3IAS2

Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i from thermus thermophilus, oxidized, 4 mol/asu, re-refined to 3.15 angstrom resolution
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
178
structure length
178
Chain Sequence
FFDDKQDFLEETFAKYPPEGRRAAIMPLLRRVQQEEGWIRPERIEEIARLVGTTPTEVMGVASFYSYYQFVPTGKYHLQVCATLSCKLAGAEELWDYLTETLGIGPGEVTPDGLFSVQKVECLGSCHTAPVIQVNDEPYVECVTRARLEALLAGLRAGKRLEEIELPGKCGHHVHEVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords NADH-quinone oxidoreductase subunit 1
publication title Structural basis for the mechanism of respiratory complex I
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 178
sequence length 178
chains with identical sequence B, K, T
ec nomenclature ec 1.6.99.5: Transferred entry: 1.6.5.11.
pdb deposition date 2009-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
2 PF01257 2Fe-2S_thioredx Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.1590 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3ias201
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3ias202
3RAZA 2VOCA 1MD4A 2PU9C 2O8VB 2DIZA 1BX9A 3ZYWA 3E9JB 2VCQA 5CRWA 1I5GA 3D4MA 2H66A 2FGXA 2MYGA 2HZFA 4HDEA 2WFCA 2FWHA 3Q74A 5CYYA 5A4VA 5JWRB 1TRWA 1PKWA 6GSWA 12GSA 2OKAA 3TJBA 2OADA 1J08A 1NW2A 6GSTA 1F3BA 1ST9A 3IRAA 1K0AA 5AISA 2E7PA 1PGTA 3E3EA 2DJ1A 4IS0A 3QR6A 4HS1A 2VL2C 5DAKB 4G2EA 1Q98A 4PURA 4H86A 1F37A 2WJUA 3TKRA 1SK2A 4N0VA 4KX4A 1GLQA 1DSBA 2LQOA 2YOIA 1WMJA 3ERWA 3QDNA 3QOUA 1GSQA 1OC9B 2DJ3A 1WWJA 1X0RA 3UOMA 1CQGA 1WP0A 4CHSA 4TW5A 4DVCA 1A2MA 2FD3A 4L5OA 5KN2A 4ZIJA 1SYRA 4I2TA 1GP1A 3HYPA 2CAQA 4TKYA 3LGCA 1PSQA 3IA1A 4ZBBA 5G30A 2J23A 2ON7A 3FR6A 4GCIA 3RHBA 4HQSA 5KN3A 3ZREA 4DSSB 3F4SA 5DCGA 4K9ZA 1DBYA 3UMAA 5DAKA 3H1NA 2OACA 4ZXGA 1U3AA 3EYTA 3O76A 4OWYA 2O89A 2LNTA 3BD2A 1S3CA 3Q19A 1MEKA 3TKPA 3UVTA 4IJIA 2V32A 1A2JA 5HR3A 2VO4A 3IR4A 2CVKA 4MF5A 5J9CA 3GX0A 1OC9A 1UA5A 4IP1A 2I1UA 2PBJA 1SKSB 3HZ8A 2IMDA 3UL3A 2WDUA 5IMZA 2CX4A 2L57A 4POMA 1DUGA 2JL4A 4K0NA 4V2NA 1Z3EA 2K6VA 4F0CA 1FG4A 1SL0B 4NXIA 1B9XC 3DKSA 1YKAA 2VUPA 3F0IA 3GSTA 1PQNA 1FOVA 3FHKA 3KD0A 2IMFA 5GSTA 1EOGA 4ECCA 1GRXA 3I9V2 1WPIA 2RIIA 2AHEA 4OFMA 4DSSA 3KTBA 1R4WA 4Q5NA 5LD0A 2CZ3A 1UVZA 2H30A 5JCWA 3G7YA 4V1Ag 5CNWA 1FW1A 5CP1A 2X64A 4ECJA 2LJRA 2HT9A 4QQ7A 1XW5A 2G2QA 3HXSA 2B7KA 4EVMA 1UN2A 1W4VA 2GQKA 6GSYA 2CQ9A 2LKUA 1V9WA 4ZL8A 1XXUA 5CO3A 3HD5A 3FR9A 3P8WA 3C1RA 4ACSA 2VL2A 4AJ7A 2VL3A 1TKDB 2L6DA 4X0XA 5HFIA 4DEJA 5GAND 3O6TA 5GSSA 2JSZA 5ECSA 2WB9A 2GGTA 2B5EA 1VF1A 3D22A 3BOAA 4ZL9A 5J9BA 2YV9A 3FKFA 5F8BA 1XOAA 4EUYA 2HSHA 5IMCA 1M9AA 4ILFA 2VLTA 4J2FA 1SK1A 3K8NA 1W89A 2LSTA 5DJLA 1O73A 1V2AA 4FYCA 4TN8A 2ES7A 1K0NA 3FEUA 4EXJA 3KJYA 1HD2A 4FYBA 1GNWA 2AYTA 4G19A 2F8AA 3QD9A 1LU4A 1B9YC 3IPZA 1VF2A 1GL8A 5F07A 3EINA 4BWQA 2F8FA 2YANA 11GSA 5E59A 5IOXA 4TXVA 1F6MC 1PL2A 1YF1A 3GURA 3BCKA 4YQVA 1I9DA 4XTSA 2TRCP 5JWOB 1FVKA 4IP6A 1T3BA 2H74A 2IN3A 5JCGA 5D9VA 17GSA 2B7JA 5DDLA 3Q18A 5E4WA 1OC8A 3TOTA 5B8AA 4PNGA 1G7EA 1GSYA 4YAPA 1EOHA 2YJ7A 1ZOFA 3DIEA 2CZ2A 4IW9A 3D5JA 5ECMB 4PQIA 1TTZA 2H1GA 2HNLA 1TOFA 1M2DA 2LNSA 1A0RP 1EGOA 2PUKC 5G1LA 3QCPA 1T1VA 4RI7A 3DVXA 4KCAA 2GT6A 2CT6A 1SJZA 1YEXA 2RM5A 4MZCA 3DEXA 1F2EA 3P90A 2ALBA 2BJXA 2HRFA 4JR4A 14GSA 1MDJA 4ZB9A 3ERGA 1A2LA 3WGEA 4LL1B 3KGKA 3C8EA 5F05A 1A23A 2KOKA 1K3YA 2M72A 3CXGA 3GNJA 3TKQA 4AGSA 1V40A 1C72A 3HA9A 3GKXA 4ZBAA 2GSQA 2H75A 1HQOA 1K0BA 4YH2A 2RUFA 1PD21 1O85A 1AAZA 5ECIB 4MJCA 1XFLA 2FA8A 1GH2A 2FNOA 4BA7A 3ZFBA 5G1KA 5DQSA 3A2VA 2F3MA 1Z7PA 5HR1A 3RPPA 3P2AA 3N5OA 1EEJA 2B3SA 1HNCA 1X9WB 3KM6A 1OAZA 3RDWA 2XBIA 2F9SA 4EE0A 3IOSA 2C0FA 4GWRA 4DSRA 4ML1A 4HJ2A 3CSJA 2HLSA 2LRCA 2H76A 1BEDA 1T4YA 3GKMA 2H70A 1XVQA 1TK0B 2JSYA 2N5AA 3QMXA 3TGZA 2H0HA 1TRUA 1ZGNA 1GSFA 4Q5FA 3TJGA 4KDYA 2GDRA 4IGJA 4I6XA 3HZ4A 2YZUA 1SD8A 1XPVA 2H01A 1QK8A 3GX8A 4KSOA 5H5RA 3M9KA 22GSA 2LJKA 3L4NA 5FWGA 4WR4A 4CW9A 3F3QA 3P7XA 2YJHA 4N10A 1B8XA 3HVVA 2NTOA 4KAEA 2HI7A 3IHQA 2H1BA 2H0GA 10GSA 4OO4A 4HI7A 4PGTA 1O8WA 5ABRA 4I8BA 1A0FA 3N9JA 4BWSA 1XWGA 4TRXA 4RI6A 1RK4A 1KTEA 4IVFA 2E2GA 1O6JA 1JLWA 2AV4A 4NWYA 5B8BA 3GSSA 4OFNA 2Z9SA 1VF3A 2HXKA 4Q5QA 3IK7A 4OO5A 3M1GA 1QXHA 2PERA 1E2YA 4TOPA 2PVQA 3TRPA 5IO2A 4JR6A 1ML6A 3F6FA 1GTBA 2O85A 4KDXA 2OE1A 1K0DA 3WGDA 3CSHA 2JADA 4FIWA 4FYUA 2C0EA 1TDIA 3I6AA 2V2GA 4XHMA 1SKWB 3TUEA 4J56E 1ABAA 3VPQA 3C71A 2I9HA 2B1KA 2K8SA 2DJJA 1NSWA 3UEMA 4N0ZA 3LYKA 2TRXA 5J3RA 1R5PA 4NMUA 8GSSA 2CV4A 1TU7A 3KH7A 2GZPA 2B1LA 2R3XA 2P31A 3C73A 2VCVA 3GL3A 3QFAC 2B5YA 3VURA 20GSA 4IN0A 2HE3A 4HEA2 2QC7A 3EURA 3ISOA 3TKSC 1TK8B 2JZTA 3WD6A 19GSA 2HFDA 2ZNMA 4K7IA 3IE3A 2GZZA 3DWVA 1EWXA 1SU9A 3EU4A 2VAFA 2YCDA 1BJXA 4WBJA 1Z9HA 3Q6OA 4EL1A 5ECLB 1NHOA 3F4TA 1YJ6A 4F82A 1T7PB 5G5FA 1QQ2A 2D2ZA 3GRXA 3H4KA 3W8JA 2LS5A 2LQQA 2NDOA 4IQAA 4MF7A 5HR2A 3U6VA 3LXTA 3DMLA 4X1UA 5D93A 3FZ4A 4NHZA 2QSIA 4POLA 4PNFA 2C8UA 1THXA 1N2AA 3TOUA 2R5GA 3W6GA 1V57A 3WYWA 1EP8A 3ZVJD 1XZOA 2DLXA 4HZ4A 4BL7A 3HDCA 1IYIA 4MJBA 3TJFA 2DMMA 3EMPA 1K0MA 1A24A 4E8HA 1WJKA 4PXOA 5IIZA 1ERWA 4MABA 2MBSA 1RQMA 1M0UA 3EU3A 1EEMA 3FW2A 4LLRA 2GLRA 5ECHB 4L5LA 3KTLA 3GV1A 2C0GA 3D6IA 2IMKA 3L9VA 2IJYA 4GF0A 1AQWA 1HNAA 5CRDA 4JE1A 4BPYA 1Y25A 3TKSE 4F03A 3ZMKA 3VWVA 1M2AA 4TR3A 3DXBA 3AY8A 1PKZA 2P0GA 4POKA 3H79A 3QAGA 5J41A 2XHFA 5B7CA 4BVYA 1T4ZA 3CBUA 4ID0A 2GQLA 4KUNA 2FWFA 1M2BA 1PX7A 1AQXA 2GTUA 5DBQA 1B4QA 3A2XA 5CRHA 1WE0A 1ERVA 1TI3A 1XWAA 3GL5A 2LV3A 1NM3A 3RHCA 2VCWA 2OE0A 4GLTA 4MF6A 18GSA 2WS2A 1GSUA 1Y6EA 2DMLA 4JBBA 3UARA 5JWQB 4TR0A 2XC2A 1M99A 2O87A 2CA8A 2DSAA 1X5CA 1M9BA 3ZVJA 4L8EA 2AAWA 4PQ1A 5COHA 2H1AA 4HJMA 5C04A 1WOUA 5IPGA 3ME8A 3TKSA 2H71A 1YDKA 1OYJA 4HU9A 1G6YA 1PMTA 1U87A 4XRDA 2FLSA 4J57E 2C80A 3CMIA 3J7Yb 1PRXA 4MZBA 1G0TA 3GYKA 3NIVA 1OE7A 2E0QA 2R4VA 3KZQA 4I5QA 2RUEA 3IXRA 2X8HA 2WZ9A 3VK9A 4F0BA 1U3IA 3MSZA 1VRSD 1SJ6A 3C7MA 1TJDA 3DD3A 4V2LA 1KNGA 1XOBA 4NV5A 4O92A 4RQRA 2N5BA 3IC4A 4ISDA 3M0FA 3PH9A 2A2SA 3HJPA 2YWIA 3QAWA 2N5FA 4HZ2A 1MDIA 1OKDA 3UAPA 1ZCPA 1TXXA 1URMA 2I81A 3L9SA 4K1FA 4KSMA 3UVHA 5J5NA 1IYHA 3GKNA 2IFQB 3HY2A 1CQHA 2GT5A 4O32A 2L4CA 1XWKA 2H6XA 2C1YA 3ZZXA 1X9MB 2LUSA 2IL3A 3LWAA 1A8YA 4HUAA 1JZRA 2CVDA 4TVEA 1TW9A 2RLIA 2JZSA 2KUCA 3KEBA 2K9FA 3G7IA 4RUVA 2XBQA 1SK0A 3BBYA 3DVWA 4JZQA 2XPDA 1M7TA 2AB6A 3IBHA 4X43A 3A3TA 1QFNA 3FR3A 3TDGA 2AUVA 3SBCA 2F51A 3KMNA 3LJRA 1YEPA 3ZMLA 1V58A 1XWBA 4AJ6A 1ON4A 2CX3A 1XWCA 2YV7A 1TRSA 1GWCA 5EY6A 3RBTA 1V98A 3VWWA 2GQMA 3VI5A 4KGIA 2IFQA 3GUSA 4KH7A 4MJEA 4WKWA 2KLXA 1MTCA 2YNXA 2G0FA 2FWEA 3TRQA 16GSA 1OE8A 4WETA 3MNGA 4Z7XA 3QAVA 2GSTA 3CYNA 5L71A 1SJIA 2PPTA 1BG5A 5IO0A 3U5RE 1EGRA 1DE2A 1YF0A 1GNEA 2H6ZA 5H5SA 4GTUA 4KE3A 4TR4A 1Z6NA 2OBKA 4EDYA 3ERFA 6GSVA 4XS4B 3WT2A 2WRTA 2H0IA 2WGRA 3HJMA 1R7HA 1TI1A 5ECNB 4MPFA 3I43A 1OVNA 2HSYA 5IMDA 1AIUA 2L59A 2VD0A 2V6KA 1NHYA 3WGXA 5HR0A 4MH2A 2VCTA 5KN0A 4Q5RA 5H5QA 5IOWA 3CRUA 4CDOA 1VGLA 2REMA 2H72A 3F9UA 1T8EB 1RW1A 1JLVA 1N8JA 1XBSA 2X8CA 4MZWA 3LG6A 1F3AA 5IMAA 2DJ0A 1QGVA 1THOA 3S9FA 1AUCA 2I4AA 1FAAA 1UC7A 5ENUA 2V6OA 5B6NA 4IHUA 5ECRB 4ECIA 6GSSA 5HQPA 2P5RA 4G10A 1EV4A 4XS4A 3VLNA 3R2QA 2PN8A 1GUMA 4ZB6A 5IMVA 5GAPD 4HQZA 4OCEA 2VM1A 2LRTA 3FYGA 5B6MA 4NV2A 3ME7A 2H19A 5AIXA 5D8IA 3CTFA 2MMZA 3L78A 3LSZA 3FZ5A 5IM9A 1FO5A 1T00A 4EKZA 3IAM2 1U88A 3IDVA 2OE3A 3WT1A 5G5EA 4YQUA 4MH3A 4K8MA 3TCOA 2QGVA 4V1Ap 3ZRDA 5F0GA 1Z6MA 3APSA 1ERUA 3KCMA 3ZIVA 1ACVA 2R6KA 2V1MA 5G2ZA 4KDUA 4IKHA 3W8SA 1O7UA 3ZIJA 4HU7A 4I2UA 1WIKA 4EC0A 4ZB8A 2C3QA 3HVSA 2BTOT 2LJAA 2VM2A 2YWMA 1HNBA 1WRYA 3QFBC 2OBIA 4WF4A 2GZYA 4XIHA 1SL2B 2YZHA 3NZNA 5DCHA 2ZCTA 2IMEA 4ZL7A 2IMIA 1XCCA 2CAIA 2FCHA 1K3OA 5CREA 5IPHA 2TIRA 1F9MA 1TU8A 5A4WA 4I97A 2EIRA 3M9JA 2FA4A 2YN1A 3VFIA 1Z7RA 4KA0A 4LMWA 3ZITA 5KN1A 4PUAA 4V2MA 4QL7A 2AJQB 2H8LA 2OJLA 3ZLPA 1G6WA 2MMAA 3APOA 4BVXA 2L4QA 4MJAA 5ECPB 2A2RA 3VI7A 1GUKA 4WBRD 4MPGA 4OFTA 5LCZA 1QMVA 1B4PA 3RPNA 2M46A 3F6DA 1FHEA 4KB3A 3QPMA 1PL1A 2VCZA 4RQXA 1LBKA 3D4TA 2GVPA 4L0WA 1B48A 3TJJA 5LNKe 5DJMA 1ZL9A 2HYXA 2PVOC 4AF2A 1JHBA 2VLUA 4TXOB 2V41A 2KP2A 3EC3A 2WULA 4N11A 1TRVA 3C1SA 5AIVA 2QKEA 2GSRA 4MA9A 3GA4A 3G9BA 3LXZA 1XIYA 3EWLA 4NAXA 1ILOA 1TK5B 2LTKA 1GSDA 2C0DA 1XW6A 1G7OA 3VWXA 1BYEA 3PGTA 2E2MA 4DSQA 3MWHA 4MDCA 2VCXA 1JFUA 2JACA 5A5KA 3LQ7A 3L9UA 1LJRA 1PX6A 3M8NA 5AN1A 2HZEB 1GUHA 5CAXA 1Z5YE 3BCIA 3IK9A 4LA1A 1GULA 2X99A 3OR5A 2B5XA 2DBCA 2VD1A 1ZZYA 5EVOA 4TXOA 4K7NA 4QL9A 3ZTLA 3HVXA 5IQYA 5DVBA 4WXTA 2RM6A 1ZYQB 5ECQB 2FHEA 4EO3A 5D9TA 2KP1A 3I69A 2IPAA 4KNDA 5CRGA 2L5LA 2R37A 3GFKA 3A2WA 3CTGA 2NBSA 1ZYEA 1TP9A 3VWUA 1GLPA 2YWNA 3APQA 1X9SB 4XRAA 1ERTA 5A4UA 5FHIA 4F9ZA 3H93A 4KW6A 1J9BA 2DC5A 2EIQA 1KEBA 2ON5A 4WEYA 1OKTA 5FT3A 3O3TA 3US3A 2KHPA 4N30A 4F2IA 1S3AA 3KP9A 2HZEA 3CSIA 1JZWA 1AW9A 1AC1A 3GIXA 1XW9A 2I3YA 2DJKA 2L5OA 5EL8A 5HFKA 3GTUB 2YWOA 5JCUA 3UBKA 4XCSA 4AJ8A 2O7KA 2B6MA 4E8EA 3TJKA 2PMTA 5D9WA 4K2DA 3V1WA 3UIWA 5IMFA 1U6TA 1FB0A 3NOFA 1A8LA 4IQ1A 2IIYA 2VL9A 3LYPA 1X5DA 3D21A 4XS1A 4GXZA 1O8XA 5EPFA 2L6CA 2EIOA 3VPTA 5KEJA 4YAVA 6GSXA 5ID2B 1H75A 4O5RA 5G31A 3MAKA 1MDKA 1VF4A 3GMFA 2R2JA 2PWJA 2PGTA 4GSTA 13GSA 5AGYA 3FZ9A 4MK3A 2FUG2 4XS6A 1SYXA 4K0GA 4OMVA 1R5AA 2JU5A 2X8GA 2MMNA 2NPBA 5J4UA 4IELA 4MP4A 3LFLA 1QUWA 3L0HA 3KH9A 1GTIA 4OD7A 3JCML 3GN3A 4K7OA 4PX1A 1USBA 3GTUA 2HRNA 1GSEA 3A5WA 5D73A 1SKRB 4POBA 2YPMA 5D96A 3F63A 4EF0A 3EE2A 2K18A 2DIYA 4GRFA 3HCZA 3G7JA 1HYUA 2FY6A 2BMXA 1J0FA 2MBTA 1EV9A 4G9HA 5HFGA 2C3NA 2H73A 1SD9A 4WR5A 1KBNA 2LRNA 5ID2A 5ECKB 3PR8A 1EP7A 3F8UA 2K8VA 1E6BA 1JZDA 3DRNA 1XVWA 4FO5A 3GHAA 1AQVA 4GSSA 5DALB 3J7Yk 4MLYA 2CVBA 1BAYA 1BQ7A 2A4VA 4K6XA 6GSUA 3UJ1A 1Q4JA 4GQFA 2VLVA 5D9XA 3TRXA 4ULXA 1FB6A 2JZRA 1AXDA 1GSSA 4L0UA 2EC4A 4NPBA 5ELAA 1SENA 3CRTA 5C00A 2C3TA 4D73B 2VIMA 1H4OA 3EMXA 1YKCA 2P5QA 3IV4A 3DYRA 4TR1B 4WF5A 4EDZA 3FZAA 3FK8A 3FRCA 1FVJA 3ED3A 2ZUPA 2MZCA 3HHVA 1ZMAA 5GZZB 4NHWA 4HOJA 3LEFA 4JRRA 2YP6A 3KIJA 4KCEA 4MCUA 1GTAA 3D0ZA 1PN9A 2GS3A 1K0OA 3MDKA 2DJ2A 4P3YB 5DALA 3GKKA 1OC3A 4YQMA 2OA7A 3IAS2 4ZILA 3KXOA 3F3RA 3SWLA 1K3LA 1R26A 2FWGA 1YQ1A 1YY7A 3E0UA 3GH9A 3EVIA 4JU5A 1JZOA 3GH6A 4ML6A 3HKRA 5INYA 3ZL5A 4IBPA 2C4JA 3PINA 5ELGA 1SL1B 3FY7A 2LEGA 2NVLA 4ECBA 2IWTA 4GQCA 1X5EA 4D73A 2XPEA 7GSSA 5F06A 4MMMA 3F4RA 1GTUA 3M3MA 2J9HA 3UBLA 4TR1A 3DGQA 1PA3A 2GSSA 1YZXA 3H8QA 4ZBDA 4OCFA 3ZFLA 4PUFC 1O81A 1K0CA 2M80A 3KP8A 4PQHA 3HJOA 1DE1A 9GSSA 3KMOA 4JEDA 2WCIA 1EZKA 1S3DA 3LORA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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