1G0E | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGAAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__746359124743873__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__746359124743873__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1g0e/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__746359124743873__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"746359124743873","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1g0e/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__746359124743873__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb2b7d4ab82a5d28882d95/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb2b7d4ab82a5d28882d95/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb2b7d4ab82a5d28882d95/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb2b7d4ab82a5d28882d95/pdb.gz): 712 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and kinetic analysis of the chemical rescue of the proton transfer function of carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	76
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2000-10-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1g0eA00

5CACA 4WR7A 5SZ3A 5BRVA 4MO8A 3DC3A 3S72B 1Z93A 4KNJA 4Z1KA 2POVA 2QO8A 4Z1EA 5JDVB 4MTYA 4ZX0A 1I9MA 1LG5A 1FLJA 3S8XA 5EH8A 4M2RA 2W2JA 2FOUA 4QJXA 1RZEA 2WD2A 1CAZA 3RZ7A 1HECA 1ZSCA 1UGDA 4UOVA 4KNMA 5FL6A 3KNEA 1ZH9A 2EZ7A 4Q81A 4KP8A 3DV7A 4MDGA 3S77B 3MNAA 2QOAA 2VVBX 3V3HB 1BNMA 3M96A 3RJ7A 4FRCA 2NNVA 5E28A 1Z97A 4E5QA 5EHWA 1V9IC 2NXSA 2X7UA 5E2NA 4N0XB 1CCSA 1G45A 1CNHA 1T9NA 3NJ9A 1XQ0A 2HFWA 3MNJA 5FLQA 1CVHA 4G0CA 2O4ZA 1UGEA 5E5RA 3V3FA 4N16A 3ZNCA 4Q8YA 4CA2A 3U7CA 3QYKA 3S78B 3D92A 4Q0LA 4QSIA 12CAA 2NWYA 5FNIA 3U47A 1TEQX 5BRUA 1CVFA 3FFPX 4JSAA 4KUVA 5LMDA 3DCSA 3F7UA 1G53A 3IEOA 4MLXA 4RN4A 3KOIA 1G3ZA 1CNJA 5IPZA 1F2WA 2FNNA 4IDRX 5JEHB 4M2WA 1CANA 3P55A 4PYYA 5BYIA 2WEJA 2HNCA 3D9ZA 4Q08A 4YGJA 3P44A 4LU3A 1G46A 4RIUA 1CCUA 3FW3A 5FL5A 3Q31A 4ITPA 4M2VA 1CILA 1BNNA 5DSLA 4KUWA 2FOSA 4WUPA 4ZWIA 3B1BA 5DOHA 3OKUA 2Q1QA 3KLDB 2EU2A 2NWPA 3KIGA 1BNWA 2POUA 3KKXA 5SZ2A 3M04A 4HF3A 5EH7A 4HBAA 1YO2A 2H4NA 3N3JA 3M5EA 4Q07A 4Q7WA 3N0NA 4FVNA 3RYVB 1HVAA 1CZMA 2OSFA 5DVXA 1I91A 3P5AA 4K1QA 5FL4A 4MLTA 4QK3A 4E3FA 4E3HA 3M5SA 5SZ6A 1CAOA 1UGCA 3DVDA 3DBUA 1CVCA 4QSBA 3V7XA 3F4XA 4E3GA 4YGFA 5JG5B 5J8ZA 4QJMA 3K2FA 5AMGA 1CAIA 4YX4A 3P5LA 1TG9A 1CNBA 1KOPA 4RIVA 7CA2A 2CABA 3NB5A 1BNUA 5CJFA 5EKJA 2WEGA 1RZAA 5FLPA 3DAZA 3S73B 1BZMA 3MNHA 1OKNA 2CA2A 3SAPA 1HUGA 3RZ8A 4QSJA 4RFCA 1LGDA 4ZWZA 4PXXA 5CLUA 1YO1A 3K7KA 4PZHA 5FLRA 4YGLA 1I90A 3MZCA 4QJWA 1XEVA 3M67A 3KONA 2NXTA 5FNHA 8CA2A 4QK1A 3BL0A 4L5VA 2X7SA 3DVCA 3OYSA 4XZ5A 5SZ0A 1BNVA 3W6HA 4FU5A 4QIZA 5SZ4A 3OY0A 1V9EA 1AZMA 1IF6A 3JXFA 1CNIA 3M5TA 4TWLA 5FDIA 5JEPB 5E2KA 4QY3A 1BV3A 1I8ZA 1CVAA 1YDDA 4Q7VA 1G1DA 1ZSAA 4Q83A 5A6HA 4JSSA 3MHIA 4QJPA 1CNYA 4FIKA 3MHLA 3OILA 1FQNA 1XPZA 3D8WA 3P3HA 4HU1A 4ILXA 3P3JA 4R59A 1JCZA 4FL7A 5FDCA 2NNOA 3DVBA 4JS6A 1RZBA 5SZ5A 3GZ0A 3M1QA 5JEGB 3DC9A 1CAKA 1OQ5A 2ZNCA 3V2JA 1KWQA 3UYQA 5CA2A 1CA3A 2OSMA 1RAYA 4QEFA 1HEAA 3CYUA 4DZ7A 5AMDA 3RYXB 5G03A 2HD6A 2NN7A 1FSQA 2GEHA 4HT2A 5L3OA 4YXOA 3DA2A 3MWOA 4COQA 1LZVA 3ZP9A 3DD0A 3IAIA 3D93A 5G0BA 1FSRA 3RYYA 1THKA 3N2PA 4YHAA 4WW6A 1DMXA 3S97A 4BF6A 1URTA 2FNMA 3P4VA 4K0SA 1IF9A 1DMYA 1YDCA 1TE3X 1CAMA 1CRAA 2CBCA 3V3IB 1G6VA 5EHVA 4ZWXA 5HPJA 4KV0A 3M14A 3PO6A 4WL4A 3S71B 3V3JA 2NWOA 5E5UA 4ZX1A 3JXGA 5JGSB 1FQLA 4Q90A 1Y7WA 3F8EA 4YGKA 5DSNA 4Q87A 4Q99A 3M1JA 4JSWA 4ZWYA 1ZE8A 4M2UA 1G4OA 1LG6A 3HKTA 3IGPA 2ILIA 2POWA 3M98A 1TTMA 3ML2A 2CBEA 2NWZA 3U3AX 2HKKA 4QIYA 4MDMA 3MNKA 5JQ0A 1TB0X 4Q6EA 3HS4A 1CAHA 4K13A 1FQRA 4X5SA 1G4JA 3IBIA 1HEBA 5FLOA 5FNJA 1CAYA 4CNRA 1ZFQA 3MHOA 3F7BA 4DZ9A 2CBDA 5EIJA 4Q49A 1XEGA 4XIXA 5FNKA 3R16A 3KWAA 3SAXA 1CALA 3OKVA 1FR7A 3R17B 1I9NA 3RG4A 1BNQA 1ZFKA 2X7TA 3IBLA 1CCTA 2GD8A 4Q7PA 4Q8XA 3RZ1B 4YXUA 4BCWA 5DSOA 6CA2A 3S9TA 1CNKA 3BETA 2FOYA 4ITOA 1FSNA 2CBBA 2FNKA 1CNCA 3T83A 9CA2A 1OKLA 4K0ZA 4RUYA 3UYNA 3OIKA 5L6KA 1LUGA 5DSKA 1IF5A 3P58A 1CNXA 5A25A 3B4FA 1G0EA 3VBDA 3M2YA 4Z1JA 4CNWA 4HT0A 3CA2A 4ETQC 3W6IA 4LHIA 5E2RA 1I9QA 1ZNCA 2HOCA 4RUXA 3RYJB 4CNXA 3M1KA 4Z1NA 5EKMA 1ZGFA 1TEUX 1CAJA 1H9NA 1UGAA 4FPTA 4R5BA 1G0FA 2H15A 5FLSA 5G01A 3SBHA 1ZSBA 4MDLA 3S75B 3T85A 2FMZA 4KUYA 4Q6DA 1KEQA 4YWPA 5EHEA 3V2MA 5JGTB 4HEWA 2AW1A 2NNSA 3RZ5A 1I9LA 1RAZA 3T84A 1BN3A 2FMGA 5DSJA 4KAPA 1MUAA 4Y0JA 1I9OA 3DCWA 3T5UA 5DOGA 5SZ1A 1JV0A 1BN1A 2NN1A 5BNLA 1CVBA 5C8IA 4E9OX 1CNGA 4PQ7A 1RZCA 4Q78A 5AMLA 3RGEA 1J9WA 3MHCA 4E3DA 1HCAA 5JG3B 4Q09A 3ML5A 3V5GA 1G48A 3V3GB 5FNMA 5SZ7A 3M2ZA 2QP6A 1UGGA 4RFDA 1JD0A 3MNUA 1UGFA 3HKUA 5DSRA 4K0TA 4Q7SA 2Q1BA 5DSMA 5E2SA 1TH9A 4ZAOA 4BF1A 4JSZA 5EOIA 2FOVA 5JQTA 2ABEA 3TVNX 3BL1A 3L14A 4QTLA 3MDZA 2NMXA 5FLTA 1EOUA 1Z9YA 1DCBA 4LP6A 4R5AA 4QJOA 1YDAA 1YDBA 2AX2A 1H4NA 3CAJA 1MOOA 2F14A 2FOQA 3M3XA 4KP5A 1HEDA 4E4AA 1HUHA 3NI5A 4Z0QA 1BNTA 3HKQA 1CVEA 5DSPA 4YXIA 1H9QA 1HCBA 3M1WA 3FE4A 3HKNA 3M2XA 3EFIA 4TWMA 3T82A 3MNIA 4Q06A 2HL4A 4C3TA 3HFPA 4YVYA 4WW8A 4QJ0A 3RZ0B 5FNLA 3PJJA 3M40A 4CACA 4E49A 5EZTX 2EU3A 3KS3A 4XE1A 3TMJA 5JESB 3RLDA 1ZGEA 1BICA 1FQMA 3EFTA 3TVOX 2VVAX 1CINA 1FR4A 3MMFA 3HLJA 1YO0A 1G54A 1G52A 4KNNA 3IBUA 1CA2A 4IWZA 4XIWA 3PYKA 5EH5A 4Q9YA 3MHMA 2WD3A 1DCAA 4FVOA 4QK2A 4RUZA 5E2MA 5EKHA 3T5ZA 2Q38A 4L5UA 4L5WA 3DCCA 5FNGA 1KWRA 3S76A 4PYXA 1CVDA 5DSIA 3IBNA 2NXRA 3LXEA 2FW4A 5DSQA 1IF8A 2WEOA 1UGBA 1KOQA 5BRWA 3RG3A 3JXHC 4KNIA 3D0NA 1RJ5A 3U45X 1RZDA 3KOKA 4HEZA 3OYQA 1RJ6A 1IF7A 3M2NA 1CNWA 3RYZA 3SBIA 4RH2A 1CIMA 5G0CA 1CRMA 2WEHA 4CNVA 1TG3A 4CQ0A 4GL1X 4HEYA 4XFWA 1IF4A 1AM6A 2IT4A 3C7PA 4WUQA 1I9PA 2NNGA 2CBAA 3OIMA 1OKMA 1TBTX 1BCDA 1BN4A 4G7AA 4Q8ZA 3DD8A 1AVNA 4YYTA 3K34A 4QSAA 1A42A 3MYQA 3CZVA 4YGNA 3S74B 3N4BA 5DRSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5CAC A;  4WR7 A;  5SZ3 A;  5BRV A;  4MO8 A;  3DC3 A;  3S72 B;  1Z93 A;  4KNJ A;  4Z1K A;  2POV A;  2QO8 A;  4Z1E A;  5JDV B;  4MTY A;  4ZX0 A;  1I9M A;  1LG5 A;  1FLJ A;  3S8X A;  5EH8 A;  4M2R A;  2W2J A;  2FOU A;  4QJX A;  1RZE A;  2WD2 A;  1CAZ A;  3RZ7 A;  1HEC A;  1ZSC A;  1UGD A;  4UOV A;  4KNM A;  5FL6 A;  3KNE A;  1ZH9 A;  2EZ7 A;  4Q81 A;  4KP8 A;  3DV7 A;  4MDG A;  3S77 B;  3MNA A;  2QOA A;  2VVB X;  3V3H B;  1BNM A;  3M96 A;  3RJ7 A;  4FRC A;  2NNV A;  5E28 A;  1Z97 A;  4E5Q A;  5EHW A;  1V9I C;  2NXS A;  2X7U A;  5E2N A;  4N0X B;  1CCS A;  1G45 A;  1CNH A;  1T9N A;  3NJ9 A;  1XQ0 A;  2HFW A;  3MNJ A;  5FLQ A;  1CVH A;  4G0C A;  2O4Z A;  1UGE A;  5E5R A;  3V3F A;  4N16 A;  3ZNC A;  4Q8Y A;  4CA2 A;  3U7C A;  3QYK A;  3S78 B;  3D92 A;  4Q0L A;  4QSI A;  12CA A;  2NWY A;  5FNI A;  3U47 A;  1TEQ X;  5BRU A;  1CVF A;  3FFP X;  4JSA A;  4KUV A;  5LMD A;  3DCS A;  3F7U A;  1G53 A;  3IEO A;  4MLX A;  4RN4 A;  3KOI A;  1G3Z A;  1CNJ A;  5IPZ A;  1F2W A;  2FNN A;  4IDR X;  5JEH B;  4M2W A;  1CAN A;  3P55 A;  4PYY A;  5BYI A;  2WEJ A;  2HNC A;  3D9Z A;  4Q08 A;  4YGJ A;  3P44 A;  4LU3 A;  1G46 A;  4RIU A;  1CCU A;  3FW3 A;  5FL5 A;  3Q31 A;  4ITP A;  4M2V A;  1CIL A;  1BNN A;  5DSL A;  4KUW A;  2FOS A;  4WUP A;  4ZWI A;  3B1B A;  5DOH A;  3OKU A;  2Q1Q A;  3KLD B;  2EU2 A;  2NWP A;  3KIG A;  1BNW A;  2POU A;  3KKX A;  5SZ2 A;  3M04 A;  4HF3 A;  5EH7 A;  4HBA A;  1YO2 A;  2H4N A;  3N3J A;  3M5E A;  4Q07 A;  4Q7W A;  3N0N A;  4FVN A;  3RYV B;  1HVA A;  1CZM A;  2OSF A;  5DVX A;  1I91 A;  3P5A A;  4K1Q A;  5FL4 A;  4MLT A;  4QK3 A;  4E3F A;  4E3H A;  3M5S A;  5SZ6 A;  1CAO A;  1UGC A;  3DVD A;  3DBU A;  1CVC A;  4QSB A;  3V7X A;  3F4X A;  4E3G A;  4YGF A;  5JG5 B;  5J8Z A;  4QJM A;  3K2F A;  5AMG A;  1CAI A;  4YX4 A;  3P5L A;  1TG9 A;  1CNB A;  1KOP A;  4RIV A;  7CA2 A;  2CAB A;  3NB5 A;  1BNU A;  5CJF A;  5EKJ A;  2WEG A;  1RZA A;  5FLP A;  3DAZ A;  3S73 B;  1BZM A;  3MNH A;  1OKN A;  2CA2 A;  3SAP A;  1HUG A;  3RZ8 A;  4QSJ A;  4RFC A;  1LGD A;  4ZWZ A;  4PXX A;  5CLU A;  1YO1 A;  3K7K A;  4PZH A;  5FLR A;  4YGL A;  1I90 A;  3MZC A;  4QJW A;  1XEV A;  3M67 A;  3KON A;  2NXT A;  5FNH A;  8CA2 A;  4QK1 A;  3BL0 A;  4L5V A;  2X7S A;  3DVC A;  3OYS A;  4XZ5 A;  5SZ0 A;  1BNV A;  3W6H A;  4FU5 A;  4QIZ A;  5SZ4 A;  3OY0 A;  1V9E A;  1AZM A;  1IF6 A;  3JXF A;  1CNI A;  3M5T A;  4TWL A;  5FDI A;  5JEP B;  5E2K A;  4QY3 A;  1BV3 A;  1I8Z A;  1CVA A;  1YDD A;  4Q7V A;  1G1D A;  1ZSA A;  4Q83 A;  5A6H A;  4JSS A;  3MHI A;  4QJP A;  1CNY A;  4FIK A;  3MHL A;  3OIL A;  1FQN A;  1XPZ A;  3D8W A;  3P3H A;  4HU1 A;  4ILX A;  3P3J A;  4R59 A;  1JCZ A;  4FL7 A;  5FDC A;  2NNO A;  3DVB A;  4JS6 A;  1RZB A;  5SZ5 A;  3GZ0 A;  3M1Q A;  5JEG B;  3DC9 A;  1CAK A;  1OQ5 A;  2ZNC A;  3V2J A;  1KWQ A;  3UYQ A;  5CA2 A;  1CA3 A;  2OSM A;  1RAY A;  4QEF A;  1HEA A;  3CYU A;  4DZ7 A;  5AMD A;  3RYX B;  5G03 A;  2HD6 A;  2NN7 A;  1FSQ A;  2GEH A;  4HT2 A;  5L3O A;  4YXO A;  3DA2 A;  3MWO A;  4COQ A;  1LZV A;  3ZP9 A;  3DD0 A;  3IAI A;  3D93 A;  5G0B A;  1FSR A;  3RYY A;  1THK A;  3N2P A;  4YHA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1G0EA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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