5B8BA

Crystal structure of reduced chimeric e.coli ahpc1-186-yfskhn
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MSLINTKIKPFKNQAFKNGEFIEITEKDTEGRWSVFFFYPADFTFVCPTELGDVADHYEELQKLGVDVYAVSTDTHFTHKAWHSSSETIAKIKYAMIGDPTGALTRNFDNMREDEGLADRATFVVDPQGIIQAIEVTAEGIGRDASDLLRKIKAAQYVASHPGEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
publication title Transition steps in peroxide reduction and a molecular switch for peroxide robustness of prokaryotic peroxiredoxins.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 48
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2016-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5b8bA00
2JSYA 3L4NA 6GSXA 3TKSE 2H74A 1YKAA 4QQ7A 3GUSA 5FT3A 3MNGA 8GSSA 4TRXA 1GUHA 3VI5A 2FNOA 1SL2B 3QPMA 1GSUA 1ST9A 2HYXA 1F9MA 4KH7A 1SYXA 2HT9A 2FY6A 4XIHA 4Z7XA 3KJYA 1ILOA 2ALBA 1EEJA 2QGVA 1T00A 1XBSA 2VCVA 1X9MB 1RQMA 1T8EB 1A23A 3RHBA 5IIZA 3IC4A 5IOXA 5B7CA 2M72A 3A3TA 4X43A 2H75A 4DVCA 19GSA 3U5RE 1PKZA 2LV3A 1GTBA 1S3DA 3JCML 2LJAA 1Z5YE 1A2MA 2HZFA 2H1BA 5GZZB 2IIYA 5ECHB 11GSA 3HZ4A 3CSIA 4KDXA 1ZYQB 3GNJA 2GDRA 4MABA 2FD3A 1WE0A 2RLIA 3FRCA 3UBLA 1HNBA 3TRQA 3KZQA 1YEPA 2R6KA 1XW6A 3L9SA 2OBIA 3N5OA 3TOTA 2H0HA 4GF0A 5HR3A 1OYJA 5FWGA 1OE7A 3LG6A 3TUEA 2HNLA 5IO0A 2C0DA 5DQYA 1EV4A 4E8EA 5CREA 6GSTA 4FYUA 4EXJA 3L9VA 3APQA 1PX7A 1ERWA 3IBHA 2VLVA 1X5EA 2OADA 4TR4A 2VL2C 3ERFA 2RM6A 2AUVA 5G1KA 4BA7A 16GSA 2DLXA 1GRXA 1BX9A 2B3SA 4BVYA 4IS0A 5JWOB 1O85A 5AN1A 2OE0A 2F8FA 3W6GA 5DJLA 2RM5A 2O87A 1AQXA 2HRNA 1PQNA 2CX3A 1XWKA 1S3CA 2GT6A 4XRAA 4ZXGA 3HVXA 1WP0A 4POLA 1Z6NA 4YAVA 2PWJA 2R2JA 2PBJA 2CVDA 4WR5A 3EURA 3LYPA 5DBQA 2LJKA 3ZREA 5D9TA 1F3BA 5IO2A 1AXDA 1B48A 1I9DA 1JLWA 5FHIA 1R5PA 3P90A 3D6IA 3NOFA 1NHYA 3VK9A 2R37A 2YWIA 3NZNA 1J0FA 3CTFA 5DALB 2KP1A 1UA5A 2VOCA 3E0UA 3K8NA 3DKSA 3GV1A 6GSWA 2DSAA 2GS3A 1XW9A 2VO4A 2V1MA 2B1LA 1ZCPA 3LFLA 1XPVA 2WZ9A 2JACA 6GSVA 3GURA 1K3LA 1A0FA 2OA7A 3GL3A 2K8SA 1TU8A 2JZSA 4L0WA 2H72A 1OC8A 3EC3A 4WXTA 1FB0A 5B6NA 2HXKA 2VLTA 3RAZA 2X8HA 2P0GA 1ERTA 5J41A 3ZFLA 3QMXA 4GSTA 4HJMA 2V6OA 3ZLPA 2DMMA 2HFDA 2CVKA 4ECIA 2E7PA 4L8EA 1QXHA 3FHKA 1GSSA 5G5EA 2VD1A 2XPDA 5LNKe 5GAND 1JHBA 1ERVA 1PSQA 5ECRB 5C04A 3F63A 4NMUA 3G7YA 2GTUA 5IMCA 1FW1A 1WWJA 2MMZA 2LUSA 3EYTA 1ABAA 1T3BA 2P5QA 4OO4A 1ZGNA 4MA9A 2PVOC 2EIQA 3KMOA 2B1KA 2VL2A 1U3AA 20GSA 1PKWA 2IMFA 3FY7A 1K3YA 4DEJA 1FB6A 4LA1A 2R4VA 2H8LA 3GTUB 2O85A 4Q5RA 3ZFBA 2LQOA 1E2YA 2H6ZA 1ZYEA 1HYUA 4BL7A 2X8GA 3D4TA 5ECMB 3W8JA 1SU9A 4WF5A 1G7OA 2VCWA 5G1LA 3QAGA 2C3QA 1XW5A 1CQHA 1O73A 3IHQA 3BD2A 2DJ2A 2IMDA 2NVLA 2H1DA 4MCUA 5G31A 2GVPA 2NBSA 3DVXA 6GSSA 2J9HA 4F9ZA 1GWCA 2LQQA 5HFKA 4O5RA 5IMAA 2VUPA 4IN0A 5HFIA 3G9BA 5B8AA 2GSTA 4KCEA 3FW2A 5F05A 1EP8A 3VLNA 1BEDA 3FKFA 1B4PA 5CO3A 2YNXA 1KEBA 3GSTA 1K0OA 1TDIA 1U3IA 1YQ1A 2PERA 4FO5A 4ECBA 1EZKA 4NV5A 1VF3A 4TN8A 1Z9HA 1VF2A 5JCWA 1R4WA 2HZEB 4IELA 3KH7A 2DJ1A 3KTLA 2O8VB 3Q18A 1SKWB 3IE3A 2GQLA 1IYHA 2H30A 2XC2A 3A5WA 1BYEA 5DJMA 4IP6A 3CYNA 4MH2A 1VGLA 4TXOB 3W8SA 2CX4A 5A4UA 5A4WA 1I5GA 3WYWA 4EVMA 3CTGA 1F37A 4CDOA 1H75A 4O32A 10GSA 2PN8A 3C71A 3VWUA 4I8BA 1R5AA 2FWHA 3D21A 2LEGA 1GTIA 1BQ7A 1GP1A 5JWQB 3L9UA 2H73A 1GLQA 3GSSA 2R3XA 4ML6A 1PD21 2PGTA 3HY2A 3FEUA 2FWGA 3HXSA 4F2IA 1ZL9A 3PR8A 5ECKB 2ZNMA 4G10A 1Y6EA 3KEBA 5B8BA 4TR3A 4HZ4A 1SD9A 3F9UA 4OFNA 3MAKA 5DDLA 5EPFA 3ZL5A 3CRTA 3UL3A 4L5OA 1TI3A 1F3AA 4GCIA 1PGTA 1TTZA 3DYRA 3QD9A 5INYA 2YWMA 3F3QA 5AISA 4NHWA 4GXZA 4PNGA 3FZ9A 2JL4A 2QC7A 4KDYA 3ERWA 1Z7PA 2L4QA 3VWVA 4RUVA 1K0CA 4OCEA 2WRTA 3HZ8A 2HSYA 4GRFA 2XPEA 3TKSC 2ON7A 2K8VA 4BWSA 1TKDB 3U6VA 2C3TA 1QUWA 2GQMA 4K0GA 17GSA 4JU5A 2VCZA 3ZZXA 2MZCA 4HQZA 2GZYA 2JZTA 4KE3A 4KUNA 1O8WA 2X8CA 4YH2A 3BJ5A 3M9KA 3VWXA 4HUAA 3DMLA 2MBTA 3HYPA 3IV4A 3MDKA 1PX6A 3ZITA 1EWXA 3C1RA 3DVWA 4K7OA 3GYKA 5H5QA 4AF2A 1KBNA 2LNTA 3LORA 1QMVA 4MP4A 1GUMA 4IVFA 2H71A 3ZMKA 1OC9A 1RW1A 4LL4B 4J56E 3BCIA 2I1UA 2K18A 3EVIA 4POMA 3N9JA 3TJJA 3GA4A 5F06A 5E4WA 2B5YA 4ZILA 4MJCA 3I6AA 1FVJA 1ZZYA 3CSJA 2PVQA 1USBA 1V2AA 5KN3A 2CVBA 1AC1A 5KEJA 1Z3EA 2PMTA 3KD0A 3GH9A 2YZHA 1FG4A 2B5XA 4MJEA 1G6WA 3LJRA 1XWCA 1Q98A 3DXBA 4TR1A 2V6KA 2WJUA 1WIKA 3A2XA 2KLXA 1V58A 3ZVJA 4FYBA 4N0ZA 2IMEA 2CA8A 2B6MA 3DEXA 3GKKA 4XS4B 1OC3A 3GHAA 3Q19A 1XWAA 2I81A 4FYCA 1GUKA 3HCZA 2EIOA 4TVEA 6GSUA 1MEKA 1MDIA 3WGXA 2EIRA 3KCMA 3UAPA 3WT2A 5F8BA 2AJQB 3SBCA 5AGYA 5ECQB 4K9ZA 3VI7A 2HLSA 4WETA 3H8QA 3M9JA 4ILFA 3I43A 4PXOA 1K0DA 2CZ2A 1EV9A 4JRRA 3TKSA 2GSSA 2C1YA 1T1VA 1M99A 3UBKA 3VWWA 2DBCA 5HR2A 5DAKB 2E2MA 2OBKA 3TDGA 2H19A 1DSBA 3GH6A 3HA9A 3EU4A 1H4OA 2HRFA 2M80A 2EC4A 5ELGA 5G30A 4I2TA 5F07A 3DWVA 2WCIA 3QFAC 5JCUA 2K9FA 1B9XC 1V57A 3UVHA 1TRWA 4MMMA 5AIXA 2AYTA 2H0GA 5D73A 3PGTA 3TGZA 1EP7A 2ON5A 5IMDA 2H70A 1YZXA 2IN3A 4L5LA 1KTEA 4V2NA 1YEXA 4OO5A 3RHCA 2DMLA 2OE1A 1A8LA 2AB6A 1A24A 4POBA 3H4KA 3E9JB 4PX1A 4K0NA 1M9AA 4QL7A 3UJ1A 1Z7RA 2TRCP 4HQSA 1IYIA 2P31A 3C1SA 1TW9A 3F6FA 2JSZA 4ZB6A 2JZRA 1SD8A 2H76A 2FWFA 1GSQA 1TP9A 2YOIA 3GRXA 3FR9A 2JU5A 1NW2A 1V98A 2FUG2 4D73A 1OC9B 4KSMA 1VRSD 3WGDA 1YF1A 2HSHA 4BPYA 2YJHA 3F4RA 2NPBA 2NTOA 3C73A 1GTUA 1GSFA 1J9BA 3FZ5A 4PQ1A 2PPTA 3RDWA 1MDJA 3UEMA 4MH3A 3FK8A 2VL9A 4WBRD 1ML6A 4MF6A 3KIJA 5IOWA 2FHEA 2H01A 4ML1A 3L0HA 3KP8A 3UOMA 2V41A 3CXGA 1SYRA 2AHEA 2L4CA 4KX4A 2VD0A 2CZ3A 3L78A 4DSSA 2E2GA 1Y25A 2FA4A 3ISOA 1AQVA 5CYYA 1M9BA 4WF4A 5HR1A 1QK8A 4WBJA 5F0GA 1K0BA 2AV4A 4MZBA 1M2AA 5A5KA 2WS2A 3LYKA 3D4MA 1EEMA 2DJ0A 1TRVA 4TXVA 4CHSA 2VCTA 1V9WA 4MF5A 5EL8A 5L71A 4HU7A 4MK3A 3LXTA 1EOHA 2GLRA 4DSRA 1OAZA 4OCFA 4MJAA 1QGVA 3J7Yk 4GQFA 5HQPA 1JZOA 1O81A 5HFGA 3DGQA 5CAXA 4IJIA 2C80A 1A2JA 2YV7A 4Q5FA 3HJOA 4I2UA 4X0XA 4ULXA 3GX0A 1X0RA 3IA1A 1OKDA 4EKZA 3TJFA 1ZMAA 2E0QA 2L5LA 5IMFA 5ECNB 4X1UA 3AY8A 4JZQA 2TRXA 4EC0A 4G2EA 4F82A 2L6CA 5H5RA 1JZWA 4ECJA 3H93A 1MTCA 1AW9A 2V2GA 3S9FA 3IXRA 4Q5QA 4DSQA 2OJLA 1Q4JA 4ZB8A 4PGTA 3Q6OA 3ZRDA 4N0VA 3FZ4A 4EDYA 1ACVA 3F3RA 3QFBC 3HVVA 1JZRA 4MZCA 1XOBA 5GSSA 4IJ3A 2REMA 4NHZA 1GH2A 5D96A 2FLSA 1X5CA 3LSZA 5EY6A 4MZWA 3TRXA 2VCQA 4PNFA 2KUCA 3TOUA 1YF0A 3ZVJD 5G2ZA 4GLTA 4WKWA 3TCOA 3US3A 4JR4A 3IAS2 3OR5A 3G7JA 3QOUA 1SL0B 3ZTLA 1XOAA 4N11A 1PL1A 3TJBA 1NHOA 1FHEA 2IPAA 4NV2A 4PQIA 4ZBBA 1TRSA 3RPPA 4P3YB 2CAQA 2H6XA 4KB3A 4IKHA 2F9SA 4KNDA 5IMZA 3EU3A 5D9VA 1N8JA 3CSHA 4AGSA 4ID0A 4D73B 3FR3A 18GSA 2A4VA 1SJ6A 1QQ2A 4OFTA 1KNGA 3KP9A 1AIUA 5J4UA 4GWRA 2C0GA 3H79A 2XBQA 2YZUA 2N5FA 3EE2A 5KN2A 2ES7A 1OVNA 2MBSA 1F2EA 5DCGA 3KMNA 2BJXA 1YKCA 4OFMA 3KXOA 1S3AA 5ELAA 2DIYA 2PU9C 4TW5A 1C72A 5CP1A 3PH9A 2LJRA 2H1AA 4GTUA 1TXXA 4V1Ag 2IL3A 4AJ8A 5HR0A 2LS5A 5CNWA 1B8XA 1K0MA 1W4VA 3UIWA 3M1GA 5IM9A 2YP6A 3MSZA 1GSYA 3TJKA 2CT6A 2LRNA 2TIRA 2ZUPA 2J23A 1SKSB 1G6YA 3VURA 1G0TA 2XBIA 2YJ7A 2GZPA 4E8HA 4KCAA 5AIVA 3C7MA 6GSYA 2YANA 4MDCA 4I6XA 2F8AA 1T4ZA 2LRCA 3CMIA 1EGRA 3TB2A 1XWBA 4AJ6A 1XCCA 3F4SA 3GKMA 2FA8A 1PA3A 5IQYA 2B7JA 4GSNA 4QL9A 1PMTA 1ON4A 2RUFA 1O6JA 5ECLB 1R26A 1TK5B 1DE1A 1WOUA 4TR0A 2L5OA 2H0IA 4HZ2A 2PUKC 3UVTA 4EO3A 2GT5A 1A0RP 3UMAA 2A2SA 2LTKA 3FZAA 2DJKA 3GMFA 1XVQA 4NPBA 1T7PB 5DALA 1DE2A 2HI7A 4F0BA 3O6TA 3DIEA 3GN3A 2GSQA 2M46A 4Q5NA 3HKRA 3EWLA 5JCGA 3F0IA 4HI7A 1EOGA 3HHVA 4H86A 5COHA 4N30A 4K6XA 1THOA 3O76A 4JEDA 3I9V2 3MWHA 3D22A 5CRHA 3GL5A 3BCKA 1FAAA 1YJ6A 3GIXA 4OMVA 1T4YA 3CRUA 4HDEA 2C0FA 4GSSA 4ACSA 1J08A 3H1NA 3LQ7A 4IHUA 5GAPD 2LSTA 4LMVA 3Q74A 1XXUA 1K0NA 4IQ1A 3SWLA 1XZOA 4YQUA 3EMPA 3KM6A 4V1Ap 3HJPA 4IW9A 1RK4A 3DD3A 1K3OA 2C4JA 4I97A 1NM3A 1WRYA 4K8MA 4YAPA 1X9WB 5D9XA 4PUAA 4N10A 1DBYA 2YWOA 2WFCA 4ZL8A 1MD4A 3D5JA 3IAM2 3GTUA 4BVXA 3V1WA 2N5AA 1EGOA 3LEFA 2OKAA 1M2BA 1SKRB 4LMWA 3TJGA 1A2LA 3P8WA 4ZBAA 2MMNA 2WULA 2OACA 3WT1A 4KSOA 4BWQA 5J5NA 2IMKA 5D8IA 4JBBA 4WEYA 3FYGA 2FWEA 4XS1A 4LLRA 5ECOB 1M7TA 3HD5A 3G7IA 1PRXA 1CQGA 5GSTA 2IFQA 4HS1A 4NAXA 5DCHA 1JZDA 3EMXA 1UVZA 2OE3A 1U87A 4AJ7A 4L0UA 2I4AA 5ENUA 4POKA 1XWGA 2GZZA 5JWRB 1ERUA 4V2LA 2L59A 2LNSA 1XFLA 5ECPB 22GSA 2O89A 2IWTA 4EE0A 1GSDA 1E6BA 5LD0A 4PUFC 3LGCA 2IMIA 2ZCTA 1K0AA 5D93A 1B4QA 2YCDA 1NSWA 5CRGA 1U88A 13GSA 4EDZA 2VLUA 5EVOA 1SK0A 1VF1A 4V2MA 4EUYA 12GSA 1M0UA 5ID2A 2B5EA 1B9YC 3F8UA 2HZEA 2MMOA 2YWNA 5ABRA 3IRAA 1N2AA 2H66A 1BG5A 4F0CA 2JADA 4WR4A 3FR6A 3GFKA 5J3RA 4MLYA 1A8YA 1HNCA 1TJDA 9GSSA 4NXIA 4KDUA 3O3TA 3UARA 3PINA 2CAIA 1TK0B 2YN1A 5ECSA 4NWYA 4O7HA 4TXOA 2YPMA 4IQAA 5CRDA 4ZB9A 1VF4A 2CV4A 4XRDA 2G2QA 3A2VA 2AAWA 2VIMA 5IPHA 3WGEA 4KW6A 1QFNA 3ZMLA 2RIIA 2VAFA 3C8EA 1WJKA 2B7KA 3VPQA 2A2RA 4RI7A 3HVSA 1SJIA 4J57E 4K2DA 4IP1A 3CBUA 1O7UA 1FOVA 1U6TA 1FO5A 4K7IA 5D9WA 4TR1B 2BTOT 4F03A 2G0FA 4PQHA 4XTSA 5KN1A 2L6DA 2P5RA 1MD3A 4IBPA 1GLPA 3LXZA 3TKQA 4IGJA 4MPFA 2VL3A 3APSA 3M3MA 3D0ZA 1JFUA 4ZBDA 5IMVA 1YY7A 2X99A 1LU4A 1BAYA 2KP2A 1M2DA 1XIYA 3RPNA 3ZYWA 5IPGA 2VM1A 5H5SA 2MMAA 1AAZA 3IK7A 3RBTA 2V32A 2FGXA 1GNWA 2LRTA 2IFQB 2I3YA 3ZIVA 2WDUA 4MPGA 5E59A 4OD7A 4HU9A 5B6MA 2GQKA 1W89A 3M0FA 3I69A 1ZOFA 1GNEA 1TI1A 7GSSA 1OE8A 5KN0A 2H1GA 3R2QA 2YV9A 1GL8A 2C3NA 2VM2A 3A2WA 3QR6A 3ED3A 4YQVA 3IOSA 4K1FA 4RQRA 1AQWA 2DC5A 1GTAA 3NIVA 1TU7A 2FCHA 2K6VA 2N5BA 5A4VA 1GULA 3VFIA 2RUEA 4GQCA 2WGRA 3TKPA 4K7NA 3ME7A 3IPZA 3P7XA 5C00A 1HD2A 3HJMA 3KTBA 2CQ9A 1WPIA 1YDKA 2GGTA 3BOAA 5ID2B 4G19A 1SENA 1TK8B 2DJ3A 2DIZA 3TRPA 2NDOA 4RI6A 2LKUA 4ZL7A 3E3EA 2HE3A 2GSRA 3GX8A 2IJYA 4KGIA 3WD6A 3ERGA 1X9SB 2XHFA 1XVWA 4ZL9A 3TKRA 4KAEA 2F51A 4XS6A 1V40A 1OKTA 4G9HA 1THXA 1F6MC 3HDCA 1WMJA 2O7KA 4XCSA 1LJRA 2MYGA 2X64A 4MF7A 1JLVA 1BJXA 2I9HA 3ZIJA 1O8XA 4TKYA 4CW9A 4MJBA 4HJ2A 1X5DA 3APOA 5DQSA 4LL1B 3IK9A 3QCPA 4EL1A 3F6DA 4OWYA 2VCXA 2KHPA 2R5GA 4JE1A 5J9CA 1SK1A 3M8NA 4JR6A 2KOKA 3KGKA 2D2ZA 1UN2A 5CRWA 4FIWA 3VPTA 3QAVA 3IDVA 5G5FA 4XS4A 4FH8A 1LBKA 4DSSB 5ECIB 4HEA2 1HQOA 3EINA 4YQMA 1FVKA 4ZIJA 4XHMA 1G7EA 5LCZA 5DVBA 1SK2A 3KH9A 4EF0A 2L57A 3LWAA 4PURA 4RQXA 3IR4A 1TRUA 2H6YA 2QKEA 3BBYA 2DJJA 1R7HA 3QAWA 3QDNA 1PL2A 1DUGA 14GSA 4ISDA 1AUCA 4TOPA 1TOFA 1UC7A 2QSIA 1SL1B 4HOJA 4J2FA 5DAKA 1Z6MA 2C8UA 2BMXA 3ME8A 3P2AA 3F4TA 3GKXA 4I5QA 1SJZA 2C0EA 4O92A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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