1X9MB

T7 dna polymerase in complex with an n-2-acetylaminofluorene-adducted dna
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/electron transport/dna
molecule keywords 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*GP*
publication title Crystal structures of 2-acetylaminofluorene and 2-aminofluorene in complex with T7 DNA polymerase reveal mechanisms of mutagenesis.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 29
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1x9mB00
1LJRA 1GWCA 2E2MA 1NHYA 4TRXA 5CNWA 3HCZA 3HYPA 4PQHA 2B5YA 2GQKA 1F3AA 3ZVJD 4F2IA 1ILOA 2KOKA 2VL9A 4AF2A 1XXUA 3VI7A 2MMNA 4MMMA 4F82A 1ZYEA 4HDEA 4RQXA 2V6OA 1B4QA 1XWGA 3GMFA 4TN8A 1N2AA 1EGRA 5HR2A 3RPPA 2CAIA 4HQSA 4ZL7A 1AXDA 2L59A 3MSZA 4ML6A 5HFKA 1V98A 4GF0A 1GSUA 3L78A 4N30A 2OBKA 3IC4A 4NXIA 4HJMA 3LG6A 2R2JA 4HU9A 4HZ2A 4K7NA 3CRUA 1O6JA 1SYXA 1NM3A 4POMA 1BEDA 3LXZA 4KA0A 2VCVA 1O73A 2N5AA 2MMZA 5INYA 4TW5A 3ME7A 2C3QA 5C00A 4MH3A 1VF1A 1H75A 8GSSA 1G0TA 2DLXA 4K8MA 2WRTA 3H8QA 3GKKA 4AJ6A 2JZRA 6GSTA 3HHVA 2CV4A 3LEFA 3IAM2 2L5LA 5ECLB 1WIKA 2B1LA 1ZGNA 5IMDA 1A8YA 3TUEA 3TCOA 3FR6A 4EDZA 16GSA 2L4QA 5HR1A 1B8XA 3DXBA 3ZYWA 2C0DA 1YJ6A 2VD1A 3MNGA 4ZBDA 5GAPD 2OACA 1T8EB 2VIMA 4MLYA 1OE8A 1K3YA 4TXOB 4WBJA 1PN9A 2V32A 1EEMA 3R2QA 3CTFA 3UVTA 3DIEA 3UEMA 1Q4JA 2V1MA 2RLIA 3IV4A 5DJMA 1G6WA 4TXOA 2REMA 1Y25A 2H76A 1XVWA 4LL4B 4JU5A 2GZYA 1C72A 1PKZA 7GSSA 1U3AA 1GSFA 3GH9A 4XRDA 2C80A 3ZIVA 2FD3A 3LWAA 2H6XA 3GNJA 3VPTA 3ZREA 2JACA 1DE2A 3MAKA 5DCGA 2VLVA 4GLTA 2AB6A 1SJZA 3ZITA 4MH2A 1TK5B 4MZCA 1FB0A 1ML6A 3UL3A 4E8HA 5IMFA 3CTGA 1GSQA 4EC0A 2HZEB 4X1UA 2WFCA 2YWMA 1G7EA 1SU9A 3M1GA 4CDOA 2XBIA 1CQGA 2HZEA 5DAKA 1RK4A 2PPTA 4JRRA 1PD21 4KGIA 3GV1A 1V57A 4WKWA 2FWFA 3FHKA 2DMLA 3FRCA 2PVOC 4XS1A 3IXRA 2HNLA 3TKQA 3UJ1A 3VPQA 1PRXA 2VM2A 4IP6A 2RUFA 2YZHA 2ZCTA 3J7Yk 1TK8B 3PH9A 1EV4A 1GSEA 5CAXA 2H6YA 1GTBA 5B6MA 2V2GA 1F6MC 1K0CA 4O5RA 5IPGA 4LMWA 5HFIA 3GN3A 2C0GA 5EY6A 3F0IA 4PNFA 3FW2A 4NAXA 4I2UA 2YWIA 2KP1A 4PX1A 4IP1A 3H1NA 4MP4A 5IIZA 3S9FA 3RBTA 2QGVA 2HI7A 4QQ7A 1S3DA 4NV5A 2DJ0A 3ZL5A 4F0CA 3ZLPA 5LNKe 4XCSA 3CYNA 4V1Ag 3TKRA 1XVQA 3HJOA 17GSA 1K3LA 1J08A 4JE1A 2OE0A 5ECIB 2FHEA 2BJXA 3TJFA 4PURA 2VM1A 1SD9A 2YJHA 5DALA 2R37A 3RDWA 3F3QA 2TRCP 2F3MA 3CMIA 3QAVA 5J4UA 2HYXA 1GTAA 10GSA 2LJKA 4G10A 3U6VA 6GSVA 2X99A 2PMTA 1EEJA 2MMAA 2L5OA 4HEA2 4IBPA 3V1WA 4XIHA 3UVHA 2DJ1A 4ECJA 3ERGA 1SD8A 2IMDA 1QMVA 1U3IA 3FKFA 4HQZA 4JZQA 3IPZA 5ECSA 3U5RE 3TJJA 2J23A 4ZILA 3A3TA 4MABA 5CP1A 3C1SA 3EE2A 4I8BA 2OJLA 1ZCPA 1KNGA 3QD9A 3IOSA 3TJGA 1U88A 1PX6A 1I9DA 2L6DA 4GTUA 2YANA 1Z3EA 3F9UA 2C0EA 3CXGA 1GTIA 3ERFA 4XTSA 4D73A 2VL3A 1ERVA 1WWJA 2OA7A 4NMUA 1OKDA 4WF5A 3H4KA 3EWLA 3D0ZA 3TRXA 4HI7A 2MBSA 5D9WA 2K6VA 3M9JA 2EIOA 3IDVA 1VGLA 2WJUA 1GSYA 1PA3A 1R5PA 3O76A 1DSBA 5GZZB 4MJBA 1VF3A 2DSAA 4IN0A 4KAEA 4I97A 2Z9SA 2IL3A 1PL1A 1M7TA 1T4ZA 3HD5A 2H70A 3KZQA 3RHBA 2RUEA 4V2NA 3DD3A 4ECBA 3RAZA 2CVBA 4TR4A 3GL3A 3GIXA 1MD3A 3FYGA 4K0NA 4KE3A 2IFQB 3HJPA 2F9SA 1HNAA 3CSJA 4JR4A 2V6KA 1XFLA 2GZPA 3LYKA 5IQYA 2IFQA 3C8EA 2CAQA 1SK1A 1GSSA 4KNDA 4IHUA 1EP8A 1T00A 4OCEA 2AUVA 3L4NA 1PX7A 2C1YA 2LSTA 4GWRA 3E0UA 2XPDA 4JR6A 3EVIA 1TW9A 1RW1A 1AC1A 1BAYA 3HZ8A 1HNBA 3QAWA 5ECHB 1EWXA 1ST9A 1SYRA 2JZTA 4X43A 3VLNA 5DJLA 1GLQA 2B7JA 5IPHA 5G2ZA 1SJIA 1A2JA 2IIYA 1BQ7A 2PERA 3PINA 4HU7A 1O8XA 1SL0B 2H71A 5CRHA 3DVXA 4KW6A 4BVXA 3NIVA 5KN3A 3GUSA 1A0RP 4E8EA 5J5NA 2FWHA 13GSA 3HA9A 4ACSA 1EGOA 1Z7PA 4FYUA 5E59A 2MZCA 4HJ2A 4TVEA 2VCXA 1M99A 4EKZA 2GVPA 2C8UA 5JWOB 5FWGA 1DUGA 3MWHA 3FZ4A 3IR4A 3KIJA 1A2LA 3QR6A 4MPFA 4CW9A 2NPBA 2XHFA 2YN1A 5JCUA 3TOTA 4K7OA 3TRQA 3A2XA 9GSSA 1O7UA 1BJXA 2OBIA 5G1LA 5F8BA 5HR0A 1XWCA 5JCGA 1TI3A 5F0GA 1OC8A 3ZMKA 1XW9A 2PBJA 2VCTA 3TKSA 2B7KA 4WBRD 2OKAA 4ZXGA 2LRNA 1MD4A 3EURA 4F03A 2AYTA 3F3RA 1OC9B 4CHSA 4Q5FA 4OCFA 1B9XC 4OWYA 1FVKA 3HJMA 4POBA 3GX0A 5IO0A 2JL4A 1AUCA 5G5FA 4BA7A 3UOMA 1OC9A 1KBNA 3KJYA 5KN1A 3VWVA 3TKSC 2A2RA 3UBKA 1UN2A 5E4WA 1LBKA 4KX4A 3GHAA 4MJAA 3DYRA 1ZL9A 3VWWA 1G6YA 1WMJA 1THXA 2JU5A 3N9JA 1JZDA 2P5RA 1E6BA 2YWNA 1A8LA 1XIYA 2X64A 5CYYA 4EXJA 2OADA 3HKRA 6GSSA 2V41A 3GX8A 3HVXA 3GSSA 4J57E 2HE3A 4ECIA 1T7PB 1PKWA 2GSRA 3FR3A 1K0BA 3ZVJA 1T3BA 2GS3A 4Z7XA 2H72A 1HQOA 4QL9A 2YPMA 4ISDA 4DSQA 4G9HA 2LRTA 1NHOA 1OKTA 5J9CA 2WS2A 2B5EA 3KH9A 2L4CA 1QQ2A 1XW6A 3QOUA 2E2GA 5B8AA 2WDUA 3P2AA 2GQLA 2X8GA 2HRNA 1FO5A 3EC3A 4IQAA 3APQA 3KP9A 3L9SA 2AHEA 1WP0A 2QKEA 4ZL8A 2P31A 2CX4A 2B3SA 2O89A 4L0UA 3DVWA 4XHMA 3LORA 5JCWA 5D93A 5IM9A 3UAPA 1GLPA 2LS5A 5HFGA 5ECKB 3FEUA 2YV7A 5CRWA 4KB3A 5IMZA 4L8EA 1KTEA 19GSA 1E2YA 1K0NA 3QPMA 2HRFA 1DBYA 1JFUA 2D2ZA 2FNOA 1X9SB 5ENUA 3IBHA 2EIQA 2QSIA 4BWQA 1TRWA 4ZBAA 3BJ5A 1URMA 3WGEA 4K6XA 3PGTA 4WETA 2E7PA 3KEBA 5ELAA 6GSUA 5AGYA 2WZ9A 2XPEA 4IJ3A 1WE0A 3LYPA 5L71A 4TXVA 4MF6A 2N5FA 1MDJA 3W8SA 4OO5A 1TU8A 4EO3A 1V58A 5DDLA 3EYTA 3UBLA 3CRTA 4ZL9A 3C73A 4PUAA 2FWEA 4ZBBA 4DSRA 5D9XA 3TJKA 4POKA 4AGSA 1XCCA 1JLWA 1YQ1A 2G2QA 1PQNA 1X5EA 1ZZYA 2LQQA 1GULA 2KLXA 5F07A 3GA4A 1AQXA 5JWQB 1I5GA 2H75A 2M46A 2JZSA 1CQHA 2H01A 2B5XA 3EMXA 4TR0A 2PN8A 3TRPA 1V2AA 4QL7A 5A4UA 4OO4A 5IO2A 2A2SA 3J7Yb 1OC3A 2HLSA 4ZB6A 4WR5A 1ZOFA 4V2LA 2H74A 4FYBA 4NPBA 4N0VA 3HVVA 3O3TA 3M8NA 1K0MA 2GSTA 5A4WA 1BG5A 1SENA 22GSA 1B9YC 3RPNA 5G1KA 2R3XA 3N5OA 2IMFA 5AIVA 5IMCA 1Z9HA 2LKUA 4YH2A 5GSTA 5CRDA 2AV4A 4ID0A 1K0OA 3ISOA 3Q18A 2F8AA 1TP9A 3GTUB 3ERWA 4TR3A 2IWTA 2LV3A 3TDGA 3LFLA 2GLRA 4EE0A 1WOUA 3I9V2 1XWBA 1FHEA 4MJEA 3KD0A 3L9UA 3HY2A 2IMIA 3VI5A 1M9AA 1W4VA 2PVQA 3D6IA 2ON5A 5ECOB 4TR1B 1GUHA 1BYEA 1K0AA 3M9KA 5LCZA 5FT3A 2MBTA 3TGZA 3M3MA 2AJQB 1GL8A 2CVKA 1U6TA 4FH8A 2PWJA 1TTZA 1JZWA 3A2VA 1OYJA 2DC5A 2K8SA 2DJKA 4X0XA 2X8HA 4O7HA 1X0RA 1TDIA 2HZFA 1WPIA 3IAS2 1PSQA 4RI7A 2VUPA 2O87A 1EZKA 4O32A 1AQVA 3LSZA 4KSMA 1V40A 5D9VA 2EIRA 1FB6A 5D73A 5AIXA 2NDOA 1XW5A 2I1UA 4OFMA 3FY7A 4YQMA 4N0ZA 4BL7A 1TXXA 4K2DA 3RHCA 1A24A 2H1AA 3SBCA 1VF4A 2LNSA 2C4JA 3ZIJA 1NW2A 4MZWA 4MF5A 2LTKA 3W6GA 1BX9A 5HR3A 3SWLA 1F2EA 1Z6MA 2GSQA 1JZRA 2GSSA 4F9ZA 5EPFA 1FW1A 2H1GA 2YZUA 1OE7A 1SK0A 1TRUA 1SKRB 3DGQA 1JZOA 2JSZA 2VCQA 4DVCA 2DMMA 2VCZA 3ZMLA 4IQ1A 3IA1A 5D96A 2YV9A 1GSDA 4IJIA 5C04A 4TOPA 4YQVA 4G2EA 2O7KA 4N11A 2I9HA 2I4AA 3TOUA 3Q74A 5IMAA 5COHA 2B6MA 4ULXA 4NV2A 2WB9A 4GCIA 3DWVA 1M2AA 4GSSA 3NOFA 4IS0A 4MA9A 2LQOA 3MDKA 5G31A 4MDCA 3PR8A 2MYGA 5GSSA 5DVBA 4KCAA 3DEXA 3LQ7A 1XZOA 1ON4A 4EF0A 5J3RA 1QK8A 5D8IA 5ECPB 2FCHA 1X9MB 5B7CA 3LJRA 3K8NA 4FYCA 5DQYA 1R7HA 3JCML 2IJYA 1AAZA 2RM5A 1HNCA 3W8JA 3DKSA 3KM6A 1A2MA 4L5OA 5AN1A 2LJRA 1WJKA 2H66A 2IN3A 1B48A 2CT6A 3EMPA 3F6DA 1IYIA 1QGVA 3APSA 3ED3A 1SJ6A 1EOGA 1M9BA 1AIUA 5ECNB 3Q6OA 1VF2A 1A23A 1F3BA 3QDNA 3VWXA 2CA8A 3OR5A 5G30A 2P0GA 1Y6EA 4MZBA 3I43A 2PUKC 1HD2A 4EL1A 2LUSA 3NZNA 5G5EA 2M80A 3EU3A 3P7XA 2N5BA 4POLA 2DIYA 4I2TA 3ME8A 2AAWA 3BOAA 2HSHA 2K8VA 3G7IA 4ML1A 5H5SA 4OFTA 1XBSA 5CO3A 1QFNA 1Z7RA 1NSWA 1VRSD 1R26A 3IK9A 2FA4A 4PXOA 1W89A 1WRYA 3L0HA 4KDXA 2KUCA 4OFNA 6GSXA 2VOCA 5F05A 2B1KA 3F4SA 1JHBA 4IVFA 2J9HA 3GH6A 4K1FA 3GFKA 3WGDA 1GNWA 1X5DA 2I81A 3IE3A 1JLVA 4GSTA 2XC2A 4YQUA 2VLUA 4MJCA 2H1BA 3D22A 2P5QA 4XRAA 2PGTA 3WGXA 2K18A 1X5CA 1G7OA 5IOXA 3CSIA 3GRXA 2LRCA 3GKNA 2FY6A 2HFDA 4MF7A 6GSWA 1USBA 4EVMA 1SKWB 4ILFA 4HUAA 4XS6A 3KTBA 3BBYA 1XOAA 3HDCA 5AISA 2DJ2A 4J56E 4KH7A 4YAPA 2HSYA 1O85A 4RUVA 2FWGA 3P8WA 2MMOA 3P90A 1S3CA 2ZUPA 3CSHA 1YY7A 3E9JB 3EINA 2PU9C 1FG4A 3F6FA 1J9BA 4Q5RA 4I6XA 3FZ5A 4FIWA 5ABRA 2HT9A 1Z5YE 5DCHA 2BTOT 4MK3A 4G19A 4DSSB 2TRXA 1GUKA 2YP6A 3QMXA 1T4YA 4DSSA 2DIZA 5ECMB 1AW9A 1YEXA 1YEPA 4TKYA 4HS1A 4YAVA 3WD6A 4GRFA 1YKAA 4MCUA 3H93A 4PQIA 1K0DA 4DEJA 3QFBC 3TKSE 4K0GA 4WEYA 1HYUA 3UARA 3KMOA 1B4PA 2R6KA 3HZ4A 2O85A 3KH7A 1DE1A 1A0FA 3E3EA 4BPYA 4MPGA 1TK0B 2VLTA 4OMVA 1GNEA 5ECQB 3QCPA 3KMNA 3Q19A 1O81A 1O8WA 3D5JA 3IK7A 4K9ZA 4L0WA 3LGCA 1TOFA 18GSA 4LMVA 3A2WA 4NWYA 4V1Ap 1ZYQB 3G7JA 1M2DA 20GSA 3HXSA 1LU4A 1TRSA 3FZAA 3KP8A 4V2MA 1SL1B 3D4TA 4PNGA 1TU7A 1MDKA 2H30A 2M72A 1TRVA 1GTUA 3C71A 1AQWA 2H73A 3FR9A 3VWUA 2F8FA 1SL2B 1S3AA 2H0HA 1YF1A 4PUFC 3ZFLA 1KEBA 2DBCA 2YCDA 1EOHA 5DAKB 2LNTA 3QAGA 2C3NA 4IW9A 5B8BA 1YF0A 3UMAA 2CZ3A 1R4WA 3F8UA 3I69A 4PGTA 3ZTLA 3D21A 3CBUA 2FLSA 1ACVA 1ABAA 1PL2A 1EP7A 5EL8A 3IRAA 1XWAA 4ZB8A 2VL2A 4N10A 1GRXA 3VFIA 1F9MA 2KP2A 2IMEA 3KTLA 2FA8A 5J9BA 1ERWA 3QFAC 2LEGA 4IELA 5DQSA 2C0FA 3WYWA 1TJDA 2DJJA 4PQ1A 4L5LA 5LD0A 4JEDA 4EDYA 3BCKA 4NHWA 4GXZA 2VL2C 1GUMA 2GT6A 1R5AA 2NTOA 3F4TA 2IPAA 2GDRA 1QXHA 4F0BA 4ECCA 5IOWA 3GURA 5D9TA 4IKHA 2RIIA 12GSA 4LA1A 4K7IA 5JWRB 1H4OA 4JBBA 3GTUA 2JADA 3FZ9A 5FHIA 3GSTA 2OE1A 1PGTA 3ZFBA 2GTUA 4HZ4A 1ERTA 1M0UA 4EUYA 2VD0A 1UC7A 3G9BA 3UIWA 1YZXA 1FVJA 2GT5A 1XPVA 2L6CA 5DALB 2F51A 1SKSB 2CVDA 2NBSA 2CZ2A 2WGRA 1TKDB 4TR1A 4ZIJA 4LL1B 4HOJA 3GYKA 2GZZA 2YOIA 4OD7A 3ZZXA 4WXTA 3GKXA 3H79A 3EU4A 11GSA 2H8LA 4KCEA 5H5QA 1SK2A 4WF4A 2H0GA 2ZNMA 1K3OA 4GQCA 4H86A 2FGXA 4IGJA 3ZRDA 4AJ8A 3O6TA 3DRNA 3BCIA 3VURA 2R4VA 3D4MA 1GH2A 5CRGA 1ZMAA 2ON7A 1MTCA 4GQFA 1XWKA 4XS4B 3IHQA 3G7YA 2JSYA 2ES7A 2G0FA 1GP1A 4ZB9A 5A4VA 4I5QA 5J41A 2WULA 4KDUA 4XS4A 4J2FA 3AY8A 2WCIA 1F37A 2E0QA 5F06A 2H1DA 5B6NA 2H6ZA 3WT1A 4O92A 3TB2A 4KUNA 4Q5NA 1OVNA 3DMLA 2ALBA 1PMTA 3VK9A 14GSA 1N8JA 5ECRB 5CREA 1V9WA 1ERUA 3GL5A 2DJ3A 4BVYA 1OAZA 1FOVA 1THOA 2CX3A 2C3TA 4D73B 5GAND 3I6AA 2VCWA 3FK8A 1Q98A 5DBQA 4Q5QA 1IYHA 3TJBA 3APOA 4LLRA 4FO5A 1FAAA 1M2BA 3KGKA 1RQMA 5HQPA 2NVLA 1QUWA 2X8CA 1UA5A 2XBQA 2H19A 4RI6A 2YNXA 4AJ7A 2VAFA 2LJAA 3C1RA 2A4VA 5EVOA 4WR4A 2BMXA 2K9FA 2L57A 2GQMA 1J0FA 3L9VA 2HXKA 1MEKA 4P3YB 3F4RA 2I3YA 2FUG2 2CQ9A 4GSNA 2EC4A 1X9WB 2OE3A 2GGTA 2YJ7A 5KEJA 4KDYA 1TI1A 1MDIA 2QC7A 5ELGA 2IMKA 6GSYA 3KCMA 3BD2A 1UVZA 2TIRA 3A5WA 3F63A 2R5GA 3HVSA 1YDKA 5ID2B 3KXOA 4NHZA 3M0FA 5A5KA 3WT2A 1U87A 5ID2A 3TKPA 2H0IA 3C7MA 1YKCA 2O8VB 1T1VA 1EV9A 2RM6A 2KHPA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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