1BN4 | Genus

Total Genus 74

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1955117287888348__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1955117287888348__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1bn4/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1955117287888348__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1955117287888348","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1bn4/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1955117287888348__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfacc2a1ee69d252bad9e1c/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfacc2a1ee69d252bad9e1c/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfacc2a1ee69d252bad9e1c/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfacc2a1ee69d252bad9e1c/pdb.gz): 379 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural analysis of inhibitor binding to human carbonic anhydrase II. pubmed rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE
molecule tags	Lyase
total genus	74
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1998-07-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1bn4A00

4Q09A 1FQMA 1HCAA 4Q8ZA 1I9PA 4BF1A 5E2RA 3RG4A 1G3ZA 5EKJA 1G4JA 2FMGA 4Q9YA 3PYKA 4QJPA 3C7PA 4QEFA 3V7XA 2CBEA 4CA2A 1BNTA 4R5BA 3V3JA 4X5SA 3P5AA 3S9TA 4COQA 4C3TA 1CAOA 2CBAA 1ZGFA 3DC3A 4R59A 4Q06A 4Z1NA 1IF4A 1I9QA 4YGJA 2H4NA 5JEHB 5A6HA 2HL4A 2NXTA 4G7AA 2IT4A 1HEDA 3K2FA 4CNVA 1HUGA 2HNCA 4HBAA 1BCDA 3DD8A 2QP6A 3T5UA 1IF9A 5EZTX 2AW1A 4RFCA 1CNYA 1V9EA 4YXOA 4Q8XA 4KNNA 4Q6EA 1BNMA 4QK2A 5SZ6A 3P44A 4YGLA 3OKVA 5FNHA 3S97A 5JG5B 5BNLA 4ITPA 4BCWA 5FLSA 3BETA 1T9NA 4Q6DA 2Q1BA 4JSSA 5EKMA 4CNWA 3F4XA 1CALA 1Y7WA 2NWYA 5DSLA 4DZ9A 1A42A 1H4NA 1RJ6A 4HEYA 4IWZA 1BN3A 4G0CA 1V9IC 4MO8A 3RG3A 3MDZA 5JEGB 1UGCA 3V2MA 3RYXB 1MOOA 4PZHA 2ABEA 2FNMA 3N3JA 2VVBX 1YDCA 3QYKA 1CNXA 3D93A 4Y0JA 4YYTA 4XIWA 5G01A 1IF7A 7CA2A 2EU2A 5E2SA 1G48A 3CYUA 4DZ7A 2WEOA 3U3AX 4ITOA 5DOGA 4LP6A 2ILIA 5DOHA 5AMLA 3S72B 2X7SA 5EHVA 1JV0A 4YHAA 4YXUA 4M2WA 4XE1A 3F8EA 3P4VA 3HS4A 4KUYA 1G52A 3DV7A 4M2RA 3KS3A 3FFPX 4KP8A 3MHMA 4HEZA 2O4ZA 1ZGEA 2HKKA 1HVAA 2GD8A 4L5UA 1CCUA 1UGFA 4ZWZA 2F14A 1CVDA 2HFWA 3RGEA 1CANA 1CNCA 4XZ5A 3EFTA 1CVAA 4Q99A 1CAHA 4JSAA 4M2UA 1BZMA 1OQ5A 1THKA 4Q08A 5EH7A 4MLTA 8CA2A 4YVYA 3KNEA 2QO8A 4RUZA 3SAPA 1TE3X 4Z0QA 3RYJB 1AM6A 1CNKA 1LGDA 2FW4A 4MDLA 1BICA 3K7KA 3OILA 5EOIA 4WW8A 1BN4A 2NWZA 3P3JA 4FVOA 1G45A 2WEGA 1G46A 3MYQA 4KUVA 5J8ZA 5FNGA 4QK3A 3M2YA 5FL4A 3D8WA 3L14A 9CA2A 2WEHA 1ZSAA 1FQRA 1Z93A 2FNKA 1CVHA 2NN7A 4LU3A 1AZMA 3R16A 2ZNCA 5BRVA 1DCAA 4Q0LA 5SZ3A 3RYVB 3IBUA 1LG5A 4HU1A 4Z1EA 3MWOA 1BV3A 5IPZA 3KONA 1ZFQA 4QSIA 5E5UA 4Q7WA 1OKLA 1TTMA 5G03A 5DSMA 4QIZA 1RZDA 4RUXA 4Q83A 4KNJA 3SBIA 1FSQA 4QTLA 4QJMA 1OKNA 5FLPA 2POVA 3M5SA 1CVEA 1BN1A 3RZ7A 4XFWA 3N4BA 3HKTA 3M1JA 1UGDA 1UGGA 2WD2A 3IAIA 3SBHA 4CNRA 3EFIA 4PYXA 3N2PA 5E5RA 5G0BA 2X7UA 4ZX0A 3SAXA 4QSBA 5FL6A 4UOVA 3Q31A 3U47A 4E3GA 2QOAA 2POWA 3OYSA 4ILXA 4K1QA 4QK1A 1FR7A 1ZE8A 1CAKA 2CA2A 4Q7PA 5E2MA 5FNMA 1Z97A 3P3HA 1HEBA 1H9NA 3JXFA 4RIUA 1I9NA 1G53A 3V3FA 5FNLA 3TMJA 2NXSA 5AMDA 1FSRA 3P55A 4QJOA 4RFDA 5EIJA 5E2KA 1CNBA 4WW6A 4KUWA 1CAIA 3T85A 1IF6A 1ZFKA 4FL7A 4FU5A 3MZCA 5JQTA 2FOQA 1RZAA 3NB5A 4K0SA 4ZWXA 1JD0A 4Q81A 4PYYA 2NMXA 1RAZA 4RN4A 1CNHA 3DC9A 5CACA 4BF6A 1CZMA 2WD3A 2W2JA 4KAPA 4Q90A 1IF8A 1CNWA 4KP5A 4E3DA 4ETQC 3DCCA 2EZ7A 3OIMA 5CLUA 1URTA 1EOUA 4K0TA 3M40A 4QJ0A 3B1BA 4K0ZA 3RZ1B 3RZ0B 1G4OA 3LXEA 3M1WA 3VBDA 1XEGA 1YDDA 5SZ0A 4GL1X 1LUGA 3P58A 1I8ZA 3PO6A 2FOYA 1RZEA 2FOVA 5EH8A 1Z9YA 5EH5A 1YDAA 4E9OX 3M96A 1I9MA 5DSJA 3CAJA 2HOCA 3BL1A 3PJJA 4YGNA 4MDGA 4E4AA 1CINA 4M2VA 3HKUA 2HD6A 1G0FA 3S78B 4KNMA 2NN1A 4QSAA 1CRAA 1XQ0A 3S71B 5BYIA 2H15A 3KIGA 3M98A 4JSZA 1CCTA 3HKNA 2CBCA 5DSPA 3MNKA 1G54A 3RZ5A 5HPJA 3V5GA 3F7UA 3OY0A 3KLDB 1XPZA 4Z1JA 5DSQA 2FNNA 3D92A 4MLXA 3CZVA 4HF3A 4CNXA 3OKUA 2CBDA 1TEUX 3D0NA 4HEWA 3MHIA 1KWRA 1TBTX 3DCWA 1ZH9A 1CILA 3S8XA 2POUA 4YGKA 1I9OA 1CVFA 3TVOX 5DSOA 3T82A 4E3FA 3JXHC 1DMYA 1CNJA 1I90A 4MDMA 5FDIA 3S76A 4Q07A 3ZNCA 4YX4A 1FQLA 4ZWIA 3RLDA 3HFPA 1I91A 4JSWA 3M2NA 4IDRX 4N0XB 1FLJA 5AMGA 1MUAA 3MHOA 4HT0A 5DRSA 3KOIA 1CRMA 3DBUA 5C8IA 5FNIA 1BNWA 4JS6A 4L5VA 5SZ7A 1DMXA 2X7TA 4QSJA 4Q49A 1G0EA 4YXIA 3MHCA 4L5WA 4Q7VA 3IBLA 1HUHA 3S73B 5JDVB 4QJWA 5JGSB 5FLOA 3FW3A 2Q1QA 1BNUA 4TWLA 3KWAA 3T5ZA 4Q8YA 2FMZA 3HLJA 4Q7SA 4YWPA 5SZ4A 3MMFA 1OKMA 1F2WA 3M5EA 1J9WA 5EHEA 4KNIA 1BNQA 5CJFA 4RIVA 3CA2A 1KWQA 3U45X 3U7CA 1LZVA 3D9ZA 3P5LA 3ML2A 3V3GB 1RZBA 3ZP9A 3R17B 1CAZA 5DSRA 1DCBA 4QIYA 2VVAX 3M67A 3M3XA 1RJ5A 1HEAA 4WR7A 5FDCA 5LMDA 3DCSA 1FSNA 3S74B 1FQNA 4CQ0A 1H9QA 3DA2A 3DVBA 3MNUA 3M1KA 3K34A 3M04A 4HT2A 3T83A 2CABA 3BL0A 3MNJA 4LHIA 5JQ0A 4TWMA 4E49A 3OIKA 4KV0A 4FRCA 4RUYA 3RJ7A 4K13A 3IEOA 1CA2A 3M2ZA 3B4FA 4WUPA 1TB0X 1ZSBA 5DVXA 5SZ1A 4QJXA 4WL4A 5CA2A 1CAJA 4ZAOA 4CACA 5E28A 3DAZA 2EU3A 1TH9A 1YO2A 3UYQA 1CVBA 4FVNA 3M14A 3MNIA 3JXGA 4FPTA 3MHLA 3IGPA 1UGEA 3M1QA 5L6KA 5JESB 1CA3A 1TG9A 5JGTB 4N16A 2NNGA 3HKQA 1CNGA 1KOQA 4Q78A 3KKXA 1BNVA 3T84A 1I9LA 2NNSA 1CCSA 1RAYA 2FOUA 4YGFA 2AX2A 3W6IA 5SZ2A 5FLTA 1TEQX 3IBNA 2Q38A 4Q87A 4RH2A 2NWOA 1IF5A 5FLRA 4PQ7A 2NWPA 4E3HA 4FIKA 1CAYA 3DD0A 5DSKA 1YO0A 3S75B 5JEPB 3ML5A 5JG3B 3KOKA 5EKHA 2NXRA 1YDBA 1ZNCA 4WUQA 5FNJA 1XEVA 3M5TA 2OSMA 5A25A 1LG6A 5EHWA 3IBIA 1FR4A 3S77B 3V3HB 5E2NA 1YO1A 5BRWA 5SZ5A 1ZSCA 3V3IB 4R5AA 1RZCA 3M2XA 3W6HA 2OSFA 3NJ9A 2NNVA 4PXXA 4ZX1A 3MNHA 5L3OA 3TVNX 5BRUA 1CIMA 5DSNA 3RYYA 3MNAA 3V2JA 5FLQA 2GEHA 1HCBA 1CVCA 1KOPA 1TG3A 3GZ0A 3N0NA 4XIXA 1G1DA 4E5QA 5FNKA 1AVNA 1JCZA 3NI5A 3RZ8A 2FOSA 2NNOA 3DVDA 12CAA 1CAMA 3FE4A 3UYNA 1UGAA 1UGBA 2WEJA 3OYQA 5FL5A 1CNIA 3RYZA 1HECA 4MTYA 3F7BA 2CBBA 4Z1KA 1BNNA 1KEQA 4QY3A 5DSIA 3DVCA 1G6VA 4ZWYA 5G0CA 6CA2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Q09 A;  1FQM A;  1HCA A;  4Q8Z A;  1I9P A;  4BF1 A;  5E2R A;  3RG4 A;  1G3Z A;  5EKJ A;  1G4J A;  2FMG A;  4Q9Y A;  3PYK A;  4QJP A;  3C7P A;  4QEF A;  3V7X A;  2CBE A;  4CA2 A;  1BNT A;  4R5B A;  3V3J A;  4X5S A;  3P5A A;  3S9T A;  4COQ A;  4C3T A;  1CAO A;  2CBA A;  1ZGF A;  3DC3 A;  4R59 A;  4Q06 A;  4Z1N A;  1IF4 A;  1I9Q A;  4YGJ A;  2H4N A;  5JEH B;  5A6H A;  2HL4 A;  2NXT A;  4G7A A;  2IT4 A;  1HED A;  3K2F A;  4CNV A;  1HUG A;  2HNC A;  4HBA A;  1BCD A;  3DD8 A;  2QP6 A;  3T5U A;  1IF9 A;  5EZT X;  2AW1 A;  4RFC A;  1CNY A;  1V9E A;  4YXO A;  4Q8X A;  4KNN A;  4Q6E A;  1BNM A;  4QK2 A;  5SZ6 A;  3P44 A;  4YGL A;  3OKV A;  5FNH A;  3S97 A;  5JG5 B;  5BNL A;  4ITP A;  4BCW A;  5FLS A;  3BET A;  1T9N A;  4Q6D A;  2Q1B A;  4JSS A;  5EKM A;  4CNW A;  3F4X A;  1CAL A;  1Y7W A;  2NWY A;  5DSL A;  4DZ9 A;  1A42 A;  1H4N A;  1RJ6 A;  4HEY A;  4IWZ A;  1BN3 A;  4G0C A;  1V9I C;  4MO8 A;  3RG3 A;  3MDZ A;  5JEG B;  1UGC A;  3V2M A;  3RYX B;  1MOO A;  4PZH A;  2ABE A;  2FNM A;  3N3J A;  2VVB X;  1YDC A;  3QYK A;  1CNX A;  3D93 A;  4Y0J A;  4YYT A;  4XIW A;  5G01 A;  1IF7 A;  7CA2 A;  2EU2 A;  5E2S A;  1G48 A;  3CYU A;  4DZ7 A;  2WEO A;  3U3A X;  4ITO A;  5DOG A;  4LP6 A;  2ILI A;  5DOH A;  5AML A;  3S72 B;  2X7S A;  5EHV A;  1JV0 A;  4YHA A;  4YXU A;  4M2W A;  4XE1 A;  3F8E A;  3P4V A;  3HS4 A;  4KUY A;  1G52 A;  3DV7 A;  4M2R A;  3KS3 A;  3FFP X;  4KP8 A;  3MHM A;  4HEZ A;  2O4Z A;  1ZGE A;  2HKK A;  1HVA A;  2GD8 A;  4L5U A;  1CCU A;  1UGF A;  4ZWZ A;  2F14 A;  1CVD A;  2HFW A;  3RGE A;  1CAN A;  1CNC A;  4XZ5 A;  3EFT A;  1CVA A;  4Q99 A;  1CAH A;  4JSA A;  4M2U A;  1BZM A;  1OQ5 A;  1THK A;  4Q08 A;  5EH7 A;  4MLT A;  8CA2 A;  4YVY A;  3KNE A;  2QO8 A;  4RUZ A;  3SAP A;  1TE3 X;  4Z0Q A;  3RYJ B;  1AM6 A;  1CNK A;  1LGD A;  2FW4 A;  4MDL A;  1BIC A;  3K7K A;  3OIL A;  5EOI A;  4WW8 A;  1BN4 A;  2NWZ A;  3P3J A;  4FVO A;  1G45 A;  2WEG A;  1G46 A;  3MYQ A;  4KUV A;  5J8Z A;  5FNG A;  4QK3 A;  3M2Y A;  5FL4 A;  3D8W A;  3L14 A;  9CA2 A;  2WEH A;  1ZSA A;  1FQR A;  1Z93 A;  2FNK A;  1CVH A;  2NN7 A;  4LU3 A;  1AZM A;  3R16 A;  2ZNC A;  5BRV A;  1DCA A;  4Q0L A;  5SZ3 A;  3RYV B;  3IBU A;  1LG5 A;  4HU1 A;  4Z1E A;  3MWO A;  1BV3 A;  5IPZ A;  3KON A;  1ZFQ A;  4QSI A;  5E5U A;  4Q7W A;  1OKL A;  1TTM A;  5G03 A;  5DSM A;  4QIZ A;  1RZD A;  4RUX A;  4Q83 A;  4KNJ A;  3SBI A;  1FSQ A;  4QTL A;  4QJM A;  1OKN A;  5FLP A;  2POV A;  3M5S A;  1CVE A;  1BN1 A;  3RZ7 A;  4XFW A;  3N4B A;  3HKT A;  3M1J A;  1UGD A;  1UGG A;  2WD2 A;  3IAI A;  3SBH A;  4CNR A;  3EFI A;  4PYX A;  3N2P A;  5E5R A;  5G0B A;  2X7U A;  4ZX0 A;  3SAX A;  4QSB A;  5FL6 A;  4UOV A;  3Q31 A;  3U47 A;  4E3G A;  2QOA A;  2POW A;  3OYS A;  4ILX A;  4K1Q A;  4QK1 A;  1FR7 A;  1ZE8 A;  1CAK A;  2CA2 A;  4Q7P A;  5E2M A;  5FNM A;  1Z97 A;  3P3H A;  1HEB A;  1H9N A;  3JXF A;  4RIU A;  1I9N A;  1G53 A;  3V3F A;  5FNL A;  3TMJ A;  2NXS A;  5AMD A;  1FSR A;  3P55 A;  4QJO A;  4RFD A;  5EIJ A;  5E2K A;  1CNB A;  4WW6 A;  4KUW A;  1CAI A;  3T85 A;  1IF6 A;  1ZFK A;  4FL7 A;  4FU5 A;  3MZC A;  5JQT A;  2FOQ A;  1RZA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1BN4A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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