4MMM | Genus

Total Genus 48

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	48
sequence length	162
structure length	162
Chain Sequence	SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
molecule keywords	Peroxiredoxin-5, mitochondrial
publication title	Comparing Binding Modes of Analogous Fragments Using NMR in Fragment-Based Drug Design: Application to PRDX5 pubmed doi rcsb
source organism	Homo sapiens
total genus	48
structure length	162
sequence length	162
chains with identical sequence	C, E, G
ec nomenclature	ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date	2013-09-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF08534	Redoxin	Redoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4mmmA00

2KP1A 1TW9A 4DSRA 3RPPA 2XC2A 2PERA 5ECPB 1AAZA 2AAWA 4XRDA 2FHEA 1TK8B 5G1KA 4Q5FA 5JWOB 3MWHA 1JZOA 5DCHA 2H30A 1XCCA 1OYJA 3EURA 4O5RA 1X5EA 4D73A 1O8XA 2YJHA 5DAKB 1O73A 4MA9A 1UN2A 1FO5A 1JLVA 4KSMA 5A5KA 3EMPA 3M3MA 2B3SA 4K1FA 2P5RA 4NWYA 3GRXA 4PNFA 5H5QA 1USBA 4IJIA 4KCEA 1PX6A 1NW2A 2C3NA 1WRYA 2H1GA 1JHBA 5HR2A 3M1GA 3RPNA 4ZIJA 1UVZA 4KSOA 1T4ZA 3QDNA 3SWLA 4NPBA 2LUSA 4O7HA 2VAFA 5B8AA 3F63A 1VF4A 1HQOA 4MLYA 2DIZA 2B5YA 2DIYA 3KH9A 1SENA 5DCGA 3H8QA 2HFDA 3TB2A 3HJMA 4DSQA 4BWSA 5IO0A 2NPBA 1ERVA 3VI5A 4MPGA 1G6WA 2G2QA 3TCOA 2RIIA 1YEXA 3BD2A 1YEPA 4TR1B 2N5FA 3A2WA 4DEJA 3NZNA 1MD4A 3GA4A 2CA8A 5HR3A 2P0GA 1M7TA 3LG6A 1HD2A 3UBKA 2KUCA 3C73A 2JL4A 3EVIA 1Y25A 4MZCA 3ZREA 3HZ4A 3HJPA 4WEYA 1THXA 4K7IA 3IDVA 3J7Yk 4OO4A 2HXKA 1FVKA 1FHEA 4I6XA 2TRCP 2ON5A 3LEFA 3ERGA 1H4OA 3IV4A 4F9ZA 4WR5A 1GNWA 3GKKA 2MBSA 3GMFA 3Q19A 5FHIA 4ILFA 3LFLA 4BVYA 2GSQA 5H5RA 1J0FA 2CZ3A 3ZLPA 3LJRA 4OCEA 2HSYA 5CRHA 1JZWA 3L78A 4IKHA 4GSSA 2KHPA 2N5BA 1WIKA 3HJOA 1TXXA 2V32A 5CO3A 1WOUA 2IMKA 1BJXA 1EOHA 2VCVA 3RAZA 3IR4A 1A2LA 1ML6A 3LYPA 2YNXA 4X0XA 2DMMA 1N2AA 2VLTA 3D0ZA 1NHYA 5CYYA 3G7YA 3TKSA 3QMXA 4ZL8A 3KZQA 3ED3A 3KTBA 2GGTA 5DVBA 5JCWA 1ABAA 2ON7A 5D8IA 5LCZA 5IMAA 1S3DA 1TI3A 4IS0A 5A4WA 1X9SB 1SKRB 1Z6NA 2H71A 2TRXA 5ELGA 2C0DA 4LMVA 3ZMKA 2HYXA 5D9VA 3LSZA 2CQ9A 4EUYA 2FCHA 5IOWA 1RW1A 3TKSC 3IAM2 1AC1A 3DD3A 2OBIA 3A5WA 4TRXA 1GP1A 2L5LA 3GURA 4K6XA 4ZB9A 5CP1A 5D9XA 4ECCA 3CSJA 5HR1A 1SJZA 3CBUA 2OE0A 3QFBC 3GNJA 1XPVA 4YQVA 1PD21 2WDUA 3ISOA 2R6KA 2YV9A 3HXSA 1SKSB 4IBPA 4YH2A 1A2JA 4MCUA 4L5LA 2OE3A 1KEBA 1XWAA 4WETA 1PA3A 3UBLA 4TR4A 1GUMA 2H70A 3P90A 1E2YA 4BA7A 1GRXA 4L8EA 1TK0B 2IMEA 1F6MC 3VWWA 5F06A 3M9KA 5GAND 1OE8A 2AB6A 1ZGNA 2DMLA 2LRTA 1R4WA 4OCFA 1YQ1A 3UIWA 3ZRDA 1XW9A 2DJKA 1MTCA 5DAKA 1ZOFA 1YY7A 1EGRA 2ZNMA 3Q18A 5IOXA 4PX1A 2YZHA 1OC3A 1SYRA 2HRFA 3QCPA 1XOAA 2VL3A 3WT2A 5CAXA 1SKWB 2V6OA 5AN1A 2VCQA 2GZYA 5DJMA 2PGTA 4WF5A 1XVWA 3BCIA 2CX3A 4BWQA 2AJQB 1YF1A 3UARA 3IBHA 5IPGA 2XPEA 9GSSA 4K0GA 4AJ6A 3TRQA 2LTKA 1GTIA 5GSSA 2PBJA 1XWBA 3F6DA 5DALB 1PGTA 1GSUA 3AY8A 2I1UA 3A3TA 1T8EB 3F6FA 5EVOA 1NSWA 1XWCA 2K6VA 4N11A 1TP9A 1Z7PA 3GN3A 2FWEA 2KLXA 4GXZA 5D73A 5IMDA 2RLIA 4NHWA 3BOAA 2OA7A 4L0UA 3UEMA 2FWGA 3PH9A 2YN1A 1KTEA 3APSA 4CHSA 1M0UA 1QXHA 4TR1A 1WE0A 1FAAA 2AYTA 2F8AA 3GSSA 3H93A 3RHBA 5ENUA 4OMVA 12GSA 1BQ7A 4GTUA 5ECMB 3GKMA 1MEKA 4EVMA 2WCIA 1A24A 4Z7XA 3O3TA 2XBQA 2MMZA 1A23A 4PGTA 4V2MA 2LJRA 5IO2A 4GQCA 4IJ3A 2CT6A 2ALBA 5JCGA 4PQHA 4QQ7A 1THOA 3LGCA 5ECRB 2O8VB 2C3QA 4FIWA 4KCAA 3TJKA 1A2MA 2REMA 4GLTA 5ABRA 4KGIA 4TW5A 4GF0A 1EP7A 2IFQA 2FA4A 4MF6A 1I5GA 1CQGA 5D93A 4X1UA 22GSA 1AQVA 2P5QA 3TRPA 1J08A 1XWKA 1SJIA 1B4PA 3MNGA 4K2DA 18GSA 2GSSA 2DBCA 4MH2A 3QR6A 5AIVA 3EC3A 1TU8A 4TN8A 4RUVA 1ST9A 4KB3A 3TRXA 1AXDA 2H8LA 5DDLA 3FR3A 4IQ1A 3IRAA 4MJEA 5CRWA 2R3XA 3PR8A 2L6CA 2LNSA 2YV7A 1W89A 3GX0A 2J9HA 3UAPA 2PWJA 2VCXA 1TRVA 4TXOB 2M46A 4EDZA 4HQSA 4Q5NA 1PRXA 1MDIA 1F3AA 4F03A 5EY6A 1GUHA 3DGQA 2LSTA 2GZPA 4TVEA 3IK9A 2LRCA 3M9JA 4V1Ap 4ECIA 2VM2A 2YOIA 4HS1A 3VFIA 3KD0A 3ERFA 4JBBA 1B48A 2IIYA 1U3IA 2B5XA 3CYNA 3E9JB 2YJ7A 5KN3A 2CVKA 3TJBA 8GSSA 4LA1A 3FEUA 4J2FA 1HNAA 2O85A 4HU7A 3F8UA 1QMVA 1SD8A 1KBNA 4GQFA 2OBKA 1JFUA 3P2AA 4JZQA 2MMAA 3IHQA 4NXIA 2K8SA 2J23A 4DSSA 1R5AA 5B8BA 2IL3A 2OADA 5G2ZA 4XTSA 3BCKA 3HZ8A 2I4AA 2PN8A 2GSTA 3D21A 4J56E 1H75A 2PU9C 5IPHA 4WF4A 2RM5A 1FOVA 2LRNA 3IPZA 2VL9A 3HYPA 3GFKA 5JWQB 1X9WB 4YQUA 4HI7A 1EP8A 1MDJA 2WGRA 3D22A 1OKTA 5ECQB 4MJCA 4TXVA 1EEJA 1RQMA 1SL0B 1V40A 4ZB6A 3KXOA 3O76A 3I43A 1TTZA 5IMZA 4FYUA 2A2SA 4I8BA 1PKZA 2C1YA 2QSIA 2GQMA 1M9AA 3DMLA 1GSYA 10GSA 3I6AA 1Z7RA 4N0ZA 1AW9A 2YPMA 1ZYQB 2AV4A 1RK4A 3TKPA 1M2BA 2HT9A 2OACA 4JR6A 1OE7A 5DJLA 3GV1A 4I5QA 4OFTA 2RUEA 1GSQA 1O8WA 2B7JA 3DVXA 4YQMA 2O87A 2YWOA 3FR9A 3GYKA 1T7PB 2C8UA 2H76A 3GX8A 2VIMA 4IVFA 1Z3EA 4FYCA 3GL5A 3C71A 4O32A 4FYBA 2I81A 4HJMA 2EIOA 5E59A 5B7CA 2H19A 3TKQA 5DALA 4BVXA 4CW9A 4MF5A 6GSTA 4GSTA 5L71A 2MBTA 3TOTA 4MDCA 4RI6A 1Z6MA 4G2EA 3GL3A 2H6YA 3FZ5A 1BAYA 2H01A 2VLUA 3GH6A 2H0IA 2VM1A 4JEDA 4F0CA 1C72A 2YP6A 4KA0A 1ZMAA 3GHAA 4JRRA 2PUKC 2GQKA 4IP6A 2ES7A 1TI1A 4NV2A 3H1NA 4ZBDA 1GULA 2IFQB 2MMOA 4I2UA 3FZAA 1M2DA 2IJYA 1KNGA 4CDOA 1VF2A 1YKAA 2FLSA 3A2VA 2AHEA 1E6BA 2E2GA 1NHOA 2GVPA 4BPYA 1V57A 2F8FA 3P7XA 3IE3A 2LEGA 3CTFA 19GSA 5HR0A 5G5FA 2YWMA 2O7KA 3GH9A 3EYTA 2WJUA 5AGYA 1U88A 2HRNA 2H1BA 1ACVA 2O89A 6GSUA 1K0BA 5ELAA 4V2LA 2GS3A 1R26A 2DC5A 3EINA 1YZXA 3W8SA 3F4RA 5J3RA 4PUFC 3C7MA 4ML1A 3EU3A 2NBSA 3F9UA 4Q5RA 3US3A 1XXUA 2IMFA 2N5AA 3HDCA 5G30A 3LXTA 1T00A 3IK7A 5CRDA 1GLQA 5A4UA 5A4VA 3CRUA 2L4CA 3RHCA 5H5SA 2YWNA 1X9MB 2V41A 3ZTLA 2C3TA 5B6MA 4LL1B 4MJAA 4TXOA 1DE2A 3TKRA 3IA1A 4PNGA 1YKCA 1J9BA 2HSHA 1R7HA 2CV4A 3G7JA 3QFAC 1VGLA 5EPFA 4WKWA 1JZDA 1PX7A 4DSSB 1VF1A 3L9UA 5KN1A 5HFKA 2H1DA 4TR3A 1GH2A 3JCML 4AGSA 4EXJA 2WULA 4N0VA 4MPFA 2K18A 2WB9A 1O6JA 2FNOA 3ERWA 4DVCA 5J41A 2ZCTA 5J9BA 4G19A 2NDOA 4F82A 1VF3A 2MMNA 1XOBA 3VLNA 2DJJA 3TGZA 3ME8A 1Q98A 1U87A 3ZL5A 4FO5A 3KP8A 2FWHA 3UJ1A 1WPIA 3QPMA 3ME7A 4AJ8A 2B1LA 4OO5A 1SU9A 1ZL9A 2DJ3A 2KOKA 2JZTA 4KE3A 1GSEA 1SD9A 2L5OA 4OWYA 3ZYWA 2FA8A 3F4TA 2BMXA 2CVDA 5ECLB 3FZ4A 2B6MA 4HU9A 1QGVA 3IAS2 4POMA 5CRGA 4WBJA 2BJXA 2A2RA 3QAWA 3EU4A 4ZXGA 6GSWA 4N30A 2M80A 2L57A 4K8MA 4N10A 5GAPD 3PGTA 2BTOT 2QC7A 5GSTA 1PMTA 5GZZB 3VI7A 4YAPA 3DKSA 4L0WA 2PVQA 5DBQA 2L4QA 1M2AA 3W8JA 2GSRA 3HVXA 4ML6A 2PMTA 3LWAA 4IW9A 4KAEA 4ISDA 1S3CA 4LMWA 3QD9A 4ECBA 1PSQA 3P8WA 3TJJA 4XS4A 2QGVA 1FB6A 3UVTA 3VWUA 2VD0A 3F3RA 4QL9A 5D9TA 3KMNA 2GT6A 1OC9B 1U6TA 1T4YA 4AJ7A 1EGOA 2C4JA 1SK1A 1IYIA 1BYEA 3KM6A 2R37A 1K0OA 4XHMA 3Q6OA 3W6GA 3EMXA 1ERUA 4POKA 1W4VA 1GLPA 2HI7A 2X8GA 1R5PA 3M0FA 3K8NA 1B8XA 2H73A 3A2XA 3FHKA 4I2TA 5D96A 5FWGA 5C04A 1GTBA 2E2MA 2LS5A 3APQA 2D2ZA 3FYGA 4K9ZA 3KP9A 2PPTA 3OR5A 3SBCA 11GSA 2HNLA 3VPQA 3LQ7A 3F4SA 3N5OA 13GSA 3GTUA 1AIUA 3TOUA 4MZWA 2B5EA 2H0HA 3DEXA 5G31A 2E0QA 1F3BA 4MJBA 3M8NA 4GCIA 4EO3A 5J9CA 3NOFA 2EIQA 2H75A 2YZUA 1XBSA 2K8VA 1GUKA 2FY6A 1O85A 1SK0A 1GNEA 1GSFA 3DYRA 4TOPA 4JU5A 4EDYA 2H6ZA 3VURA 4IELA 3S9FA 1EV4A 2ZUPA 3C1SA 1K0MA 4KX4A 3MDKA 1SL2B 5FT3A 4E8HA 4ID0A 2VO4A 5ECHB 1U3AA 2GZZA 2WZ9A 2OE1A 1N8JA 1EEMA 1M99A 3VWVA 4ZL9A 3CSHA 1A8YA 3VWXA 3EE2A 2XPDA 2H74A 2RUFA 4EE0A 3HKRA 2GTUA 4KDUA 1ERTA 1K0CA 5AISA 1SL1B 4IQAA 6GSSA 2YCDA 1K0DA 4YAVA 4MABA 1QFNA 2I3YA 4OFNA 1V2AA 1EWXA 4HEA2 1OKDA 2C0FA 1EZKA 2OJLA 1V9WA 1OVNA 3APOA 3BJ5A 1ZCPA 2QKEA 3ZIJA 4XRAA 1YF0A 2FGXA 3U5RE 1TK5B 5LD0A 3GIXA 3D6IA 2DSAA 2JSYA 2FD3A 16GSA 1K3YA 2F51A 3C1RA 2CZ2A 1DE1A 2WRTA 1BEDA 3D4TA 3FZ9A 5F07A 1F9MA 4EF0A 5CNWA 4XCSA 3KJYA 3TKSE 3TUEA 4RQRA 2FWFA 2K9FA 1DBYA 2X8HA 2OKAA 2C0EA 4MMMA 2V6KA 3KCMA 5J4UA 1BX9A 1M9BA 2NTOA 4GRFA 1K3LA 1G7EA 1VRSD 1Z5YE 2LJAA 1URMA 1XW5A 4E8EA 3KIJA 1HNBA 5ECNB 4AF2A 4POLA 2VLVA 4WR4A 5HQPA 2KP2A 2DJ0A 4WXTA 2LJKA 1GTUA 3HVSA 4EL1A 4HZ2A 4EKZA 1A8LA 2YANA 3J7Yb 5JCUA 4PXOA 3KEBA 1DUGA 2L6DA 1ZZYA 5DQYA 4XS4B 4NAXA 5AIXA 5CREA 1PKWA 2B1KA 3DRNA 2DJ2A 3FRCA 4HJ2A 2LV3A 1B4QA 3FKFA 2VOCA 3FY7A 2TIRA 3V1WA 5IMCA 5HFIA 6GSXA 1PL2A 2L59A 1AQXA 5F05A 2VCZA 4KH7A 2DLXA 1TRWA 4HQZA 3BBYA 1OC9A 1SK2A 4ACSA 3GKXA 3DWVA 2XHFA 4G9HA 3IXRA 4MP4A 3O6TA 2CVBA 1OAZA 2HZEB 3CSIA 3UOMA 4PURA 1X0RA 3MSZA 3DXBA 3CXGA 5G5EA 2LQQA 3ZVJD 3GTUB 2VD1A 3NIVA 4FH8A 1EV9A 3ZFBA 3DIEA 3TDGA 2PVOC 2VUPA 1NM3A 1T1VA 1LU4A 2EC4A 4OFMA 1F2EA 2V1MA 2B7KA 3ZZXA 2GDRA 2Z9SA 4K7NA 4KW6A 4ZB8A 1WP0A 2H66A 4V2NA 3GSTA 4MZBA 1TKDB 2HLSA 3CMIA 3L9SA 5ECKB 3EWLA 4JE1A 2IPAA 4ECJA 1V58A 4Q5QA 1TOFA 4IGJA 1OC8A 1WJKA 3VK9A 1AQWA 2JZRA 1GSDA 4F0BA 2JADA 2VCWA 5ID2A 2IWTA 4I97A 4K0NA 1ILOA 1QK8A 4P3YB 1TRUA 5ECOB 1EOGA 5C00A 3HVVA 1Q4JA 3WGXA 1XW6A 1XFLA 3H4KA 3F0IA 3HD5A 5COHA 3QAVA 1O7UA 2M72A 1SJ6A 5IIZA 1GL8A 4ZL7A 3ZFLA 6GSYA 1JLWA 4V1Ag 1MDKA 3WYWA 1FVJA 3ZITA 3UVHA 1YJ6A 3WGDA 4PQ1A 5INYA 1TU7A 3RBTA 2IMIA 3I69A 3D5JA 1B9YC 1FG4A 2F9SA 4D73B 3CTGA 5IM9A 3N9JA 4NMUA 3LXZA 3L4NA 1FB0A 5F8BA 7GSSA 2CAQA 4POBA 1A0RP 4K7OA 3G9BA 4O92A 3IOSA 5HFGA 5KN0A 4HDEA 3CRTA 3H79A 5LNKe 5EL8A 3RDWA 5DQSA 5ECIB 3R2QA 3U6VA 2C0GA 4KDXA 4OD7A 4PQIA 1I9DA 3UL3A 3E0UA 2H0GA 3L9VA 5KEJA 4WBRD 4GWRA 17GSA 2JACA 2FUG2 4L5OA 4ULXA 14GSA 1Y6EA 3Q74A 4J57E 1K0NA 3D4MA 4NHZA 1XIYA 2X99A 4ZBAA 4IP1A 5KN2A 3HHVA 2LKUA 2P31A 4F2IA 1A0FA 3WGEA 1PN9A 4JR4A 2EIRA 4LL4B 1XZOA 1XVQA 1ERWA 1UC7A 2GT5A 1T3BA 1GTAA 3F3QA 2X64A 3KMOA 2V2GA 1O81A 3ZIVA 3QOUA 1BG5A 2JSZA 4PUAA 3QAGA 1QQ2A 2JZSA 1B9XC 1X5DA 4KNDA 2H1AA 3FW2A 3GKNA 4HZ4A 2LQOA 2VL2A 1JZRA 1XWGA 2JU5A 1X5CA 1LBKA 2AUVA 4XS1A 4RQXA 4HOJA 1LJRA 3GUSA 3L0HA 4TR0A 1GSSA 2MYGA 2IN3A 3WT1A 3WD6A 3HY2A 1HYUA 4NV5A 2E7PA 2LNTA 4MH3A 5D9WA 1S3AA 6GSVA 3FK8A 2WFCA 2YWIA 1G7OA 1TDIA 5IMFA 5IQYA 4XIHA 5B6NA 3KTLA 1QUWA 3LYKA 4QL7A 1YDKA 2VL2C 2XBIA 2CX4A 1K3OA 1G0TA 1AUCA 2I9HA 2HZEA 2A4VA 3UMAA 2H6XA 3VPTA 4EC0A 5F0GA 1ZYEA 5G1LA 2GQLA 4IHUA 2F3MA 1PL1A 4ZILA 2R2JA 3KGKA 3TJGA 5ECSA 4IN0A 5JWRB 1MD3A 2GLRA 4HUAA 4MF7A 1GWCA 2MZCA 4KDYA 4MK3A 5E4WA 2IMDA 3ZVJA 2R5GA 3FR6A 4H86A 2NVLA 5ID2B 4ZBBA 2CAIA 2HZFA 1TJDA 1UA5A 3KH7A 2HE3A 3G7IA 4GSNA 3TJFA 1SYXA 3PINA 3I9V2 2R4VA 1FW1A 20GSA 1F37A 2G0FA 2WS2A 4BL7A 1DSBA 1K0AA 1TRSA 1WWJA 1IYHA 3HCZA 1WMJA 3C8EA 3LORA 5J5NA 2X8CA 3IC4A 3ZMLA 2C80A 3E3EA 4KUNA 1HNCA 1PQNA 2DJ1A 3HA9A 5IMVA 1CQHA 4TKYA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4MMMA

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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