1CVDA

Structural consequences of redesigning a protein-zinc binding site
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
Knots found
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELCLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase(oxo-acid)
source organism Homo sapiens
publication title Structural consequences of redesigning a protein-zinc binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CARBONIC ANHYDRASE II
total genus 72
structure length 255
sequence length 255
other databases KnotProt 2.0: S +31
ec nomenclature ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date 1994-06-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.200.10 Alpha Beta Roll Carbonic Anhydrase II Alpha carbonic anhydrase 1cvdA00
3M5EA 1BNTA 3OKUA 5FNIA 2NXTA 5JGTB 5JQ0A 2WD2A 3MNUA 5JGSB 3V5GA 1HEBA 4Q6EA 3MNJA 2NNVA 4PYYA 4Q7PA 3MZCA 1CVDA 3NB5A 1I9LA 4R5AA 4HEYA 3M40A 3D92A 4Q06A 3RYYA 3SAPA 1CRMA 3LXEA 4MDMA 4QSIA 5FLTA 1BN3A 5E5UA 5L6KA 5CLUA 1ZSCA 3M3XA 4RFCA 2H15A 3S73B 5LMDA 1FQNA 1CNYA 3DVBA 5G03A 5BNLA 3B4FA 4Q8XA 4YGKA 4ZX0A 3R16A 5IPZA 4K0SA 5DSQA 1CAHA 1LG6A 3N0NA 1KOQA 1CZMA 1HEDA 3V7XA 1DMXA 5DOGA 2NMXA 1ZSAA 1IF9A 3PJJA 2NXSA 4E9OX 2FMZA 3U45X 1JD0A 3W6HA 3V3FA 1XQ0A 1KWQA 1LUGA 1FSNA 4K0ZA 1YDAA 1CRAA 1KOPA 4Y0JA 1ZFKA 3P44A 3ZNCA 5SZ1A 3P5LA 3RYXB 1OKMA 1V9IC 1FLJA 2WEGA 5AMDA 3S76A 4K13A 3DC3A 3MHCA 3S71B 3TVNX 3T85A 5FLQA 3D9ZA 3DD8A 5AMLA 1TH9A 3RZ7A 4K1QA 3CZVA 3M5SA 1IF6A 3MHLA 1IF8A 3ML2A 5DOHA 3EFTA 4RUXA 3HKQA 5EKJA 4RN4A 4HEZA 1T9NA 4K0TA 3P4VA 3DC9A 4Q9YA 4QJMA 5J8ZA 4YXIA 1HCBA 1HCAA 4ZX1A 3F8EA 1THKA 1ZE8A 1ZH9A 2WD3A 3MNKA 3SBHA 1FSQA 3IBLA 3T5UA 4IWZA 3IBUA 4DZ9A 3IAIA 4JSAA 1CAIA 2FMGA 1RZDA 1G45A 2NN1A 2O4ZA 2POWA 5DRSA 4ZWZA 5DSOA 2Q38A 4XFWA 5DSRA 4KP8A 1FR7A 4Q07A 4Q8YA 2Q1QA 1CNHA 1TB0X 1RZBA 3HLJA 4ZWYA 2X7SA 4KUYA 3P58A 5FL5A 1CVCA 4FRCA 3KOKA 1I91A 3PYKA 1LG5A 3M2XA 4Q83A 5EKHA 1ZSBA 3BL1A 4CNXA 4HU1A 4C3TA 1XPZA 1I9OA 1RZAA 1TTMA 4KAPA 3RYZA 7CA2A 1G6VA 1G0FA 5SZ2A 2GEHA 1H9QA 5EZTX 4E49A 1RZEA 1BNQA 3KS3A 4ETQC 1CNCA 2HNCA 3HKNA 2POUA 4YXOA 1JV0A 1AZMA 2FW4A 9CA2A 4KUWA 12CAA 3T84A 4RIUA 4LHIA 1FR4A 3F4XA 4CNRA 4QJPA 4M2RA 3N4BA 1HUHA 2CBCA 4ZWXA 1UGEA 4KNNA 5DSKA 5SZ7A 1TG9A 4CQ0A 4DZ7A 1YDCA 2HOCA 3OY0A 4WUPA 3MWOA 3OYSA 4QSBA 5FNKA 5AMGA 4MO8A 2VVBX 4WL4A 5CJFA 1BCDA 5JDVB 2NN7A 3RLDA 3M2NA 5G01A 1CVBA 1I8ZA 8CA2A 3M1WA 4BF6A 1CNWA 5FDIA 1CNBA 1G46A 1BV3A 2AW1A 4FVOA 4Q90A 4LU3A 4BCWA 3T83A 3OYQA 4PQ7A 1CAMA 2NNGA 3FE4A 1OKLA 1I90A 4ITOA 3K7KA 4QY3A 2FOYA 4Z0QA 2QO8A 3DCCA 4Q81A 4ILXA 5FNLA 1CNJA 2QOAA 1I9PA 4CA2A 4FU5A 3KIGA 1ZGEA 1IF7A 3JXFA 4XZ5A 3EFIA 5DVXA 1OKNA 5A6HA 3M98A 3W6IA 3M1QA 4Q08A 5SZ4A 1V9EA 2H4NA 3RG4A 4RH2A 1BN1A 1TEUX 4G0CA 1CNIA 2X7TA 5JG5B 1BNMA 1RAYA 2WEJA 4PZHA 4YGNA 5A25A 3S77B 1FQLA 5JEPB 4KP5A 3IGPA 4XIWA 3F7BA 1BNUA 1MUAA 1CA2A 4MLXA 2F14A 5FLOA 1I9MA 4WW8A 1RJ6A 4HEWA 3CYUA 3B1BA 3MNHA 3BL0A 1IF5A 2HKKA 1JCZA 1I9NA 3HKTA 4KV0A 3V3GB 3ZP9A 2VVAX 4PXXA 1RAZA 4M2WA 3CA2A 1MOOA 3RYVB 4Z1JA 5FNHA 3S72B 4WR7A 5EHVA 3SAXA 3RYJB 4Q7SA 3P5AA 3M1JA 5DSLA 1FQRA 4RIVA 3OIKA 3K2FA 1RJ5A 4Q0LA 3FW3A 1CVAA 4HT0A 2FNKA 1CCSA 3M04A 3D0NA 5FLRA 4BF1A 5SZ5A 3MNAA 2IT4A 3HKUA 4LP6A 1G54A 2FOUA 2FNNA 4R59A 3M1KA 1AM6A 4E5QA 5FLPA 3UYNA 1YDBA 4QJWA 1HEAA 4HBAA 1CCTA 3SBIA 4E4AA 3K34A 2AX2A 4FPTA 3U47A 1CVHA 4N16A 4YXUA 4QSJA 4YX4A 3S78B 3RZ1B 5CACA 4HF3A 4UOVA 5E2NA 3L14A 2NNSA 4ZWIA 1BZMA 4JS6A 4Z1NA 4QSAA 5FL6A 4CACA 3T5ZA 3OIMA 4RFDA 4CNWA 1YO0A 5FDCA 2NNOA 1KWRA 1ZGFA 3KWAA 3DA2A 5FLSA 3JXHC 4QIZA 1Z9YA 4L5VA 5FL4A 4TWMA 3C7PA 4FVNA 1CAZA 5BRVA 3U3AX 1CNKA 3M14A 3M2YA 4YYTA 4IDRX 2NWPA 3V3HB 3CAJA 1HECA 1TEQX 4Z1KA 1BICA 1HVAA 2CBDA 2FOQA 1ZFQA 5EHEA 5SZ3A 3MDZA 3DCSA 1LGDA 3BETA 4Q7WA 4Q09A 2FOSA 4JSZA 4COQA 2NWYA 3JXGA 4Q99A 3QYKA 1CAJA 4YGJA 5EKMA 2ZNCA 4JSWA 3KNEA 4QK1A 1CA3A 3PO6A 3UYQA 3S74B 1CINA 4Q6DA 4QJ0A 1G53A 4KNMA 1Z97A 1UGFA 3IBNA 3V2MA 1IF4A 2CA2A 4X5SA 4QK2A 5FNGA 1YO2A 2WEOA 5DSNA 5SZ6A 3DCWA 3KOIA 3MHOA 3MYQA 1UGBA 4MDLA 3RZ0B 1TBTX 1H4NA 2HFWA 3NJ9A 4L5WA 3M5TA 4RUYA 3IBIA 5JG3B 2EZ7A 4TWLA 1TE3X 1DCBA 2CBEA 3RJ7A 3HFPA 1CNGA 4QIYA 5E28A 4G7AA 5SZ0A 1CCUA 1BNVA 4WUQA 5E2KA 4L5UA 3HS4A 5DSMA 4YWPA 5JEHB 1CVEA 1FSRA 1EOUA 1F2WA 3N3JA 1ZNCA 1A42A 3M96A 3KONA 4WW6A 2HD6A 4MLTA 1TG3A 1DCAA 1KEQA 3VBDA 1CANA 4Q8ZA 2GD8A 4FIKA 5G0BA 3S75B 2CABA 3TVOX 5JESB 5E2RA 4YHAA 4FL7A 3DVDA 4GL1X 4XE1A 4QTLA 2ILIA 4KNIA 1UGGA 3S97A 5EHWA 2WEHA 3DV7A 4R5BA 5EIJA 5E2MA 1OQ5A 1UGDA 2NXRA 4YGFA 5CA2A 1I9QA 3IEOA 2OSFA 1CILA 1G0EA 5FNMA 1CALA 4XIXA 5EH8A 1BNNA 1UGAA 1AVNA 3U7CA 4RUZA 4Q87A 3NI5A 5BRUA 1BN4A 5C8IA 2ABEA 2Q1BA 2FOVA 2FNMA 4N0XB 3P55A 3RGEA 5L3OA 1Z93A 3ML5A 4PYXA 5HPJA 2EU3A 1CNXA 3DAZA 3Q31A 3OILA 5BYIA 1G4JA 4E3GA 1RZCA 3MNIA 5JQTA 5FNJA 1FQMA 4Q7VA 1CAOA 5EH5A 2CBBA 3D8WA 3T82A 3N2PA 5BRWA 5DSPA 1Y7WA 1G52A 1UGCA 4Q49A 1HUGA 1LZVA 3D93A 3RG3A 5E5RA 1YDDA 4M2VA 3DVCA 3V3JA 5G0CA 4QEFA 4HT2A 1XEGA 4QJOA 2EU2A 4YVYA 4KUVA 3KKXA 3MMFA 2CBAA 5DSJA 3KLDB 5EOIA 3P3JA 3M67A 4M2UA 3M2ZA 4Z1EA 1BNWA 3RZ5A 4E3DA 3V3IB 4Q78A 1CVFA 3F7UA 1G4OA 1G3ZA 5E2SA 4E3HA 1CAYA 3FFPX 4MTYA 2W2JA 2NWOA 6CA2A 4CNVA 3TMJA 5JEGB 1H9NA 1YO1A 3GZ0A 1G48A 1CIMA 1J9WA 4QK3A 2X7UA 3S9TA 3MHIA 3R17B 4YGLA 3MHMA 3DBUA 3OKVA 5DSIA 3DD0A 1DMYA 1XEVA 5EH7A 4MDGA 3S8XA 2NWZA 4ITPA 4QJXA 4E3FA 2HL4A 1G1DA 2QP6A 3P3HA 4JSSA 1URTA 2POVA 3V2JA 4KNJA 1CAKA 3RZ8A 4ZAOA 2OSMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3M5E A;  1BNT A;  3OKU A;  5FNI A;  2NXT A;  5JGT B;  5JQ0 A;  2WD2 A;  3MNU A;  5JGS B;  3V5G A;  1HEB A;  4Q6E A;  3MNJ A;  2NNV A;  4PYY A;  4Q7P A;  3MZC A;  1CVD A;  3NB5 A;  1I9L A;  4R5A A;  4HEY A;  3M40 A;  3D92 A;  4Q06 A;  3RYY A;  3SAP A;  1CRM A;  3LXE A;  4MDM A;  4QSI A;  5FLT A;  1BN3 A;  5E5U A;  5L6K A;  5CLU A;  1ZSC A;  3M3X A;  4RFC A;  2H15 A;  3S73 B;  5LMD A;  1FQN A;  1CNY A;  3DVB A;  5G03 A;  5BNL A;  3B4F A;  4Q8X A;  4YGK A;  4ZX0 A;  3R16 A;  5IPZ A;  4K0S A;  5DSQ A;  1CAH A;  1LG6 A;  3N0N A;  1KOQ A;  1CZM A;  1HED A;  3V7X A;  1DMX A;  5DOG A;  2NMX A;  1ZSA A;  1IF9 A;  3PJJ A;  2NXS A;  4E9O X;  2FMZ A;  3U45 X;  1JD0 A;  3W6H A;  3V3F A;  1XQ0 A;  1KWQ A;  1LUG A;  1FSN A;  4K0Z A;  1YDA A;  1CRA A;  1KOP A;  4Y0J A;  1ZFK A;  3P44 A;  3ZNC A;  5SZ1 A;  3P5L A;  3RYX B;  1OKM A;  1V9I C;  1FLJ A;  2WEG A;  5AMD A;  3S76 A;  4K13 A;  3DC3 A;  3MHC A;  3S71 B;  3TVN X;  3T85 A;  5FLQ A;  3D9Z A;  3DD8 A;  5AML A;  1TH9 A;  3RZ7 A;  4K1Q A;  3CZV A;  3M5S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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