1G1D | Genus

Total Genus 77

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__256705524921018__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__256705524921018__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1g1d/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__256705524921018__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"256705524921018","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1g1d/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__256705524921018__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Contribution of Fluorine to Protein-Ligand Affinity in the Binding of Fluoroaromatic Inhibitors to Carbonic Anhydrase II pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	77
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2000-10-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1g1dA00

3P3HA 4E3FA 3IEOA 3S8XA 2HOCA 3CYUA 2VVBX 3M2NA 4X5SA 3EFIA 3NI5A 3RZ7A 4Q7SA 1KWQA 5EKHA 3RZ5A 4LHIA 4IDRX 3RYVB 5CJFA 2HL4A 4QSAA 5EIJA 2IT4A 1Z93A 2NNOA 4FU5A 4KP5A 5L6KA 4Q78A 2NWZA 1EOUA 2NMXA 1TG3A 1ZSBA 2NWYA 4XZ5A 1CNYA 3MNJA 3FFPX 1HUGA 4MLTA 5FLTA 3RJ7A 4BCWA 1CVBA 3KONA 4M2RA 4Q07A 1I9NA 3L14A 5JDVB 3OKUA 3P44A 4RH2A 3U47A 3N0NA 1DMYA 1OKMA 1RZAA 1BV3A 3T5ZA 1BCDA 1XQ0A 3P5LA 1IF5A 1G6VA 4QSBA 4Y0JA 4WL4A 3HKNA 3JXFA 2X7SA 5FNJA 5JGTB 5FLPA 2CBAA 1I9LA 1I9PA 4ITOA 4QK3A 1XEVA 4QJWA 3KWAA 4ETQC 4XE1A 3IBNA 3DCWA 3F8EA 3DA2A 3MHIA 3M1QA 2Q1BA 1FSRA 3MNKA 4ZWXA 1CAJA 5EKMA 4Q49A 1ZSCA 5DVXA 2FOYA 1V9IC 4Q08A 2NN1A 2POVA 4YX4A 4QIYA 2NXTA 3OY0A 5FL4A 5DSJA 1G54A 3M2XA 5FL5A 1LUGA 3GZ0A 3M5SA 1CA2A 1CAHA 1TTMA 4FL7A 4JSSA 4G0CA 3P5AA 4FPTA 4MDMA 1RAZA 3DD8A 1BZMA 3N4BA 3OKVA 2FW4A 4YGKA 4HT0A 3OILA 3DVBA 5FLOA 4KP8A 3ML2A 1IF8A 3DC9A 1FLJA 5BRWA 1G4JA 3MHMA 4ZAOA 4YYTA 3BL1A 5BRUA 1FQLA 4QEFA 2QOAA 3D92A 4Q0LA 5SZ6A 2NNSA 3S77B 4ZX0A 4Z1EA 1RJ6A 1CNCA 4QJPA 3T85A 5IPZA 4GL1X 4K0ZA 1FQMA 4MLXA 5EH7A 2FNKA 4PXXA 1DMXA 4JSWA 4WUPA 1JCZA 5JESB 5FNKA 4KNIA 3ZNCA 3HKUA 3JXHC 1JD0A 5FL6A 3RZ8A 3KOKA 1H9NA 1YDBA 1HEDA 5E2NA 5EHEA 1UGGA 5DSIA 1XEGA 4ZX1A 5E28A 4UOVA 4FIKA 1I8ZA 4MDLA 4RUYA 5EKJA 2FMGA 4TWMA 4RUZA 2CBBA 5BRVA 1CRAA 1UGCA 1J9WA 1G53A 5G03A 3M5EA 4DZ9A 4G7AA 3SBIA 3R17B 2AW1A 5SZ3A 3M14A 1LG5A 3DC3A 4K1QA 5FNHA 1LGDA 5JEPB 1CNHA 1G3ZA 1YDAA 3S75B 5JEGB 1LG6A 3M40A 3BL0A 3HKQA 5EH5A 3M1WA 4JSAA 3M04A 2FOSA 3PO6A 4HEZA 2NXRA 1RZCA 4Q8XA 4ZWZA 5AMGA 5E2MA 4R59A 4HU1A 4MO8A 4WW8A 5DSOA 3FE4A 1ZGEA 3D93A 1KOPA 4KUYA 3M5TA 2WD3A 2CBEA 1BN1A 1AM6A 4YHAA 1TE3X 1URTA 2CABA 2QO8A 3C7PA 2WEHA 5FNLA 3W6IA 2CA2A 4KUWA 1TG9A 4IWZA 3F7BA 3W6HA 3EFTA 1OKLA 1BNWA 5E2RA 3RG3A 1CCSA 1CAKA 1CRMA 1ZSAA 4Q06A 3S72B 1JV0A 3T5UA 3S97A 1G46A 4QSJA 4Z1NA 1DCBA 1CVDA 3UYNA 3N2PA 1ZFKA 1HCBA 1Z9YA 3DCCA 4YXOA 3U3AX 4K0SA 1THKA 1YDCA 1CA3A 3ML5A 1H4NA 2FOVA 5DRSA 1CVHA 3DCSA 3NB5A 5E2KA 3QYKA 5L3OA 4YVYA 3V2MA 1CVFA 2X7TA 4RFCA 1LZVA 2H15A 4KNNA 1HECA 3IBLA 3PYKA 2FNMA 3JXGA 2NNVA 5FLSA 4QTLA 4RFDA 2POUA 3DV7A 3DVDA 3K34A 4PQ7A 4FRCA 1TH9A 4K0TA 1BNUA 5CLUA 3RYJB 1CNKA 4KNJA 3S78B 3CA2A 5G01A 1V9EA 1CNJA 5A6HA 1KWRA 1G45A 1HEAA 3M2ZA 1BN4A 4RIVA 2FOQA 1H9QA 5JEHB 3IAIA 8CA2A 5EHWA 3DD0A 1CZMA 3S9TA 4CA2A 4PYXA 5BNLA 1MOOA 2FNNA 2VVAX 1UGFA 1FQRA 3MNAA 1CNWA 2OSFA 2ILIA 3MZCA 3SAPA 5BYIA 5JG5B 3KIGA 2HFWA 3D8WA 3MHLA 4JS6A 5JGSB 4Q99A 4WUQA 1CCTA 2HKKA 1RZDA 3D9ZA 2GEHA 2H4NA 3RZ0B 4QJ0A 5HPJA 4E4AA 1RZEA 2CBCA 4Q7PA 3T83A 1IF4A 4FVOA 1OKNA 3S76A 4Q8YA 4WR7A 1BICA 3MNHA 2FOUA 3Q31A 1CNXA 4PYYA 2FMZA 3DAZA 3RLDA 4HEYA 1CAMA 3MNIA 1CCUA 4Q6DA 2QP6A 1ZNCA 2HNCA 4BF6A 4HT2A 3M1KA 5DOHA 2W2JA 3SBHA 4CQ0A 3P4VA 1XPZA 5SZ5A 4ZWIA 1CAYA 4R5AA 3MNUA 5FNMA 4FVNA 4R5BA 3V2JA 5AMDA 3HS4A 6CA2A 1ZE8A 1BNNA 1CILA 3V3GB 1DCAA 4Q09A 1CAIA 2X7UA 4YXUA 4MTYA 1RJ5A 2NN7A 4KAPA 4ILXA 1RAYA 3IBUA 3S71B 4CNVA 3U7CA 3M98A 4YGNA 3TVNX 2POWA 3DBUA 2EU2A 3S73B 1UGAA 5SZ2A 3D0NA 2ABEA 5J8ZA 1G52A 2Q1QA 1BN3A 3HFPA 3FW3A 5A25A 4WW6A 3V7XA 2HD6A 1FSNA 5FDIA 4CACA 1I9OA 1TEUX 4N16A 4HEWA 3R16A 1G1DA 3KNEA 1ZH9A 4Q90A 4Q8ZA 1CANA 3RZ1B 2NWPA 4Z0QA 5SZ0A 4YGJA 1HVAA 3KLDB 4E9OX 5FLQA 1I9QA 1UGBA 2AX2A 4ITPA 9CA2A 1YO1A 1FR4A 2NXSA 3F7UA 5C8IA 3TVOX 1HEBA 5DSKA 1FQNA 1ZGFA 4M2UA 5FNIA 3M2YA 5JQTA 1CAOA 3VBDA 4QIZA 12CAA 1UGEA 3OIKA 3ZP9A 4CNXA 4M2VA 1BNVA 4QJXA 1KOQA 4K13A 1CNBA 3K2FA 3IGPA 5JQ0A 3P55A 4QK1A 1TBTX 4L5UA 1T9NA 2CBDA 2WEJA 5DSNA 5LMDA 5SZ4A 3V3FA 2F14A 3K7KA 3M96A 4RIUA 1BNTA 4E3HA 3V3IB 4E49A 2NWOA 3HKTA 5E2SA 1G4OA 1TB0X 5E5RA 2OSMA 1KEQA 3F4XA 4YGLA 3T84A 1AZMA 5FLRA 1CNIA 1CALA 4E3GA 1A42A 3P58A 4Q83A 3S74B 1ZFQA 1YO2A 4QJOA 1G0FA 2GD8A 3M3XA 4QK2A 4L5VA 5AMLA 5SZ1A 1MUAA 4C3TA 4Q87A 3HLJA 1CVAA 1CNGA 1I9MA 5JG3B 3T82A 3RG4A 3MWOA 3RYZA 4YXIA 1IF7A 3M67A 4QJMA 5FDCA 5EH8A 1I90A 5DSRA 4XFWA 1CVEA 1CAZA 2O4ZA 2WEOA 1UGDA 4E5QA 3UYQA 4YWPA 3N3JA 4E3DA 4JSZA 1I91A 3CAJA 3V3JA 2WD2A 4YGFA 3MHOA 4BF1A 3SAXA 3U45X 3M1JA 5DOGA 4LU3A 1F2WA 4RN4A 5CA2A 1CVCA 3IBIA 5SZ7A 4HF3A 5DSQA 5G0BA 5DSLA 1FSQA 1IF9A 4Z1JA 3BETA 4XIXA 3P3JA 5E5UA 2EU3A 1TEQX 3LXEA 3MHCA 3OYQA 4Q81A 5G0CA 3RYYA 1RZBA 3KKXA 1BNMA 4Z1KA 4ZWYA 3MDZA 1CINA 4HBAA 5EZTX 1G0EA 3OYSA 4Q7VA 1AVNA 3B1BA 4Q6EA 3CZVA 3KS3A 4TWLA 5EHVA 3B4FA 4KNMA 4MDGA 4KUVA 4CNRA 1IF6A 1OQ5A 3MYQA 3DVCA 2NNGA 1BNQA 4Q7WA 5CACA 5DSMA 3PJJA 3RGEA 4Q9YA 2EZ7A 3RYXB 3OIMA 4RUXA 4XIWA 4L5WA 1HCAA 4LP6A 3NJ9A 1HUHA 1YO0A 4QSIA 5EOIA 5FNGA 4PZHA 1FR7A 4DZ7A 1YDDA 3TMJA 3KOIA 1Y7WA 3MMFA 4M2WA 4CNWA 4COQA 4N0XB 5DSPA 1Z97A 1CIMA 2WEGA 2ZNCA 1G48A 2Q38A 3V3HB 3V5GA 4KV0A 7CA2A 4QY3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3P3H A;  4E3F A;  3IEO A;  3S8X A;  2HOC A;  3CYU A;  2VVB X;  3M2N A;  4X5S A;  3EFI A;  3NI5 A;  3RZ7 A;  4Q7S A;  1KWQ A;  5EKH A;  3RZ5 A;  4LHI A;  4IDR X;  3RYV B;  5CJF A;  2HL4 A;  4QSA A;  5EIJ A;  2IT4 A;  1Z93 A;  2NNO A;  4FU5 A;  4KP5 A;  5L6K A;  4Q78 A;  2NWZ A;  1EOU A;  2NMX A;  1TG3 A;  1ZSB A;  2NWY A;  4XZ5 A;  1CNY A;  3MNJ A;  3FFP X;  1HUG A;  4MLT A;  5FLT A;  3RJ7 A;  4BCW A;  1CVB A;  3KON A;  4M2R A;  4Q07 A;  1I9N A;  3L14 A;  5JDV B;  3OKU A;  3P44 A;  4RH2 A;  3U47 A;  3N0N A;  1DMY A;  1OKM A;  1RZA A;  1BV3 A;  3T5Z A;  1BCD A;  1XQ0 A;  3P5L A;  1IF5 A;  1G6V A;  4QSB A;  4Y0J A;  4WL4 A;  3HKN A;  3JXF A;  2X7S A;  5FNJ A;  5JGT B;  5FLP A;  2CBA A;  1I9L A;  1I9P A;  4ITO A;  4QK3 A;  1XEV A;  4QJW A;  3KWA A;  4ETQ C;  4XE1 A;  3IBN A;  3DCW A;  3F8E A;  3DA2 A;  3MHI A;  3M1Q A;  2Q1B A;  1FSR A;  3MNK A;  4ZWX A;  1CAJ A;  5EKM A;  4Q49 A;  1ZSC A;  5DVX A;  2FOY A;  1V9I C;  4Q08 A;  2NN1 A;  2POV A;  4YX4 A;  4QIY A;  2NXT A;  3OY0 A;  5FL4 A;  5DSJ A;  1G54 A;  3M2X A;  5FL5 A;  1LUG A;  3GZ0 A;  3M5S A;  1CA2 A;  1CAH A;  1TTM A;  4FL7 A;  4JSS A;  4G0C A;  3P5A A;  4FPT A;  4MDM A;  1RAZ A;  3DD8 A;  1BZM A;  3N4B A;  3OKV A;  2FW4 A;  4YGK A;  4HT0 A;  3OIL A;  3DVB A;  5FLO A;  4KP8 A;  3ML2 A;  1IF8 A;  3DC9 A;  1FLJ A;  5BRW A;  1G4J A;  3MHM A;  4ZAO A;  4YYT A;  3BL1 A;  5BRU A;  1FQL A;  4QEF A;  2QOA A;  3D92 A;  4Q0L A;  5SZ6 A;  2NNS A;  3S77 B;  4ZX0 A;  4Z1E A;  1RJ6 A;  1CNC A;  4QJP A;  3T85 A;  5IPZ A;  4GL1 X;  4K0Z A;  1FQM A;  4MLX A;  5EH7 A;  2FNK A;  4PXX A;  1DMX A;  4JSW A;  4WUP A;  1JCZ A;  5JES B;  5FNK A;  4KNI A;  3ZNC A;  3HKU A;  3JXH C;  1JD0 A;  5FL6 A;  3RZ8 A;  3KOK A;  1H9N A;  1YDB A;  1HED A;  5E2N A;  5EHE A;  1UGG A;  5DSI A;  1XEG A;  4ZX1 A;  5E28 A;  4UOV A;  4FIK A;  1I8Z A;  4MDL A;  4RUY A;  5EKJ A;  2FMG A;  4TWM A;  4RUZ A;  2CBB A;  5BRV A;  1CRA A;  1UGC A;  1J9W A;  1G53 A;  5G03 A;  3M5E A;  4DZ9 A;  4G7A A;  3SBI A;  3R17 B;  2AW1 A;  5SZ3 A;  3M14 A;  1LG5 A;  3DC3 A;  4K1Q A;  5FNH A;  1LGD A;  5JEP B;  1CNH A;  1G3Z A;  1YDA A;  3S75 B;  5JEG B;  1LG6 A;  3M40 A;  3BL0 A;  3HKQ A;  5EH5 A;  3M1W A;  4JSA A;  3M04 A;  2FOS A;  3PO6 A;  4HEZ A;  2NXR A;  1RZC A;  4Q8X A;  4ZWZ A;  5AMG A;  5E2M A;  4R59 A;  4HU1 A;  4MO8 A;  4WW8 A;  5DSO A;  3FE4 A;  1ZGE A;  3D93 A;  1KOP A;  4KUY A;  3M5T A;  2WD3 A;  2CBE A;  1BN1 A;  1AM6 A;  4YHA A;  1TE3 X;  1URT A;  2CAB A;  2QO8 A;  3C7P A;  2WEH A;  5FNL A;  3W6I A;  2CA2 A;  4KUW A;  1TG9 A;  4IWZ A;  3F7B A;  3W6H A;  3EFT A;  1OKL A;  1BNW A;  5E2R A;  3RG3 A;  1CCS A;  1CAK A;  1CRM A;  1ZSA A;  4Q06 A;  3S72 B;  1JV0 A;  3T5U A;  3S97 A;  1G46 A;  4QSJ A;  4Z1N A;  1DCB A;  1CVD A;  3UYN A;  3N2P A;  1ZFK A;  1HCB A;  1Z9Y A;  3DCC A;  4YXO A;  3U3A X;  4K0S A;  1THK A;  1YDC A;  1CA3 A;  3ML5 A;  1H4N A;  2FOV A;  5DRS A;  1CVH A;  3DCS A;  3NB5 A;  5E2K A;  3QYK A;  5L3O A;  4YVY A;  3V2M A;  1CVF A;  2X7T A;  4RFC A;  1LZV A;  2H15 A;  4KNN A;  1HEC A;  3IBL A;  3PYK A;  2FNM A;  3JXG A;  2NNV A;  5FLS A;  4QTL A;  4RFD A;  2POU A;  3DV7 A;  3DVD A;  3K34 A;  4PQ7 A;  4FRC A;  1TH9 A;  4K0T A;  1BNU A;  5CLU A;  3RYJ B;  1CNK A;  4KNJ A;  3S78 B;  3CA2 A;  5G01 A;  1V9E A;  1CNJ A;  5A6H A;  1KWR A;  1G45 A;  1HEA A;  3M2Z A;  1BN4 A;  4RIV A;  2FOQ A;  1H9Q A;  5JEH B;  3IAI A;  8CA2 A;  5EHW A;  3DD0 A;  1CZM A;  3S9T A;  4CA2 A;  4PYX A;  5BNL A;  1MOO A;  2FNN A;  2VVA X;  1UGF A;  1FQR A;  3MNA A;  1CNW A;  2OSF A;  2ILI A;  3MZC A;  3SAP A;  5BYI A;  5JG5 B;  3KIG A;  2HFW A;  3D8W A;  3MHL A;  4JS6 A;  5JGS B;  4Q99 A;  4WUQ A;  1CCT A;  2HKK A;  1RZD A;  3D9Z A;  2GEH A;  2H4N A;  3RZ0 B;  4QJ0 A;  5HPJ A;  4E4A A;  1RZE A;  2CBC A;  4Q7P A;  3T83 A;  1IF4 A;  4FVO A;  1OKN A;  3S76 A;  4Q8Y A;  4WR7 A;  1BIC A;  3MNH A;  2FOU A;  3Q31 A;  1CNX A;  4PYY A;  2FMZ A;  3DAZ A;  3RLD A;  4HEY A;  1CAM A;  3MNI A;  1CCU A;  4Q6D A;  2QP6 A;  1ZNC A;  2HNC A;  4BF6 A;  4HT2 A;  3M1K A;  5DOH A;  2W2J A;  3SBH A;  4CQ0 A;  3P4V A;  1XPZ A;  5SZ5 A;  4ZWI A;  1CAY A;  4R5A A;  3MNU A;  5FNM A;  4FVN A;  4R5B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1G1DA

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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