The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
42
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sequence length |
163
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structure length |
163
|
Chain Sequence |
PVTDVKHDLDTLTLTITAEFAAPVTRIWQIYADPRQLEKVWGPPSHPATVVDHDLRPGGRVTYFMTGPDGEKYAGYWEITAVDEPHSFSFLDGFADEDFNPNTDLPVSTNVYTFTEHDGGTRATYVGTYASAEALQQVLDMGVIEGASSAINQIDALLTATHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the toxin Msmeg_6760, the structural homolog of Mycobacterium tuberculosis Rv2035, a novel type II toxin involved in the hypoxic response.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein
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| molecule tags |
Unknown function
|
| source organism |
Mycobacterium smegmatis
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| total genus |
42
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| structure length |
163
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| sequence length |
163
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-11-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08327 | AHSA1 | Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 | Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VJH A; 3NMN A; 4A8V A; 4REH A; 2LAK A; 1E09 A; 2RER A; 4BK7 A; 2LEQ A; 2QIM A; 4Z3L A; 3KDJ A; 3GGN A; 3NEG A; 3KAY A; 3Q63 A; 4DSB A; 2LGH A; 2Z9Z A; 3H3Q A; 2Z9Y A; 4IGY A; 3UJL A; 3H3R A; 1KCM A; 1IFV A; 4A87 A; 4N0G C; 1EM2 A; 3KAZ A; 2K5G A; 3Q64 A; 4GY9 A; 3TL1 A; 2E3R A; 4QIP A; 4PSB A; 2NS9 A; 5AMW A; 1TW0 A; 3OTL A; 3H3S A; 1FM4 A; 1ZXF A; 2PSO A; 4MNS A; 4C9I A; 5JO1 A; 3OH8 A; 2N4B A; 4FPW A; 4B9R A; 1X53 A; 1BTV A; 4A88 A; 5I9J A; 3QN1 A; 3UQH A; 2PCS A; 1T27 A; 4RYV A; 4WVO A; 2M89 A; 3NJ0 A; 3NR4 A; 4JHH A; 4R7K A; 4BKC A; 2LE1 A; 2E3S A; 3NI8 A; 4M9B A; 3W9K A; 4JDA A; 1XN6 A; 2EJX A; 2KF2 A; 2Q3Q A; 3KDH A; 4OIC A; 3NMP A; 3NEF A; 3ZVU A; 4C94 A; 2GKD A; 3OQU A; 1XN5 A; 4LGB A; 3UID A; 5I8F A; 2I9Y A; 3E85 A; 4A8G A; 3NJO A; 2KEW A; 2E3N A; 4Y31 A; 3NMV A; 3NMH A; 1FSK A; 5E4D A; 2R55 A; 3KLX A; 3IE5 A; 2FFS A; 3KDI A; 4IGW A; 4A8U A; 3CNW A; 3KL1 A; 2RES A; 3KB0 A; 2IL5 A; 4LA7 A; 2M47 A; 2K7H A; 4DSC A; 2VNE A; 1T17 A; 2MOU A; 5C9Y A; 2QPV A; 1UW5 A; 1Z94 A; 2E3M A; 4LG5 A; 2NN5 A; 3NMT A; 1JSS A; 2L65 A; 4IH0 A; 3H3T A; 4IH2 A; 4LGA A; 5E46 A; 1TXC A; 1XDF A; 3QSZ A; 4DS8 A; 1XUV A; 3TVR A; 2LUZ A; 2A1L A; 2LF2 A; 4XRT A; 3W9R A; 3OJI A; 2VQ5 A; 4BTZ A; 4C9C A; 3K90 A; 4REJ A; 2LCG A; 5BRL A; 4JHG A; 3NJ1 A; 3RT2 A; 2E3Q A; 1LN3 A; 2KTE A; 4M9W A; 3RD6 A; 4MAP A; 2BK0 A; 2N4A A; 3JRS A; 4JDL A; 4A80 A; 3IJT A; 4BK6 A; 2D4R A; 2WQL A; 4N3E A; 4IGV A; 4A83 A; 1QMR A; 3WG8 A; 1LN1 A; 4JHI A; 3KB3 A; 2KCZ A; 1LLT A; 1XFS A; 2LIO A; 3PU2 A; 4Q0K A; 5E4M A; 1BV1 A; 3P9V A; 5JO2 A; 5JNN A; 3R6P A; 3C0V A; 3P0L A; 2L8O A; 3PUT A; 3FO5 A; 4A85 A; 4A84 A; 4XRW A; 3Q6A A; 3NS2 A; 2LPX A; 4IHR A; 4REI A; 2L9P A; 3ELI A; 2E3O A; 3TFZ A; 2REZ A; 1B6F A; 3P51 A; 3TVQ A; 4MA6 A; 1H2O A; 4A81 A; 4IGX A; 3RT0 C; 2FLH A; 4BKD A; 3F08 A; 3K3K A; 1LN2 A; 2LDK A; 5E4B A; 3JRQ B; 4A86 A; 2E3P A; 1ICX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VJH A; 3NMN A; 4A8V A; 4REH A; 2LAK A; 1E09 A; 2RER A; 4BK7 A; 2LEQ A; 2QIM A; 4Z3L A; 3KDJ A; 3GGN A; 3NEG A; 3KAY A; 3Q63 A; 4DSB A; 2LGH A; 2Z9Z A; 3H3Q A; 2Z9Y A; 4IGY A; 3UJL A; 3H3R A; 1KCM A; 1IFV A; 4A87 A; 4N0G C; 3TGO C; 1EM2 A; 3KAZ A; 2K5G A; 3Q64 A; 4GY9 A; 3TL1 A; 2E3R A; 4QIP A; 4PSB A; 2NS9 A; 5AMW A; 1TW0 A; 2LAF A; 3OTL A; 3H3S A; 1FM4 A; 1ZXF A; 2PSO A; 4MNS A; 4C9I A; 4E6F A; 3OH8 A; 5JO1 A; 2N4B A; 3HVR A; 4FPW A; 4B9R A; 1X53 A; 1BTV A; 4A88 A; 5I9J A; 3QN1 A; 4QCK A; 3UQH A; 2PCS A; 3HM9 A; 3F73 A; 1T27 A; 4QDF A; 4RYV A; 4WVO A; 2M89 A; 3NJ0 A; 3NR4 A; 4JHH A; 4R7K A; 4BKC A; 3GKE A; 2LE1 A; 4KPY A; 2E3S A; 3GOB A; 3NI8 A; 4M9B A; 3W9K A; 4JDA A; 1XN6 A; 2EJX A; 2KF2 A; 2Q3Q A; 3KDH A; 4QDF B; 5EKQ C; 4OIC A; 3NMP A; 3NEF A; 3ZVU A; 4C94 A; 2GKD A; 3OQU A; 1XN5 A; 4LGB A; 3UID A; 5I8F A; 2I9Y A; 3E85 A; 3HJF A; 2YH6 A; 3GL2 A; 3NJO A; 2KEW A; 2E3N A; 4A8G A; 4N47 A; 4Y31 A; 3NMV A; 3NMH A; 4QDC A; 1FSK A; 5E4D A; 2R55 A; 3KLX A; 3IE5 A; 2FFS A; 3KDI A; 4IGW A; 4A8U A; 3CNW A; 3KL1 A; 3NQN A; 2RES A; 3KB0 A; 2IL5 A; 4LA7 A; 2M47 A; 2K7H A; 3HO1 A; 4DSC A; 2VNE A; 1T17 A; 2MOU A; 5C9Y A; 2QPV A; 1UW5 A; 1Z94 A; 2E3M A; 4LG5 A; 2NN5 A; 3NMT A; 1JSS A; 2L65 A; 4IH0 A; 3H3T A; 4IH2 A; 4LGA A; 3HK2 A; 5E46 A; 1TXC A; 1XDF A; 3QSZ A; 4DS8 A; 1XUV A; 3TVR A; 2LUZ A; 3HXM A; 2A1L A; 3GB4 A; 2LF2 A; 2ZYL A; 4XRT A; 3OJI A; 3W9R A; 3DLB A; 2VQ5 A; 4BTZ A; 3DLH A; 4C9C A; 3K90 A; 4REJ A; 2LCG A; 5BRL A; 4JHG A; 3NJ1 A; 3RT2 A; 2E3Q A; 1LN3 A; 2KTE A; 4M9W A; 3RD6 A; 4MAP A; 2BK0 A; 2N4A A; 3JRS A; 4JDL A; 4A80 A; 3IJT A; 4BK6 A; 2D4R A; 2WQL A; 4NCA A; 4N3E A; 4IGV A; 4A83 A; 1QMR A; 3WG8 A; 1LN1 A; 4JHI A; 4JHY A; 3KB3 A; 2KCZ A; 1LLT A; 1XFS A; 2LIO A; 3PU2 A; 4Q0K A; 5E4M A; 1BV1 A; 3P9V A; 5JO2 A; 5JNN A; 3R6P A; 3C0V A; 3P0L A; 2L8O A; 3PUT A; 3FO5 A; 4A85 A; 4QDD A; 4XRW A; 3Q6A A; 4A84 A; 3NS2 A; 2LPX A; 4N76 A; 4IHR A; 4REI A; 4N41 A; 2L9P A; 3ELI A; 2E3O A; 3TFZ A; 2REZ A; 1B6F A; 3P51 A; 3TVQ A; 4MA6 A; 1H2O A; 3GTE A; 4A81 A; 4IGX A; 3RT0 C; 2FLH A; 4BKD A; 3F08 A; 3GTS A; 3GL0 A; 3K3K A; 1LN2 A; 2LDK A; 4NCB A; 5E4B A; 3JRQ B; 4A86 A; 2E3P A; 1ICX A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1VJH A; 3NMN A; 4A8V A; 4REH A; 2LAK A; 1E09 A; 2RER A; 4BK7 A; 2LEQ A; 2QIM A; 4Z3L A; 3KDJ A; 3GGN A; 3NEG A; 3KAY A; 3Q63 A; 4DSB A; 2LGH A; 2Z9Z A; 3H3Q A; 2Z9Y A; 4IGY A; 3UJL A; 3H3R A; 1KCM A; 1IFV A; 4A87 A; 4N0G C; 3TGO C; 1EM2 A; 3KAZ A; 2K5G A; 3Q64 A; 4GY9 A; 3TL1 A; 2E3R A; 4QIP A; 4PSB A; 2NS9 A; 5AMW A; 1TW0 A; 2LAF A; 3OTL A; 3H3S A; 1FM4 A; 1ZXF A; 2PSO A; 4MNS A; 4C9I A; 4E6F A; 3OH8 A; 5JO1 A; 2N4B A; 3HVR A; 4FPW A; 4B9R A; 1X53 A; 1BTV A; 4A88 A; 5I9J A; 3QN1 A; 4QCK A; 3UQH A; 2PCS A; 3HM9 A; 3F73 A; 1T27 A; 4QDF A; 4RYV A; 4WVO A; 2M89 A; 3NJ0 A; 3NR4 A; 4JHH A; 4R7K A; 4BKC A; 3GKE A; 2LE1 A; 4KPY A; 2E3S A; 3GOB A; 3NI8 A; 4M9B A; 3W9K A; 4JDA A; 1XN6 A; 2EJX A; 2KF2 A; 2Q3Q A; 3KDH A; 4QDF B; 5EKQ C; 4OIC A; 3NMP A; 3NEF A; 3ZVU A; 4C94 A; 2GKD A; 3OQU A; 1XN5 A; 4LGB A; 3UID A; 5I8F A; 2I9Y A; 3E85 A; 3HJF A; 2YH6 A; 3GL2 A; 3NJO A; 2KEW A; 2E3N A; 4A8G A; 4N47 A; 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2E3O A; 3TFZ A; 2REZ A; 1B6F A; 3P51 A; 3TVQ A; 4MA6 A; 1H2O A; 3GTE A; 4A81 A; 4IGX A; 3RT0 C; 2FLH A; 4BKD A; 3F08 A; 3GTS A; 3GL0 A; 3K3K A; 1LN2 A; 2LDK A; 4NCB A; 5E4B A; 3JRQ B; 4A86 A; 2E3P A; 1ICX A;
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