1X9SB

T7 dna polymerase in complex with a primer/template dna containing a disordered n-2 aminofluorene on the template, crystallized with dideoxy-ctp as the incoming nucleotide.
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/electron transport/dna
molecule keywords 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*T*GP*GP*TP*AP*GP*TP*GP*T
publication title Crystal structures of 2-acetylaminofluorene and 2-aminofluorene in complex with T7 DNA polymerase reveal mechanisms of mutagenesis.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 28
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1x9sB00
3RPPA 3AY8A 2OA7A 1ZCPA 4ECCA 4HJ2A 5GSSA 3HA9A 2HZFA 2A2SA 4FYUA 1GLPA 2MMZA 3H4KA 5ID2B 1PA3A 3IK9A 1ERVA 5DCGA 3HCZA 5DALB 3L9SA 3GKMA 4MK3A 4MZBA 1MDJA 2C0DA 1RQMA 3IOSA 3KGKA 4KDXA 2BJXA 4YAPA 3IBHA 3W8SA 2PVOC 4K7NA 3UBKA 3IR4A 4CDOA 3DKSA 3G7JA 4DSSB 20GSA 3RPNA 3FZ9A 3VWUA 2WULA 2H71A 3RHBA 1BEDA 4XCSA 3UVTA 3M1GA 5IOWA 11GSA 1WP0A 1M2AA 4Q5FA 2HXKA 2YWNA 4DEJA 1XZOA 2G2QA 3FR9A 1DSBA 5J3RA 2FUG2 1JZOA 6GSVA 1GSQA 1EGRA 2GLRA 2L5OA 3EU3A 5CRHA 5F06A 3L9UA 5G1KA 3LSZA 4AF2A 4POKA 3SBCA 1PRXA 1ON4A 1A2MA 2V32A 2VL3A 4V1Ap 1F3BA 5IMCA 4IJIA 1GNWA 4HU9A 5G5EA 4ULXA 4IN0A 3EINA 1G6WA 2IN3A 3O76A 2JZRA 1Q98A 2L6DA 3KEBA 2YJHA 3IV4A 4MF5A 5DDLA 3QCPA 2F8FA 4HU7A 2DJ1A 2R6KA 5IPGA 4HS1A 1MEKA 1M99A 1K3YA 2HNLA 3FR3A 1HNCA 3F4SA 2AYTA 3VK9A 1G7OA 2K9FA 5B6NA 1QXHA 5GAPD 4XRDA 5AGYA 2VLVA 2X8CA 3ERFA 2J23A 4O5RA 1R4WA 3R2QA 3N5OA 2P31A 2X99A 2PUKC 1VF1A 3D4TA 2R5GA 5CRGA 4AJ7A 2O85A 3E9JB 3GRXA 1XXUA 1F9MA 2B5EA 3PINA 2WJUA 3GSTA 4QL9A 4ZB9A 4GXZA 1FB0A 2AUVA 1O8WA 4DVCA 4BL7A 5ECLB 2HI7A 4KSOA 3CSIA 1TDIA 4MJEA 4TN8A 2JU5A 4EKZA 2IWTA 2LRCA 1O6JA 1TU7A 2RIIA 3G7IA 4L8EA 1JZWA 1K0AA 1MDIA 5E59A 4OFNA 3P90A 1EP7A 1PL1A 1TI1A 2ZNMA 3HKRA 1ZZYA 2QKEA 4ZB8A 1M2BA 1K0MA 6GSXA 3TJBA 1QGVA 4X43A 2LUSA 3L4NA 3M8NA 4X1UA 3CTGA 3C1RA 3DD3A 3H1NA 4NMUA 3ZRDA 3DGQA 4AGSA 4TR3A 3MDKA 2EC4A 4IQAA 2DLXA 2H0GA 5G2ZA 1TI3A 5DJLA 2V1MA 1K0NA 2ES7A 3HVVA 2IIYA 2H0HA 1GSUA 3UARA 4GQCA 1W89A 4OWYA 5CAXA 1SL1B 2EIRA 5HFGA 3US3A 2VLUA 3F3QA 5KN1A 2A4VA 4KDUA 1VGLA 1VF3A 5JCWA 2HZEB 5ECQB 5HFIA 2HLSA 1LU4A 4EXJA 1HD2A 2YOIA 5IM9A 3V1WA 2KP1A 2GSSA 3HDCA 4EVMA 5AIXA 4POLA 1WJKA 4L5OA 3ZVJD 2LQQA 3EMXA 2I81A 4GF0A 2VIMA 3ERGA 1UVZA 1YF1A 2CZ2A 2F3MA 2PGTA 1GTIA 1OKDA 2VCTA 3WT2A 1J0FA 12GSA 2AV4A 2DJ3A 2C3NA 4K7IA 3GKXA 3IK7A 2GS3A 1PQNA 5ECNB 2GDRA 2H1GA 5A4WA 3EYTA 1GSYA 1SKSB 2YPMA 4RQXA 5ABRA 3D0ZA 1B9XC 1E2YA 4NHWA 5D9VA 3EVIA 4DSQA 1E6BA 5ID2A 1JZRA 2HSYA 1SYXA 1KNGA 2H66A 4N0ZA 1OC8A 3G9BA 3GUSA 4I5QA 1XPVA 2CVBA 2VCXA 4IGJA 1Z5YE 4POBA 1HNAA 3EC3A 2CVKA 4N11A 2RLIA 1EEMA 1GP1A 3GHAA 4LL1B 4MF7A 2B5XA 4OMVA 3H93A 4PNFA 2JSZA 3VFIA 4ECBA 5CP1A 4OD7A 3TRXA 4AJ8A 4JR4A 1OC3A 4TR0A 1GRXA 2H75A 2EIOA 4K0GA 3TJJA 3HVXA 3GTUB 1B9YC 2H76A 4E8EA 3Q6OA 4MH2A 5JWRB 2G0FA 4J56E 1HNBA 3ERWA 3VI5A 2FWEA 2ON5A 4K0NA 1V2AA 3FZ4A 1WWJA 1NM3A 2FCHA 1TOFA 2GSQA 2AJQB 3M9KA 5E4WA 3QAVA 4ID0A 2L59A 3IA1A 2R37A 5EVOA 3DMLA 2LTKA 2NTOA 2PVQA 4FYBA 3A2XA 3IC4A 1NSWA 5ECPB 1Z7PA 4FO5A 1THOA 4NXIA 1BX9A 4TR1B 2HFDA 3P2AA 3FKFA 1IYHA 2C80A 1EV4A 3HD5A 4WR4A 1PKWA 3ZFBA 2B3SA 3ZTLA 3RHCA 1GH2A 3UJ1A 3I69A 2O89A 2JACA 3VURA 4HEA2 1YQ1A 2FHEA 2REMA 1JFUA 3JCML 3LGCA 3FEUA 3NZNA 4MF6A 2E2GA 3GV1A 1XW6A 3KH9A 3Q18A 5ECHB 1AQVA 4EF0A 1M0UA 1DE1A 4QQ7A 4YAVA 3UL3A 1NHYA 2WCIA 1V9WA 3BBYA 1T3BA 1IYIA 4IQ1A 1DBYA 4IELA 4RQRA 2C4JA 3F6DA 4OFMA 1LJRA 5LD0A 2NVLA 1XFLA 2AAWA 2JL4A 2CVDA 2MBTA 1S3AA 3HJOA 2I9HA 5DVBA 1EV9A 1XWAA 5ELGA 5IO0A 3VLNA 3GN3A 3IAM2 3UAPA 3DVXA 1PMTA 4NWYA 1MTCA 2CX4A 4CW9A 4K9ZA 4MP4A 3KP9A 2MBSA 1KTEA 1TRWA 4Q5QA 3ZYWA 1ERTA 4KCAA 5JWOB 2PU9C 3Q74A 2GT5A 4ISDA 5HR1A 5EL8A 1EP8A 2RM6A 1Y25A 2H01A 1GTBA 4ZIJA 2PMTA 1GULA 2ON7A 3HZ4A 3D6IA 5HR0A 4O7HA 1Z6MA 2WB9A 5COHA 1Y6EA 2K8SA 2HSHA 3Q19A 3GX8A 4N10A 3ME7A 2VD1A 2LRNA 2YANA 4J2FA 5LCZA 1PN9A 2IMIA 1V57A 1AAZA 3WYWA 2IL3A 2OBKA 1YKCA 1X0RA 4MPFA 1OC9B 3C1SA 5A4UA 1K3LA 4HZ2A 4V2LA 2YJ7A 2VL9A 1PL2A 1V40A 2YP6A 4PUFC 3IXRA 5JCUA 2V6KA 1NW2A 2DMMA 4V1Ag 3A2WA 2KHPA 1SKWB 1TRUA 1KEBA 3MWHA 1WRYA 2DJ0A 2WRTA 2KOKA 1R26A 4KE3A 3DXBA 4EC0A 3C8EA 2DJ2A 4JZQA 2TRXA 3F3RA 1RW1A 1XBSA 2DIZA 2IJYA 5G1LA 4GRFA 4CHSA 5J5NA 5CNWA 5D9XA 2F51A 1HQOA 1B4PA 4NHZA 2YZUA 4MCUA 1GSFA 2N5BA 5CRWA 3ZMKA 2GZZA 4Q5NA 1WPIA 6GSSA 4JR6A 1DUGA 1SJZA 4NPBA 1SKRB 1B8XA 4KA0A 2V2GA 1XWKA 4IW9A 5AN1A 4KGIA 3QFBC 1YY7A 1MDKA 3QAWA 1QMVA 1J9BA 4EDZA 3QR6A 1XIYA 3P7XA 2IPAA 1SJ6A 1LBKA 4E8HA 2CV4A 4XS4B 3KXOA 3BJ5A 1SL2B 3TKRA 3W6GA 1G7EA 4HQZA 4ZXGA 1KBNA 4KAEA 4YQMA 1XCCA 1QFNA 1JLWA 2OE1A 1AC1A 3U6VA 1Q4JA 1X9SB 1T4YA 3GH9A 4L5LA 5C00A 3GSSA 3QMXA 3I43A 1BJXA 1GTAA 3KD0A 2P0GA 4MJBA 3QFAC 1GUKA 5ENUA 1ML6A 2H70A 3UMAA 1BYEA 3S9FA 2H8LA 2O87A 2FA8A 2GTUA 4MPGA 4QL7A 2H19A 3LYKA 2A2RA 3DVWA 3KP8A 3ZVJA 4MDCA 3C7MA 4Z7XA 1UA5A 3GKNA 2YNXA 3HZ8A 2GSRA 4ML6A 1WIKA 2WS2A 3A5WA 4D73B 4POMA 1SU9A 5JWQB 3J7Yk 2VAFA 3IHQA 2CQ9A 4JEDA 3VWWA 2OJLA 3LG6A 3EWLA 5ECSA 4GSTA 4NAXA 2L4QA 1H4OA 3I9V2 1VF2A 1O73A 4KX4A 5EPFA 3GYKA 4X0XA 5B8BA 3VWVA 3RDWA 1EWXA 1ILOA 10GSA 1OVNA 2DJKA 2LNSA 4RI7A 4IVFA 2LJRA 2VM1A 4IS0A 5GAND 2ALBA 1EEJA 3D4MA 4O32A 1GTUA 4HDEA 5JCGA 2XC2A 5DJMA 4ILFA 1UN2A 2R3XA 5ECMB 3VWXA 2I3YA 1O81A 4WR5A 2AHEA 3TCOA 5B6MA 2VL2A 1GUMA 2GZPA 1PGTA 4DSRA 3GFKA 3TKSA 2OADA 4K2DA 4WBJA 1BAYA 3KCMA 4BVXA 3FK8A 4MJCA 1FB6A 14GSA 2FLSA 5DAKA 2VM2A 3E0UA 2AB6A 1A8YA 1N2AA 2YCDA 2NBSA 4WBRD 5G31A 3QAGA 1Z7RA 5ECKB 1F37A 5FWGA 5KN2A 4TXOA 3IRAA 2MMOA 2N5AA 2HRFA 1SD9A 3P8WA 2EIQA 4ZBDA 2OACA 5DCHA 3MNGA 2QC7A 13GSA 1ERUA 4LMVA 1GSDA 1O85A 6GSUA 2BTOT 3TUEA 2IFQA 2YWIA 5J9CA 1S3DA 1T00A 5ECRB 4ECJA 1SYRA 1F2EA 8GSSA 2H1BA 4PURA 5B8AA 3D22A 1SK0A 2H6XA 3EMPA 1A2JA 1YF0A 1YKAA 3BD2A 4K6XA 2JADA 19GSA 4MABA 3VPTA 5B7CA 2I4AA 1B48A 5IQYA 4K7OA 1X5DA 3E3EA 3FY7A 5DALA 3QDNA 4KDYA 3UVHA 3KH7A 3TKPA 4K8MA 4ZL8A 1SL0B 2JSYA 4FIWA 3KIJA 5HR2A 1YJ6A 5F07A 5CREA 2JZTA 2GQKA 2FWHA 3A2VA 2I1UA 3KTLA 3FYGA 3APOA 3HVSA 4DSSA 1F3AA 2TIRA 3ED3A 3GH6A 3BCKA 5FT3A 1FHEA 2O8VB 3SWLA 3FZ5A 3DWVA 2F8AA 3TOTA 4EDYA 1PSQA 6GSYA 1WOUA 3BCIA 1X9WB 3LXZA 4G9HA 3F6FA 2J9HA 1N8JA 4ZILA 4HJMA 4LMWA 2N5FA 1ZYEA 5AISA 4OCFA 2GSTA 1K3OA 2C0GA 3GNJA 2YV7A 2CA8A 4HQSA 2XPEA 4F9ZA 4IKHA 1R7HA 5IIZA 5CO3A 1YEPA 22GSA 3F9UA 5HQPA 4PGTA 2C3QA 1OYJA 4L0UA 3TOUA 5H5SA 1XW9A 3CRUA 4K1FA 1TP9A 4ML1A 4YQUA 2X64A 5D73A 2VCVA 3RAZA 1OAZA 5F8BA 4LA1A 2B6MA 2K8VA 2VUPA 3I6AA 2VL2C 2TRCP 3C73A 1EOGA 1ZMAA 2BMXA 2LJAA 3TKSC 2LSTA 4NV2A 4N0VA 2GVPA 1BQ7A 3ZIVA 3GX0A 4GCIA 1K0CA 1G6YA 3ZZXA 2H6YA 2B7KA 3CMIA 3H79A 2M80A 2VO4A 5LNKe 3TJFA 3ISOA 2L4CA 5H5QA 4TRXA 4RI6A 2H72A 3FRCA 1OE8A 4XS4A 1VRSD 2JZSA 4PQHA 1THXA 3DRNA 2MMNA 6GSWA 1GNEA 1GWCA 4P3YB 1JLVA 1PD21 5IO2A 4EL1A 2LNTA 2OKAA 5KEJA 4BWSA 4IHUA 5GSTA 5J41A 1AQXA 1ERWA 4I2TA 1ACVA 4MJAA 3HYPA 3UOMA 1XWGA 1PKZA 3ZIJA 4WEYA 3WGEA 3ME8A 4KUNA 2VD0A 4L0WA 4HOJA 1I5GA 1SJIA 4WXTA 4ZL9A 4BVYA 2XPDA 2CX3A 2ZCTA 1WE0A 1YDKA 1J08A 5C04A 2GT6A 2LV3A 2FGXA 1B4QA 2NDOA 4YQVA 1XOAA 3K8NA 5ECIB 4I6XA 1TU8A 2MMAA 16GSA 4ZL7A 4D73A 2VCWA 1SD8A 4KCEA 2C3TA 5D93A 2F9SA 3CSHA 1U3AA 3F4RA 4FH8A 4WF4A 2FWFA 2IMDA 4MMMA 3LJRA 3CXGA 2C8UA 3KMNA 5D9TA 1XWBA 1ABAA 1A0FA 3C71A 4I2UA 4YH2A 4OO5A 3A3TA 3O3TA 4G19A 4KNDA 3LWAA 2YWMA 4EE0A 2FY6A 5GZZB 1AQWA 2HE3A 5DBQA 4ZB6A 2B5YA 1TKDB 1TRVA 2NPBA 2FWGA 3J7Yb 18GSA 4MZWA 3TKQA 3TDGA 1TK8B 3CYNA 2E2MA 1R5PA 5IMAA 3KJYA 3O6TA 3D5JA 2HZEA 4I8BA 1T1VA 4XHMA 3BOAA 5HR3A 2VCQA 1K0BA 3HJMA 3NOFA 3IE3A 3HJPA 4ZBAA 4TKYA 1M7TA 1Z3EA 1FW1A 2B1LA 4LL4B 1Z9HA 1FOVA 2VOCA 1TK0B 1GSEA 2R4VA 2YV9A 5IOXA 4G10A 2C1YA 2LEGA 1W4VA 2CAQA 1X9MB 1XWCA 2ZUPA 4TW5A 1YZXA 2OE3A 4XIHA 4WETA 3IPZA 3WT1A 1TXXA 1SENA 1GUHA 1ZGNA 5L71A 5FHIA 1H75A 3G7YA 1M9BA 2C0FA 4XS6A 2B1KA 1FG4A 3WD6A 1V98A 2DMLA 1TW9A 5ELAA 2HRNA 1USBA 1WMJA 4I97A 1HYUA 4MH3A 3M9JA 4HUAA 4ACSA 5J9BA 4KSMA 5IMDA 2DC5A 1ST9A 3KM6A 2FD3A 3FZAA 2K18A 5KN3A 3DEXA 5A5KA 4KH7A 3LFLA 1T8EB 4PXOA 1XVWA 2WDUA 2L5LA 3ZL5A 4LLRA 3ZREA 4TR4A 3GTUA 1XW5A 2DIYA 3KTBA 1OE7A 1RK4A 3L0HA 5IMVA 1A23A 3GURA 1ZL9A 3F63A 2V41A 3LXTA 5D9WA 2PN8A 5G30A 4OCEA 2FA4A 4HZ4A 3CRTA 3EE2A 4GTUA 3KMOA 1FO5A 3TRPA 3DIEA 5AIVA 3UBLA 2PBJA 1AXDA 2WFCA 1AUCA 2K6VA 1F6MC 4RUVA 1JZDA 5IMFA 1O8XA 3PGTA 1EZKA 3ZFLA 1V58A 2H0IA 2H74A 1U6TA 4TOPA 2X8GA 2M72A 2X8HA 1G0TA 4TR1A 4BA7A 4KW6A 4OO4A 2GZYA 4F2IA 2IMKA 1XOBA 1BG5A 2H73A 2E7PA 3UIWA 3W8JA 2WZ9A 4JE1A 3OR5A 4PX1A 3CBUA 5EY6A 4WKWA 2QGVA 6GSTA 4TXVA 1PX7A 3H8QA 5J4UA 4O92A 2Z9SA 1NHOA 4TVEA 3M3MA 2RUFA 2M46A 3QD9A 4XTSA 5CYYA 4Q5RA 2OBIA 2GGTA 4PQ1A 5IMZA 3CTFA 4ZBBA 2IMFA 1EGOA 1U88A 5H5RA 3M0FA 5HFKA 2CAIA 3GL5A 2GQLA 3LEFA 3VI7A 4FYCA 5DQSA 3DYRA 1MD3A 1A0RP 5IPHA 1SK1A 1YEXA 3LQ7A 3L78A 1QQ2A 2FNOA 4AJ6A 2VCZA 4H86A 4NV5A 4IP6A 2VLTA 4IJ3A 2R2JA 2YZHA 2XHFA 3LORA 4BWQA 2RM5A 1CQGA 3HY2A 3CSJA 2P5RA 3TJKA 2LRTA 4GSSA 1A8LA 1X5CA 1ZOFA 4KB3A 3FHKA 1FVJA 4F03A 4PQIA 2GQMA 3PR8A 2LQOA 4EUYA 2KLXA 1K0DA 3TGZA 2DJJA 4F0CA 2MZCA 3HHVA 1TJDA 7GSSA 2KP2A 3VPQA 3ZLPA 1X5EA 1TTZA 4MZCA 1UC7A 2DBCA 1K0OA 1QUWA 2H1AA 1GL8A 4J57E 9GSSA 4PUAA 1U87A 5A4VA 2LKUA 1T4ZA 1OKTA 3GMFA 1JHBA 3FR6A 4PNGA 1EOHA 3F8UA 4GWRA 5D8IA 1XVQA 3QOUA 3EU4A 2CZ3A 1URMA 4V2MA 2P5QA 2IMEA 1QK8A 4JRRA 2PERA 2MYGA 3IAS2 1PX6A 3WGXA 3NIVA 2C0EA 5CRDA 4JU5A 2LJKA 1I9DA 1OC9A 3TB2A 3RBTA 2LS5A 2QSIA 3FW2A 2H1DA 2H30A 2CT6A 5KN0A 2YWOA 1U3IA 5ECOB 1S3CA 1TRSA 1VF4A 2L57A 2HT9A 4IP1A 3GL3A 4F0BA 2D2ZA 1SK2A 1R5AA 3F0IA 4GQFA 1AIUA 4F82A 1GSSA 1O7UA 3EURA 4MLYA 4OFTA 5F0GA 5G5FA 2V6OA 3N9JA 4GSNA 4MA9A 3APSA 1CQHA 4XRAA 5D96A 4N30A 3MAKA 1C72A 1AW9A 3L9VA 2L6CA 2RUEA 4WF5A 2DSAA 3WGDA 3IDVA 2YN1A 3PH9A 3UEMA 1A2LA 3GKKA 3TRQA 4IBPA 2B7JA 3GIXA 5DAKB 2WGRA 3TKSE 4XS1A 1M2DA 1T7PB 4BPYA 2E0QA 5F05A 3D21A 1Z6NA 3LYPA 2XBQA 3ZMLA 4ECIA 1FVKA 3MSZA 4TXOB 1DE2A 2XBIA 4EO3A 3APQA 4HI7A 2O7KA 1M9AA 2OE0A 4V2NA 17GSA 3F4TA 5INYA 4G2EA 3TJGA 1TK5B 4GLTA 2PPTA 3KZQA 5DQYA 2IFQB 2H6ZA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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