1EOU | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2065104141318752__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2065104141318752__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1eou/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2065104141318752__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2065104141318752","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1eou/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2065104141318752__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb1473eadac7b76fe96000/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb1473eadac7b76fe96000/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb1473eadac7b76fe96000/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb1473eadac7b76fe96000/pdb.gz): 1381 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of human carbonic anhydrase II complexed with an anti-convulsant sugar sulphamate. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II (CA II)
molecule tags	Lyase
total genus	76
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2000-03-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1eouA00

5SZ1A 5FNMA 5A6HA 3MNAA 4QJ0A 3RZ0B 4Z0QA 1ZFQA 1MUAA 2OSMA 1CNJA 1UGFA 4FIKA 4RIUA 2NWOA 5EHVA 1ZSCA 4QJWA 2FOVA 4WUQA 5C8IA 2WEHA 4QK2A 1YDAA 1RZEA 2O4ZA 5EOIA 1G0FA 1YDCA 4TWMA 1TG3A 1CA2A 4HF3A 4Q7VA 3JXFA 5DSJA 1HUHA 3K2FA 3MMFA 3C7PA 2POVA 3V3FA 1FSQA 2FNKA 4ITPA 3T5UA 2NWZA 4E49A 4YXOA 2HFWA 1TH9A 4JSSA 1IF9A 3P58A 4PYYA 5DSLA 4XIXA 1IF8A 1G0EA 3DC3A 3M3XA 1CVFA 2FW4A 3M5SA 3M96A 5SZ4A 1CAYA 4QIZA 4CACA 1FLJA 4Q6EA 3V3JA 5BYIA 1CIMA 5IPZA 3OYSA 3DD0A 5EIJA 5FDIA 3SAPA 1I9LA 2HL4A 4LHIA 1LG5A 4Q0LA 1CCSA 5BRUA 2OSFA 1CAZA 2NNSA 4YGNA 4C3TA 1CVDA 2FMGA 1TEQX 5JEHB 3RYJB 1FQRA 3V2MA 1CAIA 3BETA 1RZBA 1AVNA 3GZ0A 3T82A 4HEWA 3OILA 3IGPA 1I91A 3S8XA 1FQLA 2ABEA 3M14A 1G3ZA 3PO6A 1CALA 1G4JA 3OKVA 4K13A 4TWLA 3S78B 3W6HA 2FOSA 4XE1A 2NXTA 4FRCA 4RH2A 1FR4A 5E5RA 3T5ZA 4PZHA 5L6KA 4Y0JA 5CLUA 3TMJA 5AMDA 3FFPX 4YGFA 3D92A 3KNEA 3RYZA 4Q06A 1I9PA 3KIGA 4N0XB 3N3JA 4G0CA 6CA2A 3KLDB 3P44A 3B4FA 4Z1KA 4CNWA 3Q31A 3SBHA 3M40A 4KUVA 4R5BA 4FVNA 5HPJA 3MHOA 3D0NA 1HCBA 3V3HB 4RUYA 4M2VA 5EH8A 1FR7A 3NI5A 3KS3A 4Q49A 1JCZA 3P3HA 1I9QA 7CA2A 1UGAA 1ZGEA 1CNHA 5J8ZA 3V5GA 4RIVA 1FQMA 4KV0A 3MWOA 1IF7A 1RJ6A 3RGEA 2CBCA 3W6IA 2FOUA 1UGCA 4UOVA 3RLDA 3OIKA 3RG4A 1OKNA 3RYVB 1G1DA 1MOOA 5BRVA 1ZH9A 4KNIA 3RZ8A 3LXEA 3V3GB 3P4VA 5FL5A 4IWZA 3JXHC 4ZAOA 3KOKA 1CRMA 5E5UA 9CA2A 5DRSA 3MNHA 3HLJA 4YX4A 1BICA 5DOGA 5LMDA 1XEVA 3M5TA 4FVOA 2FNMA 1I8ZA 2GD8A 3NJ9A 4L5VA 4E3DA 4Q99A 1KOPA 3N0NA 3D93A 4Q78A 3PYKA 3MYQA 1CCUA 3SBIA 1CVHA 3FE4A 4FPTA 1CVCA 5EKJA 4K0SA 5JESB 1URTA 1ZSBA 3FW3A 3V7XA 1CVBA 3NB5A 2NNGA 2W2JA 4QSJA 2X7SA 2NMXA 5SZ6A 5DSPA 1RAYA 3OIMA 1CILA 1EOUA 1HUGA 3DV7A 1THKA 1CNWA 1G46A 4MO8A 3ZP9A 3M2XA 2X7UA 3HKNA 3M2ZA 4YXUA 4KNJA 2NWPA 1XPZA 1Z93A 4Q83A 4QJOA 3S76A 4Q8YA 5DSMA 1LGDA 1LZVA 1BN1A 1ZNCA 1YO0A 4Q9YA 1CNKA 4RFCA 5EZTX 3P5AA 4HEYA 1CNXA 3T85A 4WW8A 3S77B 4WW6A 1JD0A 3P5LA 5E2KA 2WEGA 2NWYA 4Z1EA 2AX2A 3S72B 3HFPA 1BNMA 1BV3A 3M1WA 1KOQA 4QTLA 4ZWZA 5FLOA 4KUWA 4K1QA 2CBAA 4Q8XA 3S75B 4JSWA 1ZFKA 4ZWXA 2H15A 2FOYA 3T84A 1YDBA 1A42A 3KONA 1BZMA 5E2RA 1TTMA 4DZ9A 2H4NA 3F7UA 3UYQA 4LU3A 4ZX1A 3OKUA 4Z1NA 1CNCA 5FNHA 1BNVA 3N2PA 4JSAA 3JXGA 4CQ0A 5JGSB 1T9NA 4E4AA 3HS4A 5G0BA 1CNGA 3RJ7A 1IF4A 3B1BA 1CANA 5EKHA 1DCBA 1OKLA 1FSNA 4KAPA 1BNUA 1V9EA 3OY0A 4IDRX 1LUGA 4MLXA 5DSNA 4FU5A 4Q8ZA 5CJFA 1ZSAA 4Q09A 4XIWA 5G0CA 4QEFA 4RN4A 5DSQA 3DBUA 1UGGA 4KNNA 5AMGA 3P55A 1H4NA 1G54A 5FLPA 5SZ0A 12CAA 3ML2A 1Y7WA 4L5UA 1FQNA 3KOIA 5EHWA 5FDCA 5FNGA 2NN1A 5JG5B 2QP6A 2AW1A 5A25A 4HT2A 2HOCA 2Q38A 4YGKA 5JQ0A 4L5WA 3DCCA 4HEZA 5JG3B 2EZ7A 2F14A 4M2UA 3UYNA 4PXXA 4YXIA 1I90A 1KEQA 4KP8A 4YWPA 4CNRA 3MHMA 1OQ5A 2WEOA 3M2YA 1CRAA 1CCTA 1G52A 3MZCA 1AM6A 1CAMA 4BF1A 5FLTA 5DSIA 3ZNCA 3S71B 4QIYA 3IBUA 3RZ1B 1H9NA 3DVBA 3S74B 3MNUA 3RG3A 4Q7WA 5JEGB 4WUPA 5EH5A 1KWQA 4G7AA 4M2WA 1HEBA 3U47A 1CAOA 3MHCA 3HKQA 3BL1A 4HBAA 1G48A 1ZE8A 4QK3A 8CA2A 3CZVA 5DSRA 3MNIA 3M5EA 1TBTX 1Z97A 3U7CA 3ML5A 4Z1JA 4CNVA 3S73B 5FL6A 4COQA 4QJPA 4RFDA 4E3HA 2WD3A 2WEJA 4YHAA 4R5AA 3TVNX 1UGDA 1BNTA 4Q08A 3EFIA 4QSAA 5FNLA 5JEPB 5DSKA 1AZMA 3RZ7A 5CACA 3N4BA 3F8EA 1YDDA 1BNQA 1HEAA 5JDVB 2IT4A 2EU3A 3HKUA 4E9OX 3MHLA 5G03A 3S9TA 5E2MA 3T83A 1F2WA 4K0ZA 4RUXA 4E3GA 1TE3X 2NNOA 1ZGFA 4X5SA 2POUA 4LP6A 2HNCA 3IBIA 3IBNA 3V3IB 2X7TA 1G53A 4Q7PA 1CVEA 4ILXA 5EHEA 4PQ7A 5L3OA 5FLQA 4YVYA 4KNMA 3K7KA 4GL1X 1CA3A 4Q6DA 3DCSA 3DVDA 4MTYA 3MNJA 2Q1QA 2Q1BA 1J9WA 1I9NA 3KWAA 2EU2A 1CVAA 2CA2A 1HCAA 1BCDA 4M2RA 5JQTA 1G6VA 2CBDA 4ZX0A 4R59A 2NNVA 4ZWIA 3M04A 5FLSA 5SZ3A 3D8WA 5E28A 3U3AX 4QJXA 1Z9YA 2QOAA 3DD8A 1HEDA 4FL7A 3KKXA 5FNKA 1V9IC 4MDGA 3SAXA 5FL4A 4Q81A 2NN7A 5BNLA 4JSZA 3M1QA 3RZ5A 4XFWA 4E3FA 4ZWYA 1RZDA 2GEHA 1RZAA 5E2NA 1JV0A 1I9MA 1TG9A 4BCWA 1CNIA 1LG6A 3D9ZA 3R16A 3OYQA 3CYUA 1DMYA 3CA2A 3MHIA 3IAIA 3S97A 2FOQA 3F4XA 3M67A 4WL4A 5FNJA 3TVOX 4MDMA 4QSIA 1XQ0A 2QO8A 4Q90A 3V2JA 4XZ5A 4HT0A 1RJ5A 2FNNA 4KP5A 3DCWA 5G01A 4YGLA 4CA2A 1G45A 1TEUX 3CAJA 3HKTA 4HU1A 5DSOA 3VBDA 5CA2A 1XEGA 5DOHA 5FLRA 1CNYA 4ITOA 4WR7A 1BN3A 4N16A 3K34A 3PJJA 1RAZA 1YO2A 1BN4A 1HVAA 2POWA 5SZ5A 4KUYA 2CBEA 4DZ7A 2HKKA 4CNXA 5FNIA 3F7BA 1YO1A 2CBBA 2ILIA 4E5QA 4MLTA 3M98A 2VVBX 3DAZA 1CNBA 1CAKA 4JS6A 4RUZA 2NXRA 3DC9A 1BNNA 3BL0A 4K0TA 4ETQC 1CZMA 1H9QA 3L14A 2VVAX 3MNKA 4QSBA 5JGTB 3MDZA 3QYKA 3M1KA 4PYXA 3M1JA 4Q07A 1G4OA 5EKMA 4BF6A 1I9OA 2HD6A 1BNWA 5AMLA 4Q7SA 3IBLA 1HECA 1IF5A 4QK1A 3U45X 3EFTA 3DVCA 1OKMA 1FSRA 4Q87A 1DMXA 4MDLA 1CAHA 5EH7A 2FMZA 2CABA 2NXSA 5BRWA 2ZNCA 4YGJA 3M2NA 1UGEA 3IEOA 3P3JA 3RYYA 1CINA 1IF6A 2WD2A 1DCAA 3DA2A 1TB0X 4YYTA 3R17B 1CAJA 5SZ7A 4QJMA 1RZCA 3RYXB 1UGBA 5DVXA 4QY3A 1KWRA 5SZ2A 5E2SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5SZ1 A;  5FNM A;  5A6H A;  3MNA A;  4QJ0 A;  3RZ0 B;  4Z0Q A;  1ZFQ A;  1MUA A;  2OSM A;  1CNJ A;  1UGF A;  4FIK A;  4RIU A;  2NWO A;  5EHV A;  1ZSC A;  4QJW A;  2FOV A;  4WUQ A;  5C8I A;  2WEH A;  4QK2 A;  1YDA A;  1RZE A;  2O4Z A;  5EOI A;  1G0F A;  1YDC A;  4TWM A;  1TG3 A;  1CA2 A;  4HF3 A;  4Q7V A;  3JXF A;  5DSJ A;  1HUH A;  3K2F A;  3MMF A;  3C7P A;  2POV A;  3V3F A;  1FSQ A;  2FNK A;  4ITP A;  3T5U A;  2NWZ A;  4E49 A;  4YXO A;  2HFW A;  1TH9 A;  4JSS A;  1IF9 A;  3P58 A;  4PYY A;  5DSL A;  4XIX A;  1IF8 A;  1G0E A;  3DC3 A;  3M3X A;  1CVF A;  2FW4 A;  3M5S A;  3M96 A;  5SZ4 A;  1CAY A;  4QIZ A;  4CAC A;  1FLJ A;  4Q6E A;  3V3J A;  5BYI A;  1CIM A;  5IPZ A;  3OYS A;  3DD0 A;  5EIJ A;  5FDI A;  3SAP A;  1I9L A;  2HL4 A;  4LHI A;  1LG5 A;  4Q0L A;  1CCS A;  5BRU A;  2OSF A;  1CAZ A;  2NNS A;  4YGN A;  4C3T A;  1CVD A;  2FMG A;  1TEQ X;  5JEH B;  3RYJ B;  1FQR A;  3V2M A;  1CAI A;  3BET A;  1RZB A;  1AVN A;  3GZ0 A;  3T82 A;  4HEW A;  3OIL A;  3IGP A;  1I91 A;  3S8X A;  1FQL A;  2ABE A;  3M14 A;  1G3Z A;  3PO6 A;  1CAL A;  1G4J A;  3OKV A;  4K13 A;  4TWL A;  3S78 B;  3W6H A;  2FOS A;  4XE1 A;  2NXT A;  4FRC A;  4RH2 A;  1FR4 A;  5E5R A;  3T5Z A;  4PZH A;  5L6K A;  4Y0J A;  5CLU A;  3TMJ A;  5AMD A;  3FFP X;  4YGF A;  3D92 A;  3KNE A;  3RYZ A;  4Q06 A;  1I9P A;  3KIG A;  4N0X B;  3N3J A;  4G0C A;  6CA2 A;  3KLD B;  3P44 A;  3B4F A;  4Z1K A;  4CNW A;  3Q31 A;  3SBH A;  3M40 A;  4KUV A;  4R5B A;  4FVN A;  5HPJ A;  3MHO A;  3D0N A;  1HCB A;  3V3H B;  4RUY A;  4M2V A;  5EH8 A;  1FR7 A;  3NI5 A;  3KS3 A;  4Q49 A;  1JCZ A;  3P3H A;  1I9Q A;  7CA2 A;  1UGA A;  1ZGE A;  1CNH A;  5J8Z A;  3V5G A;  4RIV A;  1FQM A;  4KV0 A;  3MWO A;  1IF7 A;  1RJ6 A;  3RGE A;  2CBC A;  3W6I A;  2FOU A;  1UGC A;  4UOV A;  3RLD A;  3OIK A;  3RG4 A;  1OKN A;  3RYV B;  1G1D A;  1MOO A;  5BRV A;  1ZH9 A;  4KNI A;  3RZ8 A;  3LXE A;  3V3G B;  3P4V A;  5FL5 A;  4IWZ A;  3JXH C;  4ZAO A;  3KOK A;  1CRM A;  5E5U A;  9CA2 A;  5DRS A;  3MNH A;  3HLJ A;  4YX4 A;  1BIC A;  5DOG A;  5LMD A;  1XEV A;  3M5T A;  4FVO A;  2FNM A;  1I8Z A;  2GD8 A;  3NJ9 A;  4L5V A;  4E3D A;  4Q99 A;  1KOP A;  3N0N A;  3D93 A;  4Q78 A;  3PYK A;  3MYQ A;  1CCU A;  3SBI A;  1CVH A;  3FE4 A;  4FPT A;  1CVC A;  5EKJ A;  4K0S A;  5JES B;  1URT A;  1ZSB A;  3FW3 A;  3V7X A;  1CVB A;  3NB5 A;  2NNG A;  2W2J A;  4QSJ A;  2X7S A;  2NMX A;  5SZ6 A;  5DSP A;  1RAY A;  3OIM A;  1CIL A;  1EOU A;  1HUG A;  3DV7 A;  1THK A;  1CNW A;  1G46 A;  4MO8 A;  3ZP9 A;  3M2X A;  2X7U A;  3HKN A;  3M2Z A;  4YXU A;  4KNJ A;  2NWP A;  1XPZ A;  1Z93 A;  4Q83 A;  4QJO A;  3S76 A;  4Q8Y A;  5DSM A;  1LGD A;  1LZV A;  1BN1 A;  1ZNC A;  1YO0 A;  4Q9Y A;  1CNK A;  4RFC A;  5EZT X;  3P5A A;  4HEY A;  1CNX A;  3T85 A;  4WW8 A;  3S77 B;  4WW6 A;  1JD0 A;  3P5L A;  5E2K A;  2WEG A;  2NWY A;  4Z1E A;  2AX2 A;  3S72 B;  3HFP A;  1BNM A;  1BV3 A;  3M1W A;  1KOQ A;  4QTL A;  4ZWZ A;  5FLO A;  4KUW A;  4K1Q A;  2CBA A;  4Q8X A;  3S75 B;  4JSW A;  1ZFK A;  4ZWX A;  2H15 A;  2FOY A;  3T84 A;  1YDB A;  1A42 A;  3KON A;  1BZM A;  5E2R A;  1TTM A;  4DZ9 A;  2H4N A;  3F7U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1EOUA

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