The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
49
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sequence length |
173
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structure length |
172
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Chain Sequence |
HHHHSSGLVPRGHMAGHTDNEITIAAPMELVWNMTNDIEKWPGLFSEYASVEVLGRDDDKVTFRLTMHPDADGKVWSWVSERVADPVTRTVRAQRVETGPFQYMNIVWEYAETAEGTVMRWTQDFAMKPDAPVDDAWMTDNINRNSRTQMALIRDRIEQAAGERRTASVLAD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Insight into the Molecular Basis of Aromatic Polyketide Cyclization: Crystal Structure and in Vitro Characterization of WhiE-ORFVI.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Polyketide cyclase
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| molecule tags |
Unknown function
|
| source organism |
Streptomyces coelicolor
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| total genus |
49
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| structure length |
172
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| sequence length |
173
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-09-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03364 | Polyketide_cyc | Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 | Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EJX A; 1E09 A; 4JHI A; 4BK6 A; 4JHG A; 4N3E A; 4PSB A; 1XUV A; 2E3S A; 2N4B A; 3NMH A; 2VQ5 A; 1EM2 A; 4MAP A; 3E85 A; 1UW5 A; 4C9I A; 3TVR A; 2RER A; 3P0L A; 1VJH A; 1XN6 A; 3W9K A; 4OIC A; 3W9R A; 1Z94 A; 3RT2 A; 2RES A; 3NJ1 A; 2LUZ A; 4BTZ A; 3TFZ A; 3PU2 A; 1BTV A; 3TL1 A; 1FM4 A; 4IGX A; 4A85 A; 2E3O A; 3KDI A; 4XRW A; 2NS9 A; 3ZVU A; 4A8U A; 1T27 A; 3KL1 A; 3UJL A; 4XRT A; 4MNS A; 3NEF A; 1KCM A; 4REJ A; 1LLT A; 2WQL A; 2GKD A; 3JRQ B; 2LAK A; 2KTE A; 3K90 A; 3ELI A; 2D4R A; 4WVO A; 2E3P A; 2R55 A; 3NR4 A; 1TXC A; 2Q3Q A; 3KB3 A; 2KEW A; 4Y31 A; 2E3N A; 1LN1 A; 2E3M A; 3CNW A; 4A83 A; 4IHR A; 3NEG A; 3KDH A; 3NI8 A; 3Q6A A; 5E46 A; 3Q63 A; 3H3R A; 3K3K A; 4IGV A; 1LN3 A; 2FFS A; 1IFV A; 4LGB A; 3RD6 A; 4JDA A; 4IH0 A; 4B9R A; 4M9W A; 3Q64 A; 3KAZ A; 3NJ0 A; 4A84 A; 2BK0 A; 1ICX A; 3IE5 A; 5E4B A; 2L65 A; 3NMN A; 4A80 A; 1LN2 A; 1X53 A; 3KLX A; 2KF2 A; 3KDJ A; 5BRL A; 3QSZ A; 1FSK A; 3H3S A; 4IGY A; 3R6P A; 4A88 A; 3NJO A; 2L9P A; 2Z9Z A; 5I9J A; 1XFS A; 5C9Y A; 3IJT A; 4BKD A; 1XN5 A; 2M47 A; 4N0G C; 2A1L A; 3OH8 A; 4JDL A; 4DSC A; 4DSB A; 3KB0 A; 1B6F A; 2KCZ A; 4A8G A; 5JO2 A; 1TW0 A; 2MOU A; 2LF2 A; 2FLH A; 4REI A; 3NMT A; 2E3Q A; 4FPW A; 2IL5 A; 3H3Q A; 3NMP A; 4M9B A; 3TVQ A; 2LPX A; 4IGW A; 3RT0 C; 1JSS A; 3PUT A; 4MA6 A; 4LG5 A; 3F08 A; 3H3T A; 4JHH A; 3OQU A; 1BV1 A; 2QPV A; 3C0V A; 3OJI A; 4R7K A; 3UID A; 3JRS A; 3GGN A; 2PCS A; 5I8F A; 4A8V A; 2Z9Y A; 2I9Y A; 5AMW A; 2K7H A; 2PSO A; 4REH A; 2LCG A; 4BKC A; 4Z3L A; 4C9C A; 5E4D A; 2QIM A; 2E3R A; 2LDK A; 3OTL A; 4BK7 A; 3KAY A; 2LE1 A; 4A87 A; 2LEQ A; 4QIP A; 4C94 A; 1T17 A; 4LGA A; 2K5G A; 4LA7 A; 5E4M A; 4DS8 A; 1QMR A; 2L8O A; 3NS2 A; 3FO5 A; 4GY9 A; 4A86 A; 2REZ A; 3P9V A; 2LIO A; 1ZXF A; 5JO1 A; 3NMV A; 3P51 A; 2N4A A; 3WG8 A; 3UQH A; 2NN5 A; 4A81 A; 1XDF A; 5JNN A; 2M89 A; 4IH2 A; 4RYV A; 3QN1 A; 1H2O A; 2LGH A; 2VNE A; 4Q0K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3GOB A; 3GTE A; 2EJX A; 1E09 A; 4N76 A; 4JHI A; 4BK6 A; 4JHG A; 2ZYL A; 4N3E A; 4PSB A; 1XUV A; 2E3S A; 2N4B A; 5EKQ C; 3NMH A; 2VQ5 A; 1EM2 A; 4MAP A; 3E85 A; 4N47 A; 3HK2 A; 1UW5 A; 4C9I A; 3TVR A; 2RER A; 3P0L A; 1VJH A; 1XN6 A; 3W9K A; 4N41 A; 4OIC A; 3W9R A; 1Z94 A; 3RT2 A; 2RES A; 3NJ1 A; 2LUZ A; 4BTZ A; 3TFZ A; 3PU2 A; 3DLB A; 1BTV A; 3TL1 A; 1FM4 A; 4NCB A; 2YH6 A; 4IGX A; 4A85 A; 2E3O A; 3KDI A; 4XRW A; 2NS9 A; 3ZVU A; 4A8U A; 1T27 A; 3KL1 A; 3UJL A; 4XRT A; 4MNS A; 4NCA A; 3NEF A; 1KCM A; 4REJ A; 1LLT A; 2WQL A; 3HO1 A; 2GKD A; 3JRQ B; 2LAK A; 2KTE A; 3K90 A; 3ELI A; 2D4R A; 4WVO A; 2E3P A; 2R55 A; 3NR4 A; 4QDD A; 1TXC A; 2Q3Q A; 3KB3 A; 2KEW A; 4Y31 A; 2E3N A; 1LN1 A; 2E3M A; 3F73 A; 3CNW A; 4A83 A; 4IHR A; 3NEG A; 4QDF B; 4KPY A; 3KDH A; 3NI8 A; 3Q6A A; 5E46 A; 3Q63 A; 3H3R A; 3K3K A; 4IGV A; 1LN3 A; 2FFS A; 1IFV A; 4LGB A; 3RD6 A; 3GB4 A; 4IH0 A; 4JDA A; 4B9R A; 4M9W A; 3Q64 A; 3KAZ A; 3NJ0 A; 4A84 A; 2BK0 A; 3GL2 A; 1ICX A; 3IE5 A; 5E4B A; 2L65 A; 3NMN A; 4A80 A; 1LN2 A; 1X53 A; 3KLX A; 2KF2 A; 3KDJ A; 5BRL A; 3DLH A; 3QSZ A; 1FSK A; 3H3S A; 4IGY A; 3R6P A; 4A88 A; 3NJO A; 3GL0 A; 2L9P A; 2Z9Z A; 5I9J A; 1XFS A; 3HXM A; 5C9Y A; 3IJT A; 4BKD A; 1XN5 A; 2M47 A; 4N0G C; 2A1L A; 3OH8 A; 4JDL A; 4DSC A; 3HVR A; 4DSB A; 3KB0 A; 4E6F A; 1B6F A; 3GKE A; 2KCZ A; 4A8G A; 5JO2 A; 1TW0 A; 2MOU A; 3GTS A; 4QDF A; 3NQN A; 2LF2 A; 2FLH A; 4REI A; 3TGO C; 3NMT A; 2E3Q A; 4FPW A; 2IL5 A; 3HJF A; 3H3Q A; 3NMP A; 4M9B A; 3TVQ A; 4JHY A; 2LPX A; 4IGW A; 3RT0 C; 1JSS A; 3PUT A; 4MA6 A; 4LG5 A; 3F08 A; 3H3T A; 4JHH A; 3OQU A; 1BV1 A; 2QPV A; 3C0V A; 3OJI A; 4R7K A; 3UID A; 3JRS A; 3GGN A; 2PCS A; 2LAF A; 5I8F A; 4A8V A; 2Z9Y A; 4QCK A; 2I9Y A; 5AMW A; 2K7H A; 2PSO A; 4REH A; 2LCG A; 4BKC A; 4Z3L A; 4C9C A; 5E4D A; 2QIM A; 2E3R A; 2LDK A; 3OTL A; 4BK7 A; 3KAY A; 2LE1 A; 4A87 A; 2LEQ A; 4QIP A; 4C94 A; 1T17 A; 4LGA A; 3HM9 A; 2K5G A; 4LA7 A; 5E4M A; 4DS8 A; 1QMR A; 2L8O A; 3NS2 A; 3FO5 A; 4GY9 A; 4A86 A; 2REZ A; 3P9V A; 2LIO A; 1ZXF A; 5JO1 A; 3NMV A; 3P51 A; 2N4A A; 3WG8 A; 3UQH A; 2NN5 A; 4A81 A; 1XDF A; 5JNN A; 2M89 A; 4IH2 A; 4QDC A; 4RYV A; 3QN1 A; 1H2O A; 2LGH A; 2VNE A; 4Q0K A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3GOB A; 3GTE A; 2EJX A; 1E09 A; 4N76 A; 4JHI A; 4BK6 A; 4JHG A; 2ZYL A; 4N3E A; 4PSB A; 1XUV A; 2E3S A; 2N4B A; 5EKQ C; 3NMH A; 2VQ5 A; 1EM2 A; 4MAP A; 3E85 A; 4N47 A; 3HK2 A; 1UW5 A; 4C9I A; 3TVR A; 2RER A; 3P0L A; 1VJH A; 1XN6 A; 3W9K A; 4N41 A; 4OIC A; 3W9R A; 1Z94 A; 3RT2 A; 2RES A; 3NJ1 A; 2LUZ A; 4BTZ A; 3TFZ A; 3PU2 A; 3DLB A; 1BTV A; 3TL1 A; 1FM4 A; 4NCB A; 2YH6 A; 4IGX A; 4A85 A; 2E3O A; 3KDI A; 4XRW A; 2NS9 A; 3ZVU A; 4A8U A; 1T27 A; 3KL1 A; 3UJL A; 4XRT A; 4MNS A; 4NCA A; 3NEF A; 1KCM A; 4REJ A; 1LLT A; 2WQL A; 3HO1 A; 2GKD A; 3JRQ B; 2LAK A; 2KTE A; 3K90 A; 3ELI A; 2D4R A; 4WVO A; 2E3P A; 2R55 A; 3NR4 A; 4QDD A; 1TXC A; 2Q3Q A; 3KB3 A; 2KEW A; 4Y31 A; 2E3N A; 1LN1 A; 2E3M A; 3F73 A; 3CNW A; 4A83 A; 4IHR A; 3NEG A; 4QDF B; 4KPY A; 3KDH A; 3NI8 A; 3Q6A A; 5E46 A; 3Q63 A; 3H3R A; 3K3K A; 4IGV A; 1LN3 A; 2FFS A; 1IFV A; 4LGB A; 3RD6 A; 3GB4 A; 4IH0 A; 4JDA A; 4B9R A; 4M9W A; 3Q64 A; 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3FO5 A; 4GY9 A; 4A86 A; 2REZ A; 3P9V A; 2LIO A; 1ZXF A; 5JO1 A; 3NMV A; 3P51 A; 2N4A A; 3WG8 A; 3UQH A; 2NN5 A; 4A81 A; 1XDF A; 5JNN A; 2M89 A; 4IH2 A; 4QDC A; 4RYV A; 3QN1 A; 1H2O A; 2LGH A; 2VNE A; 4Q0K A;
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