3OE0A

Crystal structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with a cyclic peptide antagonist cvx15
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
440
structure length
433
Chain Sequence
KEPCFREENANFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYGHQKRKALKPTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein, hydrolase/antibiotic
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 168
structure length 433
sequence length 440
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe0A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe0A01
1KG9A 1ZYTA 240LA 5BR2A 2F93A 3CDRA 1CV1A 2IGCA 4BV0A 2LCBA 1L43A 4ARQA 1OVHA 4OV0A 4DAJA 1C63A 1VGOA 3L64A 149LA 1QUDA 3C81A 1CV3A 4I7QA 4ARPA 118LA 6LZMA 1G0PA 1P8IA 4NC3A 200LA 1L13A 2KSAA 5G28A 4ARQB 1BRXA 3HAOA 201LA 4G71B 239LA 3GUKA 170LA 1L82A 2B6XA 1BRDA 1F88A 1C6TA 1C6IA 1L25A 1L19A 230LA 4GPOA 3WQJA 1L39A 1DYAA 5AZDA 1L93A 1L49A 1LGUA 3RUNA 3CODA 2QARC 4FBZA 2B75A 3DNAA 3DQBA 4GP8B 4KLYA 2EI4A 142LA 1C61A 3DMXA 2LZMA 3OE8A 3VG9A 1Q5IA 1L54A 2OTYX 1L76A 1L20A 3F8VA 1P46A 1L27A 3HU8A 247LA 251LA 129LA 113LA 176LA 1G0KA 3DMVA 1X0K1 2KS9A 4BVNA 1P8HA 1JTMA 3CDOA 3SB8A 140LA 1C6DA 3UG9A 1X0SA 3QBGA 1L91A 1PXRA 4YXCA 104LA 4PXFA 2J4YA 1L72A 1L38A 1L53A 1L68A 3OE9A 1DYGA 1U19A 2R4RA 4UHRA 1S53A 2ZIYA 1KY0A 5AHZA 168LA 1Q5JA 1T8FA 2ANXA 2AT9A 222LA 1LLHA 1KW5A 1L90A 3UTYA 1CWQA 3NSBA 250LA 1M0MA 1L50A 256LA 5H2LA 3LZMA 1P64A 1G1WA 1L0KA 1S52A 2B74A 4I7KA 1QTCA 2F2QA 3FI5A 2BRDA 5H2PA 1L11A 165LA 1L0JA 4G7RB 4ARMA 1P56A 5EN0A 1EHKB 4L6RA 2A4TA 2B6TA 1QS9A 1LI2A 1AT9A 3SBBC 3SB9A 1DYBA 1QTHA 3CDVA 3HTGA 1KMEA 3ZPRA 1KNIA 4XT3A 4ARMB 4EXMA 5H2NA 1D3JA 146LA 1C6PA 1L83A 3DN4A 4XXJA 3EH3B 1L01A 1L87A 243LA 5B35A 244LA 1L59A 1M0KA 4G7QB 3S8GB 1L02A 1L74A 206LA 1L77A 5B2NA 1SX7A 2WJLA 1JV6A 4G70B 1L47A 4W52A 167LA 2M3GA 1L57A 3VVKA 182LA 180LA 1L51A 3GUJA 1XJTA 1L79A 5C1MA 1LYFA 4K5YA 3HUQA 242LA 2B7XA 1GUEA 111LA 4DKLA 4MD2A 3NY8A 1D3FA 4AQNA 3DMZA 3PBLA 1R2NA 188LA 1PQKA 3OAXA 1L46A 1P36A 3HH4A 246LA 1LYGA 2OU9A 3VI0A 2ZFEA 4JQ6A 1L40A 3HU9A 5FJGA 2Y00A 4G7SB 1C6HA 1L41A 5ITCA 1L42A 253LA 1L03A 3C7WA 3X3CA 3CDTA 2G87A 1FBBA 3NY9A 1L99A 1LGWA 1C60A 3HAPA 1JQUA 1ZURA 1IW6A 1I6SA 2RB1X 2RBPA 2L6XA 1L29A 1B6IA 1C6QA 1L62A 1LI3A 1DZEA 2YCYA 3QJVB 1WTHA 4BEYA 1BRRA 4XTOA 1T8GA 1CX6A 3HASA 3L2XA 4GBRA 1C62A 1L21A 3HT8A 3SB7A 148LE 1G0JA 4XTNA 1D3NA 1L92A 3UZAA 2I21A 258LA 226LA 3C83A 172LA 4GBRB 1QM8A 4N4YB 3GUPA 5KKHA 1L80A 4QI1A 3QAKA 1D2WA 3PXOA 4MQTA 5JJEA 3C8RA 5JJJA 109LA 1M0LA 3PQRA 5AHYA 3HTFA 5H2KA 2Z73A 3UTXA 245LA 5B6WA 4W58A 5H2HA 1QT8A 1L71A 3CDQA 5B6YA 3C82A 1L04A 2B72A 3RFMA 103LA 1LYDA 3OE0A 1G0QA 3QJQB 1L06A 1VJMA 2YCXA 4MD1A 2NTGA 4DJHA 1JGJA 3VW7A 3DKEX 3QJSB 127LA 1L34A 1NHBA 1SSYA 217LA 3MBVA 1L17A 1DYFA 2HULA 3ABWA 4XT1A 2RBNA 159LA 1SX2A 3QJUB 1G07A 126LA 1L09A 1JV7A 259LA 3UONA 198LA 2Y02A 162LA 3C9MA 261LA 5H2MA 4IAQA 3GULA 4LDLA 1QTVA 3S3BB 1L67A 3AYNA 1L58A 174LA 216LA 1DYEA 2RBRA 1XIOA 1C6GA 238LA 3EH4B 3DN2A 3NS0A 4PK0A 3HDFA 1L70A 2HUKA 5ETZA 123LA 2QPDB 1L22A 199LA 5B6XA 1CU0A 1P2RA 3PDSA 233LA 7LZMA 5G54A 3GUOA 1H68A 1KW7A 1D3MA 1H2SA 2I35A 163LA 4TL3A 241LA 1L52A 3X3BA 3JR6A 4YX7C 1JFPA 2I1XA 4A4MA 1EPYA 4X31A 3QBLA 115LA 3ZEVA 3OE6A 1L31A 1L35A 3SB6A 5DHGA 3P0GA 4EKPA 1DYCA 1P2LA 1L89A 4EKSA 1L86A 237LA 1L32A 210LA 3HANA 1C6JA 4QRYA 1C64A 3G3XA 184LA 205LA 2CUUA 155LA 220LA 4GRVA 4G72B 1KGBA 1UCQA 4WAVA 2QB0B 5G2DA 128LA 3T45A 1L63A 1UAZA 1CTWA 1S54A 1C6CA 1L15A 3COCA 215LA 2LNLA 4J4QA 1L95A 5J7AA 2RBQA 178LA 1OV7A 197LA 209LA 2Y04A 4N4WA 4QIDA 4PXKA 1PQIA 2B6YA 3ZPQA 3C8SA 1R84A 260LA 3HT7A 1C6MA 2B6ZA 229LA 1LW9A 255LA 1IW9A 249LA 5G2CA 2OE9X 1F50A 3QJTB 1L96A 223LA 1P7SA 1E0PA 5B34A 161LA 2OU8A 3C8QA 2NTUA 186LA 1XEPA 2Q9DA 3GUNA 1PXSA 1QKOA 262LA 5A8EA 5LWEA 3HAQA 5LZMA 219LA 1L56A 5A45A 4W54A 1L37A 1L55A 4IAPA 1TLAA 4I7PA 3FADA 1PQOA 151LA 175LA 2OU0X 1SWZA 187LA 3DN3A 1L28A 171LA 1PY6A 227LA 4HWLA 3UZCA 3C7YA 3BVDB 4I7LA 2PEDA 1L9HA 1OYUA 3PWHA 1D2YA 1CUPA 214LA 4EJ4A 1C66A 4XTLA 4AMJA 4EKRA 3KJ6A 4EKQA 1L44A 1LPYA 5G53A 4WW3A 190LA 1L23A 3HH6A 4LZMA 4LDOA 3HH3A 4W59A 2Q9EA 4X32A 1L48A 1XJIA 1L66A 3V2WA 2OE7X 2F95A 1OVKA 2LC9A 2JAFA 122LA 3G3VA 5G2AA 185LA 211LA 2NTHA 5H2OA 3S3DB 191LA 4MQSA 4S0WA 2X72A 1GZMA 1OV5A 4W53A 125LA 3S8FB 1QUOA 4I7JA 3DN8A 1XMEB 236LA 1C67A 4GP5B 5B6ZA 4EA3A 1TN5A 2Y03A 2RBOA 232LA 1QT7A 2Z6BA 4W51A 2HPYA 1CVKA 1KY1A 102LA 1AP9A 1L81A 4UG2A 1L60A 1L16A 3HT6A 3HDEA 1F4ZA 1C6BA 1L88A 2QPEB 5G36A 2RAZX 3QBIA 5BR5A 4EPFA 5ITEA 1C6FA 4KNFA 1CV6A 1L14A 2ZZLA 5H2JA 1KS3A 120LA 1L97A 1QSBA 2JAGA 2NTWA 2Z55A 234LA 1S8JA 228LA 1T6HA 1L30A 3REYA 2RB0X 1L0MA 2YDOA 3QAPA 1L61A 2OE4X 1E12A 4FPDA 1CU6A 4EPIA 2RBSA 5TGZA 1CU2A 235LA 4X1HA 5B0WA 3C7ZA 254LA 157LA 1CUQA 164LA 1DYDA 4ARJA 1MGYA 1IXFA 1LYHA 3CAPA 3S3CB 2VT4A 1P3NA 248LA 3D4SA 1CV0A 145LA 1C6KA 3GUIA 5AWZA 1QT5A 156LA 3V2YA 1CU5A 1QTDA 2YCWA 1QS5A 3K2RA 1X0I1 141LA 1OVJA 1LYJA 1LI6A 3ODUA 4L35A 1C8SA 1K28A 3HH5A 4IARA 131LA 3HWLA 150LA 5F8UA 1CV4A 3UTVA 1C8RA 1PQDA 4Y9HA 130LA 110LA 4ZPUA 1G0LA 1KG8A 2OTZX 3DN6A 4I7OA 3HARA 1CU3A 257LA 1QHJA 4JKVA 169LA 1PQMA 143LA 4I7SA 4OO9A 1BM1A 1CV5A 108LA 137LA 3UTWA 3C80A 1L94A 213LA 1G06A 3G3WA 5DYSA 3SB5A 3HT9A 2HUMA 1C6EA 1QT6A 4GYCA 1OWZA 4EIYA 1L64A 1L98A 1QSQA 114LA 1D9WA 225LA 4FAAB 3DN1A 4BEZA 252LA 3EH5B 1TN0A 1C69A 2OEAX 1T97A 173LA 1L33A 1T8AA 1QKPA 4GP4B 1L26A 138LA 1HZXA 2YCZA 1L65A 1P37A 4W57A 2B6WA 2F32A 4HYJA 2KSBA 119LA 158LA 1LWGA 4W56A 1QUGA 4BUOA 3EMLA 1C6NA 1L36A 2RB2X 1L07A 4LDEA 1FBKA 195LA 4MBSA 4I7NA 3VHZA 2ANVA 1L00A 1L18A 1QTZA 3AYMA 1S51A 4JR8A 4AMIA 218LA 192LA 2F47A 3QJRB 1C6AA 4BWBA 2RAYX 1QUHA 2KSYA 1GU8A 1L45A 3FA0A 3QDCA 3GUMA 181LA 1SWYA 2O4WA 112LA 1G0MA 3NYAA 4ARLA 177LA 1LGXA 1LN6A 1S8LA 1XJUA 1L75A 3SBAA 5AX1A 147LA 2Y01A 144LA 1QTBA 1QT4A 231LA 2L78A 3DN0A 1L12A 1C65A 3QBKA 1L69A 2WJKA 1P5CA 3HUAA 4I7RA 1OWYA 1P6YA 3HTBA 5H2IA 4HYXA 139LA 152LA 1C6LA 5AX0A 4IB4A 1L10A 107LA 1JTNA 1ZWNA 4E97A 2B70A 1C68A 166LA 1L84A 1L85A 1L24A 1G1VA 224LA 2O79A 1P8UA 4N6HA 1L08A 5B6VA 183LA 3AM6A 1O0AA 5JJNA 4PJZA 4W55A 1LWKA 3F9LA 5I14A 1C3WA 196LA 1G0GA 3A7KA 2O7AA 3SN6R 3C9LA 3VGAA 5A44A 1L05A 3HUKA 4I7TA 221LA 1L73A 212LA 5DHHA 3RZEA 1SSWA 3DDLA 4I7MA 4YXAC 2I20A 189LA 4FA7B 2YDVA 1LYIA 2B73A 2RH1A 1PQJA 2R4SA 1CX7A 160LA 3HTDA 1LYEA 1QT3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LZ2A 3HBHA 2IGCA 1WQRA 1W6ZA 4ARQA 1C63A 1C08C 4I7QA 1P8IA 1UCOA 2KSAA 5G28A 4ARQB 3A92A 3HAOA 4WG7A 4G71B 2A7DA 1L82A 2B6XA 1C6TA 1L25A 1L19A 230LA 1B7MA 1L39A 1DYAA 5AZDA 1L93A 1L49A 2QARC 1LZBA 4KT3A 3CSZA 1GFTA 2LZMA 4DQJA 1L54A 1XFPL 1IWYA 1LTMA 4H9AA 1P46A 1REXA 3HU8A 247LA 1X0K1 129LA 176LA 1J1OY 1P8HA 4ANRA 3SB8A 3UG9A 1PXRA 3AZ7A 4FJRA 1L53A 2FYDA 4N0JA 1LZCA 1U19A 4LYTA 2R4RA 1UIEA 1S53A 3WU9A 168LA 1Q5JA 1T8FA 2AT9A 1LLHA 4HJZA 1E8LA 1CWQA 4OWCA 3T6UA 4DYGA 1L0KA 5D5CA 1JITA 2F4GA 1JISA 1P56A 2A4TA 4PHIA 3AW6A 3SBBC 3ZPRA 1QTHA 1UACY 5FCPA 4XJFA 4OWEA 2YBNA 5C6LA 3DN4A 146LA 3WULA 1DZBX 4AGAA 1M0KA 1TCYA 2HECA 3RT5X 1L02A 2DQCY 206LA 5LVIA 4TUNA 1JV6A 167LA 2DQDY 3TXBA 3QE8A 3T36A 1IWTA 1LJ3A 3NY8A 1BGIA 1QSAA 1R2NA 4NY5A 3OAXA 1H87A 1GFAA 1DPXA 1L03A 2IFFY 3CDTA 1L99A 1LGWA 3HFMY 3WXUA 1ZURA 1KXXA 4NGVA 1QSWA 2LZTA 4TSCA 1QUTA 1BHZA 1NBZC 3HASA 4B49A 5I5QA 3N9CA 5KJ9A 1D3NA 3UZAA 258LA 3C83A 172LA 5KKHA 3CSQA 5IELA 1D2WA 3PXOA 3C8RA 1M0LA 1OUDA 5B6WA 1OQMA 1QT8A 3LHMA 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 138L A;  1HZX A;  2YCZ A;  1L65 A;  1P37 A;  4W57 A;  2B6W A;  2F32 A;  4HYJ A;  2KSB A;  119L A;  158L A;  1LWG A;  4W56 A;  1QUG A;  4BUO A;  3EML A;  1C6N A;  1L36 A;  2RB2 X;  1L07 A;  4LDE A;  1FBK A;  195L A;  4MBS A;  4I7N A;  3VHZ A;  2ANV A;  1L00 A;  1L18 A;  1QTZ A;  3AYM A;  1S51 A;  4JR8 A;  4AMI A;  218L A;  192L A;  2F47 A;  3QJR B;  1C6A A;  4BWB A;  2RAY X;  1QUH A;  2KSY A;  1GU8 A;  1L45 A;  3FA0 A;  3QDC A;  3GUM A;  181L A;  1SWY A;  2O4W A;  112L A;  1G0M A;  3NYA A;  4ARL A;  177L A;  1LGX A;  1LN6 A;  1S8L A;  1XJU A;  1L75 A;  3SBA A;  5AX1 A;  147L A;  2Y01 A;  144L A;  1QTB A;  1QT4 A;  231L A;  2L78 A;  3DN0 A;  1L12 A;  1C65 A;  3QBK A;  1L69 A;  2WJK A;  1P5C A;  3HUA A;  4I7R A;  1OWY A;  1P6Y A;  3HTB A;  5H2I A;  4HYX A;  139L A;  152L A;  1C6L A;  5AX0 A;  4IB4 A;  1L10 A;  107L A;  1JTN A;  1ZWN A;  4E97 A;  2B70 A;  1C68 A;  166L A;  1L84 A;  1L85 A;  1L24 A;  1G1V A;  224L A;  2O79 A;  1P8U A;  4N6H A;  1L08 A;  5B6V A;  183L A;  3AM6 A;  1O0A A;  5JJN A;  4PJZ A;  4W55 A;  1LWK A;  3F9L A;  5I14 A;  1C3W A;  196L A;  1G0G A;  3A7K A;  2O7A A;  3SN6 R;  3C9L A;  3VGA A;  5A44 A;  1L05 A;  3HUK A;  4I7T A;  221L A;  1L73 A;  212L A;  5DHH A;  3RZE A;  1SSW A;  3DDL A;  4I7M A;  4YXA C;  2I20 A;  189L A;  4FA7 B;  2YDV A;  1LYI A;  2B73 A;  2RH1 A;  1PQJ A;  2R4S A;  1CX7 A;  160L A;  3HTD A;  1LYE A;  1QT3 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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