1BZM | Genus

Total Genus 64

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	64
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	260
structure length	260
Chain Sequence	ASPDWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTSETKHDTSLKPISVSYNPATAKEIINVGHSFHVNFEDNDNRSVLKGGPFSDSYRLFQFHFHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAELHVAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGEANPKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTNFDPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVTWIICKESISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNAVPMQHNNRPTQPLKGRTVRASF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__719792490334504__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__719792490334504__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1bzm/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__719792490334504__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"719792490334504","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1bzm/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__719792490334504__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
publication title	Drug-protein interactions. Refined structures of three sulfonamide drug complexes of human carbonic anhydrase I enzyme. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE I
total genus	64
structure length	260
sequence length	260
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1993-11-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1bzmA00

4RFCA 1G52A 4Q7PA 3FW3A 4CNVA 1CAJA 12CAA 3V3IB 2IT4A 1CILA 4K0TA 3P4VA 4Q81A 4PZHA 1CVHA 3MNAA 5CA2A 3JXGA 2FOQA 2FOYA 4Z0QA 5BRVA 2GEHA 2HOCA 2OSFA 1BNMA 3M14A 4ZX0A 1I9MA 1TB0X 4M2UA 3V3JA 1IF6A 1UGEA 1G54A 3DCCA 5EKHA 1I9PA 1ZGFA 4Q90A 1HVAA 1HUHA 5BNLA 3P44A 3D92A 2QOAA 3KONA 1JV0A 5E5UA 3M2ZA 4Q06A 1RZDA 4QJPA 3DCSA 1FQNA 3CAJA 5BRUA 3EFTA 2NXRA 1HCAA 3V3FA 1BNTA 3HKNA 1CVEA 3M5EA 4Q7SA 3U7CA 3RZ8A 3NJ9A 1RZEA 1YO1A 4CNWA 4ZX1A 1YDDA 1IF8A 5EKJA 1Z97A 3RYXB 1J9WA 4FU5A 1LGDA 2Q1QA 3ZP9A 1CVDA 3NI5A 5SZ7A 1BICA 1OKMA 3M1KA 3RG4A 3U3AX 2VVBX 1RJ5A 4QSAA 1UGDA 3N4BA 5JDVB 2NWOA 4L5VA 1V9EA 3L14A 3EFIA 3S97A 5SZ4A 3OILA 5FNIA 4Z1KA 1YDCA 1KWQA 3NB5A 4LHIA 2NWYA 4KUYA 1KWRA 4KNIA 4RIVA 3OY0A 2FMZA 2WEOA 5DSIA 1I90A 3RLDA 1OKNA 1V9IC 3KWAA 4QEFA 1HCBA 3BETA 3S73B 4MTYA 1YDBA 4G7AA 1RAYA 3T84A 4FVOA 4M2WA 3V7XA 3N3JA 5EH8A 5FNKA 1DMXA 3S77B 4YYTA 3S76A 4YVYA 4E9OX 3RG3A 4YGKA 1FR7A 3FE4A 4IWZA 5DOGA 5DRSA 3P55A 4QY3A 3OYSA 4IDRX 1BV3A 5G0CA 3DVBA 3S72B 3DC9A 2POWA 1HUGA 3F7UA 1CNIA 1G4OA 2H4NA 1BZMA 4QIZA 2ABEA 1ZFQA 4KNNA 4RFDA 9CA2A 3IBNA 5FNJA 4CACA 2AW1A 4ZWYA 1UGAA 3GZ0A 4BF6A 2CBAA 5FL6A 5DSKA 1CCSA 1LG5A 5SZ5A 3KOKA 5E2RA 2EU2A 1RAZA 3MNKA 3N0NA 2FW4A 3M5SA 4RN4A 4XZ5A 1FSQA 1I91A 6CA2A 1RZBA 4QIYA 5EIJA 5FDIA 5FLTA 4E3GA 2NXTA 5JESB 1HEBA 7CA2A 4M2VA 5JEGB 2CBEA 3HKTA 3HFPA 4KUVA 3M1QA 4JS6A 4MO8A 4Q8XA 3R16A 4YXUA 2NMXA 1CNKA 1IF7A 1I9OA 3BL1A 2NNSA 1LG6A 1OKLA 3D93A 1BN3A 1G3ZA 5SZ2A 4WUQA 1BN1A 1Z93A 1AZMA 1JCZA 1G48A 1G6VA 3M96A 4KP5A 4MLXA 3B4FA 2X7SA 4CQ0A 2CBBA 3RGEA 1CALA 5FLSA 2NN7A 1KOPA 4HT0A 4HBAA 4Q78A 4TWLA 3S71B 3K2FA 1AVNA 3V5GA 3OYQA 3S9TA 4ITOA 1FQLA 3N2PA 3IGPA 4CA2A 3K34A 1OQ5A 3HKUA 4C3TA 3P3HA 2POVA 1XPZA 3KKXA 5EHWA 4E4AA 4Q8ZA 1F2WA 5FNGA 1CVAA 5DVXA 3MHCA 4Q49A 1DMYA 3DBUA 1CRAA 4RUYA 5E2KA 1ZSAA 5DSOA 3C7PA 5FDCA 1LZVA 4QJ0A 4FPTA 5JQ0A 4QSJA 4Q6EA 5J8ZA 4WW6A 4Q0LA 3F4XA 4XE1A 3JXFA 5SZ1A 5JEPB 2CA2A 1THKA 4ILXA 3CYUA 5C8IA 1FLJA 2CBDA 3MHIA 1YDAA 3P5AA 4MLTA 1RJ6A 4YHAA 5E28A 3IBLA 5EOIA 3RYJB 1XQ0A 1HECA 5FLRA 4E5QA 3V3HB 1CNYA 1ZNCA 1FQRA 3PYKA 4YGJA 3MNUA 4KUWA 5G03A 1TTMA 3TMJA 4QK1A 1CCTA 3M1JA 4ETQC 3HS4A 3LXEA 5DOHA 3MHMA 1TEUX 4Y0JA 3IBUA 5EZTX 1IF9A 5G01A 3IEOA 3P5LA 5FL5A 2CBCA 2WEJA 3B1BA 1CA2A 2EU3A 4HEWA 5EH7A 1UGFA 1CVBA 4BF1A 1G0EA 2NNGA 3D9ZA 4PYXA 2WEHA 3KIGA 4KP8A 4JSZA 1Y7WA 4DZ9A 1CNCA 1YO0A 3UYQA 2FOVA 4Z1NA 3MMFA 4Q09A 5HPJA 1CNWA 3KNEA 3MWOA 1G46A 2F14A 4QJWA 3F7BA 3R17B 4JSSA 4LP6A 1KEQA 3DV7A 4CNRA 1CCUA 5FNLA 4E49A 1CAMA 3M98A 4QK2A 5CLUA 3M3XA 1CAHA 3S75B 5DSMA 2ILIA 3SAPA 1ZGEA 2ZNCA 1FQMA 4BCWA 1BNQA 5DSRA 2HFWA 3PO6A 1I8ZA 1CANA 5SZ3A 2WD3A 1Z9YA 1DCBA 3T83A 1TG9A 1UGCA 3IBIA 4Z1JA 4N0XB 5A6HA 1HEAA 3FFPX 4QTLA 4RUXA 3K7KA 4Q07A 3RYVB 3DC3A 5AMGA 2WEGA 2O4ZA 5EH5A 3ML2A 1MOOA 5FLQA 1RZAA 4XIWA 4XFWA 3RZ5A 3M5TA 1CNJA 5SZ0A 3KLDB 3SAXA 4MDLA 4HU1A 3T82A 5BYIA 1BN4A 3MZCA 5CACA 1I9LA 5A25A 3M2NA 4ZWIA 4Q9YA 3JXHC 3RZ7A 8CA2A 3OIMA 3RYYA 4RH2A 2FOSA 4ZWXA 2HL4A 4M2RA 5JGSB 3QYKA 2QO8A 1CAKA 1H9NA 1TEQX 4Q99A 1ZSCA 1UGBA 1G1DA 2FNMA 2Q38A 1MUAA 4Z1EA 4QSIA 3RZ0B 3DA2A 5JG3B 1FSRA 1I9QA 3OKVA 3CA2A 4WW8A 1TG3A 3MNIA 5FNHA 2FOUA 1G4JA 4Q7WA 4WL4A 1CVFA 3ML5A 3W6HA 4MDGA 4QJXA 2CABA 2NWPA 1CAYA 4E3DA 4Q7VA 3F8EA 5E2SA 5IPZA 4FL7A 3SBHA 3V2MA 1A42A 1CAOA 5E2MA 3W6IA 1TH9A 4Q08A 4YXOA 1G0FA 2NWZA 3V2JA 4YGLA 1G45A 1CAZA 4QSBA 4TWMA 3RYZA 1CVCA 1TE3X 3RJ7A 1TBTX 2Q1BA 3MNJA 1URTA 2FNNA 4LU3A 3MHLA 5EKMA 2POUA 1IF5A 1CNHA 3M40A 3SBIA 3DVCA 2VVAX 5DSPA 1ZE8A 1H4NA 2HKKA 4Q6DA 3MNHA 3MYQA 3OIKA 1G53A 2QP6A 5G0BA 3S74B 3V3GB 4DZ7A 2FMGA 2EZ7A 4X5SA 4PQ7A 5L3OA 3D0NA 1ZSBA 4L5UA 1T9NA 2NXSA 4KV0A 5JG5B 5FLOA 2X7UA 4E3FA 4HEYA 5FL4A 2OSMA 3D8WA 2NNOA 3DVDA 1FR4A 4WUPA 3DCWA 4L5WA 2GD8A 4QJMA 5LMDA 5DSQA 4RUZA 3OKUA 1EOUA 4WR7A 5EHEA 1BNWA 4YXIA 5AMDA 3P58A 2W2JA 3M2XA 3U47A 4R59A 4JSWA 5SZ6A 5DSJA 4YWPA 4GL1X 4FVNA 4YGNA 5JGTB 1BCDA 4K13A 1BNVA 3T5ZA 4G0CA 3M2YA 2WD2A 5AMLA 1ZH9A 1CNXA 1IF4A 1YO2A 4FIKA 1CNBA 4YGFA 3T85A 1BNUA 1XEVA 1ZFKA 1CRMA 3VBDA 5JQTA 3M04A 4MDMA 1UGGA 5FLPA 5BRWA 5L6KA 3HKQA 3U45X 1CNGA 4N16A 4Q87A 5JEHB 3M67A 1CINA 4KNJA 4PXXA 2HNCA 4HEZA 4XIXA 2AX2A 4ZAOA 2X7TA 1XEGA 5DSNA 1CIMA 1I9NA 1FSNA 1HEDA 3CZVA 1CA3A 4QJOA 1DCAA 3UYNA 3RZ1B 2H15A 3S78B 3DAZA 3MDZA 5E5RA 3P3JA 1KOQA 4FRCA 4COQA 5FNMA 4E3HA 3BL0A 4Q83A 3S8XA 2NNVA 3IAIA 4Q8YA 4R5AA 3T5UA 4JSAA 4PYYA 2HD6A 3DD8A 1JD0A 4KNMA 3KOIA 3TVNX 3Q31A 1CZMA 2FNKA 2NN1A 4ITPA 1AM6A 3HLJA 3DD0A 4HT2A 3ZNCA 4QK3A 3M1WA 1H9QA 3MHOA 3PJJA 4UOVA 3KS3A 5EHVA 4ZWZA 4YX4A 1BNNA 1RZCA 4RIUA 4KAPA 1LUGA 4HF3A 4CNXA 4R5BA 4K0SA 1CAIA 5CJFA 5DSLA 5E2NA 4K1QA 4K0ZA 3TVOX
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RFC A;  1G52 A;  4Q7P A;  3FW3 A;  4CNV A;  1CAJ A;  12CA A;  3V3I B;  2IT4 A;  1CIL A;  4K0T A;  3P4V A;  4Q81 A;  4PZH A;  1CVH A;  3MNA A;  5CA2 A;  3JXG A;  2FOQ A;  2FOY A;  4Z0Q A;  5BRV A;  2GEH A;  2HOC A;  2OSF A;  1BNM A;  3M14 A;  4ZX0 A;  1I9M A;  1TB0 X;  4M2U A;  3V3J A;  1IF6 A;  1UGE A;  1G54 A;  3DCC A;  5EKH A;  1I9P A;  1ZGF A;  4Q90 A;  1HVA A;  1HUH A;  5BNL A;  3P44 A;  3D92 A;  2QOA A;  3KON A;  1JV0 A;  5E5U A;  3M2Z A;  4Q06 A;  1RZD A;  4QJP A;  3DCS A;  1FQN A;  3CAJ A;  5BRU A;  3EFT A;  2NXR A;  1HCA A;  3V3F A;  1BNT A;  3HKN A;  1CVE A;  3M5E A;  4Q7S A;  3U7C A;  3RZ8 A;  3NJ9 A;  1RZE A;  1YO1 A;  4CNW A;  4ZX1 A;  1YDD A;  1IF8 A;  5EKJ A;  1Z97 A;  3RYX B;  1J9W A;  4FU5 A;  1LGD A;  2Q1Q A;  3ZP9 A;  1CVD A;  3NI5 A;  5SZ7 A;  1BIC A;  1OKM A;  3M1K A;  3RG4 A;  3U3A X;  2VVB X;  1RJ5 A;  4QSA A;  1UGD A;  3N4B A;  5JDV B;  2NWO A;  4L5V A;  1V9E A;  3L14 A;  3EFI A;  3S97 A;  5SZ4 A;  3OIL A;  5FNI A;  4Z1K A;  1YDC A;  1KWQ A;  3NB5 A;  4LHI A;  2NWY A;  4KUY A;  1KWR A;  4KNI A;  4RIV A;  3OY0 A;  2FMZ A;  2WEO A;  5DSI A;  1I90 A;  3RLD A;  1OKN A;  1V9I C;  3KWA A;  4QEF A;  1HCB A;  3BET A;  3S73 B;  4MTY A;  1YDB A;  4G7A A;  1RAY A;  3T84 A;  4FVO A;  4M2W A;  3V7X A;  3N3J A;  5EH8 A;  5FNK A;  1DMX A;  3S77 B;  4YYT A;  3S76 A;  4YVY A;  4E9O X;  3RG3 A;  4YGK A;  1FR7 A;  3FE4 A;  4IWZ A;  5DOG A;  5DRS A;  3P55 A;  4QY3 A;  3OYS A;  4IDR X;  1BV3 A;  5G0C A;  3DVB A;  3S72 B;  3DC9 A;  2POW A;  1HUG A;  3F7U A;  1CNI A;  1G4O A;  2H4N A;  1BZM A;  4QIZ A;  2ABE A;  1ZFQ A;  4KNN A;  4RFD A;  9CA2 A;  3IBN A;  5FNJ A;  4CAC A;  2AW1 A;  4ZWY A;  1UGA A;  3GZ0 A;  4BF6 A;  2CBA A;  5FL6 A;  5DSK A;  1CCS A;  1LG5 A;  5SZ5 A;  3KOK A;  5E2R A;  2EU2 A;  1RAZ A;  3MNK A;  3N0N A;  2FW4 A;  3M5S A;  4RN4 A;  4XZ5 A;  1FSQ A;  1I91 A;  6CA2 A;  1RZB A;  4QIY A;  5EIJ A;  5FDI A;  5FLT A;  4E3G A;  2NXT A;  5JES B;  1HEB A;  7CA2 A;  4M2V A;  5JEG B;  2CBE A;  3HKT A;  3HFP A;  4KUV A;  3M1Q A;  4JS6 A;  4MO8 A;  4Q8X A;  3R16 A;  4YXU A; 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 4YGJ A;  3MNU A;  4KUW A;  5G03 A;  1TTM A;  3TMJ A;  4QK1 A;  1CCT A;  3M1J A;  4ETQ C;  3HS4 A;  3LXE A;  5DOH A;  3MHM A;  1TEU X;  4Y0J A;  3IBU A;  5EZT X;  1IF9 A;  5G01 A;  3IEO A;  3P5L A;  5FL5 A;  2CBC A;  2WEJ A;  3B1B A;  1CA2 A;  2EU3 A;  4HEW A;  5EH7 A;  1UGF A;  1CVB A;  4BF1 A;  1G0E A;  2NNG A;  3D9Z A;  4PYX A;  2WEH A;  3KIG A;  4KP8 A;  4JSZ A;  1Y7W A;  4DZ9 A;  1CNC A;  1YO0 A;  3UYQ A;  2FOV A;  4Z1N A;  3MMF A;  4Q09 A;  5HPJ A;  1CNW A;  3KNE A;  3MWO A;  1G46 A;  2F14 A;  4QJW A;  3F7B A;  3R17 B;  4JSS A;  4LP6 A;  1KEQ A;  3DV7 A;  4CNR A;  1CCU A;  5FNL A;  4E49 A;  1CAM A;  3M98 A;  4QK2 A;  5CLU A;  3M3X A;  1CAH A;  3S75 B;  5DSM A;  2ILI A;  3SAP A;  1ZGE A;  2ZNC A;  1FQM A;  4BCW A;  1BNQ A;  5DSR A;  2HFW A;  3PO6 A;  1I8Z A;  1CAN A;  5SZ3 A;  2WD3 A;  1Z9Y A;  1DCB A;  3T83 A;  1TG9 A;  1UGC A;  3IBI A;  4Z1J A;  4N0X B;  5A6H A;  1HEA A;  3FFP X;  4QTL A;  4RUX A;  3K7K A;  4Q07 A;  3RYV B;  3DC3 A;  5AMG A;  2WEG A;  2O4Z A;  5EH5 A;  3ML2 A;  1MOO A; 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1BZMA

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