1CAK | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSQHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__703177231908235__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__703177231908235__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1cak/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__703177231908235__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"703177231908235","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1cak/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__703177231908235__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural analysis of the zinc hydroxide-Thr-199-Glu-106 hydrogen-bond network in human carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	75
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1992-09-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1cakA00

3W6IA 3R16A 1OKLA 2CBCA 4M2RA 5FNGA 5SZ6A 1CVFA 1I9QA 4QJWA 1DMYA 3OIMA 4X5SA 3HKQA 4QSBA 3K2FA 1CVBA 5BRWA 3KOIA 3RYZA 5DSOA 1CCSA 1RZAA 2NWOA 1HCAA 1HEDA 3OKVA 3DAZA 1XEVA 5E2SA 5FLQA 1ZNCA 4FU5A 1UGEA 3M2ZA 4LP6A 4R59A 1BNWA 5FNHA 3M98A 5FLTA 3FE4A 1JCZA 1KWQA 3D92A 3M1WA 3MDZA 1CAHA 3P58A 4QY3A 4WW8A 3T82A 4ETQC 5AMDA 4Q09A 1I9OA 3RYVB 1H9NA 3P5LA 1OQ5A 1G4JA 1YDAA 2FNNA 1CNCA 3F7UA 3MZCA 2WD2A 4Q99A 4LHIA 4KUYA 4ZWZA 1I91A 2X7TA 5AMLA 3N4BA 4YGJA 1HVAA 2Q1BA 3HLJA 3T5ZA 3CAJA 1LG6A 1RZDA 3SBHA 2GEHA 2F14A 1G6VA 4XE1A 4QK3A 1YO2A 5BNLA 1G0EA 2HL4A 1HEBA 4Q90A 1LG5A 3EFTA 4K13A 4YHAA 2NWZA 5BRVA 4RFCA 3S9TA 3V3FA 3VBDA 4YXOA 1DMXA 5DSMA 2X7UA 2VVAX 4N16A 4Q8YA 5JGSB 1IF8A 4GL1X 5FNKA 4UOVA 1ZE8A 3CZVA 1CCTA 3KNEA 3PJJA 5DSPA 5FLPA 4CNVA 1G0FA 1UGGA 3OY0A 4CACA 2Q1QA 3HKNA 4BF1A 3DCCA 1Z97A 1CIMA 3KONA 4JSSA 5SZ1A 3B4FA 5JGTB 1CNWA 4QSAA 5EOIA 2ILIA 2POVA 5JQ0A 4FPTA 3K34A 4YGKA 3PO6A 4QK2A 1DCBA 5FL4A 3R17B 1AM6A 5DSKA 3S76A 1IF5A 1CAZA 3M40A 4BCWA 1TTMA 3M3XA 1G54A 3KOKA 3RLDA 3N3JA 3M2XA 4QJOA 1BNUA 5A6HA 3V3GB 1I9LA 5FDIA 2POUA 3NB5A 4Z1KA 5EH5A 1BN1A 4K0SA 1CILA 3PYKA 5G0BA 4ZX1A 3V2MA 4JSAA 4YGNA 5SZ2A 2H15A 3F4XA 1HCBA 3P44A 5L6KA 4ITOA 5FNLA 8CA2A 4IDRX 4Q6EA 1RJ6A 2HNCA 4M2VA 1BNMA 4MDMA 2NWPA 1BNQA 3HS4A 1HUHA 4ZAOA 1UGCA 1CAKA 1ZGFA 4ZX0A 4COQA 3T83A 3MMFA 1FR4A 1BV3A 4Q87A 3IBLA 2QO8A 3P55A 5EHVA 2ZNCA 3M1JA 3DVBA 1IF6A 4K0TA 4CQ0A 3KS3A 3M04A 3M5SA 2OSFA 4HT2A 5EHWA 1ZSCA 1YDCA 5EH8A 2FOSA 3C7PA 3U3AX 3B1BA 4QIYA 1FQLA 5FNMA 1CNXA 1I9NA 3M14A 2FMZA 3M96A 1TH9A 2NN1A 4FL7A 3F7BA 1FLJA 1CAYA 4Q49A 4Q7VA 1OKNA 5JG3B 3NJ9A 1EOUA 3DVDA 4E4AA 1DCAA 3S72B 4Z1JA 3DA2A 4PYYA 4C3TA 1RJ5A 5SZ4A 3MNIA 3MHLA 9CA2A 1CNKA 4LU3A 5FNIA 5CA2A 1BN3A 4WUQA 2EZ7A 1ZH9A 5E2RA 1ZGEA 3P3JA 1F2WA 2NNGA 1G46A 3V5GA 1TBTX 4Q9YA 3MNJA 3MHCA 4HT0A 1IF7A 1I8ZA 4KNNA 1UGFA 2OSMA 3BETA 3M5EA 1CINA 2AW1A 2NMXA 1CVCA 3OIKA 3V3IB 3IBIA 5DSNA 1RAZA 1AVNA 1KEQA 1HEAA 1G52A 1RZEA 1CNGA 4PYXA 3U45X 1YDDA 5SZ7A 3RZ7A 4ZWXA 2FOUA 1TB0X 1UGDA 1XEGA 3K7KA 4HEZA 4KP8A 5HPJA 3MHOA 2POWA 1FQMA 5LMDA 3MHMA 4YGLA 4XFWA 2FOYA 1ZFQA 1LUGA 3RGEA 1CNBA 3ML2A 1HUGA 12CAA 1RZBA 3BL0A 3MWOA 4QJ0A 2ABEA 1CAOA 4XIWA 3TVNX 1BN4A 1BNTA 4QIZA 2VVBX 1BNVA 4RUXA 4QJXA 4RFDA 4Z0QA 3V7XA 4DZ7A 4E9OX 4Z1NA 5JEGB 2CA2A 4XIXA 5CJFA 3D93A 5E2NA 5DSIA 1Y7WA 4ZWYA 1KWRA 3M67A 2FNMA 1LGDA 4M2WA 2NWYA 5JDVB 4R5BA 4YXIA 5FL6A 1CAMA 3DCWA 4KP5A 4YYTA 1FQRA 2QP6A 4HBAA 4Q06A 4PZHA 4PXXA 4FRCA 4Z1EA 4KAPA 3S73B 1CNJA 4Q78A 3MHIA 2NXRA 5E28A 4N0XB 1I9PA 3Q31A 3GZ0A 2WEGA 3OKUA 4QK1A 1CNYA 3V3JA 1FSNA 2WEJA 5IPZA 5G01A 4L5WA 3M2NA 1CVHA 4RIUA 4Q6DA 4R5AA 3RZ0B 3RZ8A 4JSZA 1URTA 2IT4A 3W6HA 3SAXA 1KOQA 4E3FA 1ZSBA 3JXHC 5BRUA 5CLUA 1CA3A 3S71B 1HECA 3U47A 1CAIA 5C8IA 1UGBA 3MNUA 4QSIA 1TE3X 3DVCA 3RYXB 3MNAA 5EKMA 4QEFA 3RYJB 4FVNA 2Q38A 4K0ZA 4QJPA 3UYNA 4Q7WA 4WL4A 3KWAA 5DSLA 3RYYA 3U7CA 1I90A 3OILA 5E2MA 2CABA 3IEOA 1CVDA 3FFPX 4QJMA 1IF4A 5A25A 4Q8ZA 5JESB 4Y0JA 1MUAA 3S75B 3D8WA 4WUPA 3DD0A 3ZNCA 3M1QA 4MO8A 2HKKA 5FLOA 1CAJA 5G0CA 3KKXA 5DSRA 5DSQA 1FQNA 3M1KA 1TG3A 4Q0LA 4XZ5A 3IBNA 5JEPB 1CNHA 1OKMA 4E3GA 1Z9YA 3M5TA 5FDCA 4MLXA 4E49A 1T9NA 3RG4A 3TVOX 4HU1A 4YVYA 3DD8A 4CNRA 4YX4A 4G7AA 4RH2A 1FSQA 3DC9A 4ITPA 1ZSAA 3D9ZA 5DVXA 2AX2A 1AZMA 5G03A 4CA2A 3NI5A 1CVAA 3RZ5A 1TEQX 4K1QA 2QOAA 5EHEA 4ZWIA 1A42A 4M2UA 3SAPA 3FW3A 4YGFA 3HFPA 3MYQA 5E5UA 3OYSA 3CA2A 4Q81A 3D0NA 1G53A 3IAIA 4KNIA 2WEOA 1KOPA 2FOQA 4HEYA 4Q8XA 4RN4A 5SZ3A 3SBIA 2EU2A 5JG5B 3RJ7A 3S74B 4PQ7A 4FIKA 1FR7A 1XPZA 1H9QA 2FOVA 4Q08A 5DOHA 1ZFKA 1CRAA 1G4OA 1G3ZA 1XQ0A 1YDBA 1CVEA 3MNHA 4MTYA 5E2KA 4E5QA 4MDLA 4TWMA 1V9EA 4E3HA 5DRSA 4G0CA 5FNJA 3IGPA 1CALA 1TEUX 5AMGA 3V3HB 5BYIA 5DOGA 2EU3A 1JV0A 3UYQA 3HKUA 4BF6A 1JD0A 2O4ZA 4YWPA 2FW4A 2NXTA 1TG9A 2HD6A 2H4NA 4E3DA 3ZP9A 4Q7PA 4KV0A 4Q7SA 1UGAA 1H4NA 2NXSA 4DZ9A 3N2PA 3T5UA 4IWZA 4QTLA 4TWLA 2W2JA 4CNWA 2NNSA 1CA2A 3TMJA 1G45A 1FSRA 6CA2A 3F8EA 2NNVA 1BICA 4L5UA 3KIGA 1IF9A 4RIVA 4RUZA 1Z93A 1CRMA 5EZTX 1CNIA 2CBEA 1CCUA 4JSWA 5EKJA 1G1DA 3RG3A 2CBDA 3P3HA 5EH7A 3RZ1B 3IBUA 3T85A 1G48A 4Q83A 2FNKA 7CA2A 4YXUA 4WR7A 1BZMA 4FVOA 4WW6A 2HFWA 3T84A 2CBAA 3BL1A 1LZVA 2X7SA 5J8ZA 2WEHA 5FLRA 3N0NA 3S77B 3P5AA 3ML5A 2WD3A 2CBBA 4ILXA 3V2JA 3QYKA 4Q07A 1J9WA 3HKTA 1YO1A 1V9IC 5CACA 5SZ0A 1BCDA 1MOOA 4MLTA 5E5RA 5SZ5A 1RAYA 4QSJA 5FL5A 3M2YA 1THKA 1I9MA 3EFIA 2NN7A 3S97A 3L14A 2FMGA 5FLSA 5JEHB 1CANA 2HOCA 3MNKA 5L3OA 1RZCA 3S8XA 1BNNA 4HEWA 3CYUA 4MDGA 3DCSA 3KLDB 3S78B 4KUVA 3DC3A 4CNXA 5JQTA 3DBUA 3P4VA 2GD8A 4KUWA 4L5VA 1YO0A 3JXFA 3DV7A 4KNJA 4JS6A 5EIJA 3JXGA 2NNOA 5DSJA 4HF3A 3OYQA 3LXEA 4RUYA 4KNMA 5EKHA 1CZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3W6I A;  3R16 A;  1OKL A;  2CBC A;  4M2R A;  5FNG A;  5SZ6 A;  1CVF A;  1I9Q A;  4QJW A;  1DMY A;  3OIM A;  4X5S A;  3HKQ A;  4QSB A;  3K2F A;  1CVB A;  5BRW A;  3KOI A;  3RYZ A;  5DSO A;  1CCS A;  1RZA A;  2NWO A;  1HCA A;  1HED A;  3OKV A;  3DAZ A;  1XEV A;  5E2S A;  5FLQ A;  1ZNC A;  4FU5 A;  1UGE A;  3M2Z A;  4LP6 A;  4R59 A;  1BNW A;  5FNH A;  3M98 A;  5FLT A;  3FE4 A;  1JCZ A;  1KWQ A;  3D92 A;  3M1W A;  3MDZ A;  1CAH A;  3P58 A;  4QY3 A;  4WW8 A;  3T82 A;  4ETQ C;  5AMD A;  4Q09 A;  1I9O A;  3RYV B;  1H9N A;  3P5L A;  1OQ5 A;  1G4J A;  1YDA A;  2FNN A;  1CNC A;  3F7U A;  3MZC A;  2WD2 A;  4Q99 A;  4LHI A;  4KUY A;  4ZWZ A;  1I91 A;  2X7T A;  5AML A;  3N4B A;  4YGJ A;  1HVA A;  2Q1B A;  3HLJ A;  3T5Z A;  3CAJ A;  1LG6 A;  1RZD A;  3SBH A;  2GEH A;  2F14 A;  1G6V A;  4XE1 A;  4QK3 A;  1YO2 A;  5BNL A;  1G0E A;  2HL4 A;  1HEB A;  4Q90 A;  1LG5 A;  3EFT A;  4K13 A;  4YHA A;  2NWZ A;  5BRV A;  4RFC A;  3S9T A;  3V3F A;  3VBD A;  4YXO A;  1DMX A;  5DSM A;  2X7U A;  2VVA X;  4N16 A;  4Q8Y A;  5JGS B;  1IF8 A;  4GL1 X;  5FNK A;  4UOV A;  1ZE8 A;  3CZV A;  1CCT A;  3KNE A;  3PJJ A;  5DSP A;  5FLP A;  4CNV A;  1G0F A;  1UGG A;  3OY0 A;  4CAC A;  2Q1Q A;  3HKN A;  4BF1 A;  3DCC A;  1Z97 A;  1CIM A;  3KON A;  4JSS A;  5SZ1 A;  3B4F A;  5JGT B;  1CNW A;  4QSA A;  5EOI A;  2ILI A;  2POV A;  5JQ0 A;  4FPT A;  3K34 A;  4YGK A;  3PO6 A;  4QK2 A;  1DCB A;  5FL4 A;  3R17 B;  1AM6 A;  5DSK A;  3S76 A;  1IF5 A;  1CAZ A;  3M40 A;  4BCW A;  1TTM A;  3M3X A;  1G54 A;  3KOK A;  3RLD A;  3N3J A;  3M2X A;  4QJO A;  1BNU A;  5A6H A;  3V3G B;  1I9L A;  5FDI A;  2POU A;  3NB5 A;  4Z1K A;  5EH5 A;  1BN1 A;  4K0S A;  1CIL A;  3PYK A;  5G0B A;  4ZX1 A;  3V2M A;  4JSA A;  4YGN A;  5SZ2 A;  2H15 A;  3F4X A;  1HCB A;  3P44 A;  5L6K A;  4ITO A;  5FNL A;  8CA2 A;  4IDR X;  4Q6E A;  1RJ6 A;  2HNC A;  4M2V A;  1BNM A;  4MDM A;  2NWP A;  1BNQ A;  3HS4 A;  1HUH A;  4ZAO A;  1UGC A;  1CAK A;  1ZGF A;  4ZX0 A;  4COQ A;  3T83 A;  3MMF A;  1FR4 A;  1BV3 A;  4Q87 A;  3IBL A;  2QO8 A;  3P55 A;  5EHV A;  2ZNC A;  3M1J A; 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 4XFW A;  2FOY A;  1ZFQ A;  1LUG A;  3RGE A;  1CNB A;  3ML2 A;  1HUG A;  12CA A;  1RZB A;  3BL0 A;  3MWO A;  4QJ0 A;  2ABE A;  1CAO A;  4XIW A;  3TVN X;  1BN4 A;  1BNT A;  4QIZ A;  2VVB X;  1BNV A;  4RUX A;  4QJX A;  4RFD A;  4Z0Q A;  3V7X A;  4DZ7 A;  4E9O X;  4Z1N A;  5JEG B;  2CA2 A;  4XIX A;  5CJF A;  3D93 A;  5E2N A;  5DSI A;  1Y7W A;  4ZWY A;  1KWR A;  3M67 A;  2FNM A;  1LGD A;  4M2W A;  2NWY A;  5JDV B;  4R5B A;  4YXI A;  5FL6 A;  1CAM A;  3DCW A;  4KP5 A;  4YYT A;  1FQR A;  2QP6 A;  4HBA A;  4Q06 A;  4PZH A;  4PXX A;  4FRC A;  4Z1E A;  4KAP A;  3S73 B;  1CNJ A;  4Q78 A;  3MHI A;  2NXR A;  5E28 A;  4N0X B;  1I9P A;  3Q31 A;  3GZ0 A;  2WEG A;  3OKU A;  4QK1 A;  1CNY A;  3V3J A;  1FSN A;  2WEJ A;  5IPZ A;  5G01 A;  4L5W A;  3M2N A;  1CVH A;  4RIU A;  4Q6D A;  4R5A A;  3RZ0 B;  3RZ8 A;  4JSZ A;  1URT A;  2IT4 A;  3W6H A;  3SAX A;  1KOQ A;  4E3F A;  1ZSB A;  3JXH C;  5BRU A;  5CLU A;  1CA3 A;  3S71 B;  1HEC A;  3U47 A;  1CAI A;  5C8I A;  1UGB A;  3MNU A;  4QSI A;  1TE3 X;  3DVC A;  3RYX B; 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1CAKA

Total Genus

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Chain Sequence

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