The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
105
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sequence length |
242
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structure length |
242
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Chain Sequence |
AVRENALLSSSLWVNVALAGIAILVFVYMGRTIRPGRPRLIWGATLMIPLVSISSYLGLLSGLTVGMIEMPAGHALAGEMVRSQWGRYLTWALSTPMILLALGLLADVDLGSLFTVIAADIGMCVTGLAAAMTTSALLFRWAFYAISCAFFVVVLSALVTDWAASASSAGTAEIFDTLRVLVVVLWLGYPIVWAVGVEGLALVQSVGATSWAYSVLDVFAKYVFAFILLRWVANNERTVAVA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of the L1 intermediate of halorhodopsin at 1.9 angstroms resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Halorhodopsin
|
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Halobacterium salinarum (strain atcc 29341 / dsm 671 / r1)
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| total genus |
105
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| structure length |
242
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| sequence length |
242
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-11-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01036 | Bac_rhodopsin | Bacteriorhodopsin-like protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins | Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2PED A; 1TN5 A; 1KME A; 4A4M A; 1BRD A; 3QJU B; 3OE6 A; 4FPD A; 3QDC A; 3QAK A; 2G87 A; 1XME B; 3EML A; 2Z73 A; 2WJK A; 1H68 A; 3HAS A; 4MQT A; 4G7S B; 5B6X A; 3NY8 A; 3HAN A; 1DZE A; 3AM6 A; 4DJH A; 3QJS B; 4FAA B; 4BEZ A; 3OAX A; 3UTY A; 1C3W A; 5G36 A; 1E0P A; 4X32 A; 1F50 A; 4KNF A; 3NSB A; 3QBI A; 5B6Z A; 5B34 A; 3PBL A; 4L6R A; 2F93 A; 1MGY A; 5BR2 A; 5G53 A; 3NYA A; 5KKH A; 4GPO A; 3QJT B; 1FBK A; 5AZD A; 1R2N A; 2Y04 A; 4BWB A; 3D4S A; 4TL3 A; 5B6W A; 2YDV A; 2I20 A; 2JAF A; 4IB4 A; 5AHZ A; 2Z55 A; 1F88 A; 4LDO A; 1CWQ A; 2Y00 A; 3UTX A; 3T45 A; 1JV6 A; 3P0G A; 1KG8 A; 3X3C A; 3HAP A; 1S51 A; 1TN0 A; 1BRX A; 2WJL A; 3PQR A; 3X3B A; 1BRR A; 2LNL A; 4FA7 B; 3CAP A; 3S8G B; 2M3G A; 4JQ6 A; 5LWE A; 5H2H A; 3EH5 B; 1S54 A; 2YCZ A; 3DQB A; 4XTO A; 2EI4 A; 4MBS A; 1X0S A; 5A44 A; 5H2M A; 4L35 A; 4N4W A; 1QHJ A; 3UZC A; 3AYN A; 4HYX A; 5AHY A; 4GBR A; 4G72 B; 4BEY A; 5H2K A; 4BVN A; 4PXK A; 3QJQ B; 4GP4 B; 4N4Y B; 3RZE A; 5B35 A; 1O0A A; 4IAR A; 1M0K A; 5AX1 A; 5BR5 A; 3OE9 A; 2RH1 A; 5AX0 A; 4G70 B; 1M0L A; 2Y01 A; 1IXF A; 2YCY A; 3PXO A; 4QI1 A; 5B0W A; 4IAQ A; 3S3C B; 5H2J A; 5J7A A; 3VVK A; 3V2W A; 3ZEV A; 3A7K A; 4Y9H A; 1KGB A; 4HWL A; 3NY9 A; 1JFP A; 5B2N A; 3COC A; 2ZZL A; 2BRD A; 2L6X A; 3UZA A; 2I21 A; 2YCW A; 4JR8 A; 5B6Y A; 1LN6 A; 3UG9 A; 4X31 A; 2KSA A; 5JJE A; 2KS9 A; 1P8H A; 3OE0 A; 5C1M A; 3VW7 A; 2NTW A; 3QBG A; 5DHH A; 3QAP A; 1Q5J A; 3S3D B; 5G2D A; 3ZPQ A; 2R4S A; 5H2P A; 2YCX A; 4DKL A; 1GZM A; 2I35 A; 3ZPR A; 3MBV A; 5ITE A; 4GYC A; 1GU8 A; 1U19 A; 5H2N A; 4HYJ A; 5ETZ A; 5JJN A; 1E12 A; 5AWZ A; 1UCQ A; 1UAZ A; 4LDL A; 5EN0 A; 1PXS A; 2QPE B; 1KG9 A; 4GP5 B; 4AMI A; 1S8J A; 2Y03 A; 3S3B B; 3EH3 B; 4GP8 B; 5G2A A; 2Y02 A; 1S8L A; 3V2Y A; 2F95 A; 1IW6 A; 3ABW A; 5A8E A; 4G7R B; 2QPD B; 4QRY A; 4UG2 A; 4EJ4 A; 3VHZ A; 2ZIY A; 4BUO A; 3HAR A; 4XTL A; 1XJI A; 4G7Q B; 5FJG A; 4XXJ A; 1H2S A; 1X0K 1; 4BV0 A; 3VGA A; 1AT9 A; 3QBL A; 1EHK B; 3KJ6 A; 1AP9 A; 1PXR A; 3C9L A; 4EA3 A; 3AYM A; 4G71 B; 5G2C A; 1VJM A; 1BM1 A; 4JKV A; 3SN6 R; 1S52 A; 3PWH A; 3ODU A; 5F8U A; 1S53 A; 4K5Y A; 4OV0 A; 4FBZ A; 3VG9 A; 1F4Z A; 2VT4 A; 1Q5I A; 2NTU A; 4X1H A; 1X0I 1; 3UTW A; 3HAQ A; 3COD A; 3QJR B; 1HZX A; 2AT9 A; 5JJJ A; 5H2O A; 4NC3 A; 2ZFE A; 3PDS A; 2HPY A; 3NS0 A; 4KLY A; 1PY6 A; 2X72 A; 1M0M A; 2J4Y A; 4J4Q A; 2R4R A; 3HAO A; 1C8R A; 3WQJ A; 4MQS A; 4N6H A; 3RFM A; 3DDL A; 4UHR A; 2I1X A; 4MD2 A; 1FBB A; 5H2L A; 1P8U A; 4LDE A; 3C9M A; 2KSY A; 1GUE A; 4DAJ A; 5G54 A; 5TGZ A; 3S8F B; 3REY A; 5B6V A; 4XT3 A; 4AMJ A; 5ITC A; 1QKO A; 1L9H A; 1VGO A; 1L0M A; 1P8I A; 2KSB A; 1XIO A; 4EIY A; 2JAG A; 4QID A; 3QBK A; 2YDO A; 4WAV A; 5A45 A; 1IW9 A; 1C8S A; 3OE8 A; 5H2I A; 3BVD B; 3QJV B; 1QKP A; 5DYS A; 3UON A; 4XTN A; 5G28 A; 3VI0 A; 4PXF A; 1JGJ A; 1R84 A; 4MD1 A; 4XT1 A; 5DHG A; 1JV7 A; 4GRV A; 1QM8 A; 3UTV A; 4WW3 A; 3EH4 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2PED A; 1TN5 A; 1KME A; 4A4M A; 1BRD A; 3QJU B; 3OE6 A; 4FPD A; 3QDC A; 3QAK A; 2G87 A; 1XME B; 3EML A; 2Z73 A; 2WJK A; 1H68 A; 3HAS A; 4MQT A; 4G7S B; 5B6X A; 3NY8 A; 3HAN A; 1DZE A; 3AM6 A; 4DJH A; 3QJS B; 4FAA B; 4BEZ A; 3OAX A; 3UTY A; 1C3W A; 5G36 A; 1E0P A; 4X32 A; 1F50 A; 4KNF A; 3NSB A; 3QBI A; 5B6Z A; 5B34 A; 3PBL A; 4L6R A; 2F93 A; 1MGY A; 5BR2 A; 5G53 A; 3NYA A; 5KKH A; 4GPO A; 3QJT B; 1FBK A; 5AZD A; 1R2N A; 2Y04 A; 4BWB A; 3D4S A; 4TL3 A; 5B6W A; 2YDV A; 2I20 A; 2JAF A; 4IB4 A; 5AHZ A; 2Z55 A; 1F88 A; 4LDO A; 1CWQ A; 2Y00 A; 3UTX A; 3T45 A; 1JV6 A; 3P0G A; 1KG8 A; 3X3C A; 3HAP A; 1S51 A; 1TN0 A; 1BRX A; 2WJL A; 3PQR A; 3X3B A; 1BRR A; 2LNL A; 4FA7 B; 3CAP A; 3S8G B; 2M3G A; 4JQ6 A; 5LWE A; 5H2H A; 3EH5 B; 1S54 A; 2YCZ A; 3DQB A; 4XTO A; 2EI4 A; 4MBS A; 1X0S A; 5A44 A; 5H2M A; 4L35 A; 4N4W A; 1QHJ A; 3UZC A; 3AYN A; 4HYX A; 5AHY A; 4GBR A; 4G72 B; 4BEY A; 5H2K A; 4BVN A; 4PXK A; 3QJQ B; 4GP4 B; 4N4Y B; 3RZE A; 5B35 A; 1O0A A; 4IAR A; 1M0K A; 5AX1 A; 5BR5 A; 3OE9 A; 2RH1 A; 5AX0 A; 4G70 B; 1M0L A; 2Y01 A; 1IXF A; 2YCY A; 3PXO A; 4QI1 A; 5B0W A; 4IAQ A; 3S3C B; 5H2J A; 5J7A A; 3VVK A; 3V2W A; 3ZEV A; 3A7K A; 4Y9H A; 1KGB A; 4HWL A; 3NY9 A; 1JFP A; 5B2N A; 3COC A; 2ZZL A; 2BRD A; 2L6X A; 3UZA A; 2I21 A; 2YCW A; 4JR8 A; 5B6Y A; 1LN6 A; 3UG9 A; 4X31 A; 2KSA A; 5JJE A; 2KS9 A; 1P8H A; 3OE0 A; 5C1M A; 3VW7 A; 2NTW A; 3QBG A; 5DHH A; 3QAP A; 1Q5J A; 3S3D B; 4DS7 E; 5G2D A; 3ZPQ A; 2R4S A; 5H2P A; 2YCX A; 4DKL A; 1GZM A; 2I35 A; 3ZPR A; 3MBV A; 5ITE A; 4GYC A; 1GU8 A; 1U19 A; 5H2N A; 4HYJ A; 5ETZ A; 5JJN A; 1E12 A; 5AWZ A; 1UCQ A; 1UAZ A; 4LDL A; 5EN0 A; 1PXS A; 2QPE B; 1KG9 A; 4GP5 B; 4AMI A; 1S8J A; 2Y03 A; 3S3B B; 3EH3 B; 4GP8 B; 5G2A A; 2Y02 A; 1S8L A; 3V2Y A; 2F95 A; 1IW6 A; 3ABW A; 5A8E A; 4G7R B; 2QPD B; 4QRY A; 4UG2 A; 4EJ4 A; 3VHZ A; 2ZIY A; 4BUO A; 3HAR A; 4XTL A; 1XJI A; 4G7Q B; 5FJG A; 4XXJ A; 1H2S A; 1X0K 1; 4BV0 A; 3VGA A; 1AT9 A; 3QBL A; 1EHK B; 3KJ6 A; 1AP9 A; 1PXR A; 3C9L A; 4EA3 A; 3AYM A; 4G71 B; 5G2C A; 1VJM A; 1BM1 A; 4JKV A; 3SN6 R; 1S52 A; 3PWH A; 3ODU A; 5F8U A; 1S53 A; 4K5Y A; 4OV0 A; 4FBZ A; 3VG9 A; 1F4Z A; 2VT4 A; 1Q5I A; 2NTU A; 4X1H A; 1X0I 1; 3UTW A; 3HAQ A; 3COD A; 3QJR B; 1HZX A; 2AT9 A; 5JJJ A; 5H2O A; 4NC3 A; 2ZFE A; 3PDS A; 2HPY A; 3NS0 A; 4KLY A; 1PY6 A; 2X72 A; 1M0M A; 2J4Y A; 4J4Q A; 2R4R A; 3HAO A; 1C8R A; 3WQJ A; 4MQS A; 4N6H A; 3RFM A; 3DDL A; 4UHR A; 2I1X A; 4MD2 A; 1FBB A; 5H2L A; 1P8U A; 4LDE A; 3C9M A; 2KSY A; 1GUE A; 4DAJ A; 5G54 A; 5TGZ A; 3S8F B; 3REY A; 5B6V A; 4XT3 A; 4AMJ A; 5ITC A; 1QKO A; 1L9H A; 1VGO A; 1L0M A; 1P8I A; 2KSB A; 1XIO A; 4EIY A; 2JAG A; 4QID A; 3QBK A; 2YDO A; 4WAV A; 5A45 A; 1IW9 A; 1C8S A; 3OE8 A; 5H2I A; 3BVD B; 3QJV B; 1QKP A; 5DYS A; 3UON A; 4XTN A; 5G28 A; 3VI0 A; 4PXF A; 1JGJ A; 1R84 A; 4MD1 A; 4XT1 A; 5DHG A; 1JV7 A; 4GRV A; 1QM8 A; 3UTV A; 4WW3 A; 3EH4 B; #chains in the Genus database with same CATH homology 2PED A; 1TN5 A; 1KME A; 4A4M A; 1BRD A; 3QJU B; 3OE6 A; 4FPD A; 3QDC A; 3QAK A; 2G87 A; 1XME B; 3EML A; 2Z73 A; 2WJK A; 1H68 A; 3HAS A; 4MQT A; 4G7S B; 5B6X A; 3NY8 A; 3HAN A; 1DZE A; 3AM6 A; 4DJH A; 3QJS B; 4FAA B; 4BEZ A; 3OAX A; 3UTY A; 1C3W A; 5G36 A; 1E0P A; 4X32 A; 1F50 A; 4KNF A; 3NSB A; 3QBI A; 5B6Z A; 5B34 A; 3PBL A; 4L6R A; 2F93 A; 1MGY A; 5BR2 A; 5G53 A; 3NYA A; 5KKH A; 4GPO A; 3QJT B; 1FBK A; 5AZD A; 1R2N A; 2Y04 A; 4BWB A; 3D4S A; 4TL3 A; 5B6W A; 2YDV A; 2I20 A; 2JAF A; 4IB4 A; 5AHZ A; 2Z55 A; 1F88 A; 4LDO A; 1CWQ A; 2Y00 A; 3UTX A; 3T45 A; 1JV6 A; 3P0G A; 1KG8 A; 3X3C A; 3HAP A; 1S51 A; 1TN0 A; 1BRX A; 2WJL A; 3PQR A; 3X3B A; 1BRR A; 2LNL A; 4FA7 B; 3CAP A; 3S8G B; 2M3G A; 4JQ6 A; 5LWE A; 5H2H A; 3EH5 B; 1S54 A; 2YCZ A; 3DQB A; 4XTO A; 2EI4 A; 4MBS A; 1X0S A; 5A44 A; 5H2M A; 4L35 A; 4N4W A; 1QHJ A; 3UZC A; 3AYN A; 4HYX A; 5AHY A; 4GBR A; 4G72 B; 4BEY A; 5H2K A; 4BVN A; 4PXK A; 3QJQ B; 4GP4 B; 4N4Y B; 3RZE A; 5B35 A; 1O0A A; 4IAR A; 1M0K A; 5AX1 A; 5BR5 A; 3OE9 A; 2RH1 A; 5AX0 A; 4G70 B; 1M0L A; 2Y01 A; 1IXF A; 2YCY A; 3PXO A; 4QI1 A; 5B0W A; 4IAQ A; 3S3C B; 5H2J A; 5J7A A; 3VVK A; 3V2W A; 3ZEV A; 3A7K A; 4Y9H A; 1KGB A; 4HWL A; 3NY9 A; 1JFP A; 5B2N A; 3COC A; 2ZZL A; 2BRD A; 2L6X A; 3UZA A; 2I21 A; 2YCW A; 4JR8 A; 5B6Y A; 1LN6 A; 3UG9 A; 4X31 A; 2KSA A; 5JJE A; 2KS9 A; 1P8H A; 3OE0 A; 5C1M A; 3VW7 A; 2NTW A; 3QBG A; 5DHH A; 3QAP A; 1Q5J A; 3S3D B; 4DS7 E; 5G2D A; 3ZPQ A; 2R4S A; 5H2P A; 2YCX A; 4DKL A; 1GZM A; 2I35 A; 3ZPR A; 3MBV A; 5ITE A; 4GYC A; 1GU8 A; 1U19 A; 5H2N A; 4HYJ A; 5ETZ A; 5JJN A; 1E12 A; 5AWZ A; 1UCQ A; 1UAZ A; 4LDL A; 5EN0 A; 1PXS A; 2QPE B; 1KG9 A; 4GP5 B; 4AMI A; 1S8J A; 2Y03 A; 3S3B B; 3EH3 B; 4GP8 B; 5G2A A; 2Y02 A; 1S8L A; 3V2Y A; 2F95 A; 1IW6 A; 3ABW A; 5A8E A; 4G7R B; 2QPD B; 4QRY A; 4UG2 A; 4EJ4 A; 3VHZ A; 2ZIY A; 4BUO A; 3HAR A; 4XTL A; 1XJI A; 4G7Q B; 5FJG A; 4XXJ A; 1H2S A; 1X0K 1; 4BV0 A; 3VGA A; 1AT9 A; 3QBL A; 1EHK B; 3KJ6 A; 1AP9 A; 1PXR A; 3C9L A; 4EA3 A; 3AYM A; 4G71 B; 5G2C A; 1VJM A; 1BM1 A; 4JKV A; 3SN6 R; 1S52 A; 3PWH A; 3ODU A; 5F8U A; 1S53 A; 4K5Y A; 4OV0 A; 4FBZ A; 3VG9 A; 1F4Z A; 2VT4 A; 1Q5I A; 2NTU A; 4X1H A; 1X0I 1; 3UTW A; 3HAQ A; 3COD A; 3QJR B; 1HZX A; 2AT9 A; 5JJJ A; 5H2O A; 4NC3 A; 2ZFE A; 3PDS A; 2HPY A; 3NS0 A; 4KLY A; 1PY6 A; 2X72 A; 1M0M A; 2J4Y A; 4J4Q A; 2R4R A; 3HAO A; 1C8R A; 3WQJ A; 4MQS A; 4N6H A; 3RFM A; 3DDL A; 4UHR A; 2I1X A; 4MD2 A; 1FBB A; 5H2L A; 1P8U A; 4LDE A; 3C9M A; 2KSY A; 1GUE A; 4DAJ A; 5G54 A; 5TGZ A; 3S8F B; 3REY A; 5B6V A; 4XT3 A; 4AMJ A; 5ITC A; 1QKO A; 1L9H A; 1VGO A; 1L0M A; 1P8I A; 2KSB A; 1XIO A; 4EIY A; 2JAG A; 4QID A; 3QBK A; 2YDO A; 4WAV A; 5A45 A; 1IW9 A; 1C8S A; 3OE8 A; 5H2I A; 3BVD B; 3QJV B; 1QKP A; 5DYS A; 3UON A; 4XTN A; 5G28 A; 3VI0 A; 4PXF A; 1JGJ A; 1R84 A; 4MD1 A; 4XT1 A; 5DHG A; 1JV7 A; 4GRV A; 1QM8 A; 3UTV A; 4WW3 A; 3EH4 B;
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