4O5UA

Crystal structure of alkylhydroperoxide reductase subunit f from e. coli at 2.65 ang resolution
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
publication title Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
total genus 155
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4o5uA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5uA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5uA03
2OLNA 2W0HA 3AE4A 4BK2A 4HB9A 4LA1A 1BZLA 5C2TA 3URHA 3WE0A 4OVIA 1FOHA 1D4CA 1P2HA 2GMHA 3ISHA 2C76A 2XFOA 2YWLA 1PBEA 4H4SA 5KXJA 5EOWA 3CNTA 3AE3A 4X9NA 4J36A 1YQZA 4UDPA 1KNRA 2WOWA 4XWZA 3LZXA 4UDRA 2OA1A 1NG3A 2ZZCA 2JAEA 1F8RA 2YG4A 4Y4LA 1GRAA 4X4JA 2VVMA 1YQ4A 1ZOVA 2JB2A 1QLBA 1F8WA 3CPIG 5CKUA 1TDNA 1DOEA 2GVCA 2IVEA 3ICSA 4WCTA 1DOBA 3NLCA 1D4DA 1PJ7A 1NDAA 3JSKA 3B3RA 1GRGA 3NK1X 3EPTA 2WDVA 2WQYA 3OC4A 5JCMA 2XLSA 1MO9A 5JCNA 1VQWA 2B76A 4AP1A 4IV9A 4XWRA 2VZ2A 4A65A 1RP0A 3E1TA 3R9UA 1ZDLA 4C3YA 1CC6A 3F8DA 3AEGA 1D7LA 1NPXA 2WESA 4K22A 3QSMA 1OJ9A 2BC1A 3DH9A 4BJZA 2GQFA 3KD9A 4B66A 1E7PA 1NHSA 2JB1A 1PXBA 5C3JA 3DJGX 1RSGA 3DK9A 1O95A 5BVAA 3NIXA 3FG2P 1KDGA 4B67A 4H4YA 4U8MA 1E6EA 1ZP0A 3AB1A 5KWFA 3OZ2A 1ZOYA 2GRTA 3CTYA 2CDUA 3L1RA 5KOXA 1LJ1A 2BS3A 3DGHA 3CNDA 3G5SA 3VR9A 4BURA 1F8SA 4B68A 4USRA 1N4WA 2E4GA 3LB8A 1VG9A 3NYCA 3UOYA 2PHHA 3QSEA 2XVFA 4LU6A 4FX9A 4U8JA 3UOVA 3VRDB 4Z2UA 2BK5A 3KA7A 4OPIA 4U8LA 3V3NA 2VVLG 2ZBWA 4AT2A 1LTXR 3GDPA 3KKJA 4USQA 1GOSA 1ZY8A 2H89A 2Y6RA 3ICRA 3GDNA 2GF3A 3UOZA 3H8LA 2BA9A 1H7WA 1OJCA 2GR0A 3DK4A 3CN8A 1DODA 1GSNA 5EBKA 4AT0A 4FDCB 1IUVA 1FCDA 2WP5A 4CNKA 2Q7VA 2XFUA 4J33A 5EB5A 2WOIA 4H4QA 3NHOX 4YTMA 3AE9A 2Q6UA 4IVOB 4NTEA 5U63A 1F6MA 2ARDA 4NTDA 2WP6A 2BCPA 3ITJA 2VRMA 4OPUA 4CY6A 1KF6A 5FS8A 2EQ9A 4TM1A 2WOVA 1DJNA 1L9EA 4OCGA 4H4TA 4C3XA 3GRTA 4H2RA 3DJJA 4H2PA 4BJYA 1BKWA 1JRZA 2HQMA 3QSSA 4NEVA 4A7AA 5M10A 5FMHA 1PXAA 2ZZ0A 5CQFA 5L46A 2O9ZA 3GMCA 1H83A 3AE5A 3GWFA 2BABA 4GCMA 4Z25A 2C3DA 2C75A 1BF3A 2EQ8A 2WEUA 2JK6A 3I6DA 3QJ4A 3BI2A 3COXA 1IUXA 4J57A 1N4VA 1L9DA 4XXGA 1GV4A 3UOXA 2FJEA 1QJDA 3NRNA 3AXBA 1FECA 3NYFA 1S2QA 2C73A 1GNDA 3LJPA 5ER0A 1IUWA 2YLRA 4Z2RA 1K4QA 3DA1A 1TDFA 2AR8A 3NYEA 1PJ5A 4K2XA 4Z2TA 1Y56A 1PBDA 2BS4A 2YLZA 4H4UA 2Z5YA 3LZWA 1K0JA 1JRXA 4EQSA 4YSXA 2WPCA 4K7ZA 4ECHA 4AOXA 2BACA 3AD9B 1H6VA 5J7XA 3BNMA 2A8XA 3QVRA 4Z24A 2XLRA 1GT8A 2GB0A 2GQWA 2OALA 4AP3A 4ICYA 4OPTA 4H4RA 3UKPA 3NN6X 4DSGA 2I0ZA 5J60A 1MOKA 4A6NB 2YLWA 4JQ9A 1GTHA 4UDQA 4ZCDA 1E1LA 1JEHA 1E39A 2J3NA 4H4WA 3DMEA 4A99A 1IJHA 3P4SA 3B6DA 1NHQA 4YWOA 2GEWA 2QA2A 5U25A 1XDIA 2E1MA 1O5WA 1VRQB 1N1PA 3DJDA 4NTCA 3NG7X 1GXFA 1CL0A 2XYOA 4IVMB 1REOA 1E1NA 1CF3A 5KVIA 2FJBA 4DSHA 2XLPA 4X9MA 2XVIA 2C3CA 1EL8A 2A89A 2VQBA 2NVKX 5IPYA 2UZZA 5HYMA 2Q0KA 2R45A 2EQ7A 4EM3A 3GWDA 4J34A 4B69A 4OPLA 5FS6A 3NGCX 5HY5A 1TDKA 2QAEA 4APNA 2V5ZA 4RSLA 2C65A 3P9UA 3UKKA 3F8PA 4YXDA 3UTGA 4Y4NA 2BXSA 1S2YA 3EF6A 3ALMA 1D5TA 4KPRA 4K5SA 4E0VA 2PYXA 2XFPA 5IQ1A 4JNQA 3M13A 1PHHA 5BRTA 2GMJA 1NHPA 4YKFA 2Z5XA 3S5WA 3CPJG 4H2QA 1GPEA 3T37A 3UKAA 2X3NA 4BV6A 4EQXA 4I58A 2X99A 4TM4A 5JCIA 3I3LA 3AEBA 5JCLA 2YR4A 1BGJA 2YR6A 4EMWA 1TDEA 3GRSA 2DKHA 3P4QA 1GETA 4RG4A 1GREA 2GR3A 3AD8B 2XVEA 1PDHA 2CFYA 2FJAA 1H81A 5GSNA 1IUUA 4K5RA 2TPRA 1GERA 5TR3A 2EQ6A 2XDOA 3BHKA 3CNSA 3RP7A 2R0PA 4J31A 5EB4A 3GMBA 1BGNA 3LXDA 1IUSA 4U8NA 3NKSA 4U8PA 3AYIA 2XCGA 3H8IA 1GRHA 2CULA 1EL5A 1X31B 3GSIA 4H50A 1LVLA 3UKHA 2QCUA 1LQUA 4A79A 3CIRA 3IWAA 2RGHA 4GR1A 3AE8A 1DJQA 3UTHA 2R4JA 1IUTA 4N9XA 3K7QX 3UKLA 2BK3A 3M12A 3GYIA 3P4PA 4GDPA 1FL2A 4ZCCA 2C66A 3BI4A 3NK2X 2YM2A 2OAMA 4OPCA 4A5LA 4IA5A 3GD4A 4GDEA 4LIIA 4YKGA 2WHDA 1CHUA 2B9YA 2VQ7A 3NH3X 1VDCA 3VR8A 1P2EA 2A87A 1B5QA 1H84A 2IIDA 3KLJA 1KSUA 4B1BA 3ATRA 4Z44A 4PABA 3CGBA 3H4KA 3C4AA 3FIMB 3AEFA 2X8HA 1GRBA 1Q1RA 1O94A 2YVJA 2BS2A 3ABVA 3DJEA 4H2NA 4GUVA 1ELIA 4B63A 4BK3A 4B64A 3O0HA 2YG6A 2GR1A 1JOAA 1H86A 4J56A 1GTEA 3QVPA 3SGLA 4CBQA 1CC4A 3VQRA 2V60A 5KVHA 4HA6A 3V76A 3ICTA 4D03A 3K7MX 3D1CA 3VRAA 1B37A 1HYUA 2YR5A 2RGOA 4C74A 3AE1A 1PBBA 4H4XA 3KU9A 3C96A 4NEWA 4U2LA 2QA1A 3RNMA 4CRTA 1BWCA 2WDRA 3NT6A 3IF9A 2OLOA 3ZYXA 1JNRA 2F5ZA 2GV8A 5KRQA 2CVJA 2WS3A 1K0IA 2JBVA 3KVEA 1CBOA 2YG7A 2WU2A 4A6NA 3C4NA 4H4ZA 2C67A 4U8IA 4NZHA 1COYA 1GALA 1DOCA 4RG3A 4TLXA 1AOGA 3D8XA 1NEKA 1ZYPA 2VRLA 2VVLA 4YT0A 3PS9A 5BULA 1YQ3A 4TM0A 3K7TA 4CCQA 4OPGA 3AEEA 1CJCA 4Y4MA 4ADWA 4EMJA 2R0CA 1LV0A 2YG5A 4CY8A 3FPZA 4REKA 3UTEA 5HHFA 4CCRA 1XANA 2YG3A 1TYTA 2R0GA 2APGA 4EQRA 1V59A 1NENA 1GEUA 2H88A 4JY3A 1EL7A 1PJ6A 3RP8A 1XHCA 2X8GA 3ALJA 1ZKQA 3II4A 5FS9A 2WU5A 1L0VA 1E1KA 3BHFA 4YSZA 4FK1A 1S3BA 2YM1A 5IQ4A 4MNNA 3AE2A 1CJ4A 1H7XA 1LPFA 2R4EA 3CGCA 3CNJA 4EQWA 2V3AA 4C5OA 2XFQA 1OJAA 1ZMDA 3CNPA 2C72A 1E1MA 1Y0PA 4OPDA 3UKFA 2GR2A 4B65A 3RP6A 2ZZBA 2GH5A 3AE6A 1PXCA 3GD3A 1YKJA 4JDRA 1N4UA 4YSYA 1PN0A 1D7YA 3REDA 1B4VA 3ZDNA 1JU2A 2C7GA 4JN9A 5GRTA 1RYIA 1EBDA 3AE7A 3BNUA 4JNAA 3SFEA 2Y6QA 4DNAA 2VOUA 3FBSA 4PAAA 1MXTA 3UCLA 3KPFA 3NK0X 4WX1A 3PVCA 4EIQA 3AECA 1NAAA 2FJDA 4U8OA 4YTNA 5BUKA 2XVHA 1ZYNA 1GRTA 4IA6A 4FK1C 1S3EA 2YQUA 1TYPA 1ZX9A 2NPXA 5FS7A 1NG4A 1H82A 2XLTA 2C64A 3SM8A 3SQPA 4DGKA 1PBCA 3F8RA 2RGJA 1CJ2A 4GRTA 5M0ZA 2WBAA 4Z43A 1KSSA 2XLUA 1D4EA 4BK1A 3ADAB 4EMIA 2GAHB 4JY2A 4YSHA 2YLSA 1LQTA 1YY5A 5U1OA 4U8KA 4ZN0A 3IHGA 4D04A 2WETA 1ZMCA 3ALLA 3LADA 2R9ZA 3NN0X 3AD7B 3P4RA 1CC2A 4I59A 4J2WA 3UP5A 4AOSA 5LV9A 1L9CA 2BXRA 2WPEA 3AWIA 4MJWA 2V3BA 3IHMA 3NNEA 2B7RA 3IC9A 2B9WA 3Q6JA 3L8KA 3ATQA 1B8SA 3CPHG 2WPFA 3QFBA 4TM3A 4EIPA 2BC0A 1EL9A 3GYJA 1FEBA 1KNPA 4U2SA 4C77A 2YLXA 3K30A 5KOWA 3RHAA 2C70A 3VRBA 1CJ3A 2B7SA 1NHRA 2X50A 4UP3A 3S61A 3M0OA 1FEAA 5JCKA 4M52A 2DKIA 4H4VA 1VG0A 4P9SA 3EANA 2RABA 2BCGG 1GESA 2YAUA 3UKQA 3EAOA 2YVGA 4CNJA 2BYBA 3Q9TA 4K8DA 3FMWA 2Q0LA 2BK4A 2JB3A 2FBWA 2TMDA 2E5VA 2YVFA 1DXLA 1JRYA 3NTDA 1ONFA 1OJTA 4H4PA 4GF7A 1GRFA 3CGEA 3DGZA 1TRBA 2WDQA 4H7UA 3LOVA 3UP4A 3P1WA 4Z26A 1K0LA 2B9XA 3BI5A 5HXIA 3V3OA 2V6OA 1Q1WA 4TLZA 3AYLA 2GAGB 1QO8A 4O5QA 1W4XA 1Q9IA 3PO7A 3QFAA 3DK8A 4YTPA 1F3PA 1ZK7A 1PBFA 1PS9A 2XFNA 1Z6LA 4U2TA 2AQJA 1OJDA 2XVJA 1XPQA 1DNCA 1KFYA 4O5UA 1M6IA 1Y56B 2YLTA 3AEAA 2WP9A 1JNZA 1TDOA 3HZLA 1UKVG 3SFDA 2X8CA 3NTAA 2JKCA 3G5RA 2IVDA 2V61A 1SEZA 4A9WA 3G5QA 5DBJA 4EM4A 3AYJA 4KX6A 1M64A 2AAQA 2R46A 3UTFA 3AEDA 2ACZA 3CGDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IOXA 2W0HA 3KPKA 2PGTA 4KAEA 4MP4A 3GKNA 3GL5A 2OE0A 4JRRA 2I4AA 4N0VA 1EEJA 4H4SA 7GSSA 4X9NA 3QFAC 2DJJA 4XWZA 4XS4B 3LZXA 4G73A 3LW9A 2F8FA 2VVMA 4EVMA 6GSSA 1YQ4A 1ZOVA 1QLBA 5H5SA 4EDYA 2H1BA 3CPIG 1TDNA 1FOVA 1DOEA 2GVCA 1VGLA 2GS3A 1ILOA 1DOBA 5D73A 1K0OA 3TDGA 5ECKB 4J57E 3DRNA 1GRGA 3EPTA 5JCMA 3OC4A 20GSA 2J9HA 4USSA 5G30A 3DVXA 3IDVA 4AP1A 5D96A 4A65A 3R2QA 3D5JA 3E1TA 4KDUA 2KOKA 1ZDLA 3U6VA 3AEGA 1D7LA 3QSMA 1OJ9A 4PUAA 2GQFA 5B8AA 3SWLA 1E7PA 1FVJA 3TGZA 5C3JA 5DDLA 1A0FA 2XBIA 3DK9A 1AXDA 5ECIB 3V1WA 4U8MA 3GMFA 4WETA 3CYNA 1A2LA 2HSMA 5KWFA 3OZ2A 4KDYA 4F0BA 2CDUA 3GYXA 3F6FA 2L5OA 4RI7A 4PQIA 2CAQA 4B68A 4USRA 3EYTA 1N4WA 2E4GA 3NYCA 3GX8A 1R26A 4FX9A 2RM6A 3UOVA 2VLVA 1NSWA 1GSSA 3WGDA 3KA7A 2VVLG 4AT2A 3GDPA 3KKJA 1GOSA 1ZY8A 2H89A 2Y6RA 2GF3A 1G0TA 1OC9B 2BA9A 3DMLA 1DODA 3ZREA 4FDCB 2DLXA 3A5WA 4CNKA 2Q7VA 4J33A 2WOIA 2BMXA 4H4QA 3M9KA 4IVOB 3D0ZA 3GRXA 1F6MA 2ARDA 2DC5A 4IP1A 4LMVA 5FS8A 1FAAA 4IQAA 1KEBA 4V2NA 3ZMLA 4A5PA 4DSRA 2JSZA 3DJJA 3FY7A 3QSSA 3A2VA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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