1FQM | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQIHMHVGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__877452359298591__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__877452359298591__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1fqm/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__877452359298591__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"877452359298591","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1fqm/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__877452359298591__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb24d54ab82a5d28882c0f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb24d54ab82a5d28882c0f/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb24d54ab82a5d28882c0f/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb24d54ab82a5d28882c0f/pdb.gz): 667 ms

reading 256 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

256 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:255});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural influence of hydrophobic core residues on metal binding and specificity in carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	75
structure length	256
sequence length	256
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2000-09-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1fqmA00

1UGDA 4Z1NA 3N3JA 5DVXA 1G6VA 4Q81A 4XZ5A 4K1QA 2FMZA 1BN3A 3OILA 5JG3B 4YGJA 3U45X 3RG3A 4R59A 3P3JA 4CACA 1FR7A 1G46A 2Q38A 3W6HA 1BNVA 2FW4A 5EH5A 4FVOA 4ZX0A 1HVAA 3M5SA 4K0SA 1XEGA 2QO8A 5G03A 4N16A 3OIMA 5G0CA 1ZFKA 1KOPA 4WW8A 2HOCA 4XIWA 2OSFA 2GD8A 5FLOA 3CAJA 4PZHA 3P5AA 1I9NA 3R16A 4FU5A 1J9WA 4N0XB 4YXIA 1UGFA 5DSLA 1CNGA 1XQ0A 1YDDA 4E3HA 3MHLA 4HBAA 1ZSAA 2FOYA 1CVDA 3N2PA 4Q78A 4WL4A 3T83A 3RYXB 5CA2A 3M04A 3S8XA 4QSAA 4XIXA 4QSIA 1RAZA 2NNOA 4Q87A 3DVBA 3PYKA 2VVAX 3C7PA 1CAOA 3DCSA 2EU2A 2NMXA 3M2ZA 5EZTX 4CNRA 3TMJA 4M2UA 5SZ0A 4MO8A 3DCCA 3OKVA 2NWPA 2WD3A 5DSMA 3S72B 3Q31A 3RYJB 5EKMA 2WEGA 2H4NA 4Q9YA 1DCBA 4YX4A 1CINA 4LU3A 2NXSA 4Q06A 1CNXA 4JSSA 4FIKA 1CNHA 1I9QA 3HLJA 5SZ4A 1V9IC 1G45A 4Q8XA 5EH7A 1I9LA 3M67A 4RFDA 3IBLA 4ITPA 3F7BA 3TVNX 4BF6A 6CA2A 5SZ2A 1CCTA 2Q1BA 2WEHA 4PQ7A 4MLTA 1CAIA 1DMXA 4Q7VA 5FL5A 4ZWXA 1CRMA 1LG6A 2QP6A 3M2XA 1LUGA 5AMLA 1IF8A 5E2SA 5G0BA 1FSNA 1ZSCA 4Q0LA 3IEOA 3MHCA 1CVEA 4QJOA 1OKLA 1KEQA 1I90A 5FLQA 1CVBA 1IF4A 1RJ6A 3HKQA 4E4AA 1RZDA 3MNAA 3MNHA 1FQLA 3PJJA 3D92A 4L5UA 4QJ0A 3DD8A 1T9NA 1BN4A 3P58A 2NWZA 2HKKA 4XFWA 5JEGB 4Z1EA 5FNGA 4Q7WA 4Q49A 9CA2A 5BRVA 4FRCA 1CNJA 1URTA 5EKHA 3S9TA 4PYXA 3KOKA 4QTLA 4LHIA 4YXOA 4YGKA 3OKUA 12CAA 1ZH9A 2CABA 3KWAA 5AMDA 3M40A 3ML2A 3N4BA 2FOQA 1G0FA 1G53A 3NB5A 4E5QA 4QSBA 2HD6A 4COQA 3UYNA 3V3GB 2NNVA 1FR4A 2FMGA 1ZGEA 4C3TA 2AX2A 5E2KA 2WD2A 3ML5A 1TTMA 4HU1A 3QYKA 4BCWA 5JQTA 4QK3A 3RLDA 3S75B 3DV7A 5FNLA 3LXEA 3MDZA 1Y7WA 3D93A 5L6KA 3D0NA 4RFCA 3KNEA 3S74B 4RN4A 2ABEA 3F4XA 4K0TA 7CA2A 1AVNA 2GEHA 5DSJA 1G1DA 3DVCA 1YO1A 3RYVB 3KOIA 3UYQA 3S78B 4G0CA 5BRWA 1CIMA 1BICA 3P5LA 4Q7SA 5EH8A 4Q8ZA 3T82A 3MZCA 4ILXA 1TB0X 1CCSA 1FSRA 3JXFA 3IBNA 1FQMA 2O4ZA 3HFPA 1JD0A 4L5VA 3RZ7A 1H9NA 1BNTA 1CRAA 2FOSA 1TG3A 5JEHB 1CNIA 1KWQA 1CZMA 3DVDA 4QY3A 4TWLA 4YGFA 4MTYA 1CANA 5FLRA 1BNMA 2NN7A 1H9QA 5JEPB 4Q6DA 2W2JA 1CNBA 1KOQA 4Y0JA 5E5RA 5LMDA 1BCDA 5JDVB 3V3JA 3VBDA 3KIGA 3RZ0B 1CNKA 1CVFA 4CQ0A 1FSQA 4BF1A 5SZ1A 2NWOA 3P44A 4E49A 3SBIA 1RZCA 4KUVA 2AW1A 4ZX1A 5L3OA 5FLTA 5SZ7A 2EU3A 3HS4A 1HUGA 1YDCA 3RJ7A 1RZBA 2ZNCA 3MHMA 4Q08A 5DRSA 1CAMA 1H4NA 4KUYA 4FPTA 4KP5A 1G48A 5BYIA 5FNJA 5FL4A 5DOGA 4YHAA 5BRUA 2CBBA 4X5SA 3KS3A 2CBAA 1Z97A 1ZFQA 3P4VA 1UGEA 1CAHA 2FOVA 5FNMA 3V3HB 5C8IA 1CAZA 3MNKA 4ITOA 1FLJA 2CBEA 2OSMA 3M1WA 2ILIA 4Q6EA 3BL1A 3DA2A 3T5UA 1IF9A 3FFPX 5JG5B 1CALA 4YGNA 2F14A 2X7SA 3FE4A 3MNJA 4JSWA 1XEVA 4ETQC 3N0NA 5E5UA 1OKNA 4HT0A 1YDAA 3EFTA 5DSIA 1TG9A 2Q1QA 4WR7A 3T84A 4Z1KA 2FOUA 4TWMA 3DC3A 3CZVA 4HEYA 3OIKA 3S77B 5JQ0A 2IT4A 5DSPA 1HEBA 4JSAA 3DBUA 4K0ZA 5FLSA 2CA2A 5EOIA 4IDRX 4ZWZA 4QIYA 5DOHA 3U47A 2NXTA 5CJFA 4XE1A 4MDMA 4R5AA 4RUZA 1TE3X 3P55A 5EHWA 2NNSA 1OQ5A 4GL1X 5FDCA 4KUWA 1EOUA 1HEDA 1CAYA 3V3FA 4DZ9A 4HEWA 1LGDA 3MWOA 1BNUA 3B1BA 4QJXA 3CA2A 4KAPA 2X7TA 3OYQA 5CACA 4QK1A 1UGBA 4M2VA 1UGGA 1CA2A 3RYYA 4RUXA 4QJWA 2FNNA 4Q90A 4FVNA 1THKA 5DSOA 4Q07A 1TEQX 1F2WA 2HL4A 3T5ZA 3M2YA 4HT2A 3M1KA 1CILA 4QJMA 1HUHA 4HEZA 5E2NA 2NNGA 1RJ5A 3RGEA 4E9OX 3KKXA 1HECA 5IPZA 3RZ5A 3M5EA 1YO0A 3GZ0A 1G4OA 5FNIA 3B4FA 3RG4A 4MLXA 5G01A 4KNJA 1IF5A 2CBCA 3SBHA 3IBIA 3V5GA 1Z9YA 4R5BA 2POVA 1RZEA 1BNWA 3T85A 3EFIA 5FL6A 1YO2A 1TEUX 1KWRA 1G54A 4PXXA 4E3GA 1CVHA 4KNIA 1LZVA 3R17B 3MNIA 1TH9A 3M14A 5FNHA 4E3DA 4JSZA 3M2NA 1ZSBA 3IBUA 3KLDB 5HPJA 4YYTA 4UOVA 1ZNCA 3MHIA 3KONA 2NN1A 3RZ8A 3SAXA 4WUQA 1JV0A 1BNNA 1CVCA 4IWZA 5DSKA 1RZAA 5EHVA 1ZE8A 3M96A 3HKTA 2HNCA 4KP8A 4Q7PA 4MDGA 4QK2A 4WUPA 3M1QA 3S76A 1G52A 3MYQA 1I9OA 4PYYA 3OY0A 5E2MA 2FNMA 3RYZA 4CNVA 1A42A 3HKNA 3FW3A 1HEAA 4K13A 3ZP9A 4L5WA 5EKJA 4G7AA 5EHEA 3JXHC 3JXGA 5E28A 1ZGFA 2CBDA 4YWPA 1OKMA 3V2MA 5BNLA 4FL7A 1FQRA 3OYSA 4CNXA 5DSNA 3MHOA 1CNYA 3L14A 3PO6A 1FQNA 4QSJA 1JCZA 5FLPA 2EZ7A 4KV0A 5E2RA 4KNNA 2FNKA 4MDLA 4YGLA 1HCAA 1IF6A 4QJPA 4Q8YA 1CNWA 1LG5A 3M98A 5DSRA 3U7CA 1CVAA 5JGTB 2POUA 3RZ1B 3DCWA 2VVBX 5AMGA 2POWA 1MUAA 1I9MA 1CAKA 1AM6A 1UGCA 3BL0A 1DMYA 3M3XA 4RIUA 4DZ7A 3F8EA 1BN1A 4CNWA 1UGAA 1G3ZA 4M2WA 1I9PA 1CCUA 2X7UA 4QIZA 3HKUA 3S97A 3BETA 1G0EA 1TBTX 3M5TA 1YDBA 3NJ9A 3DC9A 5J8ZA 1XPZA 4M2RA 3K2FA 3F7UA 8CA2A 3IGPA 5DSQA 5SZ3A 4ZWIA 5A25A 4CA2A 4QEFA 5SZ6A 1BZMA 1MOOA 3ZNCA 3MMFA 5JGSB 4Z0QA 4LP6A 4HF3A 3W6IA 4JS6A 1I8ZA 1HCBA 4YVYA 3P3HA 4RIVA 4Z1JA 1BNQA 3S73B 1RAYA 3M1JA 3D8WA 1BV3A 1CA3A 5SZ5A 4ZWYA 1I91A 1AZMA 2H15A 1V9EA 4Q99A 1CAJA 3V3IB 2HFWA 3TVOX 2NXRA 4Q09A 4E3FA 2WEOA 1G4JA 4RH2A 1Z93A 3DD0A 3K7KA 1IF7A 1DCAA 3K34A 2NWYA 3MNUA 3S71B 3U3AX 3DAZA 4KNMA 5CLUA 4Q83A 3IAIA 4WW6A 5EIJA 2QOAA 5A6HA 5FDIA 4RUYA 3D9ZA 1CNCA 4ZAOA 3CYUA 3SAPA 5FNKA 4YXUA 3V7XA 2WEJA 5JESB 3NI5A 3V2JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UGD A;  4Z1N A;  3N3J A;  5DVX A;  1G6V A;  4Q81 A;  4XZ5 A;  4K1Q A;  2FMZ A;  1BN3 A;  3OIL A;  5JG3 B;  4YGJ A;  3U45 X;  3RG3 A;  4R59 A;  3P3J A;  4CAC A;  1FR7 A;  1G46 A;  2Q38 A;  3W6H A;  1BNV A;  2FW4 A;  5EH5 A;  4FVO A;  4ZX0 A;  1HVA A;  3M5S A;  4K0S A;  1XEG A;  2QO8 A;  5G03 A;  4N16 A;  3OIM A;  5G0C A;  1ZFK A;  1KOP A;  4WW8 A;  2HOC A;  4XIW A;  2OSF A;  2GD8 A;  5FLO A;  3CAJ A;  4PZH A;  3P5A A;  1I9N A;  3R16 A;  4FU5 A;  1J9W A;  4N0X B;  4YXI A;  1UGF A;  5DSL A;  1CNG A;  1XQ0 A;  1YDD A;  4E3H A;  3MHL A;  4HBA A;  1ZSA A;  2FOY A;  1CVD A;  3N2P A;  4Q78 A;  4WL4 A;  3T83 A;  3RYX B;  5CA2 A;  3M04 A;  3S8X A;  4QSA A;  4XIX A;  4QSI A;  1RAZ A;  2NNO A;  4Q87 A;  3DVB A;  3PYK A;  2VVA X;  3C7P A;  1CAO A;  3DCS A;  2EU2 A;  2NMX A;  3M2Z A;  5EZT X;  4CNR A;  3TMJ A;  4M2U A;  5SZ0 A;  4MO8 A;  3DCC A;  3OKV A;  2NWP A;  2WD3 A;  5DSM A;  3S72 B;  3Q31 A;  3RYJ B;  5EKM A;  2WEG A;  2H4N A;  4Q9Y A;  1DCB A;  4YX4 A;  1CIN A;  4LU3 A;  2NXS A;  4Q06 A;  1CNX A;  4JSS A;  4FIK A;  1CNH A;  1I9Q A;  3HLJ A;  5SZ4 A;  1V9I C;  1G45 A;  4Q8X A;  5EH7 A;  1I9L A;  3M67 A;  4RFD A;  3IBL A;  4ITP A;  3F7B A;  3TVN X;  4BF6 A;  6CA2 A;  5SZ2 A;  1CCT A;  2Q1B A;  2WEH A;  4PQ7 A;  4MLT A;  1CAI A;  1DMX A;  4Q7V A;  5FL5 A;  4ZWX A;  1CRM A;  1LG6 A;  2QP6 A;  3M2X A;  1LUG A;  5AML A;  1IF8 A;  5E2S A;  5G0B A;  1FSN A;  1ZSC A;  4Q0L A;  3IEO A;  3MHC A;  1CVE A;  4QJO A;  1OKL A;  1KEQ A;  1I90 A;  5FLQ A;  1CVB A;  1IF4 A;  1RJ6 A;  3HKQ A;  4E4A A;  1RZD A;  3MNA A;  3MNH A;  1FQL A;  3PJJ A;  3D92 A;  4L5U A;  4QJ0 A;  3DD8 A;  1T9N A;  1BN4 A;  3P58 A;  2NWZ A;  2HKK A;  4XFW A;  5JEG B;  4Z1E A;  5FNG A;  4Q7W A;  4Q49 A;  9CA2 A;  5BRV A;  4FRC A;  1CNJ A;  1URT A;  5EKH A;  3S9T A;  4PYX A;  3KOK A;  4QTL A;  4LHI A;  4YXO A;  4YGK A;  3OKU A;  12CA A;  1ZH9 A;  2CAB A;  3KWA A;  5AMD A;  3M40 A;  3ML2 A;  3N4B A;  2FOQ A;  1G0F A;  1G53 A;  3NB5 A;  4E5Q A;  4QSB A;  2HD6 A;  4COQ A;  3UYN A;  3V3G B;  2NNV A;  1FR4 A;  2FMG A;  1ZGE A;  4C3T A;  2AX2 A;  5E2K A;  2WD2 A;  3ML5 A;  1TTM A;  4HU1 A;  3QYK A;  4BCW A;  5JQT A;  4QK3 A;  3RLD A;  3S75 B;  3DV7 A;  5FNL A;  3LXE A;  3MDZ A;  1Y7W A;  3D93 A;  5L6K A;  3D0N A;  4RFC A;  3KNE A;  3S74 B;  4RN4 A;  2ABE A;  3F4X A;  4K0T A;  7CA2 A;  1AVN A;  2GEH A;  5DSJ A;  1G1D A;  3DVC A;  1YO1 A;  3RYV B;  3KOI A;  3UYQ A;  3S78 B;  4G0C A;  5BRW A;  1CIM A;  1BIC A;  3P5L A;  4Q7S A;  5EH8 A;  4Q8Z A;  3T82 A;  3MZC A;  4ILX A;  1TB0 X;  1CCS A;  1FSR A;  3JXF A;  3IBN A;  1FQM A;  2O4Z A;  3HFP A;  1JD0 A;  4L5V A;  3RZ7 A;  1H9N A;  1BNT A;  1CRA A;  2FOS A;  1TG3 A;  5JEH B;  1CNI A;  1KWQ A;  1CZM A;  3DVD A;  4QY3 A;  4TWL A;  4YGF A;  4MTY A;  1CAN A;  5FLR A;  1BNM A;  2NN7 A;  1H9Q A;  5JEP B;  4Q6D A;  2W2J A;  1CNB A;  1KOQ A;  4Y0J A;  5E5R A;  5LMD A;  1BCD A;  5JDV B;  3V3J A;  3VBD A;  3KIG A;  3RZ0 B;  1CNK A;  1CVF A;  4CQ0 A;  1FSQ A;  4BF1 A;  5SZ1 A;  2NWO A;  3P44 A;  4E49 A;  3SBI A;  1RZC A;  4KUV A;  2AW1 A;  4ZX1 A;  5L3O A;  5FLT A;  5SZ7 A;  2EU3 A;  3HS4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1FQMA

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