2AJQB

Structure of replicative dna polymerase provides insigts into the mechanisms for processivity, frameshifting and editing
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase,transcription/dna
molecule keywords DNA Primer
publication title Structure of replicative DNA polymerase provides insigts into the mechanisms for processivity, frameshifting and editing
rcsb
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 26
structure length 105
sequence length 105
chains with identical sequence I
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2ajqB00
4OFNA 2H0IA 4F0CA 2GTUA 1UVZA 3CRUA 4QL7A 3UVTA 4MPFA 3W8JA 4K0GA 3IK9A 1ERVA 1HYUA 1UN2A 5ELAA 2ZUPA 4JR4A 1A23A 1PKZA 2LNTA 4FIWA 1TKDB 2L4CA 3C1SA 2KLXA 2DC5A 2ON7A 2CAIA 2GSSA 2H66A 1O8WA 1PQNA 3HY2A 4NV5A 4E8HA 5G5EA 3IBHA 1EWXA 1BYEA 4ZL9A 1JZOA 2FHEA 2EIQA 4MK3A 4MA9A 1NM3A 4I2UA 8GSSA 3J7Yk 2H70A 18GSA 2VCQA 1ERWA 3IR4A 5HFIA 4WR4A 3APQA 3EINA 1TRUA 1JZRA 1NW2A 3VPQA 5ID2A 1G0TA 3F3RA 1THXA 3OR5A 2WB9A 5GSSA 4WKWA 1LJRA 2TRXA 4NV2A 1RW1A 1PSQA 2EC4A 2J9HA 2VAFA 3CXGA 2H72A 2L6CA 3HKRA 3VLNA 2C0DA 3O6TA 2OACA 3IRAA 1PD21 1V40A 4KE3A 5G1LA 4V2MA 4KCAA 5F07A 3APSA 1WOUA 2GT6A 2CV4A 4MZWA 4PQIA 3TKRA 1GWCA 1XVQA 4PUFC 4EDYA 3GX8A 3LYKA 5D73A 1U3AA 3BBYA 3SWLA 3KGKA 4AJ8A 2H01A 4XS4B 1AQXA 4JE1A 2F9SA 1UC7A 4TR1A 5AIVA 2HSHA 2TIRA 3APOA 2YZUA 4GQFA 1EP7A 1K0BA 1AAZA 2JZTA 4KB3A 1F37A 2C1YA 2VM1A 5JWRB 1GSYA 1O81A 1S3CA 1B9YC 1U6TA 1FVKA 1QMVA 9GSSA 4ZL7A 5GSTA 2IMIA 3ZZXA 2DBCA 3LWAA 1Z7RA 2VL3A 3GKNA 4GSTA 3ERFA 4AF2A 1FOVA 5JWOB 5G1KA 1GSEA 2VUPA 5IPGA 1GTAA 5IMAA 3FZ9A 1CQGA 5IMCA 4TR4A 3FEUA 3DVXA 3WD6A 2BTOT 1TK8B 2VCZA 1MDKA 2CA8A 1GTIA 3M8NA 4MJAA 5DAKB 4DVCA 20GSA 1FW1A 1OVNA 4WF5A 3TKSC 2OE3A 1Z7PA 3TJGA 1YY7A 3F8UA 1OE7A 2VL2C 3E3EA 1M9BA 6GSSA 2PPTA 1SK0A 1ZL9A 1TTZA 1SD8A 4NXIA 1R7HA 16GSA 4POLA 5ECNB 5JCUA 3GRXA 3IDVA 3CMIA 4EKZA 3ME7A 3U5RE 4RQRA 2IFQB 4IELA 4PGTA 2VLVA 1SKWB 2JADA 2B6MA 4TN8A 2GSTA 2V41A 4IQ1A 4XIHA 4XRDA 3TKPA 4ZIJA 1FO5A 4FH8A 3L78A 3A2VA 4I97A 12GSA 2H0GA 4TOPA 1TU8A 2X99A 4ECCA 2FCHA 3D6IA 3S9FA 2R5GA 2YZHA 4HJ2A 1GNEA 2H8LA 4MJCA 3FW2A 4O32A 2IPAA 4LL4B 3DGQA 2H71A 5ELGA 5E59A 1SK1A 2HFDA 5J3RA 1GL8A 3P8WA 1C72A 5ECQB 2Z9SA 1XOAA 5GAPD 3TB2A 2FWEA 3LQ7A 5ECMB 4N11A 4ZXGA 2HRNA 4KGIA 3GNJA 1QFNA 4X0XA 1J0FA 4HI7A 2H0HA 3ERWA 2F51A 3GKKA 3HA9A 4JU5A 1PX7A 1A8LA 2B1KA 4XS4A 5DCHA 4AGSA 2RIIA 1XCCA 3G7JA 1OAZA 3H8QA 3IHQA 3KMOA 2HT9A 2VL2A 3BD2A 1T7PB 2LUSA 4I8BA 2GS3A 3ZFLA 3RBTA 3F3QA 2WZ9A 1WJKA 4NHWA 3LJRA 5F05A 3RPPA 3GL5A 4XS6A 1AC1A 2BMXA 3DIEA 3G9BA 3IV4A 1B48A 5AISA 1EZKA 2LJAA 4TXOB 2L57A 1EOHA 3RDWA 2IMKA 3TJKA 1WE0A 2GQKA 3IK7A 4HUAA 3D22A 3N9JA 1B4PA 4IJ3A 1GULA 1ZMAA 1T4YA 3I9V2 1KEBA 1HNAA 4KSMA 5DAKA 2DJJA 3H1NA 2WRTA 4IN0A 2F8AA 2PU9C 4LL1B 4ISDA 3LSZA 2M72A 5CAXA 19GSA 4K7OA 3I43A 4F0BA 4K9ZA 2WDUA 2J23A 2P31A 6GSUA 3R2QA 2L5OA 3GL3A 2H74A 2YP6A 4HU9A 1YF1A 3DXBA 3WGEA 2B1LA 2LTKA 2X8HA 3F63A 3UVHA 3GN3A 3E9JB 3IOSA 2LEGA 1M9AA 3TGZA 5J4UA 1NSWA 1AQVA 4HZ2A 4PQHA 5L71A 5CYYA 2IMFA 1EEMA 2MBTA 5KN2A 1XWAA 3LEFA 3QCPA 2CX3A 2KUCA 3NOFA 2OJLA 1G7EA 2YV7A 5F0GA 4IP6A 2AB6A 2FWGA 1EEJA 3PGTA 4N30A 2R37A 6GSWA 5B8BA 1EOGA 2ZNMA 1XZOA 1YKAA 2LKUA 1XW9A 5DJMA 3A2XA 2CT6A 1XWGA 5C00A 2HXKA 2B5EA 3FHKA 1IYHA 2PWJA 4ZB8A 4GF0A 5DDLA 2ZCTA 2VIMA 4HZ4A 4BPYA 3TDGA 2H76A 3MAKA 4NWYA 4KDYA 3M9KA 1EGOA 1SL1B 3KXOA 5LNKe 4KX4A 4Q5NA 5ECOB 1M2AA 2DIYA 4ECIA 1ZZYA 3GKMA 4BA7A 1MDJA 5HR3A 4POBA 2QGVA 4GCIA 4DSRA 2OBKA 5D8IA 4ID0A 1URMA 2C3NA 1VF1A 3DKSA 3WYWA 4MZCA 1OYJA 4OO4A 5D9WA 1XWBA 3GTUB 1AIUA 1W4VA 2C0FA 1G6WA 2CZ2A 4L0WA 3UARA 1TU7A 1N2AA 2OKAA 2HRFA 1WIKA 3QR6A 1AQWA 1TK0B 2IL3A 1EV4A 3CRTA 1X9MB 1K3LA 1O85A 2ES7A 2VLUA 3C7MA 1H4OA 2NBSA 4ECJA 7GSSA 4GLTA 3ZMLA 3TOUA 2VCXA 4HU7A 2X64A 1VRSD 1J9BA 1G6YA 2WFCA 1VF2A 3W6GA 2DMMA 4J2FA 2LRNA 3GYKA 1SL2B 4IBPA 1DE1A 4EL1A 1SL0B 4HJMA 4Q5RA 1OC9A 4MH2A 2FNOA 2RUEA 3EWLA 4KCEA 2E7PA 1BJXA 4TKYA 1ACVA 5ECLB 4Q5FA 4NHZA 5AGYA 4E8EA 5H5SA 5KEJA 3VWWA 1GTBA 2VCVA 1OE8A 3H93A 1KBNA 3P2AA 2DLXA 2GSRA 2PGTA 3FZAA 5ECKB 2IWTA 3ZL5A 2AUVA 1TK5B 5ECSA 2IN3A 3UBKA 2C80A 1X5EA 1BAYA 2LSTA 3KM6A 4XCSA 3UBLA 3TUEA 1GUHA 4G2EA 1YF0A 4OD7A 4ZBAA 1SKSB 2HZEB 4O7HA 1WPIA 2FUG2 1KNGA 3SBCA 11GSA 3KP8A 2GGTA 3IPZA 2AYTA 1SYXA 3WT1A 3TKQA 1MD3A 5HR0A 3G7YA 1F2EA 4F2IA 2NVLA 2H30A 4XRAA 4PUAA 2OA7A 4YAPA 1EV9A 1PA3A 2P5RA 1K0AA 3GSTA 2YJHA 1PN9A 3WGXA 3M0FA 4RI7A 4IVFA 1V57A 3PH9A 2L6DA 3LFLA 5EPFA 1S3AA 3HVXA 3HYPA 2B3SA 2AJQB 2A2SA 1OC8A 2GQMA 5ECRB 3J7Yb 3ISOA 1GUMA 2G0FA 4KDXA 3FY7A 1X0RA 2I3YA 4V1Ag 1NHYA 2KHPA 3GTUA 2RUFA 4BWQA 1BQ7A 2H6YA 3GIXA 14GSA 1Y25A 2YWIA 5CNWA 5B7CA 5HR1A 4ACSA 3KZQA 1O73A 3DMLA 3UAPA 2PERA 2ALBA 5EY6A 4MF5A 2C3TA 5D96A 3GSSA 3ZFBA 2HI7A 2REMA 1XOBA 1I5GA 5A4UA 3IC4A 4BVYA 4WF4A 5IMVA 3HD5A 3AY8A 1FB6A 4HEA2 2C3QA 2DJKA 1SK2A 3VPTA 3V1WA 2VCTA 3QD9A 1ZYEA 1N8JA 4MP4A 1ERUA 3M1GA 1XW6A 5CREA 3L0HA 2C0GA 1M0UA 3F9UA 3D0ZA 4PX1A 4AJ6A 3NZNA 2K8SA 3BJ5A 5B8AA 4G10A 2GLRA 1U3IA 1PKWA 2I1UA 2K9FA 3L4NA 4MABA 3BCKA 3BCIA 2E0QA 2HE3A 2PVOC 3KIJA 4FO5A 2XBQA 1Z3EA 3QPMA 4QL9A 3CTFA 5B6NA 13GSA 3DEXA 3H4KA 1GSSA 1VF4A 3GX0A 1ON4A 3GMFA 5DBQA 2B7JA 3EU4A 1XIYA 2NDOA 2GVPA 3ZIVA 3RAZA 2XC2A 4L5OA 3KEBA 4JR6A 1WMJA 1F6MC 1V98A 3P7XA 1NHOA 1FG4A 3HXSA 2H6XA 2HZEA 3UJ1A 1M7TA 5A5KA 3UIWA 1T3BA 2A2RA 3TJBA 5AIXA 1QK8A 2IJYA 2VL9A 3MSZA 1MDIA 1ZGNA 2AHEA 2QSIA 4O92A 1YEXA 6GSTA 3W8SA 6GSVA 3ZITA 1XBSA 4MDCA 1A24A 1WP0A 1HD2A 5IQYA 1G7OA 4HQZA 5KN3A 4YQMA 1TI1A 4X43A 4TVEA 5IMZA 1DUGA 3FR6A 2MYGA 4HQSA 2GSQA 4YH2A 2YWNA 2B5YA 3L9UA 4V2LA 5FT3A 3QMXA 3LXZA 2CAQA 3BOAA 2PUKC 1BG5A 1ML6A 2LRCA 4K2DA 3F4SA 3QAGA 1XW5A 1Z6MA 1XWKA 2FD3A 3EVIA 3F4TA 1LBKA 1PMTA 3VI7A 1YJ6A 1WRYA 3EMXA 3ZTLA 2HSYA 5F06A 5D9XA 3KTLA 3I6AA 1K0NA 4ZB9A 5E4WA 2I9HA 1JLWA 3E0UA 2DMLA 4V2NA 3HJOA 1XWCA 2DJ3A 3LGCA 2D2ZA 2M46A 1FVJA 4Q5QA 1B4QA 3N5OA 1BEDA 1LU4A 1FHEA 1R5PA 4ML6A 5ECPB 1YDKA 4IW9A 5H5QA 3ME8A 1TJDA 1H75A 3ZREA 1YKCA 1PL2A 4ZILA 4H86A 4X1UA 3D5JA 1ILOA 3EMPA 4KW6A 2WULA 3TCOA 1OKDA 4WETA 2LRTA 2H6ZA 1F9MA 1GTUA 1JZWA 3FK8A 1SYRA 2DJ1A 3HZ8A 1PX6A 2PMTA 3LORA 2CZ3A 1XFLA 3JCML 1Q98A 3ZMKA 4PNFA 2YCDA 1DSBA 1SJ6A 2DSAA 2WJUA 4OO5A 2E2MA 2H1DA 2IFQA 2O85A 5CRWA 2LQQA 5KN0A 3ZYWA 2L59A 3TKSE 3GV1A 2JZRA 1SJZA 3QOUA 1GSQA 2JU5A 2L5LA 3DVWA 1QUWA 4MH3A 2ON5A 4MJEA 4L0UA 4IJIA 4I6XA 2GZPA 3TRXA 2R4VA 2CVDA 2HZFA 4XHMA 4BWSA 4FYUA 2GZYA 1T00A 2KP1A 4J56E 1HQOA 5ID2B 1X5DA 2XPEA 3QDNA 2JL4A 2GT5A 5DVBA 4RQXA 3GH6A 2XHFA 4HDEA 4ULXA 1E6BA 3VWVA 4MF6A 3HDCA 5INYA 2MMZA 1XPVA 5G2ZA 2FLSA 6GSXA 4DSSB 4G9HA 3A3TA 4KA0A 5IPHA 3KMNA 2R2JA 5C04A 1SKRB 5F8BA 1WWJA 4KDUA 1JFUA 2LS5A 22GSA 2DJ0A 2YANA 2OADA 2A4VA 2HNLA 2YWOA 3HHVA 1V2AA 4KH7A 5IIZA 2N5BA 4TW5A 1GSDA 1RK4A 4K1FA 4POKA 4TR1B 3ZIJA 1K0DA 1R5AA 3FZ5A 1K0OA 3VWUA 4FYCA 5JWQB 2BJXA 4TXOA 3GA4A 2YWMA 4MF7A 4ZL8A 1B9XC 1PGTA 2LJRA 2B5XA 3A5WA 3KTBA 4NAXA 1TDIA 2DJ2A 2K6VA 2JSYA 2E2GA 4I2TA 5CP1A 5ECHB 2OE1A 4JEDA 3CSHA 4MCUA 4N0VA 4ECBA 2YNXA 3HCZA 1MEKA 3D4TA 1F3AA 3KD0A 2MMAA 2H75A 1KTEA 3C1RA 3C73A 3HJPA 3GURA 2F8FA 3H79A 3EURA 5J41A 2LV3A 5GZZB 3LYPA 5IO0A 1RQMA 3UOMA 3WGDA 2V2GA 3KH7A 1E2YA 3FKFA 4BL7A 2RM5A 5COHA 2MZCA 1GUKA 3RPNA 5G30A 2VD1A 2IMDA 1QQ2A 2CQ9A 3EYTA 2O87A 2C0EA 10GSA 3D4MA 5H5RA 3Q74A 1M2DA 2FWFA 2VD0A 2YJ7A 3WT2A 3MNGA 4K6XA 3HVSA 5AN1A 3UMAA 1DBYA 4EE0A 5D9VA 3PINA 5CO3A 1Z6NA 1QGVA 1V9WA 2GQLA 3M9JA 2C4JA 3CBUA 1U88A 1ZOFA 1K3OA 1BX9A 1TXXA 1SJIA 4WBRD 5LCZA 5G31A 1GH2A 3CSIA 1YEPA 1ERTA 2GDRA 3Q19A 2MBSA 4DSSA 1AUCA 3VURA 2P0GA 3TRPA 4POMA 4KSOA 4OFTA 2V32A 4KAEA 1U87A 2MMNA 1QXHA 2JZSA 4WBJA 4EC0A 4PURA 2B7KA 3FR3A 1V58A 4RUVA 4KNDA 3TRQA 3IAS2 1B8XA 3M3MA 4ILFA 5IMDA 1W89A 4D73B 4PNGA 1USBA 5G5FA 2FY6A 4EO3A 3EC3A 2V6KA 3VWXA 2IMEA 2HYXA 2YOIA 5CRGA 2EIOA 1AXDA 1A8YA 1TRVA 1T8EB 2I81A 3F6DA 1O7UA 2VCWA 3MWHA 4I5QA 2XPDA 3DRNA 5DQYA 4L8EA 2JACA 1DE2A 4CHSA 5FHIA 2PN8A 2PBJA 3US3A 4MJBA 2H1BA 17GSA 3VI5A 3EE2A 2X8GA 3HZ4A 5KN1A 4OCFA 3KP9A 1O8XA 2EIRA 3IAM2 4OWYA 5JCWA 4OMVA 1O6JA 3IXRA 1YZXA 2VM2A 4N10A 4EDZA 1K0CA 2X8CA 2V6OA 2N5FA 4GRFA 1A2JA 1JLVA 2LNSA 1M99A 3DWVA 4IS0A 1J08A 3O3TA 2FA8A 4IHUA 5EL8A 3ZVJD 3FZ4A 4IKHA 1GRXA 2KOKA 1A2LA 2VOCA 4EXJA 4F82A 4WEYA 5IO2A 4GSSA 4Z7XA 5HFGA 4TR3A 2K8VA 2CX4A 3QFAC 4PXOA 4DSQA 5DQSA 4F03A 3NIVA 4IP1A 5DCGA 4WXTA 5DALB 1T1VA 2XBIA 4FYBA 1CQHA 5HQPA 4LLRA 3VFIA 2CVKA 1SU9A 2JSZA 4F9ZA 4IGJA 5HFKA 3QFBC 5FWGA 1OKTA 4GQCA 2O7KA 4N0ZA 4HS1A 3VK9A 4MMMA 1GSUA 2VLTA 1XVWA 5HR2A 2LQOA 2YV9A 2FGXA 4P3YB 1IYIA 2HLSA 2GZZA 1Z5YE 4K8MA 5IMFA 3KJYA 1SENA 2C8UA 5EVOA 1VGLA 3F0IA 3F6FA 4AJ7A 2FA4A 3A2WA 1SD9A 3C71A 1TRSA 3CSJA 2O8VB 2DIZA 5J9CA 3I69A 4NPBA 1VF3A 1Y6EA 3PR8A 4LMWA 4D73A 1ST9A 3L9SA 3ERGA 2LJKA 1K0MA 4GSNA 3O76A 1ZYQB 1TRWA 2TRCP 1TOFA 3TKSA 1THOA 2OE0A 3FR9A 2YPMA 4DEJA 4ZBBA 2H19A 4ML1A 3ZLPA 5ABRA 3KH9A 4K7IA 1A0FA 4G19A 1HNBA 4MLYA 1Q4JA 2R6KA 3FRCA 1GSFA 1EP8A 5J5NA 1S3DA 3UL3A 3GHAA 3KCMA 4GTUA 4XS1A 2QKEA 3GKXA 2L4QA 1GLPA 3D21A 3FYGA 4LA1A 1F3BA 4JZQA 3C8EA 4EUYA 2RLIA 3GH9A 1GLQA 2K18A 3G7IA 4QQ7A 1PRXA 1TP9A 4YQVA 3RHBA 5J9BA 2P5QA 4ZB6A 1ZCPA 3Q18A 3CYNA 2H73A 3TOTA 3P90A 5LD0A 1JZDA 2QC7A 2RM6A 2I4AA 4K7NA 1MD4A 1OC9B 2NPBA 3EU3A 1X5CA 4L5LA 2WGRA 1A2MA 5JCGA 5DALA 3IA1A 5IOWA 2AV4A 1M2BA 3Q6OA 3TJJA 4EVMA 3ED3A 2PVQA 2YN1A 1FB0A 1ABAA 4PQ1A 4GXZA 4HOJA 2AAWA 3GFKA 2VO4A 1UA5A 3HJMA 2MMOA 2WCIA 3ZRDA 1R4WA 1OC3A 4YQUA 1TW9A 5IM9A 3TJFA 4TRXA 1XXUA 3ZVJA 3HVVA 3K8NA 5ENUA 1YQ1A 2FWHA 2CVBA 1X9SB 4YAVA 3RHCA 4TXVA 4JBBA 1Z9HA 3F4RA 3LG6A 4MZBA 4BVXA 5D9TA 5A4WA 4WR5A 1I9DA 2H1GA 2N5AA 1GP1A 1TI3A 4NMUA 3U6VA 4GWRA 4OCEA 5A4VA 2H1AA 1FAAA 5DJLA 1T4ZA 4MPGA 1EGRA 3DYRA 1K3YA 2R3XA 6GSYA 1AW9A 4OFMA 2F3MA 1X9WB 2V1MA 3LXTA 5D93A 5GAND 3MDKA 4K0NA 4EF0A 2O89A 4IQAA 4O5RA 5IOXA 2KP2A 2OBIA 2M80A 2IIYA 4KUNA 2G2QA 1GNWA 4TR0A 4RI6A 4CW9A 5B6MA 3UEMA 1HNCA 4JRRA 3QAVA 2WS2A 4XTSA 4LMVA 5CRDA 5ECIB 1A0RP 2NTOA 1PL1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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