGASLIKHWGSGGGHPETLVKVKDAEDQLGARVGYIELDLNSGKILESFRPEERFPMMSTFKVLLCGAVLSRIDAGQEQLGRRIHYSQNDLVEYSPVTEKHLTDGMTVRELCSAAITMSDNTAANLLLTTIGGPKELTAFLHNMGDHVTRLDRWEPELNEAIPNDERDTTMPVAMATTLRKLLTGELLTLASRQQLIDWMEADKVAGPLLRSALPSATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Sugar binding protein, hydrolase
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, Beta-lactamase TEM chim
publication title Structure of an Engineered beta-Lactamase Maltose Binding Protein Fusion Protein: Insights into Heterotropic Allosteric Regulation.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 202
structure length 624
sequence length 637
ec nomenclature ec 3.5.2.6: Beta-lactamase.
pdb deposition date 2012-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF13354 Beta-lactamase2 Beta-lactamase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dxcA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dxcA01
3.40.710.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Beta-lactamase DD-peptidase/beta-lactamase superfamily 4dxcA03
1W7FA 4OOMA 4E3KA 4OERA 3IXDA 3TTNA 3TZAA 2O69A 1H3DA 1US5A 2NOOA 1TDLA 2H10A 1QUIA 4OQGA 4OOYA 1JETA 1XVYA 4IB2A 4ELRA 3RN8A 3PUZE 3ZKLA 3O3VA 3SETA 1O63A 3V89B 4PPRA 1IXGA 2O7UA 3IJOB 2PVUA 4ZJ1A 2Y2PA 3FXQA 1LFIA 3KG2A 1LFGA 2XXYA 1HD8A 4QD4A 4I62A 1JWPA 4OTEA 4S2IA 3LUYA 3IHAA 4NF6A 1P99A 4H5GA 4RX2A 4X68A 1TWYA 2ZYMA 2Y2IA 2F6PA 4LV3A 4YINA 2XFSA 4R3BA 4ELQA 2OSUA 4KFQA 2DWIA 1EU8A 2WKEA 3IWOA 3CJMA 2I4BA 2E1SA 1ZG4A 3KN3A 4DDSA 5FI2A 3O97A 1YMXA 3BFCA 4OH0A 4HCWA 4Q0CA 3DP4A 1MQIA 4DCXA 1BLSA 4IGTA 3VMAA 4H65A 4PFTA 4S2NC 4DE2A 1BLCA 4Y0TA 2C6WB 2Y91A 3E13X 2DWJA 4NWDA 4E0XA 3KBRA 3OXNA 2I58A 2UXAA 3ITAA 5K2YA 5I57A 4N92A 2VGQA 1M6KA 2IWDA 2J8YA 3IF5A 5FI7A 4E3MA 1ERMA 2QS4A 3E2LA 2WKHA 5EECA 2P2AA 5FHNA 4OPRA 2A5SA 4ZEKA 2XXRA 3HVFA 1Y1ZA 1MWTA 3BFTA 3MVYA 4RK2A 2CC1A 5I59B 3RT6B 4JXWA 2AIXA 1PW1A 2F6GA 3SERA 4UACA 1USYH 4TLLB 4FIMA 2VGKA 4QHQA 1JWVA 3V83A 3DW0A 3W4QA 5ICQA 1QKBA 2HPBA 5H8HB 1KDWA 5FSRA 3HBRA 2DYXA 3O6IA 4R2BA 1ESIA 2DSFA 1LBBA 5FQQA 2Z2LB 3FWLA 1DPPA 3RQTA 5EVLA 1ZKBA 3A3CA 4N13A 3HLDA 3ZG8B 1KDSA 2GFEA 2V84A 3TPAA 1MXXA 3CFXA 5EOOA 1FTJA 5I56B 1B05A 1S50A 1MY8A 2HCAA 4JSOA 1QUKA 3ZHHA 1AL3A 4EBLA 2UVHA 2I48A 4G2ZA 2OBGA 4XIGQ 1N76A 5F1GA 3S9EA 3G2YA 1ES5A 5BUUA 1SI0A 3IK6B 4OFOA 5FASA 4LQ5A 1M5DA 2M8CA 2HDUA 4YKJA 3BFGA 4U0XA 2LAOA 4F19A 1TDGA 3G3FA 4EQ9A 1JVXA 3IH8A 1MWRA 5AQ9A 1D9YA 4R6YA 1PZPA 3PD8A 3H06B 1MDP1 3TTKA 2I4CA 1B6HA 3K6XA 4WYYA 1D3KA 1IEMA 3O86A 2H5YA 4KR5A 5F82A 3Q1FA 2F8DA 3CVGA 2ZM0A 1B2HA 1NMUA 4F39A 4GVOA 5I59A 3JV9A 4WEDA 2ZC3B 4TOZA 1OVBA 4P0MA 1GVCA 5IKBA 1Y3NA 1LL9A 5FAQA 4H0WA 4R6HA 3AXFA 1H76A 2QMXA 2DE4A 4QF9A 4QY5A 1A40A 4OLGA 1WODA 4Q8RA 4ZTKA 1Y4CA 2XHDA 1MXUA 3RLFE 1P1WA 3O6HA 3IXBA 4E6XA 2PMSA 3ZVWA 4C75A 2RKMA 5A90A 4OPZA 1PWDA 5H8FB 1Z7ME 4YB6A 3ODBA 2ZNTA 3SH8A 4ZEBA 3V39A 5I56A 4QFPA 1EZPA 4ECFA 2V3QA 3VLVA 3MZBA 3G2ZA 2ZMBA 4F1YA 4MF3A 3QSLA 1YMSA 3LSXA 4GXAA 2H25A 1EI5A 3FGSA 1K57C 4OQIA 1FR6A 4FD8A 4PMAA 2ZQCA 4F18A 4F3GA 1DTZA 1LLBA 4R72A 3H6WA 3TAJA 4BL3A 4ZBEA 3DLNA 2Y2HA 3K6VA 4E6WA 4H5FA 3ITBA 2DXYA 2X7QA 4OXVA 5FATA 3SH9A 5J8XA 3VVDA 3CMZA 1GHMA 3IB2A 3IT9A 1MQHA 4JWYA 4POWA 3IH9A 4GDNA 4U21A 3TDJA 1UTHB 3WS0A 4KYEA 2VD3A 1XOCA 4QFLA 1FTKA 1MRPA 3BLSA 3WWXA 2YJPA 1YLTA 5E2FA 5A5XA 5FTHA 4R4SA 1URGA 2BG1A 1K4EA 2VP1A 2PT1A 5E2GA 2J9PA 3R6UA 5H8NB 1ZU0A 3B7DA 4MNRA 4E3LA 4EWFA 3MKFA 2WAEA 1M5CA 1B5JA 5A93A 3MP8A 1USYE 3ZFZA 1PWCA 3RTWB 5DEXA 4F2OA 2H9BA 2Z2MB 4UA6A 5H8FA 3M3FA 2RCBA 2THIA 3OEKA 1BULA 4DF6A 3NDGA 1P1OA 3P7IA 3TCGA 4BDMA 4ELPA 2XEPA 2DP8A 3G30A 3KEIA 3I5OA 3FVKA 4GD5A 1GA9A 1OLAA 1LB9A 2QMIA 4F22A 3THIA 3GBBA 1B5HA 1YLYA 1PDAA 5ELVA 3BFDA 3I3VA 1SKFA 4KENB 4XKQA 3VFHA 3OOAA 4BDRA 1SYIA 3C35A 3IF6B 1DTGA 1XGJA 5CHMA 1JWZA 1QMFA 3Q81A 3G3IA 1Z6FA 1SW4A 2OWTA 3FJGA 3LY3A 2KLFA 4KQPA 4DXCA 3E4RA 3FKWA 4GD8A 1A8FA 5TU0A 4UA7A 3W8KA 3GRJA 1US4A 1B7ZA 3OCNA 2HDQA 4GXSB 3H3GA 2I3VA 4KI0E 3GLBA 2P0SA 1II5A 3O29A 4X9TA 5I2KB 3MVXA 3BFUA 5FQKA 5HM4B 1B40A 5H8NA 4YMAA 4PM9A 1QMEA 4RVAA 5AA3A 5HX9A 4JXIA 5I2NB 4ZZAA 1NFTA 2QRYA 4JPMA 4R9GA 1KE0A 2DE3A 1HSEA 1DJBA 4M1VA 2Q8JA 1N9BA 4AB5A 4EF1A 1NXYA 3PUWE 3TTRA 1O07A 4OOLA 5KZHA 1TFDA 4G68A 1R6ZA 1L0FA 1YLWA 2HXWA 1W8YA 2F7AA 3ZNYA 1M40A 3MKEA 5H8QB 4X1DA 1PWGA 3G3KA 3HUMA 1B1HA 4ZZEA 3G35A 1B7UA 1SW1A 1DJCA 3CSBA 2PU4A 3MQ9A 1VM1A 2WGWA 2Y4AA 3FXUA 4I9DA 4MLLA 3A3UA 1OIBA 4QSCA 1WE4A 1XX2A 4S2LA 3IX1A 1UIVA 5HAQA 3PPPA 3I6VA 3W9VA 3SEYA 3QNBA 3SESA 3C4MA 3BEBA 3IF6A 2Q9MA 2B3FA 4GB7A 1GHIA 3KGCA 4OONA 4S2PA 3B6TA 3HV1A 3V5MA 3S4XA 4MH5A 4E3NA 3PV0E 1I6QA 2VHAA 4IO5A 4LV2A 1FSWA 4LQ2A 3HHGA 4DIGA 2J7VA 1S6RA 4KG2A 2REJA 1UTBA 4DRTA 2FFFB 3FZCA 5B7DA 2QSXA 3A3DA 1IXIA 2IA4A 4THIA 1A7LA 4LCLA 1CB6A 3SS5A 2HAUA 2JCHA 3TYHA 3UORA 1LGBC 2F36A 1H8ZA 3OPRA 2XH9A 4N9KA 1B4HA 2B65A 1XA1A 3MXSA 4JF5A 5CEDA 2CMOA 3PTEA 1FSYA 1K6SA 2QZ6A 4MBPA 4OKPA 5HAIA 2OLVA 1PIOA 1JEVA 5L8DA 4WBGA 3M3KA 3UA8A 4P11A 1YPNA 2H0TA 3BYDA 2XXHA 4HBUA 4JF6A 4RX3A 5D3OA 1URSA 4NF8A 1SBPA 4MLVA 3AGFA 3FYZA 4GF8A 5DTTA 3ZDJA 3CRBA 4GN2A 1RGZA 3HLWA 5ITOA 3V5AA 2ONRA 2OV5A 3K2DA 4F3SA 3B6QA 5AA4B 5KMWA 3PPOA 4D2OA 4IVIA 2A5TB 4WEJA 1LCTA 2XX7A 1DPEA 1PYYA 1JNFA 3EQ1A 2AL5A 1XPBA 1OQGA 3PPRA 2QL3A 4R1GA 4QJGA 2RC7A 5DT6A 4RPOA 4B4ZA 3CI8A 1ZIUA 2PU2A 5CTNA 5IHVA 1LCFA 4OFLA 5ITPA 3T96B 1R9LA 5L9OA 1YAEA 4KZ8A 1PBPA 2Y2OA 4GL0A 4OP5A 2I72A 1RKMA 1PB7A 2XD1A 1FQDA 4LZ5A 5DVAA 4EDPA 5JTYB 1VFDA 2Y2LA 4KZ7A 1KGFA 3MZFA 1FQFA 2XXQA 4OLDA 3MPLA 4EXLA 2RCXA 1LHYA 4R74A 4FCFA 4GFRA 3VP3A 1FTOA 3UP9A 1MXOA 3UE1A 3QYTA 1N7WA 3H6VA 3FV7A 4P0IA 5KCJB 1H43A 1OVTA 2QS2A 5GL9A 1K6RA 3HLBA 1WYBA 4GOTA 1B0HA 2QJEA 1PB8A 2O84X 1IYPA 1SD3A 4H8JA 5EVIB 5DTBA 1Y3QA 1B32A 3WRZA 2XX9A 3VP0A 5CMMA 3TG9A 2I6EA 2DWAA 4K3FA 3ZG9B 1K25A 4WKMA 2CZLA 2ZC4B 2F35A 4JXVA 4IO6A 3V3RA 3VFFA 3TCHA 5L2FA 2FFYA 3FJMA 1FCOA 2OLBA 1NH7A 1P1QA 1ES2A 3FIRA 4RK9A 2W7YA 1Q2QA 3GR2A 4POXA 4U2RA 2XF3A 3JZJA 3WS2A 2QS3A 2Q2CA 2Q89A 4E3IA 2V2FF 1E4DA 4X1BA 1RGYA 3RGYA 4RXLA 3HL9A 4LV1A 3HUOA 3U1OA 5JTYA 3S2VA 4N9LA 3S22A 3MZ9A 2E8IA 3Q27A 3ZSFA 3N4IA 2OZZA 3SEWA 1ZLQA 1LI9A 5AA1A 4X6TA 3CSGA 5DTKA 5CRYA 2Y2QA 4OHNA 3VP2A 2F78A 4JLFA 1L5TA 3N8LA 3PUXE 1CE2A 4YKIA 1ES3A 1BLHA 3MZEA 3C9HA 3HCQA 1LL5A 4ZEIA 5FAPA 3K00A 5JK4A 4G68C 4OFJA 4O3CA 4IY6A 4BD0A 1NL5A 4RNSA 3FVNA 1OQHA 2DVCA 1O7TA 4KQRA 3N26A 1FTLA 4HS7A 4OWDA 3N8SA 2WKYA 4M3KA 3SDFA 3LEZA 4FSFA 3Q29A 2P9VB 5FQ9A 4OYVA 1MY3A 3A3EA 1YLJA 4FH4A 1Q35A 3ZG0A 1B0LA 3RY3A 4JBZA 4CJNA 4S2OA 4JB7A 3IORA 5HPQA 5I58B 5DVJA 1SW5A 3VXBA 1LBCA 3FATA 5JYOA 1W8QA 3IF6C 3VVEA 2Y55A 3IXGA 2RINA 4YKKA 4WZ4A 1HSLA 3IJXB 5DF7A 3RXWA 3HPIA 1K4FA 3K01A 1SDXA 1JW5A 3N8RA 5A91A 2ZM2A 1ELJA 2V93A 1H44A 3UY6A 3P09A 5GLCA 2Y7WA 2D3IA 5DYHA 3GVBA 1IIWA 4C3QA 3CIJA 2VD2A 4F29A 2I0BA 1Y4TA 2EX2A 3FASA 4OEVA 5FI6A 5JEIA 1B1XA 3UPOA 3TSGA 3KZGA 1KGEA 4N6PA 2HZKA 1HVBA 4Q30B 3KSJA 4QFKA 4DE1A 4JSDA 3TTMA 4ID4A 4RY1A 4F3PA 1BT5A 1IITA 3MZ1A 2V3TA 4PFUA 1ESUA 3PBQA 3VDFA 3RT8A 3DP6A 1QVSA 2QMWA 1BLPA 4UHUA 3VP4A 2ABHA 3O2AA 4KZ3A 4YZZA 3LCEA 3OPLA 4MEZA 2ZM8A 1GR2A 2X02A 3AGEA 4ELOA 3T93B 5E2HA 1MM7A 3R7XA 5H8HA 2P9VA 2Q88A 3IB1A 1ZKJA 1T0KA 5M19A 2HDRA 2DRWA 3HLGA 4Q8IA 2Y2GA 1FQGA 3S4UA 1O7EA 1ZG6A 5BWJA 4GWOA 1VQQA 1Y9UA 3IHBA 1N0TA 3M6HA 2OK2A 3OD7A 2WYXA 1TVFA 3LSLA 4K0WA 5AQAA 2ZYNA 3PAGA 4DKIA 3C4OA 1K38A 4IGRA 2XGNA 1YTVA 4FEDA 4IO4A 4BDNA 1LAFE 3OMBA 1MY4A 5GLAA 1CI8A 1JTGA 5HAPA 3OCLA 3SKPA 3RXXA 3T9HB 3F11A 3W15C 2XDMA 3ECRA 1PEBA 5FHOA 1NJ4A 5M1AA 3MP1A 4HESA 3CG1A 2UVIA 3OENA 1G6AA 4MBFA 3C7VA 2Y7PA 1B46A 1SHVA 4WZ5A 2WZXA 4KZ5A 1FQBA 4K91A 5FQIA 3VE1B 5FQMA 3HN0A 1MXVA 3G32A 5M2VA 4MBKA 2Y7RA 3MBPA 1B51A 5DF9A 5K2XA 2V1ZA 1YQSA 3K1NA 1I2SA 1SCWA 4OQHA 3E2KA 3O66A 3VLWA 4GNUA 3UIFA 1VE4A 4OETA 4GDBA 3LR1A 4FAJA 1LAGE 2DWHA 2E0SA 1L0EA 2O51A 1GCEA 2O7IA 2Z8FA 1LI0A 4S2KA 1D4NA 4EXKA 3HLCA 2ZNSA 4AB6A 2GRVA 4GKUA 2WGIA 1DY6A 1LSTA 2XD5A 5KDTB 5I84A 2G29A 4BDLA 3VLUA 2NXOA 3BRMA 3B6WA 3U72A 2OWSA 3Q7VB 3EHTA 4KZ6A 2RF1A 2H5SA 3PBOA 4X55A 5TPAB 1XXMA 1B3LA 1KWHA 2XR0A 4LONB 3ILUB 3AGDA 1VFEA 1W79A 3FXRA 2UWXA 3IOTA 1XGIA 3U94A 4WELA 1LAHE 1DJAA 2A3UA 3NBLA 1DMBA 2X71A 4BJPA 4JF4A 2F7CA 2V20A 1S0WA 2HDSA 4P87A 4NE4A 4XXUA 5CERA 2GHBA 1L0DA 3A3IA 3HSTA 3ZG5A 2F34A 3UK4A 4FECA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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