5BRT | Genus

Total Genus 188

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	188
sequence length	581
structure length	554
Chain Sequence	AETDVLIVGAGPAGAMSATLLASLGIRSLMINRWRSTSPGPRSHIINQRTMEILRDIGLEESAKSLAVPKEYMGEHVYATSLAGEEFGRIPAWASHPQAHAEHELASPSRYCDLPQLYFEPMVVSEAALRGADVRFLTEYLGHVEDQDGVTARLLDHVSGAEYEVRAKYIIGADGAHSLVAQNAGLPFEGGSINIEFSADLSSLCEHKGDMYWMFGVAALRMIRPWNKWICVWGTKEEAKKIIHEIIGTDEIPVEVGPISTWTINQQYAVRNTSGRVFCMGDAVHRHTPMGGLGLNTSVQDAYNLAWKLALVLKGTAAPTLLDSYDAERSPVAKQIVERAFKSLSTFPPVFEALSLPPAPTESEMAEALVRLKDASEEGAKRRAALRKAMDATIIGLGGGHGVELNQRYVSRAVFPDGTPDPGFVRDQEFFYQASTRPGAHLPHVWLTENQRRISTLDLCGKGRFTLLTGLSGAAWKHEAEQVSQSLGIELKVCVIGPGQEFVDTYGEYAKISEIGESGALLVRPDMFIAFRAKDASREGLEQLNVAVKSILGR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Oxidoreductase
molecule keywords	2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
publication title	A crystal structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase with bound substrate provides insights into the enzymatic mechanism. pubmed doi rcsb
source organism	Pseudomonas nitroreducens hbp1
total genus	188
structure length	554
sequence length	581
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2015-06-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01494	FAD_binding_3	FAD binding domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.120	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	5brtA03
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	5brtA01

3V76A 4JNAA 1NHQA 2CULA 1ZY8A 1OJDA 1CHUA 1LVLA 4U8NA 1N4VA 2XVIA 4U2TA 4LU6A 5J7XA 4A7AA 1E1KA 2XLUA 3QVRA 3AE2A 5JCIA 2JBVA 1GNDA 2JAEA 4JY3A 1TDKA 2GH5A 2YG7A 2ZZCA 1QLBA 1GOSA 1JNZA 3T37A 3GD3A 2WOWA 3BNUA 3DJEA 4ADWA 3K30A 5KOXA 4J33A 3AE6A 3URHA 4H4ZA 2YLRA 2WPFA 2B9YA 2W0HA 3CNTA 4YSXA 2XFPA 4FDCB 4GCMA 1BGNA 3UKQA 3UKFA 2ZZBA 3UKLA 1N4WA 2EQ8A 5U25A 2FJDA 4E0VA 4AP3A 4FX9A 2CFYA 2GMHA 2GMJA 4Z26A 3NG7X 2GR3A 2WS3A 5CQFA 5FMHA 5GRTA 1NG4A 1TDEA 1ZMDA 2RGOA 2WPEA 3NYFA 4H2NA 1D4EA 4KX6A 1S2YA 4OVIA 2XDOA 3UTFA 2XLSA 3ZDNA 2V60A 2BABA 2V3AA 4D04A 1XPQA 2UZZA 1CC6A 4J31A 2WP9A 4UDPA 4H4VA 4X4JA 4NEVA 1PJ6A 5JCNA 4TM4A 1DOBA 3BI2A 5L46A 4H4YA 3PS9A 1JRYA 2XVJA 3AXBA 3O0HA 4FK1C 4K7ZA 2OLNA 3CN8A 3FMWA 3ICTA 3WE0A 1PJ5A 3UKPA 3CGDA 2IIDA 1L9DA 1K0LA 3F8PA 3NK2X 5KVHA 3P1WA 2R0CA 1B4VA 3ATQA 2YR5A 1BWCA 1O5WA 5EB4A 4EMWA 4OPUA 3EAOA 2C70A 4BJZA 3IHMA 1L0VA 5M10A 2XVEA 2WU5A 1NEKA 1TDNA 3JSKA 4BJYA 2X8CA 3S5WA 2VQ7A 1DOCA 4CBQA 4MJWA 2Y6RA 2GR1A 1H83A 4IA5A 1DOEA 2RGJA 1ZKQA 2GQWA 2GVCA 2XVHA 2YLSA 3FIMB 4OPGA 4XWZA 1H7WA 1L9EA 4AT0A 4A9WA 4CY6A 3ALLA 2BYBA 2F5ZA 2XYOA 1L9CA 2GRTA 1NAAA 1DODA 1GT8A 4TM1A 4B1BA 5IPYA 2WESA 4EQSA 3FG2P 3ATRA 1YQ3A 4U8JA 2Q0KA 4TLXA 1EL5A 3UCLA 3CTYA 4H4QA 2DKHA 3K7MX 2FBWA 3VR9A 1ZX9A 2GB0A 3GWDA 4BURA 4REKA 2WOIA 4TM3A 2JKCA 3NYCA 2R9ZA 5TR3A 2AAQA 1GTEA 2BCPA 3BI4A 2CDUA 3DJGX 3LZWA 2VZ2A 3GRSA 4U2SA 2YLZA 4NTEA 1BZLA 2GEWA 3D8XA 1FEAA 3CPHG 1V59A 4H4RA 2YVFA 1OJ9A 1IJHA 3DGZA 1H86A 2QAEA 3P9UA 1NENA 1QJDA 2WDVA 3NGCX 1MO9A 3GYJA 2RABA 1Q9IA 1Y0PA 3M13A 3ALMA 3LOVA 4B67A 3VRBA 1K4QA 3SM8A 1VQWA 1AOGA 2BCGG 2GAGB 4B66A 4K2XA 1TYPA 1YQZA 2WU2A 3KLJA 3ICSA 2ACZA 4XWRA 1UKVG 1ZP0A 2Q6UA 4Z2RA 2E1MA 2BA9A 1PXAA 3AEGA 3HZLA 3M12A 3NTAA 3B3RA 2WEUA 3LXDA 1JRZA 2GR0A 3PVCA 1FCDA 3ISHA 4GUVA 4EIQA 3AEAA 3AEFA 2V5ZA 4A6NA 3UKHA 2YG3A 1LV0A 1M64A 1GRGA 3L1RA 1PXCA 1PS9A 3II4A 2X8HA 2IVDA 4IVMB 4ZN0A 5C2TA 3NYEA 1TYTA 2C3DA 3GMBA 5EOWA 2X8GA 2JB3A 1CL0A 3QVPA 4USRA 5EBKA 4C3XA 4YKGA 3ALJA 3UOZA 2WDQA 1LQUA 3G5SA 4I59A 1GALA 3I3LA 3OC4A 4TM0A 1GETA 4Z44A 2APGA 3AEDA 4H50A 3CNDA 2C66A 3LADA 5KOWA 5BUKA 3F8RA 2BK5A 3B6DA 3V3NA 2X99A 3AYJA 4TLZA 3QSSA 4U8KA 4C77A 1VRQB 1ZK7A 4B65A 3DJDA 3UOVA 5KVIA 1EBDA 1REOA 1W4XA 3SFEA 5KXJA 1E1LA 2EQ9A 3ADAB 1CC4A 3R9UA 1OJTA 4DNAA 3KPFA 4RG3A 1PJ7A 3AE8A 3OZ2A 4HB9A 3I6DA 1FOHA 4Y4NA 3SGLA 2Z5XA 4OPLA 4DSGA 3GSIA 3RP7A 1E7PA 1H84A 5FS7A 4O5QA 3NT6A 4I58A 4JQ9A 3GWFA 2FJEA 3G5QA 4RSLA 3IWAA 3UOXA 4GDPA 1EL9A 3COXA 4O5UA 1S2QA 3KA7A 4Z2TA 5U1OA 1F8WA 4YTPA 3UTGA 2R0GA 1VDCA 4A5LA 3SQPA 1XANA 3AB1A 3CIRA 1D4DA 3AD9B 2C73A 4H4TA 2GR2A 2B7SA 1S3EA 4J34A 4PAAA 3RP6A 4BV6A 2CVJA 4YT0A 4U8IA 3CNJA 5GSNA 4C5OA 4A99A 1GTHA 3AE9A 1KNRA 3L8KA 5FS6A 1E1NA 2XFNA 4EQRA 4D03A 4YXDA 2VOUA 2VQBA 1KSUA 4GDEA 2QA1A 2XFUA 3UP4A 4AOSA 1GSNA 2A8XA 2NPXA 2VVMA 1GERA 1GXFA 1PXBA 2YG5A 2ARDA 3VRAA 1PBEA 2C75A 4AT2A 4BK3A 4Z43A 1PDHA 3E1TA 1JRXA 4NTCA 3BNMA 2C67A 1RSGA 3AECA 5IQ4A 1NHPA 1BKWA 3DGHA 3Q6JA 2GQFA 3G5RA 5BRTA 3QFAA 1KF6A 4J36A 4EMJA 2BS2A 5ER0A 3NN0X 4CY8A 5BULA 1TRBA 3DA1A 1ZOYA 5JCLA 1B37A 3QJ4A 1LTXR 4U8PA 2AR8A 3QFBA 4NEWA 3AD7B 3K7QX 4EQWA 4A79A 1Y56A 1K0IA 2XLRA 4A65A 4EM3A 2J3NA 1E6EA 2C3CA 3H8LA 4EIPA 1D5TA 2VVLA 3P4SA 4Y4LA 1Q1RA 1GRTA 2B76A 2YQUA 2WBAA 5HYMA 2GV8A 2QCUA 2YAUA 2XFQA 2Q7VA 4BK2A 4EM4A 2Z5YA 2EQ7A 2BK4A 2WP6A 5IQ1A 2ZZ0A 1N4UA 2GF3A 2DKIA 1COYA 1IUTA 1IUWA 4OPCA 1ONFA 4WCTA 3UTHA 3AE5A 3KU9A 2HQMA 1F6MA 2V3BA 3EANA 1KNPA 1ZDLA 3CNPA 3AE1A 1CJCA 3AEEA 4BK1A 1YQ4A 4H7UA 1OJCA 3S61A 1Q1WA 5KWFA 1LPFA 1D4CA 2YG6A 4OPTA 1GRHA 5BVAA 3QSEA 2PYXA 1PBDA 2WPCA 1VG9A 1E1MA 3NTDA 5U63A 2Q0LA 4H4XA 4YSHA 1RYIA 2XCGA 4RG4A 4IA6A 1O95A 4C3YA 3IHGA 1CBOA 1GREA 1RP0A 2YLXA 1IUXA 1GV4A 3LJPA 3K7TA 4GF7A 4J2WA 3NK0X 4ZCCA 4CNJA 1BF3A 1GESA 1CJ2A 1LJ1A 1P2EA 3AWIA 3EF6A 4JNQA 1O94A 4K8DA 2A87A 3ABVA 2TMDA 3ITJA 4B63A 1NG3A 2FJBA 4J56A 4X9MA 4YSYA 1PBBA 1QO8A 3FBSA 1YY5A 3Q9TA 4GRTA 4UDRA 4APNA 1P2HA 2XVFA 1CC2A 4Z2UA 4B69A 2R0PA 1GRFA 2YM1A 4AOXA 4ICYA 5J60A 2R46A 4GR1A 2OALA 2WETA 4A6NB 2A89A 3UKKA 1GRBA 1K0JA 1DJQA 1CJ3A 4U2LA 4NTDA 3BI5A 1JEHA 1XDIA 2H88A 2OLOA 3NK1X 3NH3X 4K22A 3CGCA 4JN9A 3UKAA 4CRTA 4N9XA 1MXTA 5FS8A 3SFDA 1H81A 2EQ6A 1FL2A 4YTNA 1NHSA 2OAMA 3RHAA 4OCGA 3RP8A 3P4QA 4IVOB 4H2PA 4CCRA 3P4PA 2C72A 1JNRA 2YM2A 4PABA 2BK3A 2C76A 2YVJA 4UDQA 1ZMCA 5DBJA 2B9WA 3NIXA 4H4SA 1KSSA 1MOKA 2ZBWA 3LB8A 3ICRA 1NPXA 4H4PA 2BACA 1CJ4A 3PO7A 2YLTA 2XLPA 1PN0A 5LV9A 2WHDA 4DGKA 2R4EA 3P4RA 5HXIA 3AYIA 4XXGA 1N1PA 2BS4A 1CF3A 2IVEA 3KKJA 4ZCDA 1BGJA 3NN6X 3C4AA 2R4JA 1YKJA 1NHRA 2FJAA 3GRTA 4YWOA 3F8DA 4UP3A 2JB2A 2YWLA 2QA2A 3GYIA 4H2RA 3D1CA 4K5RA 1DNCA 4CCQA 2B7RA 4AP1A 3VRDB 2I0ZA 1DJNA 1H7XA 1PHHA 1ELIA 2C65A 2YVGA 3CGEA 3NNEA 2BXRA 3CGBA 2BC0A 3H8IA 3AD8B 1GRAA 2C64A 1FECA 2VRMA 3C96A 1XHCA 3AE3A 3AE4A 3BHKA 4ECHA 4IV9A 5EB5A 4YSZA 3IF9A 4FK1A 1B8SA 3H4KA 3FPZA 5FS9A 2R45A 1IUSA 4Z24A 3CPJG 2YLWA 2O9ZA 2B9XA 2VRLA 1B5QA 2BC1A 2XLTA 3BHFA 3DJJA 3DH9A 3DK8A 4JY2A 1LQTA 1SEZA 1GEUA 1PBCA 2RGHA 1DXLA 3LZXA 3NLCA 1H6VA 1ZOVA 2WP5A 3IC9A 1EL8A 1OJAA 4DSHA 1X31B 2TPRA 3REDA 3UOYA 4HA6A 1NDAA 2Y6QA 3DMEA 3KVEA 5JCMA 2YR6A 4B68A 1HYUA 1E39A 2WQYA 4U8LA 2E4GA 3GDNA 4WX1A 2YR4A 2NVKX 3NHOX 1TDOA 2WDRA 2GAHB 1F8SA 4LA1A 3VQRA 1JOAA 3C4NA 1KDGA 4H4UA 1M6IA 3UTEA 2JK6A 3M0OA 1GPEA 3GD4A 1S3BA 4KPRA 4CNKA 3EPTA 1TDFA 1VG0A 2V61A 3V3OA 4JDRA 4Z25A 1KFYA 1Y56B 1F3PA 2XFOA 1D7YA 1FEBA 4H2QA 4EQXA 4H4WA 3ZYXA 3AYLA 3CNSA 2C7GA 4P9SA 1PBFA 4YTMA 4U8OA 2WOVA 4K5SA 4J57A 5HHFA 5JCKA 2X50A 3VR8A 3NKSA 1D7LA 4C74A 4LIIA 4OPDA 4U8MA 1H82A 4NZHA 1F8RA 4YKFA 2BXSA 1JU2A 3KD9A 3CPIG 5KRQA 4M52A 5C3JA 2H89A 3GMCA 5HY5A 4X9NA 2BS3A 2X3NA 4EMIA 2OA1A 5CKUA 4Y4MA 2VVLG 3NRNA 3QSMA 2AQJA 3RNMA 3UP5A 1EL7A 3AE7A 4OPIA 3DK9A 5M0ZA 1Z6LA 1IUUA 3AEBA 2V6OA 3GDPA 4B64A 4USQA 2JB1A 2YG4A 3DK4A 2PHHA 2E5VA 1IUVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1E2YA 2CULA 5IOWA 3D0ZA 3L9VA 2JZTA 2P5QA 3R2QA 2H0GA 2XLUA 3GSSA 2H1BA 3AE2A 2JAEA 4JY3A 2GH5A 1QLBA 5CRWA 3T37A 2PVQA 4ADWA 1ABAA 5KOXA 4J33A 5KMSA 4I2TA 2VLUA 1S3DA 1MD3A 2W0HA 2XFPA 2LRNA 1N4WA 3OR5A 4IVFA 4E0VA 4AP3A 1WPIA 1WOUA 2CFYA 2WB9A 4KDYA 4Z26A 2R37A 3W8JA 2GR3A 1OE8A 2WS3A 3NG7X 1NG4A 1ZMDA 2WPEA 2V32A 3UTFA 1Z9HA 3ZDNA 4NWYA 2V3AA 2UZZA 2F51A 4JBBA 2DBCA 4H4VA 2IFQB 2GSSA 4TM4A 1DOBA 1SJ6A 3H1NA 2N5BA 4KH7A 3PS9A 1JRYA 4O92A 1HD2A 4K7ZA 4KNDA 3ICTA 4ZL9A 2IMKA 3CGDA 17GSA 2XHFA 1K0LA 1FOVA 1B4VA 3ATQA 3L78A 3NIVA 4BVYB 3F4TA 3LG6A 4IQAA 4TN8A 2I3YA 4JZQA 4PUFC 1O73A 1NEKA 3JSKA 2WJUA 3T14A 1TU8A 2GR1A 3C73A 2VL9A 2ZNMA 4F0CA 2DJ0A 2YLSA 5J41A 4V2NA 1H7WA 1XWGA 4A9WA 2DJJA 2GRTA 1NAAA 1DODA 1GT8A 3F3QA 1YQ3A 1EWXA 3CTYA 4H4QA 2DKHA 5ECHB 3ZZXA 5ECKB 5ECQB 3EC3A 4REKA 5F0GA 2JKCA 5TR3A 2C0DA 3ERGA 1YZXA 3K8NA 5H5SA 1BZLA 4Z7XA 1FEAA 3D8XA 1V59A 3FHKA 1IJHA 3DGZA 5H5RA 4DSQA 2FWHA 4XS6A 3T31A 2WDVA 4MPFA 3GYJA 1NW2A 1Q9IA 1GUHA 1Y0PA 4ZL8A 2NDOA 3T0KA 1ERUA 3PGTA 4PTSA 3GHAA 1GLQA 1ZP0A 2E1MA 1TJDA 1OKTA 2FHEA 5G31A 4GUVA 4BA7A 3AEFA 4IS0A 3G7JA 2V5ZA 3GTUB 4JE1A 3L1RA 1GRGA 2TIRA 1PS9A 4D73B 4EE0A 2X8HA 3IHQA 4BL7B 4IVMB 1M9BA 5JWQB 3DD3A 1V58A 2RUFA 3ALJA 1GUKA 2ES7A 1AAZA 2WDQA 3UOZA 1LQUA 2F8AA 3OC4A 1M2AA 4L8EA 6GSYA 3CNDA 3LADA 5KOWA 2C0EA 3E9JB 3AYJA 5JCWA 4TW5A 1YF0A 5ECLB 1AC1A 3IRAA 3KM6A 4BIKA 2KP2A 5KVIA 5GSTA 5KXJA 3ADAB 1H75A 2UZ8A 5D9TA 1TK8B 3GSIA 2CT6A 3NT6A 4JQ9A 2ON7A 2KHPA 2YV7A 2LRTA 3G5QA 2VM1A 3KP9A 1S2QA 2A2SA 3US3A 5ID2A 1BQ7A 1G0TA 2R0GA 8GSSA 1VDCA 4A5LA 1VF3A 1XANA 2OE1A 4F9ZA 1WIKA 1O81A 4WR4A 2H66A 2B7SA 4J34A 3RP6A 4PAAA 2LJKA 3UJ1A 2CVJA 4N0ZA 4A99A 1GTHA 3DVWA 3TB2A 3LW9A 1KNRA 3AE9A 3CMMA 2XFNA 5FS6A 4G9KA 2QA1A 2C1YA 4AOSA 5GSSA 3C7MA 2A8XA 5DDLA 2VVMA 3M9JA 3VRAA 4KX4A 4QL9A 1ILOA 5C00A 4POLA 3QPMA 3U6VA 1WP0A 1IYIA 1RSGA 4FYUA 1BKWA 3ZFLA 3UBLA 3G5RA 2HRAA 5ER0A 3NN0X 4AJ8A 1TRBA 2YJ7A 5JCLA 4EC0A 4Q5RA 2AR8A 4ECIA 3QFBA 2KUCA 3SYIA 4EQWA 2ZUPA 2XBIA 1NHYA 2C3CA 4EIPA 1EOHA 1D5TA 2VVLA 3P90A 3EINA 3P4SA 5HYMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1E2Y A;  2CUL A;  5IOW A;  3D0Z A;  3L9V A;  2JZT A;  2P5Q A;  3R2Q A;  2H0G A;  2XLU A;  3GSS A;  2H1B A;  3AE2 A;  2JAE A;  4JY3 A;  2GH5 A;  1QLB A;  5CRW A;  3T37 A;  2PVQ A;  4ADW A;  1ABA A;  5KOX A;  4J33 A;  5KMS A;  4I2T A;  2VLU A;  1S3D A;  1MD3 A;  2W0H A;  2XFP A;  2LRN A;  1N4W A;  3OR5 A;  4IVF A;  4E0V A;  4AP3 A;  1WPI A;  1WOU A;  2CFY A;  2WB9 A;  4KDY A;  4Z26 A;  2R37 A;  3W8J A;  2GR3 A;  1OE8 A;  2WS3 A;  3NG7 X;  1NG4 A;  1ZMD A;  2WPE A;  2V32 A;  3UTF A;  1Z9H A;  3ZDN A;  4NWY A;  2V3A A;  2UZZ A;  2F51 A;  4JBB A;  2DBC A;  4H4V A;  2IFQ B;  2GSS A;  4TM4 A;  1DOB A;  1SJ6 A;  3H1N A;  2N5B A;  4KH7 A;  3PS9 A;  1JRY A;  4O92 A;  1HD2 A;  4K7Z A;  4KND A;  3ICT A;  4ZL9 A;  2IMK A;  3CGD A;  17GS A;  2XHF A;  1K0L A;  1FOV A;  1B4V A;  3ATQ A;  3L78 A;  3NIV A;  4BVY B;  3F4T A;  3LG6 A;  4IQA A;  4TN8 A;  2I3Y A;  4JZQ A;  4PUF C;  1O73 A;  1NEK A;  3JSK A;  2WJU A;  3T14 A;  1TU8 A;  2GR1 A;  3C73 A;  2VL9 A;  2ZNM A;  4F0C A;  2DJ0 A;  2YLS A;  5J41 A;  4V2N A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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