1G3Z | Genus

Total Genus 74

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDVGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__51237598689798__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__51237598689798__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1g3z/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__51237598689798__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"51237598689798","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1g3z/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__51237598689798__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Contribution of Fluorine to Protein-Ligand Affinity in the Binding of Fluoroaromatic Inhibitors to Carbonic Anhydrase II pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	74
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2000-10-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1g3zA00

1CINA 4DZ7A 1RZBA 3KWAA 1YO0A 4QSBA 3KONA 3N4BA 3RYJB 3DC3A 2WEJA 4FVOA 1JCZA 3JXFA 4QSIA 1G0EA 3DCWA 1ZFKA 3JXHC 2HFWA 3MYQA 5E2RA 5SZ7A 4KAPA 1CAZA 1TG3A 3MNJA 4Q08A 2NNOA 1FQMA 4WUPA 3RYVB 1G0FA 1CANA 3MHCA 4CACA 4KNMA 5AMDA 5C8IA 5E2SA 4ZAOA 5FNGA 5DOGA 4YGJA 4C3TA 1AVNA 4KP8A 2H4NA 3R16A 3IAIA 2VVBX 4Q06A 3T82A 4Q07A 1FR4A 2NXSA 4RFDA 1CRAA 2NNVA 4HT0A 1KOPA 3C7PA 8CA2A 1HEDA 1TBTX 1FSRA 2CBBA 3DV7A 4Z1JA 3M5EA 4YXIA 4HT2A 2QOAA 3DCSA 4ZWZA 4YVYA 1CNBA 3F7UA 5DSLA 5AMGA 4PYXA 3T84A 1CAYA 2POVA 4KNIA 5HPJA 3P3HA 5E5UA 4LHIA 4L5WA 1H9NA 5L6KA 2HKKA 4Q99A 4UOVA 4Q83A 1YO1A 4YXUA 1KOQA 1AM6A 4KUYA 1YDBA 5EHEA 1XQ0A 3S75B 4BF1A 4QJ0A 5EH8A 3DBUA 5FLRA 4JS6A 1UGGA 2W2JA 4COQA 4YGLA 4KV0A 3ZNCA 1CZMA 5EKMA 5DVXA 1FR7A 1V9IC 4PYYA 1IF6A 3N0NA 1UGBA 3M67A 3S97A 2NN1A 1BNMA 1EOUA 5DSOA 1RZEA 4QY3A 3UYQA 4CNXA 1IF4A 5BRVA 3U47A 3BETA 3QYKA 1KEQA 2FNMA 4LU3A 1ZSBA 4Q7WA 4Y0JA 5E2NA 3CYUA 2NNSA 4Q90A 2CA2A 5DSNA 5JEGB 1IF7A 1CNXA 3ML5A 3OIKA 4BF6A 1FQLA 4FRCA 5DOHA 5SZ4A 3DD8A 3R17B 4CNRA 4MO8A 1TE3X 5J8ZA 5SZ0A 3RG3A 1CRMA 3MWOA 4K0TA 3B4FA 3P4VA 1CVDA 3DD0A 1BNQA 3VBDA 4QK1A 3RLDA 4YYTA 4RN4A 1Y7WA 2FNNA 1ZSAA 1YDCA 3M2ZA 3F7BA 3D8WA 5FNJA 1CVHA 3RYZA 5JQTA 3S72B 1HEAA 5CA2A 1MUAA 5JG5B 4Q78A 1H9QA 3KKXA 2FMGA 4MDMA 1CNJA 4JSZA 1FSNA 3F4XA 2VVAX 4HEWA 5G01A 1CVAA 1FLJA 4QJXA 3MMFA 3IEOA 5JESB 3T5ZA 4ZX0A 4QJPA 5E2KA 3S78B 1ZFQA 2HNCA 5DSMA 4Q6EA 5IPZA 4K0ZA 3FE4A 3JXGA 4MLXA 3M5TA 1CAJA 3HKNA 4Q6DA 4Q7VA 5DSKA 1CAKA 3M2XA 4LP6A 1I9MA 5CLUA 3SBIA 5EH7A 3CZVA 2Q1QA 4WUQA 3FW3A 3MNAA 2X7UA 4FPTA 1RJ6A 2CBEA 3V2JA 2EZ7A 4PXXA 3W6HA 5JG3B 5SZ3A 4E49A 3P44A 2WEGA 4CQ0A 4TWMA 4YWPA 3N2PA 2EU3A 1G6VA 4QTLA 3M1JA 3IBLA 4Q8YA 4Q7SA 1HCBA 3M14A 1IF9A 5FLSA 3HS4A 5FNMA 4CNVA 4ZWIA 4Q9YA 1HUGA 2NWPA 4Z1KA 1G1DA 1RZDA 3D0NA 2NMXA 2OSFA 1G3ZA 4Z1EA 1BNUA 3NI5A 4JSSA 4G7AA 1MOOA 3GZ0A 3PO6A 4Q0LA 3W6IA 1BNVA 4HEYA 2NNGA 4G0CA 4HF3A 5E5RA 1CALA 3V3FA 3D92A 1BN3A 1G46A 4XZ5A 2QO8A 1G52A 4N16A 1RZAA 1LGDA 2Q1BA 5FLTA 4QIYA 4ILXA 2F14A 3V3GB 5FNIA 3HKTA 4Q8XA 3V3IB 4QJWA 3HLJA 1BCDA 5JEHB 12CAA 1BNWA 3RZ0B 2GEHA 3P58A 2WD2A 1CVFA 1RAZA 4RUXA 4YGFA 1CCTA 4N0XB 2WEHA 2X7TA 3L14A 4IWZA 4XE1A 1CCUA 1J9WA 4ITOA 4ZWXA 5FLPA 1I90A 3Q31A 3SBHA 1HEBA 4Q09A 1FQRA 1UGAA 1UGDA 3OILA 3PJJA 1BICA 3RZ5A 5JDVB 2IT4A 5EKJA 5FNLA 5DSRA 5JQ0A 5SZ1A 1DMXA 3N3JA 4QK3A 1CNKA 5EH5A 4FIKA 3V7XA 4E4AA 2NWZA 5L3OA 4MTYA 3IGPA 1CVEA 1HUHA 1LZVA 3TMJA 2POUA 4CNWA 3BL1A 5A25A 5BRWA 4WR7A 3RJ7A 4K1QA 2ZNCA 4QJOA 5SZ6A 1TTMA 1DCBA 5G03A 5FNHA 4QSJA 4QSAA 5JGTB 1G48A 3HKUA 4M2VA 1UGEA 3S8XA 2CABA 4M2UA 1BNNA 5DSPA 1CVCA 4M2WA 3MDZA 1IF8A 5EIJA 4HBAA 5FL4A 3OKVA 1FQNA 2QP6A 3ML2A 1THKA 4R59A 3U3AX 4RIVA 1UGFA 5AMLA 4RIUA 1Z97A 1URTA 4YGKA 5EHVA 1G53A 1BZMA 1G4OA 2AW1A 4E3DA 3OYQA 2FOVA 4E3GA 2FNKA 5CACA 1HCAA 3M40A 1CCSA 1BV3A 3M1QA 2OSMA 2AX2A 4ZWYA 5FLQA 1ZGFA 2FOUA 1OKMA 3OYSA 3KS3A 3MNIA 5FDCA 1I9NA 3T85A 4E3FA 3DVCA 3M1KA 3KOIA 3K7KA 5FDIA 4JSWA 5EKHA 1T9NA 1BN4A 3HFPA 2X7SA 3P55A 5G0BA 1ZH9A 1DMYA 4FL7A 3V5GA 3RG4A 1CAHA 3B1BA 3D93A 3U7CA 5JEPB 5FNKA 3M96A 3MHMA 4XIXA 3M1WA 1BN1A 3LXEA 3DVBA 1DCAA 4BCWA 5FL5A 1OKLA 2FW4A 3RYYA 1ZE8A 5A6HA 1CVBA 3D9ZA 4R5AA 1TG9A 3KOKA 4M2RA 3V3HB 3CA2A 1CAMA 1OKNA 3PYKA 5E28A 1Z9YA 3UYNA 5DSQA 1LG6A 3IBIA 1KWRA 1RZCA 1TH9A 4MLTA 1CILA 4HEZA 3K34A 2NWYA 4PZHA 4L5VA 5BRUA 4E3HA 3TVOX 1YDDA 4Q7PA 5SZ5A 5BNLA 1I9LA 2Q38A 1ZNCA 3MHIA 2WD3A 2HOCA 4WW8A 1G4JA 2FMZA 2ABEA 1AZMA 4MDLA 3MZCA 3V2MA 1XPZA 3MNUA 3P5LA 5G0CA 1I9PA 3DVDA 4DZ9A 4E5QA 2FOSA 3BL0A 4GL1X 1CIMA 4YGNA 2O4ZA 3M3XA 1RJ5A 5DRSA 4RFCA 2CBAA 3SAPA 3F8EA 1JD0A 3EFTA 1IF5A 4WW6A 4Q8ZA 1TB0X 3CAJA 3MNHA 3S74B 3P5AA 3RZ8A 3KIGA 1CNIA 3OIMA 4YHAA 4JSAA 1I9QA 5EHWA 2GD8A 3DC9A 3M98A 4RUZA 1Z93A 4YX4A 2POWA 4QIZA 4KP5A 1I91A 1I9OA 1G54A 4IDRX 2HL4A 4L5UA 1CA2A 1XEGA 3MHOA 5FLOA 5CJFA 1HECA 1TEQX 5EZTX 5BYIA 4CA2A 2CBCA 1RAYA 3HKQA 3IBNA 1V9EA 4KNJA 3T83A 5DSJA 4KUVA 1FSQA 4RH2A 1TEUX 3M2YA 3RZ7A 4Z0QA 4R5BA 2H15A 2FOYA 3S77B 4WL4A 3RZ1B 3NB5A 3FFPX 4K13A 4RUYA 4QJMA 4Q49A 3RYXB 1CNHA 4FU5A 3EFIA 1CNWA 3S73B 2CBDA 1BNTA 1G45A 3OKUA 3RGEA 1HVAA 1I8ZA 4ITPA 4KUWA 7CA2A 3K2FA 3M04A 1OQ5A 4ZX1A 9CA2A 1JV0A 1YO2A 2FOQA 3U45X 3NJ9A 4QEFA 1CA3A 1CNYA 1H4NA 2EU2A 3T5UA 5JGSB 1YDAA 3KLDB 4KNNA 1CAOA 1A42A 4Q87A 4K0SA 4HU1A 3MNKA 1UGCA 5SZ2A 3S76A 2NXRA 3M2NA 3DCCA 1CNGA 2ILIA 3S71B 1XEVA 2NXTA 3V3JA 2WEOA 3TVNX 4ETQC 4X5SA 5E2MA 1ZGEA 5DSIA 1LG5A 3IBUA 3DA2A 6CA2A 3SAXA 3OY0A 3MHLA 4Z1NA 4Q81A 4QK2A 2HD6A 4FVNA 4PQ7A 3ZP9A 1F2WA 4MDGA 3DAZA 4YXOA 4E9OX 1LUGA 4XFWA 4TWLA 5LMDA 2NWOA 5FL6A 1CNCA 1KWQA 3P3JA 4XIWA 3S9TA 2NN7A 1CAIA 3M5SA 3KNEA 1ZSCA 5EOIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CIN A;  4DZ7 A;  1RZB A;  3KWA A;  1YO0 A;  4QSB A;  3KON A;  3N4B A;  3RYJ B;  3DC3 A;  2WEJ A;  4FVO A;  1JCZ A;  3JXF A;  4QSI A;  1G0E A;  3DCW A;  1ZFK A;  3JXH C;  2HFW A;  3MYQ A;  5E2R A;  5SZ7 A;  4KAP A;  1CAZ A;  1TG3 A;  3MNJ A;  4Q08 A;  2NNO A;  1FQM A;  4WUP A;  3RYV B;  1G0F A;  1CAN A;  3MHC A;  4CAC A;  4KNM A;  5AMD A;  5C8I A;  5E2S A;  4ZAO A;  5FNG A;  5DOG A;  4YGJ A;  4C3T A;  1AVN A;  4KP8 A;  2H4N A;  3R16 A;  3IAI A;  2VVB X;  4Q06 A;  3T82 A;  4Q07 A;  1FR4 A;  2NXS A;  4RFD A;  1CRA A;  2NNV A;  4HT0 A;  1KOP A;  3C7P A;  8CA2 A;  1HED A;  1TBT X;  1FSR A;  2CBB A;  3DV7 A;  4Z1J A;  3M5E A;  4YXI A;  4HT2 A;  2QOA A;  3DCS A;  4ZWZ A;  4YVY A;  1CNB A;  3F7U A;  5DSL A;  5AMG A;  4PYX A;  3T84 A;  1CAY A;  2POV A;  4KNI A;  5HPJ A;  3P3H A;  5E5U A;  4LHI A;  4L5W A;  1H9N A;  5L6K A;  2HKK A;  4Q99 A;  4UOV A;  4Q83 A;  1YO1 A;  4YXU A;  1KOQ A;  1AM6 A;  4KUY A;  1YDB A;  5EHE A;  1XQ0 A;  3S75 B;  4BF1 A;  4QJ0 A;  5EH8 A;  3DBU A;  5FLR A;  4JS6 A;  1UGG A;  2W2J A;  4COQ A;  4YGL A;  4KV0 A;  3ZNC A;  1CZM A;  5EKM A;  5DVX A;  1FR7 A;  1V9I C;  4PYY A;  1IF6 A;  3N0N A;  1UGB A;  3M67 A;  3S97 A;  2NN1 A;  1BNM A;  1EOU A;  5DSO A;  1RZE A;  4QY3 A;  3UYQ A;  4CNX A;  1IF4 A;  5BRV A;  3U47 A;  3BET A;  3QYK A;  1KEQ A;  2FNM A;  4LU3 A;  1ZSB A;  4Q7W A;  4Y0J A;  5E2N A;  3CYU A;  2NNS A;  4Q90 A;  2CA2 A;  5DSN A;  5JEG B;  1IF7 A;  1CNX A;  3ML5 A;  3OIK A;  4BF6 A;  1FQL A;  4FRC A;  5DOH A;  5SZ4 A;  3DD8 A;  3R17 B;  4CNR A;  4MO8 A;  1TE3 X;  5J8Z A;  5SZ0 A;  3RG3 A;  1CRM A;  3MWO A;  4K0T A;  3B4F A;  3P4V A;  1CVD A;  3DD0 A;  1BNQ A;  3VBD A;  4QK1 A;  3RLD A;  4YYT A;  4RN4 A;  1Y7W A;  2FNN A;  1ZSA A;  1YDC A;  3M2Z A;  3F7B A;  3D8W A;  5FNJ A;  1CVH A;  3RYZ A;  5JQT A;  3S72 B;  1HEA A;  5CA2 A;  1MUA A;  5JG5 B;  4Q78 A;  1H9Q A;  3KKX A;  2FMG A;  4MDM A;  1CNJ A;  4JSZ A;  1FSN A;  3F4X A;  2VVA X;  4HEW A;  5G01 A;  1CVA A;  1FLJ A;  4QJX A;  3MMF A;  3IEO A;  5JES B;  3T5Z A;  4ZX0 A;  4QJP A;  5E2K A;  3S78 B;  1ZFQ A;  2HNC A;  5DSM A;  4Q6E A;  5IPZ A;  4K0Z A;  3FE4 A;  3JXG A;  4MLX A;  3M5T A;  1CAJ A;  3HKN A;  4Q6D A;  4Q7V A;  5DSK A;  1CAK A;  3M2X A;  4LP6 A;  1I9M A;  5CLU A;  3SBI A;  5EH7 A;  3CZV A;  2Q1Q A;  4WUQ A;  3FW3 A;  3MNA A;  2X7U A;  4FPT A;  1RJ6 A;  2CBE A;  3V2J A;  2EZ7 A;  4PXX A;  3W6H A;  5JG3 B;  5SZ3 A;  4E49 A;  3P44 A;  2WEG A;  4CQ0 A;  4TWM A;  4YWP A;  3N2P A;  2EU3 A;  1G6V A;  4QTL A;  3M1J A;  3IBL A;  4Q8Y A;  4Q7S A;  1HCB A;  3M14 A;  1IF9 A;  5FLS A;  3HS4 A;  5FNM A;  4CNV A;  4ZWI A;  4Q9Y A;  1HUG A;  2NWP A;  4Z1K A;  1G1D A;  1RZD A;  3D0N A;  2NMX A;  2OSF A;  1G3Z A;  4Z1E A;  1BNU A;  3NI5 A;  4JSS A;  4G7A A;  1MOO A;  3GZ0 A;  3PO6 A;  4Q0L A;  3W6I A;  1BNV A;  4HEY A;  2NNG A;  4G0C A;  4HF3 A;  5E5R A;  1CAL A;  3V3F A;  3D92 A;  1BN3 A;  1G46 A;  4XZ5 A;  2QO8 A;  1G52 A;  4N16 A;  1RZA A;  1LGD A;  2Q1B A;  5FLT A;  4QIY A;  4ILX A;  2F14 A;  3V3G B;  5FNI A;  3HKT A;  4Q8X A;  3V3I B;  4QJW A;  3HLJ A;  1BCD A;  5JEH B;  12CA A;  1BNW A;  3RZ0 B;  2GEH A;  3P58 A;  2WD2 A;  1CVF A;  1RAZ A;  4RUX A;  4YGF A;  1CCT A;  4N0X B;  2WEH A;  2X7T A;  3L14 A;  4IWZ A;  4XE1 A;  1CCU A;  1J9W A;  4ITO A;  4ZWX A;  5FLP A;  1I90 A;  3Q31 A;  3SBH A;  1HEB A;  4Q09 A;  1FQR A;  1UGA A;  1UGD A;  3OIL A;  3PJJ A;  1BIC A;  3RZ5 A;  5JDV B;  2IT4 A;  5EKJ A;  5FNL A;  5DSR A;  5JQ0 A;  5SZ1 A;  1DMX A;  3N3J A;  4QK3 A;  1CNK A;  5EH5 A;  4FIK A;  3V7X A;  4E4A A;  2NWZ A;  5L3O A;  4MTY A;  3IGP A;  1CVE A;  1HUH A;  1LZV A;  3TMJ A;  2POU A;  4CNW A;  3BL1 A;  5A25 A;  5BRW A;  4WR7 A;  3RJ7 A;  4K1Q A;  2ZNC A;  4QJO A;  5SZ6 A;  1TTM A;  1DCB A;  5G03 A;  5FNH A;  4QSJ A;  4QSA A;  5JGT B;  1G48 A;  3HKU A;  4M2V A;  1UGE A;  3S8X A;  2CAB A;  4M2U A;  1BNN A;  5DSP A;  1CVC A;  4M2W A;  3MDZ A;  1IF8 A;  5EIJ A;  4HBA A;  5FL4 A;  3OKV A;  1FQN A;  2QP6 A;  3ML2 A;  1THK A;  4R59 A;  3U3A X;  4RIV A;  1UGF A;  5AML A;  4RIU A;  1Z97 A;  1URT A;  4YGK A;  5EHV A;  1G53 A;  1BZM A;  1G4O A;  2AW1 A;  4E3D A;  3OYQ A;  2FOV A;  4E3G A;  2FNK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1G3ZA

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Chain Sequence

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