3W6GA

Structure of peroxiredoxin from anaerobic hyperthermophilic archaeon pyrococcus horikoshii
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
214
structure length
214
Chain Sequence
VVIGEKFPEVEVKTTHGVIKLPDYFTKQGKWFILFSHPADFTPVCTTEFYGMQKRVEEFRKLGVEPIGLSVDQVFSHIKWIEWIKDNLSVEIDFPVIADDRGELAEKLGMIPSGATITARAVFVVDDKGIIRAIVYYPAEVGRDWDEILRLVKALKISTEKGVALPHKWPNNELIGDKVIVPPASTIEEKKQREEAKAKGEIECYDWWFCYKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Probable peroxiredoxin
publication title Structure of peroxiredoxin from the anaerobic hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
total genus 68
structure length 214
sequence length 214
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2013-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.1020.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 3w6gA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3w6gA01
4QQ7A 1GSUA 4YQMA 1G0TA 4YAPA 4POMA 3TGZA 4P3YB 2YWMA 3VURA 1O7UA 1B9XC 3U5RE 1V40A 3LXZA 2OBIA 2P0GA 11GSA 3FHKA 2AJQB 1DBYA 1Z3EA 1XVWA 4RQRA 1AQWA 5G31A 3KIJA 3D0ZA 1PN9A 2RUFA 4MZCA 2LS5A 1S3DA 2DMMA 5DCGA 3D5JA 3HDCA 4XS4B 3IC4A 2GLRA 4K2DA 2JSYA 2AUVA 2OBKA 2LQQA 4BWSA 1NM3A 4MJEA 1A8YA 2H0GA 4K7NA 2LNTA 2WZ9A 4FYBA 4WF4A 3HXSA 4Z7XA 1VF4A 2H72A 4XTSA 4PUFC 3TOTA 1MDIA 4KW6A 2H1BA 5D73A 3MWHA 1PSQA 2OKAA 3LQ7A 1ILOA 3KGKA 2QKEA 4GWRA 1E2YA 3KD0A 2OE3A 3M1GA 2R4VA 4EUYA 5B8AA 4FIWA 2F9SA 4MH2A 3DXBA 5GAPD 1G7OA 5CRGA 5ID2B 1XBSA 5D93A 4TR1B 4YQUA 2E2GA 2WJUA 3WGDA 3NZNA 4IKHA 1K0MA 2VL9A 1EWXA 2HZFA 1GSEA 1ZMAA 3LORA 4POBA 5IMFA 3EU4A 1I9DA 1PA3A 2YPMA 1K3YA 2YNXA 2V6OA 1R5AA 1T3BA 3ZVJA 2DJJA 3HJPA 1JZOA 1EEMA 1U3IA 2JZTA 2VL2A 4K8MA 3HJMA 3QMXA 3GTUB 3I43A 3ME8A 5H5RA 3PH9A 1VGLA 1ZOFA 4BWQA 2CZ3A 22GSA 1TU7A 4RUVA 2PUKC 4N0ZA 5ENUA 4KDYA 1B4PA 2C8UA 1K0OA 2R5GA 3KMOA 2MZCA 3GRXA 1O85A 2VLVA 5LD0A 2CAIA 1F3AA 2N5AA 4FYCA 4K1FA 4EF0A 3WGEA 1VF1A 2PWJA 1MD3A 4Q5NA 4HEA2 4IW9A 4ZB8A 1PGTA 4J2FA 4EL1A 3TOUA 4K9ZA 1QK8A 2MYGA 1PMTA 4RI7A 3L9UA 1DSBA 2IFQA 2AV4A 2ZUPA 2J9HA 1H75A 2L5OA 2VAFA 4V2MA 3M9KA 1GNEA 1TP9A 4V1Ag 3MNGA 3ZLPA 3QCPA 2IMEA 3F6FA 5COHA 1YJ6A 1SK1A 2CVKA 3DKSA 1W89A 4I97A 4KA0A 1M0UA 3FKFA 5IM9A 4OFTA 3UMAA 1SJ6A 4PQ1A 3GL5A 3QOUA 3LYPA 5KN0A 3O76A 2YWOA 4ZIJA 1XWCA 2A2SA 3E9JB 2HI7A 1SKRB 3P2AA 4EDYA 3QFBC 4LMWA 3K8NA 1T4YA 1U87A 2FWHA 3EINA 4X1UA 1SJIA 4XRAA 5IPGA 2O8VB 5G1KA 1VF2A 4EVMA 1GNWA 5HFGA 4TR3A 5LCZA 3RPNA 2EC4A 3D22A 1SD8A 2KLXA 3JCML 2RUEA 5GSTA 5AN1A 1YEPA 2YWIA 3US3A 1N8JA 5IMDA 3CTGA 1TKDB 3TJBA 1SKSB 3WD6A 1XWBA 2GTUA 2PPTA 2F8FA 2H6ZA 4O32A 1Y6EA 3D4TA 2H8LA 1YQ1A 3TKRA 1Z5YE 2MMZA 4F9ZA 5ECIB 1XIYA 3F3QA 2H30A 2JL4A 3GA4A 3UBKA 1QFNA 2MMAA 10GSA 4HQZA 4XS4A 5GAND 2CQ9A 4IJ3A 3GX8A 5B7CA 4LL4B 1ERTA 2ES7A 1G6WA 3ERWA 5EPFA 1FAAA 2LQOA 3UAPA 2GGTA 3A5WA 2DMLA 1A2JA 2O89A 5CRHA 1X0RA 3I69A 2H6XA 1ERWA 2B6MA 4N11A 1HQOA 5ECSA 5LNKe 3C8EA 2WULA 4IHUA 1V9WA 1JZDA 2CA8A 5G5EA 4MABA 2L57A 2LKUA 3ERGA 3TDGA 5HR3A 3DEXA 1PKWA 1A2MA 3UJ1A 4G2EA 4K0GA 4MDCA 1TXXA 2AYTA 4K7OA 2IWTA 1TDIA 1YF1A 5DALB 4OO4A 2CX3A 4L5OA 4TR1A 3DIEA 1ZL9A 4FYUA 4GSSA 2VOCA 4HDEA 2YV9A 4HI7A 2VIMA 1OE7A 2NVLA 3HJOA 4LA1A 1OC8A 1I5GA 1U3AA 1QXHA 2IL3A 3DVWA 4D73B 4L0WA 3P8WA 3GFKA 2WDUA 3VLNA 2X8GA 1TJDA 5CAXA 2N5BA 3L4NA 2XC2A 1QQ2A 2C0EA 1K3LA 3A2WA 2XBIA 3VK9A 1GL8A 1YY7A 4O7HA 4HU7A 4G10A 4G19A 5A4VA 3TJJA 2YJHA 1TK5B 6GSXA 2C3QA 4XS6A 2RM5A 2L4CA 3WT1A 4EO3A 2YOIA 2HRFA 1JFUA 1UA5A 2B5XA 1O6JA 4ECIA 2I1UA 4ULXA 4OCEA 2IFQB 3ZIJA 4EKZA 6GSVA 5D9VA 3WYWA 3WGXA 4MLYA 3QAGA 4DSSB 4MA9A 3TKPA 5KN2A 1EV4A 3AY8A 3F9UA 2PGTA 3IV4A 1Q98A 3F3RA 5IOXA 2KP1A 3NOFA 1FHEA 2LRCA 2GQLA 3FR3A 4IGJA 4HS1A 5ECQB 3KM6A 2WCIA 2VM1A 1Z6MA 5G30A 5ECKB 1WOUA 5IOWA 5J3RA 5ECLB 3GH6A 1C72A 1BEDA 3KTBA 5J9BA 4F03A 4XS1A 1JLVA 4JEDA 2KUCA 2H1AA 4RI6A 2PU9C 1GSSA 5CRDA 1JZWA 1PX6A 4MMMA 1U88A 1AQVA 4NV5A 5JWRB 1V2AA 1TRUA 1GH2A 2GSSA 2ZNMA 4ILFA 2V1MA 2GQMA 4BPYA 5ECMB 2HE3A 3CMIA 1YDKA 3KEBA 4E8EA 4ID0A 3TKQA 2KP2A 6GSTA 2H70A 2CV4A 1EOGA 2D2ZA 1ERUA 4MH3A 1K0DA 3VPQA 20GSA 4FO5A 2H1GA 1IYHA 1FB0A 4WR4A 1TTZA 4KGIA 3L78A 3PGTA 3SBCA 3J7Yb 1T7PB 3L0HA 4KDXA 1GP1A 2REMA 1R5PA 3Q18A 2P5RA 1X9MB 4WEYA 2P5QA 2KOKA 4ZXGA 1TW9A 2PVQA 2GZYA 2YN1A 1GSQA 1PKZA 5J9CA 2GSQA 2Z9SA 2DJ2A 3BD2A 4BL7A 2VD1A 1Q4JA 1S3AA 3GKKA 3TJKA 1EEJA 3HZ4A 3WT2A 1SL2B 4HJMA 2VCXA 2GT6A 2CVBA 2H0IA 4KCEA 1M2AA 2V6KA 1EGRA 1B8XA 4Q5QA 4IP6A 3IAM2 1JHBA 2JZSA 4E8HA 2DJ3A 4O92A 4TXVA 4ECCA 2L5LA 5D9WA 1XFLA 2F51A 3HVXA 1OC3A 2L6DA 4HZ4A 4RQXA 2L59A 2I9HA 3Q6OA 1R26A 1V57A 3CYNA 3UEMA 1SK0A 5F06A 1GLPA 1ZYEA 2CAQA 3LFLA 5KN3A 2H71A 3F4TA 3KTLA 1EZKA 4GLTA 4KCAA 1LBKA 2LUSA 4ACSA 2FUG2 4WKWA 5DAKB 1SK2A 5EY6A 2X8HA 5H5SA 1BJXA 3W6GA 4I6XA 2H74A 2YV7A 4HZ2A 4HOJA 3EURA 5DALA 1X5CA 2DJKA 3ZFBA 2HT9A 2H1DA 4ECBA 5ELGA 1ST9A 2GSTA 5H5QA 3A3TA 1KTEA 2NBSA 2TRXA 5B6NA 2RLIA 5DCHA 3RHBA 3ERFA 5HFKA 3I9V2 3KXOA 1TI1A 3TRQA 3UL3A 2DC5A 2I4AA 4D73A 4IP1A 4GQCA 3ZL5A 1BYEA 1EOHA 5HQPA 3GIXA 3CSHA 1SENA 4K6XA 3FZ4A 4I5QA 2C1YA 3LEFA 3FZAA 1T4ZA 5HR2A 5C00A 5J5NA 4OFMA 4KE3A 4YQVA 4MJBA 4LMVA 1FG4A 1O8XA 4F0BA 1SKWB 2N5FA 1X5EA 2V32A 2FA4A 3BJ5A 1A2LA 3FZ9A 2PMTA 4XHMA 3UARA 3TRXA 5IPHA 3CSIA 1FVKA 3EYTA 1XXUA 2WRTA 4N10A 4MF6A 4DSSA 3S9FA 1EGOA 1PQNA 3VI5A 2C80A 4POLA 1Z7PA 4I2TA 3IE3A 2LJAA 3GKMA 2H73A 3APQA 4IELA 5E59A 3ZRDA 3F0IA 2HRNA 2FCHA 13GSA 4IJIA 1WWJA 3DRNA 1YKAA 4PUAA 5A4WA 4ML6A 3TKSA 1ON4A 2EIQA 2PN8A 4F82A 3DWVA 7GSSA 3CXGA 2LRTA 3DYRA 2I3YA 2H66A 3SWLA 1FO5A 3KMNA 3GV1A 2P31A 3RHCA 2VCZA 2C0FA 3O3TA 1THOA 1PRXA 3G7JA 3UVTA 3R2QA 3EWLA 4PURA 3O6TA 4X0XA 1CQHA 1A0FA 3F8UA 1E6BA 3UOMA 2AHEA 1ERVA 5EL8A 1UVZA 1GSDA 3Q74A 2JZRA 2H75A 2B7KA 4YAVA 5KN1A 1V58A 2CT6A 14GSA 2QGVA 5ECNB 4N0VA 5CP1A 2FGXA 4OD7A 3FYGA 3NIVA 5G1LA 3M3MA 4IQAA 3VFIA 4BA7A 2MBSA 4EC0A 2O85A 4TXOB 2LV3A 4ML1A 4CHSA 4K7IA 5IMCA 1XWKA 3FRCA 1XWAA 1JLWA 3DVXA 3HYPA 2C0DA 4IS0A 2C3TA 3QDNA 1K0CA 4OWYA 5IQYA 1T8EB 1BX9A 3GKXA 4HJ2A 4PQHA 5G5FA 2HNLA 3QD9A 1X9SB 3HY2A 2GDRA 1AC1A 1HD2A 1QMVA 1R7HA 4HUAA 5DVBA 3RDWA 5G2ZA 5IO2A 3LGCA 1H4OA 3VWVA 3QAVA 4POKA 1WMJA 1TOFA 2DIZA 6GSSA 3LG6A 3HD5A 1HNBA 1F37A 2CVDA 4PXOA 1N2AA 4ZBDA 3N5OA 5FWGA 5L71A 2X64A 3C1RA 3I6AA 3RAZA 3TB2A 1WPIA 1K0AA 2X8CA 4JZQA 4KB3A 1USBA 2HXKA 2VCWA 1XZOA 1S3CA 5JCWA 3IAS2 1HNCA 1BAYA 2CZ2A 3UBLA 1PL1A 5F07A 2H0HA 3IR4A 2V2GA 3D6IA 3BCIA 3KH9A 2NDOA 4JU5A 1TK0B 2QC7A 5DAKA 1AAZA 4QL9A 1M9BA 2B5EA 4ZL9A 2O7KA 1SJZA 5A4UA 3A2XA 1FOVA 2F8AA 5AIVA 1G6YA 3DD3A 3KP9A 3H93A 5CNWA 3CTFA 5D9XA 3HHVA 1BG5A 5DQYA 2YP6A 2FY6A 4GSNA 5D96A 4DVCA 2X99A 4Q5RA 5FHIA 5AIXA 1Z7RA 4ZB9A 2M80A 3C73A 4L5LA 1TRVA 5CO3A 3M9JA 1XOAA 5AGYA 4KDUA 2J23A 3LYKA 1O8WA 1LJRA 3KCMA 5IMVA 3ZMKA 3J7Yk 1FW1A 1RQMA 3LXTA 5A5KA 1GTAA 2CX4A 2VD0A 3TKSE 1DE2A 1GSFA 1Z6NA 2JADA 2VL3A 2DLXA 3FR6A 3HA9A 2OE0A 3IA1A 1G7EA 4GRFA 4V1Ap 1WIKA 5FT3A 4JE1A 3MDKA 2BMXA 2B5YA 1ZYQB 3EE2A 5IIZA 1LU4A 4WBJA 2YJ7A 1BQ7A 3FK8A 3ZTLA 3EU3A 4NMUA 3GUSA 4L8EA 4ZBBA 4WXTA 3H79A 1GRXA 1UC7A 2YZUA 3VWUA 5INYA 3FY7A 4G9HA 3EVIA 2I81A 4KH7A 2DBCA 2DIYA 2FHEA 17GSA 1OVNA 1T00A 4MJAA 3TRPA 2GVPA 4IQ1A 3ZITA 1J08A 4GSTA 1JZRA 1AXDA 1THXA 2MMNA 3IBHA 2VCTA 3H8QA 3G7IA 1MDKA 5CYYA 3EC3A 3GL3A 1ZZYA 5AISA 4MZBA 3F63A 2FNOA 1SD9A 1HYUA 3GMFA 1NHOA 3C1SA 4O5RA 3CBUA 4ZBAA 2R37A 4WR5A 1VF3A 1GWCA 4EDZA 1AIUA 2A2RA 2LTKA 2IIYA 4GCIA 2H19A 5IMZA 3H1NA 4TN8A 2HLSA 2VCVA 4NPBA 3IXRA 5ABRA 2YZHA 4QL7A 5ECHB 3VWWA 1M99A 3F4SA 2PERA 1OC9A 4KUNA 2JACA 2JU5A 1M7TA 1M2DA 3GNJA 3PINA 2R6KA 2IMFA 1X9WB 4TXOA 1TI3A 2GT5A 1PD21 2WB9A 5HR0A 1MDJA 2QSIA 2ALBA 1ABAA 1YKCA 3DGQA 3ME7A 2FLSA 2HSYA 2VUPA 3BCKA 5HFIA 5D8IA 3GKNA 2IMKA 3RPPA 3KP8A 4GF0A 4V2LA 2ON5A 1XW9A 2DJ0A 3IPZA 4WETA 2YWNA 5ELAA 4PNGA 1RW1A 2M46A 4NAXA 2GQKA 1GTIA 1KBNA 3LWAA 3M0FA 3APSA 5IMAA 4PQIA 4MZWA 4XIHA 4TRXA 4MF5A 4PGTA 1K3OA 4MJCA 2DSAA 3H4KA 3HKRA 2L6CA 2DJ1A 5B6MA 4CW9A 3KH7A 1AUCA 2WS2A 2EIOA 2C0GA 1NHYA 3TJFA 4ZB6A 4IN0A 1GUKA 4NV2A 3APOA 4MF7A 4L0UA 4AJ6A 4HU9A 2G2QA 4WBRD 3FW2A 4XRDA 4MCUA 1FVJA 5DQSA 2WGRA 1DE1A 3HCZA 1HNAA 4DSRA 4BVXA 4JR4A 3ZREA 1MD4A 1AQXA 5JWOB 1O73A 1GUHA 3W8SA 1R4WA 2NTOA 4KX4A 3F6DA 3EMXA 3ISOA 6GSUA 5DBQA 3ZYWA 2BJXA 1J0FA 4FH8A 1YEXA 3IK7A 3FZ5A 3EMPA 1EV9A 5J41A 3TCOA 4ISDA 4TKYA 2C4JA 2HSHA 2IMDA 6GSYA 2LJKA 4J56E 2RM6A 3GYKA 1WJKA 4I8BA 3L9VA 4AJ7A 2IPAA 2FWEA 3A2VA 2YCDA 2VL2C 3CRUA 2BTOT 3ZZXA 2R2JA 2C3NA 3P90A 2GSRA 1QUWA 5E4WA 1TK8B 4OFNA 1TU8A 2TIRA 5ECRB 1ML6A 5DJMA 1TRWA 3QFAC 2H01A 12GSA 2A4VA 1KEBA 5KEJA 1SYXA 2K8VA 2E7PA 3KJYA 2HZEB 2MMOA 3C71A 4BVYA 5F8BA 2OE1A 4CDOA 1VRSD 1F3BA 4EXJA 3BBYA 1MTCA 2XHFA 1OE8A 1GULA 2FWFA 2ZCTA 3HZ8A 1A0RP 2PBJA 4EE0A 1PL2A 5F05A 4AF2A 2LEGA 3TJGA 4KSOA 1KNGA 3MAKA 1OYJA 1WE0A 4TR4A 1QGVA 3U6VA 19GSA 2FA8A 5F0GA 2M72A 1MEKA 3GX0A 1ACVA 3ZMLA 5ECPB 3HVSA 5EVOA 3VI7A 1XPVA 4GXZA 2XBQA 4TW5A 5B8BA 3TUEA 4XCSA 1A23A 2B1KA 1B9YC 3D21A 4MPFA 3IOSA 4WF5A 1GUMA 1OC9B 1U6TA 3FEUA 4JR6A 3ED3A 2RIIA 2L4QA 5JCUA 4J57E 4ZL7A 4ECJA 1SU9A 1PX7A 4ZL8A 4TR0A 1OKTA 3MSZA 3G7YA 2K8SA 5JWQB 2PVOC 2VM2A 3V1WA 3C7MA 5JCGA 2B7JA 1YZXA 3TKSC 3QAWA 2VLTA 3UIWA 4V2NA 1Y25A 3IRAA 1TRSA 4K0NA 4H86A 3ZVJD 2ON7A 4PX1A 5CREA 2WFCA 2B3SA 2H76A 8GSSA 3QR6A 2FD3A 2LNSA 2K18A 3ZIVA 4DEJA 1O81A 2GZZA 3LJRA 2AB6A 5CRWA 3ZFLA 1J9BA 5GZZB 2OJLA 2VLUA 1F6MC 4N30A 3Q19A 4IVFA 2XPDA 3GH9A 3G9BA 1YF0A 2YANA 2K9FA 1A8LA 2LRNA 3RBTA 4MP4A 4JRRA 16GSA 4DSQA 4OMVA 2IN3A 3D4MA 1IYIA 1GSYA 3CRTA 3PR8A 1B4QA 1F9MA 1SYRA 2O87A 1B48A 1XW6A 1XOBA 5ID2A 1M2BA 4OCFA 4I2UA 2LSTA 1X5DA 5C04A 2F3MA 4KSMA 1F2EA 4X43A 1WRYA 1K0NA 2NPBA 4AJ8A 4GTUA 4YH2A 5DJLA 1XW5A 2MBTA 1DUGA 6GSWA 1NW2A 1EP7A 4KNDA 1Z9HA 2E0QA 2TRCP 5D9TA 4AGSA 3GN3A 3VPTA 1SL0B 2H6YA 3GSTA 4F0CA 1A24A 2KHPA 4KAEA 3W8JA 1EP8A 1K0BA 2V41A 2FWGA 3OR5A 1OAZA 4TVEA 1RK4A 3GTUA 3KZQA 1ZCPA 1FB6A 3FR9A 3L9SA 1WP0A 4NXIA 1OKDA 3BOAA 2OADA 3IDVA 4OO5A 3CSJA 3GSSA 3IK9A 2G0FA 5GSSA 3GHAA 1CQGA 2XPEA 1V98A 5ECOB 4Q5FA 3N9JA 4GQFA 2AAWA 3LSZA 5HR1A 1GTBA 1AW9A 4MPGA 3HVVA 1M9AA 4HQSA 3E3EA 4LL1B 3E0UA 3GURA 4IBPA 2LJRA 5DDLA 5J4UA 3QPMA 18GSA 2GS3A 2GZPA 4JBBA 3DMLA 4NHWA 1GLQA 2VCQA 2VO4A 1NSWA 4ZILA 1XWGA 1XVQA 1SL1B 2OACA 2K6VA 2R3XA 3F4RA 4NHZA 2B1LA 2OA7A 4NWYA 3VWXA 4PNFA 9GSSA 3UVHA 1URMA 1W4VA 3M8NA 1ZGNA 5IO0A 2HYXA 3IHQA 2JSZA 2EIRA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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