The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
135
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structure length |
134
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Chain Sequence |
MDIITKMQVDVPRETVFEAFVDPEKIGGFWFSSSSERWEQGKTITLRYEEYDALNINIERVEDNQLIAFTWGAHPITIQFEESEAGTVVTTTEKDFDTQDVKQLLGQKEGWVYMLSCLKVYLEHGVTIRAAILL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray crystal structure of the protein SSP2350 from Staphylococcus saprophyticus, Northeast structural genomics consortium target SyR116
rcsb |
| molecule keywords |
uncharacterized protein
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| molecule tags |
Structure genomics, unknown function
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| source organism |
Staphylococcus saprophyticus subsp. saprophyticus
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| total genus |
33
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| structure length |
134
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| sequence length |
135
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-12-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08327 | AHSA1 | Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 | Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Q3Q A; 1T27 A; 1TW0 A; 3KAZ A; 4IGY A; 2I9Y A; 2QPV A; 4A8V A; 4R7K A; 2E3P A; 3Q64 A; 2GKD A; 2NS9 A; 4LG5 A; 1VJH A; 1JSS A; 5C9Y A; 4BTZ A; 3KDH A; 4A85 A; 1XDF A; 2LAK A; 4JHI A; 4A88 A; 1IFV A; 1T17 A; 1LLT A; 2VQ5 A; 3H3S A; 4IHR A; 3OH8 A; 4IGV A; 4MA6 A; 4REJ A; 3P51 A; 4IH0 A; 4QIP A; 4Y31 A; 4BKC A; 2K7H A; 5BRL A; 2VNE A; 2FLH A; 3UQH A; 4A84 A; 5JO1 A; 1XN6 A; 3TVR A; 3H3R A; 3JRQ B; 4IGX A; 4OIC A; 4C94 A; 3NJO A; 4MNS A; 1BTV A; 1FSK A; 2E3M A; 3KLX A; 1LN3 A; 2N4A A; 2LDK A; 3QN1 A; 4JHH A; 5I9J A; 4A80 A; 5JNN A; 3H3T A; 2LIO A; 3K90 A; 1Z94 A; 3CNW A; 3ELI A; 1X53 A; 2M89 A; 3Q63 A; 4LGB A; 5E4M A; 2D4R A; 3R6P A; 2MOU A; 3OTL A; 4XRW A; 4Z3L A; 3IJT A; 2E3R A; 2KCZ A; 1E09 A; 2E3O A; 5E4B A; 5JO2 A; 3TVQ A; 3P0L A; 3TFZ A; 4JDA A; 3RT2 A; 3KDJ A; 2KEW A; 4IGW A; 2LEQ A; 2N4B A; 4JDL A; 3PU2 A; 2LF2 A; 4WVO A; 3UJL A; 3RD6 A; 3NS2 A; 5E46 A; 4C9C A; 2BK0 A; 3OQU A; 1LN1 A; 1BV1 A; 5AMW A; 3F08 A; 3GGN A; 4A87 A; 3NEG A; 3OJI A; 3ZVU A; 2LGH A; 2LE1 A; 3KB0 A; 4A81 A; 3W9K A; 4B9R A; 2LPX A; 1H2O A; 4IH2 A; 3NMN A; 2IL5 A; 2KTE A; 4A8G A; 2K5G A; 3Q6A A; 4GY9 A; 3JRS A; 2L8O A; 3TL1 A; 4DSB A; 2KF2 A; 2RES A; 1ICX A; 3K3K A; 3PUT A; 2L9P A; 4N3E A; 3RT0 C; 4LGA A; 4REI A; 3C0V A; 2R55 A; 3E85 A; 2EJX A; 2LUZ A; 4A86 A; 4C9I A; 4BKD A; 2Z9Z A; 3NMP A; 5I8F A; 4DSC A; 4M9B A; 2WQL A; 4FPW A; 4MAP A; 3NEF A; 3KL1 A; 4REH A; 1XFS A; 3NJ0 A; 2REZ A; 2E3Q A; 1XUV A; 2A1L A; 3KDI A; 2QIM A; 1QMR A; 2FFS A; 5E4D A; 4N0G C; 3NMH A; 3NR4 A; 4JHG A; 2RER A; 1LN2 A; 4BK7 A; 2PCS A; 1EM2 A; 4DS8 A; 1TXC A; 2NN5 A; 3IE5 A; 4M9W A; 4Q0K A; 2PSO A; 1B6F A; 2M47 A; 3KB3 A; 3KAY A; 4RYV A; 1XN5 A; 4A83 A; 3NMT A; 4XRT A; 3FO5 A; 3WG8 A; 4LA7 A; 3P9V A; 4BK6 A; 3W9R A; 3UID A; 3QSZ A; 1ZXF A; 2LCG A; 1UW5 A; 2E3N A; 3H3Q A; 2L65 A; 3NJ1 A; 2E3S A; 1KCM A; 2Z9Y A; 1FM4 A; 3NI8 A; 3NMV A; 4PSB A; 4A8U A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Q3Q A; 1T27 A; 1TW0 A; 3KAZ A; 4IGY A; 2I9Y A; 2QPV A; 4QDC A; 4A8V A; 4R7K A; 2E3P A; 3Q64 A; 4QDD A; 2NS9 A; 2LAF A; 4LG5 A; 2GKD A; 1VJH A; 1JSS A; 5C9Y A; 4BTZ A; 3KDH A; 4A85 A; 1XDF A; 2LAK A; 4JHI A; 4A88 A; 1IFV A; 1T17 A; 1LLT A; 2VQ5 A; 3GOB A; 3H3S A; 3OH8 A; 4IHR A; 4IGV A; 4MA6 A; 3P51 A; 4IH0 A; 4QIP A; 4Y31 A; 3HM9 A; 4BKC A; 3NQN A; 2K7H A; 3HVR A; 5BRL A; 2VNE A; 2FLH A; 4QDF A; 3UQH A; 4A84 A; 5JO1 A; 1XN6 A; 3TVR A; 3H3R A; 3JRQ B; 4IGX A; 3F73 A; 4OIC A; 4C94 A; 3NJO A; 4MNS A; 3HXM A; 1FSK A; 2E3M A; 3KLX A; 1LN3 A; 2N4A A; 2LDK A; 3QN1 A; 4JHH A; 5I9J A; 4A80 A; 5JNN A; 3H3T A; 2LIO A; 3K90 A; 1Z94 A; 3CNW A; 4QCK A; 3DLH A; 3ELI A; 1X53 A; 2M89 A; 3Q63 A; 4LGB A; 5E4M A; 3HJF A; 2D4R A; 3R6P A; 2MOU A; 3OTL A; 4XRW A; 4Z3L A; 3IJT A; 2E3R A; 2KCZ A; 1E09 A; 3GB4 A; 2E3O A; 5E4B A; 5JO2 A; 3TVQ A; 3P0L A; 3TFZ A; 4JDA A; 3RT2 A; 3KDJ A; 2KEW A; 4IGW A; 2LEQ A; 2N4B A; 4JDL A; 3PU2 A; 2LF2 A; 4WVO A; 3UJL A; 3RD6 A; 3NS2 A; 5E46 A; 4C9C A; 2BK0 A; 3OQU A; 1LN1 A; 4JHY A; 3GTS A; 1BV1 A; 5AMW A; 3F08 A; 3GGN A; 5EKQ C; 4N41 A; 4A87 A; 3NEG A; 3OJI A; 3HO1 A; 3ZVU A; 2LGH A; 2LE1 A; 3KB0 A; 4A81 A; 3W9K A; 4B9R A; 2LPX A; 1H2O A; 4IH2 A; 3NMN A; 2IL5 A; 2KTE A; 4A8G A; 2K5G A; 3Q6A A; 4GY9 A; 3JRS A; 2L8O A; 3TL1 A; 4DSB A; 3GKE A; 2KF2 A; 2RES A; 1ICX A; 3K3K A; 3PUT A; 2L9P A; 4N3E A; 3RT0 C; 4LGA A; 4REI A; 3C0V A; 2R55 A; 3E85 A; 2EJX A; 2LUZ A; 4A86 A; 4C9I A; 4BKD A; 2Z9Z A; 3NMP A; 5I8F A; 3TGO C; 4DSC A; 4M9B A; 2WQL A; 4FPW A; 4MAP A; 3NEF A; 3KL1 A; 4REH A; 1BTV A; 1XFS A; 3NJ0 A; 2REZ A; 2E3Q A; 1XUV A; 2A1L A; 3KDI A; 2QIM A; 1QMR A; 2FFS A; 5E4D A; 4N47 A; 4NCA A; 4N0G C; 2ZYL A; 3NMH A; 3NR4 A; 4JHG A; 2RER A; 1LN2 A; 4BK7 A; 2PCS A; 3GL0 A; 1EM2 A; 4DS8 A; 1TXC A; 2NN5 A; 3GL2 A; 3IE5 A; 4M9W A; 2YH6 A; 4Q0K A; 2PSO A; 1B6F A; 4KPY A; 2M47 A; 3KB3 A; 4QDF B; 3KAY A; 4RYV A; 1XN5 A; 4A83 A; 3DLB A; 3NMT A; 4XRT A; 3FO5 A; 3WG8 A; 4LA7 A; 3P9V A; 4N76 A; 4BK6 A; 3W9R A; 3UID A; 3HK2 A; 3QSZ A; 4E6F A; 1ZXF A; 2LCG A; 1UW5 A; 2E3N A; 4NCB A; 3H3Q A; 2L65 A; 3NJ1 A; 2E3S A; 1KCM A; 3GTE A; 4REJ A; 2Z9Y A; 1FM4 A; 3NI8 A; 3NMV A; 4PSB A; 4A8U A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2Q3Q A; 1T27 A; 1TW0 A; 3KAZ A; 4IGY A; 2I9Y A; 2QPV A; 4QDC A; 4A8V A; 4R7K A; 2E3P A; 3Q64 A; 4QDD A; 2NS9 A; 2LAF A; 4LG5 A; 2GKD A; 1VJH A; 1JSS A; 5C9Y A; 4BTZ A; 3KDH A; 4A85 A; 1XDF A; 2LAK A; 4JHI A; 4A88 A; 1IFV A; 1T17 A; 1LLT A; 2VQ5 A; 3GOB A; 3H3S A; 3OH8 A; 4IHR A; 4IGV A; 4MA6 A; 3P51 A; 4IH0 A; 4QIP A; 4Y31 A; 3HM9 A; 4BKC A; 3NQN A; 2K7H A; 3HVR A; 5BRL A; 2VNE A; 2FLH A; 4QDF A; 3UQH A; 4A84 A; 5JO1 A; 1XN6 A; 3TVR A; 3H3R A; 3JRQ B; 4IGX A; 3F73 A; 4OIC A; 4C94 A; 3NJO A; 4MNS A; 3HXM A; 1FSK A; 2E3M A; 3KLX A; 1LN3 A; 2N4A A; 2LDK A; 3QN1 A; 4JHH A; 5I9J A; 4A80 A; 5JNN A; 3H3T A; 2LIO A; 3K90 A; 1Z94 A; 3CNW A; 4QCK A; 3DLH A; 3ELI A; 1X53 A; 2M89 A; 3Q63 A; 4LGB A; 5E4M A; 3HJF A; 2D4R A; 3R6P A; 2MOU A; 3OTL A; 4XRW A; 4Z3L A; 3IJT A; 2E3R A; 2KCZ A; 1E09 A; 3GB4 A; 2E3O A; 5E4B A; 5JO2 A; 3TVQ A; 3P0L A; 3TFZ A; 4JDA A; 3RT2 A; 3KDJ A; 2KEW A; 4IGW A; 2LEQ A; 2N4B A; 4JDL A; 3PU2 A; 2LF2 A; 4WVO A; 3UJL A; 3RD6 A; 3NS2 A; 5E46 A; 4C9C A; 2BK0 A; 3OQU A; 1LN1 A; 4JHY A; 3GTS A; 1BV1 A; 5AMW A; 3F08 A; 3GGN A; 5EKQ C; 4N41 A; 4A87 A; 3NEG A; 3OJI A; 3HO1 A; 3ZVU A; 2LGH A; 2LE1 A; 3KB0 A; 4A81 A; 3W9K A; 4B9R A; 2LPX A; 1H2O A; 4IH2 A; 3NMN A; 2IL5 A; 2KTE A; 4A8G A; 2K5G A; 3Q6A A; 4GY9 A; 3JRS A; 2L8O A; 3TL1 A; 4DSB A; 3GKE A; 2KF2 A; 2RES A; 1ICX A; 3K3K A; 3PUT A; 2L9P A; 4N3E A; 3RT0 C; 4LGA A; 4REI A; 3C0V A; 2R55 A; 3E85 A; 2EJX A; 2LUZ A; 4A86 A; 4C9I A; 4BKD A; 2Z9Z A; 3NMP A; 5I8F A; 3TGO C; 4DSC A; 4M9B A; 2WQL A; 4FPW A; 4MAP A; 3NEF A; 3KL1 A; 4REH A; 1BTV A; 1XFS A; 3NJ0 A; 2REZ A; 2E3Q A; 1XUV A; 2A1L A; 3KDI A; 2QIM A; 1QMR A; 2FFS A; 5E4D A; 4N47 A; 4NCA A; 4N0G C; 2ZYL A; 3NMH A; 3NR4 A; 4JHG A; 2RER A; 1LN2 A; 4BK7 A; 2PCS A; 3GL0 A; 1EM2 A; 4DS8 A; 1TXC A; 2NN5 A; 3GL2 A; 3IE5 A; 4M9W A; 2YH6 A; 4Q0K A; 2PSO A; 1B6F A; 4KPY A; 2M47 A; 3KB3 A; 4QDF B; 3KAY A; 4RYV A; 1XN5 A; 4A83 A; 3DLB A; 3NMT A; 4XRT A; 3FO5 A; 3WG8 A; 4LA7 A; 3P9V A; 4N76 A; 4BK6 A; 3W9R A; 3UID A; 3HK2 A; 3QSZ A; 4E6F A; 1ZXF A; 2LCG A; 1UW5 A; 2E3N A; 4NCB A; 3H3Q A; 2L65 A; 3NJ1 A; 2E3S A; 1KCM A; 3GTE A; 4REJ A; 2Z9Y A; 1FM4 A; 3NI8 A; 3NMV A; 4PSB A; 4A8U A;
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