4X4JA

Structural and functional studies of bexe: insights into oxidation during be-7585a biosynthesis
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
486
structure length
482
Chain Sequence
DAPVVIAGAGPAGLMLAGELRLAGIGVVVLERLPARTGESRGLGFTARTMEVFDQRGLLRRFGEVQTSDQGHFGGIPVDFGLLDGAHQAAKTIPQSATEAVLEAWAGELGADIRRGHELTGVRDDGDGVAVTVRGPAGEHVLRAGWLVGCDGGRSAVRKAVGFDFPGTAATREMFLADLRGVELEPRMSLPGGMVMVGPLPGGVTRIIVCERDAPPRRRTGPPPFHEVADAWKRITGIDISAAEPVWLSAFGDATRQVTEYRRGRVLLAGDAAHVHLPAGGQGMNAGIQDAVNLGWKLAAVVRGTARADLLDTYHGERHPVGVRLLMNTRAQGLLFLNGAEMQPLRDVLAELTGYPDVARHLAAMVSGLEIAYDVGGGSHPWLGRRLPRLELDRGGRPSSTAELLRPARGLLLDFAGNAALRDRAAPWAGRIDVVTARPAGRVPGATTAVLVRPDGHVAWAAPGTHADLPMALERWFGPAPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Putative oxygenase
publication title Structural and Functional Studies of BexE: Insights into Oxidation During BE-7585A Biosynthesis
rcsb
source organism Amycolatopsis orientalis subsp. vinearia
total genus 134
structure length 482
sequence length 486
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4x4jA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4x4jA01
4M52A 1RSGA 3ATQA 2ZZCA 4NTCA 4K22A 1E1LA 1W4XA 4U8OA 1S3EA 4EMJA 4MJWA 2XLSA 2WDVA 3DGZA 4H2QA 1DODA 4N9XA 1K0LA 1N1PA 5KRQA 4TM1A 3AE5A 3LZWA 1RP0A 4GR1A 3CGEA 2YG4A 3QFBA 3II4A 4E0VA 1EL5A 1CL0A 4HB9A 2WU2A 5KVIA 1KSUA 5EB5A 3DK4A 4I58A 2V3AA 4YTNA 1IUSA 2YWLA 4GCMA 4IA6A 2PHHA 1PBEA 5BUKA 3PO7A 4JN9A 4GRTA 2FBWA 3K7QX 4PAAA 2C64A 3V3NA 4CCQA 4JNQA 2WDQA 3ALLA 3NGCX 2J3NA 4OPLA 3G5RA 3GRSA 1EBDA 1OJCA 1BGNA 2BC0A 2WP5A 3ITJA 3F8RA 1Y0PA 1YQ3A 1TDFA 1D4DA 2IVEA 5BULA 1KNPA 2GAGB 3LB8A 1PXBA 3GDNA 2UZZA 4KPRA 4C3XA 2YVGA 4DSGA 5KOWA 1L9CA 4B1BA 1M6IA 4BV6A 4NTEA 4PABA 5J60A 2FJDA 2PYXA 3S61A 1FECA 3L8KA 4XWZA 1S2YA 3RNMA 3DJJA 1ZMCA 1O5WA 3AEGA 1GXFA 3UKLA 2R0PA 1VG0A 5TR3A 4A6NA 5U1OA 3AYLA 2BCPA 3ADAB 3CNDA 3ICTA 2YLTA 3NRNA 3VRAA 4AOXA 5JCKA 3EF6A 3VRDB 4B65A 3QSMA 4GDPA 2V61A 2V5ZA 4EQSA 4J2WA 3KLJA 2XFUA 3K7TA 2NPXA 2C75A 4CY8A 1CC4A 2H89A 3OC4A 4OPGA 2C7GA 4A7AA 2F5ZA 1EL8A 3I6DA 1B5QA 1CJ2A 1Q1WA 1TDOA 1UKVG 2O9ZA 3NTDA 1VDCA 4WX1A 2CVJA 3UTGA 3GYIA 2NVKX 4AOSA 2VRMA 2YVFA 3NNEA 2B76A 2BACA 4KX6A 3AB1A 4EIQA 4CBQA 5KOXA 4UP3A 2GR1A 2RGOA 3GD4A 5EOWA 1PXAA 1MOKA 3UP4A 1B37A 1FEAA 1GOSA 1OJTA 2XFQA 3NYFA 5ER0A 1ELIA 1GV4A 1NEKA 1GEUA 1YQZA 1PJ5A 3D8XA 5JCIA 1E1KA 3NT6A 2QAEA 3S5WA 3FBSA 4BJYA 3B3RA 3AE7A 3CNSA 4USQA 3O0HA 2XLUA 1TDEA 1E6EA 1H83A 1P2HA 4K5RA 2B9WA 3CGBA 4J31A 1H7WA 3UOYA 1CC2A 4OCGA 1Z6LA 5FS6A 4D04A 2GR3A 3P4PA 3F8DA 1GNDA 4A79A 2YG5A 4ICYA 3P1WA 1DOEA 3EAOA 2R4EA 3P9UA 4BK2A 5L46A 3IHGA 3SQPA 2BK5A 1IUVA 3AE3A 2YLSA 1ONFA 4A5LA 2WOWA 5HXIA 2RABA 5HY5A 3PS9A 4ZN0A 4JY3A 3BI4A 3SM8A 4H4VA 1E39A 4Y4NA 3EANA 3NTAA 1JU2A 2TPRA 3UOZA 3NK0X 4H4RA 4Z2RA 2XFNA 3DMEA 3ABVA 1BZLA 4IV9A 4APNA 2YR5A 4XWRA 2YLWA 4REKA 1PBCA 3FG2P 1PBFA 2YR4A 2GR2A 3AE6A 3GWFA 1DJNA 1CJ4A 1F6MA 2BXRA 2C66A 3P4QA 1EL7A 3UOXA 4A99A 4IA5A 2RGHA 1ZOVA 4NEVA 4OPIA 1CJCA 2BABA 2AQJA 4YTPA 3GRTA 1K0JA 2X8CA 3BNUA 1N4VA 1HYUA 2FJEA 3AYJA 1ZY8A 4H4SA 4U8KA 4UDQA 3VQRA 1DOBA 2VVMA 4B69A 4JDRA 1PS9A 1CJ3A 1EL9A 1OJAA 3UKPA 3REDA 3CTYA 4HA6A 4TLZA 3NLCA 3ALMA 3DK9A 1LVLA 1PJ7A 2R9ZA 2WESA 2WS3A 3KA7A 5FMHA 5C2TA 3BHKA 4EQRA 5JCLA 1DJQA 2B9YA 4DNAA 2XVHA 4GUVA 4C74A 1XHCA 1H86A 1D7YA 2BS4A 4OPCA 4Y4MA 5M0ZA 1E7PA 2Q6UA 4BURA 4J34A 1OJ9A 4YXDA 3UKAA 3CPIG 2Y6QA 2ACZA 2WPEA 2JK6A 2XVJA 3DJEA 2H88A 1JNRA 3DGHA 1QO8A 3ISHA 3AD7B 4J36A 3C4NA 4K7ZA 2A89A 3UTEA 1B8SA 4A6NB 3P4RA 4TM4A 2CULA 1NHRA 4YWOA 2JB1A 3AEEA 3R9UA 5BRTA 4B67A 1F8RA 2I0ZA 1KNRA 1B4VA 1BKWA 2YG6A 2APGA 1GSNA 2ZBWA 2GRTA 1RYIA 1ZOYA 2C65A 3CGDA 2GQWA 2C67A 4NZHA 4U2TA 5FS7A 1VQWA 3AEAA 1NHSA 4X4JA 4H4QA 2GVCA 4YSXA 3JSKA 1FOHA 3VRBA 2WPFA 2Z5YA 4Z2UA 5HHFA 1KFYA 2XDOA 3KD9A 1PDHA 4C77A 2WDRA 3SGLA 1TDKA 2Q0KA 1YQ4A 3H8IA 4H50A 2YLZA 1GERA 3H8LA 3NYCA 2WETA 2Y6RA 4ZCCA 2V3BA 3NK1X 4JQ9A 5KWFA 4U8PA 3LJPA 2BXSA 3DJGX 1VRQB 2YG7A 1GALA 2Q7VA 2BC1A 3E1TA 4NTDA 2WPCA 4H7UA 3D1CA 3WE0A 4DSHA 3NH3X 1E1NA 2XFPA 4H4YA 5FS9A 2GH5A 4OPTA 1GRGA 4GF7A 3SFEA 3NN6X 4TLXA 4ADWA 4TM0A 1Y56A 2AAQA 4B66A 1CF3A 1H84A 4H4TA 4U8JA 4Z24A 4YSYA 3QSEA 1IUWA 1JNZA 5U63A 1ZDLA 4Y4LA 4C3YA 1CC6A 2XVIA 3LOVA 4JY2A 3AEFA 2C3CA 3AD9B 4DGKA 1JRYA 2WOVA 1CBOA 2WHDA 4ZCDA 4K8DA 1TDNA 5BVAA 4IVMB 2BS2A 2EQ7A 2JBVA 1KSSA 3EPTA 1PBDA 2YAUA 4EM3A 4FX9A 1LJ1A 3AXBA 4H2RA 4LIIA 5EBKA 2VQ7A 3AECA 3FPZA 4YKGA 3C96A 2DKIA 3KKJA 3NK2X 2RGJA 4CY6A 1XANA 3KVEA 3URHA 2XFOA 4CRTA 5IPYA 2X50A 1YKJA 1F3PA 5KXJA 3DJDA 3RP7A 4B63A 1LQUA 2WBAA 3CIRA 1D7LA 3HZLA 4EMIA 5JCMA 2V60A 3FMWA 1PBBA 3AE4A 3UKQA 4YT0A 3L1RA 4FK1C 2BS3A 5C3JA 2XLRA 3DH9A 2CFYA 4H4UA 2HQMA 2VOUA 4EM4A 1QJDA 4J33A 1IJHA 3AYIA 4H2PA 5LV9A 4J57A 3LADA 3QJ4A 5CQFA 3AE1A 4NEWA 1JOAA 4H2NA 1DXLA 4UDRA 4EQWA 2X8GA 2WU5A 1LV0A 5FS8A 2JAEA 3LXDA 2BA9A 3RHAA 1NDAA 4Z26A 3BI5A 1P2EA 2BCGG 3AEBA 1L9DA 5KVHA 3T37A 3UKKA 5JCNA 1SEZA 3QVPA 2EQ8A 3QVRA 3Q9TA 4BJZA 1YY5A 3CNPA 3QFAA 2GQFA 2YVJA 3NYEA 1Q9IA 3OZ2A 3GMCA 4U2SA 1D4EA 3AWIA 2B7RA 1H81A 4BK1A 1KDGA 4RG4A 1IUXA 1ZK7A 3NN0X 4JNAA 4RSLA 5U25A 3ZDNA 1GRAA 2YR6A 1BWCA 3M13A 3ICSA 3CPJG 1XDIA 1BF3A 1TRBA 2XLPA 4C5OA 2C3DA 3SFDA 5M10A 1M64A 1DOCA 1JRXA 1NPXA 1JEHA 3UTFA 4AT2A 1TYPA 3M0OA 3M12A 1BGJA 3I3LA 1LTXR 2XLTA 2GR0A 1NHQA 2GEWA 2OLOA 3DA1A 4UDPA 3BI2A 4FDCB 4YSZA 3G5SA 4O5QA 2W0HA 3UKFA 1GRTA 3ATRA 2VZ2A 4AT0A 1FEBA 3K30A 4OPDA 1NG4A 3GYJA 2R46A 1GTHA 1PN0A 2GMJA 2QA1A 3FIMB 2R0CA 3KPFA 3KU9A 2E5VA 1F8WA 4B64A 2OALA 3BHFA 2X3NA 2CDUA 4TM3A 4RG3A 5IQ4A 2C70A 3GMBA 3V76A 3GDPA 3NG7X 3UTHA 5HYMA 1Y56B 1NG3A 4YSHA 2E4GA 4YTMA 1ZKQA 2QA2A 1D4CA 2XVFA 1JRZA 3LZXA 1GRBA 4Z25A 4CNKA 3Q6JA 1K0IA 3AE8A 3QSSA 2A87A 3AEDA 1CHUA 1GRHA 1VG9A 4U8MA 3CN8A 4IVOB 3UP5A 1NHPA 4CNJA 4I59A 4BK3A 2ARDA 5IQ1A 4K2XA 1LPFA 2VQBA 4EQXA 2ZZBA 2VRLA 1PHHA 2JB3A 3B6DA 4WCTA 5DBJA 2EQ6A 2XYOA 4U2LA 4Z2TA 1N4UA 4P9SA 4EIPA 3VR9A 2ZZ0A 1X31B 3ICRA 1TYTA 3H4KA 2C76A 2WQYA 5GRTA 1S3BA 2C72A 1GREA 4A9WA 2R0GA 2X99A 1IUUA 4LA1A 1O94A 4FK1A 5CKUA 1E1MA 2B7SA 1REOA 3UOVA 1ZMDA 2GB0A 2R4JA 4OPUA 1V59A 4U8NA 3AE2A 1L0VA 4CCRA 1NAAA 2R45A 4XXGA 1Q1RA 2YLRA 1FL2A 2FJBA 3CGCA 4YKFA 1PXCA 4EMWA 1NENA 2TMDA 2OLNA 3NKSA 2WP6A 2BYBA 3UCLA 2A8XA 3COXA 3IF9A 4J56A 2YLXA 4U8IA 1PJ6A 3K7MX 1D5TA 2B9XA 2VVLA 2Q0LA 4H4XA 3G5QA 4K5SA 1DNCA 2WOIA 2FJAA 2GV8A 2YM2A 1OJDA 4AP1A 2E1MA 3P4SA 1L9EA 3AD8B 1N4WA 3IC9A 1GT8A 3DK8A 1H82A 2DKHA 1ZX9A 4LU6A 1GPEA 1H6VA 4ECHA 3NIXA 2OA1A 4GDEA 2X8HA 2GF3A 4H4ZA 3ALJA 1GETA 1S2QA 4AP3A 3PVCA 1O95A 1XPQA 4B68A 3RP8A 1FCDA 3ZYXA 1H7XA 3IHMA 4OVIA 3BNMA 1MXTA 1QLBA 1GESA 2V6OA 3CNJA 4U8LA 2IVDA 5EB4A 1COYA 3CNTA 3GSIA 3RP6A 4X9MA 3V3OA 3VR8A 1MO9A 1GRFA 3NHOX 2EQ9A 2BK3A 3UKHA 1IUTA 2QCUA 2YG3A 2YM1A 2GMHA 3GD3A 2C73A 4USRA 1K4QA 4O5UA 3GWDA 1F8SA 2XVEA 2BK4A 2Z5XA 2AR8A 4X9NA 3F8PA 2JKCA 3C4AA 1ZP0A 2GAHB 5GSNA 5J7XA 4A65A 2WEUA 2WP9A 3IWAA 3AE9A 2OAMA 4Z44A 2IIDA 1LQTA 2JB2A 4H4PA 4H4WA 1AOGA 2XCGA 1GTEA 1KF6A 2VVLG 4D03A 4Z43A 2YQUA 3CPHG
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M52A 2YWOA 3LQ7A 1RSGA 2CVKA 4K22A 1X5CA 2WDVA 3J7Yk 2VUPA 2BMXA 1EEJA 1GTBA 3F4SA 6GSTA 3EVIA 3CGEA 2YG4A 4JE1A 2O85A 3FW2A 3GURA 1CL0A 4HB9A 3PH9A 5EB5A 1GTUA 3DK4A 4X1UA 4YTNA 1M2AA 4GCMA 4IA6A 4GQCA 2PHHA 1PBEA 4WETA 1PRXA 3OR5A 2DSAA 4BVYA 4F2IA 1WJKA 2C64A 3V3NA 2H19A 2WDQA 3NGCX 2J3NA 4KAEA 4F0CA 1XCCA 4IQAA 1Y0PA 2A2SA 4O92A 1D4DA 4A5PA 2YZHA 3GL3A 3U6VA 4XHMA 2GAGB 3LB8A 1PXBA 2GT6A 3HD5A 3HKRA 2YVGA 1YQ1A 5KOWA 1M6IA 3FKFA 4BV6A 1FECA 5ELAA 5CRGA 1S2YA 4OWYA 4PURA 3RNMA 4MABA 1GSFA 2R0PA 4MJBA 3GYKA 4A6NA 1USBA 3CNDA 3ICTA 2HFDA 1UN2A 3DRNA 2LRTA 2H89A 4ZBDA 3EMPA 4TR0A 2VLTA 4K0GA 1EL8A 3QAGA 1GTIA 4KDYA 1B5QA 3VFIA 2KP1A 3GYIA 2H1GA 2B76A 2HSMA 1DSBA 2H1BA 2JACA 5KOXA 1HNBA 5EOWA 5IIZA 1VRSD 2H66A 3DXBA 1GV4A 2R6KA 3DWVA 4QL9A 4XRDA 2KHPA 1TDEA 1SL2B 4EKZA 2KOKA 4IJ3A 2GR3A 3P4PA 4KH7A 2PERA 2J23A 5B8AA 2M72A 3BCKA 4TXVA 8GSSA 3P1WA 2B5YA 3SQPA 4GAVA 2H6YA 3WGEA 2WOWA 6GSSA 5CYYA 1X9SB 3WGDA 5D96A 2CX3A 3ZVJD 3N5OA 1JU2A 1G0TA 4Z2RA 1PD21 2XFNA 3DMEA 4APNA 1OC9A 4IV9A 3C71A 4G10A 4XWRA 1PBFA 2YR4A 3AE6A 3GWFA 1DJNA 2O89A 4IA5A 3E9JB 4DEJA 2RGHA 5DDLA 4PTSA 3H8QA 4L5LA 4NEVA 1XVWA 4MJCA 2CQ9A 5HFIA 1K0JA 4HUAA 2X8CA 3A2VA 1FHEA 6GSXA 4NAXA 2FJEA 3AYJA 4U8KA 4EE0A 2E2GA 2VVMA 2LNTA 3GRXA 4JDRA 3UKPA 3A5IA 3M9JA 4LMVA 2XPDA 1PJ7A 2R9ZA 3LXZA 2WESA 5C2TA 17GSA 4PGTA 4MA9A 4DNAA 1AXDA 3C7MA 3T2YA 1XHCA 2BS4A 4OPCA 4BURA 4YXDA 1E7PA 1OJ9A 1U6TA 2PU9C 3UVTA 1WOUA 3CPIG 3SX6A 2H88A 4G0LA 4MF7A 1JNRA 3DGHA 3ZREA 1QO8A 3ISHA 4K7ZA 2UZ8A 2JB1A 3VLNA 3RAZA 2I0ZA 1OE8A 1KNRA 2JZRA 1BKWA 3VI5A 1U3AA 4MZWA 4NZHA 1ZYPA 4YSXA 5CRHA 5E4WA 2WFCA 2KP2A 3VRBA 4G2EA 9GSSA 2FD3A 2XDOA 3KPKA 3MYDA 3KJYA 1T8EB 4KSOA 2Q0KA 2IMEA 4WBRD 1GERA 3EU4A 1Y6EA 4POMA 3ZVJA 3LJPA 2BXSA 3DJGX 2VAFA 2GLRA 4WKWA 4L8EA 2FWHA 2BC1A 1AQVA 1BX9A 2LKUA 3D1CA 3WE0A 2XFPA 5IMAA 3H1NA 3KZQA 1GRGA 3SFEA 1K0AA 4ADWA 4TM0A 3P90A 1Y56A 1Z7RA 4RI6A 4NMUA 4H4TA 4Z24A 1WE0A 2IL3A 3ZFLA 3QSEA 1A2MA 1JNZA 4DGKA 3SZWA 3AD9B 3M8NA 1JRYA 4K2DA 2WOVA 1ST9A 4ZCDA 4JR4A 1U87A 1PBDA 4I8BA 3UARA 4H2RA 1J0FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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