1TK5B

T7 dna polymerase binary complex with 8 oxo guanosine in the templating strand
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase/electron transport/dna
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*A*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*AP*(DDG)P*TP*
publication title Structural basis for the dual coding potential of 8-oxoguanosine by a high-fidelity DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 28
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1tk5B00
5G1KA 1JLWA 4TR1B 4NMUA 5DBQA 2KUCA 4AJ6A 1EOHA 2KOKA 3P7XA 1XCCA 1RQMA 4KW6A 3VLNA 1EP8A 1M9BA 3KEBA 3O3TA 1FHEA 2VCTA 3DVWA 1OE7A 2M80A 4OCEA 4ACSA 1PN9A 3LFLA 3C1SA 4EXJA 2R6KA 5CAXA 3HZ4A 4MJBA 5EY6A 2YP6A 5ID2B 2NDOA 2VL2A 4TR0A 2L6DA 3CTFA 4ZL7A 3TRXA 3UBKA 1GSQA 3ZTLA 2PERA 1Q4JA 4TW5A 4O32A 1YKCA 5IO0A 4TN8A 3ISOA 5B6NA 2ZUPA 4MH3A 2O8VB 3HZ8A 1YEPA 2GSQA 1Z5YE 1EP7A 1RW1A 2KP2A 2CA8A 6GSUA 3GHAA 3F63A 4MPFA 2PUKC 4OO5A 3ZL5A 4V1Ap 3EMPA 3MSZA 1TK8B 2VM1A 1ERUA 1SK1A 2MYGA 5IIZA 5INYA 3VI7A 1K0NA 2VCQA 4LL4B 4DSRA 1FB0A 4FYBA 4PXOA 2VOCA 5GAPD 3VWXA 2V6OA 4ZL8A 3TUEA 4ZB9A 1FW1A 3HYPA 2CVKA 4IQ1A 1A23A 3UBLA 3ZMKA 3DRNA 4J2FA 3HVSA 4KCEA 3DGQA 3QD9A 4EE0A 3DEXA 1SYRA 1XW6A 3TJFA 4Q5RA 1O8XA 4YAVA 4KAEA 4PNGA 5D73A 2HFDA 19GSA 2IMFA 3L9UA 1HNBA 3QMXA 4WF4A 1SK2A 3KTLA 2MMOA 3F4SA 3G7YA 2YWIA 4GSTA 3M0FA 2IL3A 1U6TA 3TJBA 4DSQA 4CW9A 2IMIA 2GTUA 2R5GA 2REMA 3FHKA 2IMKA 1K0BA 3PH9A 4POMA 2DJJA 4MA9A 2E7PA 1IYIA 4L5OA 5ECHB 3FZ4A 2I9HA 3DMLA 1VF1A 5DJLA 3DKSA 3UJ1A 5D8IA 5FHIA 2WRTA 2R4VA 1XOBA 4L5LA 3MWHA 4LMWA 4TXVA 5A4WA 1K0DA 1TRWA 3IXRA 3GL5A 5C00A 2H74A 5CO3A 1AW9A 4WR5A 3DWVA 2H1AA 4OCFA 4V2LA 4Z7XA 3KZQA 1Z7PA 2ALBA 5JWRB 5DCHA 1XOAA 3APSA 4HQSA 5H5RA 2WFCA 1XVQA 5JWOB 4MDCA 4POBA 2DBCA 1LJRA 4RQRA 3N5OA 2V1MA 3FRCA 3IR4A 1ERWA 1YEXA 2YWNA 3QFBC 3ZIVA 5GSTA 2H0GA 4X43A 1GLQA 5HFKA 2YJ7A 3NZNA 2GS3A 4EVMA 3KD0A 3Q6OA 1PL1A 3EINA 4D73B 1FO5A 2N5FA 1SU9A 1LBKA 5CRGA 3FYGA 4Q5QA 3S9FA 2TRXA 2G0FA 2H1GA 4GQFA 4YQMA 3KP8A 1NM3A 5GSSA 4Q5FA 3GL3A 3EVIA 1AQVA 3RBTA 2XPDA 1WOUA 4F03A 1B8XA 1T3BA 2YV7A 4HZ2A 5ABRA 2DMLA 5LD0A 1CQHA 2L4QA 1FVJA 1GTIA 3W8JA 4PQHA 1B9YC 3G7JA 3R2QA 2GVPA 3L4NA 3RPNA 5CNWA 2IWTA 2H76A 5GZZB 2AUVA 4ZIJA 2GQKA 2DIYA 1G7OA 4AJ8A 5B8BA 2HI7A 5CRDA 4N0VA 1EEJA 5ECSA 4G9HA 4QL9A 3E0UA 2F51A 3ZVJA 1GSDA 1ST9A 2XHFA 4I6XA 3CSHA 4PQIA 3CXGA 1GWCA 5A4UA 5ECQB 4WF5A 4OWYA 2K8VA 3KMNA 4N11A 2FNOA 4TVEA 3F6FA 2JZTA 4G19A 2MZCA 2LS5A 1OC8A 4IP6A 4MZBA 5F06A 1BQ7A 2F9SA 4HQZA 2K6VA 1SD9A 1E6BA 1F3BA 1V58A 4GQCA 2V6KA 2O87A 2H66A 4EO3A 5KN1A 4MPGA 1I9DA 5ELAA 3A2XA 3VWWA 1S3CA 4FYUA 2JADA 17GSA 3QPMA 5EVOA 1FVKA 1PKZA 4ULXA 4RQXA 5D9TA 1A0FA 3I69A 4EDZA 4YQVA 4BL7A 2H6YA 1UA5A 2B7JA 2VL9A 2H19A 4V2NA 1CQGA 1HD2A 3UAPA 3GX8A 1GSYA 2OADA 1U3AA 5H5QA 2YZHA 4MLYA 1UC7A 3RHCA 3VURA 3I43A 1S3AA 4OO4A 4MP4A 4EKZA 1Y6EA 3ZREA 2JZRA 5F0GA 3GN3A 2FLSA 4LA1A 3LGCA 1XWKA 1EOGA 3J7Yb 1Z3EA 4NAXA 2HNLA 1ABAA 2RUFA 4L0WA 3HXSA 4I2UA 3L78A 4GF0A 3DD3A 4DEJA 1DE2A 1Z9HA 3L9VA 1WIKA 3C73A 4KNDA 2WJUA 2C0GA 4POKA 5DALB 3KP9A 4ZL9A 1GSFA 1GTAA 2GT5A 1AC1A 4RI6A 3SBCA 1OE8A 1JLVA 1QFNA 1J9BA 2XBQA 3BD2A 1A24A 3UIWA 14GSA 4BVYA 2EC4A 1AIUA 4ECBA 2LJAA 2QSIA 2CX3A 4GRFA 4MF7A 5KN2A 1EZKA 2VLVA 4ECIA 4IJ3A 3GKKA 5F07A 2ON7A 2HZEB 1QUWA 3FKFA 3HDCA 2DJ3A 2P31A 3C7MA 4XS1A 2VL3A 2EIOA 1O73A 4N0ZA 5B8AA 3TCOA 2K8SA 5LNKe 5DAKA 3GA4A 2AJQB 2X8CA 1Q98A 2JACA 3CSJA 1WWJA 1MTCA 1O8WA 3GKNA 1GUHA 3L9SA 2PWJA 3KIJA 5KEJA 3WGDA 4PUAA 4ZILA 1R26A 1ERTA 3GX0A 3TOUA 1S3DA 5JCWA 3ZIJA 1A2JA 2LKUA 3ZFLA 3E3EA 1C72A 4HOJA 3HKRA 4F0BA 2VCXA 3VPQA 3ZLPA 4OFTA 3FZ5A 2CX4A 3BCIA 4YH2A 3UEMA 1SL1B 1G6WA 1T1VA 1GTBA 1GULA 1ON4A 2L57A 4F0CA 4EUYA 20GSA 1X5CA 1ZYEA 2LRNA 3LEFA 4XIHA 4MABA 3D4TA 2DSAA 1EGRA 4DSSA 2WGRA 2O89A 5CREA 4GWRA 1GSSA 1Z6NA 3BCKA 1J08A 2FWFA 4ZBBA 3ZITA 1SJIA 2I81A 4EF0A 3SWLA 3DVXA 4JR6A 3H93A 2LRTA 2I3YA 1K0MA 1M9AA 1YY7A 4CHSA 3Q19A 3CSIA 3ME7A 5G30A 3TDGA 1DE1A 4JBBA 1FAAA 2RM5A 2YN1A 5HR0A 3FW2A 4F2IA 3UL3A 2YANA 4I8BA 1PKWA 1EGOA 4XRAA 1BEDA 2HT9A 2I1UA 2CAIA 1VF2A 1V98A 2VD1A 1QK8A 5IMCA 2L5OA 2X64A 4FH8A 3FZ9A 2H0HA 1XXUA 3VI5A 3IHQA 3TKSE 5IOWA 1OC9B 4E8HA 1W89A 5FT3A 3HJPA 2C3QA 1WJKA 2RLIA 2KHPA 5IPHA 3GMFA 4KX4A 4KE3A 1B9XC 2NPBA 4WR4A 3D0ZA 2HZFA 4AF2A 1SL2B 2VD0A 1HNCA 2LUSA 4OFMA 1A8LA 2O7KA 2VIMA 3F8UA 1VF3A 3KH9A 2IPAA 4GSNA 6GSSA 1DSBA 2YNXA 4TR1A 3WT1A 3TKPA 2LJRA 3IRAA 3QDNA 4XRDA 4TOPA 4BPYA 3D6IA 1URMA 1A0RP 1GRXA 4POLA 5KN3A 3GURA 5AISA 2GQMA 4NV2A 4KSOA 4LMVA 1YF1A 4QL7A 4JZQA 5D9WA 4ISDA 4MJCA 1FOVA 1M7TA 1X5DA 1MD3A 1UN2A 2C80A 3LWAA 3TJGA 1FG4A 2FWHA 2LRCA 4ZXGA 4TKYA 1SJZA 1BYEA 4MH2A 5ID2A 1K0OA 1M0UA 3TJKA 3TKSC 1EV9A 1RK4A 3D5JA 2FCHA 1NHYA 1QQ2A 2HSYA 5AN1A 1FB6A 1X9SB 4MK3A 1AQWA 13GSA 4E8EA 5DQSA 4GXZA 3QAWA 4YAPA 2F8AA 2C0FA 5DJMA 3G9BA 2VAFA 2ZNMA 2E2GA 2IFQB 5DDLA 3A2WA 1GLPA 1TRSA 4NV5A 5HR2A 1XFLA 1TP9A 2H70A 3MNGA 2MBTA 4MZCA 2X99A 2DJKA 1WMJA 1WP0A 2LJKA 2N5BA 4BA7A 2PVOC 2OBIA 4IP1A 4XS4B 3LJRA 2J23A 1GSEA 2MBSA 1KNGA 4K0NA 4HU7A 1GUKA 1EEMA 2VCWA 1R5PA 3QOUA 4HU9A 3IE3A 2M46A 3IDVA 5G2ZA 3FY7A 3HA9A 1GSUA 2O85A 2B3SA 2WS2A 3DYRA 5E59A 4PX1A 3VK9A 1X9MB 1T00A 3TRPA 1O7UA 5ECMB 1XWGA 3FK8A 3ZFBA 5GAND 1ZOFA 3E9JB 2GSRA 1T4YA 5CYYA 2AAWA 6GSXA 2GGTA 4LLRA 4AJ7A 3NOFA 4HS1A 3UMAA 2LSTA 2GDRA 3M9KA 2GSTA 2XPEA 4JRRA 1T4ZA 1B48A 1R5AA 5IMDA 2LTKA 2AHEA 2FY6A 1EV4A 1SKSB 4NPBA 2C0DA 3IA1A 3QFAC 1O6JA 2XBIA 3GKXA 1TU7A 1VGLA 5HFGA 5ENUA 1PX6A 1TW9A 1XZOA 1TDIA 2WCIA 3ZZXA 4L8EA 1XBSA 4GTUA 2H1DA 3BOAA 1W4VA 3GUSA 3ME8A 4I97A 5JCUA 2D2ZA 2JU5A 2GZZA 1TU8A 4KDXA 2B5EA 2IMDA 2CVBA 1PGTA 1GP1A 2HSHA 1YDKA 2H73A 5A5KA 2EIRA 2IN3A 3A2VA 4OMVA 5J4UA 1JFUA 2TRCP 3A3TA 5CRHA 4IKHA 1N2AA 2HRNA 6GSVA 3J7Yk 1YZXA 3MDKA 3CYNA 2JSZA 1I5GA 3UOMA 4KSMA 4WBRD 4MF6A 2ES7A 3C1RA 2GSSA 1M2DA 3F4RA 3KMOA 4D73A 5D9XA 2YJHA 1TK0B 2KP1A 1THOA 3F0IA 2B7KA 3U5RE 2R3XA 7GSSA 2VCZA 1ERVA 2NTOA 4ILFA 2CZ3A 2PGTA 2P5RA 3TKSA 4PGTA 3LSZA 1V40A 2F8FA 5DQYA 4K0GA 4HDEA 3ED3A 3GSSA 4P3YB 2H30A 2DJ2A 3Q18A 2L5LA 1ZYQB 3GTUB 3A5WA 4MCUA 2MMZA 5ECOB 1J0FA 3H8QA 1O85A 2HE3A 2DJ1A 16GSA 4O7HA 2IJYA 4ZBAA 1GNWA 4IBPA 5IMZA 2OE3A 4H86A 3P8WA 3US3A 2CV4A 3U6VA 1QGVA 4X0XA 1B4PA 2NBSA 4AGSA 2VLUA 1X0RA 3D22A 1ACVA 5EL8A 2FA8A 1NHOA 1TI1A 4TR4A 3UVHA 4JE1A 2RIIA 3ZVJD 4WEYA 2OACA 1AAZA 5JWQB 4N30A 2P0GA 2V2GA 5IQYA 1M99A 2YWOA 5AIVA 1JZDA 1WRYA 1U88A 3LQ7A 2PU9C 2YV9A 4JR4A 5DVBA 1YF0A 1SK0A 4CDOA 3ERFA 1OKDA 4TR3A 3ZYWA 1MDJA 3LORA 3GIXA 3O76A 2OKAA 1GH2A 3PINA 2K9FA 2PBJA 4K6XA 5ECRB 2ON5A 3LYKA 5J9CA 3IK7A 2OBKA 1JHBA 4QQ7A 1KBNA 1ZGNA 5HFIA 1X5EA 3CRTA 1K3YA 1AXDA 3C71A 3V1WA 1U3IA 1XVWA 4ECJA 5F05A 5HR3A 11GSA 3L0HA 2JSYA 3EE2A 1AQXA 1OYJA 1YJ6A 4HI7A 4NHWA 1SKWB 4IW9A 4L0UA 3WGXA 4OD7A 1V2AA 2LNTA 1JZWA 5E4WA 4MMMA 1ILOA 1T8EB 1NSWA 3TGZA 1OKTA 3RAZA 5IPGA 3H4KA 5IM9A 3M3MA 1PRXA 3MAKA 1F3AA 1F6MC 2FA4A 4G2EA 3HHVA 5HQPA 1KEBA 1A8YA 4XTSA 4KGIA 1JZOA 1VRSD 3GFKA 2FD3A 2XC2A 2IMEA 3P90A 1ZZYA 3NIVA 2A4VA 1T7PB 1MDKA 1F37A 1YQ1A 4ZB6A 12GSA 2B5YA 4V1Ag 3D21A 3KXOA 1TJDA 2H01A 1MEKA 2WZ9A 3C8EA 1TRUA 5DALA 1R4WA 2MMAA 4WETA 4ID0A 2VM2A 3W8SA 4HEA2 3HVVA 2DMMA 3IK9A 5C04A 5J5NA 1IYHA 3EU3A 5J41A 4TXOB 3IV4A 2G2QA 3EURA 2DLXA 1XWBA 4K8MA 2HZEA 2DC5A 3QAVA 1OVNA 1PA3A 3OR5A 4MJAA 4IJIA 4PUFC 3WD6A 1F2EA 2GLRA 2E2MA 2P5QA 5G1LA 4BWQA 2YZUA 5ECKB 6GSWA 2LQOA 3I9V2 3CBUA 3GH6A 10GSA 3IAM2 3AY8A 3EU4A 4LL1B 3LXZA 1F9MA 3PR8A 3APOA 3FR6A 1PD21 2I4AA 1TI3A 3IOSA 3I6AA 3GSTA 1M2AA 5CRWA 2H6ZA 4KDUA 2PVQA 3EYTA 5CP1A 3HJOA 2OA7A 3GH9A 1V9WA 2C8UA 2C0EA 1BG5A 4Q5NA 2M72A 2HLSA 5G5EA 3IBHA 4IHUA 4IELA 4EL1A 3CRUA 1PMTA 1TTZA 1TOFA 2L6CA 2CAQA 1G6YA 2FGXA 3QR6A 4PQ1A 5IMAA 3HCZA 2L59A 3PGTA 1WE0A 4FO5A 1K3OA 1ZL9A 1G0TA 3ZRDA 4K7OA 3DXBA 1E2YA 4K9ZA 3KM6A 1NW2A 2WULA 1DUGA 2HRFA 2LQQA 4K7NA 3TKQA 4TXOA 3CMIA 4IGJA 2LEGA 2EIQA 1HNAA 4GSSA 3GV1A 18GSA 2FWGA 3HD5A 3WGEA 5DCGA 1TXXA 3IC4A 2KLXA 1HQOA 1XIYA 4J56E 5D93A 2YPMA 5ECNB 1K0AA 2DJ0A 4NWYA 3O6TA 1XW5A 1OC9A 4EC0A 3M8NA 1TRVA 3P2AA 5D9VA 2YWMA 2AYTA 2MMNA 5HR1A 2X8HA 5KN0A 3TJJA 5ECLB 1XWAA 1K3LA 3FR9A 2H75A 3WYWA 3HVXA 1QMVA 2RM6A 5G5FA 2CVDA 1OC3A 2WB9A 2DIZA 4KH7A 3GNJA 4WBJA 4KDYA 2C4JA 1XW9A 4BVXA 4HUAA 1KTEA 2YOIA 1X9WB 2H1BA 2YCDA 4ECCA 2H6XA 3APQA 2CZ2A 4IVFA 2QGVA 1TK5B 3LYPA 3Q74A 3VWVA 2BTOT 2ZCTA 1ZMAA 3EMXA 1PSQA 2OJLA 3VWUA 2JL4A 1B4QA 5F8BA 1A2LA 3HJMA 4F9ZA 1GUMA 4K7IA 2PPTA 3RDWA 1EWXA 4K2DA 1JZRA 1BJXA 4JEDA 1SL0B 5IOXA 9GSSA 4XHMA 1PL2A 2QKEA 3TKRA 4WKWA 3IPZA 4DVCA 1THXA 4O5RA 2Z9SA 5AIXA 2B5XA 3QAGA 3FEUA 1MDIA 5ECPB 3W6GA 2FWEA 4FYCA 3WT2A 1ZCPA 1M2BA 2IFQA 3GRXA 2VUPA 2H72A 3RHBA 2WDUA 3KTBA 2C3NA 2PN8A 2E0QA 1O81A 2BMXA 5J9BA 4XS4A 3G7IA 1VF4A 5H5SA 5ECIB 1LU4A 2B1LA 1GTUA 4X1UA 3GYKA 5B6MA 5AGYA 4TRXA 1AUCA 4WXTA 3EC3A 4HJ2A 3KJYA 1TKDB 6GSYA 4PURA 2FUG2 2C1YA 1HYUA 1GL8A 4IQAA 2GT6A 4BWSA 3BBYA 3LG6A 4HJMA 5EPFA 2R37A 5COHA 3TRQA 1MD4A 1OAZA 2GZPA 1R7HA 4F82A 1A2MA 2TIRA 4I5QA 2NVLA 3HY2A 3H79A 1Z6MA 2VCVA 4ML1A 4YQUA 2VL2C 3D4MA 5FWGA 1XWCA 1WPIA 4RUVA 3LXTA 2FHEA 2OE0A 2H8LA 5DAKB 2RUEA 2VLTA 1QXHA 2K18A 4O92A 1H75A 2OE1A 1YKAA 2B6MA 5IMVA 3F3QA 1U87A 4HZ4A 3FR3A 1PQNA 4K1FA 2LV3A 2JZSA 1SKRB 6GSTA 2N5AA 2L4CA 2CQ9A 5D96A 3EWLA 5A4VA 4JU5A 2CT6A 3JCML 3F9UA 2BJXA 1ML6A 4MZWA 3F6DA 8GSSA 4KB3A 2VO4A 4N10A 4DSSB 1SYXA 3KGKA 3UARA 2GZYA 4IS0A 2A2SA 4RI7A 3RPPA 1SENA 1Z7RA 5ELGA 3FZAA 5J3RA 1SJ6A 4PNFA 3IAS2 3TB2A 3DIEA 2AB6A 2LNSA 4KUNA 5JCGA 2R2JA 3UVTA 1BAYA 4EDYA 2V32A 1XPVA 1GNEA 4KCAA 4MF5A 4IN0A 2A2RA 2H0IA 1Y25A 2IIYA 1SD8A 22GSA 5B7CA 5IO2A 2HYXA 1H4OA 3GTUA 2QC7A 4XS6A 3TOTA 2H71A 3M1GA 3QCPA 4FIWA 2AV4A 2F3MA 1BX9A 1UVZA 4MJEA 3VPTA 1G7EA 4ZBDA 1USBA 3BJ5A 3GKMA 3F4TA 2J9HA 2GQLA 3KH7A 4G10A 4OFNA 2B1KA 1DBYA 1PX7A 3K8NA 3F3RA 3H1NA 2X8GA 5L71A 3ERWA 3M9JA 4ZB8A 2C3TA 4ML6A 4XCSA 3ERGA 3N9JA 4V2MA 4KA0A 5IMFA 1N8JA 3VFIA 2PMTA 3ZMLA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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