1SKSB

Binary 3' complex of t7 dna polymerase with a dna primer/template containing a cis-syn thymine dimer on the template
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/electron transport/dna
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*C*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*C
publication title Nucleotide insertion opposite a cis-syn thymine dimer by a replicative DNA polymerase from bacteriophage T7.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 27
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1sksB00
3GKMA 4EDYA 4TXOB 4IVFA 3FZAA 3M3MA 4NV5A 4F2IA 3CSHA 4TR3A 2OE1A 2ZNMA 4LA1A 2HZEB 1ZL9A 5DCHA 4ISDA 3GRXA 4OD7A 2C0FA 2KP2A 2HT9A 3ZVJA 3GX8A 1JHBA 4MLYA 5HQPA 3ZLPA 3P90A 1SD8A 3KMNA 4FYCA 4K1FA 4XRAA 3EMPA 1H4OA 1XWBA 1R4WA 1THOA 4CHSA 1R5AA 2C4JA 3LG6A 3HDCA 2H01A 3ZFBA 2PERA 1GRXA 4TR0A 4AJ8A 4NHWA 1X5EA 5CRDA 2NPBA 5AISA 3QAWA 4KDXA 3Q19A 2KUCA 5B6NA 1GSYA 3IRAA 3E3EA 4DSRA 1BEDA 2L4CA 2M72A 1FB6A 4N0ZA 4KGIA 2LJAA 1GTUA 1HYUA 4DVCA 3ZYWA 1XFLA 2K8SA 3D6IA 5A5KA 5DQYA 1QMVA 5IM9A 4LMVA 1DE1A 4OO4A 4GSSA 2B5XA 1O8XA 4ZB6A 3ZMLA 4IKHA 1FVKA 2JZTA 1ML6A 5D93A 3DIEA 4NHZA 1PQNA 1X5DA 3US3A 1K0AA 2IMFA 2NBSA 3UVTA 4WKWA 1WRYA 2B5YA 5IMFA 2B7JA 4JRRA 4HEA2 1UA5A 1H75A 2B3SA 4KB3A 1BX9A 3IHQA 4KDYA 4V2LA 2N5BA 3F0IA 1XIYA 2FD3A 2LTKA 5IMZA 3QMXA 5J9BA 1KTEA 2IMDA 1T4YA 3HJMA 1A0RP 5B7CA 1QGVA 5A4WA 3VLNA 2G2QA 3Q6OA 3L9SA 1XWAA 1PX6A 3OR5A 2JL4A 3TUEA 5LD0A 1EGOA 22GSA 4WF5A 1TK0B 3EURA 1TOFA 4GF0A 4KX4A 1GP1A 1YZXA 3FEUA 3DD3A 2FUG2 4GWRA 5ECHB 4LL4B 17GSA 2Z9SA 2DMMA 2PGTA 1M2BA 1AUCA 2V6OA 3EMXA 3VWWA 3IA1A 4MMMA 4JZQA 3KD0A 2LKUA 2VL9A 18GSA 3CTFA 3QCPA 4KSOA 3ERGA 5EVOA 2MBTA 2HE3A 1YEXA 1J9BA 3O6TA 1TU7A 2QGVA 1EV9A 1V9WA 6GSYA 3W6GA 4MZCA 4EDZA 3J7Yk 3LEFA 3GSSA 1XVWA 1URMA 3HHVA 1VF2A 3APQA 4ML1A 2AUVA 5GSSA 1LJRA 3C73A 3M9KA 3TJGA 3HYPA 1GTIA 3GSTA 3D0ZA 4ZB9A 1WPIA 3HJPA 2VLUA 1DE2A 4XS6A 2IL3A 4Q5FA 2ZUPA 4RUVA 2AYTA 5D96A 3VWVA 4PUFC 5E4WA 2GQLA 5J41A 4LLRA 2REMA 2E2MA 1K0BA 2LRCA 4XTSA 3LORA 2B5EA 4D73A 3GKKA 3KTLA 1YF1A 2H71A 3UBLA 1G6WA 2RIIA 5F0GA 2O85A 4ZBBA 2VLVA 3KJYA 1PA3A 4PNFA 2ON7A 1QFNA 4PGTA 3PH9A 4POLA 1QUWA 2BTOT 4MF7A 3EINA 2JSYA 2O89A 5G1LA 1HNBA 2BMXA 3APOA 3MAKA 3GH9A 1A2MA 1NHOA 3EWLA 3D4MA 5KN1A 1V58A 3VK9A 4D73B 2H8LA 5CP1A 4HOJA 2CV4A 4MZBA 5GSTA 4MJBA 3O76A 2K6VA 5CRWA 2JZRA 4IQ1A 6GSUA 2YZUA 4KA0A 3GHAA 1ON4A 3IAM2 3GKNA 2YWMA 4KDUA 3QD9A 4O5RA 4EUYA 2H73A 3IE3A 4XHMA 4TKYA 3EVIA 2VCXA 5JWRB 2MYGA 5ECNB 1XCCA 4ZL9A 2TRCP 2L5LA 1K0OA 1X0RA 1GSFA 3VI5A 3IAS2 3LGCA 4I8BA 1KNGA 4V1Ag 3UVHA 4F0CA 5G1KA 4NV2A 3A3TA 5J9CA 2YOIA 2B1LA 3TKSC 1HNAA 2L6DA 4JU5A 5DALA 3ZIVA 3IK7A 3F3QA 3HY2A 1G7EA 3HZ8A 4F0BA 4JEDA 1M7TA 5G2ZA 1S3DA 3TCOA 3F3RA 4ZIJA 3H93A 2WCIA 1X9MB 3WGXA 11GSA 2C3NA 3KMOA 2RUFA 2FA8A 1VF3A 1N8JA 1WMJA 1QQ2A 2K9FA 3TJJA 5CYYA 3VFIA 4EL1A 1DUGA 1SYRA 4LMWA 2L59A 5A4UA 2V1MA 1F6MC 2DC5A 3KCMA 2AV4A 1OKDA 5F07A 2GZYA 4HJ2A 1BYEA 1A8LA 2EC4A 3DXBA 2M80A 2C3TA 2B7KA 4G10A 2M46A 1AIUA 4JR4A 3TGZA 1RW1A 1ERVA 4MP4A 1SKSB 5F8BA 1M9BA 3FK8A 1M2AA 2E7PA 2V32A 5IPHA 4JE1A 3GV1A 2J9HA 3ZL5A 1T00A 3ZRDA 3RPPA 5IMAA 2WULA 2WFCA 4ZB8A 3NOFA 3HJOA 3KTBA 4K7NA 1EZKA 2ALBA 2N5FA 1XBSA 3HVXA 5DVBA 1ERTA 2QKEA 5J4UA 4MPGA 5G31A 2VD1A 4NMUA 1EOHA 1AQVA 1IYHA 4ZBAA 3TKPA 2HYXA 5JCWA 4HQZA 2WDUA 19GSA 1MD3A 1JZWA 3M8NA 1F3BA 3HXSA 4NAXA 2NDOA 1A8YA 2WRTA 4IELA 5GZZB 2OBIA 2XHFA 1GUKA 5F06A 2CQ9A 1EEMA 2L4QA 5IMDA 4BL7A 2H30A 2H19A 1TK8B 4HZ4A 1Z5YE 1EV4A 2AB6A 1XXUA 4GXZA 2VCQA 5EPFA 2R6KA 5J3RA 1ACVA 1YKAA 1EOGA 4J56E 4ZL7A 3F63A 4I2TA 4XRDA 4X1UA 4YQVA 1GNEA 5B8BA 2AJQB 1PD21 4I5QA 4IBPA 3RBTA 3GNJA 3P2AA 2P0GA 3IC4A 3MDKA 2K18A 3QDNA 2KP1A 2OJLA 3ZMKA 2FWEA 4MF5A 4V2MA 3JCML 3KEBA 3TOUA 2FA4A 3DGQA 12GSA 4HDEA 2B6MA 2O7KA 2VL2C 3PGTA 2FWHA 4J57E 4LL1B 4RI6A 1C72A 3CTGA 3CSIA 1O73A 3NZNA 3HCZA 3KXOA 1R5PA 3ZTLA 2NVLA 1ZMAA 2I3YA 1OC9A 3A2WA 4IP1A 1I5GA 1GSQA 2PBJA 1B48A 4TOPA 5E59A 1TDIA 4E8EA 4PURA 2JSZA 2MZCA 2CX4A 2YN1A 4KNDA 4O32A 1B9YC 2MMZA 5IMCA 2HFDA 2F51A 1U3IA 2VLTA 2WS2A 4HZ2A 4TR4A 5KN2A 3KIJA 4IN0A 1Z9HA 2LQOA 2HRNA 1OYJA 3ISOA 4YQUA 2CX3A 2YJ7A 3D22A 4G2EA 3UJ1A 4L0WA 2HNLA 3FR3A 4FYUA 2HRFA 1OC9B 1R7HA 4FH8A 1TTZA 1X9SB 4K7OA 2K8VA 3IBHA 4TXVA 2L6CA 5IOXA 5ECPB 3TRQA 1G0TA 1K3LA 4GSTA 2PVQA 4ACSA 2HXKA 1XOBA 6GSWA 1ERWA 1USBA 2GQKA 4L5LA 5AGYA 5H5RA 3DVWA 3VURA 3ZFLA 6GSSA 4K9ZA 5AIXA 2DJ3A 3C1RA 4G19A 1Z3EA 5KEJA 5ID2A 2PU9C 5KN0A 2YJHA 1O6JA 3QAVA 3FR6A 4TW5A 3RAZA 2XBQA 1TRWA 3L9UA 4HUAA 2B1KA 3F4TA 4BA7A 1SL1B 4MDCA 4O7HA 4TRXA 3H79A 1V57A 1XVQA 2GSSA 5IMVA 4XCSA 1XW5A 2YWOA 2C0GA 4N30A 1TRSA 2IIYA 3FHKA 1PKZA 3IR4A 1BQ7A 6GSVA 2YZHA 3H1NA 1TJDA 2H70A 2VCTA 3BCKA 2FHEA 4QL9A 2IMIA 1TU8A 1TK5B 5ID2B 4WXTA 1U88A 1GLQA 1MDKA 1A23A 4GTUA 3KP9A 4FO5A 5HR2A 3L78A 4GRFA 3GH6A 1X9WB 3FKFA 3RDWA 1SJ6A 4OO5A 3KH9A 2TRXA 2PVOC 5ECQB 2FY6A 2GSTA 5ELGA 1T8EB 3NIVA 2XPEA 3C71A 3VPTA 16GSA 5IQYA 1Y25A 4KE3A 1YKCA 5G5EA 3FR9A 3F6FA 3L0HA 1K0DA 2KOKA 1ERUA 5JCGA 2ES7A 1JZDA 5ECIB 1T7PB 1IYIA 2GLRA 1ZCPA 1PX7A 3DEXA 1Z6MA 5H5SA 5HR0A 1QK8A 4L8EA 4XS4A 1ZOFA 3TOTA 2P5QA 1T3BA 1A0FA 1O8WA 3FZ4A 3LXTA 2DBCA 3TJKA 3TB2A 5JCUA 1K0NA 4GQFA 2H75A 3L4NA 4MJEA 1G7OA 4MZWA 5IIZA 4K6XA 2H74A 1EP7A 2H0GA 1SJZA 3PINA 5FWGA 1M9AA 3ME8A 2LRNA 3K8NA 4IW9A 1T1VA 5L71A 5AN1A 1OVNA 2QC7A 2R37A 1V2AA 3DKSA 3F4RA 1DSBA 2VM2A 1VF4A 2BJXA 4I6XA 3LFLA 2I1UA 3D21A 3J7Yb 2FWGA 2QSIA 1LBKA 4G9HA 1NM3A 2FLSA 4HI7A 2MBSA 3TRPA 3CSJA 4GQCA 3ZREA 2XBIA 2J23A 4EE0A 5IPGA 3GUSA 20GSA 2GS3A 4X43A 3DVXA 2C80A 2PMTA 4ML6A 4J2FA 2KHPA 3TJBA 2L5OA 4DSSA 5LNKe 1GULA 1BJXA 1FW1A 4KSMA 2V2GA 3BOAA 3QAGA 2VL3A 1U6TA 1O81A 4IGJA 3U5RE 1YEPA 1YQ1A 3TRXA 2F8FA 5HFIA 4IP6A 3APSA 4DSQA 3M1GA 4MF6A 3P7XA 6GSTA 2DJKA 3FRCA 3ME7A 5D9VA 1JFUA 1RK4A 4K2DA 1B8XA 1S3AA 3VPQA 1FO5A 1TRVA 4JBBA 2O87A 1SL0B 3BCIA 1ZYQB 3W8JA 3QR6A 1TP9A 3ZZXA 1NSWA 4K8MA 2P5RA 2H1BA 2D2ZA 1U3AA 3FW2A 4ZILA 1J08A 2I9HA 3LQ7A 3EE2A 2FWFA 2CVBA 4DSSB 4ZL8A 2HLSA 1AXDA 4OFTA 1ZZYA 3GURA 3LXZA 4OWYA 3A2XA 1EEJA 5DALB 1MEKA 2C0DA 2F9SA 2GGTA 4AJ6A 3RHCA 1E2YA 4XIHA 4K0GA 4KUNA 4OCFA 4AJ7A 1AW9A 4BWQA 4AF2A 2H1GA 4PXOA 2XC2A 4WBJA 2GT6A 3KH7A 2C8UA 4WR4A 3CRTA 4IHUA 1Z7PA 2LEGA 3KZQA 3CRUA 3G9BA 3V1WA 1HD2A 5D9TA 1VF1A 5FT3A 5D9WA 5ECLB 2L57A 4MH3A 4MJCA 5JWOB 5A4VA 3P8WA 5DBQA 2GDRA 4CDOA 2E0QA 1OC8A 1A24A 1R26A 3U6VA 2VAFA 4MJAA 3G7YA 2N5AA 3CMIA 1EGRA 1UC7A 3BJ5A 1PN9A 2MMNA 1JZRA 1TRUA 4EXJA 2WB9A 2GSQA 3HVSA 2H0IA 5ENUA 2PPTA 2H76A 2CA8A 3GN3A 1B4QA 3DMLA 1UN2A 4NWYA 5DQSA 4XS1A 4H86A 5IO0A 1M99A 1GUHA 3HVVA 2IPAA 2V41A 2X8GA 2LQQA 4AGSA 5GAND 2OBKA 1MD4A 2GSRA 2RLIA 2H6ZA 3M0FA 4Z7XA 3EU3A 4EKZA 1GSDA 3IK9A 10GSA 1SD9A 2EIQA 3TJFA 4MK3A 4E8HA 2YANA 3DWVA 2C0EA 5ABRA 1XZOA 2LJKA 4MH2A 1S3CA 2LS5A 3WT1A 1MTCA 5G5FA 4YAVA 1YJ6A 2F3MA 2VCZA 4MPFA 4YQMA 4ECIA 6GSXA 3GA4A 1N2AA 1FG4A 1TI1A 1GSEA 1XOAA 1PL1A 2VO4A 3IXRA 4POKA 1K3OA 2V6KA 1RQMA 1WIKA 3PR8A 2RUEA 5F05A 5CAXA 5ECRB 1GWCA 4HU7A 5D8IA 1T4ZA 3N5OA 1YF0A 2IMEA 2LUSA 3UOMA 4DEJA 4RQXA 1GUMA 1V40A 2CAIA 3LWAA 4FIWA 2I4AA 5ECKB 3WT2A 1ZYEA 2GZPA 2CVDA 1G6YA 3D5JA 4IJ3A 3E0UA 4ECJA 2E2GA 2GVPA 2LSTA 4WETA 7GSSA 1SKWB 3L9VA 2CZ3A 3TKSA 4KH7A 13GSA 1E6BA 4O92A 3DRNA 1GTAA 4TR1A 1W4VA 1F37A 2XPDA 2OA7A 4Q5NA 1XW6A 1GL8A 3O3TA 5EY6A 2DMLA 2H1DA 1K3YA 3IV4A 1AQXA 2X99A 3ERWA 2H1AA 2F8AA 2TIRA 1WE0A 2GZZA 2ZCTA 3H4KA 2H0HA 3BD2A 2YPMA 1MDJA 3ZIJA 2YV7A 2R4VA 2H72A 4V2NA 4F9ZA 3ERFA 1B4PA 2PN8A 5IO2A 1GSUA 3M9JA 3CBUA 2DLXA 3WGEA 3ZVJD 2KLXA 3GKXA 1A2JA 1I9DA 4PQ1A 2LRTA 3I43A 4TR1B 1OE7A 5G30A 3HZ4A 3W8SA 4EVMA 2IMKA 4EO3A 3F9UA 5B8AA 1PL2A 3I69A 2WJUA 4NPBA 1BAYA 4BWSA 8GSSA 1FAAA 3TKQA 5EL8A 1YY7A 1SK2A 3C7MA 1ZGNA 2YP6A 3C8EA 2H66A 4MA9A 5DAKA 1OKTA 3WD6A 1U87A 1TI3A 3EYTA 4GCIA 5CRHA 3LYKA 3Q74A 3ZITA 4ZXGA 9GSSA 2DJJA 4BPYA 1KBNA 2OE0A 5DJMA 1UVZA 2GQMA 1GTBA 5HFGA 5ECSA 4OFNA 3TKRA 2YWNA 4POBA 1AAZA 1HNCA 2HI7A 3EU4A 3GIXA 1CQGA 1PSQA 14GSA 2CT6A 3UMAA 1PMTA 2VM1A 1HQOA 2GTUA 3SBCA 4L5OA 3RPNA 2YWIA 2YNXA 1Q4JA 1LU4A 4OCEA 5ECOB 1XW9A 5DAKB 3WGDA 3FY7A 1FB0A 4KCAA 1Y6EA 1JZOA 3QOUA 2LJRA 2C1YA 3BBYA 3GMFA 5COHA 4N0VA 2VD0A 5DDLA 4KCEA 2AAWA 3H8QA 1SK1A 1TXXA 2FGXA 5D73A 2GT5A 1YDKA 4WF4A 5CO3A 5ECMB 2MMAA 1B9XC 1K0MA 3MNGA 1WWJA 4GSNA 4PQHA 2CAQA 5CRGA 1M2DA 1QXHA 2CZ2A 3HKRA 2LNTA 4EC0A 1THXA 1WOUA 1ST9A 3KP8A 1AC1A 3A5WA 1Z6NA 1O7UA 4ECCA 3AY8A 3A2VA 1ILOA 2ON5A 1OE8A 2H6YA 4HS1A 3S9FA 4L0UA 4TN8A 2OE3A 4WEYA 3F8UA 2JACA 3QFBC 2VL2A 1JLVA 1WJKA 2CVKA 4YAPA 3KM6A 3WYWA 4TVEA 5INYA 3MWHA 3I6AA 1O85A 2O8VB 2JU5A 2EIOA 4ID0A 5FHIA 3KGKA 4YH2A 2LV3A 3Q18A 4BVYA 1CQHA 3MSZA 2PUKC 2VUPA 4XS4B 1PRXA 2IN3A 3RHBA 3SWLA 4OFMA 3N9JA 1X5CA 2IJYA 2P31A 4GLTA 2DIZA 4NXIA 1EP8A 3HA9A 1PGTA 1PKWA 1V98A 2H6XA 5GAPD 4P3YB 2X64A 3DYRA 3GYKA 4QQ7A 3G7IA 1FOVA 2IFQA 2DJ2A 1ABAA 1OC3A 2VIMA 1SYXA 4HU9A 5CNWA 1JLWA 2PWJA 5IOWA 4KAEA 3UBKA 3GTUA 1FVJA 1F3AA 1AQWA 4HQSA 3UARA 5CREA 4PX1A 5H5QA 4ECBA 4MABA 5HFKA 2RM6A 3R2QA 1FHEA 3UIWA 2JADA 4RQRA 3C1SA 4K0NA 1TKDB 3UL3A 3TDGA 2NTOA 2OACA 2DIYA 2G0FA 1BG5A 3VWUA 4BVXA 4CW9A 1SENA 4ULXA 5ELAA 3EC3A 3HD5A 1GNWA 2FCHA 5DCGA 1DBYA 2IFQB 3E9JB 3QFAC 2DJ0A 3VWXA 3QPMA 1SU9A 2R3XA 2A2RA 4IQAA 1GSSA 1XWGA 3GTUB 1MDIA 4Q5QA 1GH2A 3IDVA 4MCUA 2A4VA 5HR3A 2R2JA 2YCDA 4IJIA 4PNGA 3FZ5A 1OAZA 1Q98A 4RI7A 1GLPA 3G7JA 1KEBA 5LCZA 3UEMA 3GL5A 2RM5A 3GX0A 4X0XA 1F2EA 4F03A 2FNOA 1M0UA 1VGLA 3UAPA 3IPZA 1W89A 4HJMA 3D4TA 3CXGA 4N11A 4PUAA 1K0CA 2IWTA 4JR6A 4OMVA 4F82A 3IOSA 5KN3A 3GFKA 2C3QA 5C00A 4WR5A 3VI7A 1EWXA 3CYNA 2AHEA 4N10A 4V1Ap 4EF0A 4PQIA 2DSAA 3F6DA 4IS0A 3LSZA 2VOCA 2WZ9A 2LNSA 3F4SA 4FYBA 1VRSD 1XPVA 2WGRA 4K7IA 1A2LA 2YV9A 1SKRB 1NHYA 3GL3A 2HZFA 5DJLA 2OADA 1F9MA 2MMOA 2HSYA 4QL7A 2VCWA 5D9XA 1XWKA 4POMA 2A2SA 2X8CA 4I2UA 1J0FA 4ILFA 3I9V2 3LYPA 4TXOA 5J5NA 2HSHA 3FYGA 4Q5RA 2OKAA 5B6MA 5HR1A 1NW2A 2JZSA 4I97A 1SJIA 2DJ1A 2HZEA 1TW9A 2R5GA 3TKSE 2I81A 2EIRA 5AIVA 4WBRD 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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