1BNQ | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0515587840346772__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0515587840346772__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1bnq/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0515587840346772__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0515587840346772","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1bnq/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0515587840346772__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
publication title	Structural analysis of inhibitor binding to human carbonic anhydrase II. pubmed rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE
total genus	76
structure length	256
sequence length	256
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1998-07-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1bnqA00

1BNMA 2NN7A 4RUZA 2Q1BA 4JS6A 5JEHB 2NWYA 2NMXA 5FL4A 1FR4A 5FNIA 5BNLA 1URTA 4RFDA 3T85A 1FSQA 4QK3A 3IBLA 1I90A 2NXSA 1YDCA 1CAHA 4L5VA 4FPTA 1CNBA 4HBAA 4Q49A 1XPZA 3M04A 5AMGA 4QJXA 1I8ZA 1CZMA 4YX4A 3W6HA 1A42A 4Q8ZA 4YGNA 4C3TA 3BL0A 1LUGA 3KNEA 3IEOA 5SZ1A 3EFTA 4G0CA 4KNNA 1ZSCA 2X7TA 5FLPA 3U45X 1IF4A 4Z1JA 3DVBA 4M2WA 3MMFA 5AMDA 4QTLA 5DRSA 1RZDA 4HF3A 1CANA 1G0FA 3RYZA 1ZGEA 2NWZA 4E3GA 3KKXA 3S76A 4MDMA 1KOQA 4E49A 5CJFA 3P44A 1AVNA 1CIMA 5BRWA 4R5BA 5JGTB 1OKLA 1CA3A 3DCCA 4ZAOA 1ZSAA 4IDRX 4KNIA 5DOGA 4CNXA 4YGFA 4QJPA 4QSJA 1CNHA 3IGPA 5EH7A 3HKTA 4BCWA 1CVAA 5FNKA 2W2JA 1YDAA 1HEAA 4MLXA 2CBBA 4MDLA 1HECA 4Q7SA 5DSMA 1ZE8A 3R16A 3DA2A 3IBNA 5JQ0A 3PJJA 4Q78A 3N3JA 3R17B 3D9ZA 4CQ0A 4RUYA 1HVAA 3N0NA 5JGSB 1LG6A 3M5EA 4Q99A 3MHLA 4Q8XA 3S75B 4PYXA 5JDVB 3S74B 5BRUA 1T9NA 1I9QA 3M67A 4Q8YA 5A6HA 3V7XA 7CA2A 3HKUA 3DAZA 5EKMA 1XEGA 3TMJA 3T5ZA 4KUVA 3KLDB 3FFPX 4ZWYA 3HKNA 4CNRA 4ZX0A 1TEUX 3D0NA 3D93A 1BNNA 2GEHA 3MNIA 4ITPA 5EH8A 1LGDA 4E3FA 3M2ZA 3P55A 2AX2A 1CVHA 4YHAA 1I9MA 4CACA 1G4OA 2VVBX 2QO8A 3RZ7A 3P58A 1FSRA 4PQ7A 5JQTA 5DSLA 4DZ9A 1HEDA 3JXFA 4KAPA 3V3HB 3B1BA 5JG5B 4JSAA 1UGDA 3F7BA 1BICA 4E5QA 3ZNCA 3TVOX 5JEGB 4TWLA 1BN3A 3F7UA 1BN1A 2FOVA 5CA2A 5SZ0A 5DSIA 1RJ5A 3M1WA 2NWOA 1HEBA 2HKKA 1CAZA 1ZSBA 4Q83A 1XQ0A 4ZX1A 4IWZA 3F4XA 4L5WA 1RZBA 4KUWA 4YGJA 2FW4A 1V9IC 1RAYA 3P3HA 4YXUA 5SZ4A 3S71B 5E2MA 3HS4A 1BCDA 3DD0A 2HL4A 2NNVA 3KWAA 1MOOA 4Z1NA 5BYIA 3M1QA 1ZFQA 1RZEA 3IBIA 4QIYA 1CNIA 1KOPA 1DCBA 5C8IA 3M2YA 4Q7PA 1XEVA 5E2NA 1ZNCA 3KOKA 4N16A 4ZWIA 2NNGA 4YGLA 5L6KA 3S72B 5E5UA 3OKUA 2X7UA 1OQ5A 3EFIA 1IF8A 4KP5A 3FE4A 4WW8A 1G52A 3RG4A 4E9OX 2CABA 2EU3A 5EIJA 1I9LA 4MO8A 1CCUA 1YO0A 5L3OA 4R5AA 3SAPA 4Z1KA 4K13A 1HUGA 4N0XB 2FNMA 3RYXB 2FOQA 4YGKA 4KV0A 4YXOA 1CAKA 4TWMA 2POUA 4MDGA 4Q81A 1CNYA 3KIGA 4HT2A 1BNQA 1J9WA 4Q9YA 2WEHA 4M2VA 2AW1A 1CVBA 4E3HA 5DSNA 1LG5A 4M2RA 4LP6A 4HU1A 4KP8A 5FLTA 5CLUA 3M1KA 5JESB 1TB0X 3OIMA 3VBDA 4CNVA 3NI5A 5AMLA 5FNJA 3M5TA 1H4NA 1I91A 4QSBA 3U47A 1CNCA 1TG9A 3S73B 2CBCA 3CZVA 4QEFA 1JD0A 5FDIA 2ABEA 1DCAA 3RZ5A 3LXEA 5BRVA 4QK1A 1CNKA 4K1QA 1CVFA 3RG3A 5E28A 2H15A 5J8ZA 1RZCA 2HD6A 4MLTA 3T5UA 4Q7WA 2NN1A 4FU5A 5G01A 3FW3A 3OIKA 2CA2A 1YO1A 5SZ2A 1CRAA 1FLJA 5DSPA 1BNUA 4PZHA 1JV0A 1AM6A 4PXXA 1H9QA 5EKHA 5E2SA 2POWA 3IBUA 4HEZA 5FL6A 4BF1A 3TVNX 3NJ9A 3MNHA 4QJWA 3M1JA 1CCTA 3P4VA 5EH5A 3DV7A 5FLSA 4E3DA 5G03A 3P5LA 3DC3A 1TG3A 4Q6DA 5G0BA 1CILA 5FNHA 4CA2A 1TE3X 4QIZA 2ILIA 4Q08A 4RH2A 3M98A 4QSIA 4YVYA 4RIUA 1G3ZA 1YO2A 2WD2A 4WUQA 4HEWA 3IAIA 3OYSA 3D92A 5FNLA 4Z1EA 3K34A 4Q90A 4QSAA 4WR7A 1RJ6A 1ZGFA 3DCWA 4XFWA 2F14A 4FVNA 5EHWA 3KS3A 3MNUA 3DVCA 1THKA 1G0EA 2NWPA 3M14A 3PO6A 1TBTX 3S77B 1Z93A 2Q38A 3GZ0A 1G1DA 1CNXA 1BV3A 4Y0JA 3SAXA 1BZMA 4RIVA 4COQA 4KNJA 1IF5A 3OILA 3MNKA 4Q87A 2QOAA 1CVDA 3DC9A 3P3JA 2FMGA 4HT0A 4LHIA 5JEPB 4HEYA 2QP6A 1I9NA 4Q0LA 4BF6A 3HKQA 3P5AA 5A25A 3RGEA 1UGGA 4DZ7A 1I9OA 3N2PA 4ZWZA 4FIKA 3RZ1B 3C7PA 4K0ZA 1UGCA 4Q6EA 5DSRA 1UGFA 1OKNA 5EOIA 2EZ7A 8CA2A 2OSFA 3ML5A 2ZNCA 1CVEA 1TH9A 4WUPA 1RAZA 2H4NA 3B4FA 4YYTA 9CA2A 2HNCA 3CA2A 3KOIA 3K7KA 1CA2A 1ZH9A 3MNAA 1FSNA 3MHCA 1F2WA 5DSJA 3F8EA 2HFWA 1Z9YA 3JXHC 3BL1A 4QJOA 5EHEA 3RZ8A 1G4JA 3RLDA 3M2NA 4MTYA 1CVCA 2CBEA 3MHOA 1G46A 3ZP9A 4QJMA 1G54A 4K0TA 4Q09A 5FLRA 3OKVA 1UGEA 4X5SA 3DD8A 2POVA 2FMZA 3RYYA 1FQLA 1IF9A 4GL1X 3V3GB 6CA2A 5JG3B 1CAOA 5CACA 1HUHA 3M5SA 1CINA 1FQRA 4KNMA 3MDZA 4FRCA 4QK2A 5EZTX 5LMDA 2WEGA 3KONA 1MUAA 1CNWA 1CNGA 3RJ7A 1EOUA 3V2JA 1TEQX 3V5GA 3JXGA 1H9NA 4ZWXA 5IPZA 5DVXA 3T83A 4ILXA 3RYVB 3D8WA 1OKMA 5SZ3A 4Q07A 3S8XA 3S9TA 3T84A 4RN4A 3UYNA 3M40A 1BNWA 4JSWA 1IF6A 2CBAA 4XZ5A 3Q31A 4Z0QA 4YXIA 4RUXA 3V2MA 4YWPA 4XE1A 3V3IB 3DVDA 5FLOA 4KUYA 2WD3A 1AZMA 5SZ7A 5DSQA 1I9PA 3M3XA 3K2FA 4WL4A 1CAYA 1CRMA 5FNGA 1V9EA 2O4ZA 3T82A 1CALA 1G45A 3DBUA 4ETQC 4JSZA 2HOCA 3MNJA 3QYKA 4LU3A 2VVAX 5DSKA 1ZFKA 3V3JA 2FOUA 2NNSA 2GD8A 1HCBA 2NXRA 4PYYA 3OY0A 4E4AA 1CAJA 2X7SA 1JCZA 4RFCA 3N4BA 3RYJB 4M2UA 3OYQA 1UGAA 1KEQA 3U3AX 3M2XA 2FNKA 2NNOA 2NXTA 1Y7WA 2WEJA 1RZAA 3S78B 4XIWA 4CNWA 2FOSA 4JSSA 2FOYA 1G48A 3MHIA 3M96A 5FL5A 3L14A 3BETA 4ITOA 1TTMA 3CAJA 3CYUA 3U7CA 1CAIA 2OSMA 5EHVA 3PYKA 3SBIA 2FNNA 3MZCA 4QJ0A 1BN4A 3MHMA 3ML2A 4L5UA 3V3FA 4R59A 1DMXA 1KWQA 3HFPA 5SZ6A 2CBDA 1UGBA 1BNVA 3MWOA 1YDBA 5HPJA 1HCAA 5E2RA 1Z97A 5DSOA 4Q7VA 5FDCA 4G7AA 3HLJA 1CAMA 3DCSA 2WEOA 4XIXA 3MYQA 3NB5A 1BNTA 5DOHA 3RZ0B 5E5RA 4WW6A 5G0CA 4UOVA 12CAA 5FLQA 4Q06A 5FNMA 1CCSA 1G6VA 2Q1QA 1LZVA 2IT4A 3S97A 1YDDA 5SZ5A 1DMYA 4FL7A 2EU2A 5EKJA 4K0SA 3W6IA 1FQNA 4FVOA 1FR7A 1G53A 3SBHA 1FQMA 4QY3A 5E2KA 1IF7A 3UYQA 1CNJA 1KWRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BNM A;  2NN7 A;  4RUZ A;  2Q1B A;  4JS6 A;  5JEH B;  2NWY A;  2NMX A;  5FL4 A;  1FR4 A;  5FNI A;  5BNL A;  1URT A;  4RFD A;  3T85 A;  1FSQ A;  4QK3 A;  3IBL A;  1I90 A;  2NXS A;  1YDC A;  1CAH A;  4L5V A;  4FPT A;  1CNB A;  4HBA A;  4Q49 A;  1XPZ A;  3M04 A;  5AMG A;  4QJX A;  1I8Z A;  1CZM A;  4YX4 A;  3W6H A;  1A42 A;  4Q8Z A;  4YGN A;  4C3T A;  3BL0 A;  1LUG A;  3KNE A;  3IEO A;  5SZ1 A;  3EFT A;  4G0C A;  4KNN A;  1ZSC A;  2X7T A;  5FLP A;  3U45 X;  1IF4 A;  4Z1J A;  3DVB A;  4M2W A;  3MMF A;  5AMD A;  4QTL A;  5DRS A;  1RZD A;  4HF3 A;  1CAN A;  1G0F A;  3RYZ A;  1ZGE A;  2NWZ A;  4E3G A;  3KKX A;  3S76 A;  4MDM A;  1KOQ A;  4E49 A;  5CJF A;  3P44 A;  1AVN A;  1CIM A;  5BRW A;  4R5B A;  5JGT B;  1OKL A;  1CA3 A;  3DCC A;  4ZAO A;  1ZSA A;  4IDR X;  4KNI A;  5DOG A;  4CNX A;  4YGF A;  4QJP A;  4QSJ A;  1CNH A;  3IGP A;  5EH7 A;  3HKT A;  4BCW A;  1CVA A;  5FNK A;  2W2J A;  1YDA A;  1HEA A;  4MLX A;  2CBB A;  4MDL A;  1HEC A;  4Q7S A;  5DSM A;  1ZE8 A;  3R16 A;  3DA2 A;  3IBN A;  5JQ0 A;  3PJJ A;  4Q78 A;  3N3J A;  3R17 B;  3D9Z A;  4CQ0 A;  4RUY A;  1HVA A;  3N0N A;  5JGS B;  1LG6 A;  3M5E A;  4Q99 A;  3MHL A;  4Q8X A;  3S75 B;  4PYX A;  5JDV B;  3S74 B;  5BRU A;  1T9N A;  1I9Q A;  3M67 A;  4Q8Y A;  5A6H A;  3V7X A;  7CA2 A;  3HKU A;  3DAZ A;  5EKM A;  1XEG A;  3TMJ A;  3T5Z A;  4KUV A;  3KLD B;  3FFP X;  4ZWY A;  3HKN A;  4CNR A;  4ZX0 A;  1TEU X;  3D0N A;  3D93 A;  1BNN A;  2GEH A;  3MNI A;  4ITP A;  5EH8 A;  1LGD A;  4E3F A;  3M2Z A;  3P55 A;  2AX2 A;  1CVH A;  4YHA A;  1I9M A;  4CAC A;  1G4O A;  2VVB X;  2QO8 A;  3RZ7 A;  3P58 A;  1FSR A;  4PQ7 A;  5JQT A;  5DSL A;  4DZ9 A;  1HED A;  3JXF A;  4KAP A;  3V3H B;  3B1B A;  5JG5 B;  4JSA A;  1UGD A;  3F7B A;  1BIC A;  4E5Q A;  3ZNC A;  3TVO X;  5JEG B;  4TWL A;  1BN3 A;  3F7U A;  1BN1 A;  2FOV A;  5CA2 A;  5SZ0 A;  5DSI A;  1RJ5 A;  3M1W A;  2NWO A;  1HEB A;  2HKK A;  1CAZ A;  1ZSB A;  4Q83 A;  1XQ0 A;  4ZX1 A;  4IWZ A;  3F4X A;  4L5W A;  1RZB A;  4KUW A;  4YGJ A;  2FW4 A;  1V9I C;  1RAY A;  3P3H A;  4YXU A;  5SZ4 A;  3S71 B;  5E2M A;  3HS4 A;  1BCD A;  3DD0 A;  2HL4 A;  2NNV A;  3KWA A;  1MOO A;  4Z1N A;  5BYI A;  3M1Q A;  1ZFQ A;  1RZE A;  3IBI A;  4QIY A;  1CNI A;  1KOP A;  1DCB A;  5C8I A;  3M2Y A;  4Q7P A;  1XEV A;  5E2N A;  1ZNC A;  3KOK A;  4N16 A;  4ZWI A;  2NNG A;  4YGL A;  5L6K A;  3S72 B;  5E5U A;  3OKU A;  2X7U A;  1OQ5 A;  3EFI A;  1IF8 A;  4KP5 A;  3FE4 A;  4WW8 A;  1G52 A;  3RG4 A;  4E9O X;  2CAB A;  2EU3 A;  5EIJ A;  1I9L A;  4MO8 A;  1CCU A;  1YO0 A;  5L3O A;  4R5A A;  3SAP A;  4Z1K A;  4K13 A;  1HUG A;  4N0X B;  2FNM A;  3RYX B;  2FOQ A;  4YGK A;  4KV0 A;  4YXO A;  1CAK A;  4TWM A;  2POU A;  4MDG A;  4Q81 A;  1CNY A;  3KIG A;  4HT2 A;  1BNQ A;  1J9W A;  4Q9Y A;  2WEH A;  4M2V A;  2AW1 A;  1CVB A;  4E3H A;  5DSN A;  1LG5 A;  4M2R A;  4LP6 A;  4HU1 A;  4KP8 A;  5FLT A;  5CLU A;  3M1K A;  5JES B;  1TB0 X;  3OIM A;  3VBD A;  4CNV A;  3NI5 A;  5AML A;  5FNJ A;  3M5T A;  1H4N A;  1I91 A;  4QSB A;  3U47 A;  1CNC A;  1TG9 A;  3S73 B;  2CBC A;  3CZV A;  4QEF A;  1JD0 A;  5FDI A;  2ABE A;  1DCA A;  3RZ5 A;  3LXE A;  5BRV A;  4QK1 A;  1CNK A;  4K1Q A;  1CVF A;  3RG3 A;  5E28 A;  2H15 A;  5J8Z A;  1RZC A;  2HD6 A;  4MLT A;  3T5U A;  4Q7W A;  2NN1 A;  4FU5 A;  5G01 A;  3FW3 A;  3OIK A;  2CA2 A;  1YO1 A;  5SZ2 A;  1CRA A;  1FLJ A;  5DSP A;  1BNU A;  4PZH A;  1JV0 A;  1AM6 A;  4PXX A;  1H9Q A;  5EKH A;  5E2S A;  2POW A;  3IBU A;  4HEZ A;  5FL6 A;  4BF1 A;  3TVN X;  3NJ9 A;  3MNH A;  4QJW A;  3M1J A;  1CCT A;  3P4V A;  5EH5 A;  3DV7 A;  5FLS A;  4E3D A;  5G03 A;  3P5L A;  3DC3 A;  1TG3 A;  4Q6D A;  5G0B A;  1CIL A;  5FNH A;  4CA2 A;  1TE3 X;  4QIZ A;  2ILI A;  4Q08 A;  4RH2 A;  3M98 A;  4QSI A;  4YVY A;  4RIU A;  1G3Z A;  1YO2 A;  2WD2 A;  4WUQ A;  4HEW A;  3IAI A;  3OYS A;  3D92 A;  5FNL A;  4Z1E A;  3K34 A;  4Q90 A;  4QSA A;  4WR7 A;  1RJ6 A;  1ZGF A;  3DCW A;  4XFW A;  2F14 A;  4FVN A;  5EHW A;  3KS3 A;  3MNU A;  3DVC A;  1THK A;  1G0E A;  2NWP A;  3M14 A;  3PO6 A;  1TBT X;  3S77 B;  1Z93 A;  2Q38 A;  3GZ0 A;  1G1D A;  1CNX A;  1BV3 A;  4Y0J A;  3SAX A;  1BZM A;  4RIV A;  4COQ A;  4KNJ A;  1IF5 A; 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1BNQA

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