1X9WB

T7 dna polymerase in complex with a primer/template dna containing a disordered n-2 aminofluorene on the template, crystallized with dideoxy-atp as the incoming nucleotide.
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase/electron transport/dna
molecule keywords 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*T*GP*GP*T*AP*GP*TP*GP*TP
publication title Crystal structures of 2-acetylaminofluorene and 2-aminofluorene in complex with T7 DNA polymerase reveal mechanisms of mutagenesis.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 28
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1x9wB00
3A2VA 4D73A 2HXKA 5H5QA 1A8YA 3APOA 2QSIA 2I1UA 4XS4B 1SKRB 3OR5A 2CZ3A 3F3RA 3TKRA 1OKDA 4ZBBA 1GLPA 1GUMA 5CAXA 4KSMA 2GZZA 3LYKA 4TW5A 1O6JA 2EIQA 1SL1B 2DJ3A 2WS2A 4DSSA 3CSIA 4HS1A 2P5RA 1R26A 1XW6A 5ECKB 3GNJA 1TRUA 2KP2A 2AV4A 3LWAA 5J3RA 3GKKA 2LQOA 2BMXA 2IMIA 2DJKA 5CRDA 1IYIA 4Q5NA 3M0FA 4V1Ag 3KEBA 4BA7A 4V2LA 1X9SB 1XVQA 3EURA 4ECCA 2C0EA 4PXOA 2B7KA 5GAND 1XZOA 2K9FA 2MBTA 3QAWA 1WE0A 3KP8A 2E2GA 1ZOFA 2RIIA 1X5EA 3NIVA 4NAXA 3FKFA 4CW9A 2I81A 1XWGA 4MF6A 2CVDA 3ED3A 4NHWA 3HZ4A 1TXXA 1A2MA 2QGVA 1BJXA 4LA1A 1EWXA 4EF0A 4ZL8A 1TU7A 3CYNA 1M7TA 1C72A 3GTUA 3VI5A 2VAFA 1PQNA 1ZYEA 2BTOT 1OKTA 1W4VA 5AISA 3LORA 4YAVA 1THXA 4LL1B 4F0BA 2C3NA 3UEMA 1XFLA 2IFQB 1T8EB 4PQHA 5HR3A 4KW6A 4HQZA 1JZDA 3G9BA 1O7UA 1SJIA 1K3OA 4K2DA 3HHVA 3H93A 4LMVA 3TRPA 4IBPA 5HR2A 2JADA 3C73A 2IN3A 2H6XA 4IN0A 4K7IA 2GSTA 2FWGA 1BAYA 2K6VA 2H70A 3GH6A 3J7Yb 1F3AA 2JACA 4EE0A 3DMLA 2AYTA 4XRAA 5H5RA 3H1NA 4WKWA 2HRFA 3KH7A 2H71A 3ZTLA 3HVSA 2XPEA 4TR1A 4OFTA 4MZBA 4HOJA 5LCZA 2DMLA 3IC4A 1TU8A 1OC9A 5C04A 4X43A 4RQRA 5CRWA 1S3DA 5KN0A 2GGTA 1X5DA 4XS1A 2TRXA 4ZB6A 1B9YC 3CRTA 2PN8A 3NOFA 4WBRD 2L59A 3ZLPA 5J5NA 3IK9A 1JHBA 1EGOA 4WXTA 1NHOA 1YJ6A 3VWUA 3LGCA 2GQKA 1EEMA 2EC4A 2KOKA 3ZMKA 1ZL9A 4OFMA 1HNCA 4KCEA 3HJOA 3QR6A 4MPFA 2OBKA 4ECIA 5F07A 5INYA 5AN1A 4HDEA 3FZ9A 4ZB8A 1JZWA 3ZRDA 2C3TA 2DLXA 1QUWA 4RI6A 2O8VB 4CHSA 4QQ7A 3D22A 2FWHA 4KDXA 5KN3A 4YQVA 1TDIA 3IBHA 1EGRA 2RUEA 4ZBAA 5IOWA 2EIRA 3UAPA 1S3AA 4EKZA 2JZSA 2HT9A 3KMNA 2HNLA 10GSA 2IMFA 1YQ1A 1OE8A 5F0GA 1SD8A 4G19A 5DAKA 2V41A 3Q6OA 4I2TA 1X9MB 1WRYA 2E0QA 2MZCA 2NDOA 3SWLA 1AQWA 3EVIA 2FA4A 2X8HA 5F8BA 5IMCA 2C0DA 3HCZA 3CSJA 5L71A 2HZEA 5IIZA 2MBSA 4ML1A 9GSSA 4GF0A 1GTAA 2LQQA 3VWVA 1UN2A 4ZXGA 1IYHA 1YDKA 1PGTA 1GRXA 1ABAA 1GTBA 3C71A 4MF7A 2H1AA 5ECHB 2I4AA 2GS3A 3F63A 4NV5A 1UVZA 3APQA 1BX9A 2GSSA 3WYWA 4MJEA 4PX1A 3KTBA 4LMWA 1MD3A 3MSZA 3VWWA 2YCDA 1Z5YE 2LRCA 5ID2B 2YWOA 2H75A 1FB6A 3KP9A 1BQ7A 2YV9A 2PBJA 2FD3A 3D6IA 1WJKA 4XIHA 2H74A 3I43A 2LJAA 2IL3A 5HQPA 3KCMA 2O89A 4BWSA 1N8JA 4L0UA 6GSWA 5ELAA 3FW2A 3U5RE 1SU9A 3F0IA 4GLTA 3RAZA 5FWGA 1ERUA 3L9SA 1K0CA 1XPVA 4IQAA 1DUGA 1TRSA 2HI7A 2L4QA 1FO5A 4O5RA 1A0FA 4OO5A 1SK2A 1XCCA 3BCKA 2TIRA 2GDRA 3ZVJA 3TDGA 3QMXA 4K7NA 3ISOA 4EXJA 3J7Yk 2H01A 3RHCA 3GRXA 4MABA 2OJLA 1FHEA 1J9BA 2QKEA 3DGQA 3QCPA 2R6KA 3FR3A 3Q19A 1DE2A 4L5OA 2LKUA 17GSA 3EINA 4FO5A 4ECJA 2JSZA 1YKAA 2PWJA 1GL8A 5FHIA 3DYRA 2CX3A 2AB6A 4AJ7A 1T3BA 16GSA 4FYUA 1Y6EA 3DWVA 2H6YA 1TK5B 2H76A 3KH9A 2PVQA 1TKDB 2HFDA 1URMA 3M9JA 3PINA 3HY2A 5CNWA 5D9XA 3TJBA 1TW9A 4KAEA 3LXTA 1Q4JA 4JR6A 3AY8A 1WOUA 1U6TA 2WRTA 1AQVA 3WGXA 4F0CA 5ECNB 5JWOB 1HD2A 4PGTA 2CVBA 3I9V2 3GH9A 1A2LA 2FA8A 3GSSA 2HSHA 4GXZA 1T7PB 1TJDA 2JZRA 5HFIA 3CXGA 1GNEA 1T00A 3N5OA 1XWBA 1WIKA 2C8UA 1CQGA 3GMFA 4JU5A 1E2YA 4KX4A 4QL7A 4I8BA 5CO3A 2ALBA 2FLSA 4GRFA 2J9HA 2LEGA 3BBYA 2DBCA 3A5WA 4XRDA 5DVBA 2OKAA 3IXRA 2X8GA 3P90A 5DDLA 1GSSA 2NBSA 3A3TA 2K8SA 1XWKA 1V40A 4MF5A 2AHEA 2CAIA 4RUVA 4HJMA 1NSWA 2VM2A 2A2SA 5CRHA 2B1LA 4KGIA 3D4MA 3RHBA 3UJ1A 1K3LA 1B48A 3FZAA 3M1GA 1HNAA 18GSA 2B7JA 4KH7A 3TGZA 4OWYA 5G5FA 1LBKA 5E4WA 4PNFA 4OCFA 1ILOA 4XS6A 5HFKA 2IWTA 1ERVA 1QGVA 4GSTA 1S3CA 1TP9A 3F8UA 4N11A 3JCML 2V6KA 5ECQB 5B8AA 5IPGA 1M9AA 2WCIA 1TRVA 2KUCA 5AIVA 5ECMB 4ZILA 1SL0B 1WPIA 4O92A 4ULXA 2WZ9A 3GL5A 3IV4A 5IQYA 4TN8A 4AF2A 2XHFA 1XIYA 3VURA 4EL1A 4YH2A 2X64A 3HZ8A 4ILFA 2F51A 1PL2A 1BG5A 1UA5A 4G10A 4IS0A 4PUAA 4XTSA 2O85A 5JWRB 2L57A 4IQ1A 2LS5A 3TRXA 4K0NA 4K8MA 3KIJA 2KP1A 2YWNA 1K0MA 2L6CA 5HFGA 1T4YA 4PUFC 5IMZA 1X0RA 6GSUA 1XWAA 1A24A 3EU3A 1F6MC 4XS4A 1NW2A 3HKRA 2H19A 2MMAA 3KXOA 3TUEA 22GSA 2K18A 2AUVA 13GSA 5LD0A 4J56E 12GSA 5ECOB 4BWQA 2WULA 3F4SA 1YEXA 4ML6A 3WD6A 3DVWA 1SL2B 2RLIA 3DXBA 4PQ1A 2P0GA 4EUYA 1O81A 3G7JA 5CYYA 1XOBA 3MDKA 1CQHA 5GAPD 1VRSD 4G2EA 2V1MA 1YEPA 2RUFA 5A4VA 1K0DA 3UBLA 3CSHA 3DKSA 1LJRA 3FYGA 3ME7A 5F06A 3ME8A 5IMVA 3FZ4A 4KNDA 2CQ9A 1QMVA 2GT5A 3FZ5A 3S9FA 1M2BA 3UVHA 1PSQA 1YY7A 3LG6A 4FIWA 2C3QA 1XW5A 1SYXA 4GTUA 3RPNA 4J57E 2H1GA 5DQYA 4JBBA 2PGTA 3L9VA 1B4QA 3CTFA 5EL8A 1SJZA 1T4ZA 1A0RP 2IFQA 1YZXA 2YJ7A 2C4JA 1DE1A 2FGXA 4O7HA 1FVJA 1X9WB 4V2MA 3ZFBA 1W89A 5D9VA 4KE3A 1PX6A 3WGDA 3F4TA 1PMTA 4PQIA 4IJIA 1KEBA 1U3AA 2DSAA 5E59A 1AUCA 4ACSA 1XVWA 5D9TA 3VWXA 2CZ2A 1NHYA 2O87A 5D93A 2WDUA 5G31A 4MZWA 2L5LA 1V57A 3FR9A 1YKCA 4O32A 3DRNA 2E7PA 4MJAA 1GSQA 5F05A 1PKZA 5D9WA 1V98A 2R37A 3GV1A 2H30A 2VIMA 4HJ2A 2VLUA 1NM3A 3TKSC 4RQXA 1M0UA 1I9DA 2F8AA 1VGLA 3D5JA 4ECBA 4X0XA 1F9MA 2YZUA 4ID0A 2B3SA 2B6MA 2N5BA 3F3QA 5ABRA 1ERWA 4OFNA 3RPPA 4GQFA 2C1YA 6GSYA 11GSA 3M3MA 1F37A 3GKXA 3LYPA 1FG4A 3P8WA 2NTOA 2XPDA 4NPBA 1F3BA 3ERGA 5G30A 3L0HA 3L9UA 4EC0A 4V2NA 2V6OA 1KBNA 1JZRA 4I97A 3TKSA 2VCTA 1G6WA 3EMPA 1AAZA 1LU4A 3ERFA 3F9UA 4GQCA 2P31A 3GA4A 2RM6A 4N0VA 1MDKA 2VUPA 5G1LA 5DJLA 3SBCA 2VO4A 1T1VA 2C0GA 3CMIA 4TRXA 3GKMA 2F8FA 4IHUA 4KUNA 1R4WA 1QK8A 4ZL7A 2VD0A 3KTLA 1QFNA 2ON7A 3RBTA 3PH9A 3EC3A 5IMFA 1ZCPA 2GLRA 4ZL9A 4MJCA 3FR6A 5DQSA 1GSUA 4X1UA 4OD7A 8GSSA 4HUAA 2X8CA 2FCHA 4MDCA 1PX7A 4MCUA 3O6TA 5D8IA 1AC1A 3KJYA 5EVOA 2K8VA 2LUSA 5JCGA 3WT1A 4FYBA 1MEKA 3W8SA 4TVEA 2MYGA 3QFAC 2OE0A 4AJ8A 1M2DA 1RQMA 3O3TA 2HE3A 3VLNA 4AGSA 2MMZA 4KB3A 1V2AA 1Q98A 2PUKC 1QXHA 1MTCA 4DSQA 3DIEA 4MH3A 3E0UA 1ZGNA 5G2ZA 4QL9A 5A5KA 1SK1A 4JEDA 3GL3A 4IKHA 2WJUA 1G0TA 1SD9A 5ID2A 4TR4A 2WB9A 2DIZA 3LJRA 1MDIA 3CTGA 2GT6A 1R5AA 3QAGA 5C00A 3PR8A 1GULA 3UARA 3UIWA 4Q5RA 2R5GA 2ES7A 2FUG2 4NV2A 1EV9A 4HEA2 5B7CA 4TXOB 3E9JB 3ZITA 1PA3A 1EV4A 1GLQA 3ZZXA 4K7OA 1KNGA 2EIOA 3GFKA 1RW1A 1GUKA 4HZ2A 3GHAA 3UL3A 4K9ZA 3EWLA 2IPAA 5JCWA 2H0IA 4F82A 1R5PA 4EVMA 1H4OA 4POBA 3D0ZA 3TRQA 3P2AA 1VF4A 2CAQA 3ZIJA 4GSSA 1ZMAA 5ECLB 3EMXA 4L5LA 4I6XA 3CRUA 4MPGA 4XCSA 3HXSA 2YWMA 3TKPA 3TJGA 5DALB 3IAS2 3D4TA 3DD3A 3D21A 3UVTA 3TJFA 2VCVA 2CT6A 3QDNA 1O73A 1PKWA 1V58A 4D73B 2VCXA 3C7MA 2I9HA 4MJBA 3LQ7A 3VPTA 1FVKA 1EZKA 4J2FA 2BJXA 5ENUA 2YV7A 3W8JA 1MDJA 4F03A 3G7YA 5JCUA 4DSSB 4OCEA 4BVYA 3TJJA 3G7IA 1YF1A 5FT3A 1GSFA 3GN3A 3A2WA 4HQSA 3H79A 3UMAA 2R2JA 2GSRA 3IRAA 1XBSA 1VF1A 5GSTA 4I5QA 2PU9C 2P5QA 1PRXA 1BEDA 1KTEA 2VM1A 3L4NA 2H1BA 4KA0A 2G0FA 1BYEA 2LNSA 1SENA 1GSEA 4MK3A 1XWCA 3GTUB 5COHA 5H5SA 2YPMA 1MD4A 2B5XA 2HRNA 2C80A 2ZNMA 19GSA 4IVFA 2FY6A 1M9BA 3KMOA 4WF5A 4WETA 4P3YB 4POLA 2OADA 3IDVA 3IE3A 2R3XA 4IJ3A 3IPZA 3IAM2 3GUSA 1ST9A 1Z9HA 1GTUA 4N30A 4DVCA 4GCIA 2V2GA 5ECIB 3FRCA 4E8HA 4EDZA 3GKNA 2DMMA 3MAKA 1THOA 4TR3A 4KCAA 4IP1A 3H4KA 2DJJA 2M80A 4TR1B 4ZBDA 1EP7A 2FWFA 4XHMA 4EO3A 2R4VA 2OA7A 4DEJA 1OC9B 2H0GA 5ECRB 3V1WA 5DBQA 1ZZYA 1U88A 2LV3A 1B9XC 4JRRA 3U6VA 2OE1A 3PGTA 4I2UA 1V9WA 1J0FA 1SYRA 1FB0A 2X99A 5IPHA 2VL2C 3NZNA 1EEJA 4N0ZA 4WF4A 5AIXA 4BVXA 1O8WA 1FW1A 2KHPA 3I6AA 3HJPA 3IR4A 2REMA 2KLXA 1GTIA 1G6YA 3VK9A 5JWQB 5IOXA 3EU4A 5J9BA 3MNGA 4TR0A 3UOMA 2GVPA 5KN2A 2M72A 4Z7XA 2AJQB 1JLWA 5IM9A 3BJ5A 3ZFLA 1GH2A 1DBYA 3HDCA 1G7EA 5CP1A 3MWHA 4BPYA 1SKSB 3ZREA 4Q5QA 3VPQA 1J08A 1M2AA 5EPFA 3FHKA 4TOPA 1GSDA 3BCIA 1K0BA 4K1FA 1WP0A 2A4VA 2VL2A 2NPBA 2I3YA 4RI7A 2B5YA 2PVOC 5IMAA 2TRCP 2VCWA 4TKYA 2ZCTA 1EP8A 3BOAA 4WR4A 3LSZA 4F2IA 2IMEA 5DAKB 4HU9A 2YWIA 4NHZA 2GZYA 1FAAA 3I69A 3KGKA 2HZFA 1JLVA 2MMNA 2LSTA 5G1KA 1AW9A 3FY7A 4OMVA 1OC3A 2H66A 4PNGA 2IMKA 4IP6A 4ZIJA 4POKA 1TRWA 1AXDA 3DEXA 1PD21 5D96A 4H86A 1U3IA 2LRTA 2HZEB 2HYXA 1K0OA 5GZZB 4F9ZA 2LNTA 4ZB9A 3CBUA 3IHQA 1HYUA 4ISDA 1XXUA 4PURA 2OACA 3EYTA 5IO0A 1Y25A 2E2MA 2FNOA 3LEFA 3ZIVA 3RDWA 6GSSA 3APSA 1XOAA 1JFUA 5IMDA 1O85A 5D73A 3FEUA 1TK0B 3WT2A 1I5GA 4WR5A 3ERWA 5J9CA 4HI7A 1WWJA 2N5FA 4FYCA 1X5CA 2YP6A 1OAZA 1O8XA 3KD0A 3HYPA 3TB2A 1M99A 2IJYA 4Q5FA 1UC7A 2PMTA 2PERA 5HR0A 2JZTA 1R7HA 4N10A 1TI1A 3L78A 6GSXA 6GSTA 2XBIA 3IK7A 3Q18A 4GWRA 4K0GA 4NXIA 3E3EA 3GX8A 4MA9A 3KZQA 2YZHA 2CX4A 4MLYA 3BD2A 1DSBA 4L0WA 2WGRA 5CREA 4IW9A 1VF2A 2CA8A 4LL4B 1HQOA 2DJ2A 4HU7A 2GQMA 2NVLA 5EY6A 1SKWB 2G2QA 2OBIA 3GSTA 4L8EA 5G5EA 2ON5A 3TOTA 4MP4A 3QD9A 2YNXA 4K6XA 5A4UA 3QAVA 1OC8A 2HSYA 2B1KA 3R2QA 3IOSA 3GIXA 4OO4A 1AQXA 2A2RA 2L6DA 3K8NA 4EDYA 4KDUA 1A8LA 2WFCA 1EOGA 4G9HA 4CDOA 2H72A 1ZYQB 2VLVA 2JL4A 5HR1A 4DSRA 2DJ1A 3O76A 2JU5A 1XW9A 1F2EA 3ZL5A 5A4WA 1QQ2A 20GSA 5ELGA 2IIYA 4IELA 1E6BA 3QFBC 1Z6NA 2XBQA 1JZOA 5CRGA 2XC2A 2VCZA 1GSYA 1GUHA 1OVNA 2FHEA 5DJMA 1SJ6A 1B8XA 4NWYA 6GSVA 2YANA 2YJHA 3C8EA 2H8LA 3F6DA 7GSSA 1Z6MA 1TK8B 3KM6A 3UBKA 5AGYA 2AAWA 1K0AA 4YAPA 3P7XA 3HVVA 3TJKA 3HD5A 4YQUA 3LFLA 2F9SA 3H8QA 3HA9A 1AIUA 3HVXA 2VL9A 3DVXA 1HNBA 2VL3A 3LXZA 3C1RA 2LJRA 3TKQA 2LJKA 1Z3EA 2YN1A 4KSOA 2H0HA 3US3A 1ERTA 2O7KA 2J23A 2D2ZA 3GX0A 2VLTA 14GSA 4NMUA 2M46A 1U87A 1A2JA 2YOIA 3TCOA 4JR4A 1SK0A 2F3MA 5KN1A 2DC5A 1FOVA 5DCGA 3TOUA 2CVKA 1WMJA 4YQMA 3VFIA 4MZCA 2H1DA 1VF3A 5GSSA 2CV4A 1YF0A 4MMMA 1B4PA 4IGJA 2VCQA 3HJMA 4HZ4A 5ECSA 5KEJA 4JZQA 1EOHA 1A23A 3ZMLA 5B6MA 5LNKe 3M8NA 4AJ6A 4LLRA 3GURA 3W6GA 4TXVA 3VI7A 1Z7PA 2LRNA 4KDYA 3TKSE 5IO2A 4GSNA 3WGEA 1TI3A 3F4RA 4V1Ap 2DJ0A 2JSYA 3FK8A 2H6ZA 3Q74A 2OE3A 1K3YA 4BL7A 4TXOA 1GWCA 2VOCA 2ZUPA 3QOUA 2Z9SA 1PN9A 3N9JA 1PL1A 5B8BA 5ECPB 1OE7A 1OYJA 5J41A 2VD1A 1N2AA 4MH2A 2FWEA 3ZVJD 1TTZA 3A2XA 1ACVA 2C0FA 4WEYA 2N5AA 1RK4A 1K0NA 3M9KA 2PPTA 1GP1A 2HLSA 5DCHA 2H73A 2DIYA 2RM5A 3ZYWA 4POMA 4E8EA 1ML6A 4JE1A 2V32A 1TOFA 2GSQA 3C1SA 2B5EA 1G7OA 2L4CA 3F6FA 3QPMA 5DALA 1USBA 1GNWA 2L5OA 3EE2A 2GQLA 3IA1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite