3OE0A

Crystal structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with a cyclic peptide antagonist cvx15
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
440
structure length
433
Chain Sequence
KEPCFREENANFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYGHQKRKALKPTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein, hydrolase/antibiotic
source organism Homo sapiens
publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
total genus 168
structure length 433
sequence length 440
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe0A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe0A01
3DN2A 1QT6A 1E12A 3SBBC 1PXSA 1XMEB 4IB4A 4W59A 4GBRB 5AHYA 1L26A 1L48A 4MD2A 3HWLA 1DYGA 4EKPA 1D9WA 119LA 1T8FA 1Q5JA 251LA 3RUNA 6LZMA 3C8RA 183LA 1L67A 1F88A 5G54A 1L37A 129LA 1L38A 4N4WA 3C8QA 118LA 1L31A 192LA 1C60A 2Z55A 2B73A 2R4SA 1L64A 1LWGA 2B72A 262LA 1G1VA 4I7QA 222LA 1CV1A 1BM1A 3UTXA 1X0I1 4GRVA 4GP8B 1S51A 3ZPQA 2Y04A 252LA 3QBGA 1QTVA 5B2NA 4K5YA 4I7SA 3C83A 166LA 1L07A 5LZMA 1L81A 1LW9A 1QS9A 1G0LA 2OE7X 1CX7A 1L55A 3QJSB 146LA 1VGOA 1L08A 1D2WA 5EN0A 1H2SA 163LA 2RBSA 2NTUA 1T97A 1L27A 3C7WA 3WQJA 186LA 1L95A 3CDVA 1AP9A 1LGWA 3EH5B 3QJQB 3QJVB 1L96A 4HYXA 218LA 1LYJA 4PXKA 2YCWA 1CV5A 4G70B 4NC3A 1JGJA 1C6JA 3HUAA 5JJEA 4I7MA 3C82A 112LA 4BWBA 175LA 1L19A 2OU9A 4I7OA 180LA 1M0MA 1L60A 107LA 1GU8A 1L82A 1C63A 3EH3B 3EMLA 2YDOA 209LA 1SSWA 1GUEA 3S8GB 4J4QA 1GZMA 1L99A 1L40A 4ARQB 110LA 113LA 3UTYA 3HAPA 3CDRA 3K2RA 4W52A 3HARA 3S3DB 1T8AA 1S52A 5AX1A 5BR2A 3JR6A 1CU6A 2I20A 2YCYA 3C80A 4MD1A 249LA 3HH5A 245LA 1PY6A 5C1MA 1CX6A 1C64A 1QUHA 1PQMA 1P2LA 4X31A 3RFMA 4IAPA 2JAFA 4XT1A 130LA 3G3VA 3NS0A 1PQIA 1C6EA 3UG9A 4I7PA 4GP4B 1DYCA 1CU2A 1G0MA 3HU8A 4IARA 1JV7A 4QIDA 181LA 4MQTA 3DNAA 148LE 3QJRB 1C3WA 131LA 182LA 2OTZX 2KSAA 3GUOA 4W51A 1QT7A 3HTDA 1T8GA 1G0QA 3G3XA 1C6BA 2Q9EA 5B6YA 3C8SA 4IAQA 187LA 3VW7A 229LA 1PXRA 157LA 4GYCA 5FJGA 5H2HA 5H2IA 126LA 2OU0X 122LA 2Y03A 1L68A 5AWZA 2Y00A 4A4MA 4EPFA 1G0PA 3HU9A 138LA 3QDCA 3PWHA 5H2KA 3OE9A 5JJJA 1L76A 1L89A 4GPOA 1C66A 233LA 1LWKA 1C6MA 3V2WA 5A45A 5B35A 1XJUA 1FBKA 4N6HA 1L50A 1OVKA 2Z73A 1OWZA 3HH3A 1C61A 1CWQA 2HUMA 7LZMA 4HYJA 1QTBA 1S53A 1L93A 1F4ZA 4FPDA 5G2AA 1XJTA 1CV3A 3OE8A 2RH1A 5B0WA 1L01A 1L03A 1QTDA 140LA 1L0JA 1QHJA 4AMJA 1O0AA 1L24A 4DJHA 2EI4A 104LA 144LA 4PJZA 4LZMA 3S8FB 3GUMA 1U19A 1B6IA 1L70A 1KY0A 1L75A 1JV6A 1CUQA 254LA 2OE4X 3S3BB 4HWLA 4ARPA 3PXOA 4FA7B 1L84A 3AYNA 1LLHA 4EKSA 4JKVA 1L65A 216LA 241LA 3NYAA 2QPDB 2VT4A 2KSYA 1IW6A 243LA 1S8JA 5JJNA 1WTHA 1CV6A 1QTZA 1KG9A 4I7LA 199LA 4KLYA 1L32A 4EPIA 1P8UA 259LA 3HTFA 114LA 1IW9A 3OE0A 257LA 151LA 1CV0A 2B7XA 184LA 1P64A 1SX7A 1P37A 4LDOA 5G2DA 2RB1X 2YCXA 3AYMA 1P7SA 1L72A 190LA 3S3CB 1QUOA 3CDQA 3F9LA 1QM8A 152LA 3AM6A 2F93A 1L83A 1LGUA 2F2QA 2B6WA 3SB9A 102LA 1LYFA 1L91A 240LA 255LA 1L36A 2ANVA 1KW7A 2B74A 4WAVA 1C6AA 1C6CA 1L87A 3HUQA 1F50A 128LA 3X3CA 2RB2X 4W54A 5DHGA 147LA 1L97A 1L02A 3NY9A 1C8SA 1L34A 2Z6BA 1P56A 3C7YA 3DMXA 4X1HA 3DN8A 1QT8A 4KNFA 238LA 1DYBA 4OV0A 159LA 115LA 1S54A 2BRDA 3QBKA 1L20A 1L66A 215LA 4W55A 1L85A 1C6DA 1L33A 3HAOA 1L00A 1P2RA 3C9LA 4XTNA 156LA 1C6LA 3SBAA 237LA 3FADA 5A8EA 1C6IA 1D3MA 1DYFA 4BUOA 212LA 149LA 2RBNA 5H2JA 5ETZA 2LZMA 170LA 4XTLA 1C67A 188LA 4WW3A 4UHRA 1CV4A 1L28A 1OYUA 1C65A 211LA 1JFPA 4W56A 1SWZA 158LA 1QS5A 3KJ6A 3MBVA 3ZPRA 1L57A 3DN6A 1L44A 1L22A 1FBBA 4G72B 2O4WA 177LA 1L52A 4EKQA 5J7AA 1L63A 1LI2A 1PQJA 1IXFA 1L88A 1P6YA 2RAZX 3HANA 1D3NA 2LNLA 4L35A 1LGXA 174LA 2IGCA 3VGAA 4I7NA 1I6SA 4N4YB 3HASA 232LA 5ITCA 1P5CA 111LA 1L74A 4AQNA 3PBLA 4G71B 1QSQA 4BEYA 1OV5A 1ZURA 1L90A 1LYDA 162LA 137LA 3HTGA 3DN3A 1QKOA 4AMIA 1SX2A 2RB0X 1R2NA 1L73A 1XIOA 2WJLA 3F8VA 189LA 1DYDA 3V2YA 1L92A 247LA 2B6XA 2Y02A 4PXFA 1R84A 2NTGA 4PK0A 3SB6A 1KMEA 1D3FA 2RBQA 201LA 4EKRA 1KGBA 4XTOA 5B34A 5H2NA 1L11A 1L62A 3GUJA 4YXAC 4EA3A 1L54A 256LA 260LA 1LN6A 5DYSA 2J4YA 1KNIA 164LA 3ABWA 3PDSA 1L9HA 4BEZA 1LI3A 2YDVA 1L0MA 250LA 1L15A 3ODUA 4I7JA 248LA 5AX0A 1C6QA 185LA 235LA 5TGZA 1C6KA 1L61A 1P46A 4ARJA 228LA 2F32A 1P8HA 1C6HA 5A44A 3A7KA 1L39A 231LA 1QTCA 4ZPUA 1L0KA 168LA 1G0KA 1VJMA 1EHKB 2I21A 1L43A 3NSBA 3UTWA 1M0KA 1E0PA 143LA 139LA 1G0GA 3LZMA 3P0GA 2I1XA 1XJIA 1L23A 2ZFEA 3QJTB 1L21A 3VG9A 1L04A 1D3JA 242LA 3REYA 127LA 219LA 2ANXA 3HT6A 200LA 220LA 1KG8A 2R4RA 1X0SA 3SN6R 1QUGA 4G7SB 4UG2A 4S0WA 3CODA 103LA 1C6FA 5F8UA 2B6ZA 3QJUB 4BV0A 4I7TA 1PQOA 1L56A 1TLAA 2A4TA 1L98A 3HDEA 2L6XA 3HUKA 1G0JA 1QT3A 1G07A 1L14A 3GUPA 3HTBA 3HAQA 4XXJA 2NTWA 3G3WA 1SWYA 3L64A 3CAPA 3DQBA 142LA 4MBSA 4XT3A 2LC9A 1C68A 1LPYA 1C62A 2B75A 2YCZA 1OV7A 3UZCA 3GUIA 4OO9A 2OE9X 1L71A 5H2PA 236LA 3DMVA 2L78A 2JAGA 2WJKA 2G87A 3UZAA 4BVNA 1CU0A 4YX7C 3X3BA 1OWYA 125LA 1Q5IA 5H2MA 244LA 1X0K1 3COCA 3HH4A 161LA 2NTHA 4GP5B 3DN4A 1CU3A 1L06A 3L2XA 1L13A 3GUNA 3NY8A 1JTMA 3OAXA 197LA 5B6ZA 1L05A 3ZEVA 108LA 1KW5A 1PQDA 3GUKA 4W57A 1M0LA 1L09A 2X72A 1C6TA 1LYIA 1LYHA 5G53A 4YXCA 1OVJA 234LA 1L17A 4W53A 2B70A 4I7KA 5B6WA 3VI0A 1BRXA 1P36A 3HT7A 224LA 1L18A 3CDOA 1CVKA 1L29A 4QRYA 1L59A 3C9MA 167LA 4L6RA 1EPYA 1L51A 2ZZLA 3VVKA 1JTNA 1LYGA 123LA 3UONA 1CU5A 3HDFA 1G06A 1C6PA 1DYEA 1P8IA 2QB0B 3FI5A 4G7QB 1D2YA 3DMZA 145LA 5H2OA 1SSYA 3GULA 173LA 1L42A 3QAPA 3SB7A 4TL3A 150LA 2Q9DA 2HPYA 4LDEA 5G28A 4ARMA 217LA 1OVHA 1L16A 1G1WA 3SB8A 3PQRA 2OTYX 4DAJA 2ZIYA 225LA 4E97A 239LA 206LA 5G36A 5B6VA 4GBRA 1L77A 2HULA 1L35A 253LA 1S8LA 195LA 1L58A 1C69A 3DN1A 1L41A 1C8RA 5KKHA 1L10A 191LA 4JR8A 1L49A 3QBIA 1L46A 4JQ6A 4X32A 4EXMA 1QTHA 4W58A 1LYEA 196LA 1TN5A 4LDLA 1L79A 221LA 258LA 2QARC 3HT9A 5H2LA 2F47A 1NHBA 4ARLA 1KS3A 3C7ZA 3DKEX 3OE6A 1QKPA 1MGYA 3VHZA 3RZEA 178LA 109LA 1CTWA 3BVDB 3C81A 1C6GA 1ZYTA 165LA 1ZWNA 5ITEA 4EIYA 2O7AA 1BRDA 1UCQA 5AZDA 205LA 2OEAX 1JQUA 1L94A 4EJ4A 1UAZA 4FAAB 2I35A 2QPEB 1C6NA 1T6HA 5G2CA 1QSBA 2RBOA 1HZXA 3QBLA 1P3NA 198LA 1BRRA 3D4SA 2B6YA 2RAYX 3FA0A 2PEDA 5DHHA 2O79A 5AHZA 120LA 213LA 2KS9A 1CUPA 1L47A 2Y01A 1L86A 2F95A 4MQSA 1L80A 246LA 1TN0A 3DDLA 1L25A 1L53A 2HUKA 4DKLA 3EH4B 3QAKA 4I7RA 226LA 3T45A 141LA 172LA 2LCBA 3DN0A 1L69A 227LA 4FBZA 4G7RB 3CDTA 3UTVA 1QUDA 1QT5A 5LWEA 1K28A 1LI6A 2B6TA 171LA 1DYAA 3HH6A 1L12A 1AT9A 2CUUA 2AT9A 214LA 1L45A 5B6XA 2OU8A 210LA 155LA 1PQKA 4QI1A 169LA 1L30A 176LA 1QT4A 160LA 223LA 3SB5A 5I14A 3HT8A 1H68A 230LA 2RBPA 1DZEA 4ARQA 261LA 2KSBA 4Y9HA 4ARMB 2RBRA 2M3GA 1KY1A 5BR5A 1XEPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AUBA 1GF3A 1LYZA 1PXSA 4W59A 4ETAA 4MD2A 2WARA 4EKPA 1QUTA 1D6PA 119LA 3C8RA 1CKDA 5G54A 3IWRA 3C8QA 4P2EA 1NDMC 3AYQA 1OUGA 5ILCA 1L81A 2BQCA 1QS9A 2C8PA 4H9EA 2OE7X 1CX7A 2VB1A 1D2WA 1H2SA 3AZ5A 1G7MC 2RBSA 3WXUA 3C7WA 1QIOA 3CDVA 1L95A 1LSGA 3QJQB 1LGWA 154LA 1L96A 5KJ9A 1LYOA 1HNLA 2YCWA 4G70B 1D0MA 1C6JA 1IP2A 1GF6A 4BWBA 4KPMA 3WMKA 180LA 2FYCA 4CFPA 4LYCA 7LYZA 1C63A 3G3AB 3EMLA 1OUDA 3S8GB 8LYZA 1LZAA 4TWSA 4YEMA 3HARA 3S3DB 1S52A 5AX1A 5LINA 2MEDA 5HLLA 2I20A 4H90A 3RFMA 4IAPA 1EQ4A 3T6UA 1KXWA 1PQIA 1LMPA 5AMYA 4I7PA 4IARA 4MQTA 193LA 3DNAA 3QJRB 1C3WA 4H94A 182LA 1IWXA 4PRQA 4W51A 1QT7A 1GFUA 4FDYA 1G0QA 3WPJA 3G3BB 3C8SA 4NHPA 5FJGA 4GYCA 5H2HA 1LZCA 1GD6A 1SQ2L 1L68A 5AWZA 4A4MA 1HEQA 5I4WA 1G0PA 138LA 1OUJA 2EKSC 3LN2A 1L76A 233LA 1LWKA 5D5FA 3TMWA 1XJUA 1C61A 2HUMA 1HEOA 4R0FA 4HYJA 3W6EA 1F4ZA 1WQNA 4WMGA 1XJTA 1CV3A 1L01A 140LA 4UWUA 3HBHA 4FJRA 4DJHA 2EI4A 4LZMA 3GUMA 1JV6A 1GAZA 1YAQA 4FA7B 1L84A 3FE0A 4EKSA 1LZSA 1G7LC 2QPDB 1IW6A 1WTHA 1QTZA 4RLMA 4I7LA 1P8UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1C8R A;  5KKH A;  1L10 A;  191L A;  4JR8 A;  1L49 A;  3QBI A;  1L46 A;  4JQ6 A;  4X32 A;  4EXM A;  1QTH A;  4W58 A;  1LYE A;  196L A;  1TN5 A;  4LDL A;  1L79 A;  221L A;  258L A;  2QAR C;  3HT9 A;  5H2L A;  2F47 A;  1NHB A;  4ARL A;  1KS3 A;  3C7Z A;  3DKE X;  3OE6 A;  1QKP A;  1MGY A;  3VHZ A;  3RZE A;  178L A;  109L A;  1CTW A;  3BVD B;  3C81 A;  1C6G A;  1ZYT A;  165L A;  1ZWN A;  5ITE A;  4EIY A;  2O7A A;  1BRD A;  1UCQ A;  5AZD A;  205L A;  2OEA X;  1JQU A;  1L94 A;  4EJ4 A;  1UAZ A;  4FAA B;  2I35 A;  2QPE B;  1C6N A;  1T6H A;  5G2C A;  1QSB A;  2RBO A;  1HZX A;  3QBL A;  1P3N A;  198L A;  1BRR A;  3D4S A;  2B6Y A;  2RAY X;  3FA0 A;  2PED A;  5DHH A;  2O79 A;  5AHZ A;  120L A;  213L A;  2KS9 A;  1CUP A;  1L47 A;  2Y01 A;  1L86 A;  2F95 A;  4MQS A;  1L80 A;  246L A;  1TN0 A;  3DDL A;  1L25 A;  1L53 A;  2HUK A;  4DKL A;  3EH4 B;  3QAK A;  4I7R A;  226L A;  3T45 A;  141L A;  172L A;  2LCB A;  3DN0 A;  1L69 A;  227L A;  4FBZ A;  4G7R B;  3CDT A;  3UTV A;  1QUD A;  1QT5 A;  5LWE A;  1K28 A;  1LI6 A;  2B6T A;  171L A;  1DYA A;  3HH6 A;  1L12 A;  1AT9 A;  2CUU A;  2AT9 A;  214L A;  1L45 A;  5B6X A;  2OU8 A;  210L A;  155L A;  1PQK A;  4QI1 A;  169L A;  1L30 A;  176L A;  1QT4 A;  160L A;  223L A;  3SB5 A;  5I14 A;  3HT8 A;  1H68 A;  230L A;  2RBP A;  1DZE A;  4ARQ A;  261L A;  2KSB A;  4Y9H A;  4ARM B;  2RBR A;  2M3G A;  1KY1 A;  5BR5 A;  1XEP A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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