1CVB | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	255
structure length	255
Chain Sequence	WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLVTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__605575970977253__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__605575970977253__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1cvb/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__605575970977253__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"605575970977253","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1cvb/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__605575970977253__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfae622b8b44eac6f98229c/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfae622b8b44eac6f98229c/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfae622b8b44eac6f98229c/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfae622b8b44eac6f98229c/pdb.gz): 589 ms

reading 255 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

255 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:254});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and functional importance of a conserved hydrogen bond network in human carbonic anhydrase II. pubmed rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
total genus	76
structure length	255
sequence length	255
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1993-02-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1cvbA00

3F4XA 4ZX1A 4FVOA 4Q99A 4FVNA 2FW4A 3RZ5A 4RH2A 2FOYA 5G0CA 1FR4A 1G54A 1CAIA 5G0BA 5FNLA 4HEYA 1CCUA 1I9QA 1CCTA 2HL4A 4MO8A 2F14A 2ZNCA 3JXGA 4YVYA 5DSOA 5E2NA 3HKTA 1UGDA 1CAYA 3U7CA 1ZFKA 5FL5A 3ZP9A 4JSWA 1H9NA 1YDCA 1XEVA 5AMDA 3V3HB 4QIYA 2POUA 4YGKA 3SBHA 1I9LA 1BV3A 1ZFQA 1HCBA 4K1QA 1XPZA 2FNKA 3OILA 4ITOA 3W6HA 3MNAA 1RZEA 4JSSA 1YDAA 2X7UA 1BNQA 4FIKA 4R5AA 4Q78A 8CA2A 3BL0A 1FSQA 1ZGFA 4QK2A 1RJ6A 3B1BA 4KNIA 3S71B 5BYIA 3LXEA 2NN1A 3D0NA 3IBUA 1MUAA 2NMXA 3MHCA 5EH5A 5FNJA 4QJMA 1ZSCA 5JQTA 1YO2A 3KKXA 3DA2A 3M67A 1IF7A 4YGFA 3MNHA 5IPZA 3CZVA 4HBAA 3B4FA 3M14A 4YGJA 4WUPA 1JV0A 5FLQA 1CILA 3T83A 5C8IA 1HCAA 1G53A 2FOQA 4YXOA 1FQNA 1IF8A 4KP5A 3MYQA 3HKQA 3M2YA 1BNWA 4MDLA 4FRCA 3MNJA 4MLXA 3M2NA 3S74B 1YDBA 3V3JA 4Q49A 4MDGA 5LMDA 3RJ7A 4Z1NA 4RFCA 2NN7A 2VVAX 3CA2A 5A25A 4E4AA 5DSNA 3HS4A 3PJJA 3MNUA 2CBAA 3HKNA 3OYSA 2FOSA 3RLDA 5JEGB 3M5EA 4CNVA 4CNXA 1BN3A 1BNVA 1RAYA 2WEHA 5E5UA 1HEBA 4FL7A 3FW3A 3DVDA 4ZX0A 3MHOA 1CVDA 1I91A 5FL6A 4Z1EA 3S77B 1H4NA 2ABEA 1OQ5A 5CJFA 3P3HA 3N4BA 4WW8A 1CAZA 5CACA 4QSIA 3V5GA 2EU2A 3KNEA 3M04A 3HFPA 3P55A 5CLUA 1G1DA 4LP6A 1XEGA 1LUGA 3U45X 1DMXA 5EZTX 2EU3A 2CBEA 3T82A 3CYUA 4L5VA 3RYVB 1UGEA 2Q1BA 3IEOA 4YX4A 1CANA 4Q07A 2FNNA 4N0XB 3S75B 2POWA 1YDDA 1CVAA 3V2MA 1G0EA 5SZ0A 9CA2A 3M5TA 1CVFA 3K7KA 3K2FA 3FE4A 3V7XA 3DD8A 3S8XA 2NNOA 1T9NA 4QK1A 4QJOA 2NXSA 1CNXA 2AX2A 1OKMA 4Q06A 5SZ7A 2NWOA 4XIWA 4QSBA 5DVXA 2QP6A 5EKMA 1I9NA 3C7PA 4BF1A 5JQ0A 1HUHA 4KUYA 1H9QA 1CNGA 1HVAA 1ZSBA 1KWQA 3P5AA 2WEJA 4KNMA 4Q81A 5FNIA 1CVCA 1LZVA 2NXTA 2NNGA 4M2WA 1CAOA 1CVBA 4ZWZA 3RYZA 3U3AX 4QIZA 2FNMA 1DCAA 3IBIA 4Q7PA 1CNIA 2CA2A 5L3OA 4WW6A 3DD0A 3M1JA 5EH7A 4MLTA 4HEWA 1Z97A 4YXIA 2NWPA 5CA2A 5FDCA 3EFTA 5AMGA 4HF3A 3BL1A 1TB0X 2QO8A 4IDRX 1CZMA 5DRSA 1G45A 1CA3A 3OIKA 3P5LA 1FQRA 4K0TA 1I8ZA 4QEFA 3S97A 3KWAA 3PO6A 4UOVA 4Q7VA 5FLPA 2FOVA 4Q8YA 5FNMA 3S78B 3U47A 2QOAA 4JSZA 3DVCA 3S9TA 4G0CA 2X7SA 4RFDA 4E9OX 4CACA 4LHIA 1FLJA 3V3IB 5FNGA 1CNWA 4X5SA 3TVOX 2IT4A 2H15A 3PYKA 5JESB 3RZ7A 1KEQA 2CBBA 3R17B 2ILIA 4Q09A 4E5QA 1Y7WA 3T84A 5AMLA 1CIMA 4KUWA 5DSRA 1BN1A 1AM6A 3RYJB 4FU5A 1CVEA 1EOUA 3KONA 1TE3X 3L14A 3P58A 4Z0QA 3GZ0A 4MDMA 4BF6A 2CABA 4E3FA 1UGCA 2X7TA 1DMYA 7CA2A 1CINA 3M2ZA 3TVNX 3JXFA 4QJXA 4CNRA 5BRWA 1OKLA 5FNHA 1UGBA 5BRVA 2CBDA 4BCWA 2VVBX 5FLRA 3EFIA 4Q6DA 3DC9A 1CAHA 3T5ZA 1UGAA 3W6IA 2WEGA 3NB5A 4RUXA 3QYKA 1FSNA 4JSAA 1G4JA 5DOGA 4HT2A 1JD0A 3M40A 3OIMA 4YGNA 3RZ1B 3M3XA 5SZ5A 4FPTA 4TWMA 4PYYA 3KOKA 3Q31A 4QY3A 3DCWA 4ETQC 4RN4A 4ZAOA 4PZHA 3JXHC 3DCCA 3IBNA 4K0SA 3ML5A 5EOIA 1G0FA 1ZH9A 3OY0A 4TWLA 3OKUA 1TEQX 4G7AA 4XIXA 3DVBA 4QTLA 4CA2A 3RZ0B 4Z1KA 3M96A 3SAXA 4PXXA 2FMGA 2HFWA 1Z9YA 3MDZA 4Q87A 1CVHA 4Q08A 4Q90A 2CBCA 3P4VA 1TH9A 1DCBA 4ILXA 1I90A 1I9MA 4MTYA 5SZ1A 1URTA 4ITPA 5G01A 3V2JA 5JG3B 4GL1X 4KUVA 5SZ3A 1YO0A 1FQMA 1IF4A 5E2SA 1KWRA 5EH8A 1FR7A 2WD2A 4QK3A 2GEHA 1JCZA 4KAPA 3P44A 4Q9YA 2FMZA 3ML2A 1OKNA 1ZE8A 3S73B 1FQLA 5BNLA 4YHAA 5E2MA 5A6HA 3S72B 1BN4A 5FLOA 5JEPB 1KOPA 4RIUA 1CNYA 3HKUA 5SZ6A 2EZ7A 3F7BA 3OKVA 5JGSB 2OSFA 2W2JA 4KNNA 4Q6EA 3M1WA 1MOOA 3KLDB 4RUZA 5JEHB 4IWZA 5DSKA 1ZGEA 1YO1A 3M98A 5FLTA 1CRAA 1LGDA 3F7UA 4DZ9A 2WD3A 5EHEA 4XE1A 3RYYA 1IF9A 3UYQA 5DSLA 1BNTA 1I9PA 1RZAA 1TG3A 1BNNA 3N0NA 4KNJA 4COQA 1A42A 4KV0A 1TBTX 3RYXB 3MHLA 1CNCA 4PQ7A 1CNJA 3MHMA 5EIJA 4CNWA 3HLJA 3D8WA 3MZCA 5FL4A 4Q8XA 2HD6A 3MHIA 1G52A 2HOCA 4HU1A 5DSIA 5EHVA 5DSQA 4E3GA 4K13A 3NI5A 12CAA 3SAPA 3P3JA 5E28A 1RZBA 1TTMA 4CQ0A 1AZMA 1G3ZA 3IGPA 1LG6A 1UGGA 5FDIA 1G48A 1HEDA 1HECA 4RIVA 4DZ7A 5DSMA 2Q1QA 5SZ2A 4ZWXA 2O4ZA 3D9ZA 4Q0LA 3S76A 4ZWYA 4WR7A 3FFPX 4Q7WA 1V9IC 1F2WA 3M1QA 3MNKA 4YYTA 3N3JA 3UYNA 3TMJA 3KOIA 5DSPA 4L5WA 1BCDA 5FLSA 4ZWIA 1BNMA 1J9WA 2POVA 3IAIA 1FSRA 1CALA 5DOHA 3M5SA 5EKJA 3M1KA 1HEAA 1RJ5A 1THKA 3D93A 4HEZA 1CRMA 1CNBA 3KS3A 3RZ8A 4RUYA 1TEUX 3VBDA 1BZMA 5JDVB 1G46A 3MWOA 1ZNCA 3DBUA 4E49A 2GD8A 1IF5A 1I9OA 4PYXA 1CCSA 1Z93A 4Y0JA 1G6VA 3D92A 1CAMA 2H4NA 4R5BA 2NWYA 1BNUA 3M2XA 5HPJA 2NNSA 1CAJA 3OYQA 3T5UA 3RG3A 4N16A 3ZNCA 4WUQA 3RGEA 5E2RA 1RZDA 1TG9A 3K34A 4JS6A 2FOUA 1XQ0A 2HKKA 4LU3A 4QJ0A 1G4OA 4E3HA 4E3DA 1UGFA 3DC3A 4WL4A 1CNHA 1RAZA 3V3GB 4QJPA 4C3TA 3NJ9A 5E2KA 2HNCA 4M2UA 4Q8ZA 4K0ZA 1AVNA 2NWZA 5EHWA 1IF6A 3T85A 4Q83A 3DAZA 5SZ4A 4Q7SA 3SBIA 4HT0A 4YXUA 1HUGA 4R59A 2Q38A 4QSAA 2AW1A 5JGTB 4QJWA 5G03A 2NXRA 1CNKA 4M2RA 6CA2A 5L6KA 3DCSA 4M2VA 5EKHA 3F8EA 2WEOA 1V9EA 5J8ZA 4QSJA 3CAJA 4YGLA 4Z1JA 3MMFA 1CA2A 4KP8A 2NNVA 3N2PA 1KOQA 3IBLA 3MNIA 5BRUA 5E5RA 5DSJA 4YWPA 1BICA 4XFWA 3DV7A 3RG4A 1ZSAA 3R16A 2OSMA 5FNKA 1LG5A 5JG5B 3V3FA 1RZCA 3KIGA 4L5UA 1CAKA 3BETA 4XZ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3F4X A;  4ZX1 A;  4FVO A;  4Q99 A;  4FVN A;  2FW4 A;  3RZ5 A;  4RH2 A;  2FOY A;  5G0C A;  1FR4 A;  1G54 A;  1CAI A;  5G0B A;  5FNL A;  4HEY A;  1CCU A;  1I9Q A;  1CCT A;  2HL4 A;  4MO8 A;  2F14 A;  2ZNC A;  3JXG A;  4YVY A;  5DSO A;  5E2N A;  3HKT A;  1UGD A;  1CAY A;  3U7C A;  1ZFK A;  5FL5 A;  3ZP9 A;  4JSW A;  1H9N A;  1YDC A;  1XEV A;  5AMD A;  3V3H B;  4QIY A;  2POU A;  4YGK A;  3SBH A;  1I9L A;  1BV3 A;  1ZFQ A;  1HCB A;  4K1Q A;  1XPZ A;  2FNK A;  3OIL A;  4ITO A;  3W6H A;  3MNA A;  1RZE A;  4JSS A;  1YDA A;  2X7U A;  1BNQ A;  4FIK A;  4R5A A;  4Q78 A;  8CA2 A;  3BL0 A;  1FSQ A;  1ZGF A;  4QK2 A;  1RJ6 A;  3B1B A;  4KNI A;  3S71 B;  5BYI A;  3LXE A;  2NN1 A;  3D0N A;  3IBU A;  1MUA A;  2NMX A;  3MHC A;  5EH5 A;  5FNJ A;  4QJM A;  1ZSC A;  5JQT A;  1YO2 A;  3KKX A;  3DA2 A;  3M67 A;  1IF7 A;  4YGF A;  3MNH A;  5IPZ A;  3CZV A;  4HBA A;  3B4F A;  3M14 A;  4YGJ A;  4WUP A;  1JV0 A;  5FLQ A;  1CIL A;  3T83 A;  5C8I A;  1HCA A;  1G53 A;  2FOQ A;  4YXO A;  1FQN A;  1IF8 A;  4KP5 A;  3MYQ A;  3HKQ A;  3M2Y A;  1BNW A;  4MDL A;  4FRC A;  3MNJ A;  4MLX A;  3M2N A;  3S74 B;  1YDB A;  3V3J A;  4Q49 A;  4MDG A;  5LMD A;  3RJ7 A;  4Z1N A;  4RFC A;  2NN7 A;  2VVA X;  3CA2 A;  5A25 A;  4E4A A;  5DSN A;  3HS4 A;  3PJJ A;  3MNU A;  2CBA A;  3HKN A;  3OYS A;  2FOS A;  3RLD A;  5JEG B;  3M5E A;  4CNV A;  4CNX A;  1BN3 A;  1BNV A;  1RAY A;  2WEH A;  5E5U A;  1HEB A;  4FL7 A;  3FW3 A;  3DVD A;  4ZX0 A;  3MHO A;  1CVD A;  1I91 A;  5FL6 A;  4Z1E A;  3S77 B;  1H4N A;  2ABE A;  1OQ5 A;  5CJF A;  3P3H A;  3N4B A;  4WW8 A;  1CAZ A;  5CAC A;  4QSI A;  3V5G A;  2EU2 A;  3KNE A;  3M04 A;  3HFP A;  3P55 A;  5CLU A;  1G1D A;  4LP6 A;  1XEG A;  1LUG A;  3U45 X;  1DMX A;  5EZT X;  2EU3 A;  2CBE A;  3T82 A;  3CYU A;  4L5V A;  3RYV B;  1UGE A;  2Q1B A;  3IEO A;  4YX4 A;  1CAN A;  4Q07 A;  2FNN A;  4N0X B;  3S75 B;  2POW A;  1YDD A;  1CVA A;  3V2M A;  1G0E A;  5SZ0 A;  9CA2 A;  3M5T A;  1CVF A;  3K7K A;  3K2F A;  3FE4 A;  3V7X A;  3DD8 A;  3S8X A;  2NNO A;  1T9N A;  4QK1 A;  4QJO A;  2NXS A;  1CNX A;  2AX2 A;  1OKM A;  4Q06 A;  5SZ7 A;  2NWO A;  4XIW A;  4QSB A;  5DVX A;  2QP6 A;  5EKM A;  1I9N A;  3C7P A;  4BF1 A;  5JQ0 A;  1HUH A;  4KUY A;  1H9Q A;  1CNG A;  1HVA A;  1ZSB A;  1KWQ A;  3P5A A;  2WEJ A;  4KNM A;  4Q81 A;  5FNI A;  1CVC A;  1LZV A;  2NXT A;  2NNG A;  4M2W A;  1CAO A;  1CVB A;  4ZWZ A;  3RYZ A;  3U3A X;  4QIZ A;  2FNM A;  1DCA A;  3IBI A;  4Q7P A;  1CNI A;  2CA2 A;  5L3O A;  4WW6 A;  3DD0 A;  3M1J A;  5EH7 A;  4MLT A;  4HEW A;  1Z97 A;  4YXI A;  2NWP A;  5CA2 A;  5FDC A;  3EFT A;  5AMG A;  4HF3 A;  3BL1 A;  1TB0 X;  2QO8 A;  4IDR X;  1CZM A;  5DRS A;  1G45 A;  1CA3 A;  3OIK A;  3P5L A;  1FQR A;  4K0T A;  1I8Z A;  4QEF A;  3S97 A;  3KWA A;  3PO6 A;  4UOV A;  4Q7V A;  5FLP A;  2FOV A;  4Q8Y A;  5FNM A;  3S78 B;  3U47 A;  2QOA A;  4JSZ A;  3DVC A;  3S9T A;  4G0C A;  2X7S A;  4RFD A;  4E9O X;  4CAC A;  4LHI A;  1FLJ A;  3V3I B;  5FNG A;  1CNW A;  4X5S A;  3TVO X;  2IT4 A;  2H15 A;  3PYK A;  5JES B;  3RZ7 A;  1KEQ A;  2CBB A;  3R17 B;  2ILI A;  4Q09 A;  4E5Q A;  1Y7W A;  3T84 A;  5AML A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1CVBA

Total Genus

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Chain Sequence

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