4DSQA

Crystal structure of peroxiredoxin ahp1 from saccharomyces cerevisiae in oxidized form
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
DLVNKKFPAGDYKFQYIAISQSDADSESCKMPQTVEWSKLISENKKVIITGAPAAFSPTCTVSHIPGYINYLDELVKEKEVDQVIVVTVDNPFANQAWAKSLGVKDTTHIKFASDPGCAFTKSIGFELAVGDGVYWSGRWAMVVENGIVTYAAKETNPGTDVTVSSVESVLAHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Peroxiredoxin type-2
publication title Structural Snapshots of Yeast Alkyl Hydroperoxide Reductase Ahp1 Peroxiredoxin Reveal a Novel Two-cysteine Mechanism of Electron Transfer to Eliminate Reactive Oxygen Species
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 50
structure length 174
sequence length 174
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2012-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4dsqA00
4HZ4A 2QSIA 3IR4A 1GUKA 5CYYA 3TKSA 1PKWA 2ZNMA 3M1GA 3TJFA 4MF5A 1M0UA 4NWYA 3GNJA 2VL9A 2HRNA 5KN3A 4POLA 6GSTA 4PQ1A 2OKAA 4I5QA 2RM6A 3G7YA 3D22A 1M2AA 3HVVA 2LTKA 1JZOA 4KX4A 3HKRA 3DXBA 9GSSA 3BCIA 1ZCPA 2GZPA 2MMOA 3HHVA 2IMEA 1SL0B 2V2GA 2VLTA 1T7PB 4NPBA 3CTFA 3CRUA 3M3MA 4AJ8A 1DE1A 5F0GA 4XTSA 2OE0A 2HSYA 3ZVJD 1SKSB 3EINA 3LG6A 4ID0A 1YQ1A 1WJKA 2H6YA 4IP1A 3QAVA 3VI7A 1Y25A 5CO3A 5KN0A 4WR4A 3G7IA 5DALA 2JZSA 4XS4B 5HR1A 2N5FA 1V57A 4G9HA 4MZBA 3BCKA 4IS0A 4AF2A 1OE8A 5ECSA 4MDCA 2NPBA 1K0DA 3QCPA 3KD0A 5INYA 3I9V2 4YQVA 20GSA 2VIMA 2OADA 4IVFA 2IMKA 1A0RP 3P90A 1YDKA 5J5NA 3CSIA 3Q6OA 6GSXA 3DRNA 4K0GA 3EMPA 4HJ2A 2JZTA 2P5RA 3GIXA 4LL4B 4F9ZA 1A2LA 2VLVA 2WDUA 2H1GA 4KNDA 3RHCA 2VL3A 2OA7A 4EF0A 3F6FA 2VUPA 3LFLA 1TJDA 4F82A 11GSA 2LKUA 3CBUA 3HJMA 3FYGA 3I69A 2RM5A 1SKWB 3M8NA 2CVDA 4RI6A 5JCGA 1YZXA 2DJ0A 1YJ6A 3HZ4A 1I9DA 3OR5A 2VCWA 3RHBA 3CRTA 3L9VA 2G0FA 2LJRA 3IHQA 3WD6A 2ZCTA 5KN2A 1GTIA 10GSA 3E3EA 4NHZA 3KGKA 2IJYA 1SJZA 5LCZA 4HOJA 3ZVJA 2OBKA 1V58A 4TW5A 16GSA 1Z7PA 4KCEA 4GXZA 3GX0A 1VF2A 2PU9C 1TOFA 4BWSA 2R37A 2DC5A 2H66A 1XZOA 1F9MA 4D73B 2IPAA 1ZYEA 1EZKA 4XHMA 4TR4A 2KLXA 1SK2A 1FOVA 2WULA 1ERVA 1UA5A 4KB3A 2YWIA 1QUWA 2GZYA 1PSQA 2B1KA 2PERA 2J9HA 1T1VA 3HA9A 4YQUA 4HU7A 1G6YA 3FR6A 3QAWA 4WR5A 3P7XA 3TJBA 4I8BA 1GULA 4KUNA 4GSNA 3Q19A 1A24A 5ECIB 3VWXA 3GL3A 3VWUA 5KN1A 3UJ1A 2VCXA 3RAZA 4ML6A 2AAWA 1EOHA 4HZ2A 1SK0A 5IOXA 1XW9A 2ON7A 3GFKA 1I5GA 2FWFA 4KH7A 1EEMA 2GS3A 2JU5A 3I6AA 2PVQA 1X5DA 1UVZA 1TU8A 2HZEA 4OCEA 5IMCA 1PGTA 3KH9A 1ERUA 2PN8A 3IA1A 5EVOA 8GSSA 1OC9B 2C3NA 2X8GA 2E2MA 4ZL8A 4GF0A 2A2RA 3QFAC 4OCFA 4MMMA 4F2IA 4DSSA 2GQMA 2AJQB 1F3AA 4L0WA 5ECRB 1SD8A 5A4VA 3VWVA 2DSAA 1O81A 3LEFA 3MSZA 2H8LA 5D9VA 3ZFLA 3UBLA 4IJ3A 1FB0A 1EEJA 1XPVA 3FKFA 2VL2A 3I43A 4HJMA 2GVPA 2C1YA 1WRYA 1KEBA 5IOWA 5FT3A 3QFBC 2LRNA 3GTUA 4V1Ag 5HQPA 1TK0B 3APQA 2YZHA 2C3QA 1USBA 4ZXGA 2H75A 1ZZYA 2REMA 1FAAA 4L5LA 2B7KA 4K9ZA 2CZ3A 4XRDA 3IK7A 17GSA 4WETA 3A3TA 5ECPB 3WGDA 3IK9A 3ZMLA 2HXKA 4LMVA 4OO4A 4KDUA 4XIHA 1QQ2A 5COHA 2YCDA 1XWBA 3IPZA 5AIXA 2WCIA 3J7Yb 1AUCA 4ZB8A 5HR2A 4XCSA 2LQOA 1K3OA 2X8CA 5C00A 4JRRA 4PUAA 2PGTA 1MDKA 2PUKC 2EC4A 2FA8A 1F2EA 3IXRA 2YV9A 2V6KA 4MJBA 3ZTLA 3TRQA 1O7UA 4TR0A 3JCML 5IIZA 2IL3A 4CDOA 3UOMA 1VRSD 2K18A 2YV7A 2IFQB 2MMNA 4JEDA 1X5EA 4RQXA 2CVKA 2GSTA 5J9CA 2L59A 4AJ7A 1G0TA 1Y6EA 4WEYA 1SKRB 1XOBA 1QMVA 2GQLA 5JCWA 5A5KA 3LYPA 4BVXA 1ERTA 4V2MA 1FB6A 2XPDA 4CHSA 2YP6A 1TI3A 4N0ZA 3IDVA 5ECQB 2AV4A 4AGSA 4MPGA 4NHWA 4G2EA 1GSQA 3A2WA 5ECNB 1JZDA 4MZWA 3WGEA 3UIWA 2OJLA 5J41A 4XS1A 4L0UA 1AIUA 1JZRA 1TDIA 2B7JA 3A2VA 1OKTA 1FG4A 3TOTA 2I9HA 3LQ7A 2GLRA 4ISDA 1JFUA 1A2JA 1JZWA 2YWOA 2B5EA 4O7HA 3KMNA 4DSRA 2CZ2A 1KBNA 1LBKA 2NDOA 1GSSA 1PX6A 2KP2A 4MK3A 2I4AA 3KTLA 5DAKB 1GNEA 4PQHA 3F63A 1Z9HA 2F8AA 1DE2A 4NXIA 2YNXA 3APOA 4HEA2 5CRWA 1FO5A 1MD4A 4IBPA 2RIIA 5G5FA 1BG5A 5CAXA 4N30A 1VF4A 1DUGA 3QPMA 1ZOFA 1GP1A 3MDKA 2FY6A 5H5SA 2M72A 4ECJA 2E2GA 1B8XA 4JBBA 4YQMA 1TXXA 3FZ4A 2GT5A 4I6XA 4MJEA 1E6BA 4TVEA 5LNKe 1HNCA 2WRTA 3GURA 4ECCA 3QDNA 2QC7A 1SENA 3GMFA 1SL2B 3WT1A 2DIYA 4HQSA 5IMAA 3GUSA 2C0DA 2OE3A 2P31A 3LXTA 1RQMA 4H86A 5EL8A 3EVIA 3GX8A 1EV4A 1FVKA 2OBIA 2VOCA 2WJUA 3UVHA 1BAYA 3C1RA 4N11A 1XXUA 4YH2A 4I2UA 2AUVA 2XBIA 6GSWA 3C71A 5DDLA 3FW2A 2IWTA 1TTZA 4PQIA 4POBA 5ECLB 2H6XA 4XS6A 1GSEA 3VWWA 2LEGA 3EE2A 3IRAA 4Z7XA 1HNAA 1OVNA 4MP4A 3DGQA 3C1SA 3HJPA 2F9SA 2FWEA 4FIWA 5IMDA 1U3AA 3FR9A 3QOUA 2O87A 3GYKA 2H0GA 2X99A 4E8HA 5JWQB 5IPGA 4TR1A 2NVLA 1SL1B 4ZBDA 4ILFA 4WBRD 3FZ5A 1CQHA 2K6VA 2XBQA 3VPQA 1T4ZA 2DLXA 4TXOA 2DJ3A 6GSSA 3WT2A 3DD3A 2TRXA 3FEUA 4MJCA 1NM3A 1BEDA 4Q5QA 1MD3A 3KP9A 3VPTA 1C72A 1Q4JA 1GSDA 3TDGA 1XVWA 3P2AA 4K1FA 5F8BA 1ERWA 4KAEA 1BJXA 1XW6A 4PX1A 1MDIA 4TOPA 3VK9A 3UL3A 1TW9A 1B9YC 2O85A 2L57A 2HZEB 3FR3A 2HFDA 4IELA 1VF3A 4O32A 3BJ5A 3ZIVA 4K7OA 1LJRA 3TUEA 4PNFA 1EV9A 3CMIA 3Q74A 3KXOA 2WZ9A 3AY8A 4YAPA 12GSA 1F3BA 3QD9A 2GZZA 2F8FA 4IW9A 2LRTA 1M99A 4ULXA 1ON4A 2PWJA 3N5OA 2E0QA 4EXJA 4GSTA 2C4JA 4MF7A 5D93A 1U6TA 2LS5A 1N2AA 1PL1A 2HYXA 1H75A 2PBJA 1HD2A 1NW2A 1GTBA 4ZBAA 4OFNA 1GLPA 3M9KA 2C0GA 1URMA 1Z3EA 3UMAA 5H5QA 1GTAA 2WS2A 3SWLA 1OAZA 5EPFA 1ZGNA 3GTUB 3HVSA 1O6JA 4GQCA 5FHIA 2AHEA 1T00A 4QL7A 1HNBA 4HI7A 4OO5A 3ZZXA 3ERWA 2MZCA 1ABAA 5GZZB 3D21A 3HVXA 3TKRA 2DJJA 4ECBA 5D9TA 1K0CA 1DSBA 2H19A 1JLVA 4WXTA 5ELAA 3APSA 2JACA 1WPIA 5L71A 2HT9A 1X9WB 1K0BA 4WF4A 4WKWA 3ZIJA 2YZUA 3IAM2 3CSJA 4EUYA 4PXOA 4MLYA 5CP1A 2K8SA 3U6VA 1XWGA 1KTEA 3ZMKA 2PVOC 4XS4A 5H5RA 4KA0A 3U5RE 3ZREA 1AQVA 5LD0A 3DVXA 3SBCA 2R5GA 2H70A 2WGRA 1U3IA 4LA1A 4K7IA 5HR3A 1GSUA 1J9BA 2O8VB 3E9JB 3Q18A 3D4MA 2PMTA 1Z7RA 4L5OA 2H6ZA 1GUMA 1TP9A 6GSYA 4NAXA 1AXDA 4G10A 4ECIA 3GN3A 4ACSA 2F3MA 5DQSA 1V9WA 2I3YA 3M9JA 4POKA 3VFIA 3A5WA 3K8NA 4L8EA 3MNGA 1XW5A 3TRPA 1PD21 1QFNA 2JZRA 4J56E 2P5QA 1PX7A 1XWCA 3FY7A 3TKSC 1GTUA 2E7PA 2FD3A 2FCHA 4GSSA 4KGIA 5IO2A 3F6DA 1GSFA 2EIQA 1LU4A 3E0UA 5D9WA 1K0AA 3F4SA 4DEJA 3KCMA 3KTBA 5D96A 4EDZA 3FHKA 3W6GA 1U87A 5DJLA 5FWGA 4IP6A 3GH6A 2L5OA 5F07A 3KIJA 2CV4A 1A8YA 2GTUA 3KMOA 2DJ1A 3PGTA 1THXA 2XHFA 22GSA 3KZQA 5G2ZA 3PR8A 3LJRA 1ACVA 3ZRDA 2VM1A 3MAKA 1YEPA 1AQXA 3PH9A 2RUFA 2R6KA 1S3DA 2OACA 4DVCA 3EURA 1B4QA 2NBSA 4IQ1A 4NV5A 1OC3A 1O8WA 4LMWA 1TRWA 1QXHA 3GSSA 2H01A 3H8QA 4X0XA 1MEKA 2DJKA 2A2SA 2P0GA 2HE3A 4JR4A 5IM9A 1TRVA 2O7KA 2C0FA 4AJ6A 5IO0A 5G31A 4MH3A 5CRGA 4GRFA 1J0FA 1EGRA 3RDWA 2AYTA 4D73A 2VLUA 4BL7A 4PUFC 1R26A 1PKZA 3P8WA 3F3QA 3TGZA 1A0FA 5HFGA 3CYNA 1K0MA 1NHOA 4F0BA 3H79A 6GSUA 2F51A 1GH2A 3FK8A 5GSTA 3ME8A 4TXVA 4E8EA 2CQ9A 1SK1A 4IHUA 2C8UA 2LJAA 2C80A 4KSOA 4JR6A 5IQYA 4NV2A 5DQYA 1AQWA 3ZLPA 5ABRA 3TB2A 3DKSA 3ISOA 5AISA 2HRFA 2X8HA 1S3CA 2H1DA 2VD0A 2DMMA 4Q5NA 1ILOA 1ML6A 4ZL9A 13GSA 5DALB 4J2FA 3IV4A 1GRXA 3LORA 4IKHA 3D6IA 4RQRA 1T4YA 1OC8A 3M0FA 2H76A 1A23A 1QK8A 3KP8A 2L4QA 4TN8A 1YF1A 4ZB9A 3TJKA 1EOGA 1SYRA 1YKCA 1F37A 2L5LA 1K3YA 3TKQA 3HCZA 1XOAA 3W8JA 4MCUA 4EDYA 1V98A 4TKYA 2GSQA 2XPEA 5ECOB 3US3A 3RBTA 4MF6A 3F4RA 2CAIA 5AGYA 3TJJA 3TOUA 3R2QA 4F0CA 4PGTA 3O6TA 1B9XC 1X9SB 1BQ7A 3VURA 1H4OA 1G7EA 5ENUA 2JADA 1G6WA 4GWRA 2MMZA 2CT6A 2FNOA 2PPTA 3G7JA 5A4WA 3KH7A 4FYCA 1B4PA 5DVBA 3BOAA 1TRUA 2FA4A 5GAPD 6GSVA 2R4VA 2H72A 1GUHA 1FW1A 5AIVA 2LQQA 4F03A 3HY2A 5ECHB 3F9UA 1IYHA 1J08A 4X43A 3CSHA 2ZUPA 1M2BA 3UEMA 3DVWA 1O8XA 3H1NA 1GLQA 1Z6NA 1JLWA 3EC3A 4K6XA 19GSA 3FZAA 2AB6A 5DCGA 5CRDA 2YOIA 2FUG2 5J9BA 2VD1A 3IAS2 2IMIA 2GT6A 5F05A 2I1UA 1AW9A 2H73A 1OE7A 4QQ7A 2R3XA 5G5EA 2GDRA 4JU5A 1EP8A 5JWOB 5G1LA 1R5AA 5D73A 2JSYA 5CNWA 2R2JA 3NIVA 5ID2A 3KEBA 1TU7A 2YWNA 4ZILA 1R5PA 1G7OA 3N9JA 2IMDA 4MH2A 4OFMA 2IFQA 4O92A 3RPPA 1X5CA 4OWYA 3CXGA 1M2DA 3GV1A 3QR6A 4N10A 2VCQA 4EO3A 3L0HA 4K8MA 1T8EB 1AAZA 5G30A 3DIEA 2O89A 5J4UA 4LLRA 1UN2A 4HS1A 3IOSA 2VCZA 1Q98A 1XWKA 2FGXA 1Z5YE 2KHPA 5IMZA 3VI5A 2MBSA 1K0OA 1TK5B 1Z6MA 2VCTA 3LWAA 5IMVA 5E59A 2WB9A 2L6DA 3HD5A 2GGTA 4K7NA 2IIYA 3LYKA 1QGVA 3IBHA 3F3RA 1THOA 1HQOA 2NTOA 4EKZA 3DEXA 4IQAA 2VL2C 2V41A 4X1UA 18GSA 1BYEA 4GLTA 1WIKA 4CW9A 1TKDB 4J57E 3GRXA 3KJYA 2VM2A 5DAKA 1OYJA 1WMJA 1GL8A 3IE3A 4HU9A 3C8EA 2CX4A 2A4VA 2C0EA 3DWVA 3W8SA 4FH8A 2BMXA 1PL2A 2X64A 4WBJA 1O73A 2OE1A 3LGCA 5CRHA 3LXZA 4IN0A 2ES7A 3H93A 1K0NA 7GSSA 4EL1A 2H71A 1PRXA 1B48A 2FHEA 2YPMA 4DSSB 3TCOA 4QL9A 2MYGA 3ZITA 1SU9A 4KCAA 3O76A 4BPYA 3TRXA 4G19A 2K9FA 1N8JA 2M46A 3L9UA 4O5RA 2J23A 3J7Yk 2DIZA 5F06A 3BD2A 4KW6A 2RUEA 1X9MB 2TIRA 3BBYA 3ERFA 4RI7A 2FWGA 1WOUA 4I97A 5HR0A 1SYXA 4WF5A 1TI1A 2LRCA 3ERGA 2JSZA 3NOFA 1NHYA 2Z9SA 5HFIA 1ZYQB 2B5XA 2CVBA 2BJXA 2ALBA 2HNLA 1MDJA 4ZL7A 5DJMA 4MZCA 5DCHA 4GCIA 3F4TA 2HI7A 5CREA 4Q5RA 4LL1B 2JL4A 4V2NA 5GAND 2LNSA 1VGLA 2G2QA 1EWXA 3L78A 4I2TA 3RPNA 4GQFA 1NSWA 4K2DA 2LSTA 4FYBA 4Q5FA 2H1AA 2V6OA 3V1WA 1A8LA 2YANA 4BWQA 2QGVA 1MTCA 3TKPA 4OFTA 4HQZA 1PMTA 2N5AA 3FZ9A 3UARA 4HDEA 2MMAA 2ON5A 2C3TA 1KNGA 4EC0A 1PQNA 4OD7A 1PN9A 3HXSA 2L4CA 4TRXA 3S9FA 3UAPA 1YY7A 3DYRA 2KP1A 3H4KA 4HUAA 3IC4A 4KDXA 4MABA 1YF0A 5KEJA 3L9SA 2FLSA 3GKKA 2YWMA 1JHBA 2CX3A 3DMLA 1GSYA 4MA9A 4MJAA 2DJ2A 3PINA 2H30A 4ZIJA 3UVTA 3HZ8A 1DBYA 4MPFA 4FYUA 2BTOT 3QAGA 1ST9A 1K3LA 5C04A 2N5BA 3GKNA 1BX9A 3GL5A 1UC7A 14GSA 3GA4A 1ZMAA 5J3RA 1M9AA 4DSQA 3FRCA 1T3BA 1W89A 2V32A 4ZBBA 2YJHA 2VO4A 2H0IA 1XBSA 4NMUA 2HZFA 2LV3A 3EWLA 4JE1A 5G1KA 4EVMA 5EY6A 1R4WA 1X0RA 2D2ZA 3F8UA 2TRCP 4V1Ap 4N0VA 3TJGA 1SJ6A 5HFKA 3HDCA 4JZQA 3ME7A 4KDYA 4BVYA 1F6MC 3ZFBA 3C7MA 5AN1A 1VF1A 2HSHA 1WE0A 4IJIA 3CTGA 4P3YB 4XRAA 3ZL5A 1RK4A 3QMXA 2RLIA 5ELGA 3L4NA 1SD9A 1OKDA 2VCVA 3C73A 2DMLA 2YJ7A 2IMFA 4ML1A 2IN3A 3MWHA 3GSTA 3EU3A 1W4VA 1SJIA 3GH9A 1GNWA 3D4TA 4PURA 2YN1A 3GKMA 2GQKA 4K0NA 5GSSA 1CQGA 4YAVA 2K8VA 3HJOA 1PA3A 2MBTA 4BA7A 1WP0A 1XVQA 2H74A 2L6CA 1TK8B 1XFLA 1YEXA 2H0HA 5DBQA 4RUVA 2CAQA 2GSRA 2CA8A 5B8BA 3GKXA 1M9BA 1XCCA 4GTUA 1GWCA 3EMXA 3LSZA 5A4UA 4ZB6A 2LUSA 2KUCA 2VAFA 5ID2B 1YKAA 5B6MA 3D0ZA 2WFCA 5IPHA 1V2AA 1IYIA 3VLNA 4FO5A 2LJKA 3ZYWA 2LNTA 3GHAA 2GSSA 3NZNA 2V1MA 3EYTA 1TRSA 3UBKA 3F0IA 3A2XA 3G9BA 1O85A 4IGJA 5JCUA 5D9XA 1WWJA 4TR1B 1OC9A 5ECMB 2H1BA 1V40A 2DBCA 2EIRA 4TXOB 1FVJA 5B8AA 5D8IA 1S3AA 3TKSE 1FHEA 1XIYA 4PNGA 1AC1A 1A2MA 3HYPA 1RW1A 4KE3A 2I81A 2B1LA 4EE0A 1HYUA 5E4WA 4KSMA 1EP7A 2HLSA 2KOKA 3EU4A 5IMFA 2XC2A 3WGXA 5JWRB 3O3TA 2B6MA 4POMA 2B3SA 1XWAA 2FWHA 1ZL9A 3D5JA 2EIOA 4TR3A 3WYWA 5B6NA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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