1CVE | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	255
structure length	255
Chain Sequence	WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELDLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__673105149926864__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__673105149926864__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1cve/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__673105149926864__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"673105149926864","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1cve/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__673105149926864__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfae5b6b8b44eac6f982272/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfae5b6b8b44eac6f982272/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfae5b6b8b44eac6f982272/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfae5b6b8b44eac6f982272/pdb.gz): 155 ms

reading 255 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

255 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:254});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural consequences of redesigning a protein-zinc binding site. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	75
structure length	255
sequence length	255
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1994-06-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1cveA00

2Q38A 1JD0A 4RN4A 5DSPA 3OY0A 5DSKA 2IT4A 3DD0A 5EHVA 2Q1QA 1OQ5A 1RAZA 1Z9YA 5FLQA 3T5ZA 4Q78A 5EHWA 3QYKA 3M96A 1OKLA 5BRWA 4QTLA 2FOUA 4E3FA 1G4JA 5FLOA 1BNTA 2EU3A 2HD6A 2O4ZA 5EH7A 4G0CA 1G46A 3DVCA 3RYZA 4QJWA 5FDIA 4RUZA 4L5UA 1G53A 1G54A 3M98A 2NXTA 5CLUA 4Q7WA 2FMZA 3DCSA 4PQ7A 5DSOA 3S9TA 1G45A 1UGEA 4MTYA 5EOIA 4Z1EA 3KKXA 1CALA 3TVOX 1ZSCA 4BF1A 2CBAA 1FSRA 3M5EA 4RFDA 5DSQA 3HKTA 1BCDA 4Q8ZA 1CA2A 1MOOA 3K34A 4CA2A 4FVNA 2H15A 1BNMA 4E3GA 4YGLA 3DVDA 4IDRX 3M2XA 1XPZA 1LGDA 4QJXA 5DOGA 3IGPA 1V9EA 3S75B 3W6HA 2ABEA 3JXFA 1OKNA 3OKUA 1RJ5A 4RIVA 4QSAA 1CAJA 1I9QA 3TMJA 5DRSA 3D8WA 1I90A 3DV7A 5DSNA 5L6KA 5A6HA 3FW3A 2EU2A 5FL6A 3M3XA 3M2YA 3S73B 4Y0JA 2HL4A 4K1QA 3ZNCA 1H4NA 3Q31A 4PYXA 1F2WA 5E2MA 4WUPA 1LG5A 4YGJA 3RJ7A 1UGDA 1T9NA 4R5BA 5G0CA 5G0BA 4JSAA 4MDGA 1CAOA 3P3HA 1BNVA 1KOQA 1XEVA 3DD8A 3JXHC 1BN4A 4K0ZA 1CNJA 4MLXA 1CILA 4FVOA 7CA2A 1TE3X 3B1BA 5DSRA 4RUYA 1G48A 2VVBX 4BF6A 4Q08A 3RYJB 1I9PA 5L3OA 1TBTX 1CNYA 3T5UA 4YVYA 1UGGA 2NWYA 3D0NA 5FL4A 4ZWYA 4L5WA 3MHIA 4M2UA 4KNIA 3OILA 5FLRA 2WEGA 4Q0LA 5BRVA 2W2JA 1YO0A 4YXOA 4YHAA 1CNIA 4XZ5A 4QJ0A 3U3AX 4YGNA 1JCZA 1HECA 1FLJA 4QJOA 4FPTA 1THKA 4KNMA 1CVHA 1IF6A 3DCCA 4HU1A 4K0SA 4KP5A 4Q09A 4Z0QA 2FNNA 3CZVA 3JXGA 5FNHA 4HT2A 4QSIA 3ZP9A 2POUA 1IF8A 3OIKA 5BYIA 1HUHA 5J8ZA 2NNSA 1G4OA 5DSIA 1RZEA 4TWMA 1TEQX 3FFPX 1G0FA 1TG9A 5FNIA 5JQ0A 4ZX0A 5DSJA 4Q9YA 4CACA 5FL5A 3F4XA 3D9ZA 5EZTX 6CA2A 2CBBA 5SZ1A 4JS6A 5HPJA 2NWOA 2QP6A 4N0XB 2WEJA 1HCBA 1LZVA 4BCWA 4MDLA 2Q1BA 4KUVA 3S78B 3RYVB 1I9LA 1CVEA 4KV0A 4CNVA 1UGAA 4Q99A 1FR7A 3HLJA 1I9NA 5EHEA 4Q8XA 3MHCA 3N0NA 3N2PA 4QEFA 2NXSA 2HKKA 1I8ZA 4DZ7A 4Q7PA 1ZFQA 4E3HA 4YXIA 2WEOA 3KNEA 1JV0A 3MYQA 1G0EA 3M1WA 5DVXA 4M2WA 2NN1A 2NMXA 1ZNCA 4WW6A 3MNAA 5DSLA 1CNWA 4XIXA 4PXXA 3ML2A 5FDCA 3T83A 1BNUA 4XIWA 3S74B 3L14A 5SZ7A 3M67A 4K13A 3V2MA 4YYTA 5EIJA 1HEAA 4YWPA 4QK3A 3HFPA 3M1JA 4KUYA 1BICA 1RZCA 3MNIA 5FNKA 1CRMA 3U7CA 4LHIA 5SZ0A 3F7BA 2OSFA 1CNXA 1UGFA 4QJPA 4R5AA 3R16A 3P4VA 5SZ5A 1I9OA 5C8IA 1CAYA 3BL1A 5SZ6A 5CA2A 1CAKA 4ZWXA 3F8EA 1XQ0A 3V3GB 4ILXA 3M5TA 4ZWIA 2FW4A 1FQMA 5G03A 4Q07A 3KONA 1V9IC 3HKQA 1OKMA 4M2VA 3RZ5A 4CQ0A 2X7SA 1CVFA 3P5AA 2FNKA 3MHMA 1XEGA 3V2JA 1CCUA 1CNKA 1CVAA 1Z97A 2OSMA 3MZCA 1CVBA 4ITOA 3IEOA 3RG3A 5CJFA 1RZDA 3KWAA 4ITPA 5E5UA 3NJ9A 3EFTA 5FNGA 3T84A 3BL0A 1URTA 4YGKA 3OYQA 1BZMA 4QIZA 2X7TA 3M14A 3LXEA 5CACA 3GZ0A 3DAZA 2POWA 3M1KA 3HKUA 1UGBA 1BNWA 2NWPA 4QSBA 12CAA 4KAPA 3NB5A 1KWQA 3MWOA 5A25A 1ZSAA 1FR4A 4MO8A 3IBIA 4KNNA 1YO1A 1HCAA 3V3HB 2ILIA 4E9OX 3RZ1B 1CNGA 4HEYA 4CNRA 5FNLA 3RLDA 3RYXB 1HEBA 5SZ2A 3MNHA 1KEQA 1CZMA 3W6IA 1CNBA 3M2NA 2GEHA 4LU3A 5E2SA 4MLTA 3RGEA 3N3JA 2FOQA 3DCWA 1H9QA 4WUQA 4UOVA 4KP8A 5DSMA 1CAIA 4Q49A 1YDAA 3KS3A 1FQRA 5LMDA 4G7AA 5JGTB 4QK1A 5EH5A 1CCSA 4WW8A 2FNMA 4QSJA 5FNJA 5BRUA 1DMYA 3S97A 1EOUA 1CA3A 1KWRA 4KNJA 5JEPB 3DC9A 3CAJA 4RFCA 4E49A 1A42A 3M1QA 3EFIA 1CNHA 1I91A 3MHLA 3N4BA 5E2NA 1Y7WA 3S71B 1I9MA 4JSSA 5SZ3A 4L5VA 2H4NA 1G52A 1IF9A 5JESB 3PO6A 4ZAOA 3IBLA 1LUGA 3KLDB 2NNOA 1YDBA 3MDZA 5EH8A 3MMFA 2NWZA 1Z93A 2GD8A 3P55A 4Q90A 2HNCA 1ZH9A 4WL4A 4X5SA 3HKNA 4Q8YA 2AW1A 3IBNA 5AMDA 3V3IB 3PYKA 3SAPA 2FOYA 4WR7A 5E2RA 2NXRA 1DCAA 4Q06A 1ZE8A 1ZGEA 8CA2A 3RG4A 4HEZA 3BETA 5FLTA 3MHOA 2POVA 3RZ8A 3UYNA 3RZ0B 1CVCA 5BNLA 3RZ7A 2FOVA 4CNWA 4RIUA 3UYQA 1CANA 5AMLA 2WD3A 4XE1A 1FQNA 1UGCA 4DZ9A 3S76A 3V5GA 3DBUA 4FRCA 5E5RA 1FSNA 1KOPA 3MNKA 4QIYA 3S8XA 5IPZA 5FLPA 1CCTA 3K7KA 4C3TA 4HBAA 4QK2A 5SZ4A 3MNUA 3P44A 1ZFKA 4COQA 2HOCA 1J9WA 2CA2A 4Q7VA 5EKMA 3U47A 1RJ6A 4E3DA 2WEHA 2NNVA 3KOIA 4FU5A 5E28A 4Z1JA 3DC3A 3ML5A 3M2ZA 3M40A 5JQTA 5EKHA 1CAZA 3PJJA 3SAXA 1CNCA 3B4FA 1MUAA 1AM6A 1DCBA 3MNJA 4RUXA 1BV3A 1YDCA 1ZGFA 4E4AA 1HUGA 3U45X 3DVBA 3DA2A 4QJMA 2WD2A 4ZX1A 3T85A 1TTMA 1AZMA 1CIMA 4CNXA 3IAIA 2AX2A 3S72B 5FLSA 3V3JA 3SBIA 5JG3B 1FQLA 3D93A 4YX4A 4Z1KA 5JEGB 4PZHA 1BN3A 5JEHB 3OKVA 1G6VA 4ZWZA 2CBDA 4Q81A 3P5LA 1CRAA 3HS4A 4M2RA 4KUWA 1H9NA 2CBEA 3RYYA 5JGSB 2VVAX 3R17B 5E2KA 3OYSA 2CABA 5G01A 1IF5A 1RZAA 4N16A 2NN7A 1TEUX 4HF3A 4FIKA 3TVNX 1TG3A 3D92A 4Q6EA 3F7UA 3C7PA 1YO2A 1CINA 1CAMA 1YDDA 3OIMA 1RZBA 4JSWA 4RH2A 3S77B 4GL1X 4TWLA 1G3ZA 4Q7SA 2FMGA 2NNGA 1BN1A 2X7UA 1HEDA 1RAYA 4HT0A 4XFWA 4YGFA 4Z1NA 4E5QA 2QO8A 1CVDA 1TH9A 5FNMA 2ZNCA 1IF7A 3KIGA 1FSQA 3CYUA 5EKJA 3FE4A 2HFWA 5AMGA 4R59A 4PYYA 3V3FA 1AVNA 2EZ7A 4MDMA 1HVAA 5JG5B 1IF4A 4Q87A 4HEWA 1CAHA 2QOAA 4QY3A 3P3JA 5DOHA 4Q6DA 4YXUA 1ZSBA 3K2FA 2FOSA 1BNNA 1G1DA 3P58A 4IWZA 4Q83A 3VBDA 5JDVB 1LG6A 4K0TA 3IBUA 3SBHA 3KOKA 3M04A 1TB0X 1BNQA 4LP6A 2F14A 4JSZA 4FL7A 3M5SA 3NI5A 3T82A 1DMXA 9CA2A 3CA2A 3V7XA 2CBCA 4ETQC
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Q38 A;  1JD0 A;  4RN4 A;  5DSP A;  3OY0 A;  5DSK A;  2IT4 A;  3DD0 A;  5EHV A;  2Q1Q A;  1OQ5 A;  1RAZ A;  1Z9Y A;  5FLQ A;  3T5Z A;  4Q78 A;  5EHW A;  3QYK A;  3M96 A;  1OKL A;  5BRW A;  4QTL A;  2FOU A;  4E3F A;  1G4J A;  5FLO A;  1BNT A;  2EU3 A;  2HD6 A;  2O4Z A;  5EH7 A;  4G0C A;  1G46 A;  3DVC A;  3RYZ A;  4QJW A;  5FDI A;  4RUZ A;  4L5U A;  1G53 A;  1G54 A;  3M98 A;  2NXT A;  5CLU A;  4Q7W A;  2FMZ A;  3DCS A;  4PQ7 A;  5DSO A;  3S9T A;  1G45 A;  1UGE A;  4MTY A;  5EOI A;  4Z1E A;  3KKX A;  1CAL A;  3TVO X;  1ZSC A;  4BF1 A;  2CBA A;  1FSR A;  3M5E A;  4RFD A;  5DSQ A;  3HKT A;  1BCD A;  4Q8Z A;  1CA2 A;  1MOO A;  3K34 A;  4CA2 A;  4FVN A;  2H15 A;  1BNM A;  4E3G A;  4YGL A;  3DVD A;  4IDR X;  3M2X A;  1XPZ A;  1LGD A;  4QJX A;  5DOG A;  3IGP A;  1V9E A;  3S75 B;  3W6H A;  2ABE A;  3JXF A;  1OKN A;  3OKU A;  1RJ5 A;  4RIV A;  4QSA A;  1CAJ A;  1I9Q A;  3TMJ A;  5DRS A;  3D8W A;  1I90 A;  3DV7 A;  5DSN A;  5L6K A;  5A6H A;  3FW3 A;  2EU2 A;  5FL6 A;  3M3X A;  3M2Y A;  3S73 B;  4Y0J A;  2HL4 A;  4K1Q A;  3ZNC A;  1H4N A;  3Q31 A;  4PYX A;  1F2W A;  5E2M A;  4WUP A;  1LG5 A;  4YGJ A;  3RJ7 A;  1UGD A;  1T9N A;  4R5B A;  5G0C A;  5G0B A;  4JSA A;  4MDG A;  1CAO A;  3P3H A;  1BNV A;  1KOQ A;  1XEV A;  3DD8 A;  3JXH C;  1BN4 A;  4K0Z A;  1CNJ A;  4MLX A;  1CIL A;  4FVO A;  7CA2 A;  1TE3 X;  3B1B A;  5DSR A;  4RUY A;  1G48 A;  2VVB X;  4BF6 A;  4Q08 A;  3RYJ B;  1I9P A;  5L3O A;  1TBT X;  1CNY A;  3T5U A;  4YVY A;  1UGG A;  2NWY A;  3D0N A;  5FL4 A;  4ZWY A;  4L5W A;  3MHI A;  4M2U A;  4KNI A;  3OIL A;  5FLR A;  2WEG A;  4Q0L A;  5BRV A;  2W2J A;  1YO0 A;  4YXO A;  4YHA A;  1CNI A;  4XZ5 A;  4QJ0 A;  3U3A X;  4YGN A;  1JCZ A;  1HEC A;  1FLJ A;  4QJO A;  4FPT A;  1THK A;  4KNM A;  1CVH A;  1IF6 A;  3DCC A;  4HU1 A;  4K0S A;  4KP5 A;  4Q09 A;  4Z0Q A;  2FNN A;  3CZV A;  3JXG A;  5FNH A;  4HT2 A;  4QSI A;  3ZP9 A;  2POU A;  1IF8 A;  3OIK A;  5BYI A;  1HUH A;  5J8Z A;  2NNS A;  1G4O A;  5DSI A;  1RZE A;  4TWM A;  1TEQ X;  3FFP X;  1G0F A;  1TG9 A;  5FNI A;  5JQ0 A;  4ZX0 A;  5DSJ A;  4Q9Y A;  4CAC A;  5FL5 A;  3F4X A;  3D9Z A;  5EZT X;  6CA2 A;  2CBB A;  5SZ1 A;  4JS6 A;  5HPJ A;  2NWO A;  2QP6 A;  4N0X B;  2WEJ A;  1HCB A;  1LZV A;  4BCW A;  4MDL A;  2Q1B A;  4KUV A;  3S78 B;  3RYV B;  1I9L A;  1CVE A;  4KV0 A;  4CNV A;  1UGA A;  4Q99 A;  1FR7 A;  3HLJ A;  1I9N A;  5EHE A;  4Q8X A;  3MHC A;  3N0N A;  3N2P A;  4QEF A;  2NXS A;  2HKK A;  1I8Z A;  4DZ7 A;  4Q7P A;  1ZFQ A;  4E3H A;  4YXI A;  2WEO A;  3KNE A;  1JV0 A;  3MYQ A;  1G0E A;  3M1W A;  5DVX A;  4M2W A;  2NN1 A;  2NMX A;  1ZNC A;  4WW6 A;  3MNA A;  5DSL A;  1CNW A;  4XIX A;  4PXX A;  3ML2 A;  5FDC A;  3T83 A;  1BNU A;  4XIW A;  3S74 B;  3L14 A;  5SZ7 A;  3M67 A;  4K13 A;  3V2M A;  4YYT A;  5EIJ A;  1HEA A;  4YWP A;  4QK3 A;  3HFP A;  3M1J A;  4KUY A;  1BIC A;  1RZC A;  3MNI A;  5FNK A;  1CRM A;  3U7C A;  4LHI A;  5SZ0 A;  3F7B A;  2OSF A;  1CNX A;  1UGF A;  4QJP A;  4R5A A;  3R16 A;  3P4V A;  5SZ5 A;  1I9O A;  5C8I A;  1CAY A;  3BL1 A;  5SZ6 A;  5CA2 A;  1CAK A;  4ZWX A;  3F8E A;  1XQ0 A;  3V3G B;  4ILX A;  3M5T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1CVEA

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