The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
88
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sequence length |
227
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structure length |
222
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Chain Sequence |
TGRPEWIWLALGTALMGLGTLYFLVKGMGVSDPDAKKFYAITTLAPAIAFTMYLSMLLGYGLTMVPFGGEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADQGTILALVGADGIMIGTGLVGALTKVYSYRFVWWAISTAAMLYILYVLFFGFSMRPEVASTFKVLRNVTVVLWSAYPVVWLIGSEGAGIVPLNIETLLFMVLDVSAKVGFGLILLRSRAIFG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystallographic Structures of the M and N Intermediates of Bacteriorhodopsin: Assembly of a Hydrogen-Bonded Chain of Water Molecules between Asp-96 and the Retinal Schiff Base
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Proton transport
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| source organism |
Halobacterium salinarum
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| molecule keywords |
Bacteriorhodopsin
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| total genus |
88
|
| structure length |
222
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| sequence length |
227
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-05-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01036 | Bac_rhodopsin | Bacteriorhodopsin-like protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins | Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4MD1 A; 4GP8 B; 1KG9 A; 4HWL A; 2J4Y A; 2Z73 A; 5AX0 A; 3QBG A; 3S8F B; 2YCX A; 3COD A; 4G71 B; 4GRV A; 5J7A A; 1E0P A; 5H2L A; 4DKL A; 5AWZ A; 3COC A; 2Y04 A; 1X0S A; 1LN6 A; 1F88 A; 2X72 A; 5G54 A; 4BWB A; 1M0K A; 2YDO A; 4KLY A; 2R4S A; 2F95 A; 4XT3 A; 4BVN A; 3UTY A; 3D4S A; 5DHH A; 3A7K A; 4MQT A; 4IAR A; 4JQ6 A; 1FBK A; 1X0K 1; 4G72 B; 2KSY A; 2F93 A; 4XXJ A; 2I20 A; 3QBI A; 2HPY A; 1QKO A; 3C9M A; 3ZEV A; 5AZD A; 1X0I 1; 5BR5 A; 1PXR A; 4X31 A; 3NY8 A; 5G2A A; 4IB4 A; 1GUE A; 3EH5 B; 1L9H A; 2JAF A; 3PDS A; 3VG9 A; 5TGZ A; 2YDV A; 1CWQ A; 3UZC A; 2L6X A; 1Q5I A; 2I21 A; 5JJN A; 4MBS A; 5DYS A; 5AHY A; 5AX1 A; 2I1X A; 4K5Y A; 4QI1 A; 3QAK A; 4BEY A; 1P8I A; 3HAS A; 3QJU B; 3RZE A; 1M0L A; 3EML A; 5H2I A; 3PXO A; 4PXK A; 4XTO A; 3NSB A; 5B0W A; 5G53 A; 1IW9 A; 4JR8 A; 2YCW A; 4BEZ A; 4G7Q B; 4HYJ A; 4OV0 A; 1R2N A; 2YCZ A; 4A4M A; 1QM8 A; 3VI0 A; 5H2K A; 5LWE A; 5DHG A; 2Y01 A; 3ZPQ A; 1JGJ A; 4G70 B; 5H2N A; 4JKV A; 3QJT B; 4N6H A; 4X1H A; 3UTW A; 1XJI A; 3CAP A; 5B2N A; 3UON A; 4AMJ A; 4NC3 A; 5B6Y A; 5A8E A; 2Z55 A; 4DAJ A; 3DDL A; 4FA7 B; 4L35 A; 3X3B A; 5FJG A; 2I35 A; 3HAQ A; 2KS9 A; 4XTN A; 1TN5 A; 4XT1 A; 1BRX A; 1S51 A; 3HAR A; 1GZM A; 1KG8 A; 4WAV A; 5G36 A; 5B35 A; 3UG9 A; 3PWH A; 1QHJ A; 5JJE A; 1PXS A; 2Y03 A; 3V2Y A; 3AYM A; 3VGA A; 3VHZ A; 5G2C A; 4KNF A; 3AM6 A; 2BRD A; 2NTW A; 4WW3 A; 4PXF A; 1JFP A; 1BRD A; 1AP9 A; 1UAZ A; 4UG2 A; 5F8U A; 3UTX A; 3QJV B; 3QDC A; 2QPD B; 3EH3 B; 4X32 A; 2KSA A; 5H2H A; 3T45 A; 1EHK B; 4G7R B; 1S54 A; 3OE9 A; 3RFM A; 4J4Q A; 5BR2 A; 4BV0 A; 2Y02 A; 1FBB A; 3S3D B; 1C3W A; 4AMI A; 5B6Z A; 4EA3 A; 3PBL A; 5ETZ A; 4MD2 A; 2QPE B; 1S53 A; 3P0G A; 4LDE A; 4EIY A; 2KSB A; 3KJ6 A; 3VVK A; 1Q5J A; 3OAX A; 4MQS A; 3V2W A; 5H2O A; 3S3B B; 4FBZ A; 4XTL A; 1VGO A; 3DQB A; 1P8H A; 1F50 A; 2G87 A; 3MBV A; 3REY A; 1XIO A; 5A44 A; 3NS0 A; 1BRR A; 1MGY A; 1JV6 A; 1XME B; 3QAP A; 1KGB A; 1U19 A; 4GBR A; 5G28 A; 3NYA A; 1H2S A; 5H2P A; 1O0A A; 3ODU A; 3S3C B; 2ZZL A; 5A45 A; 4FAA B; 3HAN A; 1IW6 A; 2LNL A; 3QBL A; 4EJ4 A; 3AYN A; 3QJS B; 4UHR A; 1TN0 A; 1GU8 A; 1PY6 A; 1QKP A; 4N4W A; 5C1M A; 1L0M A; 1VJM A; 1JV7 A; 5B6V A; 3BVD B; 3UZA A; 3ZPR A; 3PQR A; 1M0M A; 2ZIY A; 1C8R A; 1IXF A; 2AT9 A; 2NTU A; 1UCQ A; 5B6X A; 5ITE A; 1P8U A; 1BM1 A; 2M3G A; 5H2M A; 4LDL A; 5B34 A; 5H2J A; 4IAQ A; 4QID A; 3EH4 B; 5KKH A; 4GP4 B; 5EN0 A; 3X3C A; 2RH1 A; 4HYX A; 2EI4 A; 2PED A; 2WJL A; 4BUO A; 4FPD A; 3UTV A; 1HZX A; 2Y00 A; 5G2D A; 4GYC A; 3QJQ B; 2WJK A; 3QJR B; 1H68 A; 3HAO A; 3OE6 A; 5AHZ A; 4GPO A; 3SN6 R; 2R4R A; 4N4Y B; 1S8J A; 1S52 A; 4GP5 B; 4L6R A; 1DZE A; 3OE8 A; 1KME A; 5B6W A; 3WQJ A; 2VT4 A; 5JJJ A; 3C9L A; 4LDO A; 3OE0 A; 3VW7 A; 4QRY A; 3S8G B; 4Y9H A; 5ITC A; 1R84 A; 1AT9 A; 1S8L A; 3ABW A; 1F4Z A; 4DJH A; 2ZFE A; 2YCY A; 2JAG A; 3QBK A; 1E12 A; 3NY9 A; 4TL3 A; 1C8S A; 4G7S B; 3HAP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MD1 A; 4GP8 B; 1KG9 A; 4HWL A; 2J4Y A; 2Z73 A; 5AX0 A; 3QBG A; 3S8F B; 2YCX A; 3COD A; 4G71 B; 4GRV A; 5J7A A; 1E0P A; 5H2L A; 4DKL A; 5AWZ A; 3COC A; 2Y04 A; 1X0S A; 1LN6 A; 1F88 A; 2X72 A; 5G54 A; 4BWB A; 1M0K A; 2YDO A; 4KLY A; 2R4S A; 2F95 A; 4XT3 A; 4BVN A; 3UTY A; 3D4S A; 5DHH A; 3A7K A; 4MQT A; 4IAR A; 4JQ6 A; 1FBK A; 1X0K 1; 4G72 B; 2KSY A; 2F93 A; 4XXJ A; 2I20 A; 3QBI A; 2HPY A; 1QKO A; 3C9M A; 3ZEV A; 5AZD A; 1X0I 1; 5BR5 A; 1PXR A; 4X31 A; 3NY8 A; 5G2A A; 4IB4 A; 1GUE A; 3EH5 B; 1L9H A; 2JAF A; 3PDS A; 3VG9 A; 5TGZ A; 2YDV A; 1CWQ A; 3UZC A; 2L6X A; 1Q5I A; 2I21 A; 5JJN A; 4MBS A; 5DYS A; 5AHY A; 5AX1 A; 2I1X A; 4K5Y A; 4QI1 A; 3QAK A; 4BEY A; 1P8I A; 3HAS A; 3QJU B; 3RZE A; 1M0L A; 3EML A; 5H2I A; 3PXO A; 4PXK A; 4XTO A; 3NSB A; 5B0W A; 5G53 A; 1IW9 A; 4JR8 A; 2YCW A; 4BEZ A; 4G7Q B; 4HYJ A; 4OV0 A; 1R2N A; 2YCZ A; 4A4M A; 1QM8 A; 3VI0 A; 5H2K A; 5LWE A; 5DHG A; 2Y01 A; 3ZPQ A; 1JGJ A; 4G70 B; 5H2N A; 4JKV A; 3QJT B; 4N6H A; 4X1H A; 3UTW A; 1XJI A; 3CAP A; 5B2N A; 3UON A; 4AMJ A; 4NC3 A; 5B6Y A; 5A8E A; 2Z55 A; 4DAJ A; 3DDL A; 4FA7 B; 4L35 A; 3X3B A; 5FJG A; 2I35 A; 3HAQ A; 2KS9 A; 4XTN A; 1TN5 A; 4XT1 A; 1BRX A; 1S51 A; 3HAR A; 1GZM A; 1KG8 A; 4WAV A; 5G36 A; 5B35 A; 3UG9 A; 3PWH A; 1QHJ A; 5JJE A; 1PXS A; 2Y03 A; 3V2Y A; 3AYM A; 3VGA A; 3VHZ A; 5G2C A; 4KNF A; 3AM6 A; 2BRD A; 2NTW A; 4WW3 A; 4PXF A; 1JFP A; 1BRD A; 1AP9 A; 1UAZ A; 4UG2 A; 5F8U A; 3UTX A; 3QJV B; 3QDC A; 2QPD B; 3EH3 B; 4X32 A; 2KSA A; 5H2H A; 3T45 A; 1EHK B; 4G7R B; 1S54 A; 3OE9 A; 3RFM A; 4J4Q A; 5BR2 A; 4BV0 A; 2Y02 A; 1FBB A; 3S3D B; 1C3W A; 4AMI A; 5B6Z A; 4EA3 A; 3PBL A; 5ETZ A; 4MD2 A; 2QPE B; 1S53 A; 3P0G A; 4LDE A; 4EIY A; 2KSB A; 3KJ6 A; 3VVK A; 1Q5J A; 3OAX A; 4MQS A; 4DS7 E; 3V2W A; 5H2O A; 3S3B B; 4FBZ A; 4XTL A; 1VGO A; 3DQB A; 1P8H A; 1F50 A; 2G87 A; 3MBV A; 3REY A; 1XIO A; 5A44 A; 3NS0 A; 1BRR A; 1MGY A; 1JV6 A; 1XME B; 3QAP A; 1KGB A; 1U19 A; 4GBR A; 5G28 A; 3NYA A; 1H2S A; 5H2P A; 1O0A A; 3ODU A; 3S3C B; 2ZZL A; 5A45 A; 4FAA B; 3HAN A; 1IW6 A; 2LNL A; 3QBL A; 4EJ4 A; 3AYN A; 3QJS B; 4UHR A; 1TN0 A; 1GU8 A; 1PY6 A; 1QKP A; 4N4W A; 5C1M A; 1L0M A; 1VJM A; 1JV7 A; 5B6V A; 3BVD B; 3UZA A; 3ZPR A; 3PQR A; 1M0M A; 2ZIY A; 1C8R A; 1IXF A; 2AT9 A; 2NTU A; 1UCQ A; 5B6X A; 5ITE A; 1P8U A; 1BM1 A; 2M3G A; 5H2M A; 4LDL A; 5B34 A; 5H2J A; 4IAQ A; 4QID A; 3EH4 B; 5KKH A; 4GP4 B; 5EN0 A; 3X3C A; 2RH1 A; 4HYX A; 2EI4 A; 2PED A; 2WJL A; 4BUO A; 4FPD A; 3UTV A; 1HZX A; 2Y00 A; 5G2D A; 4GYC A; 3QJQ B; 2WJK A; 3QJR B; 1H68 A; 3HAO A; 3OE6 A; 5AHZ A; 4GPO A; 3SN6 R; 2R4R A; 4N4Y B; 1S8J A; 1S52 A; 4GP5 B; 4L6R A; 1DZE A; 3OE8 A; 1KME A; 5B6W A; 3WQJ A; 2VT4 A; 5JJJ A; 3C9L A; 4LDO A; 3OE0 A; 3VW7 A; 4QRY A; 3S8G B; 4Y9H A; 5ITC A; 1R84 A; 1AT9 A; 1S8L A; 3ABW A; 1F4Z A; 4DJH A; 2ZFE A; 2YCY A; 2JAG A; 3QBK A; 1E12 A; 3NY9 A; 4TL3 A; 1C8S A; 4G7S B; 3HAP A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4MD1 A; 4GP8 B; 1KG9 A; 4HWL A; 2J4Y A; 2Z73 A; 5AX0 A; 3QBG A; 3S8F B; 2YCX A; 3COD A; 4G71 B; 4GRV A; 5J7A A; 1E0P A; 5H2L A; 4DKL A; 5AWZ A; 3COC A; 2Y04 A; 1X0S A; 1LN6 A; 1F88 A; 2X72 A; 5G54 A; 4BWB A; 1M0K A; 2YDO A; 4KLY A; 2R4S A; 2F95 A; 4XT3 A; 4BVN A; 3UTY A; 3D4S A; 5DHH A; 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4KNF A; 3AM6 A; 2BRD A; 2NTW A; 4WW3 A; 4PXF A; 1JFP A; 1BRD A; 1AP9 A; 1UAZ A; 4UG2 A; 5F8U A; 3UTX A; 3QJV B; 3QDC A; 2QPD B; 3EH3 B; 4X32 A; 2KSA A; 5H2H A; 3T45 A; 1EHK B; 4G7R B; 1S54 A; 3OE9 A; 3RFM A; 4J4Q A; 5BR2 A; 4BV0 A; 2Y02 A; 1FBB A; 3S3D B; 1C3W A; 4AMI A; 5B6Z A; 4EA3 A; 3PBL A; 5ETZ A; 4MD2 A; 2QPE B; 1S53 A; 3P0G A; 4LDE A; 4EIY A; 2KSB A; 3KJ6 A; 3VVK A; 1Q5J A; 3OAX A; 4MQS A; 4DS7 E; 3V2W A; 5H2O A; 3S3B B; 4FBZ A; 4XTL A; 1VGO A; 3DQB A; 1P8H A; 1F50 A; 2G87 A; 3MBV A; 3REY A; 1XIO A; 5A44 A; 3NS0 A; 1BRR A; 1MGY A; 1JV6 A; 1XME B; 3QAP A; 1KGB A; 1U19 A; 4GBR A; 5G28 A; 3NYA A; 1H2S A; 5H2P A; 1O0A A; 3ODU A; 3S3C B; 2ZZL A; 5A45 A; 4FAA B; 3HAN A; 1IW6 A; 2LNL A; 3QBL A; 4EJ4 A; 3AYN A; 3QJS B; 4UHR A; 1TN0 A; 1GU8 A; 1PY6 A; 1QKP A; 4N4W A; 5C1M A; 1L0M A; 1VJM A; 1JV7 A; 5B6V A; 3BVD B; 3UZA A; 3ZPR A; 3PQR A; 1M0M A; 2ZIY A; 1C8R A; 1IXF A; 2AT9 A; 2NTU A; 1UCQ A; 5B6X A; 5ITE A; 1P8U A; 1BM1 A; 2M3G A; 5H2M A; 4LDL A; 5B34 A; 5H2J A; 4IAQ A; 4QID A; 3EH4 B; 5KKH A; 4GP4 B; 5EN0 A; 3X3C A; 2RH1 A; 4HYX A; 2EI4 A; 2PED A; 2WJL A; 4BUO A; 4FPD A; 3UTV A; 1HZX A; 2Y00 A; 5G2D A; 4GYC A; 3QJQ B; 2WJK A; 3QJR B; 1H68 A; 3HAO A; 3OE6 A; 5AHZ A; 4GPO A; 3SN6 R; 2R4R A; 4N4Y B; 1S8J A; 1S52 A; 4GP5 B; 4L6R A; 1DZE A; 3OE8 A; 1KME A; 5B6W A; 3WQJ A; 2VT4 A; 5JJJ A; 3C9L A; 4LDO A; 3OE0 A; 3VW7 A; 4QRY A; 3S8G B; 4Y9H A; 5ITC A; 1R84 A; 1AT9 A; 1S8L A; 3ABW A; 1F4Z A; 4DJH A; 2ZFE A; 2YCY A; 2JAG A; 3QBK A; 1E12 A; 3NY9 A; 4TL3 A; 1C8S A; 4G7S B; 3HAP A;
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