3V2YA

Crystal structure of a lipid g protein-coupled receptor at 2.80a
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
462
structure length
455
Chain Sequence
VSDYVNYDIIVRHYNYTGKLNISADKENSIKLTSVVFILICCFIILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWFLREGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKNNFRLFLLISACWVISLILGGLPIMGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYASRSSENVALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEYFLVLAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRIMGRPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera (E.C.3.
publication title Crystal structure of a lipid G protein-coupled receptor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 150
structure length 455
sequence length 462
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3v2yA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3v2yA01
1K28A 1CV3A 1L76A 2OE4X 142LA 3QDCA 1C67A 3HU9A 1L84A 5H2MA 151LA 3CDTA 1F88A 3DMXA 1CUPA 4LZMA 1KY0A 4HYJA 4KNFA 2RBOA 245LA 161LA 1QHJA 3FADA 4ARQB 1L93A 140LA 3ODUA 1UCQA 1C6MA 1L02A 250LA 5JJNA 1OV7A 4K5YA 219LA 4XT3A 216LA 1L34A 1P7SA 1L53A 5FJGA 199LA 181LA 1CTWA 3GUKA 4GP8B 5H2OA 4BV0A 104LA 5DHHA 3QBIA 3UZCA 1F50A 3HDFA 3PWHA 195LA 2F47A 5C1MA 3T45A 150LA 1C6CA 1P8UA 1PXSA 3UG9A 1L10A 1L51A 1PQIA 4W56A 1Q5JA 2WJLA 1L80A 220LA 244LA 1G1WA 1L90A 2NTHA 1C8SA 1P56A 1S52A 173LA 1L23A 231LA 1QSBA 3HH4A 4GBRA 248LA 2WJKA 3RZEA 2F93A 1KNIA 218LA 2QARC 5G2DA 2Z55A 1L29A 1JV7A 1P2RA 1L61A 3HWLA 2NTWA 1C6AA 2HULA 2Y01A 4WW3A 3ZPQA 3AM6A 3PXOA 4HWLA 1OWYA 3L2XA 4UG2A 3WQJA 4GRVA 3SB5A 4L6RA 1KS3A 1SX7A 2YCXA 1DYGA 223LA 3DNAA 2NTUA 4GPOA 237LA 1QT3A 228LA 4I7LA 2KSBA 3DDLA 191LA 1PQOA 1QSQA 1QTDA 214LA 1IW6A 1QTHA 3C9MA 4I7MA 233LA 2I20A 3PDSA 1JGJA 2RBRA 1GU8A 1L07A 1DYEA 148LE 1SWYA 2ZZLA 146LA 3ABWA 1QT4A 4EXMA 3C8QA 1L31A 2Y03A 2YDVA 4JQ6A 5B6ZA 1L62A 3A7KA 1JFPA 4L35A 3EMLA 1TN5A 1SWZA 1L26A 206LA 1DZEA 1G07A 1L35A 5I14A 1L42A 4ARPA 1P3NA 1L9HA 3C82A 3HT6A 3QJVB 2KS9A 5ITEA 1G0KA 1CV0A 3VVKA 3HANA 3HH5A 1OYUA 1LWGA 3SBAA 1QKPA 3HAPA 2B6WA 188LA 1NHBA 2Z73A 2ZIYA 4FA7B 1L05A 196LA 1L85A 1OVJA 5H2NA 5J7AA 3CODA 4I7KA 5ETZA 3DN0A 1UAZA 1L89A 5B6XA 2EI4A 4TL3A 4IAPA 4X1HA 3LZMA 164LA 3VI0A 165LA 1S54A 187LA 1CU6A 172LA 1DYAA 234LA 1TLAA 3SBBC 201LA 176LA 2OTYX 1H68A 1U19A 4G70B 1CWQA 1WTHA 3DN8A 3HDEA 4N6HA 1PQJA 3JR6A 4EPFA 3COCA 1GUEA 109LA 3EH5B 4EIYA 1JTMA 4BEYA 1LI3A 3DMVA 1P2LA 1T8FA 1P6YA 1PQMA 3VW7A 190LA 3QJTB 4J4QA 4I7RA 1QKOA 4AMIA 1L0MA 1T6HA 5G36A 2RB1X 3D4SA 242LA 1ZYTA 1L14A 1D3JA 1L60A 1QTVA 3F8VA 3NYAA 3UONA 175LA 1LYJA 5A44A 240LA 247LA 1CX7A 1L30A 1L69A 1L12A 1L19A 4PK0A 1S8LA 3V2WA 3HTGA 1C8RA 1L86A 4W59A 1P36A 1L39A 3ZEVA 1L81A 2B6ZA 4ZPUA 1D3NA 1L17A 2LC9A 1SSWA 1PXRA 1OVHA 1CU5A 259LA 5JJJA 255LA 1ZWNA 152LA 1D3FA 2B6XA 5G2CA 3UTVA 1PQDA 1T97A 197LA 4GBRB 1KGBA 2RH1A 1R84A 2I21A 1QT8A 254LA 1C6EA 1L94A 2ANVA 2O7AA 249LA 1C62A 3C7YA 1L44A 2F32A 1P8HA 4I7OA 1IW9A 1C69A 4BUOA 1S51A 1CUQA 3UTYA 3S3BB 4W52A 2KSAA 4GP4B 4MQSA 2B7XA 3HTBA 1F4ZA 4KLYA 3HH6A 169LA 4I7NA 4W57A 1AT9A 1X0SA 1CV1A 1QUHA 3QBLA 1LPYA 2O4WA 1LYFA 3GUMA 1BRXA 1LWKA 1D2YA 1QS9A 4I7QA 3SB8A 168LA 2R4RA 4ARLA 1C6FA 1L66A 107LA 1L0KA 3C8SA 1L82A 209LA 3PQRA 5AHZA 1QTBA 3HAQA 5G2AA 1I6SA 1LLHA 1QUOA 3GUIA 159LA 2F95A 5G53A 162LA 3DN6A 4W51A 2HUKA 1C61A 2LZMA 3FI5A 1XMEB 4MQTA 2YCWA 2VT4A 1R2NA 177LA 2B72A 1L01A 3ZPRA 1C6BA 1L52A 1P64A 1LI2A 3UTXA 4AMJA 221LA 3L64A 1BRRA 1P8IA 2RAZX 1L55A 1SX2A 4I7JA 2G87A 1L04A 1L95A 4N4YB 1QS5A 1L41A 2F2QA 170LA 2B70A 1P5CA 4GP5B 158LA 1PQKA 189LA 1L75A 4IB4A 232LA 3QAPA 1C6PA 1C60A 3G3VA 3C7ZA 112LA 5EN0A 3HT7A 1QT7A 128LA 192LA 1G0QA 3HUQA 4EKRA 261LA 4ARMA 3C83A 251LA 1AP9A 215LA 2RB0X 1L92A 3AYNA 1X0K1 1C6LA 4NC3A 1L47A 3GUPA 1H2SA 127LA 2NTGA 1L58A 1T8GA 227LA 180LA 224LA 1L72A 1C6TA 3S3CB 1G0PA 1XJTA 1L59A 4LDOA 4Y9HA 1L27A 2LNLA 1L22A 4PJZA 1G0GA 210LA 3F9LA 3OE8A 182LA 4EJ4A 4MD2A 5BR2A 3GULA 4XXJA 186LA 4QRYA 1L33A 1IXFA 1L43A 1E12A 1SSYA 3C8RA 230LA 3S8GB 4G71B 1JTNA 4EKQA 241LA 5TGZA 4YX7C 3RUNA 1P37A 3NS0A 123LA 238LA 3MBVA 5DHGA 2Y02A 1P46A 1LYIA 1G0JA 1L91A 155LA 171LA 5F8UA 1C6JA 1L98A 2A4TA 2OU8A 3QJUB 1L79A 5LZMA 138LA 1C6NA 1O0AA 1E0PA 5H2JA 156LA 1L08A 3HTFA 1CX6A 1M0LA 2I35A 3C7WA 4XT1A 3QJSB 3KJ6A 1L09A 1L73A 1L96A 3C81A 4XTLA 1L40A 4DJHA 3S3DB 1QUGA 2L78A 167LA 4DKLA 3QAKA 211LA 1L56A 141LA 1C6IA 3VGAA 143LA 5AX0A 2KSYA 1KG9A 2YCYA 1QT6A 217LA 1L18A 5A8EA 5AX1A 2J4YA 2B73A 1CU2A 5B6VA 1L28A 1L87A 2OE7X 1C6GA 2B74A 102LA 4FAAB 1CV4A 4XTOA 3GUNA 3GUOA 5ITCA 3X3BA 1C6QA 256LA 3S8FB 1HZXA 2RBNA 4OO9A 1KG8A 2OEAX 2LCBA 7LZMA 4W54A 3UTWA 1L74A 1L15A 1L71A 3G3XA 1C3WA 4DAJA 1KMEA 3UZAA 2YCZA 2Z6BA 3OE6A 4G7RB 1C66A 103LA 5H2IA 174LA 1Q5IA 4UHRA 1GZMA 2RB2X 1EPYA 1M0MA 2HPYA 3HASA 185LA 2B75A 1QTZA 5B35A 1XJUA 246LA 147LA 3DN4A 213LA 1L99A 3CDRA 4X31A 1KY1A 1KW7A 1DYFA 5G54A 1CV5A 3QBKA 260LA 3NSBA 1G0LA 1D2WA 3CDVA 1VGOA 4WAVA 184LA 226LA 2Q9DA 4JR8A 1L88A 212LA 5A45A 1LI6A 2OE9X 225LA 4PXKA 2OU9A 2RAYX 4I7SA 4ARMB 1S8JA 3HUKA 5LWEA 2AT9A 2BRDA 3DQBA 1L36A 1LGUA 4EKSA 1L21A 4QI1A 4MBSA 1B6IA 5AWZA 163LA 4MD1A 3K2RA 3HTDA 1G06A 1L63A 253LA 1C68A 4IARA 126LA 1DYDA 1BRDA 1LGXA 2O79A 235LA 1OVKA 3HT8A 1FBKA 114LA 1OV5A 1QTCA 137LA 3DMZA 131LA 4S0WA 3OE9A 3V2YA 6LZMA 1L70A 4EKPA 205LA 4ARQA 3OAXA 4N4WA 4JKVA 3DN2A 3EH4B 1DYCA 3OE0A 122LA 2M3GA 1LYDA 262LA 1L25A 4W58A 5G28A 257LA 108LA 4W55A 5H2PA 4I7TA 4EA3A 3C9LA 3QJRB 4ARJA 1EHKB 3HT9A 3CDQA 1BM1A 1L46A 3HU8A 1TN0A 4EPIA 1CU3A 1LYGA 258LA 3SB7A 3AYMA 149LA 2X72A 3NY9A 157LA 2OTZX 3PBLA 1FBBA 4I7PA 1L54A 4BVNA 1L37A 1CVKA 198LA 1X0I1 4GYCA 2QPEB 5JJEA 4BWBA 2RBSA 2B6YA 166LA 1ZURA 3SB9A 1L06A 1C63A 1L67A 3DKEX 1L57A 1JQUA 3G3WA 4QIDA 3GUJA 4A4MA 130LA 1L00A 1T8AA 4G72B 5BR5A 1QT5A 3C80A 3X3CA 5B34A 4LDEA 2Q9EA 139LA 2Y04A 4PXFA 1L0JA 1D9WA 5H2HA 1M0KA 4LDLA 1PY6A 5B0WA 5H2LA 3QBGA 1L49A 4AQNA 113LA 1L13A 1DYBA 3SB6A 1L68A 1LN6A 3NY8A 160LA 1LYHA 1L11A 1L20A 1LYEA 1QUDA 236LA 3BVDB 129LA 229LA 1MGYA 1C65A 1S53A 110LA 1XEPA 1L65A 2RBPA 4OV0A 2JAFA 2QPDB 4HYXA 2CUUA 1VJMA 5B6WA 4YXAC 1L16A 2ANXA 200LA 4X32A 4BEZA 5AHYA 1C64A 1CV6A 1L45A 3VG9A 243LA 5DYSA 1CU0A 3HAOA 1QM8A 1L83A 115LA 1XJIA 1C6KA 1C6DA 239LA 5AZDA 3FA0A 1L50A 2QB0B 3QJQB 3RFMA 1C6HA 1L64A 1G1VA 3HUAA 5B2NA 4IAQA 3SN6R 4G7SB 1LGWA 1D3MA 1L38A 2L6XA 3CAPA 120LA 1L77A 3P0GA 222LA 1L48A 2HUMA 3REYA 1OWZA 1L32A 3CDOA 3HARA 144LA 2IGCA 118LA 1JV6A 2YDOA 2JAGA 119LA 4FPDA 4XTNA 5KKHA 2B6TA 3DN3A 2PEDA 1G0MA 1KW5A 183LA 145LA 3VHZA 3DN1A 5B6YA 3EH3B 1LW9A 111LA 2I1XA 4E97A 178LA 2Y00A 2R4SA 125LA 2ZFEA 2RBQA 4W53A 1XIOA 4YXCA 1L24A 252LA 4G7QB 1L03A 5H2KA 4FBZA 3HH3A 1L97A 2OU0X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L76A 1DI3A 1C67A 1L84A 1LSGA 3DMXA 4LZMA 1KY0A 4O34A 245LA 4H9FA 3ODUA 1AZFA 1GF0A 2Z37A 1UCQA 4BAFA 1OV7A 2EPEA 4K5YA 5B1GA 1P7SA 4NSHA 2BQEA 181LA 5H2OA 4BV0A 2BLYA 3UZCA 1HFYA 4WG7A 1JUGA 3T45A 2HU3A 3HBDA 4WLYA 4H91A 1L10A 1GB0A 1XGTC 1DKJA 1B7QA 1B7NA 1LJJA 220LA 4GCEA 1C8SA 1G7JC 4Z41A 173LA 1L23A 3P64A 2BQAA 1LSAA 4GBRA 248LA 3RZEA 2F93A 1LSFA 3EMSA 2ZNWY 1GEZA 4XENA 1I56A 1HSWA 4GRVA 3WQJA 4DD3A 3FE0A 1GE3A 4UHRA 1LZ4A 3DDLA 4H92A 1TAYA 1F0WA 3W6AA 4I7MA 1D6QA 4LYMA 5LINA 1GU8A 4H1PA 2ZZLA 146LA 4EXMA 2Y03A 1QSAA 5KXWA 4N1CC 1LYZA 4GCBA 2XBSA 1TN5A 1HFZA 1CKDA 1L26A 2LHMA 1G07A 1L35A 1GBWA 4KL7A 5LYMA 1JKBA 1L42A 4XJFA 1BHZA 2KS9A 1G0KA 1LWGA 2ZIYA 1L05A 196LA 1TBYA 1OVJA 1ZMYL 5LVGA 1DPXA 5ETZA 3DN0A 1UAZA 1D0MA 4W96A 1C43A 1UICA 3LZMA 5LXWA 187LA 1CU6A 4LT0A 2NWDX 201LA 1NBZC 1LSMA 1T6VL 1BB4A 109LA 4EIYA 4BEYA 1P2LA 1PQMA 4AMIA 1QKOA 3A90A 4TUNA 1T6HA 5G36A 3ATNA 2BQNA 1SQ2L 3TXIA 1ZYTA 3SP3A 1L14A 1L60A 6LYTA 2BQMA 3F6ZA 1FBIX 1LYJA 5A44A 240LA 2BQBA 1L69A 1C8RA 3N9CA 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 4A4M A;  130L A;  1L00 A;  1T8A A;  4G72 B;  5BR5 A;  1QT5 A;  3C80 A;  3X3C A;  5B34 A;  4LDE A;  2Q9E A;  139L A;  2Y04 A;  4PXF A;  1L0J A;  1D9W A;  5H2H A;  1M0K A;  4LDL A;  1PY6 A;  5B0W A;  5H2L A;  3QBG A;  1L49 A;  4AQN A;  113L A;  1L13 A;  1DYB A;  3SB6 A;  1L68 A;  1LN6 A;  3NY8 A;  160L A;  1LYH A;  1L11 A;  1L20 A;  1LYE A;  1QUD A;  236L A;  3BVD B;  129L A;  229L A;  1MGY A;  1C65 A;  1S53 A;  110L A;  1XEP A;  1L65 A;  2RBP A;  4OV0 A;  2JAF A;  2QPD B;  4HYX A;  2CUU A;  1VJM A;  5B6W A;  4YXA C;  1L16 A;  2ANX A;  200L A;  4X32 A;  4BEZ A;  5AHY A;  1C64 A;  1CV6 A;  1L45 A;  3VG9 A;  243L A;  5DYS A;  1CU0 A;  3HAO A;  1QM8 A;  1L83 A;  115L A;  1XJI A;  1C6K A;  1C6D A;  239L A;  5AZD A;  3FA0 A;  1L50 A;  2QB0 B;  3QJQ B;  3RFM A;  1C6H A;  1L64 A;  1G1V A;  3HUA A;  5B2N A;  4IAQ A;  3SN6 R;  4G7S B;  1LGW A;  1D3M A;  1L38 A;  2L6X A;  3CAP A;  120L A;  1L77 A;  3P0G A;  222L A;  1L48 A;  2HUM A;  3REY A;  1OWZ A;  1L32 A;  3CDO A;  3HAR A;  144L A;  2IGC A;  118L A;  1JV6 A;  2YDO A;  2JAG A;  119L A;  4FPD A;  4XTN A;  5KKH A;  2B6T A;  3DN3 A;  2PED A;  1G0M A;  1KW5 A;  183L A;  145L A;  3VHZ A;  3DN1 A;  5B6Y A;  3EH3 B;  1LW9 A;  111L A;  2I1X A;  4E97 A;  178L A;  2Y00 A;  2R4S A;  125L A;  2ZFE A;  2RBQ A;  4W53 A;  1XIO A;  4YXC A;  1L24 A;  252L A;  4G7Q B;  1L03 A;  5H2K A;  4FBZ A;  3HH3 A;  1L97 A;  2OU0 X; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LHM A;  1LWK A;  1QS9 A;  3SB8 A;  1EQE A;  4WG1 A;  107L A;  2MEH A;  5F14 A;  3C8S A;  1OQM A;  1CKG A;  209L A;  1UID A;  1FLU A;  5APC A;  1QUO A;  2F95 A;  5D5F A;  4NEB A;  4W51 A;  1C61 A;  2LZM A;  3FI5 A;  1OUE A;  2YCW A;  177L A;  1GPQ C;  1LI2 A;  4L41 A;  4AMJ A;  3L64 A;  1IO5 A;  1WVV A;  5F16 A;  4M6D A;  3WU7 A;  4G4C A;  1L04 A;  1QS5 A;  2F2Q A;  1L75 A;  4IB4 A;  232L A;  2Z12 A;  1LAA A;  192L A;  1G0Q A;  2DQF C;  1NDM C;  4ARM A;  3WU9 A;  1OUH A;  4WM3 A;  2A7D A;  224L A;  5B05 A;  4LDO A;  1C45 A;  4B1A A;  1L27 A;  2LNL A;  1G0G A;  3F9L A;  4EJ4 A;  3OE8 A;  3AZ6 A;  4RW1 A;  3GUL A;  1E12 A;  1IC4 Y;  1HML A;  3KAM A;  4EKQ A;  4H8X A;  1P37 A;  3LZT A;  1SLY A;  238L A;  4X3B A;  1HF4 A;  1V7T A;  2MEA A;  4FJR A;  171L A;  5F8U A;  1YQV Y;  3RZ4 A;  1GFA A;  5KY1 A;  1RCM A;  2A4T A;  3QJU B;  1L79 A;  5LZM A;  1O0A A;  1E0P A;  1XEK A;  3TMX A;  2Z38 A;  3P68 A;  3TXB A;  4XT1 A;  1DI4 A;  4KT3 A;  5KXS A;  2YBJ A;  2VB1 A;  3J6K A;  4DD9 A;  2L78 A;  1MEL L;  4U3X B;  141L A;  5C6J A;  4XN6 A;  1GF3 A;  1D0L A;  1L28 A;  2OE7 X;  4FAA B;  1C6G A;  2RSC A;  1CV4 A;  1NHE A;  4H9H A;  3GUN A;  1LSD A;  5LA8 A;  2YBN A;  2W1X A;  1C6Q A;  1HZX A;  2RBN A;  4NHS A;  4OO9 A;  2YBM A;  2LCB A;  7LZM A;  3ULR A;  1LZR A;  2DQC Y;  3G3X A;  4DAJ A;  9LYZ A;  4NGW A;  5DN5 A;  1C66 A;  1LHI A;  5B1F A;  174L A;  1Q5I A;  1NQI A;  1B0D A;  2B75 A;  3DN4 A;  1HHL A;  2HEB A;  4X31 A;  5F81 A;  1KY1 A;  5T3F A;  1DYF A;  4TSB A;  1IIZ A;  2F2N A;  1LZ1 A;  4TWS A;  1VGO A;  4YF2 A;  4WAV A;  2Q9D A;  1JKA A;  1L88 A;  212L A;  1LI6 A;  2OE9 X;  1HEP A;  5F9X A;  1QSW A;  3WPK A;  4OWB A;  3HUK A;  1IX0 A;  4GN4 A;  1LZG A;  4R0F A;  1L36 A;  4WMG A;  2LZ2 A;  1IWT A;  4CFP A;  3HTD A;  1G06 A;  1REY A;  3AZ4 A;  4GCF A;  1IOT A;  3QY4 A;  2G4Q A;  135L A;  1LMN A;  1OVK A;  5APF A;  114L A;  2HEC A;  1UIA A;  2D91 A;  4RDS A;  1L70 A;  1GF8 A;  205L A;  4ARQ A;  3DN2 A;  1DYC A;  1GF9 A;  3OE0 A;  1LYD A;  4W58 A;  5G28 A;  4QY9 A;  4W55 A;  4DDB A;  4PJ2 C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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