1CVDA

Structural consequences of redesigning a protein-zinc binding site
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
Knots found
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELCLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural consequences of redesigning a protein-zinc binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CARBONIC ANHYDRASE II
molecule tags Lyase(oxo-acid)
source organism Homo sapiens
total genus 72
structure length 255
sequence length 255
other databases KnotProt 2.0: S +31
ec nomenclature ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date 1994-06-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.200.10 Alpha Beta Roll Carbonic Anhydrase II Alpha carbonic anhydrase 1cvdA00
2NN7A 5BYIA 5EH8A 1Z97A 1G4OA 3KKXA 3MNJA 4Q49A 2W2JA 3F4XA 5EHEA 4K13A 4KUYA 2GEHA 4ETQC 3DVDA 2NXTA 3EFIA 4Q6EA 1TH9A 1V9EA 3NI5A 3M1JA 3N3JA 3OKUA 1RAZA 1KWQA 3RG4A 1IF6A 1CAYA 4TWMA 4ZWYA 1I8ZA 2FOSA 4CA2A 4CNRA 1UGGA 8CA2A 4Q07A 4YGKA 1ZSBA 4QSIA 3CZVA 4ZWZA 1FR7A 2ILIA 5DSRA 4L5WA 4PXXA 2FMZA 3P3HA 5DSJA 4ITOA 3VBDA 3KNEA 5EHWA 1BNNA 1RJ6A 2CBEA 3ML5A 3D92A 4XZ5A 5EKJA 5FLQA 4YVYA 5LMDA 4Q09A 1CNWA 1Z9YA 2CBAA 2POUA 4IDRX 4KAPA 3T5ZA 4M2VA 4XE1A 1G3ZA 4Q0LA 4QEFA 3FE4A 3LXEA 3DD0A 3PO6A 4QJMA 1XQ0A 3DVBA 3KIGA 2HKKA 4MO8A 5EH5A 4WL4A 1CVEA 1HUHA 5CLUA 4MLXA 2X7SA 2QP6A 4LU3A 1LZVA 3JXGA 4WW8A 3U47A 2HNCA 5EIJA 1HCBA 3FW3A 5SZ0A 3P44A 1CCUA 3V2JA 4E9OX 1IF7A 2VVAX 4YGJA 5FNHA 1HCAA 2HFWA 2AX2A 3P55A 3OILA 3V3IB 5DSOA 4N0XB 2H4NA 5E2SA 3MNIA 3K34A 1IF8A 2POVA 3S71B 4Q7VA 1CNBA 1IF9A 3CYUA 4G0CA 4L5VA 1HEAA 5JGTB 1OKMA 4FVNA 3IGPA 3MWOA 4QSAA 1ZSCA 1CAIA 3T85A 1LGDA 1RZAA 4QJPA 3V3GB 1G45A 1CAMA 5DSIA 2H15A 4ILXA 1FQRA 4G7AA 1CINA 3F8EA 4E5QA 4Q08A 2Q1BA 4RIUA 1XEVA 5FNIA 1BV3A 1V9IC 2QOAA 7CA2A 1ZFQA 4Q06A 4KNJA 3OYQA 1H9QA 1CNYA 1I9QA 4RUXA 5J8ZA 3V2MA 1IF5A 5HPJA 1FSRA 3D93A 5DSNA 1I9OA 1CCTA 2NWPA 4XIWA 5FNKA 5JESB 1XPZA 1JV0A 4Q83A 4BF6A 4Q81A 4FIKA 4MDMA 3IBLA 3RZ7A 3UYNA 5EKMA 4YYTA 3RYJB 4R59A 5E2RA 4M2WA 5BRWA 3NJ9A 1UGBA 1H4NA 1MOOA 1HUGA 3P4VA 2O4ZA 5L3OA 4JSAA 4ZX0A 3RJ7A 4YGNA 2CBCA 4KNNA 1G4JA 4R5AA 5JGSB 4PQ7A 1EOUA 3MHOA 1ZGEA 3NB5A 1UGDA 1RZDA 1CILA 1ZFKA 3DVCA 4MDGA 3OIKA 1BNUA 3RZ8A 4Z1KA 4MDLA 4GL1X 3MYQA 3M98A 3V3FA 4HT0A 4JSWA 5E2MA 1TBTX 2NXRA 2NWOA 2X7TA 3MDZA 1YDDA 3SAXA 3DD8A 1CNCA 4YHAA 4FPTA 4FL7A 1I9NA 3M04A 4QJOA 5E5UA 2FOYA 3HKTA 3RG3A 4Z1JA 1KWRA 3RZ0B 5JG5B 1I9MA 1CAHA 3P5AA 3T84A 2HOCA 1AM6A 1FSNA 4HEZA 5SZ4A 1G6VA 1ZE8A 4CACA 5FDCA 3RLDA 3MZCA 4KV0A 4LHIA 4QJXA 3BL1A 1RJ5A 3F7BA 2EU3A 4Y0JA 5JEPB 3ZNCA 3OIMA 1CAZA 1G0FA 3BL0A 4Q8XA 1T9NA 2WD3A 3R16A 5DSLA 4CQ0A 5SZ5A 3HLJA 5DSPA 1UGCA 4X5SA 2HD6A 4E3DA 3JXFA 1CAKA 5DSKA 3DV7A 4WW6A 4KP5A 1OKLA 2POWA 4Q87A 4E3FA 1LG5A 3HS4A 4K0SA 2EZ7A 1OQ5A 1OKNA 3HKUA 4WR7A 3RGEA 3P5LA 4YXOA 1I9LA 3FFPX 3S78B 1TG3A 1BCDA 4YWPA 5DVXA 3DC9A 5A25A 9CA2A 3S9TA 1CVCA 4R5BA 1UGFA 3IBNA 3V5GA 5BRUA 4QY3A 1JCZA 1AVNA 3RYYA 4Z0QA 1CVHA 2FW4A 1BN3A 3JXHC 2FOVA 1BNTA 4CNWA 1UGAA 4K0ZA 5A6HA 4RUYA 2CBDA 4RIVA 3MNUA 1CA3A 1FLJA 1ZNCA 2NMXA 4WUPA 1CAJA 4RFCA 3DBUA 3MNAA 5FDIA 4FU5A 3IBUA 5EZTX 3CA2A 1BNWA 3HFPA 4RUZA 1CNHA 3RYXB 1G0EA 4RH2A 4HU1A 4XIXA 2NNSA 3SBHA 3BETA 3U7CA 1KOQA 4MLTA 4BCWA 3RYZA 1IF4A 3M5EA 4Q7PA 3S73B 4YX4A 1YO0A 1CANA 4Z1NA 1CNKA 3TVNX 4MTYA 3F7UA 5DSQA 1CZMA 3IEOA 1ZH9A 3M40A 1RZCA 1CVDA 1THKA 1CALA 1CRAA 3M3XA 3Q31A 2HL4A 3MNKA 4QK3A 4ZX1A 4KP8A 1FQNA 2CBBA 4HBAA 5G0BA 3DA2A 3M1KA 3DCSA 3PJJA 1DCAA 2NWZA 4HEYA 5SZ2A 3V7XA 5C8IA 4HF3A 1CNXA 3M2XA 2NN1A 1RAYA 5AMDA 2FNMA 3N0NA 2Q1QA 4Q90A 1BICA 5E2KA 1RZBA 1BNVA 4YXIA 4K1QA 3MNHA 4DZ7A 4FRCA 4E49A 1XEGA 3D0NA 1CVAA 4RN4A 6CA2A 3D8WA 3D9ZA 3SBIA 1BZMA 4LP6A 1FSQA 4COQA 3S74B 4QK2A 1CA2A 4YXUA 3OYSA 4Q78A 5EHVA 4Q8YA 1BNQA 1YO2A 5DSMA 1G46A 4JSZA 3DC3A 4RFDA 4KUWA 2NXSA 2GD8A 1AZMA 1LUGA 1MUAA 4E4AA 3S8XA 5FNJA 2F14A 1CRMA 3KOIA 4HT2A 3T82A 1BN1A 2EU2A 3RYVB 3KONA 4UOVA 4ZAOA 1BN4A 2NNOA 2ZNCA 5FLPA 4ZWXA 3PYKA 4WUQA 3M2NA 2CA2A 5JQ0A 3T83A 4Q6DA 1YDBA 4KNMA 5CA2A 4PYXA 3GZ0A 1TB0X 2X7UA 3P3JA 1CAOA 5AMLA 3SAPA 1G54A 1DCBA 3KS3A 1TG9A 5SZ7A 4N16A 4K0TA 4HEWA 3TMJA 3C7PA 1ZGFA 5JEGB 5BNLA 1YDCA 4QTLA 5DOGA 1G53A 4FVOA 1JD0A 4QJ0A 5G03A 3EFTA 4PZHA 4Q8ZA 4Q7WA 5JG3B 1I9PA 1KEQA 1RZEA 3S97A 2NNGA 2NWYA 3U45X 2WEOA 3B1BA 5FNLA 3M1WA 1TEQX 5EKHA 4Q9YA 3QYKA 1YDAA 3HKNA 5JDVB 3W6IA 2VVBX 5BRVA 2Q38A 4JSSA 3ZP9A 3P58A 3MHCA 4QJWA 2AW1A 2FMGA 4YGFA 5FLSA 2FOQA 3CAJA 1CIMA 5DRSA 3M14A 1BNMA 2FNKA 5E5RA 1HVAA 1FQLA 3S72B 3M2YA 3MHIA 4C3TA 2WEJA 3IBIA 3OKVA 3MMFA 1G48A 1URTA 4CNXA 3U3AX 2CABA 5SZ6A 1G52A 4JS6A 5SZ1A 4QIZA 3RZ5A 3UYQA 1YO1A 1DMXA 2OSFA 3R17B 1TTMA 5FLRA 3N2PA 3S76A 1CVFA 1H9NA 1G1DA 2NNVA 4KNIA 4IWZA 3KOKA 2IT4A 5FNMA 1HEBA 4XFWA 2OSMA 4E3GA 5FNGA 1CNIA 4E3HA 3S75B 4ITPA 1Y7WA 5E28A 4Q7SA 1F2WA 1J9WA 1TE3X 5SZ3A 5DOHA 5FL4A 3T5UA 4PYYA 4M2RA 3RZ1B 5FL5A 4QIYA 1I90A 5JQTA 1I91A 3M1QA 1TEUX 2WEHA 3HKQA 3DAZA 1A42A 2FOUA 3MHMA 4M2UA 1DMYA 1FR4A 1ZSAA 3DCCA 3N4BA 4ZWIA 1CCSA 5EOIA 3L14A 3M5SA 2FNNA 2ABEA 3TVOX 5JEHB 3M67A 4Z1EA 4CNVA 5FL6A 1Z93A 1FQMA 3IAIA 3B4FA 3M2ZA 4QK1A 3KWAA 4DZ9A 1UGEA 1LG6A 5AMGA 3ML2A 1HECA 3OY0A 3V3HB 5G0CA 1CNGA 5EH7A 1CNJA 4L5UA 3KLDB 3M96A 4BF1A 4QSJA 4QSBA 5G01A 3W6HA 5CACA 4TWLA 3K7KA 2WEGA 3M5TA 12CAA 5E2NA 5FLOA 4YGLA 3MHLA 3V3JA 1KOPA 2WD2A 3S77B 2QO8A 5IPZA 1HEDA 1CVBA 4KUVA 3K2FA 5CJFA 3DCWA 5L6KA 5FLTA 4Q99A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2NN7 A;  5BYI A;  5EH8 A;  1Z97 A;  1G4O A;  3KKX A;  3MNJ A;  4Q49 A;  2W2J A;  3F4X A;  5EHE A;  4K13 A;  4KUY A;  2GEH A;  4ETQ C;  3DVD A;  2NXT A;  3EFI A;  4Q6E A;  1TH9 A;  1V9E A;  3NI5 A;  3M1J A;  3N3J A;  3OKU A;  1RAZ A;  1KWQ A;  3RG4 A;  1IF6 A;  1CAY A;  4TWM A;  4ZWY A;  1I8Z A;  2FOS A;  4CA2 A;  4CNR A;  1UGG A;  8CA2 A;  4Q07 A;  4YGK A;  1ZSB A;  4QSI A;  3CZV A;  4ZWZ A;  1FR7 A;  2ILI A;  5DSR A;  4L5W A;  4PXX A;  2FMZ A;  3P3H A;  5DSJ A;  4ITO A;  3VBD A;  3KNE A;  5EHW A;  1BNN A;  1RJ6 A;  2CBE A;  3ML5 A;  3D92 A;  4XZ5 A;  5EKJ A;  5FLQ A;  4YVY A;  5LMD A;  4Q09 A;  1CNW A;  1Z9Y A;  2CBA A;  2POU A;  4IDR X;  4KAP A;  3T5Z A;  4M2V A;  4XE1 A;  1G3Z A;  4Q0L A;  4QEF A;  3FE4 A;  3LXE A;  3DD0 A;  3PO6 A;  4QJM A;  1XQ0 A;  3DVB A;  3KIG A;  2HKK A;  4MO8 A;  5EH5 A;  4WL4 A;  1CVE A;  1HUH A;  5CLU A;  4MLX A;  2X7S A;  2QP6 A;  4LU3 A;  1LZV A;  3JXG A;  4WW8 A;  3U47 A;  2HNC A;  5EIJ A;  1HCB A;  3FW3 A;  5SZ0 A;  3P44 A;  1CCU A;  3V2J A;  4E9O X;  1IF7 A; 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