The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
183
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sequence length |
696
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structure length |
663
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Chain Sequence |
AIKYYNAADWQALPSLAELRDLVINQQKRVLVDFSQISDAEGQAEMQAQFRKAYGVGFANQFIVITEHKGELLFTPFDRTEETNTLPHVAFYISVNRAISDEECTFNNSWLWKNEKGSRPFCKDANISLIYRVNLERSLQYGIVGSATPDAKIVRISLDDDSTGAGIHLNDQLGYRQFGASYTTLDAYFREWSTDAIAQDYRFVFNASNNKAQILKTFPVDNINEKFERKEVSGFELGVTGGVEVSGDGPKAKLEARASYTQSRWLTYNTQDYRIERNAKNAQAVSFTWNRQQYATAESLLNRSTDALWVNTYPVDVNRISPLSYASFVPKMDVIYKASATETGSTDFIIDSSVNIRPIYNGAYKHYYVVGAHQSYHGFEDTPRRRITKSASFTVDWDHPVFTGGRPVNLQLASFNNRCIQVDAQGRLTANMCDSQQSAQSFIYDQLGRYVSASNTKLCLDGAALDALQPCNQNLTQRWEWRKGTDELTNVYSGESLGHDKQTGELGLYASSNDAVSLRTITAYTDVFNAQESSPILGYTQGKMNQQRVGQDNRLYVRAGAAIDALGSASDLLVGGNGGSLSSVDLSGVKSITATSGDFQYGGQQLVALTFTYQDGRQQTVGSKAYVTNAHEDRFDLPDAAKITQLKIWADDWLVKGVQFDLN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal Structure of the Vibrio cholerae Cytolysin (VCC) Pro-toxin and its Assembly into a Heptameric Transmembrane Pore
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Toxin
|
source organism |
Vibrio cholerae
|
molecule keywords |
hemolysin
|
total genus |
183
|
structure length |
663
|
sequence length |
696
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2004-09-13 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF07968 | Leukocidin | Leukocidin/Hemolysin toxin family |
A | PF16458 | Beta-prism_lec | Beta-prism lectin |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Distorted Sandwich | Leukocidin-like | Leukocidin-like | ||
Mainly Beta | Aligned Prism | Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A | Jacalin-like lectin domain | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Translation Initiation Factor IF3 | Translation Initiation Factor IF3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VY6 A; 1UH1 A; 5EXG A; 1C3M A; 1M26 A; 3WOC A; 3LKY A; 1WS4 C; 2NU5 A; 3LLZ A; 2GUD A; 3LM1 A; 1VBP A; 1UGW C; 1UGY A; 1J4T A; 1OUW A; 1J4S A; 3LL2 A; 1PXD A; 3MIT A; 3WOB A; 1XXR A; 2HYQ A; 1C3N A; 4PIK A; 2GTY A; 1WS5 C; 1X1V A; 4GX7 A; 4PIU A; 1KUJ A; 3P8S A; 3R50 A; 1TOQ A; 1ZGR A; 5J51 A; 4PIF A; 1VBO A; 4AKC A; 1C3K A; 3APA A; 2GUC A; 4PIT A; 3VZG A; 3LL0 A; 4AKB A; 1ZGS A; 4AKD A; 1WS4 A; 3LLY A; 2JZ4 A; 1JOT A; 2NUO A; 2GUE A; 2BN0 A; 3R52 A; 3VZF A; 1UGY C; 1XXQ A; 4R6P A; 4DDN A; 1UH0 A; 1UGX A; 1J4U A; 2BMZ A; 1UGW A; 4WOG A; 1KU8 A; 3VY7 A; 4MQ0 A; 3LL1 A; 4R6N A; 3VZE A; 2HYR A; 3O44 A; 5BN6 E; 5J4T A; 2GUX A; 1XEZ A; 3R51 A; 3MIU A; 1TP8 A; 3AQG A; 5J4X A; 4AK4 A; 5AV7 A; 4R6Q A; 1WS5 A; 1JAC A; 3MIV A; 4R6R A; 2BMY A; 5J50 A; 5JM1 A; 4R6O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2A3J A; 2MEW A; 1YWX A; 1K9M T; 1H6K X; 2AGP A; 2HGL A; 2PA8 D; 1NK9 A; 1FDA A; 4TY9 A; 3R1L A; 5A76 A; 3KMS A; 1PJ7 A; 2PFD A; 3OTO F; 3W64 A; 4LRE A; 1TZ0 A; 2DNK A; 3HVW A; 2GJF A; 2V8V A; 5LMU J; 2DY9 A; 4F4A A; 3ANZ A; 2E1A A; 3GG1 A; 3FQL A; 1HNV A; 5L46 A; 3KLG B; 4GC6 A; 1M5H A; 5DG7 A; 4E2F B; 1RK8 A; 1JLA A; 4KJI A; 3DLK B; 2UUC J; 3SCL E; 5AJ3 J; 4AKC A; 3CC2 S; 2LP4 A; 2WB4 A; 3OXF A; 2F4F A; 3PTW A; 3G6Y A; 2B51 A; 5L38 A; 4IH6 A; 4D3G A; 1VK3 A; 2HIQ A; 2B9E A; 1RHR B; 3TI0 A; 5KFD A; 1KOO A; 3LO3 A; 1RT2 A; 2Q66 A; 2BQR A; 3AJ2 A; 4LF9 F; 4YDX A; 3HZG A; 1TTH B; 1TUV A; 2VOO A; 4Q43 A; 1GX5 A; 3N5F A; 1PAV A; 1XMQ J; 1RJJ A; 4JB8 B; 4A8O A; 5IT9 Y; 1TV6 B; 2Q3P A; 2NZ4 A; 4DV1 F; 1NCL A; 5C25 B; 2QYC A; 1TFY A; 2ZOM A; 3Q8S B; 4DG1 B; 3DXS X; 2ZJQ Q; 3TUI C; 3QZ8 A; 5IWA J; 3DLH A; 5HBM B; 1NSA A; 2QLB B; 4NXN F; 1SPB P; 3HHE A; 2CQG A; 4IR9 A; 4B3M J; 1VQ6 S; 2HLU A; 3K89 A; 5CCM A; 4O3S A; 4KSE B; 2B8P A; 2IAJ A; 3KG4 A; 4PEO A; 5CYQ A; 5D0H A; 3O8W A; 4BLG A; 1U1O A; 4JI8 F; 3CPW R; 4B9L A; 3H5U A; 1B64 A; 4J90 A; 4PIF A; 2OLW A; 1I51 B; 5L9N A; 3K57 A; 1DAR A; 1SKW A; 3APA A; 2J6S A; 4EZ9 A; 2DEJ A; 2RUG A; 2CJ9 A; 4KKO A; 4AE5 A; 1VRQ C; 4UY8 5; 1IKX A; 5DO2 A; 4RUH A; 4RW4 B; 5F9L A; 3D66 A; 2M8H A; 4F4K A; 4NLU A; 3GIJ A; 2Y3Y A; 1R8B A; 1VR6 A; 2YGT A; 2Y1R I; 3SYZ A; 3M2L A; 1TKT B; 2BBE A; 1Y9X A; 3THT A; 4B3S F; 1NJX A; 4RW8 A; 3MZI A; 3BBF A; 3D7S B; 1RT5 A; 1AFI A; 2HK2 A; 4KHR A; 5F8L A; 4OYW A; 2RS8 A; 2XC9 A; 4RNH A; 4X4R A; 4OX9 J; 3J81 j; 4YHH J; 3KDN A; 1Q8L A; 1LW0 A; 5GVQ A; 4NLX A; 4LQ9 A; 4KIA A; 3EYZ A; 3QQC D; 4GVL A; 1N32 F; 1N8R T; 3VGS A; 2X1F A; 4X4U A; 3R5G A; 1DFD A; 4TLR A; 3PCO B; 4NLG A; 2IJR A; 2XO7 A; 2BAB A; 4E8U A; 3P04 A; 4F2R A; 3DOM A; 1HPZ A; 2ZM6 F; 1X5T A; 3HVT B; 2WTF A; 1ZM3 A; 3DRR A; 1J27 A; 3ZZP A; 1CJT B; 4JV2 A; 3SMZ A; 2OPQ A; 4IOA Q; 1F60 B; 1EB0 A; 3FC9 A; 4ECR A; 3M6U A; 3UDC A; 4ZHR B; 3PKM A; 2CPZ A; 3M6X A; 4A8Y A; 2LU2 A; 4IFV A; 2ERR A; 2A2C A; 3HHL A; 3JYT A; 2VIC A; 5DGA A; 2P6T A; 2EW9 A; 2PGC A; 4ZIV A; 4LBH A; 2JEG A; 1UP1 A; 1NXI A; 5KFG A; 1IBK J; 1SCJ B; 3MD1 A; 4H4K C; 4EI2 A; 1CS4 B; 4Q0B B; 4ECQ A; 3HSZ A; 1Q1K A; 3OJS A; 2XS7 A; 2LQ9 A; 2XY5 A; 4J9K A; 4CLS A; 4A46 A; 3RB6 A; 3I9V 9; 2Z2Y B; 5M2P A; 4ES3 A; 2V4J A; 3J7Y I; 3OBI A; 2OML A; 3DM2 A; 4CM2 A; 2LXR A; 5LOQ A; 4W4M A; 3AOB A; 1HBU A; 1FWP A; 3J7Z T; 4KPY A; 3QT7 A; 5KFY A; 4J9U E; 2UV8 A; 3ZZY A; 4DUY J; 1M5P C; 4H4M B; 4N8N A; 1JLC B; 3UQS A; 3UPF A; 1UVN A; 3LA0 A; 2XO6 A; 2HQI A; 4KC5 A; 2A2Y A; 4B08 A; 3NCP A; 2V34 A; 4KH0 B; 2CQ1 A; 1LWC B; 4YY3 F; 3EZO A; 1NRK A; 2DK2 A; 4LF1 A; 2V4Q A; 4QWE A; 3SBM A; 2HQC A; 1SV5 A; 1UWB B; 2QX0 A; 4GKJ J; 1JKH A; 3R51 A; 2FVP A; 4O3P A; 3BS9 A; 1SJ3 P; 2LA4 A; 2RML A; 3IAM 9; 3B82 A; 1JLF B; 1R0A B; 2CPY A; 3CCU S; 7FDR A; 1JLE B; 4JI2 J; 1LN4 A; 2LKZ A; 4ZVH A; 1ZAX A; 3KLF B; 4DS5 A; 4ZMM A; 4DJB A; 1KQS R; 4CLU A; 2UXC J; 2Z8Q A; 2D3Z A; 5HMX A; 3ZFV A; 2O66 A; 5KFF A; 5K14 B; 3NS7 B; 1GEH A; 2VZ9 A; 1JMT A; 1FJG F; 1IM4 A; 3WIU A; 2VF3 A; 3MHY A; 1PVL A; 2RDD A; 2VG5 B; 3OSN A; 2HFZ A; 2AJ4 A; 3FEZ A; 3I5B A; 3OTE A; 1VRT B; 3UN5 A; 1RWN B; 4DV6 F; 3OTD A; 4DR2 J; 3OXL A; 4JI4 F; 4KYZ A; 1W25 A; 4ZVP B; 5CA5 A; 1N36 F; 2AKW B; 3DLJ A; 1LWF B; 1UAW A; 3NXZ A; 1RAD B; 1BQM A; 3N01 A; 3DCA A; 3H2U B; 3CXC R; 4H4O A; 1R89 A; 4PUO A; 2DNO A; 3OSP A; 4DSI A; 3FZ2 A; 2MGZ A; 1GFW B; 4R25 A; 5GAD U; 3A8E A; 2CQ2 A; 4FCX A; 4FXV A; 5D0E A; 1S7I A; 3Q0A A; 4J9L A; 4RBT A; 1TEL A; 4USI A; 4NPO A; 1U4B A; 4FBU A; 1S1U B; 4HL9 A; 4KHP J; 4KE5 A; 3ZZU A; 5K5M A; 1M0S A; 2FDN A; 4OYX A; 4K86 A; 4K88 A; 2MQP A; 4LF8 J; 3NNA A; 3WC0 A; 4IH5 A; 2UVR A; 4P1Y B; 1UKU A; 4N8O A; 3PZP A; 4L72 B; 1I3O B; 5HVH A; 2QK7 A; 1S6U A; 2KYZ A; 2XUL A; 4IFY A; 3R5A A; 4PAB A; 2JH3 A; 3KLV A; 1TK0 A; 3CDW A; 3PW5 A; 3I56 S; 3MED B; 1M5V C; 2MZJ A; 2JZ4 A; 1S1T A; 1YI2 S; 3IWX A; 3M8S A; 2AMC B; 1OPZ A; 3A12 A; 2IJF A; 2XWY A; 2KZZ A; 1DQ8 A; 1IWA A; 5U47 A; 2JFK A; 2WHO A; 3L9Z A; 5F3T A; 1CC7 A; 1UL3 A; 1FK9 B; 1KTQ A; 4ER8 A; 5A8W A; 2OAU A; 4IG3 A; 4UY8 T; 3NGT A; 2NXU A; 3MEG A; 3CO9 A; 1FJC A; 2JEF A; 4LFB J; 4HYK A; 3CCL S; 2OPP B; 3H90 A; 2B4O A; 4B9S A; 4OX8 A; 1F3V A; 2Y1I A; 3V6K A; 4ZVR B; 2ALY B; 3TWZ A; 4C98 A; 1PXD A; 5H9E J; 2GTY A; 2OPR B; 3ZXW A; 1F1B B; 4JI0 J; 1A0O B; 4M5D A; 2QSF A; 3KK2 B; 1HR0 J; 1X4E A; 2X7I A; 3Q22 A; 3Q24 A; 3OR2 B; 3VZG A; 2HNY B; 1SVD A; 1JLG B; 1D09 B; 1CJK B; 3D68 A; 4X66 F; 4DDN A; 2ILZ A; 2KO1 A; 2GHW A; 2V50 A; 2W4P A; 3QT5 A; 1WTF A; 1B7Y B; 1CC8 A; 5MAO A; 1K1Q A; 2CJX B; 1PYO B; 3N6N A; 2H1Y A; 3I0S B; 1CJU B; 1I94 F; 3ZTO A; 1CSJ A; 4AL6 A; 2B7C B; 1SKR A; 3R6G B; 1D9F A; 3WOC A; 2OSQ A; 1SQE A; 2K2P A; 1WC5 A; 2I5J B; 2HMI B; 2IMW P; 2KHD A; 1P8G A; 1HHQ A; 5HI7 A; 1K73 T; 2WAQ D; 1TV6 A; 5IT0 A; 4OLP A; 2MKK A; 2GZO A; 4DI6 A; 2J5A A; 5C25 A; 3QO9 B; 4A8K A; 1NK8 A; 4DG1 A; 1EHW A; 5HBM A; 3TOE A; 4UZC A; 1BMQ B; 4C0H A; 1WKJ A; 1FNM A; 4W98 A; 2LN3 A; 1T9Y A; 3GZ7 A; 5CD4 A; 5E33 A; 2WB1 D; 1YJ9 S; 2KZM A; 4UOF A; 2BMZ A; 5ETT A; 2HYI B; 2DY1 A; 4Y65 A; 1C1C B; 1RT4 A; 3EJM A; 1X4C A; 2A1B A; 3FRY A; 4RW4 A; 2Z2L A; 5AE3 A; 4MK7 A; 1QUV A; 3WHI A; 3U1L A; 5B0B A; 2YX7 A; 1HBN B; 1NK5 A; 4TU9 A; 4O23 A; 4QR2 A; 1C3M A; 2GW8 A; 4WYL A; 2WVD A; 1IBM F; 4OFZ A; 2BJ8 A; 4I2Q B; 2UUT A; 5AXL A; 4WF9 Q; 4ILR A; 5KG2 A; 1VJQ A; 2J9E A; 3LP1 B; 4EU0 A; 5ITH A; 4J7C A; 4DV0 F; 1R6Y A; 3QMQ A; 1Y11 A; 1IR0 A; 1DTT B; 4EBC A; 1IKW B; 1KLM B; 1ZGR A; 4O3O A; 1RE1 B; 2DJW A; 2B6A A; 1I1G A; 1EAY C; 3MFI A; 3IR7 B; 2L3M A; 3H42 A; 2ZKT A; 5KG5 A; 4F02 A; 2P6S A; 5ETQ A; 3DXB A; 3M8R A; 4KV8 B; 1S1V A; 3P3D A; 5KT6 A; 1NM2 A; 4LF7 J; 1H0H B; 3BGL A; 4I2P B; 1CJT A; 3QIP B; 2G2Z A; 1VR4 A; 1BXN A; 2J0W A; 3MTJ A; 3MEK A; 3BQ0 A; 4NZT M; 5EXG A; 2DH9 A; 1GXL A; 2E7W A; 1N54 B; 3WX4 A; 3VAL A; 4QX0 A; 2R8G A; 1U8W A; 5KFH A; 4NA2 A; 4LRC A; 3W5X A; 4CO2 A; 4NA3 A; 3DDN A; 1WOR A; 1A6L A; 1LXN A; 1F9H A; 3ELH A; 4ECW A; 3V5R A; 1Q7L B; 3TVK A; 4LVO P; 3C15 B; 4TU8 A; 1SJR A; 1C3K A; 4F3Q A; 1N52 B; 2EK0 A; 3IBW A; 1JB0 C; 1BE4 A; 1GT8 A; 1JOT A; 2FVQ A; 4A8S A; 2QRR A; 1B0P A; 5K8N A; 4P52 A; 1DHM A; 5GMK a; 4OLF A; 2F8M A; 1PYT A; 2HND A; 1JLC A; 1Q79 A; 2RNE A; 2VQE J; 4MYU A; 2C2O B; 1FKO A; 1SC4 B; 1J5E J; 1FXR A; 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