The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
114
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sequence length |
348
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structure length |
340
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Chain Sequence |
MNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVIYMFVVHFIIPLIVIFFCYGQLVFTVKEAAAATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFFAKTSAVYNPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKNPLGDSTTVSKTETSQVAPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Functional role of internal water molecules in rhodopsin revealed by X-ray crystallography.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| molecule keywords |
rhodopsin
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| total genus |
114
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| structure length |
340
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| sequence length |
348
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-03-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00001 | 7tm_1 | 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) |
| A | PF10413 | Rhodopsin_N | Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins | Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4MD1 A; 4GP8 B; 1KG9 A; 4HWL A; 2J4Y A; 2Z73 A; 5AX0 A; 3QBG A; 3S8F B; 2YCX A; 3COD A; 4G71 B; 4GRV A; 5J7A A; 1E0P A; 5H2L A; 4DKL A; 5AWZ A; 3COC A; 2Y04 A; 1X0S A; 1LN6 A; 1F88 A; 2X72 A; 5G54 A; 4BWB A; 1M0K A; 2YDO A; 4KLY A; 2R4S A; 2F95 A; 4XT3 A; 4BVN A; 3UTY A; 3D4S A; 5DHH A; 3A7K A; 4MQT A; 4IAR A; 4JQ6 A; 1FBK A; 1X0K 1; 4G72 B; 2KSY A; 2F93 A; 4XXJ A; 2I20 A; 3QBI A; 2HPY A; 1QKO A; 3C9M A; 3ZEV A; 5AZD A; 1X0I 1; 5BR5 A; 1PXR A; 4X31 A; 3NY8 A; 5G2A A; 4IB4 A; 1GUE A; 3EH5 B; 1L9H A; 2JAF A; 3PDS A; 3VG9 A; 5TGZ A; 2YDV A; 1CWQ A; 3UZC A; 2L6X A; 1Q5I A; 2I21 A; 5JJN A; 4MBS A; 5DYS A; 5AHY A; 5AX1 A; 2I1X A; 4K5Y A; 4QI1 A; 3QAK A; 4BEY A; 1P8I A; 3HAS A; 3QJU B; 3RZE A; 1M0L A; 3EML A; 5H2I A; 3PXO A; 4PXK A; 4XTO A; 3NSB A; 5B0W A; 5G53 A; 1IW9 A; 4JR8 A; 2YCW A; 4BEZ A; 4G7Q B; 4HYJ A; 4OV0 A; 1R2N A; 2YCZ A; 4A4M A; 1QM8 A; 3VI0 A; 5H2K A; 5LWE A; 5DHG A; 2Y01 A; 3ZPQ A; 1JGJ A; 4G70 B; 5H2N A; 4JKV A; 3QJT B; 4N6H A; 4X1H A; 3UTW A; 1XJI A; 3CAP A; 5B2N A; 3UON A; 4AMJ A; 4NC3 A; 5B6Y A; 5A8E A; 2Z55 A; 4DAJ A; 3DDL A; 4FA7 B; 4L35 A; 3X3B A; 5FJG A; 2I35 A; 3HAQ A; 2KS9 A; 4XTN A; 1TN5 A; 4XT1 A; 1BRX A; 1S51 A; 3HAR A; 1GZM A; 1KG8 A; 4WAV A; 5G36 A; 5B35 A; 3UG9 A; 3PWH A; 1QHJ A; 5JJE A; 1PXS A; 2Y03 A; 3V2Y A; 3AYM A; 3VGA A; 3VHZ A; 5G2C A; 4KNF A; 3AM6 A; 2BRD A; 2NTW A; 4WW3 A; 4PXF A; 1JFP A; 1BRD A; 1AP9 A; 1UAZ A; 4UG2 A; 5F8U A; 3UTX A; 3QJV B; 3QDC A; 2QPD B; 3EH3 B; 4X32 A; 2KSA A; 5H2H A; 3T45 A; 1EHK B; 4G7R B; 1S54 A; 3OE9 A; 3RFM A; 4J4Q A; 5BR2 A; 4BV0 A; 2Y02 A; 1FBB A; 3S3D B; 1C3W A; 4AMI A; 5B6Z A; 4EA3 A; 3PBL A; 5ETZ A; 4MD2 A; 2QPE B; 1S53 A; 3P0G A; 4LDE A; 4EIY A; 2KSB A; 3KJ6 A; 3VVK A; 1Q5J A; 3OAX A; 4MQS A; 3V2W A; 5H2O A; 3S3B B; 4FBZ A; 4XTL A; 1VGO A; 3DQB A; 1P8H A; 1F50 A; 2G87 A; 3MBV A; 3REY A; 1XIO A; 5A44 A; 3NS0 A; 1BRR A; 1MGY A; 1JV6 A; 1XME B; 3QAP A; 1KGB A; 1U19 A; 4GBR A; 5G28 A; 3NYA A; 1H2S A; 5H2P A; 1O0A A; 3ODU A; 3S3C B; 2ZZL A; 5A45 A; 4FAA B; 3HAN A; 1IW6 A; 2LNL A; 3QBL A; 4EJ4 A; 3AYN A; 3QJS B; 4UHR A; 1TN0 A; 1GU8 A; 1PY6 A; 1QKP A; 4N4W A; 5C1M A; 1L0M A; 1VJM A; 1JV7 A; 5B6V A; 3BVD B; 3UZA A; 3ZPR A; 3PQR A; 1M0M A; 2ZIY A; 1C8R A; 1IXF A; 2AT9 A; 2NTU A; 1UCQ A; 5B6X A; 5ITE A; 1P8U A; 1BM1 A; 2M3G A; 5H2M A; 4LDL A; 5B34 A; 5H2J A; 4IAQ A; 4QID A; 3EH4 B; 5KKH A; 4GP4 B; 5EN0 A; 3X3C A; 2RH1 A; 4HYX A; 2EI4 A; 2PED A; 2WJL A; 4BUO A; 4FPD A; 3UTV A; 1HZX A; 2Y00 A; 5G2D A; 4GYC A; 3QJQ B; 2WJK A; 3QJR B; 1H68 A; 3HAO A; 3OE6 A; 5AHZ A; 4GPO A; 3SN6 R; 2R4R A; 4N4Y B; 1S8J A; 1S52 A; 4GP5 B; 4L6R A; 1DZE A; 3OE8 A; 1KME A; 5B6W A; 3WQJ A; 2VT4 A; 5JJJ A; 3C9L A; 4LDO A; 3OE0 A; 3VW7 A; 4QRY A; 3S8G B; 4Y9H A; 5ITC A; 1R84 A; 1AT9 A; 1S8L A; 3ABW A; 1F4Z A; 4DJH A; 2ZFE A; 2YCY A; 2JAG A; 3QBK A; 1E12 A; 3NY9 A; 4TL3 A; 1C8S A; 4G7S B; 3HAP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MD1 A; 4GP8 B; 1KG9 A; 4HWL A; 2J4Y A; 2Z73 A; 5AX0 A; 3QBG A; 3S8F B; 2YCX A; 3COD A; 4G71 B; 4GRV A; 5J7A A; 1E0P A; 5H2L A; 4DKL A; 5AWZ A; 3COC A; 2Y04 A; 1X0S A; 1LN6 A; 1F88 A; 2X72 A; 5G54 A; 4BWB A; 1M0K A; 2YDO A; 4KLY A; 2R4S A; 2F95 A; 4XT3 A; 4BVN A; 3UTY A; 3D4S A; 5DHH A; 3A7K A; 4MQT A; 4IAR A; 4JQ6 A; 1FBK A; 1X0K 1; 4G72 B; 2KSY A; 2F93 A; 4XXJ A; 2I20 A; 3QBI A; 2HPY A; 1QKO A; 3C9M A; 3ZEV A; 5AZD A; 1X0I 1; 5BR5 A; 1PXR A; 4X31 A; 3NY8 A; 5G2A A; 4IB4 A; 1GUE A; 3EH5 B; 1L9H A; 2JAF A; 3PDS A; 3VG9 A; 5TGZ A; 2YDV A; 1CWQ A; 3UZC A; 2L6X A; 1Q5I A; 2I21 A; 5JJN A; 4MBS A; 5DYS A; 5AHY A; 5AX1 A; 2I1X A; 4K5Y A; 4QI1 A; 3QAK A; 4BEY A; 1P8I A; 3HAS A; 3QJU B; 3RZE A; 1M0L A; 3EML A; 5H2I A; 3PXO A; 4PXK A; 4XTO A; 3NSB A; 5B0W A; 5G53 A; 1IW9 A; 4JR8 A; 2YCW A; 4BEZ A; 4G7Q B; 4HYJ A; 4OV0 A; 1R2N A; 2YCZ A; 4A4M A; 1QM8 A; 3VI0 A; 5H2K A; 5LWE A; 5DHG A; 2Y01 A; 3ZPQ A; 1JGJ A; 4G70 B; 5H2N A; 4JKV A; 3QJT B; 4N6H A; 4X1H A; 3UTW A; 1XJI A; 3CAP A; 5B2N A; 3UON A; 4AMJ A; 4NC3 A; 5B6Y A; 5A8E A; 2Z55 A; 4DAJ A; 3DDL A; 4FA7 B; 4L35 A; 3X3B A; 5FJG A; 2I35 A; 3HAQ A; 2KS9 A; 4XTN A; 1TN5 A; 4XT1 A; 1BRX A; 1S51 A; 3HAR A; 1GZM A; 1KG8 A; 4WAV A; 5G36 A; 5B35 A; 3UG9 A; 3PWH A; 1QHJ A; 5JJE A; 1PXS A; 2Y03 A; 3V2Y A; 3AYM A; 3VGA A; 3VHZ A; 5G2C A; 4KNF A; 3AM6 A; 2BRD A; 2NTW A; 4WW3 A; 4PXF A; 1JFP A; 1BRD A; 1AP9 A; 1UAZ A; 4UG2 A; 5F8U A; 3UTX A; 3QJV B; 3QDC A; 2QPD B; 3EH3 B; 4X32 A; 2KSA A; 5H2H A; 3T45 A; 1EHK B; 4G7R B; 1S54 A; 3OE9 A; 3RFM A; 4J4Q A; 5BR2 A; 4BV0 A; 2Y02 A; 1FBB A; 3S3D B; 1C3W A; 4AMI A; 5B6Z A; 4EA3 A; 3PBL A; 5ETZ A; 4MD2 A; 2QPE B; 1S53 A; 3P0G A; 4LDE A; 4EIY A; 2KSB A; 3KJ6 A; 3VVK A; 1Q5J A; 3OAX A; 4MQS A; 4DS7 E; 3V2W A; 5H2O A; 3S3B B; 4FBZ A; 4XTL A; 1VGO A; 3DQB A; 1P8H A; 1F50 A; 2G87 A; 3MBV A; 3REY A; 1XIO A; 5A44 A; 3NS0 A; 1BRR A; 1MGY A; 1JV6 A; 1XME B; 3QAP A; 1KGB A; 1U19 A; 4GBR A; 5G28 A; 3NYA A; 1H2S A; 5H2P A; 1O0A A; 3ODU A; 3S3C B; 2ZZL A; 5A45 A; 4FAA B; 3HAN A; 1IW6 A; 2LNL A; 3QBL A; 4EJ4 A; 3AYN A; 3QJS B; 4UHR A; 1TN0 A; 1GU8 A; 1PY6 A; 1QKP A; 4N4W A; 5C1M A; 1L0M A; 1VJM A; 1JV7 A; 5B6V A; 3BVD B; 3UZA A; 3ZPR A; 3PQR A; 1M0M A; 2ZIY A; 1C8R A; 1IXF A; 2AT9 A; 2NTU A; 1UCQ A; 5B6X A; 5ITE A; 1P8U A; 1BM1 A; 2M3G A; 5H2M A; 4LDL A; 5B34 A; 5H2J A; 4IAQ A; 4QID A; 3EH4 B; 5KKH A; 4GP4 B; 5EN0 A; 3X3C A; 2RH1 A; 4HYX A; 2EI4 A; 2PED A; 2WJL A; 4BUO A; 4FPD A; 3UTV A; 1HZX A; 2Y00 A; 5G2D A; 4GYC A; 3QJQ B; 2WJK A; 3QJR B; 1H68 A; 3HAO A; 3OE6 A; 5AHZ A; 4GPO A; 3SN6 R; 2R4R A; 4N4Y B; 1S8J A; 1S52 A; 4GP5 B; 4L6R A; 1DZE A; 3OE8 A; 1KME A; 5B6W A; 3WQJ A; 2VT4 A; 5JJJ A; 3C9L A; 4LDO A; 3OE0 A; 3VW7 A; 4QRY A; 3S8G B; 4Y9H A; 5ITC A; 1R84 A; 1AT9 A; 1S8L A; 3ABW A; 1F4Z A; 4DJH A; 2ZFE A; 2YCY A; 2JAG A; 3QBK A; 1E12 A; 3NY9 A; 4TL3 A; 1C8S A; 4G7S B; 3HAP A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4MD1 A; 4GP8 B; 1KG9 A; 4HWL A; 2J4Y A; 2Z73 A; 5AX0 A; 3QBG A; 3S8F B; 2YCX A; 3COD A; 4G71 B; 4GRV A; 5J7A A; 1E0P A; 5H2L A; 4DKL A; 5AWZ A; 3COC A; 2Y04 A; 1X0S A; 1LN6 A; 1F88 A; 2X72 A; 5G54 A; 4BWB A; 1M0K A; 2YDO A; 4KLY A; 2R4S A; 2F95 A; 4XT3 A; 4BVN A; 3UTY A; 3D4S A; 5DHH A; 3A7K A; 4MQT A; 4IAR A; 4JQ6 A; 1FBK A; 1X0K 1; 4G72 B; 2KSY A; 2F93 A; 4XXJ A; 2I20 A; 3QBI A; 2HPY A; 1QKO A; 3C9M A; 3ZEV A; 5AZD A; 1X0I 1; 5BR5 A; 1PXR A; 4X31 A; 3NY8 A; 5G2A A; 4IB4 A; 1GUE A; 3EH5 B; 1L9H A; 2JAF A; 3PDS A; 3VG9 A; 5TGZ A; 2YDV A; 1CWQ A; 3UZC A; 2L6X A; 1Q5I A; 2I21 A; 5JJN A; 4MBS A; 5DYS A; 5AHY A; 5AX1 A; 2I1X A; 4K5Y A; 4QI1 A; 3QAK A; 4BEY A; 1P8I A; 3HAS A; 3QJU B; 3RZE A; 1M0L A; 3EML A; 5H2I A; 3PXO A; 4PXK A; 4XTO A; 3NSB A; 5B0W A; 5G53 A; 1IW9 A; 4JR8 A; 2YCW A; 4BEZ A; 4G7Q B; 4HYJ A; 4OV0 A; 1R2N A; 2YCZ A; 4A4M A; 1QM8 A; 3VI0 A; 5H2K A; 5LWE A; 5DHG A; 2Y01 A; 3ZPQ A; 1JGJ A; 4G70 B; 5H2N A; 4JKV A; 3QJT B; 4N6H A; 4X1H A; 3UTW A; 1XJI A; 3CAP A; 5B2N A; 3UON A; 4AMJ A; 4NC3 A; 5B6Y A; 5A8E A; 2Z55 A; 4DAJ A; 3DDL A; 4FA7 B; 4L35 A; 3X3B A; 5FJG A; 2I35 A; 3HAQ A; 2KS9 A; 4XTN A; 1TN5 A; 4XT1 A; 1BRX A; 1S51 A; 3HAR A; 1GZM A; 1KG8 A; 4WAV A; 5G36 A; 5B35 A; 3UG9 A; 3PWH A; 1QHJ A; 5JJE A; 1PXS A; 2Y03 A; 3V2Y A; 3AYM A; 3VGA A; 3VHZ A; 5G2C A; 4KNF A; 3AM6 A; 2BRD A; 2NTW A; 4WW3 A; 4PXF A; 1JFP A; 1BRD A; 1AP9 A; 1UAZ A; 4UG2 A; 5F8U A; 3UTX A; 3QJV B; 3QDC A; 2QPD B; 3EH3 B; 4X32 A; 2KSA A; 5H2H A; 3T45 A; 1EHK B; 4G7R B; 1S54 A; 3OE9 A; 3RFM A; 4J4Q A; 5BR2 A; 4BV0 A; 2Y02 A; 1FBB A; 3S3D B; 1C3W A; 4AMI A; 5B6Z A; 4EA3 A; 3PBL A; 5ETZ A; 4MD2 A; 2QPE B; 1S53 A; 3P0G A; 4LDE A; 4EIY A; 2KSB A; 3KJ6 A; 3VVK A; 1Q5J A; 3OAX A; 4MQS A; 4DS7 E; 3V2W A; 5H2O A; 3S3B B; 4FBZ A; 4XTL A; 1VGO A; 3DQB A; 1P8H A; 1F50 A; 2G87 A; 3MBV A; 3REY A; 1XIO A; 5A44 A; 3NS0 A; 1BRR A; 1MGY A; 1JV6 A; 1XME B; 3QAP A; 1KGB A; 1U19 A; 4GBR A; 5G28 A; 3NYA A; 1H2S A; 5H2P A; 1O0A A; 3ODU A; 3S3C B; 2ZZL A; 5A45 A; 4FAA B; 3HAN A; 1IW6 A; 2LNL A; 3QBL A; 4EJ4 A; 3AYN A; 3QJS B; 4UHR A; 1TN0 A; 1GU8 A; 1PY6 A; 1QKP A; 4N4W A; 5C1M A; 1L0M A; 1VJM A; 1JV7 A; 5B6V A; 3BVD B; 3UZA A; 3ZPR A; 3PQR A; 1M0M A; 2ZIY A; 1C8R A; 1IXF A; 2AT9 A; 2NTU A; 1UCQ A; 5B6X A; 5ITE A; 1P8U A; 1BM1 A; 2M3G A; 5H2M A; 4LDL A; 5B34 A; 5H2J A; 4IAQ A; 4QID A; 3EH4 B; 5KKH A; 4GP4 B; 5EN0 A; 3X3C A; 2RH1 A; 4HYX A; 2EI4 A; 2PED A; 2WJL A; 4BUO A; 4FPD A; 3UTV A; 1HZX A; 2Y00 A; 5G2D A; 4GYC A; 3QJQ B; 2WJK A; 3QJR B; 1H68 A; 3HAO A; 3OE6 A; 5AHZ A; 4GPO A; 3SN6 R; 2R4R A; 4N4Y B; 1S8J A; 1S52 A; 4GP5 B; 4L6R A; 1DZE A; 3OE8 A; 1KME A; 5B6W A; 3WQJ A; 2VT4 A; 5JJJ A; 3C9L A; 4LDO A; 3OE0 A; 3VW7 A; 4QRY A; 3S8G B; 4Y9H A; 5ITC A; 1R84 A; 1AT9 A; 1S8L A; 3ABW A; 1F4Z A; 4DJH A; 2ZFE A; 2YCY A; 2JAG A; 3QBK A; 1E12 A; 3NY9 A; 4TL3 A; 1C8S A; 4G7S B; 3HAP A;
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