1CNJ | Genus

Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLINFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__436476459527592__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__436476459527592__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1cnj/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__436476459527592__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"436476459527592","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1cnj/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__436476459527592__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfae2d8b8b44eac6f982178/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfae2d8b8b44eac6f982178/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfae2d8b8b44eac6f982178/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfae2d8b8b44eac6f982178/pdb.gz): 621 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase (oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
publication title	X-Ray Crystallographic Studies of Engineered Hydrogen Bond Networks in a Protein-Zinc Binding Site pubmed rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	78
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1995-04-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1cnjA00

3V2MA 1G0EA 5FNLA 4KUVA 1AM6A 4QY3A 4FPTA 3NJ9A 1FQRA 4L5WA 5JGTB 2FMZA 4KP5A 3M2YA 2NNGA 4TWMA 1FSNA 3F8EA 1BNQA 1URTA 5JEPB 1RJ5A 4Q0LA 4Q49A 1LG5A 5JDVB 1YDBA 5DOGA 1HECA 1YO0A 2WEJA 5JEGB 4ZX0A 5JG5B 1IF7A 4HT2A 1I9OA 3P55A 1LGDA 2HL4A 5FLRA 5L6KA 5FNIA 3MMFA 4QEFA 5BRVA 4QJWA 3V3HB 1JD0A 5FL4A 1HCBA 1CRAA 1JCZA 3MHOA 1TTMA 3U45X 2FNNA 3FE4A 1ZNCA 4WL4A 5EKMA 2NWZA 3RZ7A 4UOVA 3RYYA 2VVAX 3SBHA 5E2NA 4K13A 3DAZA 2WD3A 1IF4A 3B1BA 4E3GA 1CIMA 3MHMA 3MNHA 4PXXA 1CNWA 2CBAA 5FDCA 1G4JA 4R5AA 4KUYA 4BF1A 3FW3A 1V9EA 1CZMA 4Q6DA 5FL6A 1G6VA 4XIWA 3P58A 4KNMA 4QK3A 4Q06A 1UGDA 2NNSA 4RUXA 4RIUA 2NWYA 5JQ0A 5DSJA 1HEAA 3KIGA 3V3IB 4QJPA 3KOIA 3DBUA 3DV7A 1CA2A 5E28A 5FNHA 1FQMA 4E5QA 3CZVA 1CNJA 3RYJB 4YXIA 3ML2A 5FLQA 4CACA 3TVNX 3P3HA 5HPJA 3C7PA 3S76A 3SBIA 1YO2A 3D92A 4QSBA 4ETQC 4Q90A 7CA2A 1OQ5A 4GL1X 1J9WA 4Q09A 1CAKA 3W6IA 3N4BA 1TG3A 1Z93A 4HBAA 3M5SA 3RYZA 1ZGEA 1CNIA 4HEWA 4PZHA 3IEOA 4LU3A 5JQTA 4YYTA 1I9PA 3R17B 4CNXA 4JSAA 3M3XA 3U3AX 4K0TA 4Q9YA 3UYNA 1CNKA 4XZ5A 1BCDA 1MOOA 1ZE8A 4LP6A 3RYXB 5SZ5A 5JG3B 5E2KA 1FQLA 4HEYA 2CABA 5FL5A 4CA2A 1I9LA 1ZSBA 3PO6A 1CVBA 5CJFA 3V7XA 1XPZA 1V9IC 12CAA 1G48A 3W6HA 1ZGFA 4X5SA 4Q87A 1EOUA 1RZEA 1IF5A 5IPZA 3CYUA 4KV0A 4Q8YA 1TBTX 5G0BA 1RZAA 5CACA 1CAOA 3IBLA 3R16A 4JSZA 1MUAA 3BL1A 1KOQA 3RZ0B 2FOUA 4E4AA 1CAYA 1BN1A 1H9QA 1H9NA 3HS4A 3MNKA 4MDLA 4QJXA 4IDRX 4WUPA 2QP6A 2X7SA 4RH2A 1UGCA 1G1DA 4KNIA 3U47A 5EHEA 3M1WA 5EH8A 4JS6A 1ZSCA 2EZ7A 4BCWA 1YO1A 5AMDA 3DCCA 3D8WA 2FMGA 1DCAA 1I9QA 1FSRA 1LZVA 4L5VA 4M2UA 5FNMA 4RN4A 1RAYA 3M2XA 3M2ZA 3M5EA 2NMXA 3DC3A 4YVYA 3DD8A 4K0ZA 1YDAA 5A6HA 2FOQA 4WW6A 3S9TA 1BZMA 4Q7WA 1ZFKA 3ZP9A 2GEHA 2NXRA 2Q1BA 3JXFA 5BRWA 3HKUA 4Q8XA 3KS3A 2POWA 6CA2A 3N0NA 4PYXA 4QIYA 4Z0QA 4Q83A 3RJ7A 4KNNA 2OSMA 1IF8A 4YGLA 3MNUA 3RLDA 3VBDA 4Q78A 1BNMA 1AVNA 5AMGA 1CA3A 4ITOA 3JXGA 4JSWA 3T84A 5C8IA 4QIZA 4YGFA 3SAPA 4MO8A 1I9MA 4YX4A 2CBBA 3NI5A 3DCSA 4Q08A 3TMJA 5SZ4A 4QJ0A 2CA2A 4QSIA 2H15A 3HFPA 4Y0JA 4ILXA 1G54A 1CAIA 3PYKA 3OYSA 1RZCA 4MLXA 1CANA 4N0XB 5DVXA 3T5UA 1CAMA 3S77B 4ZAOA 2FOVA 1CVEA 4YXOA 3F4XA 2NN7A 4RUYA 5DSRA 3M2NA 4CNWA 1CNHA 1ZH9A 2X7TA 5EHWA 5JEHB 4FVNA 5DRSA 1YDCA 5FNGA 2ZNCA 3IGPA 4M2VA 4RFDA 3IBNA 3M67A 5EHVA 2WEHA 4JSSA 4FL7A 2WEOA 3MYQA 3K34A 3M5TA 2CBCA 3D0NA 2NWPA 5FNJA 8CA2A 1CVDA 4RUZA 1HEBA 4WR7A 5SZ1A 3MWOA 3BETA 1FR7A 4E3HA 5EOIA 3IBUA 2Q1QA 4L5UA 2EU3A 5EKHA 4Q7SA 3MNJA 3T5ZA 3MDZA 3NB5A 4Q8ZA 5FLPA 1IF9A 1BNVA 1CNBA 5FDIA 3M1JA 1YDDA 3RZ8A 4KP8A 3RZ5A 3FFPX 2HD6A 3EFIA 3OILA 1CCTA 1CRMA 3M14A 1LG6A 2HNCA 1DMXA 4KNJA 1BNNA 2FNMA 1JV0A 2GD8A 3IAIA 5DSNA 3M04A 4XFWA 2HKKA 4KAPA 1CAZA 3KNEA 1CVFA 1HUHA 5G01A 4KUWA 2ILIA 4TWLA 3V2JA 1FR4A 3CAJA 3CA2A 4Z1EA 4DZ9A 4QJOA 4N16A 5AMLA 2POUA 2X7UA 4ZX1A 3T83A 1CVHA 4QSAA 5G03A 3SAXA 1FSQA 4Z1KA 2QO8A 4YXUA 1UGAA 3OKVA 4FVOA 3HKTA 1CINA 1UGGA 1UGFA 4Q7PA 5E5RA 3HLJA 3UYQA 4G0CA 5EZTX 1CVCA 3S75B 2NXTA 4WW8A 1CNYA 3Q31A 4E3FA 2POVA 2VVBX 3HKNA 4YHAA 4ZWYA 3U7CA 2F14A 4K0SA 5EKJA 5SZ6A 4M2RA 5E2SA 2FW4A 5FLOA 4XE1A 5E2RA 1TG9A 1Z97A 1Z9YA 4LHIA 1BN3A 1F2WA 1CVAA 3LXEA 1HEDA 1G46A 1OKMA 5JESB 3OIKA 4XIXA 1RZBA 5DSQA 1CCSA 5FLSA 3KOKA 1CAHA 4R5BA 1TH9A 4YWPA 1KWQA 4C3TA 2FOYA 4ITPA 1FQNA 2NNOA 4ZWIA 3V3GB 1G0FA 4E9OX 3KWAA 1TE3X 1CNCA 3JXHC 5DSIA 1BV3A 2OSFA 1I8ZA 2NXSA 1BN4A 4COQA 1G52A 3S71B 4FIKA 1ZSAA 5BRUA 1KWRA 4WUQA 4Q7VA 5CLUA 3P4VA 5SZ7A 3EFTA 5DSLA 3OIMA 3HKQA 1I9NA 3DVCA 3F7UA 3KLDB 5DSKA 1CALA 1A42A 4RFCA 5DSPA 2AW1A 4ZWXA 1OKNA 1G53A 3D93A 5CA2A 5DSOA 3DCWA 4FU5A 1TEQX 1CNXA 3M1KA 3P5AA 4QK2A 3BL0A 2HFWA 4R59A 3GZ0A 5G0CA 4CQ0A 1IF6A 2FNKA 4QTLA 3P3JA 2EU2A 1CNGA 3PJJA 4HT0A 3RG3A 4BF6A 5EIJA 1G45A 1OKLA 3TVOX 4E49A 1RZDA 2W2JA 3RGEA 4HF3A 1G4OA 4RIVA 3ML5A 4DZ7A 2QOAA 4G7AA 4HEZA 4FRCA 2Q38A 1BNTA 5BNLA 3DA2A 3KONA 3V3JA 4M2WA 3QYKA 4QJMA 4Q81A 5SZ3A 4Z1NA 2CBEA 4Q07A 3P44A 3MNAA 4MDMA 4CNRA 3D9ZA 4MLTA 3K7KA 1BNUA 3MHLA 3M1QA 4ZWZA 4Z1JA 1G3ZA 3P5LA 2ABEA 2CBDA 3MZCA 5L3OA 3IBIA 2NWOA 3OKUA 4IWZA 5FNKA 3S73B 5JGSB 4YGKA 4Q99A 1AZMA 3S97A 3T85A 1DCBA 4QK1A 5E2MA 1TEUX 3V3FA 1CILA 1HCAA 4E3DA 4HU1A 4PQ7A 3K2FA 4QSJA 5SZ0A 1BICA 1UGEA 3DVBA 2AX2A 1T9NA 4PYYA 1RAZA 3RYVB 3DD0A 5DSMA 5EH5A 3F7BA 2HOCA 3B4FA 4MTYA 3S74B 3M98A 1XEGA 2NNVA 3N3JA 4K1QA 1DMYA 1RJ6A 1HVAA 3KKXA 5SZ2A 1KOPA 4YGNA 3M96A 3RZ1B 3DC9A 2WEGA 3OY0A 3DVDA 4YGJA 5E5UA 3MHIA 5A25A 1Y7WA 1BNWA 3V5GA 1XQ0A 4MDGA 1FLJA 1H4NA 5FLTA 3T82A 3MHCA 1UGBA 9CA2A 1I90A 3N2PA 1CCUA 2O4ZA 3S8XA 3ZNCA 5BYIA 3OYQA 1LUGA 2H4NA 3M40A 5LMDA 1TB0X 5DOHA 1I91A 3S78B 3S72B 4Q6EA 1XEVA 3L14A 1THKA 2WD2A 2IT4A 4CNVA 2NN1A 3MNIA 1KEQA 5J8ZA 3RG4A 1ZFQA 1HUGA 5EH7A 2FOSA 1CAJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3V2M A;  1G0E A;  5FNL A;  4KUV A;  1AM6 A;  4QY3 A;  4FPT A;  3NJ9 A;  1FQR A;  4L5W A;  5JGT B;  2FMZ A;  4KP5 A;  3M2Y A;  2NNG A;  4TWM A;  1FSN A;  3F8E A;  1BNQ A;  1URT A;  5JEP B;  1RJ5 A;  4Q0L A;  4Q49 A;  1LG5 A;  5JDV B;  1YDB A;  5DOG A;  1HEC A;  1YO0 A;  2WEJ A;  5JEG B;  4ZX0 A;  5JG5 B;  1IF7 A;  4HT2 A;  1I9O A;  3P55 A;  1LGD A;  2HL4 A;  5FLR A;  5L6K A;  5FNI A;  3MMF A;  4QEF A;  5BRV A;  4QJW A;  3V3H B;  1JD0 A;  5FL4 A;  1HCB A;  1CRA A;  1JCZ A;  3MHO A;  1TTM A;  3U45 X;  2FNN A;  3FE4 A;  1ZNC A;  4WL4 A;  5EKM A;  2NWZ A;  3RZ7 A;  4UOV A;  3RYY A;  2VVA X;  3SBH A;  5E2N A;  4K13 A;  3DAZ A;  2WD3 A;  1IF4 A;  3B1B A;  4E3G A;  1CIM A;  3MHM A;  3MNH A;  4PXX A;  1CNW A;  2CBA A;  5FDC A;  1G4J A;  4R5A A;  4KUY A;  4BF1 A;  3FW3 A;  1V9E A;  1CZM A;  4Q6D A;  5FL6 A;  1G6V A;  4XIW A;  3P58 A;  4KNM A;  4QK3 A;  4Q06 A;  1UGD A;  2NNS A;  4RUX A;  4RIU A;  2NWY A;  5JQ0 A;  5DSJ A;  1HEA A;  3KIG A;  3V3I B;  4QJP A;  3KOI A;  3DBU A;  3DV7 A;  1CA2 A;  5E28 A;  5FNH A;  1FQM A;  4E5Q A;  3CZV A;  1CNJ A;  3RYJ B;  4YXI A;  3ML2 A;  5FLQ A;  4CAC A;  3TVN X;  3P3H A;  5HPJ A;  3C7P A;  3S76 A;  3SBI A;  1YO2 A;  3D92 A;  4QSB A;  4ETQ C;  4Q90 A;  7CA2 A;  1OQ5 A;  4GL1 X;  1J9W A;  4Q09 A;  1CAK A;  3W6I A;  3N4B A;  1TG3 A;  1Z93 A;  4HBA A;  3M5S A;  3RYZ A;  1ZGE A;  1CNI A;  4HEW A;  4PZH A;  3IEO A;  4LU3 A;  5JQT A;  4YYT A;  1I9P A;  3R17 B;  4CNX A;  4JSA A;  3M3X A;  3U3A X;  4K0T A;  4Q9Y A;  3UYN A;  1CNK A;  4XZ5 A;  1BCD A;  1MOO A;  1ZE8 A;  4LP6 A;  3RYX B;  5SZ5 A;  5JG3 B;  5E2K A;  1FQL A;  4HEY A;  2CAB A;  5FL5 A;  4CA2 A;  1I9L A;  1ZSB A;  3PO6 A;  1CVB A;  5CJF A;  3V7X A;  1XPZ A;  1V9I C;  12CA A;  1G48 A;  3W6H A;  1ZGF A;  4X5S A;  4Q87 A;  1EOU A;  1RZE A;  1IF5 A;  5IPZ A;  3CYU A;  4KV0 A;  4Q8Y A;  1TBT X;  5G0B A;  1RZA A;  5CAC A;  1CAO A;  3IBL A;  3R16 A;  4JSZ A;  1MUA A;  3BL1 A;  1KOQ A;  3RZ0 B;  2FOU A;  4E4A A;  1CAY A;  1BN1 A;  1H9Q A;  1H9N A;  3HS4 A;  3MNK A;  4MDL A;  4QJX A;  4IDR X;  4WUP A;  2QP6 A;  2X7S A;  4RH2 A;  1UGC A;  1G1D A;  4KNI A;  3U47 A;  5EHE A;  3M1W A;  5EH8 A;  4JS6 A;  1ZSC A;  2EZ7 A;  4BCW A;  1YO1 A;  5AMD A;  3DCC A;  3D8W A;  2FMG A;  1DCA A;  1I9Q A;  1FSR A;  1LZV A;  4L5V A;  4M2U A;  5FNM A;  4RN4 A;  1RAY A;  3M2X A;  3M2Z A;  3M5E A;  2NMX A;  3DC3 A;  4YVY A;  3DD8 A;  4K0Z A;  1YDA A;  5A6H A;  2FOQ A;  4WW6 A;  3S9T A;  1BZM A;  4Q7W A;  1ZFK A;  3ZP9 A;  2GEH A;  2NXR A;  2Q1B A;  3JXF A;  5BRW A;  3HKU A;  4Q8X A;  3KS3 A;  2POW A;  6CA2 A;  3N0N A;  4PYX A;  4QIY A;  4Z0Q A;  4Q83 A;  3RJ7 A;  4KNN A;  2OSM A;  1IF8 A;  4YGL A;  3MNU A;  3RLD A;  3VBD A;  4Q78 A;  1BNM A;  1AVN A;  5AMG A;  1CA3 A;  4ITO A;  3JXG A;  4JSW A;  3T84 A;  5C8I A;  4QIZ A;  4YGF A;  3SAP A;  4MO8 A;  1I9M A;  4YX4 A;  2CBB A;  3NI5 A;  3DCS A;  4Q08 A;  3TMJ A;  5SZ4 A;  4QJ0 A;  2CA2 A;  4QSI A;  2H15 A;  3HFP A;  4Y0J A;  4ILX A;  1G54 A;  1CAI A;  3PYK A;  3OYS A;  1RZC A;  4MLX A;  1CAN A;  4N0X B;  5DVX A;  3T5U A;  1CAM A;  3S77 B;  4ZAO A;  2FOV A;  1CVE A;  4YXO A; 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1CNJA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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