1CCUA

Structure-assisted redesign of a protein-zinc binding site with femtomolar affinity
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
Knots found
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLHTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure-assisted redesign of a protein-zinc-binding site with femtomolar affinity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CARBONIC ANHYDRASE II
molecule tags Lyase (oxo-acid)
source organism Homo sapiens
total genus 73
structure length 255
sequence length 255
other databases KnotProt 2.0: S +31
ec nomenclature ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date 1994-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00194 Carb_anhydrase Eukaryotic-type carbonic anhydrase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.200.10 Alpha Beta Roll Carbonic Anhydrase II Alpha carbonic anhydrase 1ccuA00
3DD8A 1RZAA 1FSNA 4G7AA 3MYQA 4XZ5A 4YWPA 1HEDA 3M14A 4C3TA 3DA2A 4M2VA 2ILIA 4ZAOA 1DCBA 4QJ0A 3V7XA 5J8ZA 4JSSA 1HEAA 2HNCA 3MWOA 1OKMA 1DMYA 1XQ0A 1UGDA 4WW6A 3V3GB 3OILA 5HPJA 2F14A 1G0EA 2FW4A 2NMXA 2QOAA 4YGJA 2VVBX 4Q7PA 1ZSAA 3N2PA 1G3ZA 1YO0A 4QK3A 5FNJA 2WEOA 4RUXA 2WEGA 4RN4A 4E4AA 3P58A 4YX4A 1G52A 4IDRX 1DCAA 2Q1QA 4WUQA 1BICA 3UYNA 1HCAA 4Y0JA 2H4NA 4MDGA 5SZ1A 3S97A 1CILA 2VVAX 4MO8A 5FNLA 2QP6A 3JXHC 4RUZA 3T5UA 4Q6EA 3SAPA 1G0FA 3P5AA 2HD6A 2FNNA 2NN1A 3MHLA 4GL1X 1TG3A 4QJWA 3R16A 5SZ2A 3S73B 4LP6A 3P55A 5EKJA 4XIWA 4QJOA 3V5GA 3RLDA 4M2UA 4E3FA 5DSIA 1THKA 2O4ZA 3MNHA 5DOGA 4Q78A 4FIKA 1FR7A 1FR4A 3GZ0A 1BNVA 3OKVA 1CNGA 4KUYA 1BNMA 1CVBA 5G0BA 3FFPX 3M5SA 4ZX1A 3JXFA 4ITOA 5SZ6A 1FQMA 5AMDA 4L5VA 1YDBA 3SBHA 4QJPA 1AZMA 5FNHA 4ETQC 2EU3A 5L3OA 1G48A 5EH5A 1HVAA 1KOQA 3D8WA 4Q09A 3NI5A 4PYXA 4QSBA 4HU1A 5E2NA 3P3HA 3HFPA 8CA2A 3M96A 5G0CA 3P3JA 3DVCA 1J9WA 1ZFKA 1YDAA 3DVBA 4Q8XA 3RZ0B 2NNSA 2FOVA 5FDCA 1JV0A 1LUGA 4Q8YA 4YXOA 7CA2A 4QSJA 4JSAA 1XPZA 4Z0QA 3TMJA 3L14A 3EFTA 5JGSB 4UOVA 1CAMA 3IEOA 4YGLA 3MNUA 4ZWZA 1CIMA 1CVFA 2HFWA 4K13A 3DC3A 4YXIA 1LZVA 2CBEA 1CNBA 4YGFA 1TG9A 3PO6A 3RG3A 4CNRA 3M3XA 3S75B 1CCSA 4XE1A 2HOCA 2Q1BA 4M2WA 5DVXA 5LMDA 2FOSA 3MNKA 3U45X 4KV0A 4QSAA 3S78B 3FE4A 4MLTA 5E5RA 5AMGA 3M1KA 5FLSA 3OKUA 4Q90A 4RFDA 1ZFQA 4E3DA 1KOPA 2FOQA 4FVNA 1OKLA 2X7SA 3U7CA 2FNKA 3OIMA 4G0CA 2CBBA 4QK1A 2NXSA 4QY3A 5JGTB 4DZ9A 2WD3A 5FNKA 3RYJB 3MNAA 1BNQA 5JQ0A 2NN7A 1YO1A 1I9PA 1CVHA 3DV7A 4Q87A 4JSZA 3RG4A 2QO8A 3BL1A 1CA2A 3Q31A 5EIJA 2NWZA 4IWZA 4MLXA 4YGNA 4TWLA 5FLQA 1UGGA 4LU3A 4Q81A 4CNXA 4HEWA 4PXXA 5EH7A 1BN3A 3T5ZA 1G46A 1RJ5A 5DSOA 4BF1A 3HKNA 4PQ7A 4E49A 1CCUA 1HECA 2OSMA 4Q7VA 3IBUA 3MHOA 5E28A 5DSLA 1T9NA 3M40A 1G1DA 3MHIA 2POUA 2IT4A 5EZTX 4X5SA 3V3HB 2H15A 4Q8ZA 1CNJA 4RFCA 5EKMA 5JEGB 1I90A 3M2XA 1G53A 1IF4A 3TVOX 3CAJA 3B4FA 4WUPA 4CACA 5C8IA 1CAKA 5FL5A 4KNIA 1HUHA 4KNNA 1AVNA 2NNOA 5FNGA 3P44A 1FSQA 1CANA 1UGEA 3S76A 4Z1JA 3CA2A 4Q6DA 4QK2A 1YO2A 3M1JA 1AM6A 2AX2A 3BL0A 5E2RA 4WW8A 2OSFA 4KAPA 2WEJA 6CA2A 1FQRA 3RYZA 5E2KA 3T82A 4XIXA 3MHCA 5L6KA 3OYQA 4QEFA 1CVEA 1V9EA 3DAZA 1TB0X 1BNWA 4K1QA 1TH9A 1G54A 4Z1KA 4FVOA 3T84A 3BETA 5DSRA 5SZ0A 1OQ5A 1URTA 3S77B 3S71B 1CVAA 1IF8A 1BZMA 1CNYA 4YXUA 3RYVB 4HEZA 1CAZA 4YHAA 2GEHA 3HS4A 4Q08A 4CNWA 3M5TA 1RAYA 3DVDA 1CAOA 9CA2A 4K0TA 2CBCA 1ZSCA 4Q99A 3HKUA 5FLOA 4R5BA 4YYTA 5DOHA 1LGDA 2POVA 1CNKA 3PJJA 3RZ8A 1HCBA 1LG5A 4E9OX 1EOUA 3T85A 3MNIA 3MNJA 4KNMA 1CVDA 3S72B 1FQNA 3D92A 3M98A 1BNUA 5EHWA 5EHVA 5FNMA 3JXGA 3KNEA 3IGPA 1BN1A 3IBIA 3FW3A 1CNHA 3KS3A 3F7UA 5SZ4A 3IAIA 2CBAA 5E2MA 4ZWXA 1CAHA 3D93A 4QIZA 1CNCA 3MZCA 4N0XB 1Z97A 2CABA 4N16A 5JDVB 1RZDA 1MOOA 4QTLA 1F2WA 4L5WA 4MTYA 5FLPA 3D9ZA 5EKHA 1TEQX 3B1BA 4CA2A 1KWQA 1RZBA 2ZNCA 1G45A 2FOYA 5EHEA 3DD0A 1CAYA 5JEHB 4HEYA 1FQLA 4Q06A 5DSJA 1Z9YA 1CNWA 4Q9YA 4Q83A 5DSNA 3KONA 1H4NA 1UGAA 4DZ7A 4E5QA 1ZSBA 1YDCA 1JCZA 3D0NA 4KNJA 1XEGA 3N0NA 3ZP9A 2X7TA 3ML2A 5CACA 3DCCA 1I9LA 2ABEA 5SZ3A 5G03A 4QSIA 4RIUA 1I91A 5BRWA 1V9IC 5DSMA 3RJ7A 1H9QA 4RIVA 4Q7WA 1HUGA 3EFIA 1CNXA 1BN4A 2NWYA 1I9OA 3ML5A 3OIKA 1UGCA 3W6IA 5A25A 3IBLA 1ZNCA 3N3JA 4RUYA 4ZWIA 2NXTA 4R5AA 3S9TA 3QYKA 4FL7A 5FLTA 1G6VA 3VBDA 4BCWA 5DSKA 1TTMA 2X7UA 1TEUX 4KUWA 3V2JA 2HL4A 4K0ZA 4HF3A 1CALA 3OYSA 3M1WA 1IF7A 4Q7SA 5G01A 2NWPA 1UGFA 3DBUA 12CAA 4KP8A 1RJ6A 3U47A 3OY0A 1IF9A 1RZEA 1ZGEA 3M2NA 4QIYA 4XFWA 4PYYA 4K0SA 3SAXA 4QJXA 3S74B 4LHIA 4R59A 5SZ5A 4CQ0A 5CJFA 4ZX0A 1CVCA 5JESB 2NNGA 3KOKA 4HBAA 3P5LA 3V3JA 3CYUA 3V3FA 3MMFA 5DSPA 3K34A 3NB5A 3F4XA 4FPTA 3MHMA 3KWAA 3M67A 1G4OA 5BYIA 3M2YA 2W2JA 1LG6A 1HEBA 1CAJA 4MDLA 3DCSA 3K2FA 4FRCA 1CAIA 1TBTX 2CBDA 4QJMA 1MUAA 4L5UA 4WL4A 2POWA 1I9MA 5E2SA 3M1QA 1CRAA 1YDDA 4JSWA 5JEPB 1BNNA 3P4VA 3ZNCA 3M04A 4HT2A 1I9QA 4BF6A 3W6HA 4JS6A 1KWRA 1CA3A 3KKXA 4HT0A 3DC9A 1TE3X 5BRUA 2WEHA 2NWOA 3KOIA 1IF5A 4TWMA 3M2ZA 5CLUA 3HKQA 1ZE8A 1CRMA 5FNIA 3CZVA 3M5EA 4FU5A 2FMZA 2GD8A 3TVNX 3R17B 3K7KA 2WD2A 5JQTA 3SBIA 5DSQA 4MDMA 3RZ5A 1BV3A 1CNIA 5FL6A 3KIGA 3C7PA 1H9NA 5JG3B 4WR7A 5BNLA 1RAZA 5JG5B 5CA2A 3IBNA 5A6HA 4YVYA 1DMXA 3MDZA 4Q0LA 1BCDA 5AMLA 1BNTA 4COQA 5EH8A 1CCTA 3T83A 1A42A 1JD0A 3F7BA 3V3IB 3RZ7A 3RGEA 2FOUA 1CINA 1FLJA 4RH2A 2FMGA 4CNVA 4ZWYA 3F8EA 5BRVA 3DCWA 3RYYA 4Q07A 1OKNA 2HKKA 3PYKA 3NJ9A 2EZ7A 4M2RA 4KP5A 3S8XA 2EU2A 4E3GA 1I9NA 3RYXB 2AW1A 3RZ1B 1I8ZA 3KLDB 5FLRA 1KEQA 4KUVA 4ILXA 4E3HA 1IF6A 3N4BA 3UYQA 2NNVA 3HLJA 1XEVA 2NXRA 1ZH9A 4ITPA 5IPZA 4Z1EA 5FL4A 4PZHA 5FDIA 3U3AX 2Q38A 4Q49A 1UGBA 4Z1NA 5EOIA 5DRSA 1FSRA 3LXEA 1G4JA 1Z93A 2FNMA 1ZGFA 5SZ7A 3V2MA 3HKTA 1Y7WA 1CZMA 2CA2A 5E5UA 1RZCA 4YGKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DD8 A;  1RZA A;  1FSN A;  4G7A A;  3MYQ A;  4XZ5 A;  4YWP A;  1HED A;  3M14 A;  4C3T A;  3DA2 A;  4M2V A;  2ILI A;  4ZAO A;  1DCB A;  4QJ0 A;  3V7X A;  5J8Z A;  4JSS A;  1HEA A;  2HNC A;  3MWO A;  1OKM A;  1DMY A;  1XQ0 A;  1UGD A;  4WW6 A;  3V3G B;  3OIL A;  5HPJ A;  2F14 A;  1G0E A;  2FW4 A;  2NMX A;  2QOA A;  4YGJ A;  2VVB X;  4Q7P A;  1ZSA A;  3N2P A;  1G3Z A;  1YO0 A;  4QK3 A;  5FNJ A;  2WEO A;  4RUX A;  2WEG A;  4RN4 A;  4E4A A;  3P58 A;  4YX4 A;  1G52 A;  4IDR X;  1DCA A;  2Q1Q A;  4WUQ A;  1BIC A;  3UYN A;  1HCA A;  4Y0J A;  2H4N A;  4MDG A;  5SZ1 A;  3S97 A;  1CIL A;  2VVA X;  4MO8 A;  5FNL A;  2QP6 A;  3JXH C;  4RUZ A;  3T5U A;  4Q6E A;  3SAP A;  1G0F A;  3P5A A;  2HD6 A;  2FNN A;  2NN1 A;  3MHL A;  4GL1 X;  1TG3 A;  4QJW A;  3R16 A;  5SZ2 A;  3S73 B;  4LP6 A;  3P55 A;  5EKJ A;  4XIW A;  4QJO A;  3V5G A;  3RLD A;  4M2U A;  4E3F A;  5DSI A;  1THK A;  2O4Z A;  3MNH A;  5DOG A;  4Q78 A;  4FIK A;  1FR7 A;  1FR4 A;  3GZ0 A;  1BNV A;  3OKV A;  1CNG A;  4KUY A;  1BNM A;  1CVB A;  5G0B A; 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