1CAJ | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSDHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6977441974329932__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6977441974329932__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1caj/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6977441974329932__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6977441974329932","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1caj/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6977441974329932__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural analysis of the zinc hydroxide-Thr-199-Glu-106 hydrogen-bond network in human carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	77
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1992-09-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1cajA00

4Q83A 4JSAA 4HEYA 1J9WA 3KNEA 2AX2A 1YDBA 3W6IA 4QK3A 4XZ5A 3S75B 2OSFA 5DVXA 1CNYA 2NWPA 4QY3A 4Q7VA 4YX4A 4KAPA 4YXIA 5FNHA 3MNHA 1UGEA 4JS6A 1I9OA 4LHIA 1YDAA 5AMGA 3P5AA 4PYXA 3EFIA 3VBDA 1DMXA 2NMXA 5JEHB 1CVEA 1BNVA 4HEWA 2NWYA 3IBIA 4WL4A 5DSLA 4CNRA 5BRVA 3KOIA 5E28A 5FLPA 2WD3A 5E5RA 2FNNA 1CRAA 4Z1JA 2H15A 1BNMA 1RJ5A 3M14A 4QSIA 3T85A 3IAIA 1KOPA 5A6HA 4M2VA 1TTMA 1F2WA 1ZH9A 4Z1NA 1IF7A 1CNKA 2NWZA 12CAA 4WUPA 5JESB 3OIMA 3V3GB 3ML2A 3S8XA 3KKXA 3RG4A 1OKNA 3UYQA 2EZ7A 1FSRA 2QP6A 3D9ZA 3KONA 1G0EA 3DVBA 3MWOA 1CVDA 2F14A 4YWPA 1BN1A 4R5BA 3B1BA 1KOQA 4Q6EA 5DOGA 4YXOA 5FLRA 3PO6A 3RYJB 3M3XA 4YGNA 1ZSCA 4Q8ZA 1JV0A 1CAKA 3S72B 3JXGA 4RIVA 1HECA 5EKHA 1ZGFA 4K13A 1KWRA 1FQNA 2CBCA 1FQLA 2ILIA 3M2NA 2CA2A 3V3HB 3U7CA 4BCWA 4HEZA 1CAJA 2NN7A 4CQ0A 4MLXA 4WW6A 3RYYA 3HFPA 3DC3A 4FVNA 2X7SA 3RG3A 3IBNA 3MZCA 5FLTA 1G45A 2ABEA 3U47A 3RGEA 1KEQA 1URTA 4QIYA 2POVA 1G53A 3M04A 1CA3A 1CAYA 3R17B 1CCTA 5CLUA 1RAZA 4PXXA 1HCAA 1BNTA 1DCAA 1G1DA 2HNCA 3P5LA 4ITPA 4Y0JA 4ZAOA 3DCWA 3MDZA 3S78B 2QO8A 3P3HA 4HT0A 3M2ZA 3MHLA 3K7KA 1CAZA 3R16A 1ZGEA 3MNIA 1XEVA 3PJJA 1ZSBA 4YXUA 4QJOA 3MHCA 3V7XA 3OYSA 2WEGA 2CBAA 5DSMA 4QIZA 3S73B 3ZNCA 1HUGA 5BNLA 5EKJA 3MNJA 3DAZA 4QEFA 3Q31A 5LMDA 4E3FA 2QOAA 1BCDA 1UGBA 2FOSA 4FRCA 5EH7A 5FNJA 2EU3A 4Z0QA 3M2XA 1CNGA 2CABA 3W6HA 4ZWIA 1AM6A 3D0NA 5IPZA 1T9NA 5FL4A 3C7PA 4X5SA 5FDCA 1G0FA 3M2YA 4ITOA 2NXTA 4Q7SA 4YGKA 5DRSA 5FNMA 3LXEA 4L5UA 1BN3A 1TB0X 3OKUA 4RIUA 3CZVA 1ZFKA 2CBBA 4FU5A 1FSQA 1RZCA 1RZBA 4MDLA 5DSNA 2HFWA 3CYUA 1CVCA 3S97A 5E2NA 4RUZA 3M1QA 3FW3A 3SAPA 2FW4A 4KP8A 4QK2A 3DV7A 4Q08A 5BRWA 4JSSA 3IBUA 4IWZA 3BL1A 4BF1A 1CAMA 6CA2A 4Q06A 3HS4A 4CACA 3DA2A 1IF6A 4WR7A 4Q7PA 3V3IB 5L6KA 1UGFA 1HUHA 1HEAA 5J8ZA 4MO8A 1HVAA 1OKLA 4RN4A 5CACA 1CVBA 1CANA 3SAXA 2NWOA 4KUWA 4TWLA 1I90A 3ML5A 4Q8XA 3D8WA 4RUYA 3SBHA 3HKQA 4E3DA 3OY0A 4LU3A 4M2RA 5EOIA 4Q87A 1BZMA 4G7AA 4DZ7A 5DSIA 1UGAA 2H4NA 4YYTA 1JD0A 1KWQA 4Q81A 3K34A 5EH5A 4E9OX 1CNHA 3MHMA 3V5GA 3MHIA 1MOOA 1RAYA 4L5WA 4Q0LA 4RUXA 1CNWA 3L14A 2X7TA 4KNNA 5FL6A 2FOVA 1RZEA 5EKMA 4M2WA 2FMZA 5JEPB 4K0ZA 3DBUA 1ZSAA 3M5EA 2Q38A 1YO1A 3T84A 5FLOA 2AW1A 5DSRA 4YVYA 1BN4A 5EHEA 4IDRX 3F7BA 4FPTA 3KS3A 1RZAA 1MUAA 4KP5A 3TMJA 2NNVA 3RLDA 1LG6A 4ZX1A 1Z93A 5AMDA 4FL7A 4K0TA 3RZ7A 4RFCA 5EIJA 3P55A 4GL1X 2CBEA 4YGLA 8CA2A 5HPJA 5E2RA 4CA2A 3S74B 5EHVA 4WUQA 1TBTX 2O4ZA 4KUVA 5G0BA 3RYXB 4E3HA 3M5TA 4KNIA 1I91A 5AMLA 1AZMA 1DCBA 1I9LA 3S71B 1LUGA 3KLDB 1CVFA 3K2FA 3N2PA 4Q99A 5DSOA 1I9QA 1H9QA 5JQ0A 1BNNA 4Q07A 2NN1A 2VVBX 4FVOA 3MNKA 4M2UA 4PYYA 3T5UA 5FNGA 4HBAA 4MTYA 5SZ2A 1HCBA 1CNJA 1FLJA 4E4AA 3S77B 4QTLA 4TWMA 1FR7A 1YDDA 4K1QA 1CVAA 1IF8A 3B4FA 4Q78A 1THKA 4C3TA 2NNSA 5EH8A 1XQ0A 2CBDA 4QJMA 3MYQA 4CNVA 1FR4A 1EOUA 5A25A 4HT2A 3F7UA 3CA2A 4CNWA 3BETA 1H9NA 3N3JA 1CALA 3OKVA 5DSKA 2FOYA 1ZNCA 4MDMA 5CA2A 1CAOA 4QSBA 1CCSA 2HKKA 4KV0A 5FL5A 3JXHC 4R59A 5JEGB 4HF3A 3M1KA 3V2MA 3QYKA 4XIWA 4JSZA 3RZ1B 3KOKA 2NNGA 1AVNA 1TEQX 4ILXA 1G4OA 3M1WA 1RJ6A 3CAJA 3GZ0A 3IBLA 3HKNA 3F8EA 1XPZA 3DCCA 3FE4A 1HEBA 4KNJA 4KUYA 1BNQA 2NNOA 5BYIA 5JG5B 1CCUA 4Q90A 5FDIA 2ZNCA 1CVHA 3MMFA 3MNUA 2WEJA 1YO2A 2IT4A 4FIKA 3BL0A 3P44A 3SBIA 4QJXA 4BF6A 3RYZA 3DC9A 1V9EA 1Z9YA 5E2KA 5SZ0A 3P4VA 5SZ6A 5C8IA 2EU2A 1LZVA 4G0CA 4Q49A 3M96A 3JXFA 3NI5A 5SZ1A 1CAIA 3F4XA 5JGSB 5G0CA 3OYQA 3HKUA 3P3JA 1CIMA 2VVAX 1YDCA 3V3JA 3RYVB 3DCSA 2POWA 3NB5A 1CRMA 1RZDA 1XEGA 4YGFA 4COQA 1BNUA 1Z97A 1G52A 3OILA 4Q7WA 1A42A 1JCZA 2OSMA 5E5UA 1HEDA 1TG3A 4QJ0A 5FNKA 1TH9A 5DSPA 1BNWA 2HOCA 4ZX0A 1IF4A 3V2JA 1YO0A 1IF9A 1I9PA 2FNKA 5E2MA 5DOHA 1G54A 4RFDA 5FLSA 2W2JA 5FNIA 5BRUA 3IEOA 4PQ7A 3N0NA 1I8ZA 1G6VA 3UYNA 5SZ4A 4ZWXA 3TVOX 4R5AA 5SZ5A 3D93A 5DSJA 4QSAA 1I9NA 1TG9A 1UGDA 4MDGA 2FOQA 1I9MA 4Q6DA 4XE1A 3T83A 3T82A 3HLJA 3FFPX 3M5SA 2WD2A 7CA2A 1CAHA 2WEHA 3D92A 3MHOA 4PZHA 3RZ5A 1LGDA 4Q09A 3KWAA 3IGPA 2Q1BA 1TE3X 4N0XB 4JSWA 5JG3B 3ZP9A 4LP6A 1LG5A 2HL4A 2NXSA 2HD6A 3MNAA 3P58A 1OQ5A 5G03A 4DZ9A 3NJ9A 3M1JA 4E49A 1BV3A 1CNXA 1Y7WA 1CNIA 5JQTA 1CINA 5G01A 5DSQA 1DMYA 2Q1QA 2FNMA 2GD8A 4RH2A 3DD0A 4UOVA 3DVDA 1H4NA 1OKMA 3OIKA 2FOUA 4Q9YA 4XFWA 3S76A 1CILA 3N4BA 4CNXA 9CA2A 1G48A 5E2SA 4N16A 1FSNA 4QJPA 3PYKA 4KNMA 4QJWA 4ZWYA 1IF5A 1TEUX 3EFTA 4E5QA 4L5VA 4ETQC 2FMGA 3DD8A 5FLQA 3S9TA 1CNBA 1G3ZA 4XIXA 4WW8A 5EZTX 5FNLA 3RZ8A 5L3OA 4E3GA 3DVCA 3RZ0B 3RJ7A 4Z1KA 2GEHA 4HU1A 5JGTB 1V9IC 1UGCA 4K0SA 5JDVB 1G4JA 4MLTA 1ZE8A 5EHWA 4Q8YA 5SZ3A 4QK1A 5SZ7A 2NXRA 3M67A 1CNCA 1FQMA 4YGJA 3U45X 3M98A 5CJFA 3T5ZA 1FQRA 3HKTA 3U3AX 1CA2A 4ZWZA 1G46A 1ZFQA 3TVNX 1CZMA 4YHAA 3M40A 3KIGA 4Z1EA 4QSJA 2X7UA 1BICA 2POUA 1UGGA 3V3FA 2WEOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Q83 A;  4JSA A;  4HEY A;  1J9W A;  3KNE A;  2AX2 A;  1YDB A;  3W6I A;  4QK3 A;  4XZ5 A;  3S75 B;  2OSF A;  5DVX A;  1CNY A;  2NWP A;  4QY3 A;  4Q7V A;  4YX4 A;  4KAP A;  4YXI A;  5FNH A;  3MNH A;  1UGE A;  4JS6 A;  1I9O A;  4LHI A;  1YDA A;  5AMG A;  3P5A A;  4PYX A;  3EFI A;  3VBD A;  1DMX A;  2NMX A;  5JEH B;  1CVE A;  1BNV A;  4HEW A;  2NWY A;  3IBI A;  4WL4 A;  5DSL A;  4CNR A;  5BRV A;  3KOI A;  5E28 A;  5FLP A;  2WD3 A;  5E5R A;  2FNN A;  1CRA A;  4Z1J A;  2H15 A;  1BNM A;  1RJ5 A;  3M14 A;  4QSI A;  3T85 A;  3IAI A;  1KOP A;  5A6H A;  4M2V A;  1TTM A;  1F2W A;  1ZH9 A;  4Z1N A;  1IF7 A;  1CNK A;  2NWZ A;  12CA A;  4WUP A;  5JES B;  3OIM A;  3V3G B;  3ML2 A;  3S8X A;  3KKX A;  3RG4 A;  1OKN A;  3UYQ A;  2EZ7 A;  1FSR A;  2QP6 A;  3D9Z A;  3KON A;  1G0E A;  3DVB A;  3MWO A;  1CVD A;  2F14 A;  4YWP A;  1BN1 A;  4R5B A;  3B1B A;  1KOQ A;  4Q6E A;  5DOG A;  4YXO A;  5FLR A;  3PO6 A;  3RYJ B;  3M3X A;  4YGN A;  1ZSC A;  4Q8Z A;  1JV0 A;  1CAK A;  3S72 B;  3JXG A;  4RIV A;  1HEC A;  5EKH A;  1ZGF A;  4K13 A;  1KWR A;  1FQN A;  2CBC A;  1FQL A;  2ILI A;  3M2N A;  2CA2 A;  3V3H B;  3U7C A;  4BCW A;  4HEZ A;  1CAJ A;  2NN7 A;  4CQ0 A;  4MLX A;  4WW6 A;  3RYY A;  3HFP A;  3DC3 A;  4FVN A;  2X7S A;  3RG3 A;  3IBN A;  3MZC A;  5FLT A;  1G45 A;  2ABE A;  3U47 A;  3RGE A;  1KEQ A;  1URT A;  4QIY A;  2POV A;  1G53 A;  3M04 A;  1CA3 A;  1CAY A;  3R17 B;  1CCT A;  5CLU A;  1RAZ A;  4PXX A;  1HCA A;  1BNT A;  1DCA A;  1G1D A;  2HNC A;  3P5L A;  4ITP A;  4Y0J A;  4ZAO A;  3DCW A;  3MDZ A;  3S78 B;  2QO8 A;  3P3H A;  4HT0 A;  3M2Z A;  3MHL A;  3K7K A;  1CAZ A;  3R16 A;  1ZGE A;  3MNI A;  1XEV A;  3PJJ A;  1ZSB A;  4YXU A;  4QJO A;  3MHC A;  3V7X A;  3OYS A;  2WEG A;  2CBA A;  5DSM A;  4QIZ A;  3S73 B;  3ZNC A;  1HUG A;  5BNL A;  5EKJ A;  3MNJ A;  3DAZ A;  4QEF A;  3Q31 A;  5LMD A;  4E3F A;  2QOA A;  1BCD A;  1UGB A;  2FOS A;  4FRC A;  5EH7 A;  5FNJ A;  2EU3 A;  4Z0Q A;  3M2X A;  1CNG A;  2CAB A;  3W6H A;  4ZWI A;  1AM6 A;  3D0N A;  5IPZ A;  1T9N A;  5FL4 A;  3C7P A;  4X5S A;  5FDC A;  1G0F A; 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 2FMZ A;  5JEP B;  4K0Z A;  3DBU A;  1ZSA A;  3M5E A;  2Q38 A;  1YO1 A;  3T84 A;  5FLO A;  2AW1 A;  5DSR A;  4YVY A;  1BN4 A;  5EHE A;  4IDR X;  3F7B A;  4FPT A;  3KS3 A;  1RZA A;  1MUA A;  4KP5 A;  3TMJ A;  2NNV A;  3RLD A;  1LG6 A;  4ZX1 A;  1Z93 A;  5AMD A;  4FL7 A;  4K0T A;  3RZ7 A;  4RFC A;  5EIJ A;  3P55 A;  4GL1 X;  2CBE A;  4YGL A;  8CA2 A;  5HPJ A;  5E2R A;  4CA2 A;  3S74 B;  5EHV A;  4WUQ A;  1TBT X;  2O4Z A;  4KUV A;  5G0B A;  3RYX B;  4E3H A;  3M5T A;  4KNI A;  1I91 A;  5AML A;  1AZM A;  1DCB A;  1I9L A;  3S71 B;  1LUG A;  3KLD B;  1CVF A;  3K2F A;  3N2P A;  4Q99 A;  5DSO A;  1I9Q A;  1H9Q A;  5JQ0 A;  1BNN A;  4Q07 A;  2NN1 A;  2VVB X;  4FVO A;  3MNK A;  4M2U A;  4PYY A;  3T5U A;  5FNG A;  4HBA A;  4MTY A;  5SZ2 A;  1HCB A;  1CNJ A;  1FLJ A;  4E4A A;  3S77 B;  4QTL A;  4TWM A;  1FR7 A;  1YDD A;  4K1Q A;  1CVA A;  1IF8 A;  3B4F A;  4Q78 A;  1THK A;  4C3T A;  2NNS A;  5EH8 A;  1XQ0 A;  2CBD A;  4QJM A;  3MYQ A;  4CNV A;  1FR4 A;  1EOU A;  5A25 A;  4HT2 A;  3F7U A;  3CA2 A;  4CNW A; 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1CAJA

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Chain Sequence

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