5GAND

The overall structure of the yeast spliceosomal u4/u6.u5 tri-snrnp at 3.7 angstrom
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
140
structure length
140
Chain Sequence
ASVLLPQLRTGWHVDQAIVTETKRLVVIRFGRKNDRQCMIMDELLSSIAERVRNFAVIYLCDIDEVSDFDEMYELTDPMTVMFFYHNKHMMCDFGTGNNNKLNFIVDDKQEMIDILETIFRGARKNKGLVVSPYDYNHKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords U4 snRNA
publication title Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb
total genus 37
structure length 140
sequence length 140
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF02966 DIM1 Mitosis protein DIM1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5ganD00
4ZIJA 4WETA 1OE8A 4N10A 4FIWA 5AN1A 3FRCA 3EWLA 3CSJA 3L9VA 1Q4JA 1ZYQB 1B9XC 4NWYA 3TJBA 2OACA 1H4OA 4LLRA 2GQLA 1DSBA 3KMNA 2VCWA 5CRDA 3U6VA 2DBCA 4POLA 2VM1A 1Z3EA 4NAXA 1FB0A 3SBCA 4V2NA 4O7HA 1EOGA 2GT6A 2QGVA 5H5SA 3RDWA 3F9UA 4K8MA 2FWHA 2WFCA 2BMXA 5EL8A 1MTCA 1XW6A 5CO3A 3CRUA 1HNCA 4JE1A 2DLXA 1I5GA 1AQXA 2FWFA 2IMIA 1R4WA 3UEMA 4GXZA 4TR0A 4N30A 1HD2A 3FK8A 4XS4B 2NTOA 2OJLA 3DWVA 2H71A 1ERVA 2NVLA 4BVXA 3VWUA 2OE0A 3LSZA 4MF7A 4KH7A 3F3QA 3A2XA 2FCHA 1LJRA 3P8WA 4MCUA 6GSXA 1V58A 3HA9A 1GSFA 4ZB6A 1YKCA 1GH2A 1N2AA 3WGDA 2FGXA 4IN0A 1GTBA 1Z6MA 3I6AA 2WULA 3E9JB 4BPYA 3TKRA 2MMZA 6GSSA 1OKDA 2B5EA 2L6CA 4NV5A 2C80A 1HNBA 4HI7A 2H6YA 1AXDA 5INYA 1MDIA 1K0CA 4KCAA 4EVMA 2TRXA 4DSSB 1G6WA 2RIIA 1K3YA 4HOJA 2GSRA 1FVKA 1N8JA 3QAWA 4N0VA 4L5OA 2VUPA 4HDEA 1PQNA 3GYKA 4MP4A 2JSZA 3DEXA 1S3DA 3MAKA 3LYKA 3O6TA 1PX7A 4G9HA 1URMA 3MDKA 2C0DA 1A8LA 4AJ8A 3IE3A 2HT9A 1X5CA 1U88A 1XWKA 2DJKA 10GSA 4HZ4A 5FT3A 3BCKA 2ZNMA 5H5QA 3ZITA 3VLNA 1S3CA 1AAZA 3L78A 4RI7A 4K6XA 3CXGA 3RHCA 5A5KA 1WWJA 1GUMA 2FNOA 1Y25A 1UN2A 3TCOA 1SYXA 5DCGA 2VCXA 5D73A 5D93A 3KP9A 3D4TA 4ACSA 3RBTA 4XCSA 4CDOA 4TN8A 1FO5A 5DCHA 2FY6A 2B7KA 3HYPA 1M0UA 5GSSA 2FD3A 2RM6A 3UOMA 2HZEB 4RQXA 1BX9A 1ON4A 3FZAA 4WBJA 2LSTA 3QAVA 1A23A 2IFQA 2BTOT 5IM9A 3DVWA 3HD5A 2GT5A 3CSHA 3M0FA 5D9VA 5DAKB 4Q5QA 1Z9HA 2LRNA 5KN1A 5IQYA 2O8VB 4WXTA 4E8EA 3VI7A 1CQGA 3ME8A 4OFNA 3DIEA 4DSQA 5IO2A 3GSTA 1AQWA 4KX4A 4ZB9A 3ERGA 4F0BA 1OE7A 3DD3A 4J2FA 1VF3A 1XZOA 3UVHA 4POKA 1WE0A 5HFGA 2DMLA 4K2DA 2VLTA 1YF1A 1DUGA 2CVKA 4HEA2 2LRTA 4MABA 2X99A 1IYIA 2NBSA 1M9BA 2NPBA 2O85A 1OAZA 3ZIVA 3L9UA 2P5QA 2WRTA 5DALA 2PVOC 5E4WA 3CYNA 3GKNA 2H1BA 4DVCA 3FZ4A 3IHQA 3P7XA 5G5EA 4XRDA 1SK0A 2LEGA 5CRGA 4OFMA 2KOKA 5IOXA 1GRXA 1R5AA 3Q18A 3M1GA 1XFLA 2VD1A 1GSEA 2AYTA 1TW9A 3JCML 1OC9B 2VL2C 1RQMA 2C1YA 2LS5A 2LJKA 3HHVA 4BL7A 1WIKA 1JFUA 2FUG2 3HXSA 1FB6A 2VCVA 2VO4A 2YJ7A 2M80A 5GSTA 2P5RA 1GWCA 2VLVA 3GTUB 3UBLA 2B5XA 4POMA 2YN1A 3VFIA 2IJYA 3ZVJD 2RM5A 2PMTA 5ENUA 2MMNA 5DQYA 4XS6A 4ZBBA 3CTFA 4AF2A 5JWQB 3WT2A 1YZXA 3CBUA 2Z9SA 3EYTA 3RPPA 1WRYA 5ABRA 3UAPA 6GSTA 2VCQA 3KCMA 3ZIJA 1H75A 2JZRA 1TRVA 4MPGA 1E6BA 3D21A 5AIXA 2LTKA 1OKTA 3BBYA 4E8HA 1JZWA 2IWTA 1ST9A 1SKSB 2MBSA 3ISOA 2YJHA 5HR0A 2CZ3A 3PINA 1C72A 1F37A 3TRPA 2OE3A 4X0XA 4ZBDA 2CVDA 2E7PA 5A4VA 1A2JA 1EEMA 2GZYA 3KZQA 5F0GA 16GSA 5G30A 1J0FA 5A4WA 1QQ2A 1DBYA 1BYEA 2OBIA 3L9SA 1PX6A 1V2AA 1R5PA 3LGCA 2ZCTA 2M72A 5A4UA 1MD3A 4O92A 4WBRD 3ZL5A 4RUVA 1EV4A 2OKAA 6GSYA 1MDKA 2H6ZA 1TK5B 3TDGA 2B6MA 4I2TA 4EF0A 5JCWA 5IMDA 1PRXA 2EC4A 4KUNA 2RLIA 4JR6A 1THXA 4YQUA 3KTBA 2G2QA 2IL3A 5CRHA 1EWXA 1YEPA 4GLTA 1U3AA 2C0GA 1TK8B 1SD8A 4XTSA 3VWWA 3IV4A 1ZMAA 2GQMA 5DQSA 2H70A 2J23A 3R2QA 4XS1A 2HI7A 2PWJA 3G7JA 3UVTA 1SK1A 1YF0A 5JCUA 4JEDA 1EEJA 1AUCA 1PKZA 2F8AA 4XHMA 2FWGA 2NDOA 2HE3A 8GSSA 1V40A 4MH2A 3AY8A 4YAPA 2PERA 2R3XA 4AJ7A 5ECNB 3VPTA 1M2DA 1PL2A 3W8JA 5DJMA 6GSWA 2CA8A 5IPHA 14GSA 4IS0A 2WDUA 4F82A 1X5DA 3FR3A 2AV4A 5IO0A 1GP1A 5JWOB 1GLQA 4IVFA 1ERTA 1KTEA 1SK2A 5F06A 2EIOA 1PSQA 4J56E 3IC4A 5ECRB 2OBKA 4PQ1A 4FYBA 3EINA 1T7PB 4GSSA 2H66A 3BD2A 4NHWA 1GNWA 17GSA 1X9MB 5HR1A 5HFKA 1XOBA 3EE2A 3WGEA 4D73A 4WR5A 1EV9A 4OFTA 4WKWA 1EZKA 3GN3A 1Q98A 1TI3A 5ID2A 4ID0A 2CAQA 4X43A 2QSIA 4DSRA 4IW9A 3DGQA 1T1VA 1PN9A 1QK8A 3QMXA 2DJJA 3A2VA 1KEBA 4RQRA 1JZOA 3LWAA 2IN3A 4WR4A 3NIVA 1X5EA 4H86A 1LBKA 3IR4A 2OADA 1ERUA 1JLVA 1TDIA 1YKAA 1K0BA 3CMIA 4TOPA 2A4VA 3GSSA 3G7YA 3KTLA 3ZLPA 2F8FA 3ZFLA 4MJBA 1J9BA 2CAIA 1SL1B 4N0ZA 5ECSA 4TXOA 1GTUA 2N5FA 2F51A 2DIYA 3GRXA 1JLWA 1F3BA 4KAEA 2D2ZA 2WJUA 4I5QA 1A0RP 1A0FA 2JL4A 4WF5A 4WF4A 3HY2A 1M99A 2XBQA 3RHBA 5L71A 4FYUA 1U6TA 2CQ9A 1TOFA 3LJRA 2ON5A 2GQKA 5J9BA 1XVWA 5GZZB 2LRCA 1K3LA 2H6XA 2JZSA 2KLXA 3LXTA 3UL3A 2BJXA 2AUVA 3LEFA 1WP0A 1GSDA 4MA9A 1UA5A 3DVXA 4JZQA 1GUHA 3WT1A 5ECKB 3G7IA 1K0NA 4LL4B 2C3TA 3DRNA 5GAPD 1G6YA 2AAWA 2IFQB 1XVQA 1R7HA 1USBA 4ECJA 1A2MA 4MMMA 4EL1A 2VCTA 5CRWA 4LA1A 3I9V2 2K9FA 5D96A 2DJ1A 2LJAA 2G0FA 3GKMA 1TRWA 3F6FA 3FR6A 4NMUA 3KH9A 4J57E 4QL7A 1Z7RA 3APOA 12GSA 4KNDA 3NZNA 4PGTA 1SYRA 1RW1A 5B8BA 1QXHA 2LNTA 5ECIB 6GSVA 2PPTA 3D22A 4AGSA 5HQPA 2R5GA 1DE1A 2HZFA 1HNAA 3GIXA 4MJAA 2TIRA 1SL2B 2H73A 3ZFBA 1YDKA 3TKSE 3FR9A 5G1KA 5DALB 1B48A 1EOHA 3W6GA 4TW5A 3C73A 2H19A 3Q74A 5CP1A 3TGZA 1O73A 2GZPA 5KEJA 4GQCA 1W4VA 2VL2A 2B7JA 2E2GA 2MBTA 4AJ6A 4K7NA 5D8IA 2YOIA 1FG4A 5DBQA 3VWXA 3WGXA 1VRSD 3QFAC 4KDYA 3QPMA 3C1RA 2HXKA 3M9KA 4KSMA 3BJ5A 5IMAA 1TRUA 3DKSA 5EVOA 3IAS2 2FA4A 3MWHA 5CREA 1DE2A 1WOUA 4K0NA 3KH7A 3FY7A 1GSUA 4NXIA 3GKKA 5ECPB 2I81A 3UBKA 19GSA 3C1SA 5EY6A 4ML1A 1F6MC 1YEXA 4O5RA 4IP6A 2GS3A 4I2UA 3NOFA 2H0HA 4HUAA 1XW5A 2YANA 2FLSA 2V41A 4G19A 2L59A 1SD9A 2DMMA 3GX0A 4LMWA 4YQVA 4L8EA 4HQZA 3WYWA 5D9WA 5ELGA 3ED3A 1XWAA 4HJ2A 1XWGA 1XWBA 4L0WA 1EP7A 4K0GA 2QC7A 3N5OA 3VK9A 3S9FA 3FHKA 1E2YA 3IBHA 1OC8A 3TKSC 2GZZA 4MH3A 4F03A 1EGRA 4TKYA 3HCZA 4PXOA 2PN8A 2WS2A 1ZGNA 2FA8A 4MZWA 2HSHA 2PVQA 5DJLA 2KHPA 4CHSA 4EDZA 2OE1A 4K7OA 2ON7A 4WEYA 1M7TA 1F2EA 4NPBA 2K8VA 3LORA 2R37A 3LQ7A 1XXUA 2H0IA 1FOVA 2IPAA 2C3QA 5J3RA 1O6JA 2KP1A 4RI6A 2X8GA 2CZ2A 5JWRB 2CT6A 5EPFA 3QOUA 1AQVA 1JZDA 3C71A 4GWRA 1B8XA 4IQ1A 1XWCA 2R4VA 4YQMA 4ECBA 4EO3A 1SJ6A 1B4QA 2YNXA 3M8NA 3EC3A 4V2LA 1J08A 1EP8A 2GGTA 3KGKA 3FEUA 2MMAA 1GTIA 5B7CA 2GSQA 3CTGA 4MF5A 3I69A 1K0AA 2C0EA 2LV3A 2VLUA 4V1Ag 3GL5A 2FHEA 5IOWA 4PNGA 1A24A 3UMAA 3L0HA 1NHOA 2HRNA 2JU5A 4OD7A 3UJ1A 1Z7PA 2ZUPA 4F9ZA 4GTUA 1ABAA 1O8WA 2K6VA 3KM6A 3FZ5A 3KJYA 1TP9A 4IJ3A 5COHA 2V1MA 2GDRA 2IIYA 2YWNA 1AIUA 5ECQB 2TRCP 3F0IA 2C3NA 3N9JA 5IMVA 1ZCPA 4X1UA 1ZZYA 2VAFA 3M9JA 5G1LA 2JACA 5CAXA 2I9HA 2IMDA 1G7EA 5DDLA 4L5LA 3FKFA 3WD6A 4MK3A 1V57A 2PU9C 2ES7A 2V2GA 5F05A 2PBJA 1NSWA 2DJ0A 4GF0A 1HYUA 1BAYA 2GLRA 1TJDA 5AIVA 4D73B 5E59A 4KDXA 3GMFA 3IXRA 1WMJA 4ISDA 4P3YB 2L5LA 3IK9A 4IQAA 2M46A 1U3IA 5ID2B 2VD0A 5AISA 2DJ3A 2HSYA 4HJMA 5B6NA 5IPGA 3RPNA 1GL8A 3HJOA 1SU9A 2GSSA 2HLSA 4ULXA 2WB9A 1QUWA 5IMFA 3MSZA 4LMVA 1BQ7A 1TK0B 3J7Yb 2L4QA 1JHBA 1S3AA 3KIJA 4PUAA 2B1KA 6GSUA 4ILFA 3H79A 3TUEA 3DMLA 3HVSA 1ZYEA 4IJIA 4XRAA 4EDYA 1BG5A 5KN2A 2A2SA 1KBNA 3EMXA 1K3OA 4FO5A 3GKXA 3F3RA 1O8XA 4I8BA 4TXOB 20GSA 5G5FA 1QFNA 2I3YA 5HR2A 4FYCA 4BWSA 1T4YA 5CNWA 4IP1A 1JZRA 4V1Ap 3LYPA 2QKEA 5C04A 1XBSA 1QGVA 2L4CA 3IA1A 5CYYA 4BVYA 3VI5A 3F63A 1PL1A 3RAZA 2O87A 3TKPA 4ECIA 5HR3A 2H1GA 1BEDA 1A8YA 2V32A 2EIQA 3TOUA 1EGOA 2X8CA 4F0CA 5D9XA 5J4UA 3CSIA 4Z7XA 3DYRA 3F8UA 5LCZA 4TR1A 4JRRA 1YY7A 1B9YC 3GHAA 2J9HA 3Q6OA 3QDNA 3Q19A 4POBA 9GSSA 1ZOFA 4TR4A 1X9SB 1K0DA 2N5BA 2H74A 2C8UA 4PQHA 4TR3A 3GURA 3HJPA 2R2JA 4IKHA 5C00A 3E0UA 1PMTA 3H1NA 2WCIA 1TI1A 5G31A 1O7UA 1SKWB 3ZRDA 3TRQA 1SJZA 3C8EA 4KCEA 4F2IA 4IHUA 3EU4A 4JU5A 5FWGA 1ILOA 1GUKA 2F3MA 2JSYA 3J7Yk 3A3TA 1FAAA 3TOTA 2P31A 2VL3A 4ZBAA 2XPEA 3GH9A 5ELAA 2O89A 3TJJA 3FW2A 3FYGA 3EURA 2E0QA 4I6XA 3ERWA 4G10A 3HDCA 3O76A 2XPDA 2VIMA 4IGJA 1PGTA 4QL9A 4KW6A 4HS1A 2MMOA 11GSA 2HNLA 1FHEA 1VF1A 3UARA 4YH2A 2CVBA 3MNGA 3F4TA 4LL1B 2VCZA 3H4KA 5IIZA 2X64A 3G9BA 2DJ2A 1AW9A 1QMVA 1NHYA 5KN0A 3GA4A 2YPMA 3QAGA 2O7KA 4ZB8A 1O85A 5J5NA 2YCDA 4PQIA 1PA3A 2H1DA 3IAM2 4BA7A 5ECMB 4BWQA 4TVEA 3ERFA 4K9ZA 2V6KA 3V1WA 1ZL9A 3HJMA 4FH8A 1YJ6A 4GSNA 1IYHA 3C7MA 5B6MA 1PD21 4XS4A 2DC5A 2GTUA 2K8SA 1SJIA 3IDVA 5FHIA 4GSTA 4EUYA 1G7OA 2GSTA 3QD9A 3ZVJA 1T3BA 3IPZA 3QR6A 4Q5FA 3ZTLA 2IMEA 5F8BA 1GNEA 1CQHA 1TU7A 3EMPA 4DEJA 4O32A 1Z6NA 2IMFA 2HYXA 5G2ZA 1TU8A 2HFDA 2DIZA 4MJEA 3KMOA 4MZCA 1TTZA 1K0OA 1RK4A 2CV4A 4ML6A 1UVZA 4PUFC 2LNSA 2HRFA 2LJRA 3U5RE 4ECCA 4JR4A 3TKSA 3LXZA 5IMZA 4ZILA 1B4PA 4DSSA 3HVVA 1AC1A 3FZ9A 2B5YA 2OA7A 1V9WA 1TRSA 5KN3A 3BCIA 1VGLA 3OR5A 2ALBA 3W8SA 1UC7A 2KP2A 2LQOA 1GSSA 4EE0A 4EKZA 1XCCA 1R26A 2VL9A 4KGIA 1M2AA 3P90A 2AB6A 4NHZA 4Q5NA 2K18A 1SL0B 1O81A 2N5AA 4HU9A 3SWLA 3D0ZA 3GUSA 2YZHA 3GFKA 5ECOB 5F07A 3ZREA 2IMKA 2H76A 4K7IA 1SENA 1KNGA 1WJKA 3GL3A 2L57A 3E3EA 3KEBA 3F4RA 3QFBC 2V6OA 3IOSA 4Q5RA 3TKQA 1G0TA 1I9DA 5GAND 1GTAA 1X0RA 1OC3A 3D6IA 3EU3A 4OO5A 4EXJA 1F9MA 2HZEA 2LUSA 2KUCA 3HZ8A 2MZCA 1VF4A 4KE3A 3TJGA 5D9TA 4KA0A 2H0GA 2P0GA 5LNKe 1GULA 5DAKA 1T4ZA 1MDJA 1FW1A 2FWEA 2JADA 4GRFA 2RUEA 2YZUA 3DXBA 4MZBA 2H1AA 4TRXA 2VOCA 3O3TA 2E2MA 1OVNA 2REMA 4GCIA 3HKRA 3CRTA 4MJCA 2X8HA 1FVJA 4K1FA 2CX4A 3K8NA 3H93A 3L4NA 3I43A 1W89A 1XW9A 2H75A 5AGYA 4KDUA 2YWOA 2PGTA 2R6KA 1SKRB 2C4JA 3APSA 4EC0A 1GSYA 1BJXA 2B3SA 3GNJA 4ZL9A 1ERWA 3KD0A 4OCEA 4QQ7A 2RUFA 3LG6A 3M3MA 1HQOA 5J9CA 5ECHB 2B1LA 3IRAA 1WPIA 3ME7A 1V98A 3EVIA 1XIYA 4KSOA 2YP6A 5J41A 1TXXA 1X9WB 1OC9A 1ACVA 3UIWA 3TJFA 2LKUA 2JZTA 4MDCA 1GLPA 2AHEA 3GV1A 4IBPA 3VURA 1Z5YE 4YAVA 7GSSA 1PKWA 4N11A 3GX8A 1ML6A 3KXOA 2XBIA 2MYGA 5IMCA 4KB3A 4JBBA 3VPQA 1A2LA 3PH9A 3GTUA 4HQSA 3GH6A 4G2EA 3ZZXA 2YWMA 3QCPA 3US3A 3BOAA 3ZMLA 2H01A 4OO4A 13GSA 2I4AA 2DSAA 3PGTA 4OCFA 1MEKA 4HU7A 2I1UA 1NW2A 1GSQA 5H5RA 4MLYA 1YQ1A 2VM2A 2XC2A 5HFIA 4IELA 2L5OA 1VF2A 1THOA 2EIRA 4HZ2A 4PX1A 4PURA 2H72A 3A2WA 4CW9A 1M2BA 5ECLB 4TXVA 4V2MA 3VWVA 4TR1B 2YV9A 18GSA 2WGRA 4OMVA 22GSA 4MF6A 5LD0A 4NV2A 2XHFA 1XPVA 1TKDB 3A5WA 1T8EB 4ZXGA 1K0MA 1U87A 3IK7A 3PR8A 2H30A 5B8AA 3D4MA 3LFLA 3D5JA 5JCGA 1Y6EA 1T00A 3APQA 1XOAA 3P2AA 2C0FA 1MD4A 2WZ9A 2LQQA 2H8LA 1M9AA 3TJKA 2PUKC 2AJQB 2F9SA 1F3AA 3F6DA 4ZL8A 1OYJA 4MPFA 3KP8A 3ZYWA 4GQFA 5DVBA 2YWIA 4ZL7A 3HZ4A 3HVXA 4PNFA 1NM3A 2L6DA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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