1T8E | Genus

Total Genus 24

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	24
sequence length	106
structure length	106
Chain Sequence	DKIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/electron transport/dna
molecule keywords	5'-D(PCPGPAPAPAPAPCPGPAPCPGPGPCPCPAPGPTPGP
publication title	Structural basis for the dual coding potential of 8-oxoguanosine by a high-fidelity DNA polymerase. pubmed doi rcsb
source organism	Enterobacteria phage t7
total genus	24
structure length	106
sequence length	106
ec nomenclature
pdb deposition date	2004-05-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00085	Thioredoxin	Thioredoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1t8eB00

3BCKA 3IE3A 5A4VA 1O8WA 4OFNA 4PQHA 1VF1A 2JACA 3FHKA 1ZCPA 1YQ1A 1TJDA 3CSJA 1SL2B 3IDVA 2AAWA 2VCXA 1GSEA 2HI7A 4GLTA 1C72A 4XCSA 1B9YC 4KGIA 4GCIA 2C0FA 3I9V2 4G2EA 3Q19A 3QMXA 3HJMA 3TRPA 1WP0A 3VWXA 1FVKA 4V1Ap 4POBA 3J7Yb 4MJAA 16GSA 3ZYWA 1MDJA 2I4AA 5AISA 3C7MA 3E0UA 2QGVA 4EKZA 4GRFA 5EVOA 3GIXA 2GLRA 5DQYA 2DJKA 4X1UA 3ERFA 5DBQA 1JZOA 4HDEA 5F05A 1SK1A 1VF2A 3LFLA 2RUFA 5EPFA 2V32A 1ACVA 1XBSA 1K0NA 2B7KA 2HFDA 2J9HA 3D4TA 3P8WA 5A5KA 3KMNA 3M9KA 4MP4A 3KJYA 1GULA 3KM6A 4PQIA 1FAAA 4HQSA 2LNTA 1XWAA 3CYNA 2PUKC 5F0GA 3WD6A 3GRXA 4HEA2 5KN1A 1X9SB 3CTFA 2VO4A 5HFKA 4K7OA 4WEYA 1HQOA 3TCOA 2KHPA 5IO2A 2CX3A 2C1YA 1F3AA 4BWSA 1J0FA 1DE2A 3RPPA 1SJIA 2H19A 4QL7A 3H1NA 4MPFA 4ILFA 1XPVA 4FO5A 1PA3A 4HU9A 3HCZA 2CQ9A 1AQVA 2V6OA 3UEMA 2ON7A 4RUVA 1B48A 2O87A 3GNJA 2E0QA 3TGZA 2PMTA 6GSUA 1U87A 2GZPA 4KNDA 5HFGA 3FR9A 5G1KA 2TRCP 3TKSE 1USBA 5ECPB 1PKWA 2KOKA 4XIHA 3GKKA 3F63A 4PUAA 1XW9A 2DC5A 1BYEA 3TJBA 1TK5B 5INYA 2DJ0A 1EV9A 3JCML 1G7OA 2OJLA 2FD3A 3G7YA 2VL2A 4F0CA 3C1RA 4XS4A 3EE2A 3D6IA 2C3TA 3IR4A 2HXKA 3FZAA 3HZ4A 3IK9A 5HR1A 2H1GA 4NHWA 2FUG2 4PUFC 4KE3A 3CBUA 2DLXA 2H30A 4YAPA 4YQVA 4G19A 2VL2C 4GXZA 2AV4A 3QAWA 2FGXA 3MNGA 4POLA 1FW1A 4GWRA 2P5QA 4IELA 5CNWA 2WDUA 2EIOA 3G7JA 4MZWA 3N9JA 1BQ7A 3FKFA 4BL7A 3IRAA 5B7CA 1XXUA 4HOJA 3VFIA 5IIZA 3U5RE 3GMFA 4ZILA 4V2LA 1AQXA 4K7IA 2B1KA 4NPBA 1E2YA 5F8BA 3E3EA 3M3MA 1X5EA 2M80A 5IOWA 1JZDA 1W89A 2TRXA 1TU7A 3AY8A 2QKEA 4EXJA 1PX6A 4DEJA 1N8JA 4MCUA 2YP6A 3DEXA 3VWUA 4I6XA 4ECCA 1Z9HA 3F4RA 4MDCA 4WF4A 1SKRB 4JU5A 2B1LA 3UAPA 5DJLA 3IPZA 1U3AA 2GS3A 1GL8A 3KGKA 4WR5A 4IW9A 5IMZA 3FYGA 1W4VA 4IN0A 5D93A 4ML1A 4XS4B 5ECQB 2V6KA 4LA1A 4F9ZA 4HJMA 4OMVA 2BMXA 4YAVA 1BAYA 2FY6A 3RDWA 3IOSA 3FY7A 1OAZA 2KUCA 4V2NA 5F07A 4XHMA 2OBIA 4DSSB 2DMMA 1T1VA 2EC4A 1G0TA 1YF1A 3GX0A 4L0UA 3RBTA 3VI5A 3QFAC 1SYRA 2XPEA 4XRDA 3GHAA 2LJRA 1WOUA 2YN1A 1NHYA 2AUVA 5EL8A 4ECBA 1M9BA 1QUWA 4I97A 1YDKA 3US3A 3A3TA 2H73A 2B5XA 2F3MA 2VM1A 1GNWA 3ZZXA 4EE0A 4Q5FA 3HVSA 4XRAA 3C1SA 2HSYA 5G5FA 1BG5A 1ON4A 2IWTA 1O8XA 3QAVA 4K2DA 19GSA 1ABAA 1EGRA 2WFCA 1M2AA 1QXHA 1ZZYA 1XW5A 2KP1A 3LYPA 1GP1A 1GSDA 1V58A 2VAFA 1TW9A 3G7IA 1BX9A 4NMUA 4XS1A 3UBKA 2VD1A 4BVYA 3TRXA 5AGYA 4AJ8A 3KIJA 2MZCA 2CAQA 5ECOB 3UJ1A 1DE1A 2H0GA 3K8NA 1U3IA 2R37A 2NTOA 4EL1A 2LJKA 4LMVA 1TRVA 6GSTA 4OO4A 4KCAA 3P7XA 5G30A 5EY6A 4O5RA 2DJ1A 3D0ZA 4TR1A 1ZMAA 5LCZA 1SL1B 3F3QA 4IHUA 4YQMA 2PN8A 5IPGA 5ENUA 5J5NA 2VLTA 3RPNA 1FO5A 3FZ5A 1BEDA 2EIRA 3DGQA 2BTOT 3P2AA 4D73A 3M9JA 2LRTA 4MF5A 5JWQB 3HVVA 3PH9A 2IL3A 3KXOA 3QDNA 1G7EA 1JHBA 4PQ1A 3SBCA 2H6XA 4NXIA 3GL3A 2JZTA 5G31A 1GNEA 5J9CA 3N5OA 3WYWA 5B6MA 5DAKA 2H71A 2N5AA 5D8IA 1XFLA 2REMA 5LD0A 5L71A 4ID0A 5KEJA 3LORA 4ZB6A 2YWMA 2NPBA 2K8VA 3BD2A 5D9TA 6GSVA 1CQGA 1LJRA 2JADA 5IMVA 3ERGA 3KMOA 4I2UA 4TN8A 4JEDA 4H86A 1UC7A 3LEFA 2LQQA 2A2SA 5FT3A 2DJJA 2VOCA 1PD21 1Q98A 3HJOA 2P0GA 5G1LA 2P5RA 4ISDA 1O6JA 1K3YA 2FWEA 1A0RP 4F0BA 3PGTA 4JBBA 1TI1A 1M7TA 4JE1A 1FVJA 4EO3A 2CZ3A 3CXGA 4Q5RA 2VM2A 4TR1B 3LWAA 1B4PA 1MTCA 2NVLA 3Q6OA 5HR0A 2GT6A 1VRSD 2XBQA 4Q5QA 2H8LA 1Z3EA 2LJAA 2FWHA 4GSNA 4DVCA 1G6YA 1A0FA 3S9FA 1OC3A 2H6YA 1EEJA 2GT5A 1T4YA 3ISOA 2R2JA 5IMFA 2CAIA 4D73B 5IMAA 2K8SA 2KLXA 3TJKA 2OE3A 1JLWA 2C0DA 5ECHB 4EVMA 2H0HA 2YPMA 1X0RA 1F37A 2ALBA 2RUEA 4WF5A 8GSSA 2GDRA 1U6TA 2CVBA 5DAKB 4BWQA 3FRCA 1KEBA 1QK8A 3BBYA 2JSYA 3UOMA 3F4TA 2FA4A 3KH9A 3TJJA 1KTEA 2NDOA 5D9VA 1AC1A 1KNGA 13GSA 2HE3A 1SYXA 4F03A 5GAND 4N10A 2F8AA 5C00A 3NIVA 4E8EA 3NZNA 1QMVA 2MMAA 5CRHA 1IYHA 3ME8A 1URMA 1GSYA 5IM9A 5AIXA 5DCHA 1AAZA 1TTZA 3GV1A 1YZXA 2HSHA 3D4MA 5B6NA 3KP8A 3EMPA 3L4NA 2X8CA 3A5WA 1EV4A 4RQXA 1SL0B 1EZKA 5ELAA 1MDKA 3QCPA 3BOAA 2WJUA 1F3BA 3W8JA 2OA7A 3EMXA 2YV7A 1LU4A 2D2ZA 1GRXA 1AQWA 3GSTA 4MH2A 5D96A 1K3OA 1PQNA 3C8EA 1O73A 3CMIA 1TRWA 3DVXA 3TRQA 2H66A 1TI3A 2C8UA 1X9MB 2R5GA 5ECKB 3IXRA 1S3CA 3ZIVA 4BA7A 1A2JA 2GSSA 3Q18A 1ZYQB 1DUGA 3GKNA 1DSBA 3HXSA 3TOUA 2C4JA 2WULA 2LNSA 4N0ZA 5D9XA 2CA8A 1T8EB 1R7HA 2IMEA 5JCGA 2IMDA 2PU9C 1OC9A 3L9UA 4ZBBA 1NHOA 3SWLA 3O6TA 2VCWA 3F6FA 3WGEA 3GH6A 4ZL7A 2ES7A 5FHIA 2FHEA 3GA4A 3A2WA 2MBTA 4HU7A 2PPTA 4Q5NA 5CO3A 3EC3A 3DYRA 3H79A 4NV5A 2B6MA 3CRUA 2GSQA 1NM3A 1GUMA 3IAS2 5CAXA 3EWLA 1GLQA 3EYTA 3UL3A 3KD0A 4GQCA 2H1DA 1U88A 1GUKA 1OC8A 1O81A 2I9HA 2DJ2A 3KEBA 2X8GA 1TU8A 1PL1A 20GSA 1V40A 1O7UA 2H76A 1GH2A 4P3YB 5CRDA 3OR5A 1TRSA 4OWYA 3A2XA 1XW6A 2FCHA 3IAM2 2TIRA 3BJ5A 3I6AA 3VPTA 2HRFA 3L9SA 3U6VA 1G6WA 2AYTA 2O7KA 4KDXA 4ECJA 4MABA 3FR3A 4TW5A 3IHQA 5D9WA 1PN9A 4DSQA 4MH3A 2ON5A 1Z7PA 1GLPA 1TRUA 1F9MA 1K0CA 1K3LA 3LQ7A 4HJ2A 1XZOA 1MD3A 1ILOA 4ZL8A 5J3RA 2ZUPA 1CQHA 2YV9A 1SENA 4ZBDA 4POMA 4TR3A 1NSWA 4MA9A 3F0IA 2V1MA 5IOXA 2F9SA 3APOA 2VCQA 5JCUA 4K7NA 4GF0A 2CV4A 17GSA 1V2AA 1T4ZA 1OC9B 2RM6A 1N2AA 2H72A 2YNXA 1TDIA 1FHEA 1GWCA 3HZ8A 2JSZA 2YWOA 4RI6A 1YJ6A 1FB6A 1VF3A 2XPDA 2FWGA 4RI7A 3C71A 3QD9A 4FYUA 1F6MC 2JZRA 1B4QA 5DVBA 1H75A 5IMDA 4YQUA 2P31A 3PR8A 4AJ6A 1ST9A 3EU4A 1HNCA 5D73A 2OE1A 1WE0A 9GSSA 2J23A 4GQFA 2GTUA 5JWRB 4FYCA 2XHFA 4GSTA 3O76A 3IBHA 3W6GA 3VWWA 2WGRA 2H0IA 3HHVA 3ZVJD 4TR4A 3HD5A 3FW2A 5H5QA 3KH7A 3M0FA 4IBPA 3ZLPA 5ELGA 5DALA 2IIYA 4TKYA 3D22A 10GSA 3H4KA 1A2MA 2XBIA 4K9ZA 1K0MA 2PWJA 3UARA 3WGDA 4EC0A 5ECMB 5ECRB 1A2LA 2C3QA 5DDLA 3DWVA 4HZ2A 2MMOA 2WB9A 1S3AA 2VIMA 4OFMA 1XCCA 4KSMA 5CRWA 3ERWA 4X43A 4BVXA 2F8FA 3LXZA 2K6VA 4ACSA 4MLYA 2VCZA 1F2EA 4EDYA 1GTIA 2L59A 2PGTA 3DIEA 4OO5A 1VGLA 2RLIA 3DVWA 4KX4A 2FNOA 4LL4B 4PURA 3GTUA 2GZYA 3UVTA 5CP1A 1YKCA 4KSOA 1Q4JA 5ECSA 2O8VB 2LSTA 2WCIA 5FWGA 3GYKA 4WBRD 1ZYEA 2E2GA 3GURA 5IMCA 1WJKA 4G10A 4MF7A 2CVDA 3PINA 2MYGA 1X9WB 4WR4A 3WGXA 1PMTA 2I1UA 2HZEA 2C0EA 4ZL9A 3D5JA 3GX8A 4KCEA 3H93A 1TKDB 6GSWA 4KA0A 1T00A 2YZUA 2CVKA 1S3DA 1ERTA 2K18A 1K0AA 3HY2A 4L5LA 1M2DA 1ERWA 1I9DA 3TKSC 1T7PB 1ZGNA 3TOTA 2VL3A 5DALB 2RM5A 1WMJA 2L6CA 4JR4A 3V1WA 1SKSB 1Z5YE 5GAPD 3A2VA 2CX4A 3KP9A 2IFQA 6GSXA 4J2FA 2RIIA 1AW9A 3IV4A 5E59A 1THXA 2YWIA 2Z9SA 2O85A 5JWOB 3ZTLA 4L0WA 4ZIJA 4KB3A 4ULXA 3ED3A 3W8SA 2YWNA 4ZXGA 4K8MA 5CRGA 2IJYA 4I5QA 2B5YA 3UBLA 4MF6A 4QL9A 1Z6NA 2HLSA 1J08A 1V9WA 1A23A 1SK2A 2X64A 2O89A 4NAXA 1XWGA 4IS0A 3E9JB 4G9HA 2AJQB 3CRTA 3F6DA 2R3XA 3TJFA 4HUAA 2A2RA 2WRTA 3FZ9A 5G2ZA 4AJ7A 2IPAA 1H4OA 1TOFA 11GSA 5A4UA 2G0FA 1MEKA 5HFIA 1R4WA 4XS6A 3QR6A 1XVQA 5AIVA 2HZEB 2VD0A 2L4QA 2VCTA 5H5SA 2FA8A 3DRNA 6GSSA 4HI7A 4DSRA 3I43A 3VI7A 2GQKA 4OCFA 3GL5A 4KH7A 4AGSA 3VURA 2YJHA 3GFKA 4MJBA 3F8UA 1EEMA 1EGOA 4KDUA 2GVPA 2HRNA 5J4UA 4KDYA 1EOGA 3RAZA 2F51A 1SK0A 1B9XC 1RQMA 3I69A 2IFQB 2DIZA 3VLNA 5F06A 1M99A 3H8QA 4ZB9A 4IP1A 5H5RA 1FB0A 2K9FA 3VWVA 4ZB8A 1BJXA 2MBSA 4IJ3A 2YANA 1SJZA 1R5AA 1HNBA 2DJ3A 4N11A 4ECIA 2LQOA 1XOAA 1QGVA 3LXTA 3R2QA 1SD8A 2H6ZA 4WETA 2G2QA 3MDKA 2H1AA 3APSA 1AUCA 1WIKA 2IMKA 2HYXA 4X0XA 4MMMA 1VF4A 4BPYA 2VUPA 4LLRA 2H1BA 2L4CA 1M0UA 4O32A 3TUEA 2KP2A 4LL1B 3LSZA 2C3NA 18GSA 3HA9A 2MMZA 5ABRA 1YY7A 3LG6A 3HVXA 1RW1A 4LMWA 3F9UA 3QPMA 1OE7A 2MMNA 3RHBA 1JLVA 4PX1A 1A8YA 4NHZA 1OYJA 1FOVA 1HYUA 1QQ2A 2QSIA 3VK9A 2GSRA 4TR0A 4TRXA 1PX7A 1V98A 3M8NA 2LS5A 2OE0A 4TXOA 1THOA 4WXTA 5G5EA 1PSQA 1KBNA 2L6DA 3UIWA 2OBKA 1WRYA 4MJEA 4QQ7A 1OKDA 2XC2A 3DXBA 4K0NA 4F2IA 3J7Yk 3M1GA 4JR6A 2GSTA 2FWFA 1M2BA 1ERVA 4N0VA 3DKSA 4OD7A 5HQPA 2CT6A 3CSHA 2CZ2A 5IO0A 5ID2A 4FYBA 4I8BA 5KN0A 5CYYA 2FLSA 3L9VA 5AN1A 2YOIA 3NOFA 5KN3A 4AF2A 3MWHA 2JU5A 4POKA 2GQMA 2PVOC 3QOUA 4NWYA 3GKMA 2IN3A 2LRNA 2JZSA 3CTGA 4JZQA 2B3SA 2OACA 3KTBA 2N5BA 2GZZA 3TKQA 4MJCA 1YEXA 2H01A 3DD3A 1M9AA 4L5OA 4DSSA 4K6XA 2R6KA 3RHCA 2IMIA 3GUSA 1Y6EA 1PKZA 2PVQA 2LV3A 4K1FA 3QAGA 1K0DA 2VL9A 4CW9A 1GTAA 3O3TA 3IK7A 4ZBAA 1JZRA 5JCWA 1X5DA 4GTUA 2H70A 2DSAA 2H75A 2DMLA 4EDZA 5IPHA 22GSA 2DBCA 4RQRA 1HNAA 2L5OA 3F3RA 12GSA 4WBJA 1ERUA 5GSSA 4TXOB 1QFNA 1T3BA 1YKAA 1RK4A 3DMLA 3FK8A 3GH9A 4OCEA 4IQ1A 4J56E 3APQA 1EP7A 3ZFLA 1I5GA 3UMAA 3ZMLA 2LRCA 4E8HA 1XIYA 4YH2A 1SD9A 3TJGA 1X5CA 3TB2A 2M46A 3CSIA 3GSSA 3LGCA 2YJ7A 1WPIA 2L5LA 1IYIA 5ID2B 3IA1A 2OKAA 1SJ6A 3D21A 3KTLA 3FZ4A 2X99A 5J41A 3ZIJA 3EINA 1GUHA 4HS1A 4CDOA 2DIYA 5IQYA 1WWJA 2C0GA 2WS2A 1ZOFA 2QC7A 4FIWA 3C73A 2L57A 2ZNMA 1GSUA 4IJIA 3FEUA 4Z7XA 4TVEA 1ZL9A 4IP6A 4MPGA 5GSTA 3WT1A 1A24A 2YZHA 5ECIB 4PNGA 4WKWA 4V1Ag 2JL4A 3L0HA 3LJRA 3ZRDA 4HZ4A 1TP9A 4N30A 3IC4A 3Q74A 1PRXA 2NBSA 3TKRA 1EWXA 2I81A 2B7JA 1MDIA 1XWCA 3HJPA 2LKUA 2WZ9A 3VPQA 4JRRA 4MK3A 4KUNA 1TK8B 2R4VA 4PNFA 4K0GA 1UN2A 1Z7RA 2C80A 2VLUA 2VLVA 1MD4A 2HNLA 3HKRA 2N5FA 5ECLB 1UVZA 2LEGA 4O92A 3WT2A 1NW2A 4NV2A 4HQZA 4KW6A 1XWKA 4FH8A 2OADA 4CHSA 2V41A 3MSZA 1GTBA 1JFUA 1EP8A 1YEPA 1OKTA 1R5PA 1V57A 3EURA 3MAKA 3EU3A 1JZWA 1PGTA 1SU9A 4MZCA 5DQSA 1R26A 3UVHA 4EUYA 3F4SA 3EVIA 2AB6A 3ZITA 1XWBA 5C04A 1J9BA 3TKSA 4KAEA 4O7HA 5DCGA 2A4VA 1TXXA 3ME7A 2EIQA 5CREA 1GSQA 4I2TA 4V2MA 2HT9A 5ECNB 4GSSA 1EOHA 2B5EA 3HYPA 5KN2A 1O85A 1B8XA 5HR3A 14GSA 3KCMA 4PGTA 3ZREA 3TKPA 2V2GA 3GN3A 1TK0B 4TXVA 5E4WA 2E7PA 3G9BA 4ML6A 5J9BA 2IMFA 5B8BA 5B8AA 1UA5A 1A8LA 2ZCTA 1SKWB 4IGJA 4IQAA 1GSFA 1K0OA 4OFTA 1AIUA 5COHA 5HR2A 2LTKA 7GSSA 3ZMKA 5A4WA 4EF0A 3TDGA 3ZVJA 2HZFA 1Z6MA 1OE8A 2AHEA 2E2MA 2PBJA 4IVFA 2I3YA 4J57E 1GSSA 1ML6A 1E6BA 5DJMA 2GGTA 3ZL5A 5LNKe 2GQLA 2VCVA 3GKXA 4IKHA 4TOPA 1K0BA 2PERA 4XTSA 6GSYA 3GTUB 3P90A 3BCIA 3QFBC 3ZFBA 1HD2A 3HDCA 2H74A 1GTUA 4MZBA 1LBKA 2X8HA 4F82A 2M72A 4PXOA 3L78A 1YF0A 1XOBA 1OVNA 1FG4A 1DBYA 3FR6A 2BJXA 1Y25A 1XVWA 1PL2A 5GZZB 3KZQA 2LUSA 4L8EA 2YCDA 1AXDA 3LYKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1T8EB

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structure length

Chain Sequence

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Chord Diagram

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